PLoS ONE: Kopijuoti skaičius Pelnas at 8q24 ir 20q11-Q13 skrandžio vėžiu dažniau žarnyne-Type nei Difuzinė-Type

Anotacija

Šis tyrimas buvo siekiama atrasti DNR kopijų skaičiaus pakitimai (CNAs) dalyvauja skrandžio kancerogenezėje ir suprasti savo klinikos significances Korėjos gyventojų. DNR kopijų skaičius buvo analizuojami naudojant AGILENT 244K arba 400K masyvo lyginamoji genomo hibridizacijos (aCGH) šviežia sušaldyta naviko ir suderinti normalūs audiniai iš 40 skrandžio vėžiu sergantiems pacientams. Kai kurie iš nustatytų CNA regionuose buvo patvirtintas naudojant Multiplex perrišimas priklauso nuo zondo amplifikacijos (MLPA) šešiose iš 40 pacientų ir pritaikyti AGILENT 60K aCGH nepriklausomai rinkinį 48 skrandžio vėžiu. MRNR lygiai genų bendrų CNA regionuose buvo analizuojami naudojant kiekybinius realaus laiko PGR. Kopijuoti numeris pelnas buvo daugiau bendro, nei nuostolių visame genome tik navikų audiniuose, palyginti su suderintų normaliuose audiniuose. Vidutinis skaičius pokyčių per atveju buvo 64 už pelną ir 40 už nuostolius, o vidutinis nukrypimas ilgis buvo 44.016 BP už pelnas ir 4732 bp nuostolių. Kopijuoti numeris pelnas buvo dažnai aptinkamas 7p22.1 (20%), 8q24.21 (27% -30%), 8q24.3 (22% -48%), 13q34 (20% -31%), o 20q11-Q13 (25% -30%), ir nuostoliai ne 3p14.2 (43%), 4q35.2 (27%), 6q26 (23%), ir 17p13.3 (20% -23%). CNAs at 7p22.1, 13q34 ir 17p13.3 nebuvo pranešta kitoms gyventojų grupėms. Dauguma kopijos numeris nuostolių buvo susiję su žemyn reguliavimo mRNR lygių, tačiau tarp kopijos numerį, pelno ir iRNR ekspresijos lygio koreliacija svyravo genų priklausomu būdu. Be to, kopijos numeris pelnas linkusios kilti dažniau žarnyno tipo vėžio nei difuzinis tipo vėžio. Taigi, ši studija rodo, kad kopijos numerį, pelnas ne 8q24 ir 20q11-Q13 ir nuostoliai 3p14.2 gali būti bendri renginiai skrandžio vėžio, tačiau CNAs ne 7p22.1, 13q34 ir 17p13.3 gali būti korėjiečių-konkretus.

nurodomoji dalis: Jin DH Park VĮ Lee J Kim KM Kim S Kim DH, et al., (2015) Kopijuoti Taškų Pelnas ne 8q24 ir 20q11-Q13 yra skrandžio vėžys dažniau pasitaiko žarnyno-Type nei Difuzinė tipą. PLoS ONE 10 (9): e0137657. Doi: 10,1371 /journal.pone.0137657

redaktorius: Masaru Katoh, Nacionalinis vėžio centras, Japonija

Įstojo: kovo 8, 2015; Priimtas rugpjūčio 19, 2015 m Paskelbta rugsėjo 11, 2015

Visos teisės saugomos: © 2015 Jin ir kt. Tai atviros prieigos straipsnis platinama pagal Creative Commons Attribution licencija, kuri leidžia nevaržomai naudotis, paskirstymo ir dauginimąsi bet kokioje laikmenoje sąlygomis, su sąlyga, kad pirmasis autorius ir šaltinis įskaitomos

Duomenų Prieinamumas: Visi susiję duomenys yra per popieriaus ir jo Pagalbinė informacija failus. Į aCGH-244K ir aCGH-400K duomenys gali būti atsisiųsti iš ncbi Gene išraiška Omnibus portalo. (Www.ncbi.nlm.nih.gov/geo prisijungimas numeris: GSE69318 ir GSE69266, atitinkamai)

Finansavimas: Šis darbas buvo remiamas dotacijas iš Nacionalinės R & d vėžio kontrolės programa ministerijos sveikatos ir gerovės (
.120.270) ir Korėjos sveikatos pramonės plėtros instituto (KHIDI), finansuojama sveikatos &ministerijos; Gerovės (HI14C1979), Korėjos Respublika

konkuruojančių interesų. Autoriai pareiškė, kad nėra konkuruojantys interesai egzistuoja

Įvadas

Skrandžio vėžys yra trečioji pagrindinė priežastis, dėl vėžio. mirčių visame pasaulyje. Nepaisant didelių pažanga diagnozuojant ir gydant skrandžio vėžio, penkerių metų išgyvenamumas skrandžio vėžiu sergantiems pacientams lieka mažesnis nei 30% daugelyje šalių [1]. Be to, maždaug pusė pacientų, kuriems atliekama gydomoji chirurginė rezekcija dar kurti metastazes sritinių arba tolimus, nepaisant kelių modalumo terapinį metodą ir mirti nuo šios ligos [2,3]. Nors dauguma skrandžio vėžio rodyti panašius klinikinius funkcijas, yra daug įvairesnė savo histopatalogiją ir susiję molekuliniai pokyčiai [4]. Todėl svarbu nustatyti molekulinius biologinių žymeklių dalyvauja skrandžio vėžio ankstyvam kancerogenezėje ir tikslines terapija ligos.

DNR kopijų skaičiaus pokytis (ak) apibrėžiamas kaip DNR segmentų 1 kb ar didesnių matmenų, yra svarbus tipo genetiniais pakitimais stebimas vėžiu sergantiems ląstelių [5]. CNAs gali paveikti genų ekspresiją, fenotipo pokyčius ir prisitaikyti sutrikdyti artimieji ar tolimus DNR reguliavimo regionus arba keičia genų dozavimo lygių [6,7]. Be to, kopijų skaičiaus pasiskirstymas labai skiriasi atskiruose protėvių gyventojų, kurie gali sukelti įvairaus jautrumo ligoms visoje protėvių [8] grupes. Neseniai kelios grupės išnagrinėjo pakitimai DNR kopijų skaičiaus skrandžio vėžio naudojant masyvo lyginamąją genomo hibridizacijos (aCGH) ir nustatė naujus genus svarbus skrandžio vėžio [9-14] patogenezėje. Pavyzdžiui, Tsukamoto ir kt. [10] tyrė CNAs 30 atvejų skrandžio vėžio naudojant BAC ar PAC klonai, ir nustatė dažniausiai regionus DNR kopijų skaičiaus prieaugio kaip 20q13, 20q11, 8q24 ir 20p12, ir tie nuostoliai, kaip 4q34-qter, 5q12, 18q21 ir 3p14. Ventiliatorius ir kt. [11] aptikta CNAs 64 skrandžio vėžiu audinių ir 8 skrandžio vėžio ląstelių linijų, naudojant AKK klonai, ir pastebėjo, kad 20q12-20q13 ir 9p21 buvo dažniausiai išplėstos ir ištrinti regionai, atitinkamai. Be to, Cheng ir kt., [12] tyrė CNAs 27 skrandžio vėžiu pagal aCGH-244K ir nustatyti 8p11-Q24, 20q11-Q13, o 7q21-q22 kaip labiausiai įgyta regionuose ir 4q34, 6p25, 18q12 ir 18q22 kaip labiausiai prarastų regionuose. Be šių anksčiau atliktų tyrimų, įvairių mikrogardelių (AKK ar AAM klonas, oligo) buvo taikomi ištirti CNAs skrandžio vėžio, ir aprašomas CNA regionai buvo skirtingas įvairių studijų gyventojų.

Jei nustatyti CNAs svarbi patogenezėje skrandžio vėžio Korėjos gyventojų, pirmiausia atliko genomo analizę DNR kopijų skaičiaus, naudojant aCGH-244K arba aCGH-400k 40 skrandžio vėžiu ir tada patvirtinami nustatytiems CNAs naudojant individualų aCGH-60K kitoje 48 skrandžio rinkinys vėžio. Į CNAs poveikis genų ekspresijos buvo analizuojami kai kurie genai su CNAs.

Rezultatai

Discovery CNAs dalyvauja skrandžio
kancerogenezėje

Jei atrasti CNAs dalyvauti skrandžio, naviko Kancerogeninis ir atitiko įprastą audinius nuo 40 skrandžio vėžiu sergantiems pacientams buvo analizuojami naudojant masyvo lyginamąją genomo hibridizacijos (aCGH); 30 atvejais aCGH-400k ir 10 atvejų aCGH-244K. CNAs buvo aptikta visoje genomo ir kopijų skaičiaus prieaugis buvo daugiau bendro, nei kopija skaičius nuostolių (pav 1A). Iš CNAs skaičius buvo gerokai skiriasi tarp individų. Vidutinis skaičius CNAs už atveju buvo 64 už pelną ir 40 už nuostolius (pav 1b), o vidutinis ilgis CNA regione buvo 44.016 BP už pelnas ir 4732 bp nuostolių (pav 1C). Bendros CNAs buvo aptikta naudojant kontekstinį koreguotas algoritmą su p ribinės vertės, 0,05 ir pasikartojimų ribos 0,9 (pav 1d). Kopijuoti numeris pelnas dažniausiai buvo aptikta chromosomų regionai 7p22.1, 8q24.21, 8q24.3, 13q34 ir 20q11-Q13, o kopijos numeris nuostoliai buvo dažnai pastebėta 3p14.2, 6q26, 7q36.3, 13q34 ir 18q23 , Nuostoliai iš esmės buvo aptikta chromosomų galuose, ir jų dydis buvo palyginti mažas. CNAs buvo mažiau populiaresnės chromosomų 2 ir 15. bendrų aberacijos ilgio su mažu p-reikšmė iš esmės sumažėjo per 1 KB-10 KB (pav 1e). Dažnas aberacijos aplink MYC
genas ne 8q24.21 yra parodyta pav 1F. Į aCGH-244K ir aCGH-400K duomenys gali būti atsisiųsti iš ncbi Gene išraiška Omnibus portalo (www.ncbi.nlm.nih.gov/geo). (Prisijungimas numeris: GSE69318 ir GSE69266, atitinkamai)

patvirtinimas iš pagal MLPA analizės
aCGHs

Kai genomikos disbalansas aptiktas aCGH buvo patvirtintas naudojant PGR pagrįstas Multiplex perrišimas priklauso nuo zondo amplifikacijos (MLPA). Šeši iš 40 audinių mėginių analizuojami naudojant aCGH buvo galima MLPA. Kopijuoti numeris pakitimai, MYC
(8q24.21) FHIT
(3p14.2) WDR60
(7q36.3) COL4A2
(13q34) NFATC1
(18q23) ir NCOA3
(20q12) buvo analizuojami šešių suderinta naviko ir normalių audinių porų (268-1, 271-1, 272-2, 301 -1, 685-1 ir 685-2). MYC
buvo sustiprina 271-1T ir 301-1T (pav 2A) NCOA3
buvo įgyta 301-1T ir 685-2T (pav 2b) ir FHIT
buvo ištrintas 271-1T, 301-1T ir 685-1T (pav 2A). Šie rezultatai buvo labai sutampa su aptiktas aCGH. Tačiau WDR60
(pav 2C) NFATC1
(pav 2D), ir COL4A2
(pav 2E), kuri buvo rasta kopijos numeris nuostoliai genų, pavyzdžiui, būti prarasta aCGH, nebuvo aptikta MLPA. Iš išbraukta regione WDR60
geno aptiktą aCGH ilgis buvo 2907 BP, ir COL4A2 parsisiųsti ir NFATC1
buvo 1903 bp ir 2596 bp, atitinkamai. Remiantis šiomis pastabomis, tai tikėtina, kad aberacijos, jungiančiais mažus regionus pastebėjo aCGH gali būti klaidinga.

Papildoma įteisinimas CNA regionuose pagal aCGH-60K

Norėdami patvirtinti ir susiaurinti CNA regionus Pasikartojus (> 20%) kopija skaičius pelnas ar nuostoliai stebėtų aCGH į 40 mėginių, mes toliau analizuojami jų aberacijas naviko ir suderinti normalius audinius iš kito 48 skrandžio vėžiu sergantiems pacientams, naudojant individualų aCGH-60K. CNA regionuose pagal 8q24, 20q11-Q13, 3p14.2 ir 18q23 parodė sutampa pakeitimus kopiją skaičiaus aCGH-60K, bet CNAs kitose regionuose, pavyzdžiui, 20p13-20p12 ir 20q21.2, neparodė tuos pačius modelius kaip 244K ir 400K, taip rodo nevienalyčių rezultatus tarp aCGH platformų. Rasti minimalias bendras regionuose (MCRS) egzemplioriaus numeris pakitimų tarp trijų platformų, mes sutapo CNA regionus iš 88 mėginių iš viso. Pasikartojus MCRS (> 20%) kopijos numeris pelnas buvo aptikta keliuose chromosomų regionai, įskaitant 7p22.1 (20%), 7q22.1 (31% ~ 44%), 8q24.21 (27% ~ 30%), 8q24.3 (22% ~ 48%), 13q34 (20% ~ 31%), ir 20q11 ~ Q13 (25% ~ 30%) (1 lentelė ir lentelė A S1-failas). Pasikartojus MCRS (> 20%) kopijos numerį, nuostoliai taip pat buvo rasti septynių chromosomų regionai, įskaitant 3p14.2 (43%) slėpimas FHIT
(1 lentelė ir B lentelę S1 failą)

genų priklauso nuo ryšio tarp CNAs ir mRNR lygių

Jei ištirti CNAs poveikį genų ekspresiją, mes matuojamas iRNR lygius keliais genais ( MYC
SCRIB
PUF60
BOP1
SNTA1
E2F1
CD40
EYA2
NCOA3
FHIT
CRK
, ir SMAD2
) prie bendrų aberacijos regionų 48 naviko ir atitiko įprastą audinius ir analizuojami asociacija su CNAs. Iš CNAs poveikis genų ekspresijos buvo analizuojamas lyginant iRNR kartų kaita (FC) į vėžio su ir be CNAs. Tarp kopijų skaičiaus pakitimų ir atitinkamas genų ekspresijos koreliacija skiriasi priklausomai kopijų skaičiaus padidėjimo arba sumažėjimo. Genų kopiją skaičius nuostolių dauguma parodė downregulation mRNR: mRNR lygis downregulated į FHIT
(2 lentelė ir pav 3A) CRK
, ir SMAD2
genai (2 lentelė). Tačiau, mes nustatėme, tarp kopija skaičius prieaugio ir ląstelę mRNR lygio koreliacija genų būdingų: iRNR kiekį genų, pavyzdžiui, MYC
PUF60
BOP1
(pav 3B), ir E2F1
buvo teigiamai susijęs su kopija skaičius prieaugio. Tačiau nė asociacija buvo nustatyta tarp mRNR lygių ir kopijų skaičiaus padidėjimo genų, pavyzdžiui, SCRIB
BCL2L1
SNTA1
CD40
EYA2 parsisiųsti ir NCOA3
(2 lentelė) rodo, kad tarp kopijų skaičiumi pelno ir išraiškos santykiai gali būti genų konkretus.

asociacija CNAs su klinikos ypatybes

tarp kopijų skaičiaus pakitimų ir klinikos kintamųjų asociacija buvo analizuojami 88 skrandžio vėžiu sergantiems pacientams. Penkiolika genai, sergantys atsinaujinusia (> 20%) kopijos numeris pakeitimai buvo pasirinktas analizei. Kopijuoti numeris nuostoliai CRK
( P
= 0,07), SMAD2
( P
= 0,09), FHIT
( P
= 0,68), o NFATC1
( P
= 0,11) genai nebuvo labai skiriasi difuzinis tipo vėžio ir žarnyno tipo vėžio (pav 3c). Tačiau kopijų skaičiaus prieaugis buvo linkę kilti dideliu paplitimą žarnyno tipo vėžio nei difuzinis tipo vėžio (Pav 3D ir 3E, C lentelėje S1 failas). Dėl SCRIB
( P
= 0,36), PUF60
( P
= 0,07), MAPK15
( P
= 0,08), E2F1
( P
= 0,14), SNTA1
( P
= 0,15), BCL2L1
( P
= 0,15), NCOA3
( P
= 0,22), o EYA2
( P
= 0,06), kopijų skaičiaus prieaugis įvyko aukšto paplitimą žarnyno tipo vėžio nei difuzinis tipo vėžio, tačiau skirtumas nebuvo statistiškai reikšmingas. Kopijuoti numeris prieaugis MYC
( P
= 0,03), BOP1
( P
= 0,03), o CD40
( P
= 0,01) buvo rasti žymiai paplitimas yra didelis, žarnyno tipo vėžio palyginti su difuzinis tipo vėžio. Aptikti amžiumi susijusios CNAs, mes analizavo ryšį tarp paciento amžiaus ir kopijų skaičiaus pokyčius naudojant Pearsono koreliacijos koeficientus, tačiau nenustatyta koreliacija buvo nustatyta tarp 15 genų kopijų skaičiaus pokyčius ir paciento amžių (pav 4a). Hierarchinis grupavimas analizė buvo atlikta siekiant grupės pacientų, turinčių panašių CNAs. Dauguma pacientų, sergančių kopijų skaičiaus prieaugio iš 8q24 taip pat turėjo kopijų skaičiaus prieaugio iš 20q11.21 ar 20q13.12 (pav 4b). Duomenys buvo toliau skirstomi į 4 grupes pagal kopijų skaičiaus prieaugio dalyvaudama 8q24 ir 20q11.21 (arba 20q13.12). Kopijuoti numeris pelnas at 8q24 buvo reikšmingai susijęs su kopijų skaičiaus prieaugis ne 20q11.21 ar 20q13.12 ( P
= 0,005, tiksli Fišerio testas; D lentelė S1 failas). Šios pastabos rodo, kad šie du regionai, 8q24 ir 20q11.21 (arba 20q13.12), gali būti panašiai jautrūs kopijų skaičiaus prieaugį skrandžio vėžio.

Diskusijos

genų dozės keisti pagal CNA vis labiau pripažįstamas kaip svarbus komponentas tumorigenesis. Norėdami sužinoti romanas CNAs dalyvauja skrandžio vėžio patogenezės, mes atlikome genomo analizę CNAs naviko ir atitiko įprastą audinius nuo 88 skrandžio vėžiu sergančių pacientų ir nustatė pasikartojančių (> 20%) kopijos numerį naudos įvairiais chromosomų regionai, įskaitant 7p22 0,1, 8q24.21, 8q24.3, 13q34, 20q11 ~ Q13 ir pasikartojantis nuostoliai 3p14.2, 4q35.2, 6q26 ir 17p13.3. CNAs ne 7p22.1, 13q34 ir 17p13.3 nebuvo pranešta kitoms gyventojų grupėms. Į 7p22.1 nustatyti šiame tyrime regionai būti pateikiami FBXL18, ACTB, ACTG1 ir RNF216 genus. Nors CNAs at 7p22.1 nebuvo pranešta skrandžio vėžio, keli tyrimai pranešė, jų poveikį kiaušidžių aiškiai ląstelių adenokarcinoma [15] ir endometriozė raidos [16]. Šiame tyrime, kopijos numeris pakitimai MYC
(8q24.21) FHIT
(3p14.2) ir NCOA3
(20q12) buvo patvirtintas naudojant MLPA, bet kopijos numeris nuostolius ( WDR60
COL4A2
NFATC1
) maždaug 2000bp nebuvo patvirtintas MLPA. Mes neatliko daug skaičiavimo įvertinti klaidingai teigiamų normos masyvo pagrindu pašaukimo. Vietoj to, mes palyginti egzemplioriaus numeris nuostolių tarp aCGH-244K &paplitimą; -400K Ir aCGH-60K su labai tankiais zondai pagal egzemplioriaus numeris nuostolių dydžių: 1kb-5KB, 5kb-10KB, 10kb-50kb, 50KB-Pakrovimų 100kb ir 100k-. Statistiškai reikšmingi skirtumai buvo rasti tik kopijos numeris nuostolių mažo dydžio (1kb-5KB) (E lentelė S1 failas). Be to, reikšmingų skirtumų nenustatyta į chromosomų lokuso-specifinis būdu: jokių skirtumų buvo rasta chromosomų 3, 6, 16, 17, ir 20 (duomenys neparodyta). Todėl įmanoma, kad kopijos numeris nuostoliai mažo dydžio aptikta aCGH-244K ir aCGH-400k gali būti klaidinga kai loci.

Be to, analizuojami minimalius bendrus regionų atsinaujinusia (≥10%) amplifikacijos ar ištrynimo 88 skrandžio vėžiu (F lentelė S1 failą) ir palyginti juos su dideliu skrandžio vėžio TCGA (vėžys genomo atlasas) tyrimas (14) ir trijų ankstesnių tyrimų (lentelė g S1 failas). TCGA Tyrimas buvo sudarytas iš 295 pirminių skrandžio adenokarcinomos ir nustatė 30 židinio amplifikaoija ir 45 židinio panaikinti. Amplifikacija (≥ 5 kopijos) ne 8q24.21 ( MYC
), 17q12 ( erbb2
tt), 20q11.1-q13.33 (EYA2
NCOA3
ir tt), ir išbraukta (0 kopijos) ne 3p14.2 ( FHIT
) buvo pastebėtas mūsų duomenų, taip pat iš TCGA duomenų bei kitų šalių tyrimų (G Table S1 failas). Tačiau CNAs ne 7p22.1, 13q34 ir 17p13.3 nebuvo pranešta TCGA studijų ir kitiems gyventojams. Iš tos CNAs regionuose nustatytiems TCGA studijų skaičius buvo didesnis nei šiame tyrime, kuris gali sukelti įvairių pogrupių imties nariai. TCGA tyrimas susideda iš didesnio žarnyno tipo (66,4%), palyginti su difuzinis tipo vėžio (23,4%).

Tarp genų, esančių 8q24.21 Myc yra žinoma, kad skatinti augimą ir proliferaciją normalu skrandžio ląstelės, ir nokdaunas iš MYC
sulaiko augimą ir proliferaciją skrandžio vėžio ląstelių [17]. MYC
koduoja transkripcijos veiksnys, kuris reguliuoja genų, susijusių su ginklų platinimu, diferenciacijos ir apoptozės [18] įvairovė. MYC
yra stiprinama ir per išreikštas skrandžio vėžio [19], ir jo išraiška didėja palaipsniui, kaip vėžys išsivysto [20]. MYC
amplifikacija yra susijęs su agresyvaus elgesio skrandžio vėžio ląstelių [21,22]. Šiame tyrime, kopijos numerį, laimėjimus, MYC
buvo rasta aukšto paplitimą žarnyno tipo vėžio, palyginti su difuzine tipo vėžio, remiant pastebėjimą, kad MYC baltymų ekspresija dažniau pasireiškė intestinal- įrašykite navikai nei difuzinis tipo navikų [23]. Mes analizavo MYC poveikį
CNAs bendrajam išgyvenamumui kiekvieno tipo. Pacientai, kurių kopijos numeris pajamas, MYC
turėjo prastą bendrą išgyvenimą, palyginti su tais, be, tačiau skirtumas nebuvo statistiškai reikšmingas difuzinio tipo ir žarnyno tipo vėžio (S1 pav). Kopijos numeris pelnas iš POU5F1B
(POU domenų 5 klasė transkripcijos faktorius 1b) pseudogene apie 8q24.21 buvo rasta 27% tirtų mėginių. POU5F1B
yra žinoma, kad būti susijęs su iRNR gausa ir agresyvios fenotipas skrandžio vėžio [24].

8q24.3 ir 20q11-Q13 regionai yra šimtai genų (lentelę S1 sąrašas), tačiau daugelis vargu dalyvauja onkogenezėje. Tarp genų, esančių šiuose regionuose, mes išanalizavo iRNR lygį, SCRIB
PUF60
, ir BOP1
ne 8q24.3 ir SNTA1
E2F1
CD40
EYA2
, ir NCOA3
ne 20q11-Q13 (2 lentelė). Šioje studijoje, kopijos numeris padidėjimo SCRIB pervežimas SNTA1
CD40
EYA2
, ir NCOA3
buvo nėra susijęs su lenkimo pokyčių iRNR lygiui. Tačiau PUF60
BOP1
, ir , buvo rasta E2F1
genai bus gerokai per išreikštas navikų audiniuose Kopijuoti skaičius prieaugio. PUF60
buvo per išreikštas vėžio su CNAs ( P
= 0,038), tačiau jos išraiška buvo reikšmingai nesiskyrė navikų audiniuose ir suderinti normalių audinių mėginių be CNAs ( P
= 0,111). PUF60 (poli-U privalomas sandūrų faktorius 60kDa), saugikliu surišančio baltymo-bendrauja represoriaus (eglė), vaidina svarbų vaidmenį branduolinių procesų, pavyzdžiui, iš anksto iRNR sandūrų ir transkripcijos reguliavimo. Be to, PUF60 slopina MYC
transkripcija tuo P2 promotoriaus per core-TFIIH baziniu transkripcijos faktorius [25]. Neseniai, Gumireddy ir kt. [26] pranešė, kad PUF60 reikalingas reguliatoriaus funkcija transliacijos reguliavimo IncRNA (treRNA), kuris dalyvauja naviko invazija ir metastazių. Kopijuoti numeris prieaugis PUF60
rodo stiprų teigiamą koreliaciją su išraiškos skrandžio vėžio [27] ir kiaušidžių vėžio [28]. Šios pastabos rodo, kad kopijos numerį, laimėjimus, PUF60
gali būti pagrindinis mechanizmo, lemiančio per išraiška skrandžio vėžio geną.

Priešingai PUF60, The BOP1 ir E2F1 buvo nustatyta, kad būti per daug išreikštas navikų audiniuose su kopijų skaičiaus prieaugis taip pat tiems, kurie neturi. Kopijuoti numeris prieaugis BOP1 parsisiųsti ir E2F1
šiame tyrime įvyko 23% ir 25% mėginių studijavo, atitinkamai. Padidėjęs iRNR kartus iš BOP1
buvo reikšmingas vėžinių audinių Kopijuoti skaičius pelnas ( P
= 0,024) pokyčius, taip pat tiems, kurie neturi ( P
< 0,001) , BOP1 (blokas platinimu 1) yra iš PeBoW (Pes1, BOP1 ir WDR12) kompleksas, kuris yra reikalingas brendimui 28S ir 5.8S Ribosominės RNR ir formavimas 60s komponentas ribosomos [29]. BOP1 vaidina onkogeninio vaidmenį kepenų ląstelių karcinoma, sukeldami epitelio-mezenchiminių perėjimą (EMT) ir skatinti aktino citoskeleto remodeling [30]. BOP1
genas yra žinoma, kad per išreikštas tiesiosios žarnos vėžio su 8q naudos [31], ir dozavimo didinimą BOP1
genas yra susijęs su iš BOP1 iRNR į gaubtinės žarnos vėžio [32]. E2F1 taip pat buvo per išreikštas navikų audiniuose Kopijuoti skaičius pelnas ( P
< 0,001), o tiems, kurie neturi ( P pervežimas = 0,03). E2F1 vaidina svarbų vaidmenį ląstelinio ciklo kontrolės ir jos veikla yra reguliuojama per privalomas Retinoblastoma baltymų ląstelių ciklo priklausomu būdu. Per ekspresija E2F1 yra susijęs su vienu auglių įvairovei, ir padidėjusios kopijos numeris E2F1
yra žinoma, kad būti susijęs su daugiau nei-išraiška geno melanomos [33] ir gimdos kaklelio vėžio [ ,,,0],34]. Remiantis šiomis pastabomis, tai tikėtina, kad bendras poveikis kopija skaičius pelnas genų ekspresijos skrandžio vėžio skiriasi genų priklausomu būdu.

Nors kopijos numerį, pelnas ne 13q34 nebuvo pranešta skrandžio vėžio, kuris yra pelnas buvo rasta 20-30% mėginių ištirti. Kopijuoti numeris pelnas at 13q34 yra žinoma, kad būti susijęs su gimdos kaklelio intraepitelinės neoplazijos į suragėjusių ląstelių karcinoma [35] progresavimo ir plonosios žarnos adenokarcinoma [36]. Kopijuoti numeris pelnas at 17q12 yra dažna skrandžio vėžio. Šioje studijoje, keletas genų, įskaitant erbb2
GRB7
STARD3
PPP1R1B
RARA
ir C17orf37 buvo sustiprina 15-20% 88 atvejų, suderinta su kitų tyrimų [37,38]. Mes ne įvertinti kopija skaičių ir raiškos lygmenyse genų tarpusavio santykį, bet kelios grupės, pranešė, kad genai yra svarbūs skrandžio vėžio vystymąsi. Tarp jų, erbb2 (HER2) ekspresija
dažnai sustiprina ir per išreikštas skrandžio vėžio [39-41] ir stiprinimas, HER2
buvo stipriai susijęs su prasta išlikimui, ypač žarnyno tipo skrandžio vėžio [42]. Reaktyvumas ErbB2 taip pat pasitaiko ne didesnė paplitimo lygis žarnyno tipo nei pasklidųjų potipių [43]. Be to, PPP1R1B-STARD3
sintezės stenograma žmogaus skrandžio vėžiu padidėja kolonijų susidarymą per phosphatidylinosil-3-kinazės ir AKT aktyvavimo signalizacijos [44]. Dažnas stiprinimas, GRB7 parsisiųsti ir teigiami pokyčiai išraiška buvo taip pat pranešė, skrandžio vėžio [41,43].

Dažniausiai nuostoliai šiame tyrime buvo aptikta 3p14.2 (39% Difuzinė tipai ir 37% žarnyno tipus), kur FHIT
yra. FHIT
yra gerai žinomas vėžinių slopintuvas genų [45], ir dažnai dalyvauja heterozigotiškumo (LOH) ir trynimų nuostolių žmogaus navikų [46]. Pirminiai skrandžio karcinomos atstovauja FHIT
geno pertvarkymų ir 20 30 (67%) mėginių eksponuojami nebuvimo, FHIT
baltymų raiška [47]. Praradimas, FHIT
baltymų raiška koreliuoja su ligos progresavimo ir prastos diferenciacijos skrandžio vėžio [48]. Šioje studijoje, mes nustatėme, kad FHIT
išraiška buvo sumažintas skrandžio vėžio su arba be jos CNA, tai rodo, kad genų dozę, taip pat kiti mechanizmai reguliuoja FHIT
išraiška skrandžio vėžio. Somatinių missense mutacija (Exon 6, kodono 61, ACG → ATG) ir FHIT
taip pat buvo nustatyta skrandžio vėžio [49]. Be to, aukšto dažnio promotoriaus hypermethylation iš FHIT
(62%) pastebėta skrandžio vėžio [50]. Todėl, integruojant kopijų skaičiaus duomenis su papildoma genomo duomenis, būtina visapusiškai suprasti genetinę kontrolę genų ekspresiją [51].

Kopijuoti numerį nuostoliai kelių genų šiame tyrime buvo reikšmingai nesiskyrė difuzinis tipo vėžio ir žarnyno tipo vėžio. Tačiau kopijų skaičiaus prieaugio paplitimas skyrėsi tarp abiejų tipų tikrų genų, rodo, kad aplinkos veiksniai gali būti labiau įtakinga kopijų skaičiaus prieaugio, nei nuostolių. Be to, pacientams, sergantiems kopijų skaičiaus prieaugis 8q24.21 ir 8q24.3 linkę turėti naudos dėl 20q11-Q13, o tai rodo abu regionai gali būti vienodai jautrūs kopijuoti numerį variacijos. Šis tyrimas buvo labai ribotas dėl mažo mėginių skaičiaus ir išgyvenimo duomenų trūkumo. Daugiau tyrimas didelėje kohortos turi suprasti funkcinę reikšmę CNAs atrado šiame tyrime. Be to, iRNR matavimai buvo neatliekamas genomo lygiu. Tyrėme santykius tarp iRNR lygiui kai kurių genų žinomų būti svarbus žmogaus vėžio ir CNAs patogenezėje. Reikšminga koreliacija buvo nustatyta tarp ekspresijos lygio, MYC
PUF60
BOP1
, ir E2F1
genai ir jų CNAs (2 lentelė) , Nustatytas statistiškai reikšmingas ryšys tarp CNAs iš MYC
PUF60
, ir E2F1
genai ir jų pasireiškimo lygiai taip pat buvo rasti Fan et al. (11). Tačiau kitas tyrimas yra būtinas, kad būtų aiškiai suprasti CNAs poveikį genų ekspresiją. Taigi, ši studija rodo, kad DNR kopijų skaičiaus įgyja ne 8q24.21, 8q24.3, 20q11-20q13 ir nuostoliai 3p14.2 gali būti bendri renginiai skrandžio vėžio. Tačiau CNAs ne 7p22.1, 13q34 ir 17p13.3 gali būti korėjiečių-konkretus. Be to, kopijos numerį, pelnas gali būti dažnesnės žarnyno tipo kaip difuzinis tipo skrandžio vėžio.

Medžiagos ir metodai

Studijų gyventojų ir DNR ekstrakcija

iš visų 88 pacientai, 35 moterys ir 53 vyrai, iškentęs gydomasis chirurginės rezekcija skrandžio vėžiu nuo 2004 lapkričio iki 2010 m spalio tuo chirurgijos departamento Samsung Medical Center, Seulas, Pietų Korėja, dalyvavo šiame tyrime. Chirurginiu būdu pašalinta naviko audiniai buvo surinkti gavus raštišką informuoto sutikimo iš visų pacientų. Šis tyrimas patvirtino Samsung medicinos centras (SMC) Institucinis apžvalga valdyba (IRB). Augliai buvo greitai ir lengvai užšaldyti skystame azote ir saugomi -80 ° C temperatūroje, kol reikia. Prieš DNR ekstrakcijai iš šviežių šaldytų audinių, sekcijos buvo ant skaidrių ir nudažomos su H & E įvertinti tumoro ir ne tumoro audinių priemaišų. Naviko ir ne naviko plotai buvo kruopščiai microdissected mikroskopu. Į microdissected audiniai buvo suardomas proteinazės K, o genomo DNR buvo išskirta pagal gamintojo (DNeasy audinių komplektas, Qiagen, Valencia, CA) nurodymus. Atrinktos 43 difuzinis tipo vėžio, 41 žarnyno tipo ir 4 mišrios tipo vėžio.

ak analizė naudojant aCGH

aCGH buvo atlikta pagal gamintojo rekomendacijas. Po DNR hibridizacija ir plovimo, skaidres buvo nuskaitomi iš karto naudojate AGILENT mikrogardeliq skaitytuvas ir neapdoroti duomenys buvo paimti naudojant požymių išskyrimas programinę įrangą numatytųjų CGH parametrų nustatymus (Agilent Technologies). Spėjamas CNA intervalai kiekviename mėginyje buvo nustatytos naudojant "Agilent Genomo Workbench v7.0.4.0 programinę įrangą. Cy5 /Cy3 santykis buvo paverstas žurnale _{2-transformuota vertybes. Centralizacijos ir fuzzy nulis pataisymai buvo taikomi mikrogardeliq. Aberacijos 2 metodas (ADM-2) algoritmas ties slenksčiu 6,0 buvo naudojami siekiant nustatyti CNAs atskiruose mėginiuose ir nustatyti aberacijos dažnį skrandžio vėžio mėginių (5 pav). Šie filtrai dirbo: mažiausias skaičius zondai Regione > = 3, minimalus absoliutus vidutinis log santykis regione > = 0,25. Bendros aberacijos buvo nustatomas naudojant konteksto koreguotas algoritmo p-reikšmė < 0,05 ir sutampa riba 0,9. CNAR (Kopijuoti Taškų keitimas regionas) buvo apibrėžiamas kaip daugiau nei 90 proc sutampančių neįprastos segmentų keliose mėginių sąjunga. UCSC genomo surinkimas hg19 buvo naudojamas kaip žmogaus genomo nuoroda seka. Už kiekvieną platforma (244K, 400K ir 60K), buvo taikomas per masyvas pasaulinės Lowess normalizavimas būdas ištaisyti vietos erdvinės šališkumo ir nuolat erdvinių nuolydžių. Po per masyvo normalizuoti buvo taikomas kvantilio tarp masyvo normalizuoti palyginti aberacijos rezultatus visoje matricos. Šie normalizations buvo atliekamas naudojant limma paketą R. MCR (Minimal Bendra regionas) buvo apibrėžta kaip 100 procentų užleidžiamų bendros regione tarp mėginių į CNAR. Yra keletas MCRS į CNAR pagal galimą užleidžiamų dažniu. Išanalizuota stiprinimas ir ištrynimo MCR. Stiprinimas ir išbraukta buvo apibrėžta, kai normalizuotos log2 santykis buvo ≥0.8 ir ≤-0,8, atitinkamai. Visi statistiniai metodai ir vizualizacija atskirų neįprastos regionuose buvo atliekami naudojant R statistikos kalbą v.3.0.2 (www.r-project.org).}

Multiplex Ligation priklausomas zondas amplifikacijos (MLPA) analizė

MLPA analizė buvo atlikta naudojant SALSA MLPA komplektas P200 (MRC-Olandija, Amsterdamas, Nyderlandai) pagal gamintojo nurodymus [52]. P200 rinkinyje yra 14 vidaus kontrolės zondai įvertinti DNR denatūravimo ir DNR kiekį, o taip pat į X ir Y chromosomos. DNR mėginiai buvo praskiestas su TE 5 pL ir kaitino iki 98 ° C temperatūroje 5 min PGR mėgintuvėlius į temperatūros pasikeitimo prietaisą su šildomu dangčiu. Po to, kai 1,5 mikrol MLPA buferio ir 1,5 mikrol zondo mišinio Be to, mėginiai buvo toliau kaitinamas 1 min 95 ° C temperatūroje, ir inkubuojami 16 h esant 60 ° C temperatūroje. Zondo sekų aptiktų genų yra išvardyti H lentelės S1 failą. Perrišimas grūdintos oligonukleotidų atliko TO 40 pL mėginius skiedžiant skiedimo buferio, kuriame yra 1 U Ligase-65 fermentą, ir inkubavimą 15 min 54 ° C temperatūroje. Ligazės fermentas inaktyvuodavo kaitinant 98 ° C temperatūroje 5 min ir ligavimo produktai buvo amplifikuotas. O esant 60 ° C, buvo pridėta 10 pL buferiniu tirpalu, kurio sudėtyje yra PGR pradmenis, dNTP ir Salsa polimerazės (MRC-Holland, Amsterdamas, Nyderlandai). PGR buvo atlikta 35 ciklų (30 s, esant 95 ° C, 30 s esant 60 ° C ir 1 min, esant 72 ° C). Į MLPA PGR reakcijos buvo atskirti naudojant kapiliarinę elektroforezės sistema ABI-Prizmė 3130 (Applied Biosystems Foster City ĮA) ir duomenys buvo analizuojami naudojant a GeneMaker 2.0.0 (SoftGenetics, State College, PA).

• PLoS ONE: Reikšmingas asociacija Interleukin4 INTRON 3 VNTR polimorfizmo su jautrumą skrandžio vėžio į Pietų Indijos gyventojų nuo Telangana
• PLoS ONE: apoptozės poveikis HIF-1α slopinimas Kombinuotoji gliukozės plius gydymą insulinu skrandžio vėžio pagal hipoksinio sąlygos