Helicobacter pylori VerfÜgung (HP) ass eng Bakterie, datt de Mënsch Mo. bewunnt a kann eng langfristeg Wonn vun der gastric mucosa etabléieren. Bestänneg HP Wonn induces oft gastritis an ass mat der Entwécklung vun peptic oppent Krankheet, atrophic gastritis, an gastric adenocarcinoma assoziéiert. Virulent HP isolates der cag (cytotoxin-verbonne Genen) pathogenicity Insel (cagPAI) ervirbréngen, eng 40 KB hät vun DNA datt Komponente vun enger Zort IV secretion System (T4SS) encodes. Dëst T4SS Formen engem pilus fir d'Sprëtz vun virulence bedenken Provider Zil- Zellen, wéi d'CagA oncoprotein. Mir analyséieren déi genetesch Verännerlechkeet vun cagA VerfÜgung an aner ausgewielt Genen vun der HP cagPAI ( cagC VerfÜgung, Cage VerfÜgung, cagL VerfÜgung, cagT VerfÜgung, cagV VerfÜgung a cag Gamma VerfÜgung) benotzt DNA aus gefruerenem gastric biopsies ofgebaut oder vu Krankheete isolates. Etude Sujete waren 95 cagA + Patienten déi mat histologically festgestallte sech chronescher gastritis oder gastric Kriibs am Venezuela a Mexiko, Beräicher mat héije prevalence vun HP Wonn. Sequencing Reaktioune waren déi zwee Sanger an nächsten-Generatioun pyrosequencing (454 Roche) Methoden duerchgefouert. Mir hunn am Ganzen 381 Varianten mat eendeiteg Appellen an op d'mannst 10% vun den ursprénglech getest Echantillonen an Referenzmaterial analyséieren observéiert. Mir Verglach d'Ofstänn vun dësen genetesch Varianten tëscht gastric Kriibs a chronescher gastritis Fäll. Sechsanzwanzeg SNPs (11 Net-Zifferen an 14 Zifferen) zougedréckt statistesch Differenze (P &Si besteet; 0,05), an zwee SNPs, an Positioun 1039 an 1041 vun Cage VerfÜgung, eng ganz wichteg Associatioun mat Kriibs zougedréckt (p -value = 2,07 × 10 Fro:. Rizzato C, Torres J, Plummer M, Muñoz N, Franceschi S, Camorlinga-Ponce M, et al. (2012) Variatiounen an Helicobacter pylori Cytotoxin-Associéierten Genen an hier Influence vun zerstéiert ze Gastric Cancer: Implikatioune fir Präventioun. PLoS NËMMEN 7 (1): e29605. Doi: 10.1371 /journal.pone.0029605 VerfÜgung Redakter: Masaru Katoh, National Cancer Center, Japan VerfÜgung Arnaque: 6 Oktober 2011; Akzeptéiert: 1 Dezember 2011; Publizéiert: Januar 3, 2012 VerfÜgung Copyright: © 2012 Rizzato et al. Dëst ass eng oppen-Zougang Artikel ënnert de Bedingunge vun der Lizenz BY Creative Commons verdeelt, déi bereet benotzen Genehmegungen, Distributioun, an Reproduktioun vun all mëttelgrouss, gëtt d'Original Auteur an d'Quell Kaiser sinn VerfÜgung Funding:. JT ass en Destinataire vun enger Exklusivitéit Léier aus Fundacion IMSS, Mexiko. D'funders hu keng Roll am Etude Design, Daten Kollektioun an Analyse, Décisioun, oder Virbereedung vun der mëttelalterlech Handschrëft ze publizéieren VerfÜgung Wettsträit Interessen:.. D'Auteuren hunn deklaréiert, datt keng Competitioun Interessen existéieren VerfÜgung Helicobacter pylori VerfÜgung (HP) ass eent vun de meescht genannten chronescher bakteriell Wonn am Mënschen. Et gouf ugeholl, datt méi wéi d'Halschent vun der erwuessener Populatioun an der Welt mat dësem Gebeitechnik Krankheet ass [1]. Dorënner, ongeféier 10-15% vun der Krankheet Persounen belafe klinesch ongewollt Element un Erfahrung, peptic ulcers, gastric adenocarcinoma an gastric mucosa-verbonne lymphoid Otemschwieregkeeten lymphoma (Malz) och [2]. Fir Datum, trotz breeder Effort weltwäit, wat dës Variabel Medeziner Resultater bestëmmt nach net komplett opgekläert gouf, mä gleeft Kombinatioune vun ökologeschen (zB, fëmmen a Fudder) [3], Provider Genetik an HP virulence Faktoren [3] ginn, [4 ], [5]. Aarbecht vun eis [6] an déi aner Ënnerstëtzung déi bakteriell Facteure sinn wahrscheinlech déi entscheedend Roll [7] ze spillen, [8]. VerfÜgung Déi beschte charakteriséiert HP virulence Bissau ass de cytotoxin-verbonne Gentherapie pathogenicity Insel (cagPAI ), eng 40 kB Regioun vun chromosomal DNA Zeechesaatz ronn 31 Genen datt eng Zort IV secretion System (T4SS) Formen bakteriell Produkter an de Provider Zell ze translocate. cagA VerfÜgung vermaach bannent cagPAI an ass responsabel fir déi vun der HP-verbonne malignant phenotypes: et kontrolléiert IL-8 secretion eng demagogesch Äntwert vernoléissecht, ënnerstëtzt Zell Prolifératioun, Effekt a Migratioun entweder duerch phosphorylation-ofhängeg an onofhängeg Mechanisme [ ,,,0],9], [10]. D'cagPAI ass präsent an ongeféier 95% vun Osten asiatësch isolates an et ass manner heefeg am isolates aus niddereg Risiko westlechen Länner [11], [12], [13]. VerfÜgung Vill vun der cagA Funktiounen wunnt an engem C-Uschloss tandemly beklot repetitive Motif der aminoacids Glu-Pro-Île-Tyr-Ala (EPIYA motifs a, B, C an d) mat. Analyséieren Multiple Exemplare vum südwestlechen Typ EPIYA-C oder östlechen Typ EPIYA-D ausser si proposéiert méi mat gastric Kriibs a mat engem fräi cagA assoziéiert gin kënschtlech VerfÜgung Aktivitéit [14], obwuel dat kontrovers [15] ass . Fir Datum, trotz der bekannt Verännerlechkeet vun der N-Uschloss cagA VerfÜgung Gentherapie an aner cagPAI Insel Genen, huet do schonn ganz limitéiert Informatiounen betreffend Medeziner Relevanz vun genetesch Varianten ausserhalb der EPIYAs. Sou, an dësem Pabeier sichen mir Varianten an der cagPAI Genen ze identifizéieren cagC VerfÜgung ( HP0546 VerfÜgung), Cage VerfÜgung ( HP0544 VerfÜgung), cagL VerfÜgung ( HP0539 VerfÜgung), cagV VerfÜgung ( HP0530 VerfÜgung), cagT VerfÜgung ( HP0533 VerfÜgung), an cag Gamma VerfÜgung ( HP0523 VerfÜgung) Genen, déi wéi wichteg funktionell Komponente vun Modell bakteriell T4SS bezeechent goufen, a si bekannt extracellularly fir cagPAI br Funktioun oder presentéieren wichteg ze ginn, proposéiert Iech eng méiglech Interaktioune mat Provider Zellen; an am cagA, zu deem EPIYA Regioun gouf konsequent mat Medeziner Resultat (gastric Kriibs) ze vergläichen dës [16]. VerfÜgung cagA VerfÜgung Status eleng ass net genuch fir ze soe Krankheete Resultater. Ausserdem ginn et Indikatiounen, dass HP Kampf nëmmen gastric Kriibs Heefegkeet verklengert ouni precancerous lesions vun Individuen. D'Resultater vun dëser Etude déi vläicht wäertvoll Informatiounen Antibiotike behandelt ze héije Risiko Persounen ze viséieren, wann Auswierkunge vun dëse Varianten an weider Ermëttlungen confirméiert ginn. VerfÜgung IFLA- breakpoint VerfÜgung All Participant ënnerschriwwen enger informéiert schrëftlech Erlaabnes. D'Etude gouf vun der ethesch review Conseils d'Institutiounen responsabel fir Sujet Recrutement vun jidderengen vun den Rekrutement Zentren guttgeheescht. VerfÜgung Fir mexikanesche Echantillonen, d'Etude vun ethesch Comitée vun der F Mexicano del Seguro Social (IMSS) guttgeheescht huet an General Spidol vun der Secretaria de Salud (SS), Mexico City, Mexiko. VerfÜgung fir immens Echantillonen, ethesch raume fir d'Etude war vun der Internationaler Agence fir Fuerschung op Cancer (IARC) ethneschen Comité zu Lyon kritt, Frankräich, an der Cancer Control Center zu San Cristobal, Venezuela. VerfÜgung Sécuritéit Populatioun VerfÜgung Mir benotzt 11 DNA Echantillon vun gastric biopsies aus Sujeten mat chronescher gastritis betraff ouni atrophy zu engem chemoprevention Prozess am Venezuela rekrutéiert [17], [18]. D'Etude Sujeten (Alter 35-69) an dësem Prozess huet aus Participanten an der Gastric Cancer Control plangen vun Tachira Staat agestallt, déi vun engem gastroscopic Examen duerno op engem gastric duebel contre X-Ray baséiert war. Theme mat all Kriibs gastric Kriibs dorënner, oder mat soss schlëmm Krankheeten wéi Häerz, haett, Nier oder Liewer Echec a schwanger Fraen sech net beliwwert. Seven gastric biopsies sech aus predefinéiert Siten geholl, fënnef fir histological Evaluatioun an zwee ware gefruer fir H pylori VerfÜgung DNA Isolatioun oder Kultur. Expert pathologists zu neoplastic lesions vun de Mo. liesen histological drënner. VerfÜgung 84 Echantillon vun Patienten huet de Gastroenterology Eenheetspräis vun der Mexiko Generalsekretär Klinik (Secretaría de Salud) an der Zukunft Hospital Première ( F Mexicano del Seguro Social), souwuel Spideeler zu Mexiko City. Drësseg-fënnef Patienten sech mat chronescher gastritis an 49 mat gastric Kriibs betraff. Patienten goufen al wéi 30 Joer, gefrot gëtt, well vun gastroduodenal Symptomer (Generol Spidol) oder well vun engem eventuellen gastric Kriibs (Zukunft Spidol), an sech fir endoscopy a Fro fir diagnostic Zwecker programmed. Themen déi déi virdrun Kriibs Behandlung dobäi, sech op Antibiotiken, anti-HP Therapie oder nonsteroidal anti-demagogesch Drogen zwou Woche virun der Etude, oder déi aner schwéieren sech chronescher Krankheeten ausgeschloss. Gastric Fro uplanzen sech zu steril 0,9% Salins Léisung gesat, homogenized, an op Blutt Agar huel inoculated (BBL, MD) Placke ergänzt mat 5% Schof Blutt fir HP Kultur. D'Placke waren op 37 ° C an engem 9% CO 2 Atmosphär fir bis zu 5 Deeg incubated. HP war vun Amphipolis an microscopic Wirklechkeet an déi positiv oxidase, catalase, an urease Tester identifizéiert. Vun all Primärschoul Wuesstem, 7 bis 10 all eenzel Kolonie goufe vum antrum an Corpus an propagated op Blutt Agar mëttelfristeg isoléiert. Fir dat ze studéieren, ze analyséieren mir 43 Echantillon vun cultured analyséieren an 41 direkt aus gefruerenem biopsies. VerfÜgung D'Haapt Charakteristiken vun der Populatioun an Dësch beschriwwen 1. VerfÜgung DNA Extraktioun VerfÜgung fir immens an mexikanesche Fro Echantillon war den DNA aus gefruerenem Stoffer ofgebaut benotzt QIAamp DNA Mikro Kit (QIAGEN, Hilden, Däitschland) no der Taktik vum Produzent. Fir cultured analyséieren war DNA mat der guanidine thiocyanate-héich-Sarkosyl (GES) Method [19] sidd. VerfÜgung Primer Design VerfÜgung Mir Alignementer vun HP Message vum ëffentlechen Datenbanken benotzt fir e Message z'identifizéieren gëeegent fir Design vun Hinnen alleguer primers. Mir limitéiert eiser Datebank Recherchen ze Western analyséieren vun HP, wat si méi ufälleg fir d'fonnt analyséieren an eiser Etude Echantillon ähnlech ze ginn. Mir entworf tiled amplicons rangéiert zu Gréisst vun 312 bis 876 BP. D'Duerchschnëttsgréisst vu Haaptrei liest mat 454 sequencing Technologie 450 BP ass, also no liest an ëmgedréint liest iwwerlageren mannst deelweis, domat d'Zouverlässegkeet vum Wasserstoff verbesseren. Fënnef vun den cagA VerfÜgung amplimers benotzt hun virdrun publizéiert ginn [20], [21]. All primers benotzt fir cagA VerfÜgung, cagC, Cage, cagL, cagV, cagT VerfÜgung a cag ESO VerfÜgung goufen éischt zu Hinnen alleguer Reaktiounen op enger klenger Zuel vu Etude Echantillon getest ( n = 16) an de Kick Regioune mat Sanger Technik op der selwechter Echantillon Nepgen huet d'Spezifizitéit vun der amplification (kuckt zousätzlecht Dësch S1 fir primer Message an Hinnen alleguer amplification Konditiounen) ze confirméieren. VerfÜgung Weideren benotzt mer, wéi reference, dräi analyséieren 26695 (NC_000195), J99 (NC_000921) an G27 (NC_0011333) hir genomes hunn komplett Nepgen ginn [22], [23], [24]. VerfÜgung 454 sequencing VerfÜgung Eemol décidéiert Hinnen alleguer Konditiounen optimiséiert, resynthesized mir de selwechte primers fir Hinnen alleguer mat multiplex Tags benotzt (benotzt Message vun all spezifesch Prouf ze identifizéieren) an adapters, an Implikatioune der Zil- Regiounen DNAs aus Echantillon benotzt. Eng zweet Hinnen alleguer war gesuergt, déi afp primers benotzt, fir d'Quantitéit vum Material ze erhéijen. All amplimers Hinnen alleguer waren dann sidd, laachen spectrophotometrically, an zu equimolar Quantitéiten hinzeginn. VerfÜgung Bibliothéik Generatioun fir 454 FLX sequencing war den Hiersteller d'benotzt Standard Ëmwelt- duerchgefouert (454 Life Sciences Corporation, Branford, CT, USA). Bref, déi fir ze verschaffen an sequencing néideg adapters d'Hiersteller sech un der termini vun all Pool vu afp Hinnen alleguer Produite vun ligation notéiert. Single Molekülle vun der Hinnen alleguer Produkter déi richteg adapters Droen goufen eenzel Glaspärelen hybridized, Implikatioune clonally an enger nächster Salmiakgeescht Hinnen alleguer an all Pool iwwerlaascht op eng 1/16 vun engem picotiterplate fir sequencing mat der 454 GS FLX Titan Technik. Der Veraarbechtung an huel Vocatioun Fabrikant d'propriétaire Software benotzen (454 Life Sciences Corporation, Branford, CT, USA, Software Versioun 2.0.00 Oktober 2008) déi doraus resultéierend no goufen ausserdeem liest zu der Pre-Uerden sechs huel Tags. Frankräich Haaptrei Analyse vun 454 Technik war standing fir dësen HP mat > isolates; 200-fantastesch Duerchschnëtt Deckung (minimum 59x, maximal 580x). Déi doraus resultéierend contigs sech mat der Gentherapie Haaptrei vun HP Deformatioun 26695 [23] als scaffold versammelt. Mir hunn net substantiell Ënnerscheeder an Qualitéit vun der Wasserstoff tëscht DNA aus cultured Klischee an DNA aus biopsies observéiert. Fir Qualitéitskontroll vun den Daten ze bewäerten Verglach mir 454 sequencing Daten vun der Referenz Deformatioun 26695 an der publizéiert Haaptrei am NCBI Datebank (NC_000915); concordance war iwwer > 99%. Mir och 9 Ledezma Echantillon mat der traditioneller Sanger sequencing Method Nepgen, engem concordance > observéieren;. 99% tëscht Methoden VerfÜgung Sanger sequencing VerfÜgung Den cagA VerfÜgung N-Uschloss (630bp ), C-Uschloss (Positioun 2670-3100) an EPIYA motifs Regioun souwéi cagL VerfÜgung Gentherapie vun de Sanger Method Nepgen huet. D'sequencing Reaktioune waren benotzt BigDyeR Terminator Cycle Kit (Obwuel Biosystems, Foster City, CA, USA) ënnert thermesch Konditiounen als éischt opgeféiert: 96 ° C fir 2 min, an dann 27 Zykle bei 96 ° C fir 30 ass, 54 ° C fir 10 ass a 60 ° C fir 4 min. D'Reaktioun Produiten sech mat 2-propanol Preisen, mat 75% Ethanol gewäsch, an 25 μl Waasser verdënntem an iwwerlaascht op eng Abi Objet 3100 genetesch Organer (Obwuel Biosystems). Primärschoul sequencing Donnéeën sech mat engem sequencing Analyse Programm (Obwuel Biosystems) analyséiert. VerfÜgung Bioinformatic a statisteschen Methoden VerfÜgung eege Message sech automatesch mat der 454 Software ze analyséieren, an Qualitéit stin sech gehéiert. Déi doraus resultéierend sequencing Wasserstoff, aus zwee 454 zu sff Format an Sanger an Abi Format, gouf mat méi Haaptrei Formatioun Software (zB d'Plattform Geneious Software: http://www.geneious.com/) analyséieren, wat alles zu der Zougehéieregkeet zesummebruecht liest selwecht Echantillonen, dann e Message vun all d'Echantillonen sech un eng Referenz Haaptrei an eenzeg Nukleotid schiefgang bestëmmen, wéi och kleng insertions an geläscht identifizéiert goufen. Fir Potential artifacts aus sequencing verhënneren an Varianten ze limitéieren mat klinesch a statistesch sënnvoll Ofstänn, ausgewielt mir Varianten mat eendeiteg Appellen an op d'mannst 10% fir Zifferen observéiert (N = 175) an 20% fir nonsynonymous (N = 206) Varianten vun der ursprénglech getest Echantillonen an Referenzmaterial analyséieren (Total 381). VerfÜgung SAS Versioun 9,2 gouf benotzt fir logit Chance nennen (oDER) an 95% Vertraue nolauschterer (CI) fir gastric Kriibs verbonne mat all Variant souwéi ze berechnen p Devis -values fir Ënnerscheeder zu Variant Ofstänn tëscht gastric Kriibs an gastritis vun der geneeër Test d'Fisher (2-eesäitegen). Bonferroni Korrektur p-Wäerter applizéiert fir verschidde Vergläicher ugepasst fir auszerechnen vun raw p-Wäerter mat 381. VerfÜgung genetesch Verännerlechkeet zu siwen HP cagPAI Genen Partitur VerfÜgung E Resumé vun der genetesch Verännerlechkeet am fonnt siwen Genen ass an Dësch gemellt 2. wéi erwaart, observéiert mer eng héich Ofschloss vun Verännerlechkeet (berechnen wéi d'Zuel vun Siten eng Variant aus dem Ganzen Siten zu engem Gene weist), souwuel bei der DNA an Aminosaier Niveau. D'Nukleotid Verännerlechkeet gounge vun 8,03% am cagV VerfÜgung zu 23,92% vun cagC VerfÜgung, iwwerdeems de Aminosaier Verännerlechkeet Spannen aus 5,69% gounge vun cagT VerfÜgung, weist de klengsten Diplome vun Variant, fir 31,01% vun cagA VerfÜgung. VerfÜgung Mir Verglach d'Ofstänn vun de 381 ausgewielt genetesch Varianten tëscht gastric Kriibs a chronescher gastritis Fäll. Mir sech dann Net-Zifferen (Dësch 3) an Zifferen (Dësch 4) Varianten datt appreciable Differenzen tëscht gastritis a Kriibs Fäll zougedréckt Treffe eent vun de folgenden Kritären, (1) absolute Variant Frequenz tëschent gastritis a Kriibs Gruppen op d'mannst 25% ënnerscheet; (2) abezuelt Frequenz zu gastric Kriibs mannst duebel sou héich wéi zu gastritis an (3) abezuelt Frequenz zu gastritis op d'mannst duebel sou héich wéi zu gastric Kriibs. Twenty-fënnef SNPs (11 Net-Zifferen an 14 Zifferen) erreecht statistesch Differenze (p &Si besteet; 0,05, Figur 1), matzen am cagA VerfÜgung, Cage VerfÜgung, caggamma cagA d'C-Uschloss Regioun (Positiounen 2670 bis 3100) no dem Muster héich ofwiesselnd an de Medeziner isolates war vun der EPIYA motifs (Figur 2). Mir observéiert 524 polymorphic Siten vun deem mir 148 mat de Critèren ausgewielt analyséiert virdru beschriwwen (de komplette Katalog vun cagA VerfÜgung SNPs ass an Zousazpensiounen Fichier S1 gewisen). Spannen, weisen zwee SNPs enger anerer Terrain tëschent gastritis a Kriibs Fäll mat p &Si besteet; 0,05, esouguer wann si wichteg wéinst der grousser Zuel vun Tester net statistesch considéréiert goufen; een en Net-Zifferen SNPs ass (A2033G bestëmmen eng Ännerung Aminosaier T /A, gesitt Dësch 3) an ee Zifferen SNPs (A2547G, gesinn Dësch 4). VerfÜgung D'Analyse vun der EPIYA Regioun confirméiert datt all Message sech vun der Western Typ cagA, dh, ABC (82%), ABCC (13%), ABABC (3%), AABCC (1%) an ABCCC (1%). Mir observéieren rauszesichen eng aner Verdeelung vun dëse cagA Zorte tëscht dem Kriibs an gastritis Fäll (p = 0.2342), detailléiert Resultater sinn an Dësch 5 a Gestalt gewisen 2. Mir observéiert 3 Varianten vun der EPIYA Motiv: eng gastritis Prouf EPIYV Équipe an eng e Motiv, 50% vun B motifs zougedréckt a dem EPIYT abezuelt (nee statistesch verschiddene Verdeelung vun Kriibs an gastritis Fall) an ee C Motiv vun engem Kriibs Fall eng EPLYA Variant gewisen. VerfÜgung Resultater an den anere cag VerfÜgung PAI Genen VerfÜgung genetesch Verännerlechkeet vun cagC Cage VerfÜgung, cagT, cagV VerfÜgung a cag Gamma VerfÜgung gouf vun 454 sequencing évaluéieren a vun c AGL VerfÜgung vun Sanger sequencing. De komplette Katalog vun schiefgang an dëse siwe Genen observéiert ass an Zousazpensiounen Fichier S1 gewisen. VerfÜgung Am cagC VerfÜgung Gene fonnt mir 83 SNPs, 25 vun deenen ausgewielt goufen wéi uewen beschriwwen. Keen vun dësen SNPs zougedréckt engem Ënnerscheed Verdeelung tëschent gastritis a Kriibs Fäll. VerfÜgung An der Cage VerfÜgung Gentherapie mir 308 polymorphic Siten katalogiséiert hunn, 97 vun dësen schiefgang analyséiert goufen. C1039T an T1041G weisen eng statistesch relevant verschiddene Terrain tëschent gastritis a Kriibs Fäll mat p = 9,97 × 10 D'C1039T Variant, wann als eenzeg Ännerung analyséiert, renomméierter däitscher Zeitung eng Aminosaier Ännerung vun lysine zu phenilalanine (codon Ännerung vun CTT zu Eenzelzäitfueren), wobäi d'SNP T1041G op der drëtter Positioun vun der selwechter codon läit a wann als eenzeg Ännerung analyséiert virausgesot et engem Zifferen Variant (codon CTT zu CTG änneren). Allerdéngs, an all d'Echantillonen, datt mer déi zwee Variant alleles analyséiert hunn sech zesummen observéiert, also observéiert mir nëmmen zwou Variant codons (CTT an TTG) déi gerannt fir déi selwecht Aminosaier, lysine. D'T1905C polymorphism ass eng Zifferen Variant am drëtte Positioun vun der GTT codon (Variant codon GTC), déi Coden fir Valine. VerfÜgung Am cagL VerfÜgung Gentherapie mir observéiert 74 schiefgang an 24 vun deem analyséiert goufen, 4 zougedréckt engem Ënnerscheed Verdeelung tëschent Fäll vu Kriibs a gastritis (P &si besteet; 0,05). Zwee vun hinnen waren Net-Zifferen: G166A (aminoacidic Ännerung vun alanine zu threonine) an A172G (aminoacidic Ännerung vun asparagine zu aspartic Seier) an zwou Zifferen:. (A228G an C516T) VerfÜgung An der cagT VerfÜgung Gentherapie analyséiert mir 23 vun den 81 schiefgang observéiert, iwwerdeems an der cagV VerfÜgung Gentherapie mir 11 vun den 61 schiefgang analyséiert, an an zwou Genen keen vun der polymorphism engem Ënnerscheed Verdeelung tëschent gastritis a Kriibs Fäll gewisen. VerfÜgung an der cag Gamma VerfÜgung Gentherapie observéiert mir 111 schiefgang, 53 vun deem sech weider analyséiert a 4 Zifferen (A195TorC, T207A, C264T an A468G) a fënnef Net-Zifferen (A38G, C47G, A200 /201T, A367C an G457A) zougedréckt engem p &Si besteet;. 0,05 fir den Ënnerscheed Verdeelung tëschent gastritis a Kriibs Fäll (Figur 1) VerfÜgung Well seng Entdeckung vun 1996 [25], déi cagPAI, déi de virulence Genen vun HP Häfe, ass wahrscheinlech déi intensiv Deel vun der HP Nepgen studéiert. Den Typ IV secretion System encodes Proteinen, déi zu der Zytoplasma vun der epithelial gastric Zell engem Nol-wëll Struktur ëmklammen HP Form de oncogenic CagA FAQ a peptidoglycans ze sprëtzen. Komponente vun dëser Struktur och e) pilus Voleten, CagC (homologue vun der Agrobacterium tumefaciens VerfÜgung VirB2) den Haaptgrond extracellular Struktur ze grënnen, fir deen den Tipp CagL verbonnen ass mat β-1 integrin zesummekomm; b) Kär komplex Proteinen, CagW (VirB6), CagT (VirB7), CagV (VirB8), CagX (VirB9) an CagY (VirB10) déi am zentrale Kär vun der pilus Form; c) energesche Faktoren Cagβ (VirD4), Cagα (VirB11) an Cage (VirB3 /VirB4), ATPases Energie fir de System méi ze schaffen [26]. An dëser Etude hunn Nepgen mir cagC VerfÜgung ( HP0546 VerfÜgung), cagL VerfÜgung ( HP0539 VerfÜgung) aus der pilus, cagV VerfÜgung ( HP0530 VerfÜgung), cagT VerfÜgung ( HP0533 VerfÜgung), an cag Gamma VerfÜgung ( HP0523 VerfÜgung) aus dem Kär komplex, an Cage VerfÜgung ( HP0544 VerfÜgung) aus der Energieversuergung Enzymen aus HP analyséieren vom gastritis an gastric Kriibs Patienten. Dës Genen huet gewielt well hir Produiten bekannt sinn fir T4SS Funktioun wesentlech ze ginn an e puer sinn virgestallt extracellularly vun H. pylori VerfÜgung (CagA, CagL, CagC) suggeréiert méiglech Interaktioune mat de Provider Zell [27]. VerfÜgung Mir hunn déi klengste Variant probéieren, souwuel bei Nukleotid an aminoacid Niveau, am zentrale Kär T4SS Komponente (CagT , CagV, an Cage; 5,7%, 5,9% an 5,9% aminoacid Variant, bzw.), an déi gréisst Variant vun der ausgesat Komponente: integrin bindend FAQ CagL, extracellular pilus Haaptgrond Komponent CagC an secreted FAQ CagA (12,2%, 23,5% an 31%, aminoacid Variant, bzw.). Dës Resultater Ënnerstëtzung déi genetesch Variant zu cagPAI Komponente haaptsächlech duerch hir Lokalisatioun an der T4SS beaflosst ass, mat héijer Variant zu Proteinen am bakteriell Uewerfläch ausgesat, vläicht als Äntwert op immunological Drock. Spannen, war Cag Gamma eng Ausnam (19.5% aminoacid Variant), dat FAQ proposéiert ass bannent der HP periplasm ze wunnen, wou se als peptidoglycan hydrolase Akten, Ennpunkte der HP baussegt Membran an esou Krisesituatiounen dem T4SS pilus zu der ëffentlecher mëttelfristeg ausstelle [28]. Et ass méiglech, datt Cag Gamma dës Funktioun begéint och als e strukturellen Komponent vun der ausgesat pilus, wou et och iwwert de Provider Zell Membran Akt hätt. VerfÜgung Ënnersich aus Afrika [21], Italien [14], USA [ ,,,0],8] a Brasilien [29] hunn eng Associatioun tëscht geklommener Zuel vu EPIYA C motifs an HP verbonne Krankheeten ugeholl. Ausserdeem, Sicinschi et al. [30] observéiert eng Associatioun tëscht fräi EPIYA C Segmenter an der Präsenz vun gastric precancerous lesions. Am Géigesaz, Studien a Kolumbien [8], [31], Mexico (J. Torres, perséinlech Kommunikatioun), a Korea [32] hunn net esou e Veräin fonnt. An eiser Etude, iwwer 80% vun all Echantillon aus Mexiko an Venezuela sech vun der Zort ABC, a kee Veräin huet evident tëscht gastric Kriibs Werdegang an héijer Zuel vun EPIYA C motifs. Ausserdem, hun d'Wichtegkeet vun Punkt Variatioune vun EPIYA B Motiv fir Aktivitéiten op epithelial Zellen rezent Studien [15] gewisen, observéiert mir véier Net Zifferen Variatioune vun dësem Motiv, mee dës schiefgang rauszesichen eng Associatioun mat gastric Kriibs weisen. VerfÜgung rezenten Etuden hu gemellt wichteg pro-demagogesch a pro-oncogenic Aktivitéite vun CagA déi vun der EPIYA motifs onofhängeg sinn a wat kéint esou wichteg gin fir Krankheet [30]; dëse Conclusiounen konnt de Mangel vun Associatioun vun C motifs mat Kriibs Rapport hei an am fréiere Studien erklären. D'C Uschloss vun CagA FAQ enthält och d'C-begéint Motif déi verschidde Funktiounen ze hun proposéiert gouf: Mediate CagA multimerization an Membran gezielt [33], [34], so mat der kinase Par1b /MARK2 [35], an all deene Aktivitéite sinn CagA-phosphorylation onofhängeg [36]. Allerdéngs, an eiser Etude hu mir net grouss Ënnerscheeder tëscht gastritis an gastric Kriibs, entweder an der Haaptrei oder an der Zuel vun multimerization motifs fannen. VerfÜgung D'C-Uschloss an N-Uschloss Beräicher vun CagA sinn souwuel néideg exploitéieren déi voll Aktivitéit vun der FAQ, obwuel si verschidde Funktiounen. Viru kuerzem huet dat gewisen gouf datt d'N Kappgare vu CagA mat der entholl suppressor openee apoptosis-Spannend FAQ vun p53 (ASPP2) [37]. VerfÜgung D'Präsenz vun all dësen Interaktiounen tëschent CagA an bakteriell a mënschlech Proteinen virschloen, datt et kéint ganz schwéier gin fir d'Bakterie der Palette vun der biologescher Aktivitéit an der Präsenz vun héije Niveau vun Projet'en ze erhalen, déi meescht vun deenen viraussiichtlech Verloscht oder attenuation vun Funktioun huet. VerfÜgung Obwuel cagA Cage VerfÜgung ass eng eenzegaarteg Gentherapie, datt zwee T4SS Voleten, VirB3 (N-Uschloss) an B4 (C-Uschloss) wéi enger Fusioun FAQ [38], an B4 encodes ass de gréisste ATPase ënnert verschiddene T4SS Voleten. Et generéiert Energie fir d'secretion Prozess, also fir Realitéiten br néideg ass [39] an openee mat villen anere T4SS Proteinen dorënner VirB2 [40]. Trotz senger relativ zentrale Lokalisatioun, seng dréien Roll an IL-8 Aféierungs- ass gutt dokumentéiert [41], [42], [43]. Spannen, observéiert mir eng staark association tëscht zwee SNPs (C1039T an T1041G) vun der Cage VerfÜgung an gastric Kriibs, e Gaascht net virdrun an Untersuchungshaft. Dës SNPs sinn op der Plaz een an dräi vun der selwechter codon a mir observéiert ëmmer dësen zwou Variant codons (CTT an TTG), déi fir de selwechten Aminosaier codifiéieren, lysine. Déi Variant codon ass an der homology Domän mat VirB3 vun Agrobacterium VerfÜgung wellkomm. Déi zweet stäerkst Veräin huet an aner Zifferen SNP am Positioun 1905 an an dësem Fall déi zwee méiglech codons sech GTT an GTC, dee Code fir valine fonnt. Et ass fir eng laang Zäit, datt alternativ Zifferen codons sinn net benotzt mat gläiche Ofstänn a Musteren vun codon Uleedung variéieren ënner Naturschutz [44] bekannt ginn. Codon Uleedung ass méi Buergermeeschter zu Genen am héichen Niveau ausgedréckt [45], [46]. D'Benotze vu optimal codons erlaabt, fir méi effizient Notzung vun ribosomes a féiert zu méi séier Taux [47]. Obwuel d'Nepgen vun HP gouf gemellt fir héich ausgedréckt Genen keen codon Westen un enthale [48], Kloster an Tang [49] eng Schold vu senge Politiker am Ausdrock Niveau vun Genen identifizéiert wou TTG codon iwwer d'CTT codon bevirdeelegt ass, wéi och vun de GTC codon iwwer der GTT. Dofir, baséiert op dës Donnéeën kéint mer dat Ënnerscheed zu codon Uleedung spekuléieren kann en Impakt op den Niveau vum Ausdrock vun enger Gentherapie mat enger staarker funktionell Relevanz fir de System T4SS secretion hunn wéi Cage VerfÜgung. VerfÜgung CagL ass eng spezialiséiert pilus FAQ datt zu Photo'en a activéiert integrin α5β1 receptor op gastric epithelial Zellen allem duerch seng arginine-glycine-aspartate (RGD) Motif, adäquate Stellewäert vun der T4SS wéider an Ärer br vun cagA [9], [50 ]. CagL activéiert och de Provider Zell kinases Brennwäit Haftung kinase (FAK) an Src CagA phosphorylation um Site vun Sprëtz ze suergen, hierkommen β1 integrin fir CagA-entschlof Provider Zell motility an elongation néideg ass [51]. CagL vläicht och fir HP-entschlof hypochlorhydria duerch Aktivatioun vun enger disintegrin an metalloprotease 17 a vun NFκB [52] responsabel gin. Vun den zwou cagL VerfÜgung SNPs mir mat gastric Kriibs verbonne war, ass d'A172G SNP (N58D) an der selwechter Positioun zu deem Yeh et al [53] bewisen hunn, datt d'concurrent Präsenz vun tyrosine zu Positioun Aminosaier 58 an glutamic Seier an Positioun 59 (Y58E59) am Verglach mat der Kombinatioun aspartic Seier (D58) an Lysine (K59), induces méi effizient engem Corpus Verréckelung vun gastric integrin α5β1 déi mat gastric carcinogenesis Zesummenhang gouf. Mir hu fest net de tyrosine (Y) Aminosaier zu Positioun 58 an all Prouf, obwuel mir fonnt, datt wwerreeche vun aspartic Seier (D) op dëser Positioun um ënneschten Risiko vun gastric Kriibs am Verglach mat der asparagine (N) wwerreeche. Ausserdeem, observéiert mir de polymorphism zu Aminosaier 59 um ënneschten Frequenz an ouni Ënnerscheed tëschent Kriibs an gastritis Echantillon. VerfÜgung Am virdrun Studien [54] Haaptrei Analyse vun cagGamma VerfÜgung Gentherapie gewisen, datt et Häfe eng typesch SLT Katalysator Beräich tëscht Reschter 33 an 165, deem seng "ES" an "AVGAY" motifs waren ënnert der ortholog Enzymen héich conserved. Mir observéiert fënnef nonsynonymous Varianten mat enger anerer Verdeelung vun Kriibs an gastritis Fäll. Dräi vun deene Plang vun der Katalysator public, awer keen vun hinnen am meeschte conserved Deeler vun der Domän ass. VerfÜgung Obwuel dës Etude Aschränkungen an Echantillonen Gréisst huet, ass et déi gréisst bis elo am Beräich vun der Zuel vun cagPAI Genen fir eng déif leien studéiert analyséiert. E puer Echantillon waren well vun Echec vun Hinnen alleguer amplification verluer, déi un microvariabilities vun HP Haaptrei wéinst kann.
Aféierung VerfÜgung
spontan a Methode VerfÜgung
Venezuela. VerfÜgung
Mexiko. VerfÜgung
a cagL VerfÜgung, goufen ënnersicht keent zu cagC VerfÜgung, cagT VerfÜgung oder cagV VerfÜgung. Mir huelen dann eng Etude-schlau loung vun p = 1,31 × 10
schiefgang an EPIYA Zorte VerfÜgung Diskussioun VerfÜgung
ass de beschte etabléierten cagPAI virulence Bewaacher cagA VerfÜgung Status eleng ass net genuch Medeziner Resultater am héiche Populatiounsschichte ze soe wou d'Majoritéit vun HP sinn cagA VerfÜgung -positive analyséieren. An dësem Kontext, Identifikatioun vun nei HP molekulare virulence lues ze soe Risiko gastric Kriibs wäerten ganz wichteg ginn. Rezent Fortschrëtter an genotyping Methodik erlaabt eis DNA aus gastric biopsies ze benotzen HP Haaptrei microvariabilities ze studéieren, déi an cultured analyséieren studéiert bal ausschliesslech gewiescht. Genotyping vun enger héijer Zuel vu gastric Echantillon erlaabt eis cagPAI genetesch Variant ze erkennen un aner potenziell wichteg T4SS Genen ze erweideren. Dat ass wichteg, well virdrun Studien do hunn haaptsächlech op cagA VerfÜgung an den Déngscht vun anere cagPAI Genen esou lues fir Krankheet Risiko ass seele studéiert. Puer Studien hu fir d'Associatioun vun Präsenz vun cagPAI Genen an Krankheet ausgesinn, a keen hunn studéiert schiefgang zu cagPAI Genen, aner wéi cagA.
Darmbakteriell Profil kann den Darmschued no der Radiotherapie viraussoen
Eng Zort vun Darmbakterien kann de Risiko vum Darmkriibs erhéijen
Antioxidantien an der Diät kënnen de Risiko vum Darmkriibs erhéijen,
Gutt Nouvelle fir IBS Leider wéi d'Fuerscher "Darm Jucken" identifizéieren
Ultraviolet B Liicht ass gutt fir den Darmmikrobiom
Bakterien am Gebuertskanal verbonne mat engem nidderegen Risiko fir Eierstockskriibs
Ulzerativ Kolitis
Ulzerativ Kolitis ass eng Krankheet déi de Colon an de Rektum beaflosst. Et verursaacht Reizung an Entzündung a féiert schlussendlech zu Geschwüren, déi sech an der Fusioun vum Colon entwéckelen. Ulze
Oral Hygiène a Gravitéit vum COVID-19-d'Verbindung
Britesch Fuerscher hunn eng Verbindung fonnt tëscht enger schlechter mëndlecher Hygiène an der Schwéierkraaft vun der COVID-19 Krankheet verursaacht duerch e schwéieren akuten Atmungssyndrom Coronavir
GSK-3 Inhibitoren weisen Versprieche bei der Behandlung vu Coronavirus Infektiounen
Fuerscher an den USA hunn eng nei Approche virgeschloen fir dInfektioun mat Coronavirussen ze behandelen wéi schwéier akut respiratorescht Syndrom Coronavirus 2 (SARS-CoV-2)-den Agent deen Coronavirus