PHB egy bejelentett onkogén és tumor szupresszor gyomorrákban. Itt azt értékelte, hogy a PHB katalógusa másolatok száma és a rs6917 polimorfizmus befolyásolja a kifejezés a gyomorrák. Down-szabályozás és up-regulációja PHB katalógusa észleltek az értékelt tumorok. Csökkentett expresszió összefügg a tumor differenciálódásának és a rák megindítását. A T allél a rs6917 polimorfizmus csökkentéssel összefüggő PHB katalógusa mRNS szinteket. Sőt, a fel-szabályozása PHB katalógusa tűnt, hogy szabályozza a nyereség további gént példányban. Így PHB katalógusa kópiaszám variáció és differenciált expressziója rs6917 polimorfizmus szerepet játszhat a PHB Citation: Leal MF, Cirilo PDR, Mazzotti TKF , Calcagno dq, Wisnieski F, Demachki S, et al. (2014) Prohibitin Expression deregulációja gyomorrákban nem társult a 3 'le nem fordított terület 1630 C > T polimorfizmusa és kópiaszám variáció. PLoS ONE 9 (5): e98583. doi: 10,1371 /journal.pone.0098583 katalógusa Szerkesztő: Amanda Ewart Toland, Ohio State University Medical Center, Amerikai Egyesült Államok katalógusa Beérkezett: február 17, 2014; Elfogadva: május 5, 2014; Megjelent: 2014. május 30-katalógusa Copyright: © 2014 Leal és mtsai. Ez egy nyílt hozzáférésű cikk feltételei szerint terjeszthető a Creative Commons Nevezd meg! Licenc, amely engedélyezi a korlátlan használatát, a forgalmazás és a reprodukció bármilyen adathordozón, feltéve, hogy az eredeti szerző és a forrás jóváírásra. Katalógusa Forrás: Ez a tanulmány támogatott Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de NIVEL Superior (CAPESP), Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq; RC, MACS és RRB) és Fundacao de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP; MFL, PDRC és DQC ) a támogatásokkal és az ösztöndíj díjat. A finanszírozók nem volt szerepe a tanulmány tervezés, adatgyűjtés és elemzés, döntés, hogy közzéteszi, vagy a készítmény a kézirat. Katalógusa Érdekütközés: RC egy akadémiai szerkesztő PLoS One. A többiek szerzők kijelentették, hogy nem ellentétes érdekek léteznek számukra. Ez nem változtat a szerzők ragaszkodás PLoS One Szerkesztési irányelvek és kritériumok. Katalógusa Bevezető katalógusa A gyomorrák (GC) a negyedik leggyakoribb daganat a második vezető oka a rák összefüggő halálesetek világszerte [1]. Annak ellenére, hogy jelentős előrelépés a tanulmány GC, molekuláris változások résztvevő gyomor karcinogenezis továbbra is ismeretlenek. Katalógusa 17-es kromoszóma egyik leggyakoribb kromoszóma mutató számszerű rendellenességek GC (lásd felülvizsgálata [2]). Csoportunk korábban már beszámolt jelenlétében 17-es kromoszóma aneuploidia, mind nyereség és veszteség, a GC egyének Észak-Brazíliában [3], [4], [5], [6] és az összes GC sejtvonalak létre neopláziákban ebben populációban [7], [8]. Ezért ez a kromoszóma amelyek fontos szerepet játszó gének gyomor kialakulásában. Katalógusa A prohibitin-1 ( PHB katalógusa) gén térképeket a kromoszóma 17q21 locus. Ez a gén egy mindenütt jelenlévő, evolúciósan konzervált fehérje, amely megtalálható a sokféle szervezetek, köztük baktériumok, növények, élesztő, egysejtűek és emlősök [9]. PHB Eredetileg úgy gondolták, hogy központi szerepet játszanak a gátlása a sejtciklus progresszióját. Újabban PHB jellemezte, mint a chaperon részt vesz a stabilizációs a mitokondriális fehérjék; Így PHB szerepet játszik számos celluláris folyamatokat, beleértve a szabályozás a proliferáció, az apoptózis és a gén transzkripció [10]. PHB úgy tűnik, hogy szerepet játszanak a fejlesztés különböző típusú rák. Overexpressziója PHB leírták a rák a méhnyak, nyelőcső, emlő, tüdő, hólyag, pajzsmirigy, a petefészek és prosztata. Ezzel szemben, a csökkentett PHB expressziót figyeltek meg gliómák, és a szomatikus mutációk PHB A szerepe PHB a gyomor karcinogenezis még nem teljesen tisztázott. Egyes korábbi tanulmányok leírt megnövekedett PHB expresszió GC mintákban [15], [16], [17], [18] és a szérum a GC betegeknél [19]. Ugyanakkor más vizsgálatok arról számoltak PHB leszabályozza az ilyen típusú rák [20], [21]. A vizsgálat a szerepet játszó molekuláris mechanizmusok transzkripciós szabályozása PHB katalógusa nyújthat új betekintést szerepét GC és a támogatás az új rákellenes kezelések. Katalógusa Ebben a tanulmányban először értékelni az mRNS és fehérje expressziója PHB GC és kiegyenlített nem neoplasztikus gyomor szöveti mintákat. Ezen túlmenően, a lehetséges összefüggést PHB Anyagok és módszerek katalógusa A szövetminták Negyvennyolc pár GC minták és a megfelelő nem-daganatos gyomor szövetminták (> 5 cm-re a széle a daganat) használunk, hogy értékelje PHB Minden a gyomor vettünk átesett betegek gastrectomián GC meg João de Barros Barreto University Hospital (HUJBB) Észak-Brazíliában. Minden beteg negatív múltbeli expozíció vagy kemoterápia vagy sugárkezelés a műtét előtt, és nem volt együttes előfordulása más diagnosztizált rák. Írásos beleegyezését adta jóváhagyásával az etikai bizottság HUJBB kapunk. Katalógusa rész minden boncolt tumor minta formalinban fixált és paraffinba ágyazott (FFPE). Alosztályai FFPE szövetet festettünk hematoxilin-eozin szövettani kiértékelés vagy használt immunhisztokémiai (IHC) elemzést. További adag minden egyes tumor és párosítva nem neoplasztikus szövet minta került hirtelen lefagyasztottuk folyékony nitrogénben, és -80 ° C-on, amíg nukleinsav tisztítás. Minden a minták szerint osztályozott Laurén [22], és a a tumorokat rendeztek szerint a TNM átmeneti feltételeknek [23]. DNS-t és mRNS-t tisztítása Teljes DNS-t és mRNS-t egyidejűleg izoláltunk gyomor szövetmintákból alkalmazásával AllPrep DNS /RNS /fehérje Kit (Qiagen, Németország) alkalmazásával a gyártó utasításai szerint. A DNS-t és RNS-koncentráció és a minőség alkalmazásával határoztuk meg egy NanoDrop spektrofotométerrel (Kisker, Németország), és az RNS-integritását úgy határoztuk meg, gélelektroforézissel. PHB A paraffin metszeteket vetjük alá IHC . A tumor szöveti metszeteken (3 vagy 4 mm vastag) adunk paraffint xilolban és rehidratált egy fokozatos etanol sorozat. Epitóp visszakeresés végeztük citrát pufferben, pH 6,0, nedves hő egy kukta. Ezután a szövetet metszeteket elsődleges felismerő egér monoklonális ellenanyag PHB (II-14-10, hígítás 1:100; ThermoFisher Scientific, USA). Sites immunreaktivitás tettük láthatóvá alkalmazásával SuperPicture Polymer detektáló reagenskészlet (Invitrogen, USA). A lemezeket nézett fénymikroszkópos egy Nikon Eclipse E600 mikroszkóp (Nikon, USA) ellátott digitális Nikon DSM1200F fényképezőgép (Nikon, USA). A nem festett régió (fehér terület) lett kiválasztva, és állítsa be, mint a háttér. Bármilyen festést kell tekinteni egy pozitív eredmény, függetlenül az intenzitás. A negatív kontrollok, amelyekben a primer antitest váltotta 5% szarvasmarha szérum albumin (BSA) foszfát-pufferelt sóoldattal (PBS), vontunk be minden sorozat, és szakaszok normál humán prosztata szövetet használtunk pozitív kontrollként. PHB katalógusa copy Number katalógusa Hogy értékelje kópiaszám eltérések (CNV), a qPCR eljárással végeztük kvantitatív TaqMan CNV vizsgálatokkal (Life Technologies, USA) az PHB PHB katalógusa Genotyping katalógusa DNS nem-daganatos minták használható a PHB PHB katalógusa allél-specifikus Expression katalógusa Az allél-specifikus expressziót először határozzuk meg szekvenálás. Húsz 40 ng DNS-t vagy cDNS-t alkalmaztuk templátként a PCR-amplifikálással, az alkalmazott primerek PHB A allélikus expressziós szinteket határoztuk meg PeakPicker szoftver [25]. A szoftver arra használták, hogy először végre egy normalizálás lépés, amelyben az SNP allél magasság összehasonlítottuk a magassága referencia csúcsok szegélyező szekvenciákat. Mi korlátozta ezt a normalizálás lépést belül 21-bázis ablakot. Arány értékeket a fenti 1. transzformáltunk, hogy 1 /(arány), hogy átalakítsa az összes értéket, hogy egy 0-1 skála, és az értékeket ezután beállítjuk az átlagos csúcs intenzitás arányok egy referencia DNS-mintát heterozigóta rs6917 polimorfizmus. A genomiális DNS-re heterozigóta (N = 3) és a homozigóta minták (N = 3, a genotípus CC, n = 2, a genotípus TT) alkalmaztunk, hogy érvényesítse a elemzés és megerősíteni a allélikus arányai 50:50 és 0:100, illetőleg. Ezen túlmenően, származó cDNS-szövetminták (tumorális és nem-tumoros példányok) a két vizsgálati alanynál homozigóta a kisebb allél a rs6917 polimorfizmus is alkalmaztunk kontrollként. allélspecifikus PHB katalógusa expressziót is vizsgálták heterozigóta minták RT-qPCR, a korábban leírtak [26]. Egy egyéni TaqMan SNP genotípus-assay PHB katalógusa genotípus generáltunk egy lineáris regressziós görbét log10 fluoreszcencia intenzitásának vs katalógusa log10 allél arányt a hígítási CC és TT genotipizált genom DNS kontroll mintákból (minták közül két homozigóta egyének) több arányok (CC: TT 08:01, 04:01, 02:01, 01:01, 01:02, 01:04, 01:08) RT -qPCR (1a ábra). Az allél aránya génexpressziót által extrapolált a lehallgatott a log10 FAM: VIC intenzitás a standard görbén. ROX (belső referencia festék) és a nem-specifikus FAM és VIC fluoreszcencia normalizálódott minden elemzéseket. Az összes reakció ismétlésben végeztünk. Katalógusa A heterozigóta cDNS mintákat, allél arányok < 0,8 vagy > 1.2 arra utaló jelnek tekintik allél-specifikus expressziót. Katalógusa Statisztikai elemzés katalógusa a mRNS expressziós analízis, először értékelte a feltételezés, hogy az adatok normális eloszlásúak Shapiro-Wilk normalitás vizsgálat megállapítása a megfelelő vizsgálatokat követően a statisztikai összehasonlításokat. A PHB katalógusa mRNS szintek nem normál eloszlást és átalakultak (z-score) elemzésre. Megfigyelések > 2 vagy < -2 tartották kiugró és kizárták az elemzéseket. Párosított t-tesztet végeztünk, hogy összehasonlítsuk az átlagos PHB Eredmények katalógusa PHB katalógusa mRNS expressziója a gyomor daganatai katalógusa PHB katalógusa kifejezés nem különbözött a daganatos és nem daganatos kiegyenlített gyomor minták (0,173 ± 0,255 vs katalógusa 0,227 ± 0,297, P katalógusa = 0,149). Azonban az mRNS-szinteket csökkent legalább 1,5-szeres, 20 (45,5%) mennyiségben a GC minták és növekedett a 9 (20,5%), ha összehasonlítjuk a párosított nem neoplasztikus gyomor szöveti mintákat. Az 1. táblázat azt mutatja, az egyesületek között PHB katalógusa kifejezés és klinikopatológiai jellemzők, valamint a protein immunreaktivitást rs6917 genotípus és gén kópiaszám. Gyengén differenciált bemutatott csökkentett PHB katalógusa kifejezés képest mérsékelten differenciált tumorok ( P katalógusa = 0,029; 1. táblázat). Azonban mindkét gyengén differenciált GC (0,025 ± 0,022 vs katalógusa 0,239 ± 0,303; P katalógusa < 0,001, ANOVA a Games-Howell post-hoc teszt) és közepesen differenciált GC (0,057 ± 0,051 vs katalógusa 0,239 ± 0,303; P katalógusa < 0,001, ANOVA a Games-Howell post-hoc teszt) bemutatott csökkentett PHB katalógusa kifejezés képest nem daganatos gyomor szöveti mintákat. katalógusa csökkentett PHB katalógusa kifejezést jár alacsonyabb invázió ( P katalógusa = 0,002; 1. táblázat), és nincs nyirokcsomó áttét ( p PHB immunreaktivitás Gyomor daganatok katalógusa Protein immunfestődést volt megfigyelhető mind a tumor értékelt minta IHC (2. táblázat). Minden esetben, a PHB immunreaktivitás volt kimutatható neopláziás és nem neopláziás sejtek, beleértve a bél metaplasztikus és a gyulladásos sejtek (2A ábra-H). PHB elsősorban kifejezve a citoplazmában. A festődés intenzitása és a százalékos immunreaktív sejtek változott között a vizsgált esetben (2. táblázat). Minták bemutatása < 80% tumorsejtek PHB immunreakciót mutatott csökkent mRNS expresszió ( P katalógusa = 0,036, 1. táblázat). Katalógusa PHB katalógusa kópiaszám Gyomor Daganatok PHB katalógusa amplifikáltunk 13 38 (34,2%) a tumor, beleértve a 2 minta 4 példányban. Nem tumor bemutatott egy PHB katalógusa törlését. Érdekes, 3 minta, amely bemutatta a kiugró értékek PHB katalógusa mRNS expresszióját is bemutatott génamplifikációt. Ezért, amikor a kiugró értékeket tartalmazza az elemzés, PHB katalógusa kifejezés magasabb volt minták génamplifikáció mint azoknál, akik nem génamplifikáció (medián ± interkvartilis tartomány: 0,344 ± 0,335 vs katalógusa 0.047 ± 0,07; P katalógusa = 0,003, nem parametrikus Mann-Whitney teszt, 3. ábra). PHB katalógusa nyereség társult késői GC képest korai kezdetű GC ( P katalógusa = 0,022; 2. táblázat). Nincs összefüggés a PHB katalógusa másolatok száma és a fehérje immunreakció vagy bármely más klinikopatológiai jellemzők találtak (3. táblázat). Katalógusa PHB katalógusa allél-specifikus Expression katalógusa vizsgáltuk azt is, hogy a jelenléte a minor allél rs6917 járt a génexpresszió dereguláció GC betegeknél. A mi adataink szerint 11 48 betegnél (22,9%) volt heterozigóta és 2 betegnél (4,17%) volt homozigóta minor allél rs6917 polimorfizmus. Minden mintát a T allél bemutatott 2 példányban a PHB Egy pár heterozigóta minták (tumor és nem tumoros) nem volt az elemzéshez használt az allél-specifikus expressziót. A korreláció az allél aránya rs6917 polimorfizmus által meghatározott sorrend és a TaqMan assay volt kimutatható ( P katalógusa = 0,003; r = 0,627). A szekvenálás, mintegy 50% -ában bemutatott differenciális allélikus kifejezés (1C). Azonban a TaqMan esszé azt mutatta, hogy a T és C allél bemutatott differenciális allél expresszióját a legtöbb betegnél (1D ábra). Az eltérés mértéke az expressziós a két allél változtatható az egyének között. A T-ről C allél expresszióját aránya hasonló volt a legtöbb pár tumor és nem-tumor mintákban. Csak egy beteg bemutatott egy magasabb C /T arány mind tumor, mind nem daganatos mintát mindkét esszében. A legtöbb esetben kisebb C /T arány volt kimutatható, függetlenül az alkalmazott módszer (ábrák 1c és 1d). Nem egyesület között eltérés allél expressziója és életkorban alakul ki, vagy bármely más klinikopatológiai változó volt kimutatható. Katalógusa Vita katalógusa PHB tűnik elengedhetetlen a celluláris homeosztázis. A legújabb vizsgálatok arra utaltak, hogy a PHB hathatnak a pro-daganatkelto és anti tumorképző tényező számos sejttípus (lásd felülvizsgálata [10]). A jelen vizsgálatban a fehérje és mRNS expressziós profilok PHB bemutatott egy heterogén minta között tumor mintákban. Bár nem találtunk szignifikáns különbséget a GC és kiegyenlített nem daganatos mintát, azt tapasztaltuk, hogy az mRNS-szint csökkent 1,5-szeresére, 45,5% GC minták és nőtt 20,5% a daganatok. A csökkentett mRNS expresszió volt részben a csökkentett gyakorisággal tumorsejtek bemutató PHB immunreakciót, amely kiemeli a heterogenitás között daganatos sejt klónok. Katalógusa Liu et al. [21] leírt csökkent mRNS expresszió négy gyomor daganatok képest a megfelelő normál szövetekben, ami részben alátámasztja az eredményeinket. Támogatása egy anti-tumorkeltő szerepet, PHB blokkok lépését S fázisba [27]. Ezen túlmenően, a vad-típusú rs6917 PHB tudomásunk szerint néhány vizsgálatokban közötti lehetséges összefüggést PHB katalógusa mRNS szintek és a rs6917 polimorfizmus. Az egyik vizsgálatban, Tang et al. nem volt statisztikailag szignifikáns összefüggést a rs6917 polimorfizmus és az mRNS expresszió limfoblasztoid sejtvonal a HapMap adatbázis [33]. Azonban ezek a szerzők arról számoltak be, hogy a T allél esetén fokozott az emlőrák. A jelen tanulmányban kimutattuk, hogy a jelenléte a T allél rs6917 polimorfizmus csökkentéssel összefüggő PHB katalógusa kifejezést nem daganatos és daganatos sejtek gyomor. A rs6917 polimorfizmus található, a 3'UTR, és jelen van csak izoforma 1. PHB, amely kimutatható volt a jelen tanulmány által cDNS szekvenálása és egy TaqMan assay. 3'UTR tartalmaz több cisz katalógusa - és trans katalógusa -Méret, és ezek a szerkezetek egy széles körű hatása az mRNS transzlációs, a stabilitás és a sejten belüli lokalizációja [34], [35], [36 ]. A T-változat lehetőséget teremt kötőhely a mikroRNS van-miR-1292 és-886-5p (http://snpinfo.niehs.nih.gov/cgi-bin/snpinfo/mirna.cgi?2_rs6917), amely génexpresszió akár mRNS bomlás vagy fordítás. Egyéb mikroRNS korábban társított szabályozása PHB katalógusa kifejezést GC. Liu et al. [21] arról számoltak be, hogy A PHB A mi minták, a legtöbb a heterozigóta betegnél megnövekedett expressziója a T allél összehasonlítva a C allél. A különbség a relatív mRNS szintek a két allél lehet a különbségek eredményeként transzkripció vagy az mRNS stabilitását, és ezek azt mutatják, hogy ez a polimorfizmus bemutatja a cisz az esetleges hatását PHB katalógusa leszabályozza - miatt rs6917 polimorfizmus, például - a GC kockázat egyetért az egyesületek közötti csökkentett PHB katalógusa mRNS és az alacsonyabb invázió, hiányzik a nyirokcsomó-metasztázis és a korai szakaszban GC. Tudomásunk szerint nincs korábbi tanulmány az irodalomban értékelte közötti lehetséges összefüggést PHB katalógusa kifejezés és GC prognosztikai faktorok. Ezek az eredmények arra utalnak, hogy PHB katalógusa leszabályozza szükséges lehet tumor megindítását. Katalógusa Azonban a korábbi proteomikai tanulmány arról számolt be PHB upreguláció a gyomor tumorok [15], [16], [17] . Továbbá, Kang és mtsai. [18] arról számoltak be túltermelése PHB fehérje és mRNS GC (szemben a szomszédos normál gyomor szövetek) az ázsiai egyének. A mi adataink szerint 20,5% a daganatok is bemutatott megnövekedett PHB katalógusa kifejezést. PHB tűnik, hogy szerepet játszanak a sejtproliferációban, adhézió és migráció, és ezért a progresszió malignus transzformáció útján RAS-Raf jelző [37]. Feltételezésünk szerint a megnövekedett PHB katalógusa mRNS szintje szükséges GC progresszióját. Az értékelés az emberi minták segítségével csak a vizsgálat egyetlen időpontban (időpontjában műtéti); így nem tudjuk, hogy értékelje a dinamikus génexpresszió szabályozásában. Azonban PHB katalógusa kifejezés valószínűleg összefügg a sejt kontextus és molekuláris háttere gyomor sejtek. Katalógusa Kang és mtsai. [18] arról számoltak be, hogy a PHB fehérje és mRNS expressziós különböznek mérsékelten és gyengén differenciálódott GC, és hogy csak rosszul differenciált tumorok PHB overexpressziója összehasonlítva nem-neoplasztikus mintákon. A mi adataink szerint néhány tumorokat szerint osztályozott mértékű megkülönböztetést. Azonban azt tapasztaltuk, hogy mind a gyengén és közepesen differenciált tumorok bemutatott csökkentett PHB katalógusa kifejezés, mint a nem-daganatos mintákban és, hogy a PHB katalógusa mRNS szintje alacsonyabb volt a rosszul differenciált tumorok. Ezért, a minták, PHB Ebben a vizsgálatban azt tapasztaltuk, hogy 34,2% a tumorok szerzett példányban PHB katalógusa. Megváltozása 17. kromoszóma összefüggésbe hoztak a tumor progresszióját és malignus potenciál elsődleges GC [38], [39]. Tudomásunk szerint ez az első tanulmány, amely használja a pontos és megbízható technika, hogy értékelje a PHB katalógusa másolatok számának GC mintát. Megfigyeltük összefüggést PHB katalógusa kópiaszám és mRNS szinten, felfedve egy cisz-adagolás hatása a CNV génexpressziós szinten. Ezért az eredmények arra CNV fontos eleme a vezetési downstream PHB katalógusa transzkripciós valamilyen gyomor tumorok. Ez a genetikai mechanizmus, legfőképpen a késői GC, hozzájárulhat a PHB katalógusa szerepet onkogén. Ez az eredmény is kiemelik, hogy több mechanizmus vezethet PHB katalógusa dereguláció GC sejtekben. Katalógusa A növekedés a PHB katalógusa kópiaszám társult késői GC. Klinikopatológiai közötti különbségek korai kezdetű és késői megjelenésű GC leírták [40], [41], [42], azonban keveset tudunk a genetikai változások kapcsolódó korban fellépő GC [2]. Buffart et al. [43] Korábban kimutatták, hogy a fiatal és idős betegek kitett csoportok különböző genomi profilokat. Az erősítést a PHB katalógusa locus kiemeli heterogenitása GC. Katalógusa A legfőbb korlátja E tanulmány a viszonylag kis minta. Ezért néhány statisztikai elemzés csökkentett teljesítmény, észleli a jelentős különbség a csoportok között, valószínűleg a nagy heterogenitás minták közötti. Ezért téves negatív eredmények előfordulhatott. További elemzések továbbra is szükség van, hogy értékelje a szerepe PHB katalógusa a gyomor carcinogenesis és transzkripciós szabályozása. Katalógusa Végeredményben mind leszabályozza és up-szabályozása PHB Köszönetnyilvánítás a szerzők hálásak Sueli Nonogaki Adolfo Lutz (Sao Paulo, SP, Brazília) a technikai segítségnyújtás az immunhisztokémiai elemzések. katalógusa
transzkripciós szabályozása. Katalógusa
észleltek sporadikus emlőrákok [9]. Ezen túlmenően, a funkcionális egypontos nukleotid polimorfizmus (SNP), a PHB
gén, a változó egy citozin egy timin pozíciójában 1630 a 3 'UTR (rs6917), létrehoz egy variáns, amelyből hiányzik az antiproliferatív hatás [11] , [12], és ezt követően lehet növeli a rosszindulatú növekedés. A T allél ezen SNP járt együtt fokozott az emlőrák kockázata [13] és a melanoma [14]. Ezért a szerepe a PHB rákos szaporodását és /vagy elnyomás vitatott maradt. Katalógusa
klinikopatológiai jellemzőit vizsgáltuk. Mert a PHB katalógusa gén található egy kromoszóma régióban gyakran részt vesz a számbeli rendellenességek esetén GC [2], azt is értékelik a PHB katalógusa kópiaszám a tumor mintákban. Sőt, az allél-specifikus expressziója PHB katalógusa mRNS értékelték, hogy vizsgálja meg a viszonylagos transzkripciós egyes allél heterozigóta egyénekben a rs6917 polimorfizmus, mint egy lehetséges mechanizmus vesz részt PHB katalógusa szabályozás. Tudomásunk szerint nincs korábbi tanulmány értékelte PHB katalógusa kópiaszám és allél-specifikus expressziót tumor mintákban. Katalógusa
mRNS expresszióját és az SNP rs6917 genotípus. 38 Ezeknek a GC-minta PHB katalógusa kópiaszám is értékelték. PHB immunreakciót értékelték 12 GC példányok. Katalógusa
PHB Gene Expression
Expression értékeltük reverz transzkripciós kvantitatív polimeráz láncreakció (RT-qPCR). Először is, a komplementer DNS-t (cDNS) alkalmazásával szintetizáltuk egy nagykapacitású cDNS Archive készlettel (Applied Biosystems, Lengyelország), a gyártó protokollja szerint. Valós idejű RT-qPCR analízist QuantiFast SYBR Green Master Mix (Qiagen, német) egy 7500 gyors, valós idejű PCR gép (Applied Biosystems, USA). A következő primereket (150 nM mindegyik) terveztünk RT-qPCR erősítés: PHB katalógusa F5'-GTGTGGTTGGGGAATTCATGTGG-3 'és R5'-CAGGCCAAACTTGCCAATGGAC-3'; ACTB katalógusa F5'-AGAAAATCTGGCACCACA-3 'és R5'-AGAGGCGTACAGGGATAG-3'. Az összes reakció háromszori ismétléssel végeztük, mind a cél-gént, és a belső kontroll ( ACTB katalógusa). PHB katalógusa kifejezés normalizáltuk ACTB katalógusa kifejezést. A rengeteg mRNS expresszió beállítani erősítés hatásfoka ( PHB katalógusa = 99%, ACTB katalógusa = 102%) [24]. Egy nem-neoplasztikus gyomor szöveti mintát jelölték egy kalibrátor minden összekapcsolt tumor kiszámításához relatív mennyiségi (RQ) [24].
PHB Protein Expression
gén (Hs00178432_cn), valamint a belső ellenőrzés P-t katalógusa (Ƹ3326). Multiplex qPCR reakciókat hajtottunk végre négy példányban a gDNS szerint a gyártó protokollja és a kerékpározás körülmények között egy 7500 Fast Real-Time PCR-készüléket (Life Technologies, USA). A relatív kópiaszáma az egyes minták alkalmazásával becsültük Copy hívófél Software v1.0 (Life Technologies, USA). Kereskedelmi emberi gDNAs (G1471 és G1521, Promega, USA) használtunk a kalibráláshoz. Katalógusa
genotipizálás. Az alanyok genotipizálása a rs6917 polimorfizmus az Egyéni TaqMan SNP próbák és primerek (Applied Biosystems, Foster City, CA). A következő primereket és próbákat MGB terveztek allél megkülönböztetés: alapozók F5'-TTGGTCCCTCTCAGATACCCA-3 'és R5'-CCGTGAGAAGGGCAGTCTCT-3'; FAM-jelölt próba 5'-CTGCCAAAGACGTGT-3 '; és minor allél VIC-jelölt próba 5'-CTGCCAAAGATGTGT-3 '. katalógusa
genotipizálás. Mielőtt szekvenálás, a PCR-termékeket elkülönítettük használva 2% -os agaróz gél elektroforézissel, és az adott sávban extraháljuk és tisztítjuk. A szekvenálást végeztünk a forward primer PCR-amplifikációjára alkalmazott és egy BigDye Terminator v3.1 Cycle Sequencing Kit (Applied Biosystems, USA). Szekvenciáló termékek alkalmazásával elkülönítettük ABI 3500 Genetic Analyzer (Applied Biosystems, USA). Néhány a mintákat legalább kétszer, beleértve a különálló RT-PCR és szekvenálási vizsgálatokhoz.
expresszió között nem neoplasztikus és a tumor mintákban. A T-teszt független mintákra és az egyirányú ANOVA a Games-Howell post-hoc tesztet használtunk, hogy értékelje a lehetséges összefüggést PHB katalógusa kifejezés klinikopatológiai jellemzők, fehérje immunreakció, génkópiaszámra genotípus . A Chi-négyzet teszt vagy Fisher-féle egzakt tesztet alkalmaztuk közötti kapcsolat értékelésére PHB katalógusa kópiaszám és az immunreakciót klinikopatológiai tényezők. Pearson-féle korrelációs arra használták, hogy értékelje a lehetséges összefüggés szekvenálás és a TaqMan assay allél-specifikus expressziós analízis. Minden az elemzések, P katalógusa < 0,05 értéket tekintettük szignifikánsnak. Katalógusa
= 0,040; 1. táblázat). Ezen túlmenően, a korai GC bemutatott csökkentett PHB
expressziós összehasonlítva előrehaladott GC ( p
= 0,002; 1. táblázat). Sőt, csak a korai GC bemutatott jelentős csökkenése PHB
mRNS-szinteket összehasonlítjuk a nem-daganatos mintát (0,044 ± 0,027 vs
0,239 ± 0,303, P
< 0.001, ANOVA a Games-Howell post-hoc teszt). katalógusa
gént. A jelenléte a T allél a rs6917 polimorfizmus társított csökkentett PHB
expresszió GC ( p
<0,001; 1. táblázat; 1B ábra), és a nem neoplasztikus mintákat (átlag ± SD: 0,302 ± 0,325 vs katalógusa 0,045 ± 0,043; P &katalógusa 0,001; 1B). katalógusa
3'UTR egyedül képes a sejtciklus-előrehaladását gátolni [11], [28] és a tumor növekedését [12], valamint csökkenti a sejt mobilitás [29]. Továbbá, a PHB szerepet játszik a fenntartásában normális mitokondriális funkció és morfológiája [30]. Azt javasolták, hogy a veszteség mitokondriális PHB expresszió (citoplazmatikus lokalizációt, amint a mi minták) vezethet gyorsított proteolízis a membrán fehérjék és funkciókat károsíthatja a mitokondriális légzési lánc [10]. Korábbi proteomikai vizsgálat azt mutatta, hogy számos résztvevő fehérjék energia metabolizmus utak (mitokondriális diszfunkció, piruvát anyagcserét, az oxidatív foszforiláció, citrát kör, glikolízis /glikoneogenezist) arra szabályozatlan [31], és azt javasolta, hogy prominens mitokondriális funkciókat lehet változtatni, a változó energia termelés GC sejtek és arra utal, a Warburg hatás [32]. katalógusa
szabályozza miR-27a, amely általánosan up-szabályozott GC. A szerzők azt javasolta, hogy a down-regulációja PHB katalógusa ezen mikroRNS megmagyarázhatja, hogy miért elnyomása miR-27a képes gátolni GC sejtek növekedését. Ezen túlmenően, a 3'UTR a PHB
kódol egy antiszensz RNS-t (Gene ENSG00000250186; HAVANA http://www.sanger.ac.uk/). A jelenléte a ritka allél az antiszensz RNS-t lehet módosítani a másodlagos szerkezetet, és csökkenti a kcal /mol, ha összehasonlítjuk a széles típusú szekvencia használatával CLC RNS Workbench 4.0 szoftver (az adatokat nem mutatjuk be). Ezért a rs6917 polimorfizmus vezethet PHB katalógusa leszabályozza az új mikro-RNS célwebhelyet vagy azon keresztül történő szabályozása az antiszensz RNS gyomor sejteket, így hozzájárul a gyomor kialakulásában. Katalógusa
hatást a gyomor sejtekben. Tudomásunk szerint ez az első tanulmány, amely értékeli a differenciál PHB katalógusa allél-specifikus expressziót tumor mintákban. Korábbi tanulmányok azt mutatták, hogy egy PHB
variáns a T allél pozíciójában 1630 in 3'UTR hiányzik antiproliferatív és daganatnövekedés elnyomását képességek in vitro és állatkísérletekben [29]. Ezért a jelenléte a T alléi, különösen, ha azt mutatja emelkedett expressziója képest a C allél okozhatnak, a "szivacs hatás" a poszt-transzkripciós szabályozó, mint például miRNS, és hozzájárul a gyomor-sejt proliferációt, hajlamosító heterozigóta egyének gC.
kifejezés csökkenni látszott az tumor differenciálódásának. További vizsgálatok szükségesek jobb megértéséhez PHB szerepe a differenciálódási folyamat normál és neoplasztikus gyomor sejtekben.
figyelhető meg GC. A csökkentés PHB katalógusa kifejezés úgy tűnik, hogy részt vesz a tumor differenciálódásának folyamatát és a rák megindítását. A T allél PHB katalógusa rs6917 polimorfizmus hozzájárulhat a megfigyelt csökkenése PHB katalógusa mRNS szinteket, és így hozzájárul GC kockázatot. Azonban PHB katalógusa up-reguláció tűnik szabályozza gén kópiaszám. Differenciális expressziója a rs6917 polimorfizmus gyomor minták jelentették először, és ez a változás is szerepet játszhat szabályozásában PHB katalógusa kifejezést. A pleiotróp funkciója PHB katalógusa kiemeli annak szükségességét, hogy további vizsgálatok GC mert tevékenységét a gyomor sejtek valószínűleg szorosan szabályozott, hogy elkerüljék az esetleges káros következményei csökkent vagy fokozott expressziója. Katalógusa
Biztonságos nyers eledellel etetni háziállatokat,
Az apoptózis fontos közvetítője a patogenezisnek az állatok koronavírus -fertőzésében
A cryptosporidiosis súlyosbodik az általánosan használt probiotikumokkal
Új eszköz a bél mikrobiomájának megfejtésére
A vörös hús növényi alapú húsra való cseréje csökkenti a szív- és érrendszeri kockázatot
Allergia, amely a gyors ételfogyasztáshoz kapcsolódik,
A fehérvérsejtek és szerepük az agyban
Egy úttörő tanulmányban nemzetközi kutatók egy csoportja megállapította, hogy az agynak saját házon belüli immunsejtjei vannak, amelyek segítik az agy normális fejlődését és szerepet játszanak bizonyo
Az orális szex bakteriális vaginózist válthat ki
Új tanulmány jelent meg a folyóiratban PLOS biológia felfedte, hogy a különböző mikrobapopulációk elősegíthetik a kórokozók hüvelyi kolonizációját, ami meghosszabbíthatja a bakteriális vaginosis jel
Új eszköz rögzíti és követi a mikrobióma növekedését
Az elmúlt években, az emberi mikrobiom óriási népszerűségre tett szert az egészségének alakításában játszott szerepe miatt. Elengedhetetlen az emberi fejlődéshez, táplálás, és az immunitás. Ezért sok