Die vorliegende Studie wurde in der Karzinogenese des Magens bei der Entdeckung DNA-Kopienzahl Veränderungen (CNAs) befasst sind und auf das Verständnis ihrer klinisch-pathologischen Wertigkeiten in der koreanischen Bevölkerung. DNA-Kopienzahlen wurden unter Verwendung von Agilent 244K oder 400K analysiert Array komparative genomische Hybridisierung (aCGH) in frisch gefrorenen Tumor und abgestimmt normalen Geweben von 40 Magenkrebs-Patienten. Einige der erkannten CNA Regionen wurden unter Verwendung von Mlpa (MLPA) in sechs der 40 Patienten validiert und Agilent 60K aCGH in einem unabhängigen Satz von 48 Magenkarzinome angepasst. Die mRNA-Spiegel von Genen an den gemeinsamen CNA Regionen wurden mittels quantitativer real-time PCR analysiert. Die Kopienzahl Gewinne waren häufiger als die Verluste in der gesamten Genoms in Tumorgewebe im Vergleich zu normalen Geweben angepasst. Die durchschnittliche Anzahl der Änderungen pro Fall betrug 64 für Gewinne und 40 Verluste, und das mittlere Verirrung Länge betrug 44.016 bp für Gewinne und 4732 bp für Verluste. Die Kopienzahl Gewinne wurden häufig bei 7p22.1 (20%) festgestellt, 8q24.21 (27% -30%), 8q24.3 (22% -48%), 13q34 (20% -31%) und 20q11-q13 (25% -30%), und Verluste bei 3p14.2 (43%), 4q35.2 (27%), 6q26 (23%) und 17p13.3 (20% -23%). CNAs bei 7p22.1, 13q34 und 17p13.3 nicht in anderen Populationen berichtet. Die meisten der Kopienzahl Verluste wurden mit Down-Regulation der mRNA-Spiegel assoziiert, aber die Korrelation zwischen der Kopienzahl Gewinne und mRNA-Expressionsniveaus in einem Gen abhängig variiert. Darüber hinaus neigten Kopienzahl gewinnt häufiger in Darm-Typ Krebserkrankungen auftreten als bei diffusem-Typ Krebs. Abschließend schlägt die vorliegende Studie, dass die Kopienzahl Gewinne bei 8q24 und 20q11-q13 und Verluste bei 3p14.2 gemeinsame Veranstaltungen bei 7p22.1 bei Magenkrebs, aber CNAs sein kann, 13q34 und 17p13.3 kann Koreanisch spezifisch sein.
Citation: Jin DH, Park SE, Lee J, Kim KM, Kim S, Kim DH, et al. (2015) Copy Number Gewinne bei 8q24 und 20q11-q13 in Magenkrebs sind häufiger in Darm-Typ als Diffuse-Type. PLoS ONE 10 (9): e0137657. doi: 10.1371 /journal.pone.0137657
Editor: Masaru Katoh, National Cancer Center, JAPAN
Empfangen: 8. März 2015; Akzeptiert: 19. August 2015; Veröffentlicht am: 11. September 2015
Copyright: © 2015 Jin et al. Dies ist ein offener Zugang Artikel unter den Bedingungen der Lizenz Creative Commons Attribution verteilt, die uneingeschränkte Nutzung erlaubt, die Verteilung und Vervielfältigung in jedem Medium, vorgesehen sind der ursprüngliche Autor und Quelle genannt
Datenverfügbarkeit: Alle relevanten Daten sind innerhalb des Papiers und seiner Hintergrundinformationen Dateien. . (: GSE69318 und GSE69266 bzw. www.ncbi.nlm.nih.gov/geo, Zugangsnummer)
Die Finanzierung Die aCGH-244K und 400K aCGH-Daten aus der Gene Expression Omnibus-Portal NCBI heruntergeladen werden: D-Programm für Cancer Control, Ministerium für Gesundheit und Soziales (p0270) und von der Korea Health Industry Development Institute (Khidi), gefördert durch das Ministerium für Gesundheit & Diese Arbeit wurde durch Zuschüsse aus dem National R &unterstützt; Welfare (HI14C1979), Republik Korea
Konkurrierende Interessen:. Die Autoren haben erklärt, dass keine Interessenkonflikte bestehen
Einführung
Magenkrebs die dritthäufigste Ursache für Krebs ist. Todesfälle weltweit. Trotz erheblicher Fortschritte bei der Diagnose und Behandlung von Magenkrebs, Fünf-Jahres-Überlebensraten von Patienten mit Magenkrebs bleiben unter 30% in den meisten Ländern [1]. Darüber hinaus etwa die Hälfte der Patienten, die kurative chirurgische Resektion unterzogen entwickeln noch lokoregionale oder Fernmetastasen trotz der Multimodalität therapeutischen Ansatz und sterben an der Krankheit [2,3]. Obwohl die meisten Magenkrebs ähnliche klinische Merkmale aufweisen, gibt es beträchtliche Unterschiede in ihrer Histopathologie und die damit verbundenen molekularen Veränderungen [4]. Dementsprechend ist es wichtig, molekulare Biomarker in der Karzinogenese von Magenkrebs zur Früherkennung und gezielte Therapie der Erkrankung beteiligt sind zu identifizieren.
DNA-Kopienzahl Veränderung (CNA), definiert als DNA-Segmente 1 kb oder größer, ist ein wichtiger Typ in Krebszellen genetische Veränderung beobachtet [5]. CNAs kann die Genexpression, phänotypische Variation und Anpassung beeinflussen durch Aufbrechen proximalen oder fernen regulatorische DNA-Regionen oder durch Veränderung Gen Dosierungsniveaus [6,7]. Darüber hinaus ist die Verteilung der Kopienzahl signifikant unterschiedlich in unterschiedliche Populationen Vorfahren, die in verschiedenen Krankheitsanfälligkeit über Vorfahren Gruppen führen kann [8]. In jüngster Zeit haben mehrere Gruppen analysiert Veränderungen der DNA-Kopienzahl in Magenkrebs Array komparative genomische Hybridisierung (aCGH) und haben neue Gene wichtig in der Pathogenese von Magenkrebs [9-14] identifiziert. Zum Beispiel Tsukamoto et al. [10] untersuchten CNAs in 30 Fällen von Magenkrebs durch BAC oder PAC-Klonen verwendet, und identifiziert die häufigsten Bereiche der DNA-Kopienzahl Gewinne als 20q13, 20q11, 8q24 und 20p12, und diejenigen von Verlusten als 4q34-qter, 5q12, 18q21 und 3p14. Fan et al. [11] detektiert CNAs in 64 Magenkrebsgewebe und 8 Magenkrebszelllinien von BAC-Klonen verwendet und beobachtet, dass 20q12-20q13 und 9p21 die am häufigsten amplifiziert und deletierten Regionen waren, respectively. Zusätzlich Cheng et al. [12] untersuchten CNAs in 27 Magenkrebs durch aCGH-244K und identifiziert 8p11-q24, 20q11-q13 und 7q21-q22 als die meisten gewonnen Regionen und 4q34, 6p25, 18q12 und 18q22 als die meisten verloren Regionen. In diesen früheren Studien verschiedene Mikroarrays (BAC oder PAC-Klon, Oligo) wurden angewendet CNAs bei Magenkrebs zu untersuchen, und die berichteten CNA Regionen waren unterschiedlich für die verschiedenen Studienpopulationen.
Um CNAs identifizieren wichtig in der Pathogenese von Magenkrebs in der koreanischen Bevölkerung, führten wir zunächst eine genomweite Analyse der Anzahl DNA-Kopie mit aCGH-244K oder aCGH-400K in 40 Magenkarzinome und dann die erkannten CNAs validiert eine maßgeschneiderte aCGH-60K in einem anderen Satz von 48 Magen mit Krebserkrankungen. Die Auswirkungen von CNAs auf die Genexpression wurden in einigen der Gene mit CNAs analysiert.
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