PLOS ONE: Helicobacter pylori du cancer gastrique et ulcère duodénal Voir Same phylogéographique Origin dans la région andine dans Colombia

Résumé

Contexte

Un rapport récent a montré que l'origine phylogénétique de Helicobacter pylori
basée sur la multi-locus séquence typage (MLST) était significativement associée à la gravité de la gastrite en Colombie. Cependant, la relation potentielle entre l'origine phylogénétique et les résultats cliniques n'a pas été examiné dans cette étude. Si l'origine phylogénétique plutôt que des facteurs de virulence ont été véritablement associés à des résultats cliniques, l'identification d'une population à risque élevé de cancer de l'estomac en Colombie serait relativement simple. Dans cette étude, nous avons examiné les origines phylogénétiques des souches du cancer de l'estomac et les patients présentant un ulcère duodénal vivant à Bogota, Colombie.

Méthodes

Nous avons inclus 35 patients atteints de cancer gastrique et 31 patients atteints d'un ulcère duodénal, qui sont considérés comme les variantes résultats. Les génotypes de cagA
et vacA
ont été déterminées par réaction en chaîne par polymérase. La généalogie de ces souches colombiennes a été analysée par MLST. structure de la population bactérienne a été analysée en utilisant le logiciel STRUCTURE.

H

Résultats. Les souches pylori de de cancer de l'estomac et les patients présentant un ulcère duodénal ont été dispersés dans l'arbre phylogénétique; ainsi, nous ne détectons aucune différence dans la distribution phylogénétique entre le cancer gastrique et ulcère duodénal souches dans le groupe hpEurope en Colombie. Soixante-six souches, à une exception près, ont été classés comme hpEurope quel que soit le cagA
et génotypes
Vaca, et le type de maladie. analyse de la structure a révélé que les souches de hpEurope colombiennes ont une connexion phylogénétique des souches espagnoles.

Conclusions

Notre étude a montré qu'une origine phylogéographique déterminée par MLST était insuffisante pour distinguer entre le cancer gastrique et le risque de l'ulcère duodénal chez les hpEurope souches dans la région andine en Colombie. Notre analyse suggère également que les souches hpEurope en Colombie ont été principalement introduits par les immigrants espagnols

Citation:. Shiota S, Suzuki R, Matsuo Y, Miftahussurur M, Tran TTH, Binh TT, et al. (2014) Helicobacter pylori
de cancer gastrique et ulcère duodénal Voir Same phylogéographique Origin dans la région andine en Colombie. PLoS ONE 9 (8): e105392. doi: 10.1371 /journal.pone.0105392

Editeur: Masaru Katoh, National Cancer Center, le Japon

Reçu 7 Mars 2014; Accepté le 23 Juillet 2014; Publié le 14 Août, 2014

Droit d'auteur: © 2014 Shiota et al. Ceci est un article en accès libre distribué sous les termes de la licence Creative Commons Attribution, qui permet une utilisation sans restriction, la distribution et la reproduction sur tout support, à condition que l'auteur et la source originelle sont crédités

Disponibilité des données:. La auteurs confirment que toutes les données sous-jacentes les résultats sont entièrement disponibles sans restriction. les données de séquence nucléotidique rapportés ici sont disponibles sous la DDBJ numéros d'accession AB923031 à AB923492

Financement:. Ce rapport est basé sur le travail soutenu en partie par des subventions des Instituts nationaux de la santé (DK62813) (YY), et les subventions -in-aide pour la recherche scientifique du Ministère de l'Education, Culture, sports, science et technologie (MEXT) du Japon (22390085, 22659087, 24406015 et 24659200) (YY), (23,790,798) (SS) et Fonds spécial de coordination pour la promotion science et technologie de l'Agence science et technologie du Japon (JST). Les bailleurs de fonds ont joué aucun rôle dans la conception de l'étude, la collecte et l'analyse des données, la décision de publier, ou de la préparation du manuscrit

Intérêts concurrents:.. Les auteurs ont déclaré aucun conflit d'intérêts existent

Introduction

Helicobacter pylori
est une spirale bactérie Gram négatif qui infecte plus de la moitié de la population mondiale [1]. Le mécanisme de transmission de H. pylori
n'a pas été complètement clarifiée, mais la propagation d'homme à homme par voie orale-orale ou fécale-orale est pensé pour être le plus plausible [2]. H. pylori de l'infection est maintenant accepté d'être liée à des maladies gastrite associées sévères, y compris l'ulcère gastro-duodénal et le cancer gastrique (GC) [1]. L'infection reste latente dans la majorité des patients infectés, et seule une minorité d'individus avec H. pylori de l'infection jamais développer la maladie [3]. Uemura et al. a rapporté que GC développé dans environ 3% de H. pylori
patients infectés par le cours de la période d'observation de 10 ans, comparativement à aucun des patients non infectés [4]. En plus d'accueillir, de l'environnement et les facteurs alimentaires, les différences dans la virulence de H. Les souches pylori de sont liés aux résultats variables de H. pylori
infection. Les facteurs de virulence de H. pylori
, comme cagA, vacA, Dupa, iceA, OIPA,
et BABA
, se sont révélés être des prédicteurs de résultats cliniques sévères [5], [6]. Fait important, la plupart de ces facteurs de virulence sont associés les uns aux autres; souches -positif de cagA possèdent aussi un vacA
s1 /m1 type et ils sont en outre étroitement liée à la présence de la BABA
et OIPA
"sur" l'état [5].

La diversité génétique au sein de H. pylori
est supérieure à celle de la plupart des autres bactéries [7], et environ 50 fois plus élevée que celle de la population humaine [8]. En outre, la recombinaison fréquente entre les différents H. Les souches pylori de [9] conduit à ne déséquilibre de liaison partielle entre loci polymorphes, qui fournit des informations supplémentaires pour l'analyse génétique de la population [10]. Récemment, la diversité génomique au sein de H. Les populations pylori de a été examiné par le multi-locus séquence typage méthode (MLST) en utilisant sept gènes de ménage ( atpA, efp, mutY, ppa, trpC, urel,
et yphC
) [10] - [12]. À l'heure actuelle, sept types de population ont été identifiés sur la base des associations géographiques et désignés comme suit: hpEurope, hpEastAsia, hpAfrica1, hpAfrica2, hpAsia2, hpNEAfrica et hpSahul [10] - [12]. hpEastAsia est commun dans H. pylori
isole de l'Asie orientale, et peut être divisé en trois sous-groupes hspEAsia, hspAmerind et baptisée hspMaori. hpEurope comprend presque tous les H. Les souches pylori isolées à partir de Européens ethniques, y compris les personnes en provenance des pays colonisés par les Européens. H. pylori
est prédit s'être répandu de l'Afrique orientale au cours de la même période que les humains anatomiquement modernes (il y a ~58,000 ans), et est resté intimement associé à leurs hôtes humains depuis [5], [11], [12] .

Le taux standardisé selon l'âge d'incidence (ASR) de GC en Colombie est signalé à être relativement élevé (13,4 /100 000 habitants) par rapport aux autres pays d'Amérique du Sud (moyenne ASR = 10,3 /100 000 habitants) (Agence internationale pour recherche sur le Cancer; GLOBOCAN2012, http://globocan.iarc.fr/). Notamment, GC est plus répandue dans la région montagneuse colombienne que sur la côte [13], [14]. de Sablet et al. effectué MLST pour déterminer la variation phylogéographique entre la montagne et les régions côtières [15]. Fait intéressant, ils ont constaté que tous les souches -positif de cagA de GC régions à haut risque appartenaient à hpEurope, alors que hpEurope et hpAfrica1 coexistent dans les régions GC à faible risque [15]. En outre, les sujets infectés par des souches de hpEurope de H. pylori
a montré des scores histopathologiques plus élevés que ceux qui sont infectés par des souches de hpAfrica1. Ces observations suggèrent que l'origine phylogéographique déterminée par MLST peut être utilisé comme un prédicteur du risque de GC.

Cependant, ces études n'ont pas examiné l'origine phylogénétique en fonction des résultats cliniques, et donc il reste difficile de savoir si l'origine phylogénétique est vraiment associée à des résultats cliniques en Colombie. Dans cette étude, nous avons examiné l'origine phylogénétique de la H. Les souches pylori de de GC et de l'ulcère duodénal (UA) patients vivant à Bogota, la capitale et la plus grande ville située dans la région des Andes en Colombie.

Matériaux et méthodes

H. Les souches ont été obtenues de pylori de la muqueuse gastrique H. pylori des patients colombiens infectés par avec GC et qui ont subi une endoscopie DU à l'Universidad Nacional de Colombia, Bogota, Colombie. GC et DU ont été identifiés par endoscopie et GC a été confirmée par histopathologie [16]. Les patients ayant des antécédents de résection gastrique partielle ont été exclus. Le consentement éclairé écrit a été obtenu à partir de tous les participants, et le protocole a été approuvé par le Comité d'éthique de la Universidad Nacional de Colombia.

Isolement et génotypage de H. pylori

échantillons de biopsie antrale ont été obtenus pour l'isolement de H. pylori
en utilisant des méthodes standard de culture comme décrit précédemment [17]. H. pylori de l'ADN a été extrait à partir de cultures confluentes de la plaque d'expansion à partir d'une seule colonie en utilisant un kit disponible dans le commerce (Qiagen, Valencia, CA). Le statut de cagA
a été déterminée par la réaction en chaîne par polymérase (PCR) pour la région conservée de cagA
et pour le séquençage direct en utilisant la paire d'amorces cagTF; 5'-ACC CTA GTC GGT AAT GGG-3 'et cagTR; 5'-GCT TTA GCT TCT GAY ACY GC-3 '(Y = C ou T) conçu dans la région 3' de répétition de cagA
, comme décrit précédemment [18]. Les conditions de PCR étaient une dénaturation initiale de 5 min à 95 ° C, 35 étapes d'amplification (95 ° C pendant 30 s, 56 ° C pendant 30 s et 72 ° C pendant 30 secondes) et un cycle d'extension finale de 7 min à 72 ° C, en utilisant l'ADN polymerase Taq mélange (TOYOBO, Osaka, Japon). L'absence de cagA
a été confirmé par la présence de le site vide de cagA, comme décrit précédemment [19]. Les produits de PCR ont été purifiés avec un kit de purification QIAquick (QIAGEN) selon les instructions du fabricant. Le fragment amplifié a été détecté par électrophorèse sur un gel d'agarose à 1,5% qui a ensuite été coloré avec du bromure d'éthidium et visualisé en utilisant un trans-illuminateur UV.

vacA s génotypage (S1, S2, M1 et m2) a été réalisée comme décrit précédemment [20], [21]. Des amorces pour la région de signal ont produit un fragment de 259 pb et 286 pb pour les variants S1 et S2, respectivement. Amorces pour la région centrale ont donné un fragment de 570 pb et 645 pb pour les variantes M1 et M2, respectivement.

L'analyse phylogénétique de H. Les souches pylori

MLST des sept gènes de ménage ( atpA, efp, mutY, ppa, trpC, urel, yphC
) a été déterminée par séquençage par PCR comme décrit précédemment [7 ], [22]. Le séquençage direct de l'ADN a été effectué en utilisant un analyseur 3130 Genetic AB (Applied Biosystems, Foster City, CA) selon les instructions du fabricant. Pour la construction de l'arbre phylogénétique basée sur les génotypes MLST, des ensembles de données de séquence des 7 gènes de ménage de hpAfrica2, hpAfrica1, hpNEAfrica, hpEurope, hpSahul, hpAsia2, baptisée hspMaori, hspAmerind et hspEAsia souches (60, 181, 61, 566, 49, 17 80, 18 et 177 souches, respectivement, des souches 1209 au total) ont été obtenues à partir de la base PubMLST (http://pubmlst.org/). Ces ensembles de données de séquence ont été combinées avec nos données de 66 souches colombiennes. Voisines arbres d'assemblage ont été construits par MEGA 5.0 en utilisant Kimura-2 paramètres [23].

analyse de la structure de la population de H. Les souches pylori de

Nous avons analysé la structure de la population bactérienne en utilisant STRUCTURE (v.2.3.2) logiciel [24]. Markov Chain Monte Carlo (MCMC) simulations de STRUCTURE ont été exécutés dans le modèle de mélange avec burn-in de 20.000, suivi par 30.000 itérations pour chaque exécution. Le nombre de populations provisoires (K) a été réglée de 7 à 10 et 5 pistes ont été exécutées pour chaque K.

données de séquences nucléotidiques de la séquence nucléotidique rapportés ici sont disponibles sous la DDBJ numéros d'accession AB923031 à AB923492.

Résultats

Nous avons inclus 35 patients du GC et 31 patients UA. Les souches isolées chez les patients du GC inclus 24 cagA -positif
et 11 cagA
séronégatifs. Vingt-neuf étaient génotype s1m1 de vacA et 6 étaient vacA
S2M2 génotype. Tous les 24 souches de GC -positifs cagA de montré le génotype s1m1
vacA. Pour 31 souches de patients UA, 22 souches étaient cagA
-positif et le reste 9 ont été cagA
séronégatifs. Le génotype s1m1 de vacA a été trouvé dans 16 souches, vacA
s1m2 dans 5 souches, et vacA
S2M2 dans 10 souches. Parmi 22 souches -positif de cagA de patients UA, 14 souches possédaient le génotype s1m1
vacA. Cinq souches étaient s1m2 et les 3 souches restantes étaient S2M2.

Les types de 35 souches isolées chez les patients atteints de GC et 31 de la population DU ont été analysées par MLST. L'arbre phylogénétique de 66 souches colombiennes basées sur les séquences MLST et les types de maladies sont présentés dans la figure 1. GC et les souches DU ont été dispersées dans l'arbre MLST; donc, on n'a pas trouvé de différence dans la distribution phylogénétique entre GC et souches DU. La figure 2A montre le statut
cagA des souches sur l'arbre MLST. Souches de cagA -positif
et cagA
-négatif ne pouvait être divisé clairement, bien que souches séronégatifs de cagA ont été relativement regroupés dans la même branche. La figure 2B montre vacA de les types de souches sur le même arbre MLST. Seize vacA
S2M2 souches ont été regroupées dans une sous-branche avec deux s1m2 et six s1m1 souches. Les trois autres vacA
s1m2 souches se trouvaient parmi les 39 vacA
s1m1 souches.

Ensuite, nous avons construit un arbre phylogénétique basé sur des séquences MLST de 66 souches colombiennes et 1209 souches de référence de hpAfrica2, hpAfrica1, hpNEAfrica, hpEurope, hpSahul, hpAsia2, baptisée hspMaori, hspAmerind et hspEAsia, déposé dans la base pubMLST (60, 181, 61, 566, 49, 17, 80, 18 et 177 souches, respectivement) ( Figure 3). Parmi les 66 souches colombiennes, un seul souche -positif de cagA était situé entre les sous-branches de hpAfrica1. Les 65 souches restantes ont été dispersés parmi hpEurope sous-branches, indépendamment des types de maladies. Ainsi, aucune association n'a été observée entre la ramification de l'arbre phylogénétique et les résultats cliniques.

Pour étudier la structure de la population des souches colombiennes, nous avons effectué une analyse de la population en utilisant le logiciel STRUCTURE [24]. Pour cette analyse, nous avons utilisé les mêmes 1.257 souches (1.209 souches de référence et 66 souches colombiennes) qui ont été utilisées pour l'analyse phylogénétique MLST. logiciel de simulation MCMC STRUCTURE effectue pour classer les individus pour un nombre donné de populations (K). Pour un K donné, STRUCTURE détermine K composantes de la population et les représente par des couleurs K en utilisant une couleur pour représenter une composante de la population. Nous avons effectué une analyse de STRUCTURE en définissant K de 7 à 10 et exécutés simulations cinq fois pour chaque K. La figure 4 montre les résultats de K = 9 et 10 dont la probabilité postérieure est le meilleur des cinq points (les résultats les plus probables). Chaque ligne verticale des diagrammes à barres représente une souche et les couleurs d'une ligne indiquent les populations auxquelles la souche peut appartenir. Les longueurs des couleurs dans une ligne sont proportionnelles à la probabilité que la souche appartient à chaque population. Parce que le groupe hpEurope est un mélange d'origines multiples, ce groupe affiche des couleurs complexes.

Dans le résultat de K = 7, les souches colombiennes ont montré des couleurs communes avec des souches hpEurope (figure 4A). Lorsque K a été fixé à 10, les souches de hpEurope colombiennes et plusieurs ont présenté une couleur différente des autres qui représente une composante spécifique à ces souches de la population (barres vert clair marquées avec des étoiles dans la figure 4B). Cela implique que ces souches ont similitude de base avec des souches européennes, mais se distinguent des autres si on l'examine en détail. La figure 4C est un grossissement des souches de Colombie. Les barres ont été alignées de gauche à droite afin de la composante verte de lumière descendant. Les types et les maladies de cagA sont indiquées par des marques ci-dessous le graphique à barres. Comme le montre cette figure, souches séronégatifs de cagA étaient fréquentes à l'extrémité droite. Alors que la plupart des souches colombiennes avaient une composante spécifique et /ou une composante de la population commune avec hpEurope, une souche a montré la similarité élevée avec hpAfrica1 (figure 4C, la barre marquée d'un triangle). Cette souche correspond à celle qui appartient à la sous-branche hpAfrica1 dans l'arbre phylogénétique MLST (figure 3).

Dans les données extraites de PubMLST, nous avons choisi 63 souches de hpEurope qui contenaient le composant vert clair de la population à 10% ou plus et des recherches sur leur emplacement d'échantillonnage. Vingt-cinq souches ont été isolées de la Colombie, même si elles ont été classées comme hpEurope, 19 étaient de l'Espagne, 4 étaient en provenance du Venezuela, et d'autres sont de divers pays (tableau S1).

Discussion

Host , et les facteurs environnementaux, alimentaires et les différences dans les H. Les souches pylori de sont liés aux résultats variables de H. pylori
infection. D'une manière générale, la répartition de l'incidence de la CG est étroitement liée à celles-ci H. Les groupes pylori de définis par l'analyse de la population sur la base de MLST [25]. Une incidence élevée de GC a été trouvé dans les régions où les souches hpEastAsia prévalent (en particulier hspEAsia). Cependant, l'incidence de la GC est très faible en Afrique, où la plupart des souches sont hpNEAfrica, hpAfrica1 ou hpAfrica2, et en Asie du Sud, où la plupart des souches sont hpAsia2. Dans l'ensemble, la faible incidence du cancer gastrique en Afrique et dans les pays d'Asie du Sud pourrait expliquer, au moins en partie, par les différents génotypes de H. pylori
circulant dans des zones géographiques différentes. Curieusement, un rapport récent sur souches -positif de cagA en Colombie a montré que toutes les souches provenant de régions à risque élevé de GC appartiennent à hpEurope, alors que hpEurope et hpAfrica1 souches coexistent dans les régions à faible risque [15]. En outre, les sujets infectés par des souches de hpEurope de H. pylori
a montré des scores histopathologiques plus élevés que ceux qui sont infectés par des souches de hpAfrica1. Les auteurs ont conclu que la différence dans les populations bactériennes peut être utilisé comme un prédicteur du risque de GC.

Dans cette étude, nous avons inclus H. pylori des souches isolées chez des malades de la Colombie par CG et DU mais pas gastrite. Les patients avec seulement gastrite au moment de l'endoscopie peuvent développer l'UA et GC plus tard dans la vie; à l'inverse, les patients UA développent rarement GC dans leur vie [4], [26]. Par conséquent, bien que H. pylori de l'infection favorise le développement des deux GC et DU, GC et DU sont considérés comme les variantes résultats. Dans cette étude, on n'a pas trouvé de différence dans les groupes phylogénétiques entre GC et souches DU. Nos souches colombiennes se sont révélés appartenir à hpEurope, sauf pour une souche hpAfrica1. Bien que les souches colombiennes ont été divisés en plusieurs sous-branches dans les arbres phylogénétiques, il n'y avait pas de corrélation entre les branches et les maladies (figures 1 et 3). Par conséquent, la topologie de l'arbre MLST ne fonctionne pas comme un marqueur pour évaluer GC et le risque pour les souches DU hpEurope en Colombie. En fait, tous même dans l'étude menée par de Sablet et al. souches séronégatifs de cagA ont également été considérés comme appartenant à hpEurope [15]. Les auteurs ont indiqué que les sujets infectés par le souches séronégatifs de cagA avaient de très faibles scores histopathologiques; par conséquent, hpEurope souches sans la présence de cagA
peut être moins virulent. En outre, nous avons précédemment rapporté que les souches avec plus de trois régions répétées de la région 3 'dans cagA
ont été associés à des scores significativement plus élevés pour gastrique atrophie de la muqueuse et la métaplasie intestinale que ceux avec moins de régions répétées en Colombie [20 ]. La prévalence des souches avec plus de trois régions de répétition était plus élevée dans GC que DU [20]. Ainsi, le Type cagA de
plutôt que l'origine phylogéographique peut être un meilleur prédicteur de la GC pour les souches hpEurope [27].

Nous avons déjà constaté que même si OIPA et cag
PAI sont liés, ne OIPA était un facteur de risque indépendant pour l'UD [28]. OIPA dans souches -positif de cagA peut contribuer à la variation phylogéographique déterminée par analyse MLST. En outre, nous avons signalé que jhp0045
et jhp0046
étaient significativement associés à GC souches -positif de cagA en Colombie [29]. En outre, nous avons signalé que les infections avec Dupa
souches -positif ont augmenté le risque pour l'UD, mais étaient protecteur contre GC en Colombie [30]. Par conséquent, l'état des autres facteurs de virulence peut être mise en corrélation avec l'arbre phylogénétique, obtenu en effectuant MLST [5]. Les relations entre la phylogénie des gènes de ménage et cag
PAI phylogénie ont été rapportés [31]. La phylogénie des plus cag
gènes PAI était similaire à celle de MLST, indiquant que cag
PAI a probablement été acquis qu'une seule fois par H. pylori
et sa diversité génétique reflète l'isolement par la distance qui a façonné cette espèce bactérienne depuis que les humains modernes ont migré hors de l'Afrique [31]. Dans la présente étude, l'arbre phylogénétique basé sur MLST n'a pas été corrélée avec le type de cagA
ou vacA
, bien que les souches avec cagA
séronégatifs ou génotypes S2M2 de vacA étaient relativement groupés. Une seule souche appartenait à hpAfrica1, et cette souche possédait cagA
, suggérant que cagA
et facteurs vacA de génotypes ont pas été déterminant pour origine phylogénétique basée sur MLST dans les Andes région en Colombie. Cependant, nous avons précédemment rapporté que le Type cagA de
a été associé à un groupe phylogénétique à Okinawa, au Japon [22], [27]. Souches d'Okinawa ont été divisés en 3 sous-populations et un groupe de mélange influencé par des souches occidentales. La topologie et les sous-populations phylogéographique étaient significativement associés à des résultats cliniques; Cependant, la différence de topologie phylogéographique était due à l'état de cagA
(type Est-asiatique, de type occidental cagA
et cagA
-négatif) et vacA
(m1 ou m2) des sous-populations. GC était plus fréquente dans le groupe contenant la plupart du temps Est-type asiatique cagA
souches. Les résultats de MLST ont montré que la prévalence de la GC dans chaque groupe ne diffère pas lorsque seul type occidental cagA
souches ou souches séronégatifs de cagA ont été utilisés [27]. Ainsi, l'origine phylogéographique peut agir comme facteur de confusion dans la prédiction des facteurs de virulence, mais pas issue de la maladie (par exemple, dans hspEAsia, la plupart sont -positif, vacA
s1 /m1 Type de cagA, BABA
-positif et OIPA
"sur" le statut). Dans une étude récente, non seulement H. pylori de l'ascendance, mais aussi coévolution entre l'homme et H. pylori
a été trouvé pour être le meilleur prédicteur des lésions précancéreuses [32]. D'autres études sont nécessaires pour confirmer la relation entre l'origine ancestrale de H. pylori
indépendamment des facteurs de virulence et les résultats cliniques.

Dans cette étude, nous avons inclus les patients Mestizos vivant principalement dans la ville de Bogota, qui est situé dans la zone de montagne (2.600 m au dessus du niveau de la mer). Cette zone est généralement peuplé par Mestizos, une population mixte qui ont descendu des Américains autochtones (Amérindiens) et les personnes européennes datant de la période de la colonisation espagnole [33]. Les Amérindiens sont émis l'hypothèse qu'elles ont été infectées à l'origine avec des souches hspAmerind qui appartiennent à la sous-population de hpEastAsia [10]. Par conséquent, nous nous attendions à ce que H. pylori
isolé de Mestizos afficherait un type mixte de hpEurope et hspAmerind. Fait intéressant, tous les cas sauf un dans notre étude ont été infectées par des souches de hpEurope, conformément à une précédente étude [15]. analyse de la structure a révélé que plusieurs souches avec hpEurope ont montré un motif en mosaïque; cependant, ils ne sont pas un mélange de hpEurope et hspAmerind. Cette observation confirme l'hypothèse que les souches hpEurope possèdent un avantage concurrentiel sur les souches hspAmerind indigènes comme décrit précédemment [34], [35]. Étonnamment, notre étude précédente a montré que même dans 16 souches isolées de Huitoto, un groupe isolé primitive vivant dans la jungle amazonienne en Colombie, 4 souches ont été infectées par hspAmerind, tandis que les 12 restants étaient des souches hpEurope [12]. En outre, nous avons constaté que plusieurs souches Amérindiennes de Colombie possédaient de type occidental cagA
mais de type est-asiatique pas cagA
[36]. On ne sait pas pourquoi la plupart Amérindien H. Les souches pylori de génotypes ont typiques des souches provenant de pays occidentaux, même dans des sites où l'influence occidentale semble avoir été minime. hpEurope, plutôt que des souches hspAmerind, pourrait être facilement adapté aux conditions environnementales et la pression sélective exercée par l'hôte. Deux hypothèses, l'un basé sur la concurrence de la souche et l'autre sur la souche subversion par transformation, ont été proposés comme des raisons pour le déplacement de hspAmerind par hpEurope [34]. Une étude plus approfondie sera nécessaire de définir le mécanisme (s) responsable de la in vivo
perte des Amérindiens souches quand en compétition avec les souches de l'Ancien Monde. Fait intéressant, nous avons constaté que plusieurs souches colombiennes ont montré une composante spécifique de la population, et cette composante a été partagée non seulement avec d'autres souches d'Amérique du Sud, mais aussi avec des souches espagnoles déposées dans PubMLST. La ville de Bogota, fondée en 1538, est devenu l'un des principaux centres administratifs des possessions espagnoles du Nouveau Monde (avec Lima et Mexico) [33]. Notre analyse suggère que les souches hpEurope en Colombie ont été introduites principalement par des immigrants espagnols. typage de la population de H. pylori
est un outil utile pour les schémas de migration cartographie de l'homme [37]; en effet, nos conclusions pourraient être utiles pour élucider ceux des humains modernes en Amérique du Sud. Bien que notre analyse MLST basée sur sept gènes de ménage suggère que la plupart des souches colombiennes ont été remplacées par des souches hpEurope, reliques de souches autochtones ancestrales pourraient rester dans d'autres parties du génome. Des enquêtes plus étendues dans le monde entier et l'ensemble du génome nous aideront à comprendre davantage la structure de l'évolution et de la population de H. pylori
.

Une limitation potentielle de notre étude est intéressant de noter que nous ne pouvions pas obtenir suffisamment d'informations sur l'origine ethnique des patients dont la H. Les souches ont été isolées pylori de. En effet, il a été suggéré que l'ascendance hôte peut influer sur les résultats cliniques comme décrit précédemment [32]. Par exemple, des polymorphismes de gènes de cytokines inflammatoires ( IL-1
groupe de gènes, TNF-α
, IL-10
et IL-8
) ont été rapportés en corrélation avec GC [38] - [43]. En outre, une histoire familiale de la CG a été montré pour contribuer aux résultats cliniques [44]. En plus d'autres H. Les facteurs de virulence de pylori, ces informations peuvent être utiles pour distinguer entre GC et le risque DU. Une enquête plus poussée est nécessaire pour élucider l'association entre H. pylori de génotypes et les résultats de la maladie.

Conclusion

Notre étude a révélé que l'origine phylogéographique par MLST ne suffisait pas de faire la distinction entre GC et le risque UA dans la région des Andes en Colombie. Une analyse phylogénétique y compris les facteurs de virulence de H. pylori
pourrait être nécessaire pour déterminer plus précisément les résultats cliniques. En outre, notre analyse suggère également que les souches hpEurope en Colombie ont été introduites principalement par des immigrants espagnols et leur génotype n'a pas été influencé par les Amérindiens.

Informations complémentaires
Tableau S1.
doi: 10.1371 /journal.pone.0105392.s001
(DOCX)

Remerciements

Nous remercions Mme Miyuki Matsuda pour une excellente assistance technique
.

• PLOS ONE: Helicobacter pylori Favorise épithéliale-mésenchymateuses Transition dans le cancer gastrique par régulation négative de Programmed Protein Cell Décès 4 (PDCD4)
• PLOS ONE: Carnosine inhibe la prolifération des cellules gastriques humaines du cancer SGC-7901 à travers deux mitochondrial Respiration et Pathways glycolyse