Ploche ONE: transkripčných faktorov a microRNA-Čo-Regulované Gény v rakovina žalúdka invázie u Ex Vivo

abstraktné

Aberrant miRNA expresie abnormálne moduluje expresiu génov v bunkách a môže prispieť k vzniku nádorov u ľudí. Táto štúdia určila funkčne relevantné rozdielne exprimovaných génov pomocou transkripčných faktorov a miRNA-ko-regulované sieťovej analýzy na rakovinu žalúdka. Ko-regulácia sietí TF-miRNA bol skonštruovaný na základe údajov získaných z cDNA mikročipu a miRNA expresie profilovanie na žalúdočnú rakovinu tkanív. Sieť spolu so svojimi spolupracovníkmi regulované gény boli analyzované pomocou databázy pre anotáciu, vizualizácie a integrované Discovery (David) a transkripčný regulačný element Database (TRED). Zistili sme, osemnásť (17 up-regulované a 1 down-regulované) odlišne exprimovaných génov, ktoré boli čo-regulované zápisu a faktory a miRNA. KEGG analýza cesta vyplýva, že tieto gény sú súčasťou interakcie extracelulárnej matrice-receptora a kontaktné adhézie signálnych dráh. Okrem toho qRT- PCR a westernovým prenosom dát došlo k nárastu COL1A1 a zníženie NCAM1 mRNA a nízka hladina bielkovín v žalúdku rakovinových tkanív. Tak, tieto údaje za predpokladu, že prvé dôkazy, ktoré ukazujú, že zmenený gén sieť bola spojená s rakovinou žalúdka inváziu. Je potrebné ďalšie štúdie s veľkým objemom vzorky a viac funkčných experimentov potvrdiť tieto údaje a prispieť k diagnostických a liečebných stratégií pre rakovinu žalúdka

Citácia :. Shi Y, Wang J, Xin Z, Duan Z, Wang G ak F (2015), transkripčných faktorov a microRNA-Čo-Regulované Gény v rakovina žalúdka invázie v Ex Vivo
. PLoS ONE 10 (4): e0122882. doi: 10,1371 /journal.pone.0122882

Akademický Editor: Jian-Jun Zhao, Dana-Farber Cancer Institute, Spojené štáty

prijatá: 08.11.2014; Prijaté: 24.února 2015; Uverejnené: 10.04.2015

Copyright: © 2015 Shi et al. Toto je článok o otvorenej distribuovaný pod podmienkami Creative Commons Attribution licencie, ktorá umožňuje neobmedzené použitie, distribúciu a reprodukciu v nejakom médiu, za predpokladu, že pôvodný autor a zdroj sú pripísané

Data Dostupnosť: Všetky relevantné údaje spadajú do papiera a jeho podporné informácie súbory

Financovanie :. Táto práca bola podporená grantom od National Natural Science Foundation Číny (̭20108025 a̮72662). To je tiež podporovaná v rámci Národnej prírodnej Science Foundation Číny (̬71897 a̮01712), Ťi-lin Kľúčové Laboratórium Biomedical Materials, Nadácia Jilin provincia Science and Technology Department (É30522013JH aÉ40414048GH) a Norman Bethune Program Jilin University (É2219)

Konflikt záujmov: .. autori vyhlásili, že žiadne konkurenčné záujmy neexistujú

Úvod

karcinóm žalúdka je jedným z najčastejších forma malignít u svet, čo prispieva k tretinu úmrtí spojených s nádorom u mužov a pätina žien [1]. Približne dve tretiny prípadov rakoviny žalúdka dochádza v rozvojových krajinách. V Číne bol výskyt a úmrtnosť súvisiace s rakovinou žalúdka radí na tretie miesto medzi ostatnými formami malígnych ochorení [2], a bolo oznámené, že rakovina žalúdka vyskytuje častejšie vo vidieckych oblastiach a s trendom mladších ľuďoch, ktorí boli postihnutí neho v posledných rokoch [3 ]. Na životné prostredie (napríklad Helicobacter pylori
infekcie alebo spotrebu údených potravín) a genetické faktory ( E-cadherin
mutácia) zvyšuje náchylnosť k rakovine žalúdka vyvolaním zmeny v onkogén /tumor supresorových génov a /alebo epigenetických profil [4]. Zmena v týchto kritických faktorov vedie k abnormálne reguláciu bunkového rastu, apoptózy, a diferenciáciu a tak podporovať karcinogenéze. Multiple génových regulačných sietí koordinovať transformáciu normálne bunky na nádorovú bunkou a riadiť progresiu nádoru. Avšak, k dnešnému dňu, je ešte potrebné definovať detailné pochopenie základných násobkom génových regulačných sietí v patogenéze rakoviny žalúdka. Určenie podrobnú molekulárnej Mechanistické sieť spojenú s rozvojom rakoviny žalúdka a progresii by mohlo zlepšiť porozumenie karcinogenézy v žalúdočnej tkanive, čím vytvorili cestu pre nové a účinných stratégií v oblasti prevencie, diagnostiky a liečby rakoviny žalúdka.

génovej expresie v bunkách je riadená tak na úrovni transkripcie a posttranskripční úrovni. Transkripčné faktory (TFS) koordinovať transkripciu génu, zatiaľ čo miRNA reguluje expresiu génu sprostredkovateľský post-transkripčný udalosti, ako sú degradácia mRNA a translácie proteínu [5]. Z tohto dôvodu všetky zmeny vo funkcii miRNA môže viesť k rozvoju rakoviny u ľudí [6,7]. Transkripčné faktory sú proteíny, ktoré sa viažu na špecifické sekvencie DNA pre riadenie rýchlosti transkripcie genetickej informácie z DNA na mRNA [8,9], zatiaľ čo miRNA sú skupina malé nekódujúca RNA v bunkách a funkcie v RNA umlčanie a stĺpika -transcriptional regulácia génovej expresie [10,11]. Gen regulačné siete TF-miRNA určuje celkový profil génovej expresie v bunkách, do určitej miery. Preto analýza TF-miRNA spoločných regulačných sietí v žalúdku rakovinových tkanív by nám pomáhajú presadzovať naše chápanie toho, ako TFS a miRNA koordinovať reguláciu génovej expresie prispievajúce k žalúdočnej karcinogenéze [12]. V našej predchádzajúcej štúdii sme profilovaného odlišne exprimovaných génov v osemdesiat párov karcinóm žalúdka, priľahlé normálneho tkaniva s použitím cDNA microarrays [13] a zistilo sa niekoľko génov so zmenenou expresiou, vrátane TFS. Na základe informácií z transkripčný regulačný element Database (TRED) [14] súdime, postavený a konsolidovať regulačné sieť TF-gen. V tejto štúdii sme profilovaného rozdielne vyjadrené miRNA v piatich párov karcinómu žalúdka-priľahlé normálneho tkaniva a konštruované regulačné sieť miRNA-cieľ pre rakovinu žalúdka integráciou miRNA cielenie databáz génových vrátane Targetscan, Miranda, miRDB a miRWalk [15] , Potom sme skonštruoval TF-miRNA ko-regulačné siete pomocou naše predchádzajúce dáta a potom vykonáva GO a KEGG dráhu analyzuje a vykonáva PCR v reálnom čase a analýzou westernovým prenosom na overenie týchto údajov. Tak, obe metódy a analýz by mohla poskytnúť dôležité vodítko pre budúce štúdie o funkciách miRNA a TFS na rakovinu žalúdka.

materiáloch a metódach

Tkanivové vzorky

Celkom 25 pacientov karcinóm žalúdka boli prijatí na túto štúdiu od prvého nemocnice Jilin univerzity v Čchang-čchun, Čína. Žalúdočné rakovina tkaniva a zodpovedajúce vzdialenej non-rakovinové tkanivá boli chirurgicky resekovány a skladované v kvapalnom dusíku počas 10 minút po resekcii. Písomné informovaný súhlas boli získané od všetkých subjektov a údaje boli analyzované anonymne. TNM a histologické klasifikácie sa podľa Svetovej zdravotníckej organizácie (WHO) kritérií. Táto štúdia bola schválená etickou komisiou Vysokej školy základných lekárskych vied, Ťi-lin University.

Profilovanie rozdielne vyjadrené mRNA a microRNA v žalúdočných rakovinových tkanív

rozdielne vyjadrené údaje mRNA medzi rakovinou žalúdka a normálnych tkanív bol realizovaný od 80 pacientov a bola popísaná skôr [13]. Použili sme ≥ 2-násobnú zmenu profilovať rozdielne exprimovaných génov pre túto štúdiu.

V tejto štúdii rozdielne exprimované miRNA v 5 párov žalúdočnej rakovinou susediacej normálnych tkanív (viď údaje o pacientoch v tabuľke S2) boli profilovaný pomocou Affymetrix miRNA microarray čipy podľa protokolov výrobcu. V stručnosti, celková RNA z tkanivových vzoriek bola izolovaná pomocou TRIzolu (Invitrogen, Carlsbad, CA, USA) a miRNA sa izoluje a čistí pomocou Mirvana miRNA Isolation Kit (Ambion, Austin, TX, USA) a potom sa podrobí Gene Chip mikroRNA poli analýza. Údaje boli kontrolované pomocou GeneChip Scanner3000 s GeneChip obslužným softvérom (GCOS) a analyzované.

Výstavba TF-génu, miRNA cielenie génov, a TF-Mirna spoločnej regulácie siete

Na základe GeneChip Human Exon 1.0 ST dáta microarray (Affymetrix, CA, USA), sme sa skonštruoval TF-génu siete integráciou profilov expresie génov a transkripčný regulačný element databázu (TRED). Regulačný interakcie medzi mikroRNA a ich cieľových génov bola stanovená na základe informácií z Targetscan, Miranda, miRDB a databázy miRWalk. TF-Mirna spoločnej regulácie siete boli konštruované prekrývajúcich sa tieto dva oddiely. boli tiež identifikované húb-gény, ktoré súbežne regulované TFS a miRNA. Tieto siete boli konštruované s použitím softvéru Cytoscape (Ústav systémovej biológie, USA, http://www.cytoscape.org).

Funkčné anotácie vybraných génov

Online analytické nástroje, ako sú Database for anotácie, vizualizácie a integrované Discovery (David) a Kyoto Encyclopedia of Genes a genómov (KEGG) boli použité k objavovaniu funkčné dráhu spojenú s odlišne exprimovaných génov. Významne obohatili KEGG cesty s P < 0,01 boli identifikované a analyzované ďalej.

Kvantitatívny RT-PCR (QRT-PCR)

Pre detekciu hladiny mRNA, sme použili 5 ug celkovej RNA vzorky z každej vzorky sa spätne vpísať do cDNA s prvý reťazec cDNA Synthesis Kit (Takara, Dalian, Čína) a potom zosilnený qPCR experimentu na vyjadrenie COL1A1 a NCAM1 mRNA s SYBR Premix Ex Taq (Takara) v Applied Biosystems 7300 Fast Real-Time PCR System podľa návodu výrobcu. Relatívna expresia mRNA je normalizované na beta-aktínu mRNA podľa porovnávacej metódy Ct (2 ^{-ΔΔCt, ΔCt = Ct _{target-Ct β-aktínu, ΔΔCt = ΔCt tumor-ΔCt normálu). Všetky primery boli navrhnuté tak, aby Primer Premier 6 Software, sekvencie primérov pre amplifikáciu boli uvedené v tabuľke 1. Údaje z QRT-PCR boli analyzované pomocou GraphPad Prism verzia 5.0, rozdiely medzi skupinami boli štatisticky vyhodnotené pomocou vzorky jednostranné Študentov t-test s p hodnota. < 0,05 považovaná za významnú}}

extrakcie proteínu a Western blot

vzoriek tkaniva 1 mm ^{3 vo veľkosti bolo rozdrvené v tekutom dusíku a homogenizované v lyzačním pufri buniek (Beyotime , Peking, Čína) pri 4 ° C počas 20 minút. Koncentrácia proteínu vo vzorkách bola stanovená pomocou testu BCA Protein Kit (Bio-Rad, Hercules, CA, USA) a vzorky proteíny boli oddelené s dodecylsulfát sodným, elektroforézou na polyakrylamidovom géle (SDS-PAGE) za použitia 10% gélu a potom prenesené na membránu PVDF (0,45 um; Bio-Rad, Hercules, CA, USA) po dobu 2 hodín. Membrány potom boli inkubované s králičie anti-kolagén I protilátkou (Novus Biologicals, Littleton, CO, USA) v riedení 1: 1000, myšou anti-NCAM1 /CD56 protilátka (Novus Biologicals) v riedení 1: 400 alebo králičie anti-β-aktínu protilátky (Proteintech, Chicago IL, USA) v riedení 1: 2000 pri teplote 4 ° C cez noc a následne sa po premytí Tris-báze fyziologickým roztokom Tween 20 (TBST), boli membrány inkubované s kozie anti-králičie IgG (Beyotime) alebo kozí anti-myší IgG (Proteintech) v riedení 1: 2000 po dobu 2 hodín. Proteínové signály boli detekované autorádiografiou, pomocou rozšírenej chemiluminiscenčná činidlo (Beyotime, Peking, Čína), nasledované vystavením röntgenových snímok. Hustota proteínového pásu bola kvantifikovaná za použitia Gel Image System (Tanon, Shanghai, Čína) a boli normalizované na beta-aktínu úrovne, ktorý bol použitý ako nakladacia kontroly.}

Štatistická analýza

Limmat ( lineárne modely pre microarray dát) analýzu založenú bola vykonaná na identifikáciu odlišne exprimovaných miRNA s cut-off hodnote najmenej 2-krát zmeny (FC) s P < 0,05 a FDR < 0.05. Software SPSS 21.0 (SPSS, Chicago, IL, USA) bol použitý na vykonanie Prijímač prevádzkové charakteristiky (ROC) krivky a logistickej regresnej analýzy. Citlivosť, špecificita a plocha pod krivkou (AUC) bola vypočítaná s použitím štatistického softwaru Med-Calc a hodnotu p < 0,05 bola považovaná za štatisticky významnú. Western blotting dáta boli analyzované pomocou GraphPad Prism verzia 5.0 (San Diego, CA, USA) a rozdiel medzi nádoru a normálnych tkanivách boli hodnotené na jednostranné Študentov t-test a p hodnotou < 0,05 bola považovaná za štatisticky významný.

Výsledky

TF-gen regulačné siete a diferenciálnej expresiu miRNA v karcinómu žalúdka

TF-gen regulačné siete, ako je znázornené na obrázku 1 bol postavený na základe údajov získaných z predchádzajúcej štúdie [13] o rozdielne exprimovaných génov (≥ 2 krát) z 80 párov na žalúdočnú rakovinu tkanív. Konkrétne päť transkripčné faktory MYB, MYBL2, ETV4, LEF1 a TFAP2A bola up-regulované a oni tvorili regulačných sietí TF-gen s 41 génov, z ktorých 38 boli up-regulované a 3 boli down-regulované v žalúdočných rakovinových tkanív (S1 tabuľka). Ďalej profilované miRNA expresie pomocou Affymetrix microRNA poľa v piatich párov rakovina žalúdka, čo zodpovedá normálnej tkanive (klinicko charakteristiky pacientov, ako je uvedené v tabuľke S2). Celkom 93 miRNA boli rozdielne exprimované v rakovinové tkanive žalúdka (p menšie ako 0,05), z toho 27 miRNA bola up-regulované, zatiaľ čo 66 boli down-regulované (obr 2 a S3 tabuľka). Medzi týmito odlišne exprimovaných miRNA, niektoré boli popísané v predchádzajúcich štúdiách, ako je napríklad miRlet-7, miR409, mier-28-5p, MIR-625, apod [16-19]. Následne databázy Targetscan, Miranda, miRDB a miRWalk boli ťažené predpovedať cieľových génov týchto odlišne exprimovaných miRNA.

Sieť TF-miRNA regulovať rozdielne exprimovaných génov v rakovine žalúdka

Podľa štandardu dátové súbory z cDNA a miRNA mikročipu ako už bolo spomenuté, sme skonštruovali nenormálny sieť TF-miRNA, ktoré regulovanú expresiu génov v rakovine žalúdka (obr 3 a S4 tabuľka). Zvlášť, títo nenormálny siete TF-Mirna regulované expresie 18 génov ( COL1A1
COL1A2
COL5A2
COL11A1
DSG3
ACHE
SERPINE1
SERPINB2
CXCL5
MMP1
Plau
, SPP1
GJB2
CLDN2
CDKN2A
CENPF
MAD2L1
a
NCAM1), z ktorých väčšina bola (17 z 18) up-regulované v žalúdočných rakovinových tkanivách (obr 4).

Funkčná analýza týchto 18 génov s použitím náboja DAVID (ďalej len databázy pre anotáciu, vizualizácie a integrované Discovery) [20] ukázal, že existujú dva podstatne obohatené KEGG dráhy, ECM-receptor interakcie cesta a fokálna adhézie cesta. Päť gény ( COL1A1
COL1A2
COL5A2
COL11A1 stroje a SPP1
) boli najviac významne zmenené a boli všetky zúčastnené v interakcii ECM-receptora a fokálnej adhézie dráhy (tabuľka 2). Analýza spoločnú reguláciu siete vyplynulo, že tieto 18 húb-gény mal inú distribúciu stupeň uzla, zatiaľ čo COL1A1 stroje a NCAM1
ukázal najvyššiu distribúciu stupňov (obr.5).

Združenie COL1A1 stroje a NCAM1
výrazy s klinickopatologické stavu

Predpokladali sme, že gény s vyššími distribúciou študijných by mohla zohrávať významnú úlohu v regulačnej siete. Preto sme spojené expresiu týchto génov s klinicko-charakteristiky pacientov s rakovinou žalúdka. Prijímač prevádzkové charakteristiky analýzu krivky (ROC) ukázala, že expresia COL1A1 stroje a NCAM1
mohli byť potenciálnymi rozlišovače medzi rakovinou a zodpovedajúcich normálnych tkanivách s AUC (plocha pod krivkou) = 0,806 za COL1A1 stroje a 0,677 za NCAM1
. Kombinácia COL1A1 stroje a NCAM1
výraz poskytujú lepšiu diferenciačný stav s AUC = 0,829, citlivosť = 70,7% a špecifickosť = 84,0%, ako je individuálne COL1A1
alebo NCAM1
expresie (obrázok 6 a tabuľka 3).

Ďalej overená dáta microarray pomocou QRT-PCR a Western blotting v ďalších 20 párov rakovinou žalúdka a priľahlých normálnych tkanivách (pacienti ' údaje uvedené v tabuľke S2). COL1A1 a vyjadrenie NCAM1 mRNA ukázala 3,10 ± 1,08 fold up-regulácia a 0,37 ± 0,02 fold down-regulácia v nádorovom tkanive oproti normálnymi (P 0,01), zatiaľ čo údaje westernovým prenosom preukázala jasný rozdiel medzi relatívnej hustoty proteínu COL1A1 v rakovinové tkanive (0,92 ± 0,02) oproti susednej normálne tkanive (0,29 ± 0,01; p 0,01), zatiaľ čo expresia NCAM1 v rakovinové tkanive (0,11 ± 0,002) vs. normálnymi (0,85 ± 0,05) (p < 0,01 , obrázok 7). To znamená, že up-regulácia COL1A1 a down-reguláciu expresie NCAM1 mohli nielen rozlišovať medzi nádorových a normálnych tkanivách, ale tiež rozdeliť pacientov s rakovinou do rôznych nádorových fáz. Hladina expresie COL1A1 bol vyšší v svalových seroza inváziu nádorov, zatiaľ čo NCAM1 výraz skôr negatívne spojené s invázie nádoru (Obrázok 8).

Diskusia

V súčasnej štúdii, údaje z cDNA a miRNA microarray bolo použité ku konštrukcii transkripčné faktory-miRNA spolupráca regulačné sieť rakoviny žalúdka a identifikoval 18 húb-gény, ktoré boli upravené oboma transkripčných faktorov a miRNA. Tieto gény patria do interakcie extracelulárnej matrice-receptora a kontaktné priľnavosť signalizačných dráh. Okrem toho, expresia COL1A1 stroje a NCAM1
bola potvrdená v žalúdočnej rakovinové tkanive a boli spojené s rakovinou žalúdka inváziu; však zostáva neznámy, ktoré miRNA (y) regulovať ich vyjadrenia v rakoviny žalúdka.

transkripčných faktorov MYB, MYBL2, ETV4, LEF1, TFAP2A bola up-regulovaný v žalúdočných rakovinových tkanív. V skutočnosti, myb rodinné proteíny sú široko distribuované v eukaryotických organizmov a expresison z MYB-transkripčný faktor je rozhodujúci pre rast nádoru a mliečne karcinogenézy [21] [22], zatiaľ čo MYBL2 (B-myb) je onkogénne transkripčný faktor podieľa na bunkovom cykle G2 /M progresie [23]. Ako člen onkogénnych ETS
génov, ETV4 protien bola hlásená k podpore metastázy rakoviny v myšiach modeloch [24] a je spojená so zlou prognózou u adenokarcinóme žalúdka [25]. Rodina TCF /LEF je malý rodinný faktorov DNA-väzbové a LEF1 pôsobí hlavne ako aktivátor sa nejakým spôsobom podieľa na inhibíciu bunkovej apoptózy [26]. TFAP2A je transkripčný faktor, ktorý hlavne reguluje rast a diferenciáciu buniek. V nosohltanu, karcinóm TFAP2A regulovaná nádoru bunkového rastu a prežitia prostredníctvom HIF-1α-sprostredkovanú VEGF /PedF signálne dráhy, čo naznačuje, že by mohol byť TFAP2A potenciálny biomarker pre liečbu karcinómu nosohltanu [27]. Okrem toho, v miRNA-TF spoločnej regulácie siete, sme identifikovali 18 húb-gény, ktoré boli upravené ako TFS a miRNA. Funkčná analýza týchto 18 génov upozornila na dva významné KEGG cesty, extracelulárnej matrix (ECM) receptorov interakcie dráh a fokálna adhézie dráhy. Nedávne štúdie preukázali, že ECM-receptory (integrínu) sprostredkovaná signalizácia sú hlavné skupiny signálov, ktoré prispievajú k prežívaniu buniek a poskytuje výhodu prežitia na rôzne typy nádorových buniek [28]. ECM môže tiež regulujú bunkovú proliferáciu, diferenciáciu, smrť a karcinogenéze [29]. Vzhľadom k tomu, štrukturálnych väzieb medzi ECM a aktinového cytoskeletu, fokálna adhézie slúžia ako miesta pre prenos signálu z ECM do intracelulárneho priestoru [30]. Naša súčasná dáta ukázali, že päť gény ( COL1A1
COL1A2
COL5A2
COL11A1 stroje a SPP1
) ko-regulované ako TFS a miRNA sa zúčastnilo interakciu ECM-receptorov a kontaktné adhéznych dráh. Predchádzajúce štúdie ukázali zvýšenú expresiu SPP1
(vylučovaný fosfoproteínov 1) karcinómov žalúdka a jej vzťah s progresiou rakoviny [31]. Gény COL1A1
COL1A2
COL5A2 stroje a COL11A1
patrí do rodiny proteínov kolagénu, základnej zložky štruktúry ECM. Up-regulácia kolagénov má zásadný význam pre podporu rastu nádoru, ako kolagén katabolizované matrixových metaloproteinázy (MMP), odhaľuje skryté väzobných miest, ktoré ďalej podporujú angiogenézu a invázie tumoru. Predchádzajúce štúdie ukázali, že expresia COL1A1 a COL1A2 sa zvýšená u kolorektálneho malígnych buniek endotelu [32], čo naznačuje, že tieto dva proteíny hrajú úlohu v angiogenéze a tvorbe desmoplasia pri kolorektálneho karcinómu vývoja [33]. Okrem toho výraz COL5A2 stroje a COL11A1
bola spojená s kolorektálny karcinogenézy [34] dokazujúce, že COL5A2
bola ko-exprimovaný s COL11A1
v kolorektálny vzorky nádorov, ale nie v normálnom epitelu hrubého čreva; však zostáva neznámy, ktoré miRNA (y) regulujú ich expresie v karcinómu žalúdka. Hĺbka rakoviny invázia je dôležitým faktorom pri predikciu prežitie a liečby plánovanie. Kolagén je jednou z dôležitých zložiek v mikroprostredie nádoru, experimentálne výsledky subtraktívnu hybridizácie a mikroskopické sústavy je uvedené rad kolagénových génov, ktoré boli nadmerne exprimované v nádorových tkanivách, ako sú kódovacie COL1A1 typu 1 kolagénu [35]. COL1A1
bol identifikovaný spojiť s žalúdočnej inváziou rakoviny a metastáz [33]. Naša súčasná dáta potvrdila, že expresia COL1A1 sa významne zvýšená u karcinómu žalúdka tkanivách a je spojená s progresiou nádoru. Navyše, naša súčasná štúdia tiež ukázala, že expresia NCAM1 proteínu bola negatívne spojená s rakovinou žalúdka inváziu. NCAM je multifunkčný membránový proteín podieľa na diferenciáciu buniek, migrácia, nervového rastu synapsie, a zvláštne vzory synaptických spojení. Predchádzajúce štúdie uvádza, že NCAM1 expresia bola spojená s invazívnou rast gliómu [36]. Po inokulácii transfekciou hviezdicovité bunky gliómu do mozgu krýs, Edvardsen a kol
., Uvádzajú, že invazívnosť nádorových buniek znižuje, čo ukazuje, že hladiny expresie NCAM1 bola negatívne spojená s nádorovú invazívnej [37]. Aj keď strata NCAM1 expresie v karcinómu žalúdka nebola hlásená skôr, naša súčasná údaje o inverznom vzťahu s rakovinou žalúdka invázie je v súlade s predchádzajúcimi štúdiami gliómov [37]. Ďalšie štúdie sú potrebné na overovanie stavu expresie COL1A1 a NCAM1 proteíny ako potenciálny biomarkery pre včasnú diagnostiku a predikciu progresie rakoviny žalúdka.

Výstavba spoločnej regulácie sietí TF-miRNA je užitočným nástrojom pri identifikácii kritických regulátory a ich cieľových génov v ľudských nádorov. Avšak, naša Súčasná štúdia je len proof-of-zásadou úsilie a budúce štúdie s väčšie veľkosti vzorky sú nutné potvrdiť doterajšie poznatky. To by malo byť nasledované mechanistické štúdie na prehĺbenie vedomostí o úlohe kľúčových molekúl a génových dráh u rakoviny žalúdka.

Podporné informácie
S1 tabuľku. Súhrn regulačných interakcií TF-génové siete
doi :. 10,1371 /journal.pone.0122882.s001
(XLSX)
S2 Tab. Charakteristika súboru pacientov (25 párov karcinómu žalúdka a priľahlé normálneho tkaniva pre miRNA mikročipu (n = 5) a Western blot (n = 20), analýza a RT-qPCR (n = 20), analýza)
doi :. 10,1371 /časopis .pone.0122882.s002
(DOC)
S3 tabuľke. . Zhrnutie 93 rozdielne exprimovaných miRNA v žalúdku rakovinových tkanív vs. vzdialených normálnych tkanivách
úrovne génovej expresie u karcinómu žalúdka tkanivách vs. vzdialených normálnych tkanivách bolo najmenej 2-krát odlišný s p-hodnoty. ≪ 0,05
doi: 10,1371 /journal.pone.0122882.s003
(XLS)
S4 Tab. . Interakcie miRNA a ich regulovaných génov v regulačnej siete TF-génu
All reguláciu bol odvodený od transkripčný databázy regulačný prvok (TRED)
doi :. 10,1371 /journal.pone.0122882.s004
(XLSX )

Poďakovanie

Táto práca bola podporená v rámci dotácií z Národného Natural Science Foundation Číny (̭20108025 a̮72662), Národná prírodná Science Foundation Číny (̬71897 a̮01712) , Jilin Key Laboratory of Biomedical Materials, Nadácia Ťi-lin v provincii Oddelenie vedy a technológie (É30522013JH aÉ40414048GH), a Norman Bethune Programu Jilin univerzity (É2219). Ďakujeme tiež na Medjaden Bioscience Limited (Hong Kong, Čína) pre editáciu a korektúry rukopisu.

• Ploche ONE: prognostický význam matrix metaloproteinázy-7 vo rakovina žalúdka prežitie: Metaanalýza
• Ploche ONE: NMe2 Znižuje množenia sa, migrácie a invázie žalúdočné nádorových buniek k obmedzeniu Metastasis