PLoS ONE: apibūdinimas skirtingai išreiškiama genus kelius susijęs su skrandžio vėžiu

Anotacija

Jei ištirti genų ekspresiją skrandžio vėžio modelius, viso 26 suporuotas skrandžio vėžiu ir noncancerous audinius nuo pacientai buvo įtraukti genų ekspresijos Mikrogardelė analizes. Limma metodai buvo taikomi analizuoti duomenis ir buvo laikomi genai turi būti žymiai skirtingai išreikšti, jei klaidinga "Discovery greitis (FDR) vertė buvo < 0,01 P
-Pridėtinės buvo < 0,01 ir kartų kaita (FC) buvo > 2. Vėliau Genų Ontologija (go) kategorijos buvo naudojamas analizuoti pagrindines funkcijas skirtingai išreikštas genuose. Pagal Kioto enciklopedija genų ir Genomes (KEGG) duomenų bazėje, mes nustatėme, kelius reikšmingai susijęs su diferencialinių genuose. Genų-aktas tinklas ir bendradarbiavimas išraiška tinklas buvo pastatyta atitinkamai remiantis tarp genų, baltymų ir junginių duomenų bazės santykius. 2371 mRNR ir 350 lncRNAs laikomi gerokai skirtingai išreikšti genai buvo pasirinktas tolesnei analizei. GO kategorijos, kelias analizuoja ir genų aktas tinklas parodė pastovią rezultatą, kuris iki reguliuojama genai yra atsakingi už Tumorigenesis, migracijos, angiogenezę bei mikroaplinkos formavimą, o žemyn reguliuojama genai dalyvauja metabolizme. Šie Šio tyrimo rezultatai pateikti keletą naujų išvadas dėl kodavimo RNR, lncRNAs, keliai ir bendro išraiška tinklą skrandžio vėžio, kuris bus naudingas gidas tolesnį tyrimą ir tikslinės terapijos šios ligos

nurodomoji dalis:. Li O , J. B, Li J, S L, Yan, M, Zhang J, ir kt., (2015) apibūdinimas diferencijuotai Išreikšta genus kelius susijęs su skrandžio vėžiu. PLoS ONE 10 (4): e0125013. Doi: 10,1371 /journal.pone.0125013

Akademinė redaktorius: Fransisko J. Esteban universiteto Jaén, Ispanija

Įstojo: 9 lapkričio, 2014 m Priėmė: Kovo 6, 2015 m Paskelbta: Balandžio 30, 2015

Visos teisės saugomos: © 2015 Li et al., Tai atviros prieigos straipsnis platinama pagal Creative Commons Attribution licencija, kuri leidžia nevaržomai naudotis, paskirstymo ir dauginimąsi bet kokioje laikmenoje sąlygomis, su sąlyga, kad pirmasis autorius ir šaltinis įskaitomos

Duomenų Prieinamumas: Visi susiję duomenys yra per popieriaus ir jo Pagalbinė informacija failus. Visi mikrogardeliq failai yra prieinami iš NCBI genų ekspresijos Omnibus (GEO) duomenų bazė (prisijungimas skaičius "GSE65801" http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE65801).

finansavimas: Šis darbas buvo remiamas dotacijų analizės iš nacionalinio Gamtos mokslo fondo Kinijos [Nr 81172324, Nr 91229106, Nr 81272749 ir ​​Nr 81372231], Mokslo ir technologijų komisija Šanchajaus savivaldybės [Nr 13ZR1425600] ir pagrindiniai projektai Nacionalinės mokslo & Technologijos ramstis programa Kinijoje (Nr 2014BAI09B03). Į finansuotojai neturėjo vaidmenį studijų dizainas, duomenų rinkimo ir analizės, sprendimų skelbti, ar ruošiant rankraštį

konkuruojančių interesų.. Autoriai pareiškė, kad nėra konkuruojantys interesai egzistuoja

Įvadas

Skrandžio vėžys (GC) yra vienas iš labiausiai paplitusių vėžio formų pasaulyje, o jo dažnis yra ypač didelė Rytų Azijoje, ypač Kinijoje. Maždaug 952.000 naujų atvejų skrandžio vėžio buvo diagnozuota visame pasaulyje 2012 metais, ir pusė iš jų įvyko Rytų Azijoje (daugiausia Kinijoje) [1]. Kinijoje, pacientams, sergantiems GC dauguma diagnozuojama vėlai su blogos prognozės. Todėl, nušviečiantis molekulinius mechanizmus, sukeliančius GC progresavimo yra svarbu nustatyti pagrindinius biologinius žymenis ir plėtoti veiksmingą tikslines gydymo.

Per pastarąjį dešimtmetį, genų ekspresijos mikrogardelių tapo dažna priemone tikrinant genų stenograma lygį vėžio tyrimams. Mikrogardeliq duomenys naudojami įvairių analizių, tokių kaip neprižiūrimą grupavimo, klasifikavimo, skirtumas ekspresijos analizės, ir išraiška kartografavimą kiekybiniai požymiai [2] loci. Jis ne tik padeda nustatyti pagrindines asocialių genų vėžio, bet suteikia genomo informaciją apie genų ekspresijos vienu metu, taip pat [3,4]. Šiame tyrime mes atlikome genomo tyrimas apie lncRNAs ir mRNR ekspresijos iš susietų imčių pirminis navikas audinių ir noncancerous audiniuose, kad profilis skirtingai išreikštas lncRNAs ir kodavimo RNR. Tyrimas Šių duomenų suteiks vertingos informacijos apie kancerogeninio poveikio mechanizmą ir leidžia atradimą pagrindinių genų, kurie gali veikti kaip ateities tikslus vėžio gydymo.

Metodai ir medžiagos

Etikos pareiškimo

"Rašytinis sutikimas buvo gautas iš visų dalyvių. Tyrimas patvirtino Žmogaus tyrimų etikos komiteto Ruijin ligoninė, Šanchajaus Jiao Tong universiteto medicinos mokyklos.

Audinių mėginiai

audiniai buvo paimti iš pirminių skrandžio karcinoma iš negydytiems pacientams, kuriems buvo atlikta D2 radikalus skrandžio pašalinimas Šanchajaus Ruijin ligoninėje. Kiekvienam vėžio audinio, suporuotas noncancerous audinių mėginys paimamas iš gretimo regiono tuo pačiu metu. Kiekvieno mėginio dydis buvo maždaug 0.1cm ^{3. Visi mėginiai buvo dedamas į RNALater per 15 minučių po to, kai iškirpimo ir saugomi skystame azote, kol RNR ekstrakcijos. Šiame tyrime, 32 suporuoti audiniai buvo renkami mikrogardeliq ir 26 suporuoti mėginiai buvo įtraukti dėl kito žingsnio analizės eiti, kelio ir tinklo po kokybės kontrolės, naudojant 3D pagrindinis komponentas analizę (3D-PCA) ir klasterinė analizė.}

mikrogardeliq eksperimentai

"Agilent SurePrint G3" žmogaus "GE 8x60K mikrogardeliq (dizainas ID: 028.004) dirbo šiame tyrime. Iš viso RNR buvo izoliuota ir sustiprina naudojant mažos sąnaudos Greita stiprintuvas Žymėjimas KIT, vienspalvė (Katȇ0-2305, Agilent Technologies, JAV). Tada ženklinime cRNAs buvo valomas RNeasy mini komplektu (CATJ.106, QIAGEN, Vokietija).

Remiantis gamintojo nurodymais, kiekviena skaidrė buvo hibridizuoj 600ng Cy3 žymėto Juodos naudojant genų ekspresiją hibridizacijos Kit (CATȆ8-5242, Agilent Technologies, JAV) ir plaunamas genų ekspresijos plovimo buferio komplektas (CatȆ8-5327, Agilent Technologies, JAV).

"Agilent mikrogardeliq Skeneriai (Kat # G2565CA, Agilent technologijos, JAV) ir požymių išskyrimas programinė 10,7 (Agilent Technologies, JAV) buvo taikomi nuskaityti kiekvieną skaidrę su tais pačiais nustatymais, apskaitoma kaip sekti, dažų kanalas: žalia, skenavimo raiška = 3μm, 20bit. Pirminiai duomenys buvo normalizavosi Kvantas algoritmas, Gene pavasario Programinė įranga 11,0 (Agilent Technologies, JAV) (išsamiai S5 lentelė).

Limma

Linijiniai modeliai ir empiriniai Bajeso metodai buvo taikomi analizuoti kad šiame tyrime duomenys. Gauti P
k dydžiai buvo pakoreguota naudojant BH FDR algoritmą. Yra trys standartai mums manyti, kad genas buvo gerokai skirtingai išreikšti, FDR vertė buvo < 0,01 P
-Pridėtinės buvo < 0,01 ir kartų kaita buvo > 2. (Išsamiai S5 lentelėje)

GO kategoriją

Mes atlikome Genų Ontologija (GO) analizuoja analizuoti su skirtingai išreikštas genų funkcijas mūsų microarray pagal svarbiausių funkcinių klasifikatorių Nacionalinės centro biotechnologijos informacija (NCBI). Apskritai, tiksli Fišerio testas ir χ
^{2 testas buvo taikomas klasifikuoti GO kategoriją, ir netikrasis atradimas norma (FDR,) buvo apskaičiuojamas ištaisyti P
-Pridėtinės (, N
_{K
nurodo Fišerio testas skaičius P
k dydžiai mažesnis nei χ pervežimas 2 bandymo P
k dydžiai). Praturtėjimas Re buvo suteikta pavadinimas: Re = ( N
F
/ N
) /( N
f
/ N
) ir didelė kategorijose (, N
f
yra diferencialinių genų skaičius per tam tikros kategorijos N
yra viso genų toje pačioje kategorijoje N
f
yra diferencialinių genų visą microarray numeris ir N
yra viso genų mikrogardeliq) (išsamiai S5 lentelėje)}}

Kelias analizuoja

keliu anotacijos diferencialinių exressed genų buvo gauti iš KEGG (http: //www .genome.jp /kegg /). Keliu kategorijos su FDR < 0,01 buvo pažymėtos. Didelių kelių praturtėjimas buvo suteiktas pagal: sodrinimo = /, kuris padėjo mums rasti didesnių kelius mūsų tyrime ( N
<sub>G
yra diferencialinių genų viduje numeris pirma stažuotė N

yra viso genų toje pačioje kelio N
g
yra skaičius diferencialinių genų, kurie yra bent vienas keliu anotaciją, ir , N

yra genų, kurie turi bent vieną keliu anotacija visai microarray skaičius.) (išsamių į S5 lentelėje).</sub>

genų-aktas tinklas

Pasak KEGG duomenų bazėje, vienas genas gali būti įtraukti į keletą būdų ar bendrauti su keletu kitų genų. Visi genas genas sąveikos apjungti statyti Genų-ACT tinklą remiantis diferencialinių kelius, kurie padėjo mums atskleisti signalizacijos kelius ir pagrindinius reguliavimo genų GC.

Bendras išraiška tinklas

genų bendrai išraiška tinklas buvo pastatytas pagal normalizuotą signalo intensyvumo konkreti išraiška genuose. Laipsnis centrinę apibrėžiamas kaip nuorodų skaičių vienas mazgas turi kitą, kuri nustato santykinę svarbą genuose. Kas daugiau, k šerdys buvo taikomos kaip supaprastinti grafikas topologijos analizė metodu. Pagrindiniai reguliavimo veiksniai (genai), kurie turi didžiausią laipsnių prijungti dauguma gretimų genus ir sukurti tinklo (išsamiai S5 lentelė) struktūrą.

Realaus laiko kiekybine PGR

Viso RNR buvo išskirta iš audinių, naudojant Trizol reagento (Invitrogen) pagal gamintojo instrukcijas. Kiekybinė realaus laiko polimerazės grandininės reakcijos (PGR) buvo atliktas naudojant SYBR žalia PCR Master Mix Fast realiojo laiko PGR 7500 sistema (Applied BIOSYSTEMS). Atsižvelgiant į 10 genų pradmenys buvo parodė S4 lentelėje. PGR reakcijos buvo atliktas esant 50 ° C temperatūroje 2 min, o po to 40 ciklų 95 ° C temperatūroje 15 s ir 60 ° C temperatūroje 1 min. ΔCt buvo apskaičiuojamas atimant beta-aktino RNR (kontrolės) Ct iš mėginio RNR Ct, atitinkamai. tada ΔΔCt buvo apskaičiuojamas atimant ΔCt iš valdiklio nuo mėginio ΔCt. Sulenkite kaita buvo apskaičiuojamas lygtimi 2-ΔΔCt.

Statistinė analizė

SPSS programinė įranga 19 "ir" Microsoft Excel 2010 "buvo naudojamas analizuoti duomenis. Ekspresijos lygis tarp vėžinių audinių ir gretimų noncancerous audiniuose buvo analizuojami suporuotas-imties t-testus. P
k dydžiai žemiau 0,05 buvo laikomas statistiškai reikšmingas.

Rezultatai

mikrogardeliq analizuoja

Iš viso 42,405 žmogaus genai buvo profiliuoti mūsų tyrimo duomenimis, naudojant "Agilent G3" žmogaus "GE 8x60K mikrogardeliq. Mes pateikėme mūsų duomenų rinkinį į "genų ekspresijos Omnibus" saugyklą ir prisijungimas numeris buvo "GSE65801" (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE65801). Mes naudojome tiesiniai modeliai ir empirinius Bajeso metodų analizuoti duomenis (žr metodus). Nebuvo 2371 mRNR ir 350 lncRNAs laikomas skirtingai išreikštas genų pagal limma už kitą etapų analize (pav 1A).

Tarp visų 2371 diferencialinių mRNR yra 1142 mRNR žemyn reguliuojama ir 1229 mRNR aukštyn reglamentuoja mūsų pastabą dėl pakitimų genų ekspresijos tarp skrandžio vėžio ir kontrolės audinių (pav 1c). Dauguma diferencialinių mRNR buvo įrodyta, kad būti susijęs su kancerogeninio poveikio ir metastazių daugeliu vėžio rūšių (1 lentelė). Genai, pvz GKN2, PGC, MUC6, chia, PSCA ir FBP2 buvo tarp 20 geriausių žemyn reguliuojama genų, o KLK8, SFRP4, INHBA, CLDN1, CST1, FAP, SPP1, OLFM4 ir KRT17 buvo tarp 20 geriausių iki -regulated genai (1 lentelė). Tačiau kai kurie genai, pvz HOXC9, FNDC1, STRA6, KCNE2, PGA3 ir KCNJ16 nebuvo pranešta skrandžio vėžiu ir jų vaidmenys lieka nežinomi (1 lentelė).

Be to, mes nustatėme, 193 žemyn reguliuojama lncRNAs ir 156 iki reglamentuotos lncRNAs tarp 350 diferencialinių lncRNAs remiantis profiliavimo (pav 1B) viso. Dauguma lncRNAs nebuvo suteikta oficialiuosius pavadinimus ir jų funkcijos lieka nežinoma. Tačiau kai buvo pranešta žaisti kritinių vaidmenis vėžio, pavyzdžiui, H19, GUCY1B2, MEG3 ir AKR7L (2 lentelė).

Mūsų ankstesnėje ataskaitoje [36], pasikeitimus kartų kaitos (FC) ir H19 74 skrandžio vėžio palyginti suporuotas noncancerous audiniuose buvo 6,015, su P pervežimas -Pridėtinės iš 0,017. Šis rezultatas buvo suderinamas su H19 duomenų (absoliutus FC = 6.06) Šioje Mikrogardelė analizę. Be to, per išraiška H19 prisideda prie platinimo, migracijos, invazija ir metastazių skrandžio vėžio.

Genų Ontologija kategorijos

Visi skirtingai išreikšti genai buvo suskirstyti į skirtingas funkcines kategorijas pagal genų Ontologija (GO) projektas biologinių procesų. Remiantis mūsų microarray duomenis, eikite tyrimai rodo, kad 208 GO sąlygos buvo praturtintas ( P
< 0,01, FDR < 0,01) (S1 lentelė). Pirminiai GO kategorijos 170 iki reguliuojamų GO požiūriu buvo sutelktas į ląstelių sukibimą, angiogenezę, daugialąsčių organizmų vystymąsi, AXON orientavimo, skeleto sistemos kūrimas, kolageno skaidulių organizacijos, pozityviai reguliuoti angiogenezę, sužeidė ir neigiamo reguliavimo ląstelių proliferaciją (pav 2A) , Pagrindiniai GO kategorijos žemyn reguliuoja genų buvo virškinimą, ksenobiotinių medžiagų apykaitos procesas, transmembraninis transportas, jonų transportas, mažos molekulės medžiagų apykaitos procesas, neigiamai reguliavimas augimo, glutationo medžiagų apykaitos procesas, korinio atsakas į kadmio jonų ir medžiagų apykaitos procesą (pav 2b).

Pasak diferencialinių genų ir funkcijas, mes pastatėme GO medis ištirti sąveikas tarp visų skirtumas GO kategorijų. Į šių kategorijų įvairovė, lyginant su vėžinėmis ir kontrolės audinius pasiūlė, kad skrandžio vėžys gali būti susijęs su žymiai daugiau reglamentuojamo ląstelių migracija, ląstelių proliferaciją, angiogenezę, ląstelių ląstelių sukibimą ir ląstelės paviršiaus receptorių signalizacijos kelius, o ląstelių metabolizmo procesus ir jonų transmembraninis transportas yra žemyn reguliuojama (3 pav).

Kelias analizuoja

Kelias analizuoja buvo naudojami siekiant nustatyti svarbius kelius, susijusias su skirtingai išreikštas genų pagal KEGG. Ten buvo 32 iki reglamentuotos sąsajos ir 31 žemyn reguliuojama keliai, remiantis mūsų duomenų (4 pav). Be to, kelias profiliavimas atitiko už GO kategorijas vėžiu susijusių biologinių funkcijų rezultatai. Mūsų duomenys rodo, kai Diferencialinė genus labai iki reglamentuotas kuri siūlomus jų dalyvaujantys keliai buvo aktyvintas. Pavyzdžiui, SFRP4, WNT11, FZD2 Myc buvo labai išreikštas vėžio audiniuose, kurie atstovauja WNT kelias buvo aktyvintas ir BCL2A1, ICM1, TNFSF14 į NF-κB keliu buvo labai išreikštas gerai. Dauguma vėžio susijusių signaliniu keliu, pavyzdžiui JAK /STAT, WNT, NF-κB, PI3K, mTOR, ežys ir Notch kelius buvo aktyvuota skrandžio vėžiu, palyginti su noncancerous audinių remiantis mūsų duomenimis (S2 lentelė). AUKŠTYN reguliuojama keliai, kurie buvo sutelktas į ląstelių sukibimą, transkripcijos disreguliacija, kancerogeninio poveikio ir diferenciacijos buvo susijęs su tumorogenesis ir metastazių (pav 4a). Tačiau žemyn reguliuojama keliai paprastai buvo atsakingas už medžiagų apykaitą (pav 4B).

Genų-aktas tinklas

Remiantis GO kategorijas ir rūšyse analizę, vienas genas gali būti įtraukti į keletą būdų arba bendrauti su keletu kitų genų. Mes apibendrinusi diferencialinės genus ir pastatė iš diferencijuotai išreikštų genų sąveikų tinklą. Aukšto lygio baltymų reguliuoja arba reglamentuoja daugelį kitų baltymų, o tai reiškia svarbų vaidmenį geno-Act tinklo (S3 lentelė). Glutationo S-transferazės (PVM) šeimos, citochromo P450 (CYP) šeimos, UDP gliukuroniltransferazės 2 (UGT2) šeimos, epidermio augimo faktoriaus receptoriaus (EGFR) šeimos ir cAMP priklausoma baltymų kinazės katalizinis beta (PRKACB) buvo ne iš pagrindinių genas genas sąveika tinklas. Jie gali žaisti pagrindinius vaidmenis tinklo, nes jie turėjo stipriausią laipsnį (studijų > 25) centralities (genas-genas sąveikų) (5 pav). Buvo pranešta, kad GST, EGFR ir PRKACB yra atsakingi už signalo perdavimo kelius, dalyvaujančių vėžinių augimo ir diferenciacijos skirtingo tipo vėžio [42,43].

Genų bendrai išraiška tinklas

mes parengė genas bendrai išraiška tinklą remiantis skirtingai išreikšta genų, baltymų ir baltymų kompleksas vėžiu audinių ir noncancerous (kontrolės) audinių, atitinkamai. Lyginant su kontroline, tarp genų jungtys vėžiu audiniuose buvo mažiau, kuris teigė, kad dauguma fiziologinių genų genų sąveiką ir sąsajas sveikuose audiniuose buvo susmulkintos arba prarastas vėžio audiniuose (pav 6a ir 6b). Genai su dideliu ir K-core tai reiškia, jie turėjo daugumą Sąveika su kitais geneswere žinomas kaip pagrindinių genų sąveikos tinkle (pav 6B), įskaitant TRO, GPR124, TIMP2, EMCN, SLIT3, HTRA1, SPARC, LAMA4 ir MEOX2 (3 lentelė). Jie buvo atsakingi už ląstelių signalizacijos, sukibimo, angiogeneziniu, migracijos, augimo ir metastazes.

patvirtinimas microarray rezultatų qPCR

Mes atlikome Kiekybinis Realaus laiko PGR (qPCR) nuo 6 iki reguliuojama genai (COL1A, BGN, SPP1, Melk, IGFBP4, SPARC) ir 4 žemyn reguliuojamų genų (PGC, SST, MT1X, S100P) patikrinti mūsų duomenų skrandžio vėžio audiniuose (naviku) ir noncancerous audinių (normalus). Sąvoka rodikliai šių 10 genų (Naviko /Normal) iš qPCR sutampa su iš microarray (S4 lentelė). Jis pasiūlė diferencialinės genų raiškos duomenis iš Mikrogardelė buvo patikima. Dar daugiau, mūsų komanda buvo dirbo keletas diferencialinių genų, pavyzdžiui, PHF10 [55], CEACAM6 [56], SFRP1 [57], SOX11 [58], CLDN1 [59], kad būtų ištirti jų raiška ir funkcijos skrandžio vėžio ir rezultatai puikus įrodė mūsų mikrogardeliq duomenis.

Diskusijos

mikrogardeliq genų ekspresijos analizė skrandžio vėžio anksčiau buvo naudojamas prognozuoti diagnostikos žymekliai [60], ir nustatyti genų ekspresijos modelius, susijusius su prognozavimo [ ,,,0],61,62], tačiau jis nebuvo naudojamas atskleisti molekulinę sąveiką tarp lncRNAs ir mRNR GC. Šiame tyrime mes išanalizavo 26 skrandžio vėžiu audinius susietų noncancerous audinių ir profiliuoti genai skirtingai išreiškiama pagal jų GO kategorijų kelius, genų-aktas tinklo ir bendradarbiavimo išraiška tinklą.

genų ekspresijos rezultatai buvo gauti naudojant "Agilent G3" žmogaus "GE 8x60K mikrogardeliq, kuri apima ne tik transcriptome duomenų bazes mRNR tikslus, bet taip pat apima zondai lncRNAs (ilga ne kodavimo RNR). Su mRNR ir lncRNAs kartu, jis gali atlikti du eksperimentai su vienu microarray ir prognozuoti lncRNA funkciją ir sąveiką su mRNR. Tyrimai atskleidė genus, kurie buvo skirtingai išreikštas tarp skrandžio vėžio ir normalaus audinio rinkinys. Kai kurie iš jų buvo pranešė, kad anksčiau skrandžio arba kitų vėžio. Pavyzdžiui, išraiška gastrokine-2 (GKN2) buvo reikšmingai mažina reguliuojama arba nėra skrandžio vėžio ląstelių linijų, skrandžio žarnyno metaplazijos ir navikų audiniuose. Per išraiška GKN2 prisidėjo prie ląstelių proliferaciją, migraciją ir invazijos skrandžio vėžio ir suėmė ląstelių ciklą G1-S "pereinamuoju [6]. Priešingai, lygiai išraiškos inhibinas beta A (INHBA) buvo žymiai didesnis vėžio audinio nei gretimuose normaliuose gleivinę, ir ji yra laikoma savarankiška prognostinis faktorius skrandžio vėžio [22]. Be to, mes atrado keletą naujų genų, pavyzdžiui, TMEM184A, PSAPL1, KIAA1199, CLRN3 ir FNDC1, kurie nebuvo pranešta, skrandžio vėžio anksčiau, o jų vaidmenys vėžio lieka nežinoma.

Vienas iš privalumų mūsų genų ekspresijos Mikrogardelė analizė yra tai, kad ji atstovavo lncRNAs ir mRNR išraiška taip, kad abu galėtų būti tiriama kartu. Mūsų anksčiau pranešti apie lncRNA H19 ir jos tinklo vaidmenį GC [36] buvo grindžiamas šio mikrogardeliq duomenis. Tačiau dauguma lncRNAs pvz DRD5, FMO6P, SNAR-A3 ir TPRXL parodė mūsų Mikrogardelė nebuvo nustatyta ir reikia toliau tirti paaiškinti savo vaidmenį skrandžio vėžio.

Remiantis mūsų genų ekspresijos duomenimis, genų ir jų funkcijos aktyvuotos skrandžio vėžio buvo atsakingas už ginklų platinimu strategiją, sukibimo, migracijos ir metastazių, kuri buvo suderinta su rezultatais iš eigos analizę. Įdomu tai, kad mes atradome, kad dauguma vėžio susijusių signaliniu keliu, apie kuriuos pranešta anksčiau, pavyzdžiui, Notch, mTOR ir Hedgehog buvo aktyvuota GC remiantis mūsų duomenų. Šie rezultatai patvirtina požiūrį, kad heterogeniškumas yra GC charakteristika. Palyginimas bendro išraiška tinklo tarp normalių audinių ir vėžio pasiūlė, kad sąvoka, funkcijos ir sąveika fiziologinių genų dauguma buvo pamestas arba sugadintas skrandžio vėžiu, o dauginimosi, migracijos ir metastazės buvo neįprastai sustiprintas. Šios įdomios išvados sutampa su vėžiu savybės, tokios kaip anaplasia ir dedifferentiation. Šie skirtingai išreikšti genus signalizacijos būdus veikė kaip pagrindinių genų bendrai išraiška tinklo gali būti potencialūs taikiniai vėžio gydymo ar diagnostikos žymekliai ateityje.

Pagalbinė informacija
S1 lentelę. Kelias analizuoja diferencialinių genų
doi: 10.1371 /journal.pone.0125013.s001 pervežimas "(XLSX) pervežimas S2 lentelėje. GO analizuoja diferencialinių genų
doi: 10.1371 /journal.pone.0125013.s002 pervežimas "(XLSX) pervežimas S3 lentelėje. Genų-aktas tinklas diferencialinių genų
doi: 10.1371 /journal.pone.0125013.s003 pervežimas "(XLSX) pervežimas S4 lentelėje. Gruntai ir tikrinimas
Doi: 10,1371 /journal.pone.0125013.s004
(docx)
S5 lentelė. Metodai ir medžiagos
Doi: 10,1371 /journal.pone.0125013.s005
(docx)

Padėka

Mes norėtume padėkoti Dr Fred Bogott tuo Austin medicinos centras Minesotos universiteto ir dr Joshua Liao į Hormel instituto, Austin Minesotos, nes jų anglų redagavimo šio rankraščio. Norėtume padėkoti rėmėjams paremti šį tyrimą. Šis darbas buvo remiamas dotacijas iš nacionalinio Gamtos mokslo fondo Kinijos [Nr 81172324, Nr 91229106, Nr 81272749 ir ​​Nr 81372231], Mokslo ir technologijų komisija Šanchajaus savivaldybės [Nr 13ZR1425600] ir pagrindiniai projektai Nacionalinės mokslo & Technologijos ramstis programa Kinijoje (Nr 2014BAI09B03).

• PLoS ONE: išgyvenamumo analizė pacientams, sergantiems Intervalas Vėžys išgyvena skrandžio vėžio atrankinės patikros Endoscopy
• PLoS ONE: prognostinis reikšmė Matrix metaloproteinazės-7 skrandžio vėžys Survival: meta-Analysis