Plos ONE: Helicobacter pylori iz želodca raka in dvanajstnika Show Same filogeografska izvora v andski regiji v Kolumbiji

Povzetek

Ozadje

Nedavno poročilo je pokazalo, da je filogenetski izvor Helicobacter pylori primerjavo na podlagi multi-procesnega sekvenčno tipizacijo (MLST) je bila značilno povezana z resnost gastritis v Kolumbiji. Vendar pa je možna povezava med filogenetske izvora in kliničnih izidov ni bila preučena v tej študiji. Če bi bila filogenetski izvor namesto virulence dejavniki resnično povezana s kliničnimi rezultati, identifikacijo prebivalcev z visokim tveganjem za raka želodca v Kolumbiji bi bil razmeroma enostaven. V tej raziskavi smo pregledali filogenetske izvor sevov z rakom želodca in pri bolnikih, razjeda na dvanajstniku, ki živijo v Bogoti, Kolumbija.

Metode

vključenih 35 želodčni bolnikov z rakom in 31 bolnikov razjeda na dvanajstniku, ki se štejejo rezultate varianta. V genotipov cagA
in Váca
so bile določene z verižno reakcijo s polimerazo. Rodovnik teh kolumbijske sevov smo analizirali s MLST. Bakterijska struktura prebivalstva smo analizirali s pomočjo STRUKTURA programske opreme.

Rezultati

H. pylori
sevi zaradi raka želodca in pri bolnikih, razjeda na dvanajstniku so bili razpršeni v filogenetske drevesu; Tako nismo zaznati nobene razlike v filogenetske distribuciji med rakom želodca in dvanajstnika sevov razjede v skupini hpEurope v Kolumbiji. Šestinšestdeset sevi, z eno izjemo, so razvrščene kot hpEurope ne glede na cagA
in Váca
genotipov, in vrste bolezni. Analiza STRUKTURA je pokazala, da imajo Kolumbijski sevi hpEurope za filogenetske povezave španske sevov.

Sklepi

Naša raziskava je pokazala, da je bila filogeografska poreklo, ki MLST določena ne zadošča za razlikovanje med rakom želodca in dvanajstnika tveganja ulkus med hpEurope sevov v andski regiji v Kolumbiji. Naša analiza kaže tudi, da so bili sevi hpEurope v Kolumbiji v prvi vrsti uvaja španskih priseljencev

Navedba. Shiota S, Suzuki R, Matsuo Y, Miftahussurur M, Tran TTH, Binh TT, et al. (2014) Helicobacter pylori
od Rak želodca in dvanajstnika Prikaži Same filogeografska izvora v andski regiji v Kolumbiji. PLoS ONE 9 (8): e105392. doi: 10,1371 /journal.pone.0105392

Urednik: Masaru Katoh, National Cancer Center, Japonska

Prejeto: 7. marec 2014; Sprejeto: 23. julij 2014; Objavljeno: 14. avgust 2014

Copyright: © 2014 Shiota et al. To je odprtega dostopa članek razširja pod pogoji Creative Commons Attribution License, ki omogoča neomejeno uporabo, distribucijo in razmnoževanje v katerem koli mediju, pod pogojem, da prvotni avtor in vir knjižijo

Data Zaloga:. avtorji potrjujejo, da so v celoti na voljo brez omejitev vse podatke, na katerih temeljijo ugotovitve. Podatki nukleotidno zaporedje tu poročali, so na voljo na DDBJ številke pristopna AB923031 do AB923492

Financiranje:. To poročilo temelji na delu podpira deloma z nepovratnimi sredstvi iz National Institutes of Health (DK62813) (LL), in donacij -in-Pomoč za znanstvene raziskave s strani Ministrstva za izobraževanje, kulturo, šport, znanost in tehnologijo (MEXT) Japonske (22390085, 22659087, 24406015 in 24659200) (LL), (23790798) (SS) in Posebna Usklajevanje skladov za spodbujanje znanost in tehnologijo iz Japonske znanost in tehnologijo agencije (JST). Med financerji imel nobene vloge pri oblikovanju študije, zbiranje in analizo podatkov, sklep, da se objavi, ali pripravi rokopisa

nasprotujočimi si interesi.. Avtorji so izjavili, da ne obstajajo konkurenčni interesi

Uvod

Helicobacter pylori
je spiralna Gram-negativna bakterija, ki okuži več kot polovico svetovnega prebivalstva [1]. Mehanizem prenosa H. pylori
ni povsem pojasnjena, vendar s človeka na človeka širjenje preko ustnih-ustnih ali fekalno-oralne poti naj bi bila najbolj verjetna [2]. H. pylori
okužba je zdaj sprejeto, da je povezano s hudimi-gastritis, povezane bolezni, vključno z peptične razjede in raka želodca (GC) [1]. Okužba ostaja latentna pri večini okuženih bolnikov in le manjšina posameznikov z H. pylori
okužba kdaj razvoj bolezni [3]. Uemura sod. poročali, da je GC razvil v približno 3% H. pylori
okuženimi bolniki v opazovalnem obdobju 10 let, v primerjavi z nobeno od neokuženih pacientov [4]. Poleg gostitelja, okoljskih in prehranskih dejavnikov, razlike v virulence H. pylori
sevi so povezani z različnimi rezultatov H. pylori
okužbe. Virulence dejavniki H. pylori
, kot so cagA, Vaca, dupa, ICEA, oipA
in baba
, se je izkazalo, da so napovedniki hudih kliničnih izidov [5], [6]. Pomembneje pa je, večina teh dejavnikov virulence so povezani drug z drugim; cagA
-positive sevi imajo tudi Váca
s1 /m1 vrsto in so še naprej tesno povezana s prisotnostjo na Baba
in oipA
"o" stanju [5].

genetske raznolikosti v H. pylori
je večja kot pri večini drugih bakterij [7], in približno 50-krat večja kot pri človeški populaciji [8]. Poleg tega pogosta rekombinacija med različnimi H. pylori
sevi [9] vodi le delno genetsko neravnostežje med polimorfno lokusov, ki zagotavlja dodatne informacije za populacije genetsko analizo [10]. V zadnjem času, genomsko raznolikost v H. pylori
populacije je pregledal več locus sekvenčno tipizacijo metoda (MLST) z sedem higienski gene ( atpA, EFP, mutY, ppa, trpC, UREI
in yphC
) [10] - [12]. Trenutno je bilo opredeljenih sedem vrst prebivalstva, ki temelji na geografskih društev in označijo na naslednji način: hpEurope, hpEastAsia, hpAfrica1, hpAfrica2, hpAsia2, hpNEAfrica in hpSahul [10] - [12]. hpEastAsia je pogost v H. pylori
izolatov iz vzhodne Azije, in jih lahko razdelimo v tri podskupine hspEAsia, hspAmerind in hspMaori. hpEurope vključuje skoraj vse H. pylori
izolirane seve iz etničnih Evropejci, vključno z ljudmi iz držav, ki jih Evropejci kolonizirali. H. pylori
se predvideva, da so se iz vzhodne Afrike se je v istem časovnem obdobju kot anatomsko modernih ljudi (pred ~58,000 let), in je ostala tesno povezana z njihovimi človeškega gostitelja, odkar [5], [11] [12] .

starostno standardizirana incidenčna stopnja (ASR) GC v Kolumbiji, je poročalo, da je relativno visoka (13,4 /100.000 prebivalcev) v primerjavi z drugimi južnoameriškimi državami (povprečje ASR = 10,3 /100.000 prebivalcev) (Mednarodna agencija za raziskave o raku; GLOBOCAN2012, http://globocan.iarc.fr/). Predvsem GC je bolj razširjena v kolumbijski gorski regiji kot na obali [13], [14]. de Sablet sod. izvedli MLST ugotoviti filogeografska razlike med gore in obalne regije [15]. Zanimivo je, da so ugotovili, da je Vse cagA
-positive seve od GC območjih z visokim tveganjem pripadala hpEurope, medtem hpEurope in hpAfrica1 sobivajo v regijah z GC nizko stopnjo tveganja [15]. Poleg tega predmeti okuženi s sevom hpEurope v H. pylori
pokazale višje histopatološke rezultate od tistih, ki so okužene z sevi hpAfrica1. Te ugotovitve kažejo, da je filogeografska poreklo, ki MLST določi mogoče uporabiti kot napovedovalec GC tveganja.

Vendar te študije ni preizkusilo filogenetske izvor po kliničnih rezultatov in s tem ostaja nejasno, ali filogenetske izvora je resnično povezana s kliničnimi rezultati v Kolumbiji. V tej študiji smo preučili filogenetski izvor H. pylori
sevi iz GC in dvanajstnika bolnikov (DU), ki živijo v Bogoti, glavnem mestu in največje mesto, ki se nahaja v andski regiji v Kolumbiji.

Materiali in metode

Bolniki

H. pylori
sevi so bili pridobljeni iz želodčne sluznice H. okuženimi Kolumbijski pylori
bolnikov z GC in DU, ki so šli skozi endoskopijo na Universidad Nacional de Colombia, Bogota, Kolumbija. GC in DU so bile ugotovljene z endoskopijo in GC je nadalje potrdila histopatologijo [16]. Bolniki z anamnezo delnega želodca resekcijo so bili izključeni. Pisna privolitev je bila pridobljena od vseh udeležencev, in protokol je odobril Odbor za etiko Universidad Nacional de Colombia.

Izolacija in genotipizacija za H. pylori

antralnih biopsije so bili osebki pridobljeni za izolacijo H. pylori
z uporabo standardnih metod kulture, kot je prej opisano [17]. H. pylori
DNA smo ekstrahirali iz konfluentne plošče kultur razširjenih iz ene kolonije z uporabo komercialno dostopnim setom (QIAGEN, Valencia, CA). Status cagA
je bila določena z verižne reakcije s polimerazo (PCR) za ohranjenih regij cagA
in za neposredno določanje zaporedja z uporabo primer par cagTF je; 5'-ACC CTA GTC GGT AAT GGG-3 'in cagTR; 5'-GCT TTA GCT TCT GAY ACY GC-3 '(Y = C ali T) oblikovani na 3' ponovitvene regije cagA
, kot je opisano zgoraj [18]. Pogoji PCR so bili začetna denaturacija 5 minut pri 95 ° C, 35 pomnoževanja stopnice (95 ° C za 30 sekund, 56 ° C za 30 sekund in 72 ° C za 30 sekund), in končno podaljšanje ciklusa od 7 minut pri 72 ° C, z uporabo Blend Taq DNA polimerazo (TOYOBO, Osaka, Japonska). Odsotnost cagA
je potrdil prisotnost cagA
prazna stran, kot je bilo že opisano v [19]. produktov PCR smo očistili z QIAquick Purification Kit (Qiagen), v skladu z navodili proizvajalca. Pomnožene fragment je bila odkrita z elektroforezo v 1,5% agaroznem gelu, ki je bila nato obarvajo z etidijevim bromidom in vizuali uporabo ultravijolične trans-osvetljevalec.

Váca
genotipizacija (s1, s2, m1 in m2) smo izvedli kot je opisano predhodno [20], [21]. Temeljni premazi za regijo signala dobimo 259 bp in 286 bp fragment za s1 in s2 variante oz. Temeljni premazi za srednji regiji prinesla 570 bp in 645 bp fragment za m1 in m2 variante oz.

Filogenetska analiza H. pylori
sevi

MLST sedmih oskrbniška genov ( atpA, EFP, mutY, ppa, trpC, UREI, yphC
) je bila določena sekvenciranje osnovi PCR, kot je opisano prej [7 ], [22]. Neposredno določanje zaporedja DNK smo izvedli z uporabo AB 3130 Genetic Analyzer (Applied Biosystems, Foster City, CA), v skladu z navodili proizvajalca. Za gradnjo filogenetske drevesa, ki temelji na MLST genotipov, zaporedje podatkovni nizi iz 7 oskrbniška genov hpAfrica2, hpAfrica1, hpNEAfrica, hpEurope, hpSahul, hpAsia2, hspMaori, hspAmerind in hspEAsia sevov (60, 181, 61, 566, 49, 17 80, 18 in 177 sevi, oziroma 1.209 napetosti v celoti) smo pridobili iz podatkovne baze PubMLST (http://pubmlst.org/). Te zaporedje podatkovni nizi so v kombinaciji z našimi podatki iz 66 kolumbijske sevov. Sosed spajanja dreves so bili zgrajeni s MEGA 5.0 uporabo Kimura-2 parametrov [23].

analiza strukture Prebivalstvo H. pylori
sevi

Analizirali smo bakterijsko strukturo prebivalstva s pomočjo struktura (V.2.3.2) programske opreme [24]. Markov Chain Monte Carlo (MCMC) simulacije strukture so bile izvedene v model zmesi z burn-in 20.000, sledijo 30.000 iteracij za vsako vožnjo. Število pogojno populacij (K) je bila ustanovljena od 7 do 10 in 5 prog je bilo izvedenih za vsako K.

nukleotidno zaporedje,

Nukleotidne podatki zaporedja tukaj poročali, so na voljo na DDBJ številke pristopna AB923031 da AB923492.

Rezultati

smo vključili 35 GC bolnikov in 31 bolnikov DU. Seve izolirali iz bolnikov GC vključenih 24 cagA
-positive in 11 cagA
-negativno. Devetindvajset so Váca
s1m1 genotip in 6 so bili Váca
s2m2 genotip. Vse 24 cagA
-positive sevi GC pokazala Váca
s1m1 genotip. Za 31 sevov iz bolnikov DU, je bilo 22 sevov cagA
-positive in preostalih 9 so cagA
-negativno. Váca
s1m1 genotip je bilo v 16 sevov, Vaca
s1m2 v 5 sevov in Vaca
s2m2 10 sevov. Med 22. cagA
-positive seve od bolnikov DU, 14 sevi imela na Váca
s1m1 genotip. Pet sevi so bili s1m2 in preostale 3 sevi so bili s2m2.

Vrste populacijsko 35 sevov izoliranih iz bolnikov z GC in 31 iz nadaljnjega smo analizirali s MLST. Filogenetske drevo 66 kolumbijske sevov na podlagi sekvenc MLST in vrste bolezni, so prikazani na sliki 1. GC in DU sevi so bili razpršeni v MLST drevesu; Tako nismo našli nobene razlike v filogenetske distribuciji med GC in sevi DU. Slika 2A kaže cagA
status sevov na MLST drevesa. Sevi iz cagA
-positive in cagA
-negativno ni bilo mogoče jasno razdeljene, čeprav cagA
HBeAg negativnih sevi so bili razmeroma zbrani v isti panogi. Slika 2B kaže Váca
vrste sevov na isti MLST drevesa. Šestnajst Váca
s2m2 sevi so bili zbrani v podpanoga skupaj z dvema s1m2 in šest s1m1 sevov. Preostali trije Váca
s1m2 sevi so se nahajala med 39 Váca
s1m1 sevov.

Nato smo zgradili filogenetsko drevo, ki temelji na MLST zaporedij 66 kolumbijskih sevov in 1.209 referenčne seve hpAfrica2, hpAfrica1, hpNEAfrica, hpEurope, hpSahul, hpAsia2, hspMaori, hspAmerind in hspEAsia, deponiranih v pubMLST bazi podatkov (60, 181, 61, 566, 49, 17, 80, 18 in 177 sevi, v tem zaporedju) ( slika 3). Med 66 kolumbijske sevov, samo en cagA
-positive sev je nahajal med sub-vej hpAfrica1. Preostalih 65 sevi so bili razpršeni med hpEurope podpodročjih, ne glede na vrsto bolezni. Tako je bil med odcep filogenetske drevesa in kliničnih izidov opazili nobene povezave.

Da bi raziskali strukturo prebivalstva od kolumbijske sevov, smo izvedli analizo prebivalstva s pomočjo STRUKTURA programske opreme [24]. Pri tej analizi smo uporabili enake 1.257 seve (1.209 referenčnih sevov in 66 kolumbijski seve), ki so bili uporabljeni za filogenetske analize MLST. STRUKTURA programska oprema izvaja MCMC simulacijo razvrščanje posameznikov za določeno število prebivalstva (K). Za dano K STRUKTURA določa K dele prebivalstva in jih zastopa ga barvah K uporabi eno barvo, da predstavljajo eno komponento prebivalstva. Opravili smo analizo STRUKTURA z določitvijo K od 7 do 10 in izvedene simulacije petkrat za vsako K. Slika 4 prikazuje rezultate K = 9 in 10, katerih posteriorna verjetnost je najboljši od petih prog (najverjetnejša rezultati). Vsak navpična linija odvetniških kart predstavlja en sev in barve črte kažejo populacije, ki jim pripadajo sev. Dolžine barv v liniji so sorazmerna z verjetnostjo, da je sev pripada vsako populacijo. Ker je hpEurope skupina je dodatek iz več izvorov, ta skupina kaže kompleksne barve.

V posledica K = 7, kolumbijskim sevi pokazala skupnih barve z sevov hpEurope (slika 4A). Ko je bil K nastavljen na 10, kolumbijskim in več sevi hpEurope predstavil drugačno barvo od drugih, ki predstavlja sestavni del prebivalstva, posebno na teh sevov (svetlo zelena palice označene z zvezdami v sliki 4B). To pomeni, da so ti sevi osnovno podobnost z evropskimi sevi, vendar se razlikuje od drugih, če podrobno preučiti. Slika 4C je povečava kolumbijske sevov. Palice so razvrščene od leve proti desni v padajočem vrstnem redu glede na svetlo zeleno komponento. cagA
vrste in bolezni, so prikazane z oznakami pod bar chart. Kot Ta podatek kaže, cagA
HBeAg negativnih sevi so bili pogosti na desnem koncu. Medtem ko je večina kolumbijske sevov imel posebno komponento in /ali skupni sestavni del prebivalstva z hpEurope, en sev pokazala večjo podobnost z hpAfrica1 (slika 4C, bar označen s trikotnikom). Ta sev ustreza tistemu, ki pripada hpAfrica1 sub-podružnica v filogenetske drevesu MLST (slika 3).

V podatkih, vzetih iz PubMLST, smo izbrali 63 hpEurope sevov, ki so vsebovali v svetlo zeleno komponento prebivalstva na 10% ali več in raziskali njihovo lokacijo vzorčenja. Petindvajset sevi so bili izolirani iz Kolumbije, čeprav so bili uvrščeni v hpEurope, 19 je bilo iz Španije, 4 so iz Venezuele, in drugi so iz različnih držav (tabela S1).

Pogovor

Host , okoljskih in prehranskih dejavnikov, in razlike v H. pylori
sevi so povezani z različnimi rezultatov H. pylori
okužbe. Na splošno je porazdelitev incidence GC tesno povezana z njimi H. pylori
skupine, definirane z analizo prebivalstva, ki temelji na MLST [25]. Visoka pojavnost GC je bilo v regijah, v katerih prevladujejo hpEastAsia sevi (zlasti hspEAsia). Vendar pa je incidenca GC je v Afriki, kjer je večina sevov hpNEAfrica, hpAfrica1 ali hpAfrica2, in v Južni Aziji, kjer je večina sevov hpAsia2 zelo nizka. V splošnem bi lahko pojasnil nizko incidenco raka želodca v afriških in Južne Azije, vsaj delno, zaradi različnih genotipov H. pylori
kroži na različnih geografskih območjih. Zanimivo, nedavno poročilo o cagA
-positive napetosti v Kolumbiji je pokazala, da vsi sevi iz regij z visokim tveganjem GC pripadajo hpEurope, medtem hpEurope in hpAfrica1 sevov sobivajo v regijah z nizko stopnjo tveganja [15]. Poleg tega predmeti okuženi s sevom hpEurope v H. pylori
pokazale višje histopatološke rezultate od tistih, ki so okužene z sevi hpAfrica1. So avtorji zaključili, da se razlika v bakterijskih populacij lahko uporablja kot napovedovalec GC tveganja.

V tej študiji smo vključili H. pylori
izolirane seve iz kolumbijske bolnikov z GC in DU pa ni gastritis. Bolniki z le gastritis v času endoskopije lahko razvije DU in GC kasneje v življenju; nasprotno, bolniki DU redko razvijejo GC v svojem življenju [4], [26]. Zato, čeprav H. pylori
okužba spodbuja razvoj obeh GC in DU, GC in DU se štejejo rezultate varianta. V tej študiji nismo našli nobene razlike v filogenetskih skupinah med GC in sevov DU. Naši Kolumbijski sevi so ugotovili, da pripadajo hpEurope, razen pri enem sevu hpAfrica1. Čeprav so Kolumbijski sevi v filogenetskih dreves razdeljen na več pod-vej, je bilo med veje in bolezni (sliki 1 in 3) ni nobene povezave. Zato je topologija MLST drevesa ne deluje kot marker za oceno GC in DU tveganje za seve hpEurope v Kolumbiji. Sicer pa tudi v študiji, ki jo de Sablet et al. Opravila, vse cagA
HBeAg negativnih sevi so bili prav tako štejejo, da spadajo v hpEurope [15]. Avtorji izjavil, da osebe, okužene z cagA
HBeAg negativnih sevi so imeli zelo nizke histopatološke rezultate; Zato, hpEurope sevi brez prisotnosti cagA
lahko manj virulentni. Poleg tega smo že poročali, da sevi z več kot tremi ponavljajočih regijah 3 'regiji, cagA
so bili povezani z bistveno višjimi rezultati za želodčne sluznice atrofijo in intestinalno metaplazijo od tistih z manj ponovnih regij v Kolumbiji [20 ]. Razširjenost sevov z več kot tremi ponovnih regijah je bila višja v GC kot DU [20]. Tako je Vrsta cagA
namesto filogenetski izvora lahko boljši napovedovalec GC za sevov hpEurope [27].

smo že ugotovili, da čeprav OipA in OAS
PAI povezana, je bil le OipA neodvisen dejavnik tveganja za DU [28]. OipA v cagA
-positive sevi lahko prispeva k filogenetski variacije z analizo MLST določena. Poleg tega smo poročali, da je jhp0045
in jhp0046
so statistično pomembno povezane z GC v cagA
-positive napetosti v Kolumbiji [29]. Poleg tega smo poročali, da okužbe s dupa
-positive sevi povečalo tveganje za DU, vendar so bili zaščitni proti GC v Kolumbiji [30]. Zato se lahko stanje drugih dejavnikov virulence povezati z filogenetske drevesa, pridobljenih z izvajanjem MLST [5]. Poročali so odnosi med filogenija za oskrbniška genov in OAS
PAI filogenija [31]. Filogenija najbolj OAS
PAI geni je bila podobna kot MLST, kar kaže, da je OAS
PAI je verjetno pridobil samo enkrat H. pylori
in njegova genetska raznolikost odraža izolacijo z razdaljo, ki je oblikovan to bakterijskih vrst, saj moderni ljudje selili iz Afrike [31]. V tej študiji je filogenetsko drevo, ki temelji na MLST ni bila povezana z vrsto cagA
ali Vaca
, čeprav sevov z cagA
-negativno ali vaca
s2m2 genotipi so relativno gruči. Samo en sev pripadal hpAfrica1, in to sev imela cagA
, kar kaže, da je cagA
in Vaca
genotipi niso bile odločilne dejavnike za filogenetske porekla, ki temelji na MLST v andskih regija v Kolumbiji. Vendar pa smo že poročali, da je Vrsta cagA
je bila povezana z filogenetske grozda v Okinava, Japonska [22], [27]. Sevi iz Okinawe so bili razdeljeni v 3 skupinami prebivalstva in enega mešalnega skupine zahodni sevi vpliva. Filogeografska topologija in Podskupine so bistveno povezana s kliničnimi rezultati; Vendar pa je bila razlika v filogenetski topologije zaradi statusa cagA
(tip vzhodno-azijske, zahodni tip cagA
in cagA
-negativno) in Vaca
(m1 ali m2) od podpopulacij. GC je bolj razširjena v skupini, ki vsebuje predvsem vzhod-azijsko-type cagA
sevov. Rezultati MLST so pokazali, da je razširjenost GC v vsaki skupini, ni razlikujejo, ko le zahodnega tipa cagA
sevi ali cagA
HBeAg negativnih sevi so bili uporabljeni [27]. Tako lahko filogeografska izvor deluje kot moteč dejavnik pri napovedovanju dejavnike virulence, ne pa tudi izid bolezni (na primer v hspEAsia, najbolj so cagA
-positive, Váca
s1 /m1 tip, Baba
-positive in oipA
"o" stanju). V nedavni študiji, ne le H. pylori
predniki, ampak tudi koevolucija med človeškimi in H. pylori
je bilo ugotovljeno, da je najboljši napovedovalec za predrakavih sprememb [32]. Nadaljnje raziskave so potrebne za potrditev razmerje med prednikov izvora H. pylori
neodvisno od dejavnikov virulence in klinične izide.

V tej študiji smo vključili bolnike mestici večinoma živijo v Bogota mesto, ki se nahaja v gorskem območju (2600 m nadmorske višine). To področje je v glavnem poseljena s mestici, mešane populacije, ki so potomci staroselcev Američanov (Amerindians) in evropskih ljudi iz časa španske kolonizacije obdobju [33]. Ameriški Indijanci so hipotezo, da so bili okuženi prvotno s sevi hspAmerind ki pripadajo podskupini hpEastAsia [10]. Zato smo pričakovali, da je H. pylori PODJETJA
izolirali iz mestici bi prikazal mešani tip hpEurope in hspAmerind. Zanimivo je, da so bili v vseh primerih, razen ene v naši raziskavi, okuženih s sevi hpEurope, v skladu s prejšnjo raziskavo [15]. Analiza STRUKTURA je pokazala, da je več sevi z hpEurope pokazala mozaik vzorec; Vendar pa niso bili mešanica hpEurope in hspAmerind. Ta ugotovitev podpira hipotezo, da hpEurope sevi imajo konkurenčno prednost pred avtohtonimi sevi hspAmerind kot prej [34] je opisano, [35]. Presenetljivo je, da naša prejšnja študija je pokazala, da je tudi v 16 sevov izoliranih iz Huitoto, primitivni, izolirane skupine, ki živijo v amazonskih džunglah v Kolumbiji, so bile 4 sevi okuženih z hspAmerind, medtem ko preostalih 12 sevov hpEurope [12]. Poleg tega smo ugotovili, da je več Amerindian sevov iz Kolumbije imela Western-type cagA
, vendar ne vzhodno-azijske-type cagA
[36]. Še vedno ni jasno, zakaj večina Amerindian H. pylori
sevi imajo genotipe značilne sevov iz zahodnih držav, tudi v krajih, kjer se zdi, zahodni vpliv, da je bil minimalen. hpEurope, namesto sevov hspAmerind, bi se zlahka prilagodi na okoljske razmere in selektivnim pritiskom, ki jih je gostitelj pojavijo. Dve hipotezi, ki temelji na seva konkurence in drugi na sev subverzije s transformacijo, so predlagali kot razlog za premik hspAmerind s hpEurope [34]. Nadaljnja raziskava bo treba opredeliti mehanizem (-e), odgovorne za in vivo
izguba od Amerindians sevov, ko je v konkurenci z Old svetovnega sevov. Zanimivo je, da smo ugotovili, da je več Kolumbijski sevi so pokazali posebno komponento prebivalstva, in ta element je delil ne le z drugimi južnoameriškimi sevi, ampak tudi s španskimi sevi, deponirani v PubMLST. Mesto Bogoti, ustanovljeno leta 1538, je postal eden glavnih upravnih središč španske posesti v Novem svetu (skupaj z Lima in Mexico City) [33]. Naša analiza kaže, da so sevi hpEurope v Kolumbiji je predstavil predvsem španskih priseljencev. Prebivalstvo tipizacija H. pylori
je uporabno orodje za vzorce migracij kartiranje ljudi [37]; seveda, lahko naše ugotovitve koristno pojasniti tistih modernih ljudi v Južni Ameriki. Čeprav je naša analiza MLST temelji na sedmih oskrbniška genov, kaže, da je bila večina kolumbijske sevov nadomesti s sevi hpEurope bi relikvije prednikov staroselcev sevov ostane v drugih delih genoma. Obsežnejša po vsem svetu in genoma vsej ankete nam bo pomagal nadaljnje razumevanje evolucije in populacijsko strukturo H. pylori
.

Ena od možnih omejitev naše študije je treba omeniti, da nismo mogli pridobiti dovolj podatkov o narodnosti bolnikov, ki ji je H. pylori
sevi so bili izolirani. Dejansko je bilo predlagano, da bi gostiteljica prednikov vpliva na klinične rezultate, kot je opisano zgoraj [32]. Na primer, vnetnih citokinov genskih polimorfizmov ( IL-1
gen grozdov, TNF-α
, IL-10
in IL-8
) so poročali, da se povezana z GC [38] - [43]. Poleg tega je bilo v družini GC pokazale, da prispevajo k kliničnih izidov [44]. Poleg drugih H. pylori
virulence dejavniki, lahko ta informacija koristna za razlikovanje med GC in DU tveganja. Nadaljnja preiskava je potrebna za pojasnitev povezave med H. pylori
genotipi in rezultati bolezni.

Zaključek

Naša raziskava je pokazala, da filogeografska poreklo, ki MLST ni bilo dovolj za razlikovanje med GC in DU tveganja v andski regiji v Kolumbiji. Filogenetsko analizo, vključno virulentnih dejavnikov H. pylori morda
treba natančneje določiti klinične rezultate. Poleg tega je naša analiza prav tako kaže, da so sevi hpEurope v Kolumbiji je predstavil predvsem španskih priseljencev in njihov genotip ni vplivala Amerindians.

Podpora Informacije
Tabela S1.
doi: 10,1371 /journal.pone.0105392.s001
(DOCX)

Priznanja

Zahvaljujemo se gospe Miyuki Matsuda za odlično tehnično pomoč
.

• Plos ONE: Helicobacter pylori Spodbuja epitelijskih-mezenhimskih Prehod želodčnega raka, ki ga Downregulating Programirana celična smrt Protein 4 (PDCD4)
• Plos ONE: Karnozin zavira proliferacijo človeške želodčne Rak SGC-7901 celic skozi Oba v mitohondrije Dihanje in Glikoliza Pathways