PLoS ONE: Kopiranje Broj Dobici na 8q24 i 20q11-Q13 u rak želuca češći u crijevnom-Type nego difuzno Type

Sažetak pregled

Ova studija je usmjerena na otkrivanje broj DNK kopija promjena (CNAs) sudjeluje u procesu karcinogeneze u želucu i na razumijevanju njihovih kliničkopatološka značenja u korejskom stanovništva. Brojevi kopija DNA su analizirani pomoću Agilent 244K ili 400K niz komparativna genomska hibridizacija (aCGH) u svježe smrznuta tumora i podudarnih normalnih tkiva iz 40 pacijenata s rakom želuca. Neki od otkrivenih CNA regijama su potvrđene pomoću multiplex podvezivanja ovisan sonda pojačanje (MLPA) u šest od 40 pacijenata i prilagođeno Agilent 60k aCGH u nezavisnoj set 48 želučanog karcinoma. Razine mRNA gena u zajedničkim CNA regije analizirani su pomoću kvantitativne real-time PCR. Kopiranje broj dobici su bili češći od gubitaka u cijeloj genoma u tumorskim tkivima u odnosu na podudarne normalnog tkiva. Prosječan broj izmjena po slučaju bio 64 za dobitke i 40 gubitaka, a medijan dužina aberacija je 44.016 bp za dobitke i 4732 bp za gubitke. Kopiranje broj dobici su često otkrije u 7p22.1 (20%), 8q24.21 (27% -30%), 8q24.3 (22% -48%), 13q34 (20% -31%), te 20q11-P13 (25% -30%), a gubici na 3p14.2 (43%), 4q35.2 (27%), 6q26 (23%), te 17p13.3 (20% -23%). CNAs na 7p22.1, 13q34 i 17p13.3 nisu zabilježene u drugim populacijama. Većina broj gubitaka kopija bili povezani sa down-regulacije razine mRNA, ali je korelacija između broja kopija dobitaka i razinama ekspresije mRNA mijenjati na način gena ovisan. Osim toga, broja kopija dobici skloni da se javljaju češće kod karcinoma crijevna tipa nego u karcinomima difuzna tipa. U zaključku, ova studija sugerira da broj kopija dobici na 8q24 i 20q11-P13 i gubici na 3p14.2 mogu biti zajedničke događaje u rakom želuca, ali CNAs na 7p22.1, 13q34 i 17p13.3 može biti Korean specifična.

Izvor: Jin DH, Park SE, Lee J, Kim KM, Kim, Kim DH, et al. (2015) Kopiranje Broj Dobici na 8q24 i 20q11-Q13 u rak želuca češći u crijevnom-Type nego difuzno Type. PLoS ONE 10 (9): e0137657. doi: 10,1371 /journal.pone.0137657 pregled

Urednik: Masaru Katoh, National Cancer Center, JAPAN pregled

Primljeno: 8. ožujka 2015. godine; Prihvaćeno: 19. kolovoz 2015; Objavljeno: 11. rujna 2015 pregled

Copyright: © 2015 Jin i sur. Ovo je otvoreno pristupa članak distribuirati pod uvjetima Creative Commons Imenovanje License, koja omogućuje neograničeno korištenje, distribuciju i reprodukciju u bilo kojem mediju, pod uvjetom da je izvorni autor i izvor su zaslužan pregled

Podaci Dostupnost: sve relevantne podatke su u radu i njegove popratne podatke datoteke. Podaci aCGH-244K i aCGH-400K mogu se preuzeti s NCBI je Gene Expression Omnibus portala. (Www.ncbi.nlm.nih.gov/geo, pristupni broj: GSE69318 i GSE69266, respektivno) pregled

financiranja: Ovaj rad je podržan od strane potpore iz Nacionalnog R &D program za kontrolu raka, Ministarstvo za zdravstvo i socijalnu skrb (p0270) i ​​iz Koreje zavoda za zdravstveno Industry Development (KHIDI), financiran od strane Ministarstva zdravstva & Skrbi (HI14C1979), Republika Koreja pregled

suprotstavljenih interesa. Autori su izjavili da ne postoje suprotstavljeni interesi pregled

Uvod pregled

Rak želuca je treći vodeći uzrok raka. smrtnih slučajeva širom svijeta. Unatoč značajnom napretku u dijagnostici i liječenju raka želuca, petogodišnja stopa preživljavanja pacijenata s rakom želuca ostati ispod 30% u većini zemalja [1]. Osim toga, otprilike polovica bolesnika koji su podvrgnuti ljekovito kirurška resekcija dalje razvijati loco-regionalne ili udaljene metastaze unatoč više modaliteta terapijskog pristupa i umiru od bolesti [2,3]. Iako je većina želučani karcinom prikazati slične kliničke značajke, postoji značajna heterogenost u histopatologijom i povezane molekularne promjene [4]. Prema tome, važno je identificirati molekularne biomarkera koji su uključeni u karcinogeneze želučanog karcinoma za rano otkrivanje i ciljane terapije ove bolesti. Pregled

DNA broj kopija promjena (CNA) definirana je kao DNA segmentima 1 KB ili većih dimenzija, važan oblik genetske promjene promatrana u stanicama raka [5]. CNAs mogu utjecati na gensku ekspresiju, fenotipske varijacije i prilagodbe prekidanjem proksimalnog ili udaljene DNA regulacijska područja ili promjenom razine doziranja gen [6,7]. Osim toga, raspodjela broja kopija značajno se razlikuje u različitih predaka populacija, što može rezultirati različitim podložnost bolestima diljem predaka skupine [8]. Nedavno je nekoliko skupina analizirali promjene DNA broj kopija u raka želuca upotrebom array usporedni genomske hibridizacije (aCGH), te su identificirani geni su važni u patogenezi želučanog raka [9-14]. Na primjer, Tsukamoto et al. [10] istraživali CNAs u 30 slučajeva raka želuca upotrebom BAC ili PAC klonova i identificirati najčešće regije DNA broj kopija dobitke kao 20q13, 20q11, 8q24 i 20p12, a one od gubitaka 4q34-qter, 5q12, 18q21 i 3p14. Ventilator i sur. [11] Otkrili CNAs u 64 želučanog tkiva raka i 8 želuca staničnim linijama karcinoma korištenjem BAC klonova, i primijetio da 20q12-20q13 i 9p21 su najčešće pojačavaju i izbrisane regije, respektivno. Osim toga, Cheng et al. [12] proučavao CNAs u 27 želučanog karcinoma po aCGH-244K i identificirati 8p11-P24, 20q11-P13 i 7q21-q22 kao najviše dobijenih regijama i 4q34, 6p25, 18q12 i 18q22 kao najviše izgubljenih regija. U tim ranijim istraživanjima, različiti nizovi (BAC ili PAC klon, oligo) primijenjeni su istražiti CNAs kod raka želuca, a prijavljene CNA regije bili su različiti za različite studijske populacije. Pregled

Kako prepoznati CNAs važan u patogenezi karcinoma želuca u korejskom stanovništva, prvo smo izveli genoma širom analizu broja DNK kopija pomoću aCGH-244K ili aCGH-400K u 40 želučanog karcinoma, a potom potvrdio je otkrivena CNAs pomoću prilagođenog aCGH-60K u drugom setu 48 želuca raka. Učinci CNAs na gensku ekspresiju analizirani su u nekim genima sa CNAs. Pregled

Rezultati pregled

Otkriće CNAs uključeni u karcinogeneze želučane Netlogu

Da biste otkrili CNAs koji su uključeni u karcinogeneze želuca, tumora i uparen normalna tkiva od 40 bolesnika od karcinoma želuca su analizirani pomoću nizova usporedni genomne hibridizaciju (aCGH); 30 slučajeva po aCGH-400K i 10 slučajeva po aCGH-244K. CNAs otkrivene su u cijeloj genoma, i broj kopija dobici su bili češći od broja kopija gubitke (slika 1a). Broj CNAs bila znatno drugačija među pojedincima. Prosječan broj CNAs po slučaju bio 64 za dobitke i 40 za gubitke (Slika 1B), a medijan dužina CNA regije je 44.016 bp za dobitke i 4732 bp za gubitke (slika 1C). Zajednički CNAs su detektirane algoritam kontekst korigiran s praga p-vrijednost 0,05 i preklapaju praga od 0,9 (Slika 1D). Kopiraj broj dobici su obično otkrije na kromosomske regije 7p22.1, 8q24.21, 8q24.3, 13q34 i 20q11-Q13, a broj kopija gubici su često opažene na 3p14.2, 6q26, 7q36.3, 13q34 i 18q23 , Gubici su uglavnom otkrivene na krajevima kromosoma, a veličina je relativno mala. CNAs bile manje uobičajene na kromosomima 2 i 15. zajedničke aberacije duljina s niskim p-vrijednost uglavnom pala u roku od 1 kb-10 kb (Slika 1E). Zajednička aberacije oko myc pregled gena na 8q24.21 prikazani su na slici 1F. Podaci aCGH-244K i aCGH-400K mogu se preuzeti s NCBI je Gene Expression Omnibus portala (www.ncbi.nlm.nih.gov/geo). (Pristupnim brojem: GSE69318 i GSE69266, odnosno) pregled

Provjera od aCGHs po MLPA analiza Netlogu

Neki genomske neuravnoteženosti otkriven od strane aCGH su potvrđene pomoću PCR-based multiplex podvezivanja ovisan sonda pojačanje (MLPA). Šest uzoraka 40 tkiva analizirani pomoću aCGH bili dostupni za MLPA. Kopiraj broj preinake myc pregled (8q24.21), FHIT pregled (3p14.2), WDR60 pregled (7q36.3), COL4A2
(13q34), NFATC1 pregled (18q23) i NCOA3 pregled (20q12) analizirani su u šest podudarne i tumorskog parova tkiva (268-1, 271-1, 272-2, 301 -1, 685-1 i 685-2). myc pregled je bio pojačan u 271-1T i 301-1T (slika 2a), NCOA3 pregled je stekao u 301-1T i 685-2T (slika 2b) i FHIT
izbrisan 271-1T, 301-1T i 685-1T (slika 2a). Ovi rezultati su bili vrlo u skladu s onima otkriven aCGH. Međutim, WDR60 pregled (Slika 2C), NFATC1 pregled (Slika 2D) i COL4A2 pregled (Sl 2E), koji su pronađeni broju kopija gubici gena, kao što su da se izgubio u aCGH, nije otkrivena u MLPA. Duljina brisanje regije u WDR60 pregled gena otkrivenom putem aCGH je 2907 bp i COL4A2 pregled i NFATC1 pregled su 1903 bp i 2596 bp. Na temelju tih promatranja, vrlo je vjerojatno da su odstupanja u rasponu male regije poštivati ​​aCGH može biti lažno. Pregled

Dodatna provjera valjanosti od CNA regije po aCGH-60K Netlogu

Kako provjeriti i suziti CNA regije od ciklične (> 20%) broj kopija dobitke ili gubitke pridržavaju aCGH u 40 uzoraka, možemo dalje analiziraju njihove aberacije u tumoru i uskladiti normalna tkiva iz još 48 pacijenata s rakom želuca pomoću prilagođene aCGH-60K. U CNA na regije 8q24, 20q11-Q13, 3p14.2 i 18q23 pokazala podudara promjene u broju kopija u aCGH-60k, ali CNAs na drugim područjima, kao što su 20p13-20p12 i 20q21.2, nisu pokazali iste obrasce kao u 244K i 400K, čime se sugerira heterogenih rezultate među aCGH platformama. Da biste pronašli minimalnih zajedničkih područja (MCR) od broja kopija promjena među tri platforme, preklapa smo CNA regije u ukupno 88 uzoraka. MCR od ciklične (> 20%) broja kopija dobici su otkrivene na više kromosomskih regija, uključujući 7p22.1 (20%), 7q22.1 (31% ~ 44%), 8q24.21 (27% ~ 30%), 8q24.3 (22% ~ 48%), 13q34 (20% ~ 31%), a 20q11 ~ Q13 (25% ~ 30%) (Tablica 1 i Tablica a u S1 datoteke). MCR od ciklične (> 20%) kopirati broj gubici su također naći u sedam kromosomske regije, uključujući i 3p14.2 (43%) koji nose FHIT pregled (Tablica 1 i Tablica B u S1 datoteke)

Gene ovisan povezanost između CNAs i mRNA razinama

Kako bi istražili učinak CNAs na ekspresiju gena, izmjerili smo razine mRNA više gena ( myc pregled, SCRIB
, PUF60 pregled, BOP1 pregled, SNTA1 pregled, E2F1 pregled, CD40 pregled, EYA2 pregled NCOA3 pregled, FHIT pregled, CRK pregled i Smad2 pregled) na zajedničkim aberacije regija u 48 tumora i uskladiti normalna tkiva i analiziraju povezanost s CNAs. Učinak CNAs na ekspresiju gena je analizirana usporedbom promjene mRNA puta (FC) u karcinomima sa i bez CNAs. Korelacija između broja kopija izmjenama i odgovarajućeg gena bio drugačiji prema kopirati broj dobitke ili gubitke. Većina gena s brojem kopija gubitaka pokazala downregulation mRNA: razina mRNA je regulirani u FHIT pregled (Tablica 2 i 3A), CRK pregled i Smad2
gena (Tablica 2). Međutim, pronašli smo korelacija između broja kopija dobitaka i ranijim koracima razine mRNA je gen specifičan za: razina mRNA u genima, kao što su myc pregled, PUF60 pregled, BOP1 pregled (slika 3B) i E2F1 pregled pozitivno povezana s brojem kopija dobitke. Međutim, bez povezanost između razine mRNA i kopirati broj dobitke od gena, kao što su SCRIB pregled, BCL2L1 pregled, SNTA1 pregled, CD40 pregled, EYA2 pregled i NCOA3 pregled (Tablica 2) ukazuje na to da je odnos između broja kopija dobitaka i izražavanja može biti gen specifičan. pregled

Udruga CNAs s kliničkopatološkim karakteristike pregled

Veza između broja kopija izmjenama i kliničkopatološkim varijabli analizirana je u 88 bolesnika s rakom želuca. Petnaest gene s rekurentnim (> 20%) broj kopija promjene odabrano je za analizu. Kopiraj broj gubici CRK pregled ( P pregled = 0,07), Smad2 pregled ( P pregled = 0,09), FHIT pregled ( P pregled = 0,68) i NFATC1 pregled ( P pregled = 0,11) gena nisu se značajno razlikuju između raka difuzna tipa i raka crijevna tipa (slika 3c). Međutim, broja kopija dobici bili skloni da se dogodi na visokoj prevalenciji u karcinomima crijevna tipa nego u karcinomima difuzna tipa (slika 3D i 3E, Tablica C u S1 datoteke). Za SCRIB pregled ( P pregled = 0,36), PUF60 pregled ( P pregled = 0,07), MAPK15 pregled ( P pregled = 0,08), E2F1 pregled ( P pregled = 0,14), SNTA1 pregled ( P pregled = 0,15), BCL2L1 pregled ( P pregled = 0,15), NCOA3 pregled ( P pregled = 0,22) i EYA2 pregled ( P pregled = 0,06), broja kopija dobici dogodila na visokoj prevalenciji u karcinomima crijevna tipa nego u karcinomima difuzna tipa, ali razlika nije bila statistički značajna. Kopiraj broj dobici myc pregled ( P pregled = 0,03), BOP1 pregled ( P pregled = 0,03) i CD40 pregled ( P pregled = 0,01) nalaze se na značajno visoke prevalencije u karcinomima crijevna tipa u odnosu na difuznu tipa raka. Za otkrivanje povezanih sa starošću CNAs, analizirali smo korelaciju između dobi pacijenta i kopirati promjenu broja pomoću koeficijenta korelacije Pearsonov, ali ne nađe korelacija između broja kopija promjene od 15 gena i pacijenta dobi (slika 4a). Hijerarhijska analiza klastera je provedena kako bi se skupina bolesnika sa sličnim CNAs. Većina bolesnika s broja kopija dobitke na 8q24 imao broj kopija dobitke na 20q11.21 ili 20q13.12 (Slika 4b). Podaci su dalje podijeljeni u 4 klastera prema prisutnosti broja kopija dobitaka na 8q24 i 20q11.21 (ili 20q13.12). Kopiranje broj dobici na 8q24 je značajno povezana s broja kopija dobitke na 20q11.21 ili 20q13.12 ( P pregled = 0,005, Fisherov egzaktni test, Tablica D u S1 datoteke). Ova opažanja ukazuju na to da su dvije regije, 8q24 i 20q11.21 (ili 20q13.12), može se isto tako osjetljivi na broj kopija dobitke u rak želuca. Pregled

Rasprava pregled

Promjena doze gena by CNA se sve više prepoznata kao važna komponenta u nastanku tumora. Da biste otkrili novi CNAs uključeni u patogenezu karcinoma želuca, Izvršili smo genoma širom analizu CNAs u tumoru i uskladiti normalna tkiva od 88 pacijenata s rakom želuca i identificirati rekurentnih (> 20%) broj kopija dobitke na više kromosomskih regija, uključujući 7p22 0,1, 8q24.21, 8q24.3, 13q34, 20q11 ~ Q13 i ponavljana gubici 3p14.2, 4q35.2, 6q26 i 17p13.3. CNAs na 7p22.1, 13q34 i 17p13.3 nisu zabilježene u drugim populacijama. U 7p22.1 regije identificirani u ovom istraživanju sadrže FBXL18, ACTB, ACTG1 i RNF216 gene. Iako CNAs na 7p22.1 nisu zabilježene kod raka želuca, nekoliko studija prijavio njihov utjecaj na razvoj jajnika jasan stanica adenokarcinoma [15] i endometrioza [16]. U ovom istraživanju, broj kopija promjene od myc
(8q24.21), FHIT pregled (3p14.2) i NCOA3 pregled (20q12) su potvrđene pomoću MLPA, ali broj kopija gubitke ( WDR60 pregled, COL4A2 pregled, NFATC1 pregled) od oko 2000bp nije ovjeren od strane MLPA. Nismo uspjeli izvršiti opsežna računska procjena lažno pozitivnih stopa polja na bazi poziva. Umjesto toga, mi smo u odnosu na prevalenciju broj kopija gubitaka između aCGH-244k & -400K I aCGH-60K s vrlo gustim sonde prema veličinama broja kopija gubitaka: 1 KB-5 KB, 5 KB-10 KB, 10 KB-50 KB, 50 KB-100Kb i 100k-. Statistički značajne razlike pronađene su samo u broju kopija gubitaka malih dimenzija (1 KB-5 KB) (Tablica E u S1 File). Osim toga, značajne razlike su pronađene u kromosomskim locus specifičan način: nema razlike u ovoj kromosoma 3, 6, 16, 17, i 20 (podaci nisu prikazani). Prema tome, moguće je da broj kopija gubici male veličine otkriven u aCGH-244K i aCGH-400K mogu biti lažno u nekom lokusa. Pregled

Nadalje, analizirani minimalnih zajedničkih područja rekurentnim (≥10%) pojačanje ili brisanje u 88 želučanog karcinoma (Tablica F u S1 datoteka) i usporedio ih s velikim rakom želuca TCGA (The Cancer Genome Atlas) studija (14) i tri prethodna istraživanja (tablica G u S1 datoteku). TCGA Istraživanje je sastavljen od 295 osnovnih želučanog adenokarcinoma i identificirati 30 žarišne pojačanja i 45 fokalne brisanja. Pojačanje (≥ 5 primjeraka) na 8q24.21 ( myc pregled), 17q12 ( erbB2 pregled itd), 20q11.1-q13.33 (EYA2 pregled, NCOA3 pregled itd) i brisanje (0 kopije) na 3p14.2 ( FHIT pregled) zabilježen je u našim podacima, kao i podataka iz TCGA i tuđih istraživanja (tablica G u S1 File). Međutim, CNAs na 7p22.1, 13q34 i 17p13.3 nisu prijavljena u studiju TCGA i drugih populacija. Broj regijama CNAs utvrđenih u TCGA studije bio je veći od ovog istraživanja, koje bi mogle proizaći iz različitih podskupina članova uzorka. TCGA Studija se sastoji od većeg crijevnog tipa (66.4%) u usporedbi s difuzno tipa raka (23,4%). Pregled

Među gena smještenih u 8q24.21, myc je poznato da potiče rast i proliferaciju normalnih želučane stanice i obaranje myc pregled ograničava rast i proliferaciju stanica želuca raka [17]. myc pregled kodira transkripcijski faktor koji regulira različite gene, povezane s proliferacijom, diferencijacijom i apoptozu [18]. myc pregled se pojačava i prekomjerno izražava u želučanom raka [19], a njegova ekspresija se povećava progresivno kao rak razvija [20]. myc pregled pojačanje je povezana s agresivnim ponašanjem želučanih stanica raka [21,22]. U ovom istraživanju, broj kopija dobit od myc pregled pronađeni su na visokoj prevalenciji u raka u probavnom tipa u odnosu na karcinome difuznog tipa, podržava tvrdnju da je ekspresija myc proteina je češća kod intestinal- tip tumora nego kod difuzna tipa tumora [23]. Analizirali smo učinak myc
CNAs na ukupno preživljenje unutar svake vrste. Bolesnici s broja kopija dobitke od myc pregled imali slabu ukupno preživljenje u usporedbi s onima bez, ali razlika nije bila statistički značajna u difuznom tipu i crijevnih karcinoma tipa (S1 sl). Broju kopija dobici POU5F1B Netlogu (POU klase domene 5 faktora transkripcije 1B) pseudogen na 8q24.21 pronađeni su u 27% analiziranih uzoraka. POU5F1B pregled je poznato da je povezan s mRNA obilja i agresivnog fenotipa u rakom želuca [24]. Pregled

8q24.3 i 20q11-P13 područja sadrže stotine gena (Tablica A u S1 datoteka), ali mnogi su vjerojatno uključeni u onkogcnczom. Među genima koji se nalaze na ovim prostorima, analizirali smo razine mRNA SCRIB pregled, PUF60 pregled i BOP1 pregled na 8q24.3 i SNTA1 pregled E2F1 pregled, CD40 pregled, EYA2 pregled i NCOA3
na 20q11-P13 (tablica 2). U ovom istraživanju, broj kopija dobit od SCRIB
, SNTA1 pregled, CD40 pregled, EYA2 pregled i NCOA3 pregled bile nije povezan s mnogostrukost promjene razine mRNA. Međutim, PUF60 pregled, BOP1 pregled i pronađeni su E2F1 pregled geni biti znatno pretjerano izraženi u tumorskim tkivima s brojem kopija dobitke. PUF60 pregled bio pretjerano izražena kod karcinoma s CNAs ( P pregled = 0.038), ali je njegov izraz nije se značajno razlikovala između tumorskih tkiva i podudarnih normalnih tkiva u uzorcima bez CNAs ( P pregled = 0,111). PUF60 (poli-U obvezujući faktor srastanje 60kDa), A represor FUSE-vezujući protein-u interakciji (FIR), igra važnu ulogu u nuklearnim procesima kao što su pre-mRNA i regulaciji transkripcije. Osim toga, PUF60 potiskuje myc pregled transkripcija na P2 promotor kroz jezgru-TFIIH bazalnog transkripcijski faktor [25]. Nedavno, Gumireddy et al. [26] su izvijestili da PUF60 je potreban za regulator funkcija translacijske regulatorne IncRNA (treRNA), koji je uključen u tumorskoj invaziji i metastaziranju. Kopiranje broj dobici PUF60
pokazuju snažnu pozitivnu korelaciju s izrazom u rakom želuca [27] i na rak jajnika [28]. Ova zapažanja ukazuju da broj kopija dobit od može biti glavni mehanizam u podlozi prekomjerna ekspresija gena u raka želuca. Za razliku od PUF60, pronađeni su PUF60
pregled

BOP1 i E2F1 se biti pretjerano izraženi u tumorskim tkivima s broja kopija dobitke, kao i na one bez. Kopiranje broj dobici BOP1 pregled i E2F1 pregled u ovom istraživanju došlo u 23% i 25% uzoraka studirao, respektivno. Povećana mRNA fold promjenu BOP1 pregled je bio značajan u tumorskim tkivima s brojem kopija dobicima ( P pregled = 0,024), kao i kod onih bez ( P izvoznici < 0,001) , BOP1 (blok proliferacije 1) je komponenta PeBoW (Pes1, Bop1 i WDR12) kompleksa, koji je potreban za sazrijevanje 28s i 5.8S ribosomalnih RNA i formiranje 60-ih godina ribosom [29]. BOP1 igra onkogeni ulogu u hepatocelularnog karcinoma zbog izazivanja prijelaz epitela-mezenhimalne (EMT), te promicanje aktinski citoskelet pregradnja [30]. BOP1 pregled gena je poznato da se prekomjerno izražen u rektuma sa 8q dobitak [31], te povećanja doze od BOP1 pregled gen povezan s porastom od BOP1
mRNA u rak debelog crijeva [32]. E2F1 također prekomjerno izraženi u tumorskim tkivima s brojem kopija dobicima ( P izvoznici < 0,001), a kod onih bez ( P
= 0,03). E2F1 igra ključnu ulogu u kontroli staničnog ciklusa, a njegova aktivnost je regulirana vezanjem za protein retinoblastoma na način staničnog ciklusa ovisan. Prekomjerna ekspresija E2F1 povezana s razvojem raznih tumora, i povećanog broja kopija E2F1 pregled je poznato da je povezan s prekomjernom ekspresijom gena u melanoma [33] i rak vrata maternice [ ,,,0],34]. Na temelju tih promatranja, vrlo je vjerojatno da će ukupni utjecaj i broj kopija dobitaka na ekspresiju gena u karcinomu želuca varira na način gena ovisan. Pregled

Iako je broj kopija dobici na 13q34 nisu prijavljeni kod raka želuca je dobici pronađeni su u 20-30% ispitivanih uzoraka. Broja kopija dobici na 13q34 su poznati da su povezani s progresijom je cervikalna intraepitelna neoplazija u karcinom skvamoznih stanica [35] i tankog crijeva adenokarcinom [36]. Kopiranje broj dobici na 17q12 su česte kod raka želuca. U ovom istraživanju, nekoliko gena, uključujući i erbB2 pregled, GRB7 pregled, STARD3 pregled, PPP1R1B pregled, rara pregled i C17orf37, pojačani su u 15-20% od 88 slučajeva, u skladu s drugim istraživanjima [37,38]. Nismo ocijeniti korelaciju broja kopija ekspresije razine gena, ali nekoliko skupina utvrdila je da geni imaju važnu ulogu u razvoju raka želuca. Među njima, erbB2 (HER2) pregled često se pojačava i prekomjerno izražava u želučanim raka [39-41] i pojačanje HER2 pregled je snažno povezana s lošim preživljavanja, osobito u crijeva vrsta raka želuca [42]. Imunoreaktivnost erbB2 također pojavljuje na višoj stopi prevalencije u crijevnoj tipa nego u difuznih podtipova [43]. Nadalje, PPP1R1B-STARD3 pregled fuzijskog transkripta u ljudskom karcinomu želuca povećava nastanak kolonija kroz aktivaciju phosphatidylinosil-3-kinaze i Akt signalizacije [44]. Česti pojačanje GRB7
i pozitivne promjene u ekspresiji također su izvijestili u rakom želuca [41,43]. Pregled

Najčešći gubici u ovoj studiji su otkrivena na 3p14.2 (39% u difuzno tipovi i 37% crijevne vrsta), gdje je FHIT pregled nalazi. FHIT pregled je dobro poznata tumor supresorski gen [45], i često sudjeluje u gubitku heterozigotnosti (LOH) i brisanja u ljudskim tumorima [46]. Primarni želučani karcinom predstavlja premještaj FHIT pregled gena i 20 od 30 (67%) uzoraka pokazali odsustvo FHIT pregled proteina izraz [47]. Gubitak FHIT pregled protein ekspresije korelira s progresijom bolesti i slabe diferencijacije u rakom želuca [48]. U ovom istraživanju, primijetili smo da FHIT pregled, izraz je smanjen u želučanim raka sa ili bez svog CNA, sugerirajući da doza gena, kao i drugi mehanizmi reguliraju FHIT pregled izraz u raka želuca. Somatske missense mutacija (eksona 6, kodon 61, ACG → ATG) FHIT pregled također je identificiran u želučanim raka [49]. Osim toga, visoka frekvencija promotora Hipermetilacija FHIT pregled (62%) zabilježen je u želučanog raka [50]. Dakle, integrirajući broj podataka kopiranja s dodatnim genomske podataka je bitno za cjelovito razumijevanje genetsku kontrolu genske ekspresije [51]. Pregled

Kopiraj broj gubici nekoliko gena u ovom istraživanju nisu bile značajno različite između raka difuzna tipa i raka crijevni tipa. Međutim, prevalencija broja kopija dobitaka bio različit između obje vrste u određenim genima, što sugerira da faktori okoline mogu biti utjecajni u broja kopija dobit od gubitaka. Osim toga, bolesnici s broja kopija dobitke na 8q24.21 i 8q24.3 obično imaju dobitke 20q11-Q13, što ukazuje na oba područja mogu biti jednako osjetljivi na broj kopija varijacije. Ova studija je ozbiljno ograničena zbog malog broja uzoraka i nedostatka podataka preživljavanja. Potrebne su daljnje studije u velikoj skupini potrebno je razumjeti funkcionalni značaj CNAs otkrio u ovoj studiji. Osim toga, mjerenja mRNA nisu bila provedena na razini genoma. analizirana odnos između razine mRNA nekih gena je poznato da su važni u patogenezi raka kod ljudi i CNAs. Značajna korelacija između razine ekspresije myc pregled, PUF60 pregled, BOP1 pregled i E2F1 pregled, geni i njihove CNAs (Tablica 2) , Statistički značajna korelacija između CNAs od myc pregled, PUF60 pregled i E2F1 pregled, geni i njihove razine ekspresije je također pronašao Fan et al. (11). Međutim, daljnje studije potrebno je jasno razumjeti učinak CNAs na ekspresiju gena. U zaključku, ova studija ukazuje na to da broj DNK kopija dobija na 8q24.21, 8q24.3, 20q11-20q13 i gubici na 3p14.2 mogu biti česti događaji raka želuca. Međutim, CNAs na 7p22.1, 13q34 i 17p13.3 može biti Korean specifična. Osim toga, broj kopija dobici mogu biti češći u crijevnoj tipa nego difuzne tipa raka želuca. Pregled

Materijali i metode pregled

stanovništvo studija i DNA ekstrakcije pregled

Ukupno 88 bolesnika, 35 žena i 53 muškaraca, koji su prošli kroz ljekovito kirurške resekcije karcinoma želuca između studenog 2004. i listopada 2010. godine na Odjelu za kirurgiju u Samsung Medical Center, Seoul, Koreja, sudjelovao u ovom istraživanju. Kirurški odstraniti tumorsko tkivo sakupljeno je nakon primitka pismene suglasnosti od svih pacijenata. Ova studija je odobrio Samsung Medical Center (SMC) Institutional Review Board (IRB). Tumori su smrznuti u tekućem dušiku i pohranjeni na -80 ° C do upotrebe. Prije ekstrakcije DNA iz svježe smrznute tkiva, rezovi su postavljeni na stakalca i obojeni s H &E procijeniti smjese tumorskog i ne-tumorskih tkiva. Tumorske i ne-tumorske područja su pomno microdissected pod mikroskopom. A microdissected Tkiva su razgrađeno je s proteinazom K, i genomska DNA je izolirana u skladu s uputama proizvođača (DNeasy Tissue kit, Qiagen, Valencia, CA). Uzorak se sastojao od 43 vrsta raka difuzni tip, 41 crijevna tipa, i 4 vrste raka mješovite tipa. Pregled

CNA analize pomoću aCGH pregled

aCGH je provedena u skladu s preporukama proizvođača. Nakon DNK hibridizacije i ispiranja preparati su skenirani odmah pomoću Agilent microarray skener, a sirovi podaci su ekstrahirana korištenjem izlučivanje značajki softvera na zadane postavke CGH parametar (Agilent Technologies). Pretpostavljena CNA intervali u svakom uzorku su identificirani korištenjem Agilent Genska radnom stolu v7.0.4.0 softver. CY5 /Cy3 omjeri su pretvorene u dnevniku _{2-transformirati vrijednosti. Centralizacija i fuzzy nula korekcije primjenjuju na microarray. Aberacija Metoda detekcije 2 (ADM-2) algoritam na pragu 6.0 je korišten za identifikaciju CNAs u pojedinačnim uzorcima i utvrditi odstupanje frekvencije u uzorcima karcinoma želuca (slika 5). Sljedeći filteri zaposleni su: minimalni broj proba u regiji > = 3, minimalna apsolutna prosječni omjer log regije > = 0,25. Zajednički odstupanja su detektirani pomoću algoritma kontekst korigiran na p-vrijednost < 0.05 i praga preklapanje 0.9. CNAR (Copy Broj Izmjena Regija) definirana je kao sindikat više od 90 posto preklapaju neprirodnih segmenata u više uzoraka. UCSC Sklop genom hg19 je korišten kao referenca ljudskog genoma sekvenci. Za svaku platformu (244K, 400K, i 60k) je u nizu globalno Lowess metoda normalizacije primijenjen je za ispravljanje lokalne prostorne pristranosti i kontinuirano prostornim gradijentima. Nakon unutar polja normalizaciju, A kvantilnih između polja normalizacije primijenjena usporediti rezultate aberacija preko polja. Ove normalizations su provedena pomoću limma paket u R. MCR (Minimal Common Regija) definirana je kao 100 posto preklapanja zajedničkom području između uzoraka u CNAR. Postoji nekoliko MCR u CNAR prema mogućoj preklapa frekvencije. Analizirana je MCR pojačanja i brisanja. Pojačanje i brisanje je definirano kada je normaliziran odnos log2 je ≥0.8 i ≤-0.8, respektivno. Sve statističke metode i vizualizacija pojedinih neprirodnih regije su provedena R statistička jezik v.3.0.2 (www.r-project.org). Pregled}

Multiplex ligacija-zavisnom Probe Pojačanje (MLPA) Analiza pregled

MLPA analiza je provedena pomoću sALSA MLPA kit P200 (MRC-Holland, Amsterdam, Nizozemska) u skladu s uputama proizvođača [52]. P200 komplet sadrži 14 sondi interne kontrole kako bi se ocijenila DNA denaturacije i količinu DNK, kao i za X i Y kromosom. DNA uzorci su razrijeđeni u TE do 5 ul te se zagrijavaju na 98 ° C 5 minuta u PCR epruvete u termocikleru s grijanim poklopcem. Nakon dodatka 1,5 ul MLPA pufera i 1.5 ul sonda smjese, uzorci su dalje zagrijava tijekom 1 minute na 95 ° C, a zatim inkubirane 16 sati pri 60 ° C. Je sonda sekvence za otkrivenih gena navedene su u tablici H u S1 datoteke. Vezanje žarene oligonukleotida vrši razrjeđivanje uzoraka u 40 ul sa puferom za razrjeđivanje sadrži 1 U Ligase-65 enzima i inkubiranjem 15 minuta na 54 ° C. Se ligaza enzim inaktivira zagrijavanjem na 98 ° C 5 min, a produkti ligacije povećani pomoću PCR. A na 60 ° C, doda se 10 ul u puferiranu otopinu koja sadrži PCR, dNTP i pivo polimeraze (MRC-Holland, Amsterdam, Nizozemska). PCR se provodi tijekom 35 ciklusa (30 s na 95 ° C, 30 s pri 60 ° C i 1 min na 72 ° C). U MLPA PCR reakcije su razdvojeni pomoću sustava elektroforezu kapilara, ABI-Prism 3130 (Applied Biosystems, Foster City, CA), a podaci su analizirani korištenjem GeneMaker 2.0.0 (SoftGenetics, State College, PA).