PLoS ONE: Helicobacter pylori od raka želuca i čira dvanaesnika Show Isto Phylogeographic podrijetla u andske regije u Colombia

Sažetak pregled

Pozadina pregled

Nedavno izvješće je pokazalo da je filogenetski podrijetlo Helicobacter pylori
na temelju multi-mjesto slijed tipkanje (MLST) je značajno povezana s težinom gastritisa u Kolumbiji. Međutim, potencijalni odnos između filogenetski podrijetla i kliničkih ishoda nije ispitana u toj studiji. Ako je filogenetski podrijetlo nego čimbenika virulencije uistinu su bili povezani s kliničkim ishodima, identifikaciji populacije s visokim rizikom za rak želuca u Kolumbiji će biti relativno jednostavan. U ovom istraživanju ispitali smo filogenetske porijeklo sojeva od raka želuca i čira dvanaesnika pacijente koji žive u Bogoti u Kolumbiji. Pregled

Metode pregled

Uključili smo 35 pacijenata rak želuca i 31 bolesnika na dvanaesniku, koji se smatraju varijanta ishoda. Genotipovi CagA Netlogu i Vaca pregled određene su metodom lančane reakcije polimerazom. Geneaologiju tih kolumbijski sojeva je analiziran MLST. Bakterijska struktura stanovništva je analiziran pomoću struktura softvera. Pregled

Rezultati

H. pylori pregled sojevi od raka želuca i pacijenata na dvanaesniku su se raspršili u filogenetskom stablu; dakle, nismo otkrili nikakve razlike u filogenetski raspodjele između karcinoma želuca i dvanaesnika sojeva čira na hpEurope skupine u Kolumbiji. Šezdeset i šest sojeva, s jednim izuzetkom, bili su klasificirani kao hpEurope bez obzira na CagA Netlogu i Vaca pregled genotipova i vrsti bolesti. STRUKTURA analiza pokazala je da Kolumbijski sojevi hpEurope imaju filogenetsku vezu sa španjolskim sojeva. Pregled

Zaključci

Naša studija je pokazala da je phylogeographic podrijetlo određuje MLST nije bila dovoljna za razlikovanje između karcinoma želuca i dvanaesnika rizik ulkusne među hpEurope opterećuje u andske regije u Kolumbiji. Naša analiza također upućuje na to da hpEurope sojevi u Kolumbiji su prije svega uvedena od strane španjolskih doseljenika pregled

Izvor:. Shiota S, Suzuki R, Matsuo Y, Miftahussurur M, Tran TTH, Binh TT, et al. (2014) Helicobacter pylori pregled od raka želuca i čira dvanaesnika Prikaži isto Phylogeographic podrijetla u andske regije u Kolumbiji. PLoS ONE 9 (8): e105392. doi: 10,1371 /journal.pone.0105392 pregled

Urednik: Masaru Katoh, National Cancer Center, Japan pregled

Primljeno: 7. ožujka 2014. godine Prihvaćeno: 23. srpnja 2014; Objavljeno: 14. kolovoz 2014 pregled

Copyright: © 2014 Shiota et al. Ovo je otvorenog pristupa članak distribuirati pod uvjetima Creative Commons Imenovanje License, koja omogućuje neograničeno korištenje, distribuciju i reprodukciju u bilo kojem mediju, pod uvjetom da je izvorni autor i izvor su zaslužan pregled

Data Dostupnost:. The autori potvrđuju da su svi podaci na kojima se temelji nalaze u potpunosti na raspolaganju bez ograničenja. Podaci sekvencu nukleotida izvijestili su ovdje dostupni pod DDBJ pristupnim brojevima AB923031 na AB923492 pregled

Financiranje:. Ovaj izvještaj temelji se na radu podržan u sklopu koje subvencija iz National Institutes of Health (DK62813) (GG) i subvencija -u-Potpore za znanstvena istraživanja iz Ministarstva obrazovanja, kulture, športa, znanosti i tehnologije (MEXT) Japana (22390085, 22659087, 24406015 i 24659200) (YY) (23.790.798) (SS) i specijalni koordinacijski Sredstva za promicanje Znanost i tehnologija iz Japana znanosti i tehnologije agencije (JST). U financijeri nisu imali ulogu u studiju dizajna, prikupljanja i analize podataka, Odluka o objavi, ili pripremu rukopisa pregled

U konkurenciji interese.. Autori su izjavili da ne postoje suprotstavljeni interesi pregled

Uvod pregled

Helicobacter pylori pregled je spirala gram-negativna bakterija koja inficira više od polovice svjetskog stanovništva [1]. Mehanizam prijenosa H. pylori pregled nije u potpunosti razjašnjeno, ali čovjeka na čovjeka širenje putem usmene-oralnim ili fekalne-oralnim ruta se smatra da je najvjerojatnije [2]. H. pylori pregled infekcija je sada prihvaćeno da su povezani s teškim bolestima gastritisa povezane, uključujući peptički ulkus i karcinom želuca (GC) [1]. Infekcija ostaje latentan u većini zaraženih bolesnika, a samo manjina osoba s H. pylori pregled infekcija ikad razviti bolest. [3] Uemura et al. izvijestio da je GC razvijen u oko 3% H. pylori
-infected pacijenata tijekom promatranja period od 10 godina, u odnosu na niti jedan od nezaraženih bolesnika [4]. Osim domaćina, okoliš i prehrambenim faktorima, razlike u virulencije H. pylori pregled sojevi su povezani s različitim ishodima H. pylori
infekcije. Čimbenika virulencije za h. pylori pregled, kao što je CagA, Vaca, dupa, ICEA, oipA, pregled i Baba pregled, pokazalo se da su prediktori teških kliničkih ishoda [5], [6]. Važno je da je većina tih čimbenika virulencije su povezani jedni s drugima; CagA pregled pozitivnih sojeva također posjeduju Vaca pregled s1 /M1 tip, a oni su i dalje usko povezani s prisutnošću Baba Netlogu i oipA pregled "na" status [5]. pregled

genetska raznolikost unutar H. pylori pregled je veći od većine drugih bakterija [7], i oko 50 puta veći od ljudske populacije. [8] Osim toga, česte rekombinacija između različitih H. pylori pregled sojevi [9] dovodi do samo djelomično povezivanja neravnoteže između polimorfnih lokusa, koja pruža dodatne informacije za populacijske genetičke analize [10]. Nedavno, genomska raznolikosti u H. pylori pregled populacija ispitana je multi-locus slijed tipkanje metoda (MLST) uz sedam domaćih gena ( atpA, EFP, mutY, PPA, trpC, -ureido, pregled i yphC pregled) [10] - [12]. Trenutno, sedam vrsta stanovništva su identificirani na temelju geografskih udruga i označen kako slijedi: hpEurope, hpEastAsia, hpAfrica1, hpAfrica2, hpAsia2, hpNEAfrica i hpSahul [10] - [12]. hpEastAsia je uobičajeno u H. pylori pregled izolira iz istočne Azije, a može se podijeliti u tri podskupine hspEAsia, hspAmerind i hspMaori. hpEurope obuhvaća gotovo sve H. pylori pregled sojevi izolirani iz etničkih Europljana, uključujući i ljude iz zemalja kolonizirali Europljana. H. pylori pregled predviđa se da će se širiti iz istočne Afrike u istom vremenskom razdoblju kao anatomski modernih ljudi (prije ~58,000 godina), a ostalo je blisko povezana sa svojim ljudskim domaćinima otkad [5], [11], [12] . pregled

dobno standardizirane stope incidencije (ASR) GC u Kolumbiji je izvijestila da se relativno visok (13,4 /100.000 stanovnika) u usporedbi s drugim zemljama Južne Amerike (prosječna ASR = 10,3 /100.000 stanovnika) (Međunarodna agencija za istraživanja na rak; GLOBOCAN2012, http://globocan.iarc.fr/). Naime, GC je češći u kolumbijskoj planinskoj regiji nego na obali [13], [14]. de Sablet et al. obavlja MLST odrediti phylogeographic varijacije između planine i primorskim krajevima [15]. Zanimljivo je da su otkrili da sve CagA pregled pozitivnih sojeva iz GC visokorizičnim područjima pripadala hpEurope, dok hpEurope i hpAfrica1 koegzistiraju u regijama GC niskog rizika [15]. Osim toga, ispitanici zaraženo hpEurope sojevima H. pylori pregled je pokazao veće patohistološke rezultate od onih zaraženih sojevima hpAfrica1. Ta opažanja ukazuju na to da phylogeographic podrijetlo određuje MLST može se koristiti kao prediktor rizika GC. Pregled

Međutim, ove studije nije ispitivao filogenetski podrijetla u skladu s kliničkim ishodima, pa ostaje nejasno da li filogenetskom podrijetla je uistinu povezana s kliničkim ishodima u Kolumbiji. U ovom istraživanju, ispitali smo filogenetsku porijeklo H. pylori pregled sojevi iz GC i dvanaesniku (Du) bolesnika koji žive u Bogoti, glavnom i najvećem gradu koji se nalazi u andske regije u Kolumbiji. pregled

Materijali i metode

Pacijenti

H. pylori pregled sojevi dobiveni su iz želučane sluznice u H. pylori pregled -infected Kolumbijski pacijenti sa GC i DU koji su podvrgnuti endoskopiju na Universidad Nacional de Colombia, Bogota, Kolumbija. GC i DU su identificirani endoskopije, a GC je dodatno potvrdio histopatologijom [16]. bili su isključeni bolesnici s anamnezom djelomičnog želučane resekcije. Pismeni informirani pristanak dobiven je od svih sudionika, a protokol je odobren od strane Etičkog povjerenstva Universidad Nacional de Colombia. Pregled

Izolacija i genotipizacija H. pylori

sekundarnom uzorak biopsije dobivene su za izolaciju H. pylori
koristeći standardne tehnike stanične kulture koji je prethodno opisan [17]. H. pylori pregled DNK izolirana je iz konfluentnih ploča kultura proširena s jednom kolonijom upotrebom komercijalno dostupnog kita (QIAGEN, Valencia, CA). Status CagA pregled određen je lančanom reakcijom polimeraze (PCR) za očuvanih regija CagA Netlogu i za izravno sekvencioniranje pomoću par početnica cagTF; 5'-ACC CTA GTC GGT AAT GGG-3 'i cagTR; 5'-GCT TTA GCT TCT GAY ACY GC-3 '(Y = C ili T), dizajniran u 3' ponavljanja regiji CagA Netlogu, kao što je prethodno opisano [18]. PCR uvjeti su bili inicijalno denaturiranje tijekom 5 min na 95 ° C, 35 korak amplifikacije (95 ° C za 30 s, 56 ° C 30 s, i 72 ° C za 30 s), te završnog produženog ciklus od 7 min na 72 ° C, pomoću mješavina Taq DNA polimeraza (Toyobo, Osaka, Japan). Nepostojanje CagA pregled je potvrdio prisustvo CagA pregled prazna stranica, kao što je prethodno opisano [19]. PCR produkti su pročišćeni s QIAQUICK Purification Kit (Qiagen) prema uputama proizvođača. Pojačani fragment otkriven je elektroforezom u 1,5% agaroznom gelu koji je naknadno obojeni etidij bromida i vizualizirati pomoću ultraljubičastog trans-iluminator. Pregled

Vaca pregled genotipizacija (S1, S2, M1 i m2) je izvedena kao što je ranije opisano [20], [21]. Primeri za signal regiji dala 259 bp i 286 bp fragment za S1 i S2 varijanti, respektivno. Primeri za srednjem području dala je 570 bp i 645 bp fragment za M1 i M2 varijante, odnosno. Pregled

Filogenetski analiza H. pylori pregled sojevi pregled

MLST od domaćih gena sedam ( atpA, EFP, mutY, PPA, trpC, -ureido, yphC pregled) određena je PCR-based sekvencioniranje kako je ranije opisano [7 ], [22]. Izravno sekvenciranje DNA provedeno je pomoću AB 3130 genetski Analyzer (Applied Biosystems, Foster City, CA) prema uputama proizvođača. Za izgradnju filogenetskom stabla na temelju MLST genotipova, slijed skupa podataka od 7 domaćih gena od hpAfrica2, hpAfrica1, hpNEAfrica, hpEurope, hpSahul, hpAsia2, hspMaori, hspAmerind i hspEAsia sojeva (60, 181, 61, 566, 49, 17 , 80, 18 i 177 sojeva, odnosno 1.209 sojevi ukupno) dobivene su iz PubMLST baze (http://pubmlst.org/). Ove slijed skupovima podataka su kombinirane s našim podacima iz 66 kolumbijskih sojeva. Susjed pridružio stabla su konstruirane MEGA 5.0 pomoću Kimura-2 parametara [23]. Pregled

Struktura stanovništva analiza H. pylori pregled sojevi

Analizirali smo bakterijske strukture stanovništva pomoću strukture (v.2.3.2) softver [24]. Markovljev lanac Monte Carlo (MCMC) simulacije strukture su pokrenuti u smjesi model sa burn-in od 20.000, a slijede 30.000 iteracija za svaku vožnju. Broj provizorno populacije (K) osnovana je od 7 do 10 i 5 pokreće pogubljeno za svaki K.

sekvencu nukleotida pregled

nukleotida podaci slijed prikazan ovdje su dostupni pod DDBJ pristupnim brojevima AB923031 da AB923492. pregled

Rezultati pregled

Uključili smo 35 pacijenata GC i 31 du pacijenata. Sojevi izolirani iz GC pacijenata uključenih 24 CagA pregled pozitivnih i 11 CagA
-negativno. Dvadeset i devet su Vaca pregled s1m1 genotipa i 6 su Vaca pregled s2m2 genotip. Sve 24 CagA pregled pozitivnih sojeva GC pokazao Vaca pregled s1m1 genotip. Za 31 sojeva iz DU bolesnika, 22 sojeva su CagA pregled pozitivnih i preostalih devet su CagA
-negativno. Vaca pregled s1m1 genotip je pronađena u 16 sojeva, Vaca pregled s1m2 u 5 sojeva, i Vaca pregled s2m2 u 10 sojeva. Među 22 CagA pregled pozitivnih sojeva iz DU bolesnika, 14 sojevi posjeduju Vaca pregled s1m1 genotip. Pet sojevi su s1m2 a preostala 3 sojevi su s2m2. Pregled

Vrste populacija 35 sojeva izoliranih iz pacijenata sa GC i 31 od Du analizirani su MLST. Filogenetskom drvo 66 kolumbijskih sojeva na temelju MLST sekvenci i vrstama bolesti prikazani su na slici 1. GC i DU sojevi su se raspršili u MLST stablo; dakle, nismo pronašli nikakvu razliku u filogenetski raspodjele između GC i sojeva DU. Slika 2A pokazuje CagA pregled statusa sojeva na MLST stabla. Sojevi s CagA pregled pozitivnih i CagA
-negativno ne može biti podijeljena je jasno, iako je CagA pregled -negativno sojeva relativno grupirani u istoj grani. Slika 2B prikazuje Vaca pregled vrste sojeva na istom MLST stabla. Šesnaest Vaca pregled s2m2 sojevi su grupirani u pod-grane zajedno s dva s1m2 i šest s1m1 sojeva. Preostala tri Vaca pregled s1m2 sojevi su se među 39 Vaca pregled s1m1 sojeva. Pregled

Zatim smo izgradili filogenetsku stablo temelji na MLST sekvenci 66 kolumbijskih sojeva i 1.209 referentni sojevi hpAfrica2, hpAfrica1, hpNEAfrica, hpEurope, hpSahul, hpAsia2, hspMaori, hspAmerind i hspEAsia, pohranjena u pubMLST bazu podataka (60, 181, 61, 566, 49, 17, 80, 18 i 177 sojeva, respektivno) ( slika 3). Među 66 kolumbijskih sojeva, samo jedna CagA pregled pozitivnih soj se nalazi među pod-grana hpAfrica1. Preostalih 65 sojeva su se raspršili među hpEurope poslovnice, bez obzira na vrste bolesti. Dakle, nije zabilježena nikakva veza između grananja filogenetskom stabla i kliničkih ishoda. Pregled

Kako istražiti strukturu populacije kolumbijskim sojeva, proveli smo analizu stanovništva pomoću strukture programa [24]. Za ovu analizu, koristili smo iste 1.257 sojeva (1.209 referentne sojeve i 66 kolumbijske sojeva) koje su korištene za MLST filogenetskom analize. STRUKTURA softver obavlja MCMC simulacije pri razvrstavanju osoba za određeni broj populacije (K). Za danu K, STRUKTURA određuje K komponente populacije i predstavlja ih K boja koriste jednu boju da predstavlja jednu komponentu stanovništva. Izvršili smo analizu strukture postavljanjem K od 7 do 10 i izvršenih simulacija pet puta za svaku K. Slika 4 prikazuje rezultate k = 9 i 10 čiji je stražnji vjerojatnost je najbolji od pet staza (najvjerojatniji rezultati). Svaka vertikalna crta od bar charts predstavlja jednog soja i boje linije ukazuju populacija na koju se soj mogu pripadati. Duljine boje u skladu su proporcionalna vjerojatnosti da je soj pripada svakoj populaciji. Budući da je hpEurope grupa je smjesa više podrijetla, ova grupa pokazuje složene boje. Pregled

U rezultatu k = 7, kolumbijski sojevi pokazali su uobičajene boje s sojeva hpEurope (Slika 4A). Kada je K bio postavljen na 10, kolumbijskim i nekoliko sojeva hpEurope predstavio različite boje od drugih, koji predstavlja komponentu stanovništva specifične za ovih sojeva (svijetlo zelene trake označena sa zvijezdama na slici 4b). To znači da su ovi sojevi imaju osnovnu sličnost s europskim sojevima, ali se razlikuju od drugih, ako ispituje u detalje. Slika 4C je povećanje od kolumbijskim sojeva. Trake su usklađeni s lijeva na desno po redosljedu svijetlo zelene komponente. CagA pregled vrsta i bolesti prikazani su oznake ispod trake grafikona. Kao što je ova brojka prikazuje, CagA pregled -negativno sojevi su bili česti na desnom kraju. Dok je većina kolumbijskim sojeva ima specifičnu komponentu i /ili zajedničku komponentu stanovništva s hpEurope, jedan soj je pokazao veću sličnost s hpAfrica1 (Slika 4C, bar označeni su trokutom). Ova vrsta odgovara onaj koji pripada hpAfrica1 pod-grane u MLST filogenetskom stablu (slika 3). Pregled

U podacima iz PubMLST, pokupili smo 63 sojeva hpEurope koji su sadržavali svjetlo zelenu komponentu stanovništva na 10% ili više, a istraživao njihove lokacije uzorkovanja. Dvadeset i pet sojeva su izolirani iz Kolumbije, iako su bili klasificirani kao hpEurope, 19 su iz Španjolske, četiri su iz Venezuele, a ostali su iz raznih zemalja (tablica S1). Pregled

Rasprava pregled

Host , zaštite okoliša i dijetetski čimbenici, kao i razlike u H. pylori pregled sojevi su povezani s različitim ishodima H. pylori
infekcije. U principu, raspodjela učestalosti GC je usko povezana s njima H. pylori pregled skupina definirana analiza stanovništva temelje se na MLST [25]. Visoka incidencija GC pronađen je u regijama u kojima hpEastAsia sojevi prevladavaju (posebno hspEAsia). Međutim, učestalost GC je vrlo niska u Africi, gdje je većina sojeva su hpNEAfrica, hpAfrica1 ili hpAfrica2, te u Južnoj Aziji, gdje je većina sojeva su hpAsia2. Sve u svemu, niska učestalost raka želuca u afričkim i Južne azijskim zemljama može se objasniti, barem djelomično, od strane različitih genotipova H. pylori
kruži u različitim geografskim područjima. Zanimljivo, nedavno izvješće o CagA pregled pozitivnih sojeva u Kolumbiji pokazuju da svi sojevi iz visoko rizičnih područja GC pripadaju hpEurope, dok hpEurope i hpAfrica1 opterećuje koegzistiraju u regijama s niskim rizikom [15]. Osim toga, ispitanici zaraženo hpEurope sojevima H. pylori pregled je pokazao veće patohistološke rezultate od onih zaraženih sojevima hpAfrica1. Autori su zaključili da je razlika bakterijske populacije može se koristiti kao prediktor rizika GC. Pregled

U ovom istraživanju smo uključeni H. pylori pregled sojevi izolirani iz kolumbijske bolesnika s GC i DU, ali ne i gastritis. Pacijenti sa samo gastritis u vrijeme endoskopije može razviti DU i GC kasnije u životu; s druge strane, DU pacijenti rijetko razviju GC u životu [4], [26]. Stoga, iako H. pylori pregled infekcija potiče razvoj oba GC i DU, GC i DU se smatraju varijanta ishoda. U ovom istraživanju, nismo pronašli nikakvu razliku u filogenetskih skupina između GC i sojeva DU. Naši Kolumbijski sojevi su otkrili da pripadaju hpEurope, osim jednog hpAfrica1 naprezanja. Iako Kolumbijski sojevi su bili podijeljeni u nekoliko pod-grana u filogenetskom stabala, nije bilo korelacije između grana i bolesti (slike 1 i 3). Stoga je topologija MLST stabla ne djeluje kao marker za procjenu GC i DU rizik za hpEurope sojeva u Kolumbiji. U stvari, čak ni u istraživanju koje su proveli de Sablet i dr., Sve CagA pregled -negativno sojevi su također smatra da pripadaju hpEurope [15]. Autori naveo da ispitanici zaraženi CagA pregled -negativno sojevi imala vrlo niske patohistološke rezultate; dakle, hpEurope opterećuje bez prisutnosti CagA pregled može biti manje opasni. Osim toga, što smo ranije izvijestili da sojevi koji imaju više od tri ponavljanja regije 3 'regiona u CagA pregled su povezane sa znatno višim ocjenama za želučane sluznice atrofije i intestinalne metaplazije u odnosu na one s manjim brojem ponavljanja regija u Kolumbiji [20 ]. Prevalencija sojeva s više od tri ponavljanja regijama bila je veća u GC od DU [20]. Tako je Vrsta CagA pregled nego phylogeographic podrijetla može biti bolji prediktor GC za sojeva hpEurope [27]. Pregled

Mi smo ranije otkrili da, iako OipA i CAG pregled PAI povezani, samo OipA je neovisni čimbenik rizika za DU [28]. OipA u CagA pregled pozitivnih sojeva može doprinijeti phylogeographic varijacije odredi MLST analize. Osim toga, izvijestili smo da jhp0045 pregled i jhp0046 pregled značajno su povezane s GC u CagA pregled pozitivnih sojeva u Kolumbiji [29]. Nadalje, izvijestili smo da infekcija s dupa pregled pozitivnih sojeva povećava rizik za DU, ali su kao zaštita od GC u Kolumbiji [30]. Dakle, status drugih čimbenika virulencije može biti povezana s filogenetskom stabla dobivene izvođenjem MLST [5]. Odnosi između filogenije od domaćih gena i CAG
PAI filogenije su izvijestili [31]. Filogenija većine CAG pregled PAI gena bila je slična onoj MLST, što znači da CAG pregled PAI je vjerojatno stekao samo jednom H. pylori pregled, a njegova genetska raznolikost odražava izolacije po udaljenosti koja je u obliku ove bakterijske vrste, jer su moderni ljudi migrirali iz Afrike [31]. U ovom istraživanju, filogenetski stablo temelji na MLST nije povezana s vrstom CagA Netlogu ili Vaca pregled, iako sojeva s CagA pregled -negativno ili Vaca pregled s2m2 genotipova relativno grupirani. Samo jedan soj pripadao hpAfrica1, a taj soj posjedovao CagA pregled, sugerirajući da CagA
i Vaca pregled genotipova nisu bili odlučujući faktori za filogenetskom podrijetla na temelju MLST u Andama regija u Kolumbiji. Međutim, ranije smo izvijestili da je Vrsta CagA pregled je bio povezan s filogenetskom klastera u Okinawa, Japan [22], [27]. Sojevi iz Okinawe su bili podijeljeni u 3 subpopulacija i jedne smjese skupini pod utjecajem zapadnih sojeva. Phylogeographic topologija i subpopulacije su značajno povezane s kliničkim ishodima; Međutim, razlika u phylogeographic topologija je zbog statusa CagA
(East-azijskog tipa, Zapadna tipa CagA pregled i CagA pregled -negativno) i Vaca pregled (m1 ili m2) subpopulacija. GC je više prevladava u klasteru sadrži uglavnom East-Asian tipa CagA
sojeva. Rezultati MLST su pokazali da je učestalost GC u svakoj skupini nije bilo razlike kad zapadnog tipa CagA sojevi
ili CagA pregled -negativno sojevi su se samo [27]. Dakle, phylogeographic podrijetlo može djelovati kao zapanjujuće faktor u predviđanju čimbenika virulencije, ali ne i ishod bolesti (primjerice, u hspEAsia, većina su CagA pregled, pozitivne, Vaca pregled s1 /m1 tip, Baba
pozitivnih i oipA pregled "na" status). U nedavnom istraživanju, ne samo H. pylori pregled, porijeklo, ali i coevolution između čovjeka i H. pylori pregled je pokazao kako je najbolji prediktor prekanceroznih lezija [32]. Daljnja istraživanja su potrebna kako bi potvrdili povezanost između predaka porijekla H. pylori
bez obzira čimbenika virulencije i kliničkih ishoda. pregled

U ovom istraživanju smo uključeni pacijenti mestizos uglavnom žive u Bogota gradu, koji se nalazi u planinskom području (2600 m nadmorske visine). Ovo područje je uglavnom naseljeno mestizos, miješane populacije koji su se spustili s aboridžinskim Amerikanaca (Američkim indijancima) i europskih naroda datiraju iz španjolske kolonizacije razdoblju [33]. Američkim indijancima su pretpostavili da su izvorno zaraženo hspAmerind sojeva koji pripadaju subpopulacija hpEastAsia [10]. Dakle, očekivali smo da H. pylori
izoliran od mestizos će prikazati mješoviti tip hpEurope i hspAmerind. Zanimljivo je da su svi slučajevi, ali onaj u našoj studiji su zaražene sa sojevima hpEurope, u skladu s prethodnom istraživanju [15]. STRUKTURA analiza pokazala je da je nekoliko sojeva s hpEurope pokazala mozaik uzorak; Međutim, oni nisu bili mješavina hpEurope i hspAmerind. Ovo opažanje podupire hipotezu da hpEurope sojevi posjeduju konkurentnu prednost u odnosu na autohtonih sojeva hspAmerind kao što je ranije [34] što je opisano, [35]. Začudo, naša prethodna studija pokazala je da je čak u 16 sojeva izoliranih iz Huitoto, primitivnog, izolirane skupine koja živi u amazonskoj džungli u Kolumbiji, 4 sojevi su zaražene s hspAmerind, dok je preostalih 12 su hpEurope sojeva [12]. Osim toga, otkrili smo da je nekoliko indijanskog sojevi iz Kolumbije posjedovao zapadnog tipa CagA
ali ne i East-Asian tipa CagA pregled [36]. Ostaje nejasno zašto većina indijanskog H. pylori pregled sojevi imaju genotipova tipične sojeva iz zapadnih zemalja, čak i na mjestima gdje se zapadni utjecaj da su minimalni. hpEurope, nego sojeva hspAmerind, može se lako prilagoditi na uvjete okoline i selektivnog pritiska od strane domaćina. Dvije hipoteze, koja se temelji na deformacije konkurencije, a drugi na soja subverziju transformacijom, su predložili kao razloge za izmještanje hspAmerind po hpEurope [34]. Potrebne su daljnje studije bit će potrebno definirati mehanizam (e) odgovorna za in vivo pregled gubitak Američkih indijanaca naprezanja kada je u konkurenciji sa sojevima Starog svijeta. Zanimljivo, našli smo da je nekoliko kolumbijskih sojevi pokazali određenu komponentu stanovništva, a ta komponenta je dijelio ne samo s drugim južnoameričkim sojeva, ali i sa španjolskim sojeva deponiranih u PubMLST. Grad Bogota, osnovan 1538., postao je jedan od glavnih administrativnih centara španjolskih posjeda u Novom svijetu (uz Lima i Mexico City) [33]. Naša analiza sugerira da hpEurope sojevi u Kolumbiji su uvedene uglavnom španjolskih doseljenika. Stanovništvo tipizacija H. pylori pregled je koristan alat za obrasce mapiranje ljudskih migracija [37]; Doista, naši rezultati bi moglo biti korisno da se razjasni onima modernih ljudi u Južnoj Americi. Iako je naša MLST analiza temeljena na sedam domaćih gena ukazuje na to da je većina kolumbijskim sojeva zamijenili su sojevi hpEurope, ostaci predaka aboridžinskim sojeva mogao ostati u drugim dijelovima genoma. Opširnije u svijetu i genoma širom ankete pomoći će nam daljnje razumijevanje evolucije i stanovništvo strukturu H. pylori pregled. pregled

Jedan potencijalni ograničenje naše studije napomenuti je da nismo mogli dobiti dovoljno informacija o nacionalnosti pacijenata od kojih je H. pylori pregled sojevi izolirani su. Doista, to je sugerirao da domaćin preci mogli utjecati na klinički ishod, kao što je gore opisano [32]. Na primjer, upalne polimorfizama gena citokina ( IL-1 pregled gen klastera, TNF-α,
IL-10 pregled i IL-8
) su izvijestili da se u korelaciji s GC [38] - [43]. Nadalje, obiteljska povijest GC je pokazala da doprinesu kliničkim ishodima [44]. Pored drugih H. pylori pregled čimbenika virulencije, ove informacije mogu biti korisne za razlikovanje između GC i DU rizika. Daljnje istraživanje je potrebno razjasniti povezanost H. pylori pregled genotipova i ishoda bolesti. pregled

Zaključak

Naša studija otkrila je da phylogeographic porijeklo od MLST nije bio dovoljan za razlikovanje GC i DU rizika u andske regije u Kolumbiji. Filogenetskog analize, uključujući čimbenika virulencije u H. pylori pregled može biti potrebno preciznije odrediti klinički ishod. Osim toga, naša analiza također sugerira da hpEurope sojevi u Kolumbiji su se upoznali prije svega španjolskih doseljenika i njihove genotip nije bio pod utjecajem Američkim indijancima. Pregled

popratne podatke pregled Tablica S1. pregled doi: 10,1371 /journal.pone.0105392.s001 pregled (docx) pregled

Priznanja

Zahvaljujemo gospođi Miyuki Matsuda za izvrsnu tehničku pomoć pregled.