PLoS One: Helicobacter pylori gyomor- Rák és nyombélfekély megmutatása Same filogeográfiai Origin az Andok régióban Colombia

absztrakt katalógusa

Háttér katalógusa

Egy friss jelentés azt mutatja, hogy a filogenetikai származási Helicobacter pylori-összehasonlítás alapján a multi-locus szekvencia tipizálás (MLST) szignifikáns összefüggést mutatott a súlyos gyomorhurut Kolumbiában. Ugyanakkor a potenciális kapcsolatát filogenetikai származási és a klinikai eredmények nem vizsgáltuk, hogy a tanulmány. Ha a filogenetikai származási helyett virulencia faktorok valóban jártak klinikai eredmények azonosítására magas kockázatú populáció gyomorrák Kolumbia lenne viszonylag egyszerű. Ebben a tanulmányban megvizsgáltuk a filogenetikai eredetét törzsek gyomorrák és nyombélfekély betegek élő Bogota, Kolumbia. Katalógusa

Módszerek katalógusa

Mi is 35 gyomorrákos betegek és 31 nyombélfekély páciens, tartják a variáns eredményeket. A genotípusok a cagA katalógusa és vacA katalógusa határoztuk polimeráz láncreakció. A családfa ezen kolumbiai törzsek elemeztük MLST. Bakteriális lakosságának szerkezetét elemeztük Structure szoftver. Katalógusa

Eredmények katalógusa

H. pylori katalógusa törzsek gyomorrák és nyombélfekély betegek voltak szétszórva a filogenetikai fán; így nem találtunk semmilyen különbséget filogenetikai közötti megoszlás a gyomorrák és nyombélfekély törzsek hpEurope csoport Kolumbiában. Hatvanhat törzs, egy kivétellel, sorolták hpEurope függetlenül a cagA katalógusa és vacA katalógusa genotípus és a betegség típusától. Struktúra elemzése kimutatta, hogy a kolumbiai hpEurope törzsek filogenetikai kapcsolatot spanyol törzsek. Katalógusa

Következtetések

A vizsgálat azt mutatta, hogy a filogeográfiai eredetű határozza MLST volt elegendő megkülönböztetésére gyomorrák és nyombélfekély kockázat között hpEurope törzsek az Andok régióban Kolumbiában. A vizsgálat azt is sugallja, hogy hpEurope törzsek Kolumbia elsősorban bevezetett spanyol bevándorlók. Katalógusa

Citation: Shiota S, Suzuki R, Matsuo Y, Miftahussurur M, Tran TTH, Binh TT, et al. (2014) Helicobacter pylori katalógusa gyomor- Rák és nyombélfekély megmutatása Same filogeográfiai Origin az Andok régió Kolumbia. PLoS ONE 9 (8): e105392. doi: 10,1371 /journal.pone.0105392 katalógusa

Szerkesztő: Masaru Katoh, National Cancer Center, Japán katalógusa

Beérkezett: március 7, 2014; Elfogadva: július 23, 2014; Megjelent: augusztus 14, 2014 katalógusa

Copyright: © 2014 Shiota et al. Ez egy nyílt hozzáférésű cikk feltételei szerint terjeszthető a Creative Commons Nevezd meg! Licenc, amely engedélyezi a korlátlan használatát, a forgalmazás és a reprodukció bármilyen adathordozón, feltéve, hogy az eredeti szerző és a forrás jóváírásra. Katalógusa

Az adatok elérhetősége: A szerzők megerősítik, hogy az összes adatot a megállapításokat alátámasztó teljes mértékben hozzáférhető, korlátozás nélkül. Nukleotid szekvencia itt közölt adatok rendelkezésre állnak az DDBJ hozzáférési számok AB923031 a AB923492. Katalógusa

Forrás: Ez a jelentés munkáján alapul részben támogatta támogatást a National Institutes of Health (DK62813) (YY), és a támogatások -in-Aid Tudományos Kutatási Minisztérium Oktatási, Kulturális, Sport, Tudományos és Technológiai (MEXT) Japán (22390085, 22659087, 24406015 és 24659200) (YY), (23790798) (SS) és a Különleges koordinációs alapok támogatása Tudományos és Technológiai a Japán Tudományos és Technológiai Ügynökség (JSF). A finanszírozók nem volt szerepe a tanulmány tervezés, adatgyűjtés és elemzés, döntés, hogy közzéteszi, vagy a készítmény a kézirat. Katalógusa

Érdekütközés: A szerzők kijelentették, hogy nem ellentétes érdekek léteznek. Katalógusa

Bevezető

Helicobacter pylori
egy spirális Gram-negatív baktérium, amely megfertőzi több mint a fele a világ népességének [1]. A transzmissziós mechanizmus a H. pylori katalógusa még nem teljesen tisztázott, de az emberről emberre terjedés orálisan, szájon át vagy széklet-orális úton úgy gondolják, hogy a legvalószínűbb [2]. H. pylori fertőzés katalógusa Ma már elfogadott, hogy kapcsolódik a súlyos gyomorhurut összefüggő betegségek, például a gyomorfekély és a gyomorrák (GC) [1]. A fertőzés marad látens a legtöbb fertőzött betegek, és csak egy kisebbség az egyének H. pylori fertőzés katalógusa valaha a betegség kialakulása [3]. Uemura és mtsai. számolt be, hogy a GC kifejlesztett mintegy 3% H. pylori
-fertőzött betegekben a megfigyelési időszak 10 év, szemben a sem a nem fertőzött betegeknél [4]. Amellett, hogy a fogadó, környezeti és étrendi tényezők, a különbségeket a virulencia H. pylori katalógusa törzsek kapcsolódnak a különböző eredményeit H. pylori fertőzés
. Virulencia tényezői H. pylori katalógusa, mint a cagA, vacA, DUPA, Icea, oipA, katalógusa, és Baba katalógusa, kimutatták, hogy prediktorait súlyos klinikai eredmények [5], [6]. Fontos, hogy a legtöbb ilyen virulencia faktorok kapcsolódnak egymáshoz; cagA katalógusa-pozitív törzsek is rendelkeznek, vacA katalógusa s1 /m1 típusát és azok további szorosan kapcsolódnak a jelenléte a Baba katalógusa és oipA katalógusa "a" status [5]. katalógusa

A genetikai sokféleséget H. pylori
nagyobb, mint a legtöbb más baktériumok [7], és körülbelül 50-szer nagyobb, mint a humán populációban [8]. Emellett gyakori rekombináció különböző H. pylori törzsek katalógusa [9] vezet csak részleges kapcsolódási egyenlőtlenség között polimorf lókusz, amely további információkat populáció genetikai elemzés [10]. A közelmúltban, a genom fajokon belüli H. pylori katalógusa populációk vizsgáltuk a multi-locus szekvencia tipizálás (MLST) módszerrel hét háztartási gének ( ATPA, EFP, mutY, ppa, trpC, UREI, katalógusa, és yphC katalógusa) [10] - [12]. Jelenleg hét lakosság sokat azonosítottak alapuló földrajzi egyesületek, és a következőképpen: hpEurope, hpEastAsia, hpAfrica1, hpAfrica2, hpAsia2, hpNEAfrica és hpSahul [10] - [12]. hpEastAsia gyakori H. pylori katalógusa elszigeteli Kelet-Ázsiából, és lehet osztani a három alcsoportra hspEAsia, hspAmerind és hspMaori. hpEurope tartalmazza szinte az összes H. pylori katalógusa izolált törzsek etnikai európaiak, köztük az emberek országok gyarmatosították az európaiak. H. pylori katalógusa az előrejelzések szerint terjedhetett Kelet-Afrika ugyanebben az időszakban, mint az anatómiailag modern ember (~58,000 évvel ezelőtt), és az is maradt szorosan összefüggő emberi házigazdák azóta [5], [11], [12] .

A életkorra standardizált előfordulási aránya (ASR) GC Kolumbia tűnik, hogy viszonylag magas (13,4 /100.000 lakos), mint a többi dél-amerikai országban (átlag ASR = 10,3 /100.000 lakos) (International Agency for Rákkutató; GLOBOCAN2012, http://globocan.iarc.fr/). Figyelemre méltó, hogy a GC még jellemzőbb a kolumbiai hegyvidéki régió, mint a tengerparton [13], [14]. de Sablet et al. végzett MLST meghatározására filogeográfiai variáció között a hegyvidéki és a part menti régiókban [15]. Érdekes, azt találták, hogy minden cagA katalógusa-pozitív törzsek GC magas kockázatú régiók tartoztak hpEurope, míg hpEurope és hpAfrica1 egymás mellett a GC alacsony kockázatú régiók [15]. Ezen túlmenően, fertőzött egyének hpEurope törzsek H. pylori katalógusa magasabb volt a kórszövettani eredmények, mint a fertőzött hpAfrica1 törzsekkel. Ezek a megfigyelések arra utalnak, hogy a származási filogeográfiai határozza MLST lehet használni, mint egy előrejelzője GC kockázatot. Katalógusa

Ezek a vizsgálatok azonban nem vizsgálta meg a filogenetikai származási szerinti klinikai kimenetelt, és így nem világos, hogy a filogenetikai származási valóban jár a klinikai eredmények Kolumbiában. Ebben a tanulmányban megvizsgáltuk a filogenetikai származását H. pylori katalógusa törzsek GC és nyombélfekély (DU) beteg él Bogotában, a főváros és a legnagyobb város található, az Andok régió Kolumbia. katalógusa

Anyagok és módszerek katalógusa

A betegek

H. pylori
törzseket kaptuk a gyomor nyálkahártyájának az H. pylori katalógusa-fertőzött betegek kolumbiai GC és DU átesett endoszkópos Universidad Nacional de Colombia, Bogota, Kolumbia. GC és DU azonosítottak endoszkópia, és GC alátámasztotta kórszövettani [16]. Betegeknél, akiknek kórtörténetében gyomor részleges reszekció kizárták. Írásos beleegyezését adta az összes résztvevő, és a protokollt jóváhagyta az etikai bizottság Universidad Nacional de Colombia. Katalógusa

izolálása és genotipizálását H. pylori Matton

antrális biopsziás mintákat kaptunk a izolálására H. pylori
standard tenyésztési eljárások a korábban leírt [17]. H. pylori
DNS-t extraháltunk konfluens lemez kultúrák expandált egyetlen kolónia egy kereskedelemben kapható készlet (Qiagen, Valencia, CA). Az állapot a cagA
határoztuk meg polimeráz-láncreakcióval (PCR) a konzervált régió cagA
és a közvetlen szekvenálás segítségével primer pár cagTF; 5'-ACC CTA GTC GGT AAT GGG-3 'és cagTR; 5'-GCT TTA GCT TCT GAY ACY GC-3 '(Y = C vagy T), amelynek célja a 3' ismétlés régió cagA katalógusa, a korábban leírtak szerint [18]. A PCR körülményei a következők voltak kezdeti denaturálás 5 perc, 95 ° C-on, 35 amplifikációs lépés (95 ° C-on 30 s, 56 ° C-on 30 másodpercig és 72 ° C-on 30 s), és egy végső extenziós ciklus 7 percen át 72 ° C-on, Blend Taq DNS-polimeráz (TOYOBO, Osaka, Japán). Az a tény, cagA katalógusa megerősítette jelenlétét cagA katalógusa üres hely, a leírtak szerint [19]. A PCR-termékeket tisztítottuk, a QIAquick Purification Kit (QIAGEN) a gyártó utasításai szerint. Az amplifikált fragmenst kimutatható elektroforézissel 1,5% -os agaróz gélen, amelyet ezt követően etidium-bromiddal festjük, és láthatóvá tettük segítségével ultraibolya transz-megvilágító.

vacA
genotipizálás (S1, S2, M1 , és m2) végeztük a korábban leírtak szerint [20], [21]. Primereket a jel régió kaptunk, 259 bp és 286 bp méretű fragmenst Az S1 és S2 variánsok, ill. Alapozók a középső régióban engedett egy 570 bp és 645 bp fragmentum az m1 és m2 változatok, ill. Katalógusa

filogenetikai vizsgálata H. pylori
törzsek

MLST a hét háztartási gének ( ATPA, EFP, mutY, PPA, trpC, UREI, yphC
) határoztuk meg PCR-alapú szekvenálási a korábban leírtak [7 ], [22]. Közvetlen DNS-szekvenálást végeztünk egy AB 3130 Genetic Analyzer (Applied Biosystems, Foster City, CA) alkalmazásával a gyártó utasításai szerint. Építése a filogenetikai fa alapú MLST genotípusok szekvenciája adatállományok a 7 háztartási gének a hpAfrica2, hpAfrica1, hpNEAfrica, hpEurope, hpSahul, hpAsia2, hspMaori, hspAmerind és hspEAsia törzs (60, 181, 61, 566, 49, 17 , 80, 18, és 177 törzsek, illetve 1209 törzsek összesen) kaptuk a PubMLST adatbázis (http://pubmlst.org/). Ezek sorrendben adatállományok egyesítjük adatainkat a 66 kolumbiai törzsek. Szomszéd csatlakozás fákat által épített MEGA 5,0-Kimura-2 paraméter [23]. Katalógusa

A népesség szerkezete elemzése H. pylori törzsek katalógusa

Elemeztük baktérium populáció szerkezete, szerkezet (v.2.3.2) szoftver [24]. Markov Chain Monte Carlo (MCMC) szimulációját struktúra fut a keverékben modell burn-in 20.000, majd 30.000 ismétléseket minden távon. Száma kísérleti populációk (K) állítottuk 7-10 és 5 fut végeztek az egyes K. katalógusa

A nukleotid-szekvencia katalógusa

A nukleotid-szekvencia itt közölt adatok rendelkezésre állnak az DDBJ hozzáférési számok AB923031 a AB923492. katalógusa

Eredmények katalógusa

Mi is 35 GC betegek és 31 DU betegeknél. Az izolált törzsek GC bevont betegek 24 cagA katalógusa-pozitív és 11 cagA
-kizáró. Huszonkilenc voltak vacA katalógusa s1m1 genotípus és 6 vacA katalógusa s2m2 genotípus. Minden 24 cagA katalógusa-pozitív törzsek GC szerint a vacA katalógusa s1m1 genotípus. 31 törzsek DU betegek 22 törzs cagA katalógusa-pozitív és a maradék 9-et cagA
-kizáró. A vacA katalógusa s1m1 genotípus találtak 16 törzset, vacA katalógusa s1m2 5 törzs, és a vacA katalógusa s2m2 10 törzs. Közül 22 cagA katalógusa-pozitív törzsek DU betegek 14 törzs rendelkezett a vacA katalógusa s1m1 genotípus. Öt törzset s1m2 illetve a fennmaradó 3 törzsek s2m2. Katalógusa

A lakosság típusú 35 izolált törzsek betegek GC és a 31 DU elemeztük MLST. A filogenetikai fa 66 kolumbiai törzsek alapuló MLST-szekvenciák és típusok betegség 1. ábrán mutatjuk be a GC és a Du törzseket szétszóródtak a MLST fa; így, mi nem találtunk különbséget filogenetikai közötti megoszlás GC és DU törzsek. A 2A ábra mutatja a cagA katalógusa állapotát a törzsek az MLST fa. Törzsek cagA katalógusa-pozitív és cagA
-kizáró nem osztható egyértelműen, bár cagA katalógusa -kizáró törzseket viszonylag csoportosulnak az azonos ág. 2B ábra mutatja vacA katalógusa típusú törzsek ugyanazon MLST fa. Tizenhat vacA katalógusa s2m2 törzseket fürtözött egy al-ág és két s1m2 és hat s1m1 törzsek. A fennmaradó három vacA katalógusa s1m2 törzseket között található 39 vacA katalógusa s1m1 törzsek. Katalógusa

Továbbá, létrehoztunk egy filogenetikai fa alapú MLST szekvencia 66 kolumbiai törzsek és 1209 referencia törzsek hpAfrica2, hpAfrica1, hpNEAfrica, hpEurope, hpSahul, hpAsia2, hspMaori, hspAmerind, és hspEAsia, letétbe helyezett pubMLST adatbázisban (60, 181, 61, 566, 49, 17, 80, 18, és 177 törzsek, sorrendben) ( 3. ábra). Között 66 kolumbiai törzsek csak egy cagA katalógusa-pozitív törzs között található alágazathoz hpAfrica1. A fennmaradó 65 törzseket szétszórt hpEurope alágazatok, függetlenül attól, hogy milyen típusú betegség. Így nincs összefüggés volt megfigyelhető az elágazás a filogenetikai fa és klinikai eredmények. Katalógusa

Annak vizsgálatára, a népesség szerkezete a kolumbiai törzsek végeztünk populáció analízis Structure szoftver [24]. Az elemzés azt használják ugyanazt a 1257 törzs (1209 referencia törzs és 66 kolumbiai törzsek), hogy használták az MLST filogenetikai elemzés. SZERKEZET szoftver végzi MCMC szimuláció minősítette az egyének egy adott számú populációk (K). Egy adott K, szerkezete határozza meg K ​​lakosság alkatrészek és képviseli őket a K színek használatával egy szín képviseli az egyik populáció komponenst. Végeztünk struktúra elemzése beállításával K 7-10 és végrehajtott szimulációk ötször minden egyes K. A 4. ábra mutatja az eredményeket a K = 9 és 10, amelynek utólagos valószínűség a legjobb az öt fut (a legvalószínűbb eredmények). Minden függőleges vonal oszlopdiagrammokban jelenti az egyik törzs és a színek egy sor jelzi populációkat, amelyekkel a törzs tagjai. Hossza a színeket egy sorban vannak arányos a valószínűsége, hogy a törzs tartozik minden populációban. Mivel a hpEurope csoport elegyített több származású, ez a csoport mutatja összetett színek. Katalógusa

Az eredmény a K = 7, a kolumbiai törzsek megmutatta közös színekben hpEurope törzsek (4A). Amikor K volt állítva 10, a kolumbiai és számos hpEurope törzsek bemutatott egy másik színt másoktól, ami egy populáció specifikus komponens ezeket a törzseket (világoszöld rúd csillaggal jelölt ábrán 4B). Ez azt jelenti, hogy ezek a törzsek az alapvető hasonlóságot európai törzsek, de különböznek másoktól, ha részletesen megvizsgálni. A 4C egy nagyítást a kolumbiai törzsek. A rudak igazítva balról jobbra csökkenő sorrendben a világoszöld komponens. cagA katalógusa típusok és betegségek jelennek érdemjeggyel sáv alatti táblázatot. Mivel ez a szám azt mutatja, cagA katalógusa -kizáró törzsek gyakori jobb szélén. Míg a legtöbb kolumbiai törzsek adott komponenst és /vagy közös lakosság komponens hpEurope, egy törzs magasabb volt hasonlóságot hpAfrica1 (4C, a bár a háromszöggel jelölt). Ez a törzs megegyezik az, hogy tartozik a hpAfrica1 alágazat az MLST filogenetikai fát (3. ábra). Katalógusa

Az átvett adat PubMLST, szedtünk 63 hpEurope törzsek, amely tartalmazta a világoszöld lakosság összetevő 10% -os vagy magasabb, és kutatott a mintavétel helye. Huszonöt törzset izoláltunk Kolumbia, bár sorolták hpEurope 19 volt a spanyol, 4 volt a venezuelai, és mások a különböző országok (táblázat S1). Katalógusa

Vita katalógusa

Host , környezeti és étrendi tényezők, valamint a különbségek H. pylori katalógusa törzsek kapcsolódnak a különböző eredményeit H. pylori fertőzés
. Általában a eloszlása ​​az előfordulási gyakorisága a GC szorosan kapcsolódik ezekhez a H. pylori katalógusa csoportok által meghatározott populáció analízis alapján MLST [25]. A magas előfordulási GC találtak azokban a régiókban, ahol hpEastAsia törzsek érvényesülnek (különösen hspEAsia). Azonban az előfordulási GC nagyon alacsony Afrikában, ahol a legtöbb törzs hpNEAfrica, hpAfrica1 vagy hpAfrica2, és Dél-Ázsiában, ahol a legtöbb törzs hpAsia2. Összességében az alacsony előfordulási gyomorrák az afrikai és dél-ázsiai országokban lehet a magyarázata, legalábbis részben, a különböző genotípusok H. pylori
keringő különböző földrajzi területeken. Érdekes módon, a közelmúltban jelentést cagA katalógusa-pozitív törzsek Kolumbiában azt mutatta, hogy minden törzs a magas kockázatú régiók GC tartoznak hpEurope, míg hpEurope és hpAfrica1 törzsek egymás mellett az alacsony kockázatú régiók [15]. Ezen túlmenően, fertőzött egyének hpEurope törzsek H. pylori katalógusa magasabb volt a kórszövettani eredmények, mint a fertőzött hpAfrica1 törzsekkel. A szerzők arra a következtetésre jutott, hogy a különbség a baktérium populációk lehet használni, mint egy előrejelzője GC kockázatot. Katalógusa

Ebben a tanulmányban szereplő H. pylori katalógusa izolált törzsek kolumbiai betegek GC és DU de nem gyomorhurut. A betegek csak gyomorhurut idején endoszkópia alakulhat DU és GC az élet későbbi szakaszában; fordítva, DU betegek ritkán alakul GC életükben [4], [26]. Ezért, bár a H. pylori fertőzés katalógusa elősegíti a két GC és DU, GC és DU tartják a variáns eredményeket. Ebben a tanulmányban nem találtak különbséget a filogenetikai csoportok között GC és DU törzsek. A kolumbiai törzsek tartozónak hpEurope, kivéve egy hpAfrica1 törzs. Bár kolumbiai törzseket osztva alágazatok a filogenetikai fákat, nem volt összefüggés az ágak között, és a betegségek (1. és 3. ábrán). Ezért a topológia a MLST fa nem jár a marker, hogy értékelje a GC és DU kockázata hpEurope törzsek Kolumbiában. Sőt, még a tanulmány által végzett de Sablet et al., Minden cagA katalógusa -kizáró törzseket is tartozónak tekintik hpEurope [15]. Megállapították, hogy a fertőzött egyének cagA katalógusa -kizáró törzsek nagyon alacsony volt a kórszövettani eredmények; Ezért hpEurope törzsek jelenléte nélkül cagA
kisebb lehet virulens. Emellett azt korábban jeleztük, hogy a törzsek több mint három ismétlődő régiót a 3 'régió cagA
voltak szignifikánsan magasabb pontszámot gyomornyálkahártya atrófia és intesztinális metaplázia, mint azok a kevesebb ismétlődő régiókban Kolumbia [20 ]. Prevalenciája törzsek több mint három ismétlődő régiókban magasabb volt GC mint DU [20]. Így a cagA katalógusa helyett a típus filogeográfiai eredetű lehet jobb előrejelzője a GC az hpEurope törzsek [27]. Katalógusa

Korábban már megállapította, hogy bár OipA és CAG katalógusa PAI kapcsolódnak, csak OipA független kockázati tényezője DU [28]. OipA cagA katalógusa-pozitív törzsek hozzájárulhat filogeográfiai variáció által meghatározott MLST elemzés. Ezen kívül, azt jelentette, hogy jhp0045 katalógusa és jhp0046 katalógusa szignifikáns összefüggést mutattak a GC cagA katalógusa-pozitív törzsek Kolumbia [29]. Továbbá azt jelentette, hogy fertőzések DUPA katalógusa-pozitív törzsek fokozott a kockázata DU de voltak véd GC Kolumbia [30]. Ezért az állapotát más virulencia faktorok lehetnek összefüggésben lehet a filogenetikai fa nyert végző MLST [5]. Közötti kapcsolatok fejlődéstörténetét háztartási gének és CAG katalógusa PAI törzsfejlődés számoltak [31]. A fejlődéstörténetét leginkább CAG katalógusa PAI gének hasonló volt az MLST, jelezve, hogy CAG katalógusa PAI valószínűleg szerezte csak egyszer H. pylori katalógusa, és a genetikai sokféleség tükrözi az izolációs távolság, amely formálta ezt baktériumfaj hiszen a modern ember vándorolt ​​ki az Afrika [31]. A jelen vizsgálatban a filogenetikai fán alapuló MLST nem korrelált a típusú cagA katalógusa vagy vacA katalógusa, bár törzsek cagA katalógusa -kizáró vagy vacA katalógusa s2m2 genotípusok viszonylag csoportosulnak. Csak egy törzs tartozott hpAfrica1, és ez a törzs rendelkezett cagA katalógusa, ami arra utal, hogy a cagA katalógusa és vacA katalógusa genotípus nem meghatározó tényező filogenetikai származási alapuló MLST az Andok régió Kolumbia. Ugyanakkor azt korábban beszámolt arról, hogy a cagA katalógusa típusú járt filogenetikai klaszter Okinawa, Japán [22], [27]. Törzsek Okinawa osztottuk 3 alcsoportra és egy adalék csoport által befolyásolt nyugati törzsek. A filogeográfiai topológia és alcsoportok szignifikáns összefüggést mutattak a klinikai eredmények; azonban a különbség filogeográfiai topológia volt köszönhető, hogy a státusza cagA katalógusa (kelet-ázsiai típusú, nyugati típusú cagA katalógusa, és cagA katalógusa -kizáró) és vacA katalógusa (M1 vagy m2) a populációk. GC volt elterjedt a klaszter, amely többnyire kelet-ázsiai típusú cagA katalógusa törzsek. Az eredmények azt mutatták, hogy MLST prevalenciája GC minden csoportban nem különbözött, ha csak a nyugati típusú cagA katalógusa törzsek vagy cagA katalógusa -kizáró törzseket használják [27]. Így filogeográfiai eredetű működhet zavaró tényező előrejelzésében virulenciatényezők de nem betegség kimenetelét (pl a hspEAsia, a legtöbb cagA katalógusa-pozitív, vacA katalógusa s1 /m1 típus, Baba
-pozitív és oipA katalógusa "on" állapot). Egy nemrégiben készült tanulmány, nem csak a H. pylori katalógusa származású hanem Koevolúció között az emberi és a H. pylori
találták, hogy a legjobb előrejelzője prekancerózus [32]. További vizsgálatok szükségesek, hogy erősítse a kapcsolatot az ősi eredetét H. pylori
függetlenül virulenciatényezők és klinikai eredmények. katalógusa

Ebben a tanulmányban szereplő a meszticek betegek főként élő Bogota város található, amely a hegyvidéki területen (2600 m tengerszint feletti magasságban). Ez a terület általában által lakott meszticek kevert populáció, akik leszármazottai bennszülött amerikaiak (indián) és az Európai ember nyúlik a spanyol gyarmatosítás időszakban [33]. Indián Feltételezik fertőződött eredetileg hspAmerind törzsek tartozó szubpopuláció hpEastAsia [10]. Ezért várható, hogy H. pylori
izolált meszticek kiírja, vegyes típusú hpEurope és hspAmerind. Érdekes, hogy minden olyan esetben, de az egyik vizsgálatunkban fertőződött meg hpEurope törzsek, összhangban a korábbi tanulmány [15]. Struktúra elemzése során kiderült, hogy több törzsek hpEurope mutatott mozaikos; Ezek azonban nem voltak keveréke hpEurope és hspAmerind. Ez a megfigyelés alátámasztja azt a feltételezést, hogy a hpEurope törzsek rendelkeznek kompetitív előnyt bennszülött törzsek hspAmerind korábban leírtak szerint [34], [35]. Meglepő módon, a korábbi vizsgálat azt mutatta, hogy még 16 izolált törzsek Huitoto, egy primitív, elszigetelt csoport él a amazóniai dzsungel Kolumbia, 4 törzset fertőzött hspAmerind, míg a fennmaradó 12 volt hpEurope törzs [12]. Ezen kívül, azt találtuk, hogy számos indián törzs Kolumbia rendelkezett nyugati típusú cagA katalógusa de nem kelet-ázsiai típusú cagA katalógusa [36]. Továbbra sem világos, hogy miért a legtöbb indián H. pylori katalógusa törzsek genotípusok jellemző törzsek a nyugati országok még területek, ahol a nyugati befolyás úgy tűnik, hogy minimális volt. hpEurope helyett hspAmerind törzsek, esetleg könnyen alkalmazkodik a környezeti feltételek és a szelektív nyomására a gazda. Két hipotézist, amelyek közül az egyik törzs a verseny, a másik törzs felforgatás transzformációval, ajánlottak oka az elmozdulás a hspAmerind által hpEurope [34]. A további vizsgálat lesz szükséges meghatározni a mechanizmus (ok) felel a in vivo katalógusa veszteség az indián törzsek, ha versenyben óvilági törzsekkel. Érdekes módon azt találtuk, hogy számos kolumbiai törzs mutatott specifikus népesség összetevő, és ez a komponens a megosztott nemcsak a többi dél-amerikai törzsek, hanem a spanyol törzsek letétbe PubMLST. A város Bogota, 1538-ban alapított, egyike lett a legfontosabb közigazgatási központja a spanyol birtokok az Újvilágban (együtt Lima és Mexico City) [33]. Eredményeink szerint hpEurope törzsek Kolumbia vezették főként spanyol bevándorlók. Népesség tipizálása H. pylori katalógusa hasznos eszköz térképészeti emberi migrációs minták [37]; Valóban, a megállapítások hasznos lehet megvilágítani a mai emberek Dél-Amerikában. Bár MLST elemzés alapján hét háztartási gének arra utal, hogy a legtöbb kolumbiai törzsek váltották hpEurope törzsek emlékei az ősi bennszülött törzsek maradhatott más részein a genomban. Szélesebb körű világszerte és genom szintű felmérések segítségével tovább megérteni a fejlődés és a lakosság szerkezete H. pylori katalógusa.

Egy potenciális korlátja tanulmány érdemes megjegyezni, hogy nem tudott elegendő információt etnikai hovatartozását a betegek, akiket a H. pylori
törzset izoláltunk. Valóban, azt javasolták, hogy a befogadó származású befolyásolhatja a klinikai eredményeket a fent leírt módon [32]. Például gyulladásos citokin gén polimorfizmusok ( Az IL-1 katalógusa géncsoport, A TNF-α katalógusa, Az IL-10-katalógusa, és IL-8 katalógusa ) leírták, hogy korrelál a GC [38] - [43]. Továbbá, a családban a GC kimutatták, hogy hozzájárulnak a klinikai eredmények [44]. Ezen kívül más H. pylori katalógusa virulencia faktorok, ez az információ hasznos lehet megkülönböztetésére GC és DU kockázatot. További vizsgálatok szükségesek, hogy tisztázzák a szövetség között H. pylori katalógusa genotípus és a betegség kimenetelét. katalógusa

Következtetés

A vizsgálat feltárta, hogy a filogeográfiai eredetű MLST nem volt elegendő ahhoz, hogy különbséget tesz a GC és DU kockázat az Andok régióban Kolumbiában. A filogenetikai elemzés, beleértve virulencia tényezői H. pylori katalógusa lehet szükség, hogy pontosabban meghatározzák a klinikai kimenetelt. Továbbá, a mi elemzés azt is sugallja, hogy hpEurope törzsek Kolumbia vezették elsősorban spanyol bevándorlók és genotípus nem befolyásolta indián. Katalógusa

alátámasztó információk katalógusa táblázat S1.
doi: 10,1371 /journal.pone.0105392.s001 katalógusa (DOCX) hotelben

Köszönetnyilvánítás katalógusa

Köszönjük Ms. Miyuki Matsuda kiváló technikai segítségnyújtást. katalógusa