PLoS ONE: Helicobacter pylori nuo skrandžio vėžio ir dvylikapirštės žarnos opa Rodyti Tas filogeografinėse kilmės Andų regiono Kolumbijoje

Anotacija

Fonas

Neseniai paskelbtame pranešime parodė, kad Filogenetinė kilmė Helicobacter pylori
remiantis kelių locus sekos rašyti (MLST) buvo reikšmingai susijęs su sunkumas gastritas Kolumbijoje. Tačiau, galimas ryšys tarp filogenetycznej kilmės ir klinikinių rezultatų nebuvo išnagrinėta šio tyrimo. Jei Filogenetinė kilmė, o ne virulentiškumo veiksniai buvo tikrai susijęs su klinikiniais rezultatais, nustatyti gyventojus gresia didelis pavojus dėl skrandžio vėžio Kolumbijoje būtų gana paprasta. Šiame tyrime mes išnagrinėjo Filogenetinė kilmę padermių nuo skrandžio vėžio ir dvylikapirštės žarnos opa pacientų, gyvenančių Bogota, Kolumbija.

Metodai

Mes įtraukėme 35 skrandžio vėžiu sergantys pacientai ir 31 dvylikapirštės žarnos opa pacientus, kurie yra laikomi variantas rezultatus. Į CagA
ir genotipai, Vaca
lėmė polimerazės grandinine reakcija. Šių Kolumbijos padermių genealogija buvo analizuojami MLST. Bakterijų populiacijos struktūra buvo analizuojami naudojant struktūros programinę įrangą.

Rezultatai

h. pylori
padermės iš skrandžio vėžio ir dvylikapirštės žarnos opa sergantiems pacientams buvo išsibarsčiusios Filogenetinė medžio; Taigi, mes neaptiko jokio filogenetycznej paskirstymo tarp skrandžio vėžio ir dvylikapirštės žarnos opa padermių į hpEurope grupės Kolumbijoje skirtumą. Šešiasdešimt šeši padermės, išskyrus vieną atvejį, buvo klasifikuojami kaip hpEurope neatsižvelgiant į CagA
ir Vaca
genotipų ir ligos pobūdį. STRUKTŪRA analizė parodė, kad Kolumbijos hpEurope štamai turi filogenetycznej ryšį su Ispanijos padermių.

Išvados

Mūsų tyrimas parodė, kad filogeografinėse kilmė nustatoma pagal MLST buvo nepakankamas atskirti skrandžio vėžio ir dvylikapirštės žarnos opa, rizika susirgti hpEurope padermių Andų regione Kolumbijoje. Mūsų tyrimas taip pat rodo, kad hpEurope padermių Kolumbija pirmiausia buvo įvesta Ispanijos imigrantų

nurodomoji dalis:. Shiota S Suzuki R Macuo Y Miftahussurur M Tran TTH, Binh TT et al. (2014), Helicobacter pylori
iš skrandžio vėžio ir dvylikapirštės žarnos opa Rodyti pačiu filogeografinėse Kilmės Andų regione Kolumbijoje. PLoS ONE 9 (8): e105392. Doi: 10,1371 /journal.pone.0105392

redaktorius: Masaru Katoh, Nacionalinis vėžio centras, Japonija

Įstojo: kovo 7, 2014; Priėmė: Lie 23, 2014 m Paskelbta: 14 rugpjūčio 2014

Visos teisės saugomos: © 2014 Shiota et al. Tai atviros prieigos straipsnis platinama pagal Creative Commons Attribution licencija, kuri leidžia nevaržomai naudotis, paskirstymo ir dauginimąsi bet kokioje laikmenoje sąlygomis, su sąlyga, kad pirmasis autorius ir šaltinis įskaitomos

Duomenų prieinamumas:. autoriai patvirtina, kad visi duomenys, kuriais grindžiamos išvados visiškai prieinama be apribojimų. Nukleotidų sekos duomenų Šioje ataskaitoje yra pateikiamas pagal DDBJ priėjimo numerius AB923031 į AB923492

Finansavimas:. Ši ataskaita grindžiama darbu iš dalies remiamą dotacijų iš Nacionalinių sveikatos institutų (DK62813) (YY), ir dotacijų -in pagalbos moksliniams tyrimams iš švietimo, kultūros, sporto, mokslo ir technologijų (MEXT) Japonijos (22390085, 22659087, 24406015 ir 24659200) (YY) ministerijos (23.790.798) (SS) ir specialieji Koordinavimo fondų skatinimas Mokslas ir technologijos iš Japonijos mokslo ir technologijų agentūros (JST). Į finansuotojai neturėjo vaidmenį studijų dizainas, duomenų rinkimo ir analizės, sprendimų skelbti, ar ruošiant rankraštį

konkuruojančių interesų.. Autoriai pareiškė, kad nėra konkuruojantys interesai egzistuoja

Įvadas

Helicobacter pylori
yra spiralės gramneigiamų bakterijų, kad užkrečia daugiau kaip pusė pasaulio gyventojų [1]. Perdavimo mechanizmas H. pylori
nebuvo visiškai aiški, bet žmogaus iki žmogaus plitimas per Oral-žodžiu arba išmatų-žodžiu maršrutų Manoma, kad labiausiai tikėtinas [2]. h. pylori
infekcija dabar sutiko būti susiję su sunkiais gastritas susijusių ligų, įskaitant pepsinė opa ir skrandžio vėžio (GC) [1]. Infekcija išlieka latentinis į infekuotiems pacientams, kuriems dauguma, o tik asmenims, turintiems H mažuma. pylori
infekcija kada nors sukurti liga [3]. Uemura ir kt. Pranešama, kad GC sukurtą maždaug 3% H. pylori
-infected pacientus per stebėjimo laikotarpį 10 metų, palyginti su nė viena iš sveikų pacientų [4]. Be to surengti, aplinkos ir mitybos faktorių, kad į H virulentiškumo skirtumai. pylori
padermės yra susiję su įvairiais rezultatų H. pylori
infekcija. Virulentiškumo veiksniai H. pylori
, pavyzdžiui, CagA, Vaca, dupa, ICEA, oipA, parsisiųsti ir Baba
, buvo įrodyta, kad būti prognozuoti sunkių klinikinių rezultatų [5], [6]. Svarbiau yra tai, kad dauguma šių virulentiškumo veiksnių yra susiję vienas su kitu; CagA
-positive padermių taip pat turėti Vaca
S1 /m1 tipas ir jie toliau glaudžiai susijęs su Baba
buvimą ir oipA
"On" statusą [5].

genetinė įvairovė H. pylori
yra didesnis nei daugumos kitų bakterijų [7], ir apie 50 kartų didesnis nei žmonių populiacijoje [8]. Be to, dažnai rekombinacija tarp skirtingų H. pylori
atmainos [9] veda tik dalinio šarnyro pusiausvyros sutrikimo polimorfinės loci, kuri suteikia papildomos informacijos apie gyventojų genetinės analizės [10]. Neseniai genomo įvairovė H. pylori
populiacijos buvo išnagrinėti kelių locus sekos rašyti (MLST) metodas, naudojant septynis buityje genus ( atpA, EFP, mutY, PPA, trpC, UREI, parsisiųsti ir yphC
) [10] - [12]. Šiuo metu, buvo nustatytos septynios gyventojų tipai pagal geografinius asociacijų ir vadinamas taip: hpEurope, hpEastAsia, hpAfrica1, hpAfrica2, hpAsia2, hpNEAfrica ir hpSahul [10] - [12]. hpEastAsia yra paplitusi H. pylori
izoliatų iš Rytų Azijos, ir gali būti suskirstyti į tris pogrupius hspEAsia, hspAmerind ir hspMaori. hpEurope apima beveik visą H. pylori
išskirtų iš etninių europiečių, įskaitant žmones iš kitų šalių kolonizuoti europiečių. h. pylori
prognozuojama plisti iš Rytų Afrikos per tą patį laikotarpį, kaip anatomiškai modernūs žmonės (prieš ~58,000 metų), ir išliko artimai susijusi su jų žmogaus visagalis bet kada, nes [5], [11], [12] .

standartizuojami pagal amžių dažnis (ASR) GC Kolumbijoje pranešama, kad gana didelė (13,4 /100000 gyventojų), palyginti su kitų Pietų Amerikos šalių (vidutinė ASR = 10,3 /100.000 gyventojų) (Tarptautinė agentūra vėžio tyrimų; GLOBOCAN2012, http://globocan.iarc.fr/). Pažymėtina, kad GC yra labiau paplitę Kolumbijos kalnų regione, nei ant kranto [13], [14]. de Sablet ir kt. atliekamas MLST nustatyti filogeografinėse variacija tarp kalnų ir pakrančių regionuose [15]. Įdomu tai, kad jie nustatė, kad visi CagA
-positive padermės iš GC didelės rizikos regionuose priklausė hpEurope, o hpEurope ir hpAfrica1 koegzistuoti GC mažos rizikos regionuose [15]. Be to, temos užsikrėtę hpEurope padermių H. pylori
parodė aukštesnius histopatologinių balus nei užsikrėtę hpAfrica1 padermių. Šios pastabos rodo, kad filogeografinėse kilmė nustatoma pagal MLST gali būti naudojamas kaip GC rizikos prognozuoti.

Tačiau šie tyrimai nenagrinėjo filogenetinę kilmę pagal klinikinių rezultatų, todėl lieka neaišku, ar filogenetycznej kilmės yra tikrai susijęs su klinikiniais rezultatais Kolumbijoje. Šiame tyrime mes išnagrinėjo filogenetinė kilmę H. pylori
padermės iš GC ir dvylikapirštės žarnos opa (DU) pacientų, gyvenančių Bogota, kapitalo ir didžiausias miestas įsikūręs Andų regione Kolumbijoje.

Medžiagos ir metodai

Pacientai

h. pylori
kamienai buvo gautas iš skrandžio gleivinę, H. pylori
-infected Kolumbijos pacientams, sergantiems GC ir DU, kuriems buvo atlikta endoskopija Universidad Nacional de Kolumbija, Bogota, Kolumbija. GC ir DU buvo identifikuoti pagal endoskopijos, ir GC dar kartą patvirtino histopatalogiją [16]. Pacientams, kurių dalinio skrandžio rezekcijos istorijos buvo atmesti. Parašė informuotas sutikimas buvo gautas iš visų dalyvių, o protokolas buvo patvirtintas etikos komiteto Universidad Nacional de Colombia.

išskyrimas ir genotipų H. pylori

antralinių biopsijos mėginiai buvo gauti už H atskirai. pylori
naudojant standartines kultūros metodus kaip buvo aprašyta anksčiau [17]. h. pylori
DNR buvo išskirta iš susiliejantis plokštės kultūrų išsiplėtė nuo vienos kolonijos naudojant komerciškai prieinamą komplektas (QIAGEN, Valensija, Kalifornija). Iš statusas CagA
nulėmė polimerazės grandinine reakcija (PGR) konservatyvią regione CagA parsisiųsti ir tiesioginio sekvenavimo naudojant pradmenų pora cagTF; 5'-acc CTA GTC "GGT AAT ggg-3" ir cagTR; 5'-GCT TTA GCT TCT GAY ACY GC-3 "(Y = C arba T), sukurtas per 3 Kartojimo regione CagA
, kaip aprašyta anksčiau [18]. PGR sąlygos buvo pradinis denatūravimas 5 min 95 ° C temperatūroje, 35 amplifikacijos žingsniai (95 ° C temperatūroje 30 s, 56 ° C temperatūroje 30 s, ir 72 ° C temperatūroje 30 s), ir galutinis išplėtimas ciklo 7 min 72 ° C temperatūroje, naudojant mišinys Taq DNR polimerazė (TOYOBO Osaka, Japonija). Iš nebuvimas CagA
buvo patvirtinta buvimo CagA
tuščias svetainė, kaip aprašyta anksčiau [19]. PGR produktai buvo išvalytas su QIAquick gryninimo rinkinį (QIAGEN) pagal gamintojo instrukcijas. Papildyta fragmentas buvo aptiktas elektroforezės metu 1,5% agarozės gelyje, kurios vėliau buvo tamsintas etidžio bromido ir vizualizuojami naudojant ultravioletinių trans-šviestuvas.

Vaca
genotipo (S1, S2, M1 , ir m2) buvo vykdomi, kaip aprašyta anksčiau [20], [21]. Pradmenys apie signalo regione Gaunama 259 bp ir 286 bp fragmentas, skirti S1 ir S2 variantų, atitinkamai. Gruntai viduryje regione susidarytas 570 bp ir 645 bp fragmentas M1 ir M2 variantų, atitinkamai.

Filogenetinė analizė H. pylori
padermių

MLST iš septynių namų ruošą genų ( atpA, EFP, mutY, PPA, trpC, UREI, yphC
) nulėmė PGR pagrįstas sekos, kaip aprašyta anksčiau [7 ], [22]. Tiesioginis DNR sekos buvo atliktas naudojant AB 3130 Genetinis analizatorius (taikoma BIOSYSTEMS, Foster City, CA) pagal gamintojo instrukcijas. Statybai filogenetycznej medžio remiantis MLST genotipų, seka duomenų rinkinių 7 namų ruošą genų hpAfrica2, hpAfrica1, hpNEAfrica, hpEurope, hpSahul, hpAsia2, hspMaori, hspAmerind ir hspEAsia kamienais (60, 181, 61, 566, 49, 17 , 80, 18, ir 177 kamienai, atitinkamai, 1,209 kamienai, iš viso) buvo gauti iš PubMLST duomenų bazėje (http://pubmlst.org/). Šios sekos duomenų rinkiniai buvo derinamas su mūsų duomenimis nuo 66 Kolumbijos padermių. Kaimynų jungiančia medžiai buvo pastatytas MEGA 5,0 naudojant Kimura-2 parametrus [23].

Gyventojų struktūros analizė H. pylori
padermių

analizuojami bakterijų populiacijos struktūrą, naudojant struktūra (v.2.3.2) Programinė įranga [24]. Markovo grandinės Monte Karlo (MCMC) modeliavimas struktūros buvo paleisti Mišinį modelį su įdirbio 20.000, po 30.000 iteracijų kiekvienam matavimui. Iš preliminarių gyventojų skaičius (K), buvo nustatytas nuo 7 iki 10 ir 5 trasos buvo įvykdyta kiekvieno K. pervežimas

nukleotidų seką

nukleotidų seka duomenų Šioje ataskaitoje yra pateikiamas pagal DDBJ priėjimo numerius AB923031 į AB923492.

rezultatai

Mes įtraukėme 35 GC pacientams ir 31 DU pacientus. Izoliuotų nuo GC pacientų padermės 24, CagA
-positive ir 11 CagA
neigiamojo. Dvidešimt devyni buvo Vaca
s1m1 genotipas ir 6 buvo Vaca
s2m2 genotipas. Visi 24 CagA
-positive GC padermių parodė Vaca
s1m1 genotipą. Dėl 31 kamienų iš DU pacientų, 22 padermės, CagA
-positive o likę 9 buvo CagA
neigiamojo. Vaca
s1m1 genotipas buvo rastas 16 kamienų Vaca
s1m2 5 padermių ir Vaca
s2m2 10 kamienų. Tarp 22 CagA
-positive padermės iš DU pacientų, 14 padermės turėjo Vaca
s1m1 genotipą. Penki padermės s1m2 o likusios 3 padermės s2m2.

gyventojų tipai 35 padermių, išskirtų iš pacientų, sergančių GC ir 31 nuo DU buvo analizuojami MLST. Filogenetinė medis 66 Kolumbijos padermių grindžiamų MLST sekų ir ligos tipų parodyta 1 pav GC ir DU atmainų buvo išsibarsčiusios MLST medžio; Taigi, neradome jokios filogenetycznej paskirstymo tarp GC ir DU atmainų skirtumas. 2A pav rodo CagA
statusą padermių dėl MLST medį. Padermės iš CagA
-positive ir CagA
neigiamojo negalėjo būti suskirstyti aiškiai, nors CagA
negative kamienai buvo santykinai susitelkę tas pats filialas. 2B pav rodo Vaca
rūšių padermių tuo pačiu MLST medį. Šešiolika Vaca
s2m2 kamienai buvo susitelkę apendiksu kartu su dviem s1m2 ir šešių s1m1 padermių. Likusios trys Vaca
s1m2 kamienai buvo įsikūrusi tarp 39 Vaca
s1m1 padermių.

Be to, mes pastatyti filogenetycznej medį remiantis MLST sekų 66 Kolumbijos padermių ir 1,209 pagalbos padermių hpAfrica2, hpAfrica1, hpNEAfrica, hpEurope, hpSahul, hpAsia2, hspMaori, hspAmerind ir hspEAsia, saugomas pubMLST duomenų bazę (60, 181, 61, 566, 49, 17, 80, 18 ir 177 padermės, atitinkamai) ( 3 pav.) Tarp 66-Kolumbijos padermių, tik vienas CagA
-positive padermės buvo įsikūrusi tarp sub-filialams hpAfrica1. Likusios 65 padermės buvo išsibarstę tarp hpEurope pošakių, nepriklausomai nuo ligos tipo. Taigi, ne asociacija buvo pastebėtas tarp filogenetycznej medžio ir klinikinių rezultatų šakojasi.

Jei ištirti gyventojų struktūrą Kolumbijos padermių, mes atliekame gyventojų analizę naudojant struktūros programinę įrangą [24]. Šiai analizei naudojome tuos pačius 1,257 kamienai (1,209 etalonines padermes ir 66 Kolumbijos štamai), kad buvo naudojami MLST filogenetycznej analizė. STRUKTŪRA programinė įranga atlieka MCMC modeliavimas klasifikuoti asmenis už tam tikrą skaičių populiacijose (K). Tam tikru K, struktūra lemia K gyventojų komponentai ir atstovauja juos K spalvų, naudojant vieną spalvą atstovauti vieną gyventojų komponentas. Mes atlikome struktūros analizė nustatant K nuo 7 iki 10 ir įvykdytų modeliavimas penkis kartus su kiekvienu 4 K. paveiksle parodyta k = 9 ir 10, kurių užpakalinės tikimybė yra geriausias iš penkių važiavimų (labiausiai tikėtina rezultatai) rezultatus. Kiekvienas vertikali linija iš histogramos atstovauja vieną įtampą ir eilutės spalvos nurodo populiacijų, kurių kamienas gali priklausyti. Iš A linijos spalvų ilgiai yra proporcingas tikimybei, kad kamienas priklauso kiekvienos populiacijos. Kadangi hpEurope grupė yra kelis kilmės priemaišų, ši grupė rodo sudėtingus spalvas.

K = 7 rezultatas, Kolumbijos padermių parodė bendrus spalvas su hpEurope padermių (4A pav.) Kai K buvo nustatytas iki 10, Kolumbijos ir keletas hpEurope padermių pateikti kitą spalvą iš kitų, kad atstovauja gyventojų komponentas konkrečią šių padermių (šviesiai žalia barai pažymėtus žvaigždžių 4B diagramą). Tai reiškia, kad šie štamai turi pagrindinį panašumą su Europos padermių bet skiriasi nuo kitų, jei išsamiai išnagrinėtas. 4C paveiksle yra iš Kolumbijos padermių didinimas. Juostos buvo suderinti iš kairės į dešinę mažėjančia tvarka šviesiai žalios komponentas. CagA
tipai ir ligų rodomi pažymiais žemiau diagramą. Kaip šis skaičius rodo, CagA
negative padermės dažniau dešinėje pabaigoje. Nors dauguma Kolumbijos padermių turėjo specifinį komponentą ir /arba bendrą gyventojų komponento hpEurope, vienas kamienas parodė didesnį panašumą su hpAfrica1 (4c paveikslas, baras pažymėti trikampiu). Ši padermė atitinka vieną, kuri priklauso hpAfrica1 apendiksu į MLST filogenetycznej medis (3 paveikslas).

duomenų, paimtų iš PubMLST, mes pasirinkome 63 hpEurope kamienai, kuriuose rasta šviesiai žalios gyventojų komponentas, 10% arba didesnis ir tyrinėjo jų mėginių ėmimo vietą. Dvidešimt penkių kamienų buvo izoliuotas nuo Kolumbijos, nors jie buvo klasifikuojami kaip hpEurope, 19 buvo iš Ispanijos, 4 buvo iš Venesuelos, o kiti yra iš įvairių šalių (lentelė S1).

Diskusijos

Host , aplinkos ir mitybos veiksniai, o į H skirtumai. pylori
padermės yra susiję su įvairiais rezultatų H. pylori
infekcija. Apskritai, iš GC sergamumo pasiskirstymas yra glaudžiai susijęs su jų H. pylori
grupės apibrėžta gyventojų analizė remiantis MLST [25]. Didelis sergamumas GC buvo rastas regionuose, kuriuose vyrauja hpEastAsia padermės (ypač hspEAsia). Tačiau GC dažnis yra labai mažas Afrikoje, kur dauguma atmainos yra hpNEAfrica, hpAfrica1 arba hpAfrica2 ir Pietų Azijoje, kur dauguma atmainos yra hpAsia2. Apskritai, retai skrandžio vėžio Afrikos ir Pietų Azijos šalyse galima paaiškinti, bent jau iš dalies, skirtingų genotipų H. pylori
paplitimą skirtingose ​​geografinėse vietovėse. Įdomu, neseniai ataskaita apie CagA
-positive padermių Kolumbija parodė, kad visi štamai iš didelės rizikos regionuose GC priklauso hpEurope, o hpEurope ir hpAfrica1 padermių koegzistuoti žemos rizikos regionuose [15]. Be to, temos užsikrėtę hpEurope padermių H. pylori
parodė aukštesnius histopatologinių balus nei užsikrėtę hpAfrica1 padermių. Autoriai išvada, kad bakterijų populiacijos skirtumas gali būti naudojamas kaip GC rizikos prognozuoti.

Šiame tyrime mes įtraukti H. pylori
išskirtų iš Kolumbijos pacientams, sergantiems GC ir DU, bet ne gastritas. Pacientai, kurių tik gastritas ne apie endoskopijos metu gali išsivystyti DU ir GC vėliau gyvenime; atvirkščiai, DU pacientams retai pasireiškia GC per savo gyvenimą [4], [26]. Todėl, nors h. pylori
infekcija skatina tiek GC Du GC ir DU yra laikomi variantas rezultatus plėtrą. Šiame tyrime neradome jokio filogenetinio grupių tarp GC ir DU atmainų skirtumas. buvo rasta Mūsų Kolumbijos padermių priklausyti hpEurope, išskyrus vieną hpAfrica1 kamieno. Nors Kolumbijos kamienai buvo suskirstyti į keletą pošakių į filogenetinio medžių, nebuvo ryšio tarp filialų ir ligų (1 ir 3 paveikslus). Todėl iš MLST medžio topologijos neturi veikti kaip persekiotoją įvertinti GC Du riziką hpEurope padermių Kolumbijoje. Tiesą sakant, net ir tyrimo, kurį atliko de Sablet ir kt., Visi Taip pat buvo manoma, CagA
negative padermių priklausyti hpEurope [15]. Autoriai teigė, kad užsikrėtusiems asmenims, CagA
negative padermės turėjo labai mažai histopatologinių balai; Todėl, hpEurope kamienai be buvimas CagA
gali būti mažiau pavojinga. Be to, mes anksčiau pranešė, kad kamienai, kuriuose yra daugiau nei tris pakartotinius regionuose iš 3 'regione į CagA
buvo susiję su žymiai aukštesnių rezultatų skrandžio gleivinės atrofijos ir žarninės metaplazijos nei su mažiau pakartotinų regionuose Kolumbijoje [20 ]. Iš padermių, turinčių daugiau nei tris pakartotinius regionuose paplitimas buvo didesnis GC nei DU [20]. Taigi, CagA
tipas, o ne filogeografinėse kilmės gali būti geriau prognozuoti GC hpEurope padermių [27].

anksčiau nustatė, kad nors OipA ir PVG
PAI yra susiję tik OipA buvo nepriklausoma rizikos veiksnys DU [28]. OipA į CagA
-positive padermės gali prisidėti prie filogeografinėse variacijos lemia MLST analizė. Be to, mes pranešė, kad jhp0045 parsisiųsti ir jhp0046
buvo reikšmingai susijęs su GC ir CagA
-positive padermių Kolumbija [29]. Be to, mes pranešė, kad infekcijos su , dupa
-positive padermių padidino riziką DU, bet buvo apsaugoti nuo GC Kolumbijoje [30]. Todėl, kitų virulentiškumo veiksnių statusas gali būti susietas su filogenetycznej medžio, gautą atliekant MLST [5]. buvo pranešta apie skirtumą tarp namų ruošą genų filogenijos ir PVG pervežimas PAI filogenijos santykiai [31]. Dauguma filogenija CAG
PAI genai buvo panašus į MLST, nurodant, kad PVG
PAI tikriausiai buvo įsigyta tik vieną kartą H. pylori
ir jo genetinė įvairovė atspindi pagal atstumą izoliaciją, kuri suformavo šiuos bakterijų rūšių, nes šiuolaikiniai žmonės migravo iš Afrikos [31]. Šioje studijoje, Filogenetinė medis remiantis MLST nebuvo susijęs su CagA
arba Vaca
tipo, nors padermių CagA
neigiamojo arba Vaca
s2m2 genotipai buvo santykinai susitelkę. Tik vienas štamas priklausė hpAfrica1 ir ši veislė turėjo CagA
, tai rodo, kad CagA parsisiųsti ir Vaca
genotipai nebuvo lemiantys veiksniai filogenetycznej kilmės remiantis MLST Andų regionas Kolumbijoje. Tačiau mes anksčiau pranešė, kad CagA
tipas buvo susijęs su filogenetycznej klasterio Okinawa, Japonija [22], [27]. Padermės iš Okinawa buvo suskirstyti į 3 smulkesnes grupes ir vieną mišinyje grupės įtakos Vakarų padermių. Filogeografinėse topologija ir pogrupius buvo reikšmingai susijęs su klinikiniais rezultatais; Tačiau į filogeografinėse topologijos skirtumas buvo dėl to, kad CagA
( "Rytai-Azijos rūšies, Vakarų tipo CagA
, ir CagA
neigiamojo) ir statusą Vaca
(M1 arba m2), iš gyventojų grupėms. GC buvo labiau paplitę klasterius, kurių sudėtyje yra daugiausia Rytų Azijos tipą CagA
padermes. Į MLST rezultatai parodė, kad GC paplitimas kiekvienoje grupėje nesiskyrė, kai tik Vakarų tipo CagA
padermės arba , buvo naudojami CagA
negative atmainos [27]. Taigi, filogeografinėse kilmė gali veikti kaip stulbinantis veiksnys prognozuojant virulentiškumo veiksniai, bet ne ligos baigtį (pvz, į hspEAsia, dauguma jų yra CagA
-positive Vaca
S1 /M1 tipo Baba
-positive ir oipA UAB "ant" statusą). Naujausioje studijoje, o ne tik H. pylori
Kilmės bet coevolution tarp žmogaus ir H. pylori
buvo nustatyta, kad geriausia prognozuoti už ikivėžinius pakitimus [32]. Tolesni tyrimai turi patvirtinti tarp protėvių kilmę H santykius. pylori
nepriklausomai nuo virulentiškumo veiksnius ir klinikinius rezultatus.

Šiame tyrime mes apėmė mestizos pacientų daugiausia gyvenančių Bogota miestą, kuris yra įsikūręs kalnų apylinkėse (2600 m virš jūros lygio). Ši sritis paprastai gyvena mestizos, mišrios populiacijos, kurie kilę iš aborigenų amerikiečių (indėnai) ir Europos žmonių pažintys iš Ispanijos kolonizacijos laikotarpiu [33]. Indėnai yra hipotezę, kad buvo užsikrėtę pradžių su hspAmerind padermių, kurie priklauso nuo hpEastAsia [10] pogrupį. Todėl mes tikėjomės, kad H. pylori
izoliuotas nuo mestizos būtų rodomas mišrus tipas hpEurope ir hspAmerind. Įdomu tai, kad visais atvejais, o vienas mūsų tyrime buvo užsikrėtę hpEurope padermių, atitinkančių ankstesnio tyrimo [15]. STRUKTŪRA analizė atskleidė, kad keli kamienai su hpEurope parodė mozaika; Tačiau jie nėra hpEurope ir hspAmerind mišinys. Šis pastebėjimas palaiko hipotezę, kad hpEurope padermių paveldėti konkurencinį pranašumą vietinių hspAmerind padermių kaip aprašyta anksčiau [34], [35]. Keista, mūsų Ankstesnis tyrimas parodė, kad net 16 išskirtų iš Huitoto, primityvios, izoliuotos grupės, gyvenančios Amazonės džiunglėse Kolumbijoje, 4 kamienai buvo užsikrėtę hspAmerind, o likusieji 12 buvo hpEurope atmainos [12]. Be to, mes nustatėme, kad keletas Amerikos indėnų padermės iš Kolumbijos turėjo Vakarų tipą CagA
bet ne Rytų Azijos tipą CagA
[36]. Lieka neaišku, kodėl dauguma Amerikos indėnų h. pylori
štamai turi genotipus būdingų padermių iš Vakarų šalių, net tose vietose, kur pasirodo Vakarų įtaka buvo minimali. hpEurope, o ne hspAmerind padermių, gali būti lengvai pritaikyti prie aplinkos sąlygų ir selektyvus daromo spaudimo kompiuterio. Du hipotezės, iš kurių vienas pagrįstas padermės konkurencijos ir kitų ant kamieno Subversion pertvarkant, buvo pasiūlyta kaip priežasčių, dėl hspAmerind poslinkis hpEurope [34]. Daugiau tyrimas bus būtina apibrėžti mechanizmą (-us), atsakingą už in vivo
praradimas indėnai kamienai, kai konkuruoja su Senojo pasaulio padermių. Įdomu tai, mes nustatėme, kad keletas Kolumbijos padermių parodė konkrečių gyventojų komponentas, ir šis komponentas buvo dalijamasi ne tik su kitais Pietų Amerikos padermių, tačiau taip pat su Ispanijos padermių deponuotų PubMLST. Bogotos miestas, įkurtas 1538 m, tapo viena iš pagrindinių administracinių centrų Ispanijos valdomų New World (kartu su Lima ir Meksike) [33]. Mūsų analizė rodo, kad hpEurope padermių Kolumbija buvo įvesta daugiausia Ispanijos imigrantų. Gyventojų rašyti iš H. pylori
yra naudinga priemonė kartografavimo migracija modelius [37]; Iš tiesų, mūsų išvados gali būti naudinga išsiaiškinti tų šiuolaikinių žmonių Pietų Amerikoje. Nors mūsų MLST analizė grindžiama septynių namų ruošą genų rodo, kad dauguma Kolumbijos padermių buvo pakeistos hpEurope padermių, reliktai protėvių aborigenų padermių gali likti kitose genomo. Daugiau platus visame pasaulyje ir genomo tyrimai padės mums toliau suprasti evoliucijos ir gyventojų struktūrą H. pylori
.

Vienas potencialus ribojimas mūsų tyrimo verta paminėti, yra tai, kad mes negalėjome gauti pakankamai informacijos apie pacientų tautybės, iš kurių H. pylori
kamienai buvo izoliuota. Iš tiesų, buvo pasiūlyta, kad priimančiosios Kilmės gali paveikti klinikinius rezultatus kaip aprašyta aukščiau [32]. Pavyzdžiui, uždegiminių citokinų genų polimorfizmas ( IL-1
genų klasterių TNF-α pervežimas IL-10
ir IL-8
) buvo pranešta, kad koreliuoja su GC [38] - [43]. Be to, šeimos istorija GC buvo įrodyta, kad prisidėti prie klinikinių rezultatų [44]. Be kita H. pylori
virulentiškumo veiksniai, ši informacija gali būti naudinga atskirti GC ir DU rizika. Tolesnis tyrimas privalo išsiaiškinti ryšį tarp H asociacija. pylori
genotipai ir ligų pasekmės.

Išvada

Mūsų tyrimas parodė, kad filogeografinėse kilmę MLST nepakanka atskirti GC ir DU rizikos Andų regione Kolumbijoje. Filogenetyczna analizė, įskaitant virulentiškumo veiksniai H. pylori
gali prireikti tiksliau nustatyti klinikinius rezultatus. Be to, mūsų analizė taip pat rodo, kad hpEurope padermių Kolumbija buvo pristatytas pirmiausia Ispanijos imigrantų ir jų genotipas įtakos neturėjo indėnai.

Parama Informacija
S1 lentelėje.
Doi: 10,1371 /journal.pone.0105392.s001
(docx)

Padėka

Ačiū ponia Miyuki Matsuda puikios techninės pagalbos
.

• PLoS ONE: Helicobacter pylori Skatina epitelio-mezenchiminių perėjimas Skrandžio vėžio Downregulating programuota ląstelių mirtis Protein 4 (PDCD4)
• PLoS ONE: Karnozinas Slopina žmogaus skrandžio vėžio SGC-7901 ląstelių proliferaciją per abi Mitochondrijų kvėpavimo ir Glikolizė Pathways