PLOS NËMMEN: Copy Number Iwwerhand um 8q24 an 20q11-Q13 zu Gastric Cancer méi verbreed an Intestinal-Typ wéi Firwat-Type

Wat VerfÜgung

Déi heiteg Etude am entdecken DNA Kopie Zuel hire Restaurant (CNAs) bezitt sech an der carcinogenesis vun Mo. Équipe an hiren clinicopathological significances am Koreakrich Populatioun um Versteesdemech. DNA Kopie Zuelen benotzt Agilent 244K oder 400K analyséiert vill Komparativ Frankräich hybridization (aCGH) zu frësch-gefruer entholl iwwereneestëmmen normal Stoffer aus 40 gastric Kriibs Patienten. Verschiddener vun de geneeë CNA Regioune benotzt multiplex ligation-ofhängeg Studiebäihëllefe amplification (MLPA) zu sechs vun de 40 Patienten validéiert an Agilent 60K aCGH zu engem eegestännege Set vun 48 gastric Cancers adaptéiert. D'mRNA Niveau vun Genen um gemeinsam CNA Regioune benotzt grouss real-Zäit Hinnen alleguer analyséiert. Copy Zuel hëlt sech méi heefeg wéi Verloschter ganze ganze Nepgen zu entholl Stoffer Verglach zu reagéiert normal Stoffer. Déi heeschen Zuel vun hire Restaurant pro Fall war 64 fir Dumouriez a 40 fir Verloschter, an d'Steiren aberration Längt war 44016 BP fir Dumouriez a 4732 BP fir Verloschter. Copy Zuel hëlt sech dacks bei 7p22.1 (20%) fonnt, 8q24.21 (27% -30%), 8q24.3 (22% -48%), 13q34 (20% -31%), an 20q11-Q13 (25% -30%), an Verloschter bei 3p14.2 (43%), 4q35.2 (27%), 6q26 (23%), an 17p13.3 (20% -23%). CNAs um 7p22.1, 13q34, an 17p13.3 hunn net vun anere Populatiounen gemellt ginn. Déi meescht vun de Kopie Zuel Verloschter huet mat verwandelt-Regulatioun vun mRNA Niveauen verbonnen, mee d'Korrelatioun tëscht Kopie Zuel Dumouriez a mRNA Ausdrock Niveauen an engem Gene-ofhängeg Manéier variéiert. Zousätzlech, Lien Kopie Zuel hëlt méi allgemeng zu intestinal-Typ Cancers ze geschéien wéi am diffusen-Typ Cancers. Zu der Konklusioun, dass déi heiteg Etude dass Kopie Zuel hëlt um 8q24 an 20q11-Q13 a Verloschter bei 3p14.2 gemeinsam Evenementer am 7p22.1 zu gastric Kriibs mä CNAs kann, 13q34, an 17p13.3 kann Koreanesch-spezifesch ginn.

Fro: Jin DH, Park SE, Lee J, Kim kM, Kim S, Kim DH, et al. (2015) Copy Number Iwwerhand um 8q24 an 20q11-Q13 zu Gastric Cancer méi verbreed an Intestinal-Typ wéi Firwat-Type. PLoS NËMMEN 10 (9): e0137657. Doi: 10.1371 /journal.pone.0137657 VerfÜgung

Redakter: Masaru Katoh, National Cancer Center, Japan VerfÜgung

Arnaque: 8 Mäerz 2015; Akzeptéiert: 19 August 2015; Publizéiert: 11. September 2015 VerfÜgung

Copyright: © 2015 Jin et al. Dëst ass eng oppen Zougang Artikel ënnert de Bedingunge vun der Lizenz CC BY verdeelt, déi bereet benotzen Genehmegungen, Distributioun, an Reproduktioun vun all mëttelgrouss, gëtt si vum original Auteur an d'Quell Kaiser VerfÜgung

Data Disponibilitéit: All Daten sinn bannent de Pabeier a seng Ennerstëtzung Informatiounen Fichieren. . (: GSE69318 an GSE69266, bzw. www.ncbi.nlm.nih.gov/geo, Bäitrëtt Nummer) VerfÜgung

Funding der aCGH-244K an aCGH-400K Daten kënnen vum Gene Expression Omnibus Portal d'NCBI erofgeluede ginn: d plangen fir Cancer Control, Ministère fir Gesondheet an Wuelergoen (p0270) an aus der Korea Gesondheet Industrie Development Institut (KHIDI), finanzéiert duerch d'Gesondheetsministère & dëst Wierk war déi Subventioune vun der National R &ënnerstëtzt; Wuel (HI14C1979), Republik Korea VerfÜgung

Wettsträit Interessen:. D'Auteuren hunn deklaréiert, datt keng Competitioun Interessen existéieren VerfÜgung

Aféierung VerfÜgung

Gastric Kriibs der drëtter Virwaat Ursaach vum Kriibs ass. Doudesfäll weltwäit. Trotz groussen Schrett an der Diagnos a Behandlung vun gastric Kriibs, fënnef-Joer Iwwerliewe Tariffer vun gastric Kriibs Patienten bleift ënnert 30% vun de meeschte Länner [1]. Zousätzlech, ongeféier d'Halschent vun de Patienten déi curative chirurgesch resection hi entwéckelen nach loco-regional oder wäiter Investitiounen trotz der Multi-dach emol eppes therapeutesch Approche an stierwen vun der Krankheet [2,3]. Obwuel déi meescht gastric Cancers ähnlechen Medeziner Fonctiounen Ecran, et ass bedeitend heterogeneity zu sengem histopathology an verbonne molekulare Ännerungen [4]. An anere Wierder, et ass wichteg molekulare biomarkers an der carcinogenesis vun gastric Kriibs fir fréi ze erkennen a cibléiert Behandlung vun der Krankheet Équipe ze identifizéieren. VerfÜgung

DNA Kopie Zuel Verfall (CNA) definéiert als DNA Segmenter 1 KB oder gréisser zu Gréisst, ass eng wichteg Zort vun Kriibs Zellen genetesch observéiert Verfall [5]. CNAs kann Gentherapie Ausdrock, phenotypic Variant an Adaptatioun Afloss vun jonken Studenten proximal oder wäiter DNA reglementaresche Regiounen oder vun Wou muss ech Gentherapie Doséierung Niveauen [6,7]. Ausserdeem, ass d'Distributioun vun Kopie Zuel vill verschidden an isoléiert Liewe Populatiounen, déi op verschiddene waat fir Krankheeten ganze Liewe Gruppen Resultat kann [8]. Kuerzem, hu verschidden Gruppen analyséiert hire Restaurant vun DNA Kopie Zuel vun gastric Kriibs vill Komparativ Frankräich hybridization benotzt (aCGH) an hunn Roman Genen wichteg an der pathogenesis vun gastric Kriibs [9-14] identifizéiert. Zum Beispill, Tomono et al. [10] propagéieren CNAs an 30 Fäll vu gastric Kriibs vun BAC oder Bourse clones benotzt, an identifizéiert den heefegsten Regioune vun DNA Kopie Zuel hëlt als 20q13, 20q11, 8q24, an 20p12, an déi vun Verloschter wéi 4q34-qter, 5q12, 18q21, an 3p14. Fan et al. [11] fonnt CNAs zu 64 gastric Kriibs Stoffer an 8 gastric Kriibs Zell Verse BAC clones benotzt, an observéiert, datt 20q12-20q13 an 9p21 déi dacks Kick an geläscht Regioune waren, respektiv. Zousätzlech, Cheng et al. [12] studéiert CNAs zu 27 gastric Cancers vun aCGH-244K an identifizéiert 8p11-Q24, 20q11-Q13, an 7q21-Q22 wéi déi meescht verdengten Regiounen an 4q34, 6p25, 18q12, an 18q22 wéi déi verluer Regiounen. An deene leschte Studien, verschidde microarrays (BAC oder Bourse Klon, oligo) sech applizéiert CNAs zu gastric Kriibs ze ermëttelen, an de Rapport vum CNA Regioune waren verschiddene fir déi verschidde Etude Populatiounen. VerfÜgung

Fir CNAs z'identifizéieren wichteg am pathogenesis vun gastric Kriibs an der koreanesch Bevëlkerung, mir standing éischt e Nepgen-breet Analys vun Nummer DNA Kopie benotzt aCGH-244K oder aCGH-400K zu 40 gastric Cancers an dann d'Réckstänn CNAs validéiert engem personaliséierten aCGH-60K an aner Formatioun vu 48 gastric benotzt Cancers. D'Auswierkunge vun CNAs op Gentherapie Ausdrock sech an e puer vun den Genen mat CNAs analyséiert. VerfÜgung

Resultater VerfÜgung

Discovery vun CNAs Équipe an der carcinogenesis vun Mo. VerfÜgung

CNAs Équipe ze entdecken an der carcinogenesis vun de Mo, entholl an normal Stoffer aus 40 gastric Kriibs Patienten reagéiert huet mat vill Komparativ Frankräich hybridization (aCGH) analyséieren; 30 Fäll vun aCGH-400K a 10 Fäll vun aCGH-244K. CNAs sech ganze ganze Nepgen erwëscht, a kopéieren Zuel hëlt sech méi heefeg wéi Kopie Zuel Verloschter (Lalumi 1A). D'Zuel vun CNAs war vastly verschiddene Beraich Persounen. Déi heeschen Zuel vun CNAs pro Fall war 64 fir Dumouriez a 40 fir Verloschter (Lalumi 1B), an d'Steiren Längt vum CNA Regioun huet 44016 BP fir Dumouriez a 4732 BP fir Verloschter (Lalumi 1c). D'gemeinsam CNAs sech mat engem Kontext-korrigéiert Algorithmus mat engem p-Wäert loung vun 0,05 an iwwerlageren loung vun 0,9 (Lalumi 1D) fonnt. Copy Zuel hëlt sech op chromosomal Regiounen Toast fonnt 7p22.1, 8q24.21, 8q24.3, 13q34, an 20q11-Q13, a kopéieren Verloschter Zuel sech dacks op 3p14.2 observéiert, 6q26, 7q36.3, 13q34, an 18q23 . D'Verloschter waren haaptsächlech op den Extremitéiten vun chromosomes fonnt, an der Gréisst ass relativ kleng. D'CNAs sech heefeg op chromosomes 2 an 15. Déi gemeinsam aberration Virsaz mat engem niddregen p-value haaptsächlech bannent 1 KB-10 KB (Lalumi 1E) gefall. Gemeinsam geometrescher Figur ëm MYC VerfÜgung Gentherapie um 8q24.21 sinn zu Lalumi 1F gewisen. . (: GSE69318 an GSE69266, respektiv vum Bäitrëtt Nummer) VerfÜgung

Validatioun der aCGH-244K an aCGH-400K Daten kënnen vum Gene Expression Omnibus Portal (www.ncbi.nlm.nih.gov/geo) d'NCBI erofgeluede ginn vun der aCGHs vun Analyse VerfÜgung MLPA

fonnt puer Frankräich Ongläichgewiichter vun der aCGH validéiert goufen mat Hinnen alleguer-baséiert multiplex ligation-ofhängeg Studiebäihëllefe amplification (MLPA). Sechs vun der 40. Otemschwieregkeeten Echantillonen analyséiert benotzt aCGH fir MLPA disponibel waren. Copy Zuel hire Restaurant vun MYC VerfÜgung (8q24.21), FHIT VerfÜgung (3p14.2), WDR60 VerfÜgung (7q36.3), COL4A2 VerfÜgung (13q34), NFATC1 VerfÜgung (18q23), an NCOA3 VerfÜgung (20q12) zu sechs reagéiert entholl an normal Otemschwieregkeeten Puer analyséiert goufen (268-1, 271-1, 272-2, 301 -1, 685-1 a 685-2). MYC VerfÜgung war zu 271-1T an 301-1T (Lalumi 2A) Implikatioune verstärkt, NCOA3 VerfÜgung war zu 301-1T an 685-2T (Lalumi 2B) Reih, an FHIT
huet an 271-1T, 301-1T, an 685-1T (Lalumi 2A) geläscht. Dës Resultater goufen héich konsequent mat fonnt déi vun aCGH. der Kopie Zuel Perte vun Genen awer, wéi WDR60 VerfÜgung (Lalumi 2C), NFATC1 VerfÜgung (Lalumi 2D), an COL4A2 VerfÜgung (Lalumi 2E), déi sech fonnt bis zu aCGH verluer ginn, goufen an der MLPA net fonnt. D'Längt vun der Läschen Regioun am WDR60 VerfÜgung Gentherapie vun aCGH nogewise gouf 2907 BP, an COL4A2 VerfÜgung a NFATC1 VerfÜgung 1903 huet BP an 2596 BP, bzw.. Baséierend op dës Observatiounen, ass et wahrscheinlech, datt der geometrescher Figur kleng Regiounen observéiert vun aCGH Rennsport falsch kann. VerfÜgung

Weider Confirmatioun vum CNA Regioune vun aCGH-60K VerfÜgung

de CNA Regiounen ze validéieren a schmuel vun onbekannt (> 20%) Kopie Zuel hëlt oder vun aCGH observéiert Verloschter an der 40 Echantillonen, analyséiert mir weider hir geometrescher Figur vun entholl iwwereneestëmmen normal Stoffer aus aneren 48 gastric Kriibs Patienten engem personaliséierten aCGH-60K benotzt. De CNA Regiounen am 8q24, 20q11-Q13, 3p14.2, an 18q23 zougedréckt Hoplit hire Restaurant vun Kopie Zuel vun de aCGH-60K, mä CNAs op aner Regiounen, wéi 20p13-20p12 an 20q21.2, Datselwecht Musteren net weisen wéi an der 244K an 400K suggeréiert domat heterogen Resultater ënnert aCGH Quaien. Fir minimal gemeinsam Regiounen (MCRs) vun Kopie Zuel hire Restaurant ënnert der dräi Quaien fannen, overlapped mir de CNA Regiounen am Ganzen 88 Echantillonen. D'MCRs vun onbekannt (> 20%) Kopie Zuel hëlt op multiple chromosomal Regiounen dorënner 7p22.1 fonnt goufen (20%), 7q22.1 (31% ~ 44%), 8q24.21 (27% ~ 30%), 8q24.3 (22% ~ 48%), 13q34 (20% ~ 31%), an 20q11 ~ Q13 (25% ~ 30%) (Table 1 an Table a zu S1 Datei). D'MCRs vun onbekannt (> 20%) Kopie Zuel Verloschter goufen och zu siwen chromosomal Géigende fonnt, dorënner 3p14.2 (43%), ausser FHIT VerfÜgung (Table 1 an Table B an S1 Datei)

Gene-ofhängeg association tëscht CNAs an mRNA Niveauen VerfÜgung

den Effet vun CNAs op Gentherapie Ausdrock ze ermëttelen, gemooss mir mRNA Niveaue vu multiple Genen ( MYC VerfÜgung, SCRIB
, PUF60 VerfÜgung, BOP1 VerfÜgung, SNTA1 VerfÜgung, E2F1 VerfÜgung, CD40 VerfÜgung, EYA2 VerfÜgung , NCOA3 VerfÜgung, FHIT VerfÜgung, CRK VerfÜgung, an SMAD2 VerfÜgung) bei der gemeinsamer aberration Regiounen an 48 entholl an normal Stoffer reagéiert an analyséiert d'Associatioun mat der CNAs. Den Effet vun CNAs op Gentherapie Ausdrock war, andeems der mRNA fantastesch änneren (FC) zu Cancers mat an ouni CNAs analyséiert. D'Korrelatioun tëscht Kopie Zuel hire Restaurant an entspriechend Gentherapie Ausdrock war verschidde laut Zuel hëlt oder Verloschter ze kopéieren. D'Majoritéit vun Genen mat Kopie Zuel Verloschter zougedréckt downregulation vun mRNA: d'mRNA Niveau war am FHIT VerfÜgung (Table 2 an Lalumi 3A) downregulated, CRK VerfÜgung, an SMAD2
Genen (Table 2). Allerdéngs hunn mir d'Korrelatioun tëscht Kopie Zuel Dumouriez a upregulation vun mRNA Niveauen war Gentherapie-spezifesch: d'mRNA Niveauen am Genen wéi MYC VerfÜgung, PUF60 VerfÜgung, BOP1 VerfÜgung (Lalumi 3B), an E2F1 VerfÜgung positiv mat Kopie Zuel hëlt verbonne waren. Allerdéngs war kee Veräin tëscht mRNA Niveauen a kopéieren Zuel Gewënn vun Genen wéi SCRIB VerfÜgung, BCL2L1 VerfÜgung, SNTA1 VerfÜgung, CD40 VerfÜgung, fonnt EYA2 VerfÜgung a NCOA3 VerfÜgung (Table 2) suggeréiert, dass d'Relatioun tëschent Kopie Zuel Dumouriez a Ausdrock Gentherapie-spezifesch kann. VerfÜgung

Association vun CNAs mat clinicopathological Charakteristiken VerfÜgung

D'Associatioun tëscht Kopie Zuel hire Restaurant an clinicopathological Verännerlechen war zu 88 gastric Kriibs Patienten analyséiert. Fifteen Genen mat onbekannt (> 20%) Kopie Zuel hire Restaurant fir d'Analyse ausgewielt goufen. Copy Zuel Perte vun CRK VerfÜgung ( P VerfÜgung = 0.07), SMAD2 VerfÜgung ( P VerfÜgung = 0.09), FHIT VerfÜgung ( P VerfÜgung = 0.68), an NFATC1 VerfÜgung ( P VerfÜgung = 0.11) Genen variéieren hutt net vill tëscht diffusen-Typ Cancers an intestinal-Typ Cancers (Lalumi 3C). Allerdéngs, Lien Kopie Zuel hëlt bei enger héich prevalence zu intestinal-Typ Cancers ze geschéien wéi am diffusen-Typ Cancers (Lalumi 3D an 3, Table C am S1 Datei). Fir SCRIB VerfÜgung ( P VerfÜgung = 0.36), PUF60 VerfÜgung ( P VerfÜgung = 0.07), MAPK15 VerfÜgung ( P VerfÜgung = 0.08), E2F1 VerfÜgung ( P VerfÜgung = 0.14), SNTA1 VerfÜgung ( P VerfÜgung = 0,15), BCL2L1 VerfÜgung ( P VerfÜgung = 0,15), NCOA3 VerfÜgung ( P VerfÜgung = 0.22), an EYA2 VerfÜgung ( P VerfÜgung = 0.06), Priedegt Kopie Zuel hëlt bei enger héich prevalence zu intestinal-Typ Cancers wéi an diffusen-Typ Cancers, mä den Ënnerscheed ass net statistesch relevant. Copy Zuel Gewënn vun MYC VerfÜgung ( P VerfÜgung = 0,03), BOP1 VerfÜgung ( P VerfÜgung = 0,03), an CD40 VerfÜgung ( P VerfÜgung = 0.01) waren bei engem vill héich prevalence zu intestinal-Typ Cancers Verglach zu diffusen-Typ Cancers fonnt. Fir Alter-Zesummenhang CNAs entdecken, analyséiert mir Korrelatioun tëscht Patient d'Alter a kopéieren Nummer änneren Pearson d'Korrelatioun Ech benotzen awer fonnt keng Korrelatioun tëscht Kopie Zuel Ännerung vun 15 Genen an Patient d'Alter (Lalumi 4A) fonnt gouf. Hierarchie Käre Analyse war fir Grupp Patienten mat ähnlechen CNAs gesuergt. Déi meescht vun de Patienten mat Kopie Zuel hëlt um 8q24 haten och Copy Zuel hëlt um 20q11.21 oder 20q13.12 (Lalumi 4B). Date goufen weider an 4 Stärekéip ënnerdeelt no der Präsenz vun Kopie Zuel hëlt um 8q24 an 20q11.21 (oder 20q13.12). Copy Zuel hëlt um 8q24 war vill mat Kopie Zuel hëlt um 20q11.21 oder 20q13.12 verbonne ( P VerfÜgung = 0,005, Fisher an d'genee Test; Table D an S1 Datei). Dës Observatioune hindeit, datt déi zwou Regiounen, 8q24 an 20q11.21 (oder 20q13.12), kann et ähnlech ufälleg gin Zuel Dumouriez zu gastric Kriibs ze kopéieren. VerfÜgung

Diskussioun VerfÜgung

D'Ännerung vun der Gentherapie Doséierung vum CNA méi gëtt als e wichtege Bestanddeel vun tumorigenesis unerkannt. Fir Roman CNAs Équipe an der pathogenesis vun gastric Kriibs entdeckt, standing mir eng Nepgen-breet Analys vun CNAs zu entholl an normal Stoffer aus 88 gastric Kriibs Patienten reagéiert an identifizéiert onbekannt (> 20%) Kopie Zuel hëlt um Multiple chromosomal Regiounen dorënner 7p22 .1, 8q24.21, 8q24.3, 13q34, 20q11 ~ Q13 an engem onbekannt Verloschter bei 3p14.2, 4q35.2, 6q26, an 17p13.3. D'CNAs um 7p22.1, 13q34, an 17p13.3 hunn net vun anere Populatiounen gemellt ginn. D'7p22.1 Regiounen am Moment studéieren identifizéiert enthale der FBXL18, ACTB, ACTG1, an RNF216 Genen. Obwuel CNAs um 7p22.1 hunn net zu gastric Kriibs gemellt ginn, an Untersuchungshaft puer Studien hiren Impakt op d'Entwécklung vun spillt kloer Zell adenocarcinoma [15] an endometriosis [16]. An dëser Etude, Kopie Zuel hire Restaurant vun MYC VerfÜgung (8q24.21), FHIT VerfÜgung (3p14.2), an NCOA3 VerfÜgung (20q12) validéiert goufen benotzt MLPA, mee Kopie Zuel Verloschter ( WDR60 VerfÜgung, COL4A2 VerfÜgung, NFATC1 VerfÜgung) vu ronn 2000bp sech net duerch MLPA validéiert. Mir gescheitert extensiv computational Estimatioun vun falschen positiven Taux vun lackeleg-baséiert plädéiere fir Leeschtunge. Amplaz, hu mir d'prevalence vun Kopie Zuel Verloschter tëscht aCGH-244k &Verglach; -400K An der aCGH-60K mat héich dichten Ämter no de Gréisste vun Kopie Zuel Verloschter: 1kb-5kb, 5kb-10kb, 10kb-50kb, 50kb-100kb, an 100k-. Statistesch sech Differenze nëmmen an der Kopie Zuel Verloschter vu kleng Gréisst (1kb-5kb) (Table E zu S1 Datei) fonnt. Ausserdeem goufen d'Differenze zu chromosomal nët-spezifesch Manéier fonnt: keng Differenz zu chromosomes fonnt goufen 3, 6, 16, 17, an 20 (Donnéeën net gewisen). Dofir, ass et méiglech, datt Zuel Verloschter vu kleng Gréisst erwëscht an aCGH-244K an aCGH-400K zu puer loci kann falsch Copy. VerfÜgung

Mir donieft minimal gemeinsam Regioune vun onbekannt (≥10%) amplification oder Läschen analyséiert zu 88 gastric Cancers (Table F an S1 Datei) an se mat der grousser gastric Kriibs TCGA Verglach (d'Cancer Genom Atlas) Etude (14) an dräi virdrun Studien (Table G am S1 Datei). D'TCGA Étude aus vun 295 Primärschoul gastric adenocarcinomas an identifizéiert 30 Brennwäit amplifications an 45 Brennwäit geläscht. Amplification (≥ 5 Exemplairen) op 8q24.21 ( MYC VerfÜgung), 17q12 ( ERBB2 VerfÜgung etc.), 20q11.1-q13.33 (EYA2 VerfÜgung, NCOA3 VerfÜgung etc.), a Läschen (0 Exemplairen) op 3p14.2 ( FHIT VerfÜgung) sech an eiser Daten wéi och d'Daten vun der TCGA an anerer 'Studien (Table G observéiert an S1 Datei). Allerdéngs, CNAs um 7p22.1, 13q34, an 17p13.3 hunn net an der TCGA studéieren an anere Populatiounen gemellt ginn. D'Zuel vun den Regiounen vun der identifizéiert CNAs am TCGA Etude war méi grouss wéi déi heiteg Etude, déi vun de verschiddene subgroups vun Prouf Memberen Resultat kéint. D'TCGA Etude aus grouss intestinal-Typ (66.4%) am Verglach zu diffusen-Typ Cancers (23.4%). VerfÜgung

Vun wellkomm Genen op 8q24.21, MYC ass bekannt de Wuesstem an Prolifératioun vu normal ze förderen gastric Zellen, an knockdown vun MYC VerfÜgung restrains de Wuesstem an Prolifératioun vu gastric Kriibs Zellen [17]. MYC VerfÜgung encodes engem transcriptional Faktor datt eng Rei vu Genen reguléieren ze Prolifératioun, dat am Zesummenhang, an apoptosis [18]. MYC VerfÜgung Kick ass an iwwer-ausgedréckt an gastric Kriibs [19], a seng Ausdrock geet lues wéi de Kriibs entwéckelt [20]. MYC VerfÜgung amplification ass mat der aggressive Verhalen vun gastric Kriibs Zellen [21,22] assoziéiert. An dëser Etude, Kopie Zuel Gewënn vun MYC VerfÜgung sech op engem héije prevalence am intestinal-Typ Cancers fonnt wéi zu den diffusen-Typ Cancers Verglach, d'Observatioun ënnerstëtz datt MYC FAQ Ausdrock ass méi dacks zu intestinal- observéiert Typ erhéijen wéi an diffusen-Typ erhéijen [23]. Mir hunn d'Wierkung vun MYC VerfÜgung CNAs op Punkto Iwwerliewe bannent all Zort analyséiert. Patienten mat Kopie Zuel Gewënn vun MYC VerfÜgung aarmséileg globale Iwwerliewe haten am Verglach zu deenen, ouni awer d'Differenz war net statistesch bedeitendst vun diffusen Typ an intestinal Typ Cancers (S1 Lalumi). D'Kopie Zuel Gewënn vun der POU5F1B VerfÜgung (Pou Domain Klass 5 Transkriptiouns Faktor 1B) pseudogene op 8q24.21 sech zu 27% vun der Echantillonen analyséiert fonnt. POU5F1B VerfÜgung ass bekannt mat mRNA Iwwerfloss an eng aggressiv phenotype zu gastric Kriibs [24]. VerfÜgung

D'8q24.3 an 20q11-Q13 Regiounen honnerte vu Genen (Table A zu S1 enthale verbonne ginn Datei), mä vill méi onwahrscheinlech an oncogenesis Équipe. Ënnert de Genen an dëse Regiounen läit, analyséiert mir de mRNA Niveau vun SCRIB VerfÜgung, PUF60 VerfÜgung, an BOP1 VerfÜgung um 8q24.3 a SNTA1 VerfÜgung , E2F1 VerfÜgung, CD40 VerfÜgung, EYA2 VerfÜgung, an NCOA3 VerfÜgung um 20q11-Q13 (Table 2). Am Moment studéieren, Kopie Zuel Gewënn vun SCRIB VerfÜgung, SNTA1 VerfÜgung, CD40 VerfÜgung, EYA2 VerfÜgung, an NCOA3 VerfÜgung sech net mat engem fantastesch Verännerung mRNA Niveauen assoziéiert. Allerdéngs, d' PUF60 VerfÜgung, BOP1 VerfÜgung, an E2F1 VerfÜgung Genen fonnt goufen an entholl Stoffer mat Kopie Zuel hëlt däitlech méi-ausgedréckt gin. PUF60 VerfÜgung war eriwwer-ausgedréckt an Cancers mat CNAs ( P VerfÜgung = 0.038), mä säin Ausdrock ass net vill anescht tëscht entholl Stoffer a reagéiert normal Stoffer zu Echantillon ouni CNAs ( P VerfÜgung = 0.111). PUF60 (puer dovun-U bindend splicing Faktor 60kDa), engem fusionéiere-verbindlech FAQ-proposéiert repressor (FIR), spillt eng wichteg Roll an der Nuklearenergie Prozesser wéi Pré-mRNA splicing an transcriptional Regulatioun. Zousätzlech, PUF60 Hien MYC VerfÜgung Transkriptiouns um P2 Promoteur duerch d'Kär-TFIIH basal Transkriptiouns Faktor [25]. Kuerzem, Gumireddy et al. [26] gemellt dass PUF60 fir d'regulator Funktioun vun respektiv reglementaresche IncRNA (treRNA) néideg ass, deen zu entholl Invasioun an Metastasen Équipe ass. Copy Zuel Gewënn vun PUF60 zu engem staarke positive Korrelatioun mat Ausdrock vun gastric Kriibs weisen [27] an am spillt Kriibs [28]. Dës Observatioune hindeit datt Kopie Zuel Gewënn vun PUF60 VerfÜgung kann ee grousse Mechanismus Basisdaten der Regioun-Ausdrock vun der Gentherapie zu gastric Kriibs ginn. VerfÜgung

Am Géigesaz zu PUF60, déi BOP1 an E2F1 sech fonnt ze ginn, ouni an entholl Stoffer mat Kopie Zuel hëlt wéi och an deene méi-ausgedréckt. Copy Zuel Gewënn vun BOP1 VerfÜgung a E2F1 VerfÜgung an dëser Etude Accident zu 23% an 25% vun Echantillon studéiert, respektiv. Geklomm mRNA fantastesch Ännerung vun BOP1 VerfÜgung bedeitendst war zu entholl Stoffer mat Kopie Zuel hëlt ( P VerfÜgung = 0.024) wéi och vun deenen ouni ( P VerfÜgung &Si besteet; 0.001) . BOP1 (Spär vun Prolifératioun 1) ass eng Komponent vun der PeBoW (Pes1, Bop1, an WDR12) Komplex, dee fir maturation vun 28s an 5.8S ribosomal RNAs an Opstellung vun den 60er Ribosom [29] néideg ass. BOP1 spillt eng oncogenic Roll an hepatocellular carcinoma vun epithelial-mesenchymal Transitioun (EMT) an Spur actin cytoskeleton Remodeling [30] Pinguin. D' BOP1 VerfÜgung Gentherapie ass bekannt mat 8q Mosconi an rectal Kriibs iwwer-ausgedréckt ginn [31], an Doséierung Erhéijung vun der BOP1 VerfÜgung Gentherapie, mat enger Hausse vun assoziéiert ass BOP1
mRNA zu colorectal Kriibs [32]. D'E2F1 gouf och iwwer-ausgedréckt an entholl Stoffer mat Kopie Zuel hëlt ( P VerfÜgung &Si besteet; 0.001) an zu deenen, ouni ( P VerfÜgung = 0,03). E2F1 spillt eng wichteg Roll an der Kontroll vun der Zell Zyklus a seng Aktivitéit ass reglementéiert duerch an enger Zell-Zyklus-ofhängeg Manéier ze retinoblastoma FAQ obligatoresch. Iwwer-Ausdrock vun E2F1 mat der Entwécklung vun enger Rei vun erhéijen verbonnen ass, an d'fräi Kopie Zuel vun E2F1 VerfÜgung ass bekannt mat iwwer-Ausdrock vun der Gentherapie zu melanoma [33] an cervical Kriibs verbonne ginn [ ,,,0],34]. Baséierend op dës Observatiounen, ass et wahrscheinlech, datt de globale Impakt vun Kopie Zuel hëlt op Gentherapie Ausdrock vun gastric Kriibs schwankt vun enger Gentherapie-ofhängeg täteg. VerfÜgung

Obwuel Kopie Zuel hëlt um 13q34 sech net an gastric Kriibs gemellt, déi Dumouriez huet an 20-30% vun Echantillon studéiert fonnt. Copy Zuel hëlt um 13q34 sinn bekannt mat de Werdegang vun cervical intraepithelial neoplasia zu squamous Zell carcinoma [35] a mat klenge bowel adenocarcinoma [36] verbonne ginn. Copy Zuel hëlt um 17q12 sinn heefeg zu gastric Kriibs. Am Moment studéieren, e puer Genen, dorënner ERBB2 VerfÜgung, GRB7 VerfÜgung, STARD3 VerfÜgung, PPP1R1B VerfÜgung, Bei der Philo VerfÜgung, an C17orf37, goufen zu 15-20% vun de 88 Fäll, konsequent mat aner Studien Implikatioune [37,38]. Mir hunn deeër net de Korrelatioun vun Kopie Zuel an Ausdrock Niveau vun de Genen, mee verschidden Gruppen hu bericht, dass d'Genen vun der Entwécklung vun gastric Kriibs wichteg sinn. Ënnert hinnen, ERBB2 (HER2) VerfÜgung dacks Kick ass an iwwer-ausgedréckt an gastric Cancers [39-41], an amplification vun HER2 VerfÜgung staark mat aarmséileg Iwwerliewe verbonne war, besonnesch an der intestinal Typ vun gastric Kriibs [42]. Immunoreactivity vun ERBB2 existeiert och op engem méi héich prevalence Taux vun intestinal Typ wéi an der diffusen bestemmt [43]. Ausserdeem, Erhéijunge vum PPP1R1B-STARD3 VerfÜgung Fusioun ët zu Mënsch gastric Kriibs Kolonie Équipe duerch d'Aktivatioun vun phosphatidylinosil-3-kinase an AKT sécher [44]. Reegelméissegen amplification vun GRB7 VerfÜgung a positiv Changementer am Ausdrock sech och an gastric Kriibs gemellt [41,43]. VerfÜgung

D'heefegsten Défaiten an dëser Etude op 3p14.2 (39% fonnt goufen an diffusen-Typen an 37% vun intestinal Zorten), wou FHIT VerfÜgung läit. FHIT VerfÜgung ass eng gutt-bekannt entholl suppressor Gentherapie [45], an oft ass an de Verloscht vun heterozygosity (Loh) an geläscht zu Mënsch erhéijen [46] Équipe. Primärschoul gastric carcinomas vertrieden engem Emplazéiren vun der FHIT VerfÜgung Gentherapie a 20 vun 30 (67%) Echantillon Schatzkummer e Feele vun FHIT VerfÜgung FAQ Ausdrock [47]. Verloscht vun FHIT VerfÜgung FAQ Ausdrock deemolegt Weltbild mat Krankheet Werdegang an aarm dat am gastric Kriibs [48]. Am Moment studéieren, observéiert mir dass FHIT VerfÜgung Ausdrock vun gastric Cancers mat oder ouni hir CNA reduzéiert huet, suggeréiert datt Gentherapie Doséierung souwéi aner Mechanismen regléieren FHIT VerfÜgung Ausdrock vun gastric Kriibs. A somatic missense stattfannen (Exon 6, codon 61, ACG → ATG) vun FHIT VerfÜgung huet och zu gastric Cancers [49] identifizéiert ginn. Doriwwer eraus, eng héich Frequenz vun Promoteur hypermethylation vun FHIT VerfÜgung (62%) ass an gastric Cancers observéiert [50]. Dofir, mat zousätzlech Frankräich Donnéeën Kopie Zuel Donnéeën integréiert ass wiesentlech fir globaalt d'genetesch Kontroll vun der Gentherapie Ausdrock Versteesdemech [51]. VerfÜgung

Copy Zuel Verloschter vu verschiddene Genen vun dëser Etude tëscht diffusen-Typ Cancers net vill anescht waren an intestinal-Typ Cancers. Allerdéngs war d'prevalence vun Kopie Zuel hëlt verschiddene tëscht zwou Zorte vun verschidden Genen, suggeréiert datt Ëmwelt- Facteuren an Copy Zuel hëlt wéi Verloschter méi Afloss kann. Zousätzlech, Patienten mat Kopie Zuel hëlt op 8q24.21 an 8q24.3 Lien Iwwerhand iwwert 20q11-Q13 ze hunn, proposéiert zwou Regiounen gläich Rief kann Zuel Variant ze kopéieren. Dës Etude ass streng wéinst der klenger Zuel vu Echantillonen an de Mangel vun Iwwerliewe Donnéeën limitéiert. Weider Etude vun enger grousser Kohort ass néideg der funktionell Bedeitung vun CNAs an dëser Etude entdeckt ze verstoen. Ausserdeem goufen mRNA Miessungen net bei engem Nepgen Niveau gesuergt. Mir analyséiert Relatioun tëscht mRNA Niveau vun e puer Genen bekannt an der pathogenesis vum Mënsch Kriibs an der CNAs wichteg ze ginn. Eng bedeitend Korrelatioun war tëscht den Ausdrock Niveau vun MYC VerfÜgung, PUF60 VerfÜgung, BOP1 VerfÜgung, an E2F1 VerfÜgung Genen an hir CNAs (Table 2) fonnt . A statistesch relevant Korrelatioun tëscht CNAs vun MYC VerfÜgung, PUF60 VerfÜgung, an E2F1 VerfÜgung Genen an hiren Ausdrock Niveauen war och vun Fan et al fonnt. (11). Allerdéngs ass weider studéieren den Effet vun CNAs op Gentherapie Ausdrock ze däitlech verstoen néideg. Zu der Konklusioun, dass déi heiteg Etude datt DNA Kopie Zuel hëlt um 8q24.21, 8q24.3, 20q11-20q13 a Verloschter bei 3p14.2 vläicht gemeinsam Evenementer zu gastric Kriibs ginn. Allerdéngs, CNAs um 7p22.1, 13q34, an 17p13.3 kann Koreanesch-spezifesch ginn. Zousätzlech, Kopie Zuel Dumouriez zu intestinal-Typ wéi diffusen-Typ gastric Kriibs méi heefeg ginn. VerfÜgung

spontan a Methode VerfÜgung

Sécuritéit Bevëlkerung an DNA Extraktioun VerfÜgung

A Ganzen 88 Patienten, 35 Fraen a 53 Männer, déi curative chirurgesch resection fir gastric Kriibs tëscht November 2004 an Oktober 2010 um Chiffer vun befënnt am Samsung Medical Center, Seoul, Korea, weiderentwéckelt matgemaach an dëser Etude. Surgically geläscht entholl Stoffer sech an der Maîtrise schrëftlech informéiert Zoustëmmung vun all de Patiente gesammelt. Dës Etude gouf vun der Samsung Medical Center (SMC) Finanzpolitiker Kritik Board (IRB) abruecht. D'erhéijen ware virgezunnen-gefruer an flëssege Stéckstoff a bei -80 ° C gespäichert bis waren. Virum DNA Reduktioun vun der frësch gefruer Stoffer, huet de Rubriken op drënner gesat an Kierchefënster mat H & E der admixture vun tumorous an Net-tumorous Stoffer ze diskutéieren. Entholl an Net-entholl Beräicher goufen virsiichteg ënnert engem microscope microdissected. D'microdissected Stoffer sech mat proteinase K verdaut, an d'Frankräich DNA war no den Instruktioune vun den Hiersteller (DNeasy Ray Kit, QIAGEN, Valencia, CA) isoléiert. D'Prouf bestoung vun 43 diffusen-Typ Cancers, 41. intestinal-Typ, a 4 gemëscht-Typ Cancers. VerfÜgung

CNA Analyse mat aCGH VerfÜgung

D'aCGH war no standing fir den Hiersteller d'Recommandatiounen. No DNA hybridization an wäschen, sech drënner direkt mat engem Agilent microarray Scanner gescannt, an raw Daten benotzt Spillfilmer Extraktioun Software op der Default CGH Parameter Astellungen (Agilent Technologies) ofgebaut. Putative CNA Intervalle an all Prouf ware mat Agilent Frankräich Workbench v7.0.4.0 Software identifizéiert. Cy5 /Cy3 nennen sech an Logbuch ëmgerechent _{2-ëmgewandelt Wäerter. Zentraliséiert an onkloer null Verbesserungen sech un der microarray applizéiert. D'Aberration Grouss Hallefachs 2 (ADM-2) sind um loung 6.0 benotzt gouf de CNAs an eenzelne Echantillon ze identifizéieren an aberration Ofstänn zu gastric Kriibs Echantillon (Lalumi 5) ze bestëmmen. Déi folgend Filter- agestallt goufen: minimal Zuel vun Ämter an Regioun > = 3, minimum absolute Duerchschnëtt Logbuch Verhältnis vun Regioun > = 0,25. Gemeinsam geometrescher Figur huet andems de Kontext-korrigéiert sind um p-Wäert &dra fonnt; 0,05 an eng iwwerlageren loung vun 0,9. D'CNAR (Copy Number Verfall Regioun) war den Zesummeschloss vu méi wéi 90 Prozent phpNuke aberrant Segmenter ganze Multiple Echantillon definéiert. D'UCSC Nepgen Versammlungs- hg19 war als mënschlech Referenz Nepgen Haaptrei benotzt. Fir all Plattform (244K, 400K, an 60K), déi bannent Partie war global Lowess normalization Method applizéiert fir lokal raimlech de Westen a kontinuéierlech raimlech Iwwergäng ze korrekt. No der normalization bannent onerfëllt, war e quantile tëscht lackeleg normalization applizéiert der aberration Resultater ganze flamenden Ofgrond ze vergläichen. Dës normalizations goufen higeriicht mat der limma Pak vun R. D'MCR (Minimum Gemeinsam Regioun) war als 100 Prozent phpNuke gemeinsam Regioun tëscht Echantillon vun der CNAR definéiert. Et sinn e puer MCRs an der CNAR no der méiglech phpNuke Frequenz. D'MCR vun amplification a Läsche analyséieren. Amplification a Läsche definéiert gouf, wéi de normalized log2 Verhältnis ≥0.8 an ≤-0,8 war, respektiv. All statisteschen Methoden an visualization vun eenzelne aberrant Regioune benotzt R statistesch Sprooch v.3.0.2 (www.r-project.org) gehaal. VerfÜgung}

Multiplex Ligation-ofhängeg Studiebäihëllefe Amplification (MLPA) Analys VerfÜgung

MLPA Analyse gouf mat der SALSA MLPA Kit P200 gesuergt (MRC-Holland, Amsterdam, Holland) laut den Hiersteller d'Instruktioune [52]. D'P200 Kit enthält 14 intern Kontroll Ämter DNA denaturation an DNA Quantitéit, an och fir d'X an Y chromosome ze bewäerten. DNA Echantillon waren mat TE bis 5 μl verdënntem a sech fir 5 min vun Hinnen alleguer iech zu enger thermocycler mat engem gehëtzter Schlass bei 98 ° C ass gehëtzt. No der Aféierung vun 1,5 μl MLPA gefiermt an 1,5 μl Studiebäihëllefe Mix, huet Echantillon weider gehëtzter fir 1 min bei 95 ° C an dann fir 16 h op 60 ° C incubated. D'Studiebäihëllefe e Message fir nogewise Genen sinn an Table H zu S1 Fichier opgezielt. Ligation vun genannt oligonucleotides war vun verwässeren d'Echantillonen zu 40 μl mat engem dilution gefiermt standing mat 1 U Ligase-65 Aktivitéit, an incubating fir 15 min bei 54 ° C. D'ligase Aktivitéit war vun Heizung bei 98 ° C inactivated fir 5 min an ligation Produite vun Hinnen alleguer Implikatioune goufen. Während bei 60 ° C, 10 μl vun engem gefiermt Léisung der Hinnen alleguer primers, dNTPs an SALSA polymerase (MRC-Holland, Amsterdam, Holland) wouvun bäigebaut. Hinnen alleguer war fir 35 Zykle duerchgefouert (30 ass bei 95 ° C, 30 ass bei 60 ° C an 1 min bei 72 ° C). D'Reaktioune MLPA Hinnen alleguer sech mat der capillary electrophoresis System getrennt, Abi-Prism 3130 (Obwuel Biosystems, Foster City, CA), an d'Donnéeë war mat engem GeneMaker 2.0.0 (SoftGenetics, Stat College, PA) analyséieren.

• PLOS NËMMEN: Grouss Association vun Interleukin4 Intron 3 VNTR Polymorphism mat waat fir Gastric Cancer an enger South indesch Populatioun aus Telangana
• PLOS NËMMEN: D'Apoptotic Effekt vun HIF-1α Inhibition kombinéiert mat Glukose plus Insulin Prefabrizéierten op Gastric Cancer ënner Hypoxic Konditiounen