Stomach Health > Mo. Gesondheet >  > Gastric Cancer > Gastric Cancer

PLOS NËMMEN: Characterization vun Differentially deelgeholl Genen verwéckelt Weeër Associéierten mat Gastric Cancer

Wat VerfÜgung

Fir d'Musteren vun der Gentherapie Ausdrock vun gastric Kriibs beschen, am Ganzen 26 vläit gastric Kriibs an noncancerous Stoffer aus Patienten fir Gentherapie Ausdrock microarray Analysë Coursë waren. Limma Methoden sech applizéiert den Daten ze analyséieren, an Genen sech als bedeitend ausgedréckt differentially ze ginn, wann der falsch Discovery Rate (FDR) Wäert war &Si besteet; 0,01, P VerfÜgung -value war &Si besteet; 0,01 an der fantastesch änneren (FC) war > 2. Duerno, huet Gene Ontologie (BEI) Kategorien der Haaptrei Funktiounen vun der differentially ausgedréckt Genen ze analyséieren benotzt. Laut dem Kyoto Enzyklopedie vun Genen an Genomes (Kegg) Datebank, fonnt mir Weeër vill mat den Ënnerscheed Genen assoziéiert. Gene-Act Netz a Co-Ausdrock Reseau goufen respektiv gebaut baséiert op d'Relatiounen tëscht de Genen, Proteinen an awer an der Datebank. 2371 mRNAs an 350 lncRNAs wéi vill differentially ausgedréckt Genen considéréiert goufen fir d'weideren Analyse ausgewielt. D'Kategorien GO, Passerelle analyséiert an d'Gene-Act Reseau huet eng konsequent Resultat dass an-reegelen Genen fir tumorigenesis, Migratioun, angiogenesis an microenvironment Opstellung, iwwerdeems verwandelt-reegelen Genen responsabel waren am ukuerbelt Équipe huet. Dës Resultater vun dëser Etude suerge Roman Conclusiounen op coding RNAs, lncRNAs, Weeër an der Co-Ausdrock Réseau zu gastric Kriibs déi nëtzlech ginn weider Enquête zu guide a viséieren Therapie fir dës Krankheet VerfÜgung

Fro:. Li H , Yu B, Li J, Su L, Yan M, Zhang J, et al. (2015) Characterization vun Differentially deelgeholl Genen verwéckelt Weeër Associéierten mat Gastric Cancer. PLoS NËMMEN 10 (4): e0125013. Doi: 10.1371 /journal.pone.0125013 VerfÜgung

Akademesch Redakter: Francisco J. Esteban, Universitéit vu Jaén, Spuenien VerfÜgung

Arnaque: November 9, 2014; Akzeptéiert: 6 Mäerz 2015; Publizéiert: April 30, 2015 VerfÜgung

Copyright: © 2015 Li et al. Dëst ass eng oppen Zougang Artikel ënnert de Bedingunge vun der Lizenz CC BY verdeelt, déi bereet benotzen Genehmegungen, Distributioun, an Reproduktioun vun all mëttelgrouss, gëtt si vum original Auteur an d'Quell Kaiser VerfÜgung

Data Disponibilitéit: All Daten sinn bannent de Pabeier a seng Ennerstëtzung Informatiounen Fichieren. All microarray Fichier'en aus der NCBI Gene Expression Omnibus (Geo) Datebank (Bäitrëtt Zuel "GSE65801"; http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE65801) sinn.

Funding: Dës Aarbecht vun Stipendië fir Analyse vun der National Natural Science Foundation vu China ënnerstëtzt gouf [Nr 81172324, Nr 91229106, Nr 81272749, an Nr 81372231], Wëssenschaft an Technologie Kommissioun vu Shanghai Gemeng [Nr 13ZR1425600], an Key Projetën an der National Science & Technology léit plangen vu China (Nr 2014BAI09B03). D'funders hu keng Roll am Etude Design, Daten Kollektioun an Analyse, Décisioun, oder Virbereedung vun der mëttelalterlech Handschrëft ze publizéieren VerfÜgung

Wettsträit Interessen:.. D'Auteuren hunn deklaréiert, datt keng Competitioun Interessen existéieren VerfÜgung

Aféierung VerfÜgung

Gastric Kriibs (GC) ass eent vun de meescht genannten Cancers weltwäit, an hir Heefegkeet ass besonnesch héich an Osteuropa an Asien, virun allem an China. Ongeféier 952.000 nei Fäll vu Kriibs Mo. sech weltwäit an 2012 diagnostizéiert, an d'Halschent vun hinnen ass an Osteuropa Asien (haaptsächlech an China) [1]. An China, sinn d'Majoritéit vun Patienten mat GC op engem Enn Etapp mat aarmséileg hätt diagnostizéiert. Dofir, elucidating de molekulare Mechanismen GC Werdegang ass wiesentlech fir Erkenntnesser Schlëssel biomarkers an Entwécklungslänner effikass geziilte Therapien Basisdaten. VerfÜgung

An der leschter Dekad, Gentherapie Ausdrock microarrays engem gemeinsamen Outil fir waat Gentherapie ët Niveauen an der Kriibsfuerschung ginn hunn. Microarray Donnéeën ass fir eng breet Panoplie vu analyséiert, wéi unsupervised Käre, klasséieren, Ënnerscheed Ausdrock Analyse, an Ausdrock androën vun grouss recommandéiert loci benotzt [2]. Et hëlleft net nëmme wichteg geschwënn Genen zu Kriibs ze identifizéieren mee stellt Nepgen-Informatiouns- op Gentherapie Ausdrock op eng Kéier och [3,4]. An dëser Etude, standing mir eng Nepgen-grouss Emfro vun der Expressioun vun lncRNAs an mRNAs aus vläit Echantillon vun der Primärschoul gastric Kriibs Stoffer an noncancerous Stoffer, déi differentially ausgedréckt lncRNAs an coding RNAs zu Profil. Etude vun dësen Donnéen wäertvoll Informatiounen iwwert de Mechanismus vun carcinogenesis déi an Entdeckung vun Schlëssel Genen erlaben, datt den Zukunft Ziler vun Anti-Kriibs Therapie Akt kann. VerfÜgung

Method a Material zur VerfÜgung

ethneschen Ausso

Schrëftlech Awëllegung war vun all de Bedeelegten kritt. D'Etude gouf vun de Mënscherechter Research IFLA- Comité vun Ruijin Spidol, Shanghai JIAO Tong University, School vun Medezin virausgesat. VerfÜgung

Ray Echantillon VerfÜgung

Stoffer sech aus der Primärschoul gastric carcinomas aus onbehandelt Patienten geholl deen D2 mécht radikal gastrectomy zu Shanghai Ruijin Spidol. Fir all Kriibs Otemschwieregkeeten, war e vläit noncancerous Otemschwieregkeeten kennt aus der bascht Regioun op der selwechter Zäit gesammelt. D'Gréisst vun all Prouf war ronderëm 0.1cm 3. All d'Echantillon waren am RNALater bannent 15 Minutten nom excision an gespäichert zu flëssegem Stéckstoff bis RNS Extraktioun gesat. An dëser Etude, goufen 32 vläit Stoffer fir d'microarray gesammelt an 26 vläit Echantillon sech fir d'nächst-Schrëtt Analys vun GO, Passerelle an Reseau der Qualitéitskontroll benotzt 3D Principal Komponent Analyse (3D-PCA) an Koup Analyse Coursë. VerfÜgung

Microarray Experimenter VerfÜgung

Agilent SurePrint G3 Mënscherechter GE 8x60K Microarray (Design ID: 028004) war vun dëser Etude geschafft. Total RNS vom an Implikatioune engem Low check Quick Etikette Kit benotzt, One-Faarf (Catȇ0-2305, Agilent Technologien, US). Dunn huet d'Bezeechnung cRNAs vun engem RNeasy Mini Kit (Cat˥06, QIAGEN, Däitschland) sidd. VerfÜgung

op d'Uweisungen d'Hiersteller Opgrond, war all Rutsch mat 600ng Cy3-Label Crna hybridized engem Gene Expression Hybridization Kit mat (CatȆ8-5242, Agilent Technologien, US) an Katakombe vum Gene Expression Wash Respektiv Kit (CatȆ8-5327, Agilent Technologien, US). VerfÜgung

an Agilent Microarray Scanner (Cat # G2565CA, Agilent Technologien, US) a Spillfilmer Extraktioun Software 10.7 (Agilent Technologien, goufen US) applizéiert all Rutsch mat den selwechten Astellungen wéi verfollegen, Dye Kanal gewisen ze scannen: Green, Scan Resolutioun = 3μm, 20bit. D'Matière Date goufen duerch d'Quantile sind Gene Fréijoer Software 11.0 (Agilent Technologien, US) (Détailer zu S5 Table). VerfÜgung

Limma VerfÜgung

Linearschrëft Modeller a empiresche Bayes Methoden normalized sech applizéiert ze analyséieren den Donnéeë vun dëser Etude. Déi doraus resultéierend P VerfÜgung -values ​​sech mat der BH FDR sind ugepasst. Et waren dräi Standarden fir eis, datt e Gene ze considéréieren huet vill differentially ausgedréckt, de FDR Wäert war &Si besteet; 0,01, P VerfÜgung -value war &Si besteet; 0,01 an der fantastesch änneren war > 2. (Détailer zu S5 Table) VerfÜgung

GO Kategorie VerfÜgung

standing Mir Gene Ontologie (BEI) analyséiert d'Funktioune vun der differentially ausgedréckt Genen vun eiser microarray ze analyséieren no de Schlëssel funktionell Klassifikatioun vun der National Center fir déi Information (NCBI). Generell, Fisher an d'genee Test an der χ VerfÜgung 2 Test applizéiert sech d'BEI Kategorie ze klassifizéieren, an de falschen Entdeckung Tarif (FDR,) war berechent d' P VerfÜgung fir richteg -value ( N VerfÜgung k VerfÜgung rappeléiert der Zuel vun Fisher d'Test P VerfÜgung -values ​​manner wéi d' χ VerfÜgung 2 Test P VerfÜgung -values). D'Beräicherung Re war héichhelleg: Re = ( n VerfÜgung f VerfÜgung / n VerfÜgung) /( N VerfÜgung f VerfÜgung / N VerfÜgung) an de groussen Kategorien ( N VerfÜgung f VerfÜgung ass d'Zuel vun Ënnerscheed Genen am besonneschen Kategorie, n VerfÜgung ass d'Gesamtzuel vun de Genen an der selwechter Kategorie, n VerfÜgung f VerfÜgung ass d'Zuel vun Ënnerscheed Genen am ganze microarray, an N
ass d'Gesamtzuel vun de Genen an der microarray) (an S5 Table detailléierte) VerfÜgung

Passerelle Analysë VerfÜgung

Passerelle configuréieren vun den Ënnerscheed exressed Genen sech aus Kegg (http kritt: //www .genome.jp /Kegg /). Passerelle Kategorien mat enger FDR &Si besteet; 0,01 markéiert huet. De Räichtum vu wesentleche Édouard war vun entscheet: Beräicherung = /, déi gehollef eis méi wichteg Weeër an eiser Etude Geldautomat ( n VerfÜgung g VerfÜgung ass d'Zuel vun Ënnerscheed Genen am besonnesch Passerelle, n VerfÜgung engem VerfÜgung ass d'Gesamtzuel vun de Genen an der selwechter Passerelle, N VerfÜgung g VerfÜgung ass de Zuel vun Ënnerscheed Genen déi op d'mannst eng Passerelle Annotation hunn, a N VerfÜgung engem VerfÜgung ass d'Zuel vun Genen déi op d'mannst eng Passerelle Annotation am ganze microarray hunn.) (detailléierte zu S5 Table). VerfÜgung

Gene-Act Reseau VerfÜgung

Laut dem Kegg Datebank, ee Gentherapie an e puer Weeër Équipe kann oder mat e puer anere Genen zesummekomm. All der Gentherapie-Gentherapie Interaktioune sech zesummen hinzeginn d'Gene-Act Netz ze bauen baséiert op den Ënnerscheed Weeër, déi eis gehollef fir de sécher Weeër a Schlëssel reglementaresche Genen am GC opzeweisen. VerfÜgung

Co-Ausdrock Reseau VerfÜgung

Gene Co-Ausdrock Network war no der normalized Signal Intensitéit vun spezifesch Ausdrock Genen gebaut. Diplome centrality ass wéi d'Zuel vun Linken definéiert een Node anert ass, wat d'famill Wichtegkeet vun Genen bestëmmt. Wat ass méi, k-Placken a sech als eng Method vun vereinfacht d'Grafik topology Analysë applizéiert. Kär reglementaresche Faktoren (Genen) déi hun den héchste Grad onst stäerkste bascht Genen a bauen d'Struktur vun de Reseau (Détailer zu S5 Table). VerfÜgung

Real-Zäit grouss Hinnen alleguer VerfÜgung

Total RNS ofgebaut gouf aus Stoffer déi Trizol reagent (Invitrogen) laut den Hiersteller d'Instruktioune benotzt. Déi grouss real-Zäit polymerase Kette Reaktioun (Hinnen alleguer) war an engem Fast Real-Zäit Hinnen alleguer 7500 System (Obwuel Biosystems) andems SYBR-grénge Hinnen alleguer Master Mix gesuergt. D'primers vun der 10 Genen huet an S4 Table gewisen. Hinnen alleguer Reaktioune waren op 50 ° C fir 2 min gesuergt, gefollegt vun 40 Zykle vun 95 ° C fir 15 s an 60 ° C fir 1 min. ΔCt war vun subtracting der CT vun β-actin RNS (Kontroll) vun der CT vun den RNS vun Echantillonen, bzw. berechent. ΔΔCt war dann déi subtracting der ΔCt vun der Kontroll vun der ΔCt vun der Prouf berechent. Fantastesch Ännerung vun der Equatioun 2-ΔΔCt berechent huet. VerfÜgung

statistique Analyse VerfÜgung

SPSS Software 19 a Microsoft Excel 2010 benotzt huet d'Daten ze analyséieren. Ausdrock Niveauen tëschent Kriibs Stoffer an bascht noncancerous Stoffer sech duerch vläit-Prouf T-Tester analyséiert. P VerfÜgung -values ​​ënnert 0,05 als statistesch groussen Deel goufen. VerfÜgung

Resultater VerfÜgung

Microarray Analysë VerfÜgung

Am Ganzen, 42.405 mënschleche Genen huet an eiser Etude profiléiert vun mat engem Agilent G3 Mënscherechter GE 8x60K microarray. Mir hunn eis Donnéeën an de Commons vun "Gene Expression Omnibus" proposéiert an de Bäitrëtt Zuel war "GSE65801" (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE65801). Mir benotzt linear Modeller a empiresche Methoden Bayes d'Daten ze analyséieren (kuckt Method). Et goufen 2371 mRNAs an 350 lncRNAs als de differentially ausgedréckt Genen vun limma fir d'nächst-Schrëtt Analys (Lalumi 1A). VerfÜgung

Vun all 2371 Ënnerscheed mRNAs, do si 1142 mRNAs verwandelt-reglementéiert an 1229 mRNAs Bastelen tëschent gastric Kriibs a Kontroll Stoffer (Lalumi 1c) an eiser Observatioun op hire Restaurant vun der Gentherapie Ausdrock reegelen. Déi meescht vun den Ënnerscheed mRNAs bewisen hunn mat carcinogenesis an Metastasen am meeschten Zorte vu Kriibs (Table 1) soll gin. D'Genen wéi GKN2, PGC, MUC6, Chia, PSCA an FBP2 sech ënnert den Top 20 verwandelt-reegelen Genen, iwwerdeems KLK8, SFRP4, INHBA, CLDN1, CST1, FAP, SPP1, OLFM4, an KRT17 ënnert den Top 20 waren an -regulated Genen (Table 1). Mä e puer Genen wéi HOXC9, FNDC1, STRA6, KCNE2, PGA3 an KCNJ16 hunn net zu gastric Kriibs an hir Rollen gemellt goufen bleiwen onbekannt (Table 1). VerfÜgung

Zousätzlech, fonnt mir 193 verwandelt-reglementéiert lncRNAs an 156 bis-reegelen lncRNAs ënnert engem Total vun 350 Ënnerscheed lncRNAs baséiert op der profiling (Lalumi 1B). Déi meescht vun de lncRNAs hunn net offiziell Nimm an hir Funktiounen bleiwen onbekannt ginn. puer hunn awer, onënnerbrach kritescher Rollen zu Kriibs gemellt, esou den H19, GUCY1B2, MEG3 an AKR7L (Table 2). VerfÜgung

An eiser leschter Rapport [36], déi fantastesch änneren (FC) vun H19 zu 74 gastric Kriibs versus vläit noncancerous Stoffer war 6,015, mat enger P VerfÜgung -value vun 0,017. Dëst Resultat war konsequent mat den Donnéeën vun H19 (Absolut FC = 6.06) an dësem microarray analyséiert. Doriwwer, iwwer-Ausdrock vun H19 dréit zu der Verbreedung, Migratioun, Iwwerfall a Metastasen vun gastric Kriibs. VerfÜgung

Gene Ontologie Kategorien VerfÜgung

de All differentially ausgedréckt Genen an verschidden funktionell Kategorien séiert sech no der Gene Ontologie (BEI) Projet fir biologesche Prozesser. Baséierend op eise microarray Donnéeën, Analysë GO uginn, datt 208 GO Begrëffer beräichert huet ( P VerfÜgung &Si besteet; 0,01, FDR &Si besteet; 0,01) (S1 Table). Der Primärschoul GO Kategorien fir 170 weider-reegelen GO Begrëffer sech op Zell Haftung do, angiogenesis, multicellular Gebeitechnik Entwécklung, axon Orientatioun, Vullen System Entwécklung, collagen fibril Organisatioun, positiv Regulatioun vun angiogenesis, wounding an negativ Regulatioun vun Zell Prolifératioun (Lalumi 2A) . Den Haaptgrond GO Kategorien fir erof-reegelen Genen huet unzereegen, xenobiotic metabolic Prozess, transmembrane Transport, ioun Transport, kleng Protein metabolic Prozess, negativ Regulatioun vum Wuesstem, glutathione metabolic Prozess, bewosst Äntwert ze Cadmium ioun an metabolic Prozess (Lalumi 2B).

Laut den Ënnerscheed Genen an Funktiounen, baue mir en GO Tree d'Interaktiounen tëschent all den Ënnerscheed GO Kategorien ze entdecken. D'Diversitéit vun dëse Kategorien wann een kriibserreegend a Kontroll Stoffer ugeholl datt gastric Kriibs mat verbonne kann vill weider-reegelen Zell Migratioun, Zell Prolifératioun, angiogenesis, Zell-Zell Haftung an Zell Uewerfläch receptor Weeër wéi sécher, iwwerdeems Zell ukuerbelt Prozesser an ioun transmembrane Transport laut Kegg sinn verwandelt-reegelen (Lalumi 3). VerfÜgung

Passerelle Analysë VerfÜgung

Passerelle Analysë benotzt sech mat der differentially ausgedréckt Genen déi bedeitendst Weeër ze identifizéieren assoziéiert. Et waren 32 up-reegelen Weeër an 31 verwandelt-reegelen Weeër baséiert op eis Daten (Lalumi 4). Doriwwer eraus, war d'Passerelle profiling mat de Resultater vun der GO Kategorien zu Kriibs-Zesummenhang biologescher Funktiounen konsequent. Eis Daten duerch e Ënnerscheed Genen héich erop-reegelen wéi hir Équipe Weeër proposéiert activiated goufen. Zum Beispill, SFRP4, WNT11, FZD2, goufen MYC héich zu Kriibs Stoffer ausdrécke wat d'Wnt Passerelle vertrieden war activiated an BCL2A1, ICM1, TNFSF14 zu NF-κB Passerelle sech duerchaus als gutt ausgedréckt. Déi meescht vun de Kriibs-Zesummenhang sécher Weeër wéi Jak /aktuelle Wäert, Wnt, NF-κB, PI3K, mTOR, Däreldéier an top Weeër sech zu gastric Kriibs Verglach mat noncancerous Stoffer op eis Daten (S2 Table) baséiert ausgeléist. Déi weider-reegelen Weeër, déi op Zell Haftung, transcriptional dysregulation do waren, carcinogenesis an dat sech mat tumorogenesis an Metastasen (Lalumi 4A) soll. Allerdéngs, d'verwandelt-reegelen Weeër sech allgemeng responsabel fir ukuerbelt (Lalumi 4B). VerfÜgung

Gene-Act Reseau VerfÜgung

Baséierend op GO Kategorien an Passerelle Analyse, ee Gentherapie an e puer Weeër ginn Équipe kann oder mat e puer aneren Genen zesummekomm. Mir hinzeginn den Ënnerscheed Genen an engem Netz vun der Interaktiounen differentially ausgedréckt Genen gebaut. Eng héich Diplome FAQ reguléieren oder ass vun villen anere Proteinen reglementéiert, déi am Gene-Act Reseau (S3 Table) eng wichteg Roll beinhalt. D'glutathione S-transferase (GST) Famill, cytochrome P450 (CYP) Famill, UDP glucuronosyltransferase 2 (UGT2) Famill, Epidermal Wuesstem Factor Receptor (EGFR) Famill a Camp-ofhängeg FAQ kinase Katalysator Beta (PRKACB) waren am Kär vun der Gene-Gentherapie Interaktioun Réseau. Si kënne wichteg Roll am Netz spillen, well si di stäerkst Diplome (Diplome > 25) haat centralities (Gentherapie-Gentherapie Interaktioune) (Lalumi 5). Et ass confirméiert datt GST, EGFR an PRKACB fir Signal transduction Weeër an entholl Wuesstem an dat an verschidden Type vu Cancers [42,43]. VerfÜgung

Gene Co-Ausdrock Reseau VerfÜgung

Équipe responsabel sinn mir produzéiert engem Gene Co-Ausdrock Reseau baséiert op der differentially ausgedréckt Genen, Proteinen a FAQ komplex an Kriibs Stoffer an noncancerous (Kontroll) Stoffer, bzw.. Am Verglach mat der Kontroll, goufen d'Verbindung tëscht Genen zu Kriibs Stoffer manner, wat proposéiert, datt déi meescht vun de gestallt Gentherapie-Gentherapie Molekülle an linkages zu normal Stoffer déi gebrach ginn oder an de Kriibs Stoffer (Lalumi 6A an 6B) verluer. D'Genen mat héije Diplome an k-Kär dat heescht si Meeschter vun der Interaktioune mat anere geneswere haat den Schlëssel Genen an der Interaktioun Reseau (Lalumi 6B) dorënner TRO, GPR124, TIMP2 bekannt, EMCN, SLIT3, HTRA1, SPARC, LAMA4 an MEOX2 (Table 3). Si waren zoustänneg fir Zell sécher, Haftung, angiogenesis, Migratioun, Wuesstem an Metastasen. VerfÜgung

Confirmatioun vun microarray Resultater vun qPCR VerfÜgung

Mir standing Chemeschen Real-Zäit Hinnen alleguer (qPCR) op 6 weider-reglementéiert Genen (COL1A, BGN, SPP1, MELK, IGFBP4, SPARC) an 4 verwandelt-reegelen Genen (PGC, SST, MT1X, S100P) eis Donnéeën an gastric Kriibs Stoffer (entholl) an noncancerous Stoffer (Normal) ze vergläichen. Den Ausdrock nennen vun dësen 10 Genen (entholl /Normal) aus qPCR sinn konsequent mat deenen aus microarray (S4 Table). Et gëtt ugeholl, d'Donnéeë vu Ënnerscheed Genen Ausdrock aus microarray zouverlässeg war. Wat ass méi, huet eis Equipe op e puer vun den Ënnerscheed Genen wéi PHF10 [55], CEACAM6 [56], SFRP1 [57], SOX11 [58], CLDN1 [59] ze ermëttelen hiren Ausdrock an Funktiounen am gastric Kriibs geschafft ginn an d'Resultater perfekt bewisen eis microarray Daten. VerfÜgung

Diskussioun VerfÜgung

microarray Gentherapie-Ausdrock Analysë op hunn gastric Kriibs virdrun benotzt ginn diagnostic lues [60] an z'identifizéieren Gentherapie Ausdrock Musteren mat Iwwregens hätt verbonne ze soe [ ,,,0],61,62], mä et huet net benotzt ginn molekulare Interaktiounen tëschent lncRNAs an mRNAs am GC opgedeckt. An dëser Etude, analyséiert mir 26 gastric Kriibs Stoffer mat noncancerous Stoffer vläit an profiléiert differentially d'Genen no hirem GO Kategorien ausgedréckt, Édouard Gene-Act Netz a Co-Expression Netz. VerfÜgung

D'Gentherapie Ausdrock Resultater kritt huet duerch eng Agilent G3 Mënscherechter GE 8x60K microarray benotzen, déi net nëmmen d'transcriptome Datenbanken fir mRNA Ziler deckt awer och Ämter fir lncRNAs (laang net-coding RNAs). Mat der Formatioun vun mRNA an lncRNAs, kann et zwee Experimenter op enger eenzeger microarray Leeschtunge an lncRNA Funktioun an dÉxistenz mRNAs virauszesoen. D'Analysë réischt engem Set vu Genen datt tëscht gastric Kriibs an normal Otemschwieregkeeten differentially ausgedréckt huet. E puer vun hinnen hunn an gastric oder aner Cancers gemellt virdrun gouf. Zum Beispill, Ausdrock vun gastrokine-2 (GKN2) huet däitlech erof-reglementéiert oder feelen an gastric Kriibs Zell Linnen, gastric intestinal metaplasia, an entholl Stoffer. Iwwer-Ausdrock vun GKN2 derzou Zell Prolifératioun, Migratioun, an Invasioun vun gastric Kriibs a festgeholl der Zell Zyklus um G1-S Transitioun Phas [6]. Am Géigesaz, Niveaue vun Ausdrock vun inhibin Beta A (INHBA) huet däitlech méi héich zu Kriibs Otemschwieregkeeten wéi an bascht normal mucosa, an et ass wéi eng onofhängeg prognostic Faktor gastric Kriibs erauskoum [22]. Ausserdeem entdeckt mir puer Roman Genen, wéi TMEM184A, PSAPL1, KIAA1199, CLRN3 an FNDC1, déi zu gastric Kriibs gemellt hun virdrun net ginn, an hir Roll an Kriibs bleiwen onbekannt. VerfÜgung

Een vun de Virdeeler vun eis Gene Ausdrock microarray Analyse ass, dass et dem Wëllen vun lncRNAs an mRNAs representéiert sou datt béid zesummen propagéieren ginn hätt. Eis virdrun Rapport iwwert d'Roll vun lncRNA H19 an Netzwierk am GC [36] war op dëser microarray Donnéeë baséieren. Meeschter vun der lncRNAs awer, wéi DRD5, FMO6P, SNAR-A3 a TPRXL zougedréckt an eiser microarray net ginn hunn identifizéiert a muss weider Enquête hir Rollen am gastric Kriibs ze klären. VerfÜgung

Baséierend op eise Gentherapie Ausdrock profiling Daten, huet de Genen an hir Funktiounen am gastric Kriibs ageschalt responsabel fir Prolifératioun, Haftung, Migratioun an Metastasen, déi mat de Resultater vu Passerelle Analysë kohärent war. Spannen, entdeckt mir dat schonns esou gemellt meescht vun de Kriibs-Zesummenhang sécher Weeër als top, mTOR an Hues am GC ageschalt baséieren op eisem Daten. Dës Resultater Ënnerstëtzung der Embryone datt heterogeneity charakteristesche vun GC ass. Verglach vun de Ko-Ausdrock Vernetzung normal Stoffer a Kriibs ugeholl datt den Ausdrock, Funktiounen a Molekülle vun der Majoritéit vun gestallt Gentherapie sech zu gastric Kriibs verluer oder beschiedegt hierkommen Prolifératioun, Migratioun an Metastasen abnormal verstäerkt goufen. Dës interessant Conclusiounen Match d'Charakteristiken vun Kriibs, wéi anaplasia an dedifferentiation. Dës differentially ausgedréckt Genen vun sécher Weeër Équipe Verdeedegung Schlëssel Genen vun de Ko-Ausdrock Reseau kéint d'Potential Ziler vun Anti-Kriibs Therapie oder diagnostic lues an der Zukunft ginn. VerfÜgung

Informatiounen Ennerstëtzung VerfÜgung S1 Table. Passerelle Analysë vun Ënnerscheed Genen VerfÜgung Doi: 10,1371 /journal.pone.0125013.s001 VerfÜgung (XLSX) VerfÜgung S2 Table. GO Analysë vun Ënnerscheed Genen VerfÜgung Doi: 10,1371 /journal.pone.0125013.s002 VerfÜgung (XLSX) VerfÜgung S3 Table. Gene-Act Reseau vu Ënnerscheed Genen VerfÜgung Doi: 10,1371 /journal.pone.0125013.s003 VerfÜgung (XLSX) VerfÜgung S4 Table. Primers a kënnen VerfÜgung Doi: 10,1371 /journal.pone.0125013.s004 VerfÜgung (DOCX) VerfÜgung S5 Table. Methoden a Material zur VerfÜgung Doi: 10,1371 /journal.pone.0125013.s005 VerfÜgung (DOCX) VerfÜgung

Arbeschterlidder VerfÜgung

Mir wëllen gären Dr. Fred Bogott um Austin Medical Center zu Merci Universitéit vun Minnesota, a Dr. Joshua Liao um Hormel Institut, Austin vun Minnesota, fir hir Englesch Redaktioun vun dëser mëttelalterlech Handschrëft. Mir wéilt de funders Merci dat studéieren ze ënnerstëtzen. Dës Aarbecht vun Stipendien aus der National Natural Science Foundation vu China ënnerstëtzt gouf [Nr 81172324, Nr 91229106, Nr 81272749, an Nr 81372231], Wëssenschaft an Technologie Kommissioun vu Shanghai Gemeng [Nr 13ZR1425600], an Key Projetën an der National Science & Technology léit plangen vu China (Nr 2014BAI09B03). VerfÜgung

Other Languages