PLoS One: transzkripciós faktorok mikroRNS-Co-gének gyomorrákban Invasion Ex Vivo

absztrakt katalógusa

Az aberráns miRNS expressziós rendellenesen modulálja génexpresszió sejtekben, és hozzájárulhatnak tumorképzésért emberre. A vizsgálat a funkcionálisan releváns differenciáltan expresszálódó gének a transzkripciós faktorok és miRNS-ko-regulált hálózati elemzés gyomorrák. A TF-miRNS társszabályozó hálózat került kialakításra adatok alapján nyert cDNS microarray és miRNS expressziós profil gyomorrák szövetekben. A hálózat együtt a co-gének elemeztük adatbázis Jegyzet, megjelenítése és integrált Discovery (DAVID) és transzkripciós szabályozó elem Database (TRED). Találtunk tizennyolc (17 up-szabályozott és 1 leszabályozott) differenciáltan expresszálódó gének, amelyek együttes által szabályozott transzkripciós faktorok és miRNS. Kegg útvonal analízis kimutatta, hogy ezek a gének részei voltak az extracelluláris mátrix-receptor kölcsönhatás és fokális adhéziós jelátviteli útvonalak. Emellett qRT- PCR és Western blot eredmények növekedést mutatott COL1A1 és csökkenése NCAM1 mRNS és fehérje szinten gyomorrákban szövetekben. Így ezek a szolgáltatott adatok az első bizonyíték arra, hogy bemutassa, hogy a megváltozott gén hálózat társult gyomorrák invázió. További tanulmányok szükségesek a nagy mintanagyság és több funkcionális vizsgálatokra van szükség, hogy erősítse meg ezeket az adatokat, és hozzájárulnak a diagnosztikai és kezelési stratégiák gyomorrák. Katalógusa

Citation: Shi Y, Wang J, Xin Z, Duan Z, Wang G Li F (2015) transzkripciós faktorok mikroRNS-Co-gének gyomorrákban Invasion Ex Vivo katalógusa. PLoS ONE 10 (4): e0122882. doi: 10,1371 /journal.pone.0122882 katalógusa

Akadémiai Kiadó: Jian-Jun Zhao, Dana-Farber Cancer Institute, Egyesült Államok katalógusa

Beérkezett: November 8, 2014 Elfogadva: február 24, 2015; Megjelent: április 10, 2015 katalógusa

Copyright: © 2015 Shi et al. Ez egy nyílt hozzáférésű cikk feltételei szerint terjeszthető a Creative Commons Nevezd meg! Licenc, amely engedélyezi a korlátlan használatát, a forgalmazás és a reprodukció bármilyen adathordozón, feltéve, hogy az eredeti szerző és a forrás jóváírásra katalógusa

Az adatok elérhetősége: Minden lényeges adatot belül a papír és az azt támogató információs fájlokat. katalógusa

Forrás: Ezt a munkát támogatták Nemzeti Természettudományi Alapítvány Kína (̭20108025 és̮72662). Azt is részben támogatta Nemzeti Természettudományi Alapítvány Kína (̬71897 és̮01712), Jilin Key Laboratórium Biomedical Materials, Alapítvány Jilin tartomány Tudományos és Technológiai Minisztérium (É30522013JH ésÉ40414048GH) és a Norman Bethune Program Jilin Egyetem (É2219). katalógusa

Érdekütközés: a szerzők kijelentették, hogy nem ellentétes érdekek léteznek. katalógusa

Bevezető katalógusa

a gyomorrák egyik leggyakoribb formája a rosszindulatú daganatok a világ, hozzájárulva egy harmadik rákos összefüggő halálesetek és férfiak egyötöde a nők körében. [1] Körülbelül kétharmada gyomorrák esetek fordulnak elő a fejlődő országokban. Kínában, a megbetegedések és halálozások kapcsolatos gyomorrák harmadik helyen áll többek között egyéb rosszindulatú daganatok [2], és azt jelentették, hogy a gyomorrák sokkal gyakrabban fordul elő a vidéki területeken és a tendencia a fiatalok, hogy érinti ez az elmúlt években [3 ]. Környezeti (például Helicobacter pylori fertőzés katalógusa vagy fogyasztását füstölt élelmiszerek) és a genetikai tényezők ( E-cadherin katalógusa mutáció) növeli a hajlamot gyomorrák indukálva változások onkogének /tumor szupresszor gének és /vagy epigenetikai profilját [4]. Módosulása ezek a kritikus tényezők eredményeként abnormális sejtnövekedés szabályozásában, az apoptózis és a differenciálódás és ezáltal elősegítse a karcinogenezis. Többszörös gén szabályozó hálózatok koordinálja az átalakulás a normális sejt egy tumorsejt és a meghajtó a tumor progresszióját. Azonban a mai napig, a részletes megértése a mögöttes több gén szabályozó hálózatok patogenezisében gyomorrák még meg kell határozni. Meghatározására részletes molekuláris mechanisztikus hálózat társult a gyomorrák kialakulásában és progressziójában is jobb megértése karcinogene- gyomor szövetekben, így megnyitva utat új és hatékony stratégiák megelőzésére, diagnosztizálására és kezelésére gyomorrák. Katalógusa

A génexpressziós sejtekben vezérli mind a transzkripció és a poszt-transzkripciós szinten. A transzkripciós faktorok (TFS) koordináta gén transzkripcióját, míg miRNS szabályozza a génexpressziót azáltal, hogy mediálják poszt-transzkripciós események, mint például az mRNS degradáció és fehérjeszintézist [5]. Ezért minden változtatás miRNS funkció következtében a rák kifejlődését emberben [6,7]. Transzkripciós faktorok olyan fehérjék, amelyek kötődnek specifikus DNS-szekvenciák, hogy ellenőrizzék a transzkripció sebessége a genetikai információ a DNS-ből a mRNS-[8,9], míg miRNS egy csoportja egy kis nem-kódoló RNS-t a sejtekben és a funkció az RNS silencing és post -transcriptional génexpresszió szabályozásában [10,11]. A TF-miRNS gén szabályozó hálózat határozza meg az általános gén expressziós profiljának a sejtekben bizonyos mértékig. Ezért elemzése TF-miRNS co-szabályozó hálózatok gyomorrákban szövetekben segíthet abban, hogy mélyebb ismeretekhez, hogyan TF és miRNS koordinálja a génexpresszió szabályozásában hozzájárul a gyomor karcinogenezis [12]. A mi korábbi tanulmány azt alakos differenciálisán expresszált gének nyolcvan pár gyomorrák szomszédos normális szövetekben cDNS microarray [13] és a talált számos gén megváltozott expresszióját, beleértve a TF. Információk alapján ettől transzkripciós szabályozó elem Database (TRED) [14], építettünk és konszolidált TF-gén szabályozó hálózat. Ebben a tanulmányban azt alakos differenciáltan expresszálódó miRNS öt pár gyomorrák-szomszédos normál szövetben és kialakítani egy miRNS-target szabályozási hálózat gyomorrák integrálásával miRNS megcélzó gén adatbázisok, köztük Targetscan, Miranda, miRDB és miRWalk [15] . Ezután épített a TF-miRNS társszabályozó hálózat segítségével a korábbi adatokat, majd végzett GO és Kegg útvonal elemzések és végre valós idejű PCR és Western blot analízise érvényesítéséhez ezeket az adatokat. Így mind a módszerek és az elemzések fontos támpontul szolgálnak a későbbi tanulmányok miRNS és TF funkciók gyomorrákban. Katalógusa

Anyagok és módszerek katalógusa

A szövetminták

Az összesen 25 gyomorrák beteget vontak ebben a vizsgálatban az első Kórház Jilin Egyetem, Changchun, Kína. Gyomorrák szövetek és a megfelelő távoli nem rákos szöveteket műtétileg eltávolított és folyékony nitrogénben tároljuk 10 percen belül, miután a reszekció. Írásos hozzájárulást szereztünk mind a tárgyak, és az adatokat elemeztük anonim. A TNM és szövettani osztályozás szerint végeztük World Health Organization (WHO) kritériumoknak. Ez a tanulmány által jóváhagyott Etikai Bizottsága College of Basic Medical Sciences, Jilin Egyetem. Katalógusa

A profilalkotás a differenciáltan expresszálódó mRNS és miRNS gyomorrákban szövetek katalógusa

A differenciáltan expresszálódó mRNS adatok között a gyomorrák és normál szövetekben végeztek 80 betegek és arról korábban [13]. Mi használt ≥ 2-szeres változást a profil az eltérően expresszált gének ebben a vizsgálatban.

Ebben a vizsgálatban, eltérően expresszált miRNS 5 pár gyomorrák szomszédos normális szövetekben (lásd a betegek adatait az S2-ben táblázat) voltak profilozott Affymetrix miRNS microarray chipek szerint a gyártó protokollja szerint. Röviden, a teljes RNS szöveti minták segítségével izoláltuk a Trizol (Invitrogen, Carlsbad, CA, USA), és miRNS izoláltuk és tisztítottuk a Mirvana miRNS Isolation Kit (Ambion, Austin, TX, USA), majd vetjük alá Gene Chip microRNS tömb elemzés. Az adatok szkennelése GeneChip Scanner3000 a GeneChip operációs szoftverrel (GCOS) és elemezni. Katalógusa

Építőipari TF-gén, miRNS-célzás gén, és a TF-miRNS co-szabályozó hálózatok katalógusa

alapján a GeneChip Human Exon 1.0 ST microarray adatok (Affymetrix, CA, USA), megszerkesztettük a TF-gén hálózat integrálásával génexpressziós profilok és transzkripciós szabályozóelem adatbázis (TRED). Szabályozási közötti kölcsönhatások microRNS és target gének alakult származó információk alapján Targetscan, Miranda, miRDB és miRWalk adatbázisban. A TF-miRNS co-szabályozó hálózatok épültek átfedő két részből áll. Hub-gének közösen szabályozott TF és miRNS is azonosítottak. A hálózatok épültek segítségével Cytoscape szoftver (Institute of Systems Biology, USA, http://www.cytoscape.org). Katalógusa

Funkcionális annotációinak kiválasztott gén katalógusa

Online analitikai eszközök, például adatbázis Jegyzet, vizualizáció és az integrált Discovery (DAVID) és a Kiotói enciklopédiája gének és Genomes (Kegg) alkalmazták, hogy vizsgálja meg a funkcionális pályák a differenciáltan expresszálódó gének. Jelentősen gazdagította Kegg útvonalakat p < 0,01 azonosítottuk és tovább analizáltuk.

kvantitatív RT-PCR (QRT-PCR)

kimutatására mRNS szinten, hasznosított 5 ug össz-RNS-mintákat az egyes mintából fordítva átírását cDNS-be a első szál cDNS Synthesis Kit (Takara, Dalian, Kína), majd amplifikáltuk qPCR expressziójára COL1A1, és NCAM1 mRNS SYBR Premix Ex Taq (Takara) in Applied Biosystems 7300 Fast Real-Time PCR-rendszer szerint a gyártó utasításainak megfelelően. A relatív mRNS szintek normalizálása béta-aktin mRNS összehasonlító Ct módszer (2 ^{-ΔΔCt, ΔCt = Ct _{target-Ct β-aktin, ΔΔCt = ΔCt tumor ΔCt normál). Minden primereket terveztünk Primer Premier 6 Software, primer szekvenciák amplifikálására voltak az 1. táblázatban felsorolt ​​adatok a QRT-PCR elemeztük GraphPad Prism 5.0 változat, a csoportok közötti különbségek statisztikai értékelését a minta egy Student-féle t-teszt p érték < 0,05 tekintettük szignifikánsnak.}}

Fehérjeextrakció és Western-blot

szövetmintákban 1 mm ^{3 méretű volt földi folyékony nitrogénben és homogenizáltuk egy sejt lízis pufferben (Beyotime , Beijing, China), 4 ° C-on 20 percig. A fehérje koncentrációját a mintákban alkalmazásával határoztuk meg BCA Protein Assay Kit (Bio-Rad, Hercules, CA, USA), és a fehérjéket mintákat elválasztottuk nátrium-dodecil-szulfát-poliakrilamid gél elektroforézissel (SDS-PAGE), 10% -os gélen, és majd vittük át PVDF membránra (0,45 um; Bio-Rad, Hercules, CA, USA) 2 órán át. Ezután a membránokat inkubáltuk egy nyúl anti-kollagén I antitest (Novus Biologicals, Littleton, CO, USA) hígításban 1: 1000, egy egér anti-NCAM1 /CD56 antitest (Novus Biologicals) hígításban 1: 400 vagy egy nyúl anti-β-aktin antitest (Proteintech, Chicago IL, USA) hígításban 1: 2000, 4 ° C-on egy éjszakán át, majd ezt követően mosás után Tris-alapú sóoldat-Tween 20-at (TBST), a membránokat inkubáltuk egy kecske anti-nyúl IgG-t (Beyotime), vagy kecske anti-egér IgG-t (Proteintech) hígításban 1: 2000, 2 órán át. A fehérje jeleket autoradiográfiával detektáltuk, használatával kemilumineszcenciás reagens (Beyotime, Peking, Kína), majd kitett a röntgen. A sűrűsége fehérje csík alkalmazásával számszerűsíteni Gel kép Rendszer (Tanon, Shanghai, Kína) és normalizálódtak béta-aktin-szintre, amit használunk terhelési kontrollként. Katalógusa}

A statisztikai elemzés katalógusa

LIMMA ( lineáris modellek microarray adatok) alapuló analízist végeztünk, hogy azonosítsa a eltérően expresszált miRNS egy cut-off-értéke legalább 2-szeres változásokat (FC) a p < 0,05 és FDR < 0.05. SPSS 21.0 szoftver (SPSS, Chicago, IL, USA) alkalmaztunk, hogy végre Receiver Operating Characteristic (ROC) görbe és logisztikus regressziós analízis. Az érzékenység, specifikusság és a görbe alatti terület (AUC) számoltuk a Med-Calc statisztikai szoftver és p értéke < 0,05 értéket tekintettük statisztikailag szignifikánsnak. Western blot adatokat analizáltuk GraphPad Prism 5.0 változat (San Diego, CA, USA) és a különbség a tumor és a normális szöveteket értékeltük az egyoldali Student-féle t-teszt és egy p-érték < 0,05 értéket tekintettük statisztikailag szignifikánsnak. Katalógusa

Eredmények katalógusa

TF-gén szabályozó hálózat és differenciált expressziója miRNS gyomorrákban katalógusa

TF-gén szabályozó hálózat 1. ábrán látható alapján szerkesztettük a kapott adatok egy korábbi tanulmány [13] eltérően expresszált gének (≥ 2-szeres) 80 pár gyomorrák szövetekben. Konkrétan öt transzkripciós faktorok MYB, MYBL2, ETV4, LEF1 és TFAP2A került fel szabályozott és megalakították a TF-gén szabályozó hálózatok 41 gént, 38 melyek akár szabályozott és 3. lefelé szabályozni gyomorrák szövetekben (S1 Táblázat). Továbbá, mi profilozott miRNS expressziós Affymetrix microRNS tömbök öt pár gyomorrák-megfelelő normál szövetekben (Klinikopatológiai betegek tulajdonságait, amint az S2 táblázat). Összesen 93 miRNS arra eltérően expresszált gyomorkarcinómában szövetekben (p < 0,05), amelyek közül 27 miRNS voltak akár szabályozott, míg a 66 volt alulszabályozott (ábra 2 és S3 Táblázat). Ezek között differenciáltan expresszálódó miRNS több jelentettek a korábbi vizsgálatok, mint pl miRlet-7, miR409, miR-28-5p, miR-625, stb [16-19]. Ezt követően Targetscan, Miranda, miRDB és miRWalk adatbázisok bányásztak megjósolni célgénjeit ezeket differenciáltan expresszálódó miRNS. Katalógusa

TF-miRNS hálózati szabályozó differenciáltan expresszálódó gének gyomorrák katalógusa

Ennek alapján a adatkészletek származó cDNS-t és miRNS microarray mint korábban említettük, konstruáltunk egy aberráns TF-miRNS hálózat, amely szabályozta a gének expresszióját a gyomorrák (3. ábra és S4 táblázat). Különösen ezek a rendellenes TF-miRNS hálózatok szabályozott kifejeződése 18 gén ( COL1A1 katalógusa, COL1A2 katalógusa, COL5A2 katalógusa, COL11A1 katalógusa, DSG3 katalógusa, AKÁC katalógusa, SERPINE1 katalógusa, SERPINB2 katalógusa, CXCL5 katalógusa, MMP1 katalógusa, PLAU
, SPP1 katalógusa, GJB2 katalógusa, CLDN2 katalógusa, CDKN2A katalógusa, CENPF katalógusa, MAD2L1 katalógusa, és NCAM1 katalógusa), amelyek nagy része (17 a 18-ból) volt akár szabályozott gyomorrákban szövetekben (lásd 4. ábra). katalógusa

a funkcionális elemzés a 18 hub-gének segítségével DAVID (a adatbázis Jegyzet, megjelenítése és integrált Discovery) [20] azt mutatta, hogy két, egymástól jelentősen gazdagította Kegg utak, az ECM-receptor kölcsönhatás útvonal és a fokális adhéziós út. Öt gént ( COL1A1 katalógusa, COL1A2 katalógusa, COL5A2 katalógusa, COL11A1 katalógusa, és SPP1 katalógusa) voltak a legnagyobb mértékben megváltoztatták és voltak mind részt vesznek az ECM-receptor kölcsönhatás és fokális adhéziós reakcióút (2. táblázat). Elemzés a co-szabályozó hálózat kimutatta, hogy ezek a 18 hub-géneket más volt a fokszám eloszlása, míg a COL1A1 katalógusa és NCAM1 katalógusa mutatta a legnagyobb mértékű elosztása (5. ábra). Katalógusa

Egyesület COL1A1 katalógusa és NCAM1 katalógusa kifejezések klinikopatológiai állapot katalógusa

Azt feltételeztük, hogy a gének magasabb fokú disztribúciók is jelentős szerepet játszanak a szabályozási hálózat. Így a kapcsolódó expressziós ezen gének klinikopatológiai jellemzői gyomor rákos betegeknél. A vevő működési karakterisztika (ROC) analízis kimutatta, hogy a kifejezés COL1A1 katalógusa és NCAM1 katalógusa lehet diszkrimináció potenciális rák és megfelelő normál szövetek AUC (görbe alatti terület) = 0,806 a COL1A1 katalógusa és 0,677 a NCAM1 katalógusa. A kombináció a COL1A1 katalógusa és NCAM1 katalógusa kifejezés nyújtott jobb megkülönböztetését állapotú AUC = 0,829, az érzékenység = 70,7%, specificitása = 84,0%, mint az egyes COL1A1 katalógusa vagy NCAM1
expressziót (6. ábra és 3. táblázat).

Továbbá, mi validált a microarray adatok felhasználásával qRT-PCR és Western blot más 20 pár gyomorrák és a szomszédos normális szövetekben (a betegek felsorolt ​​adatokat S2 táblázat). A COL1A1 és NCAM1 mRNS expresszióját mutatták, 3,10 ± 1,08-szeres up-szabályozás és 0,37 ± 0,02 szeres leszabályozza a daganatos szövetekben vs. normál is (p < 0,01), míg a Western blot adatok azt mutatták, egyértelmű különbség a relatív protein sűrűségét COL1A1 rákos szövetekben (0,92 ± 0,02) vs. szomszédos normál szövetben (0,29 ± 0,01; p < 0,01), míg a kifejezése NCAM1 a rákos szövetekben (0,11 ± 0,002) vs. normál is (0,85 ± 0,05) (p < 0,01 , 7. ábra). Így a up-regulációját COL1A1 és down-regulációja NCAM1 kifejezés nemcsak megkülönböztetni a rákos és a normális szövetek, hanem osztja a rákos betegek különböző tumor szakaszaiban. A szint COL1A1 expressziója magasabb volt az izmos és savós hártyák megszállták daganatok, míg NCAM1 kifejezés inkább negatívan összefügg a tumor invázió (8. ábra). Katalógusa

Vita katalógusa

A jelenlegi vizsgálat során, az adatok a cDNS-t és miRNS microarray-t használtuk fel a transzkripciós faktorok-miRNS co-szabályozó hálózat a gyomorrák és az azonosított 18 kerékagy-géneket, amelyek szabályozzák mind transzkripciós faktorok és miRNS-ek. Ezek a gének tartoznak extracelluláris mátrix-receptor kölcsönhatás és a fokális adhéziós jelátviteli. Ezen túlmenően, a kifejezés a COL1A1
és a NCAM1
megerősítette gyomorrák szövetek és jártak gyomorrák invázió; azonban továbbra is ismeretlen, amely a miRNS (ok) szabályozzák a kifejezést gyomorrákban. katalógusa

transzkripciós faktorok MYB, MYBL2, ETV4, LEF1, TFAP2A került fel szabályozott gyomorrákban szövetekben. Valóban, a MYB családba tartozó proteinek széles körben elterjedtek eukarióta organizmusok és expresison a MYB-transzkripciós faktor kritikus a tumor növekedés és emlő carcinogenesis [21] [22], míg a MYBL2 (B-myb-) egy onkogén transzkripciós faktor részt vesz a sejtciklus , G2 /M progresszióját [23]. Tagjaként onkogén ETS katalógusa gének ETV4 protien leírták, hogy elősegítik a rák metasztázis egérmodellben [24], és a rossz prognózissal társul a gyomor adenokarcinóma [25]. A TCF /LEF család egy kis család DNS-kötő faktorok és LEF1 jár főleg egy aktivátor szerepe gátlása apoptózis [26]. TFAP2A egy transzkripciós faktor, amely elsősorban szabályozza a sejtek növekedését és differenciálódását. Az orr-garat-karcinóma, TFAP2A szabályozott tumor sejtek növekedését és túlélését a HIF-1α-mediált VEGF /PEDF jelátviteli, ami arra utal, hogy a TFAP2A lehet egy potenciális biomarker orrgarat-karcinóma kezelésére [27]. Továbbá a miRNS-TF közös szabályozási hálózat, amely 18 hub-géneket, amelyek szabályozzák mind TF és miRNS. Funkcionális elemzés a 18 közül a gének kiemelt két jelentős Kegg ösvények, az extracelluláris mátrix (ECM) receptor kölcsönhatás útvonal és fokális adhéziós útvonalon. A legújabb vizsgálatok kimutatták, hogy az ECM-receptor (integrinek) által közvetített jelátvitel egyik fő csoportja a jelek hozzájáruló sejtek túlélését és biztosítja a túlélési előnyt a különféle rákos sejtek [28]. ECM is szabályozni a sejtburjánzás, differenciálódás, a halál és a rákkeltő képességet. [29] Ahogy közötti strukturális kapcsolatok ECM és az aktin citoszkeleton, fokális összenövések szolgál helyszínéül jelátvitel az ECM a sejten belüli tér [30]. A jelenlegi adatok azt mutatták, hogy az öt gén ( COL1A1 katalógusa, COL1A2 katalógusa, COL5A2 katalógusa, COL11A1 katalógusa, és SPP1 katalógusa) ko-regulált mind TF és miRNS részt ECM-receptor kölcsönhatás és fokális adhéziós folyamatokat. Korábbi tanulmány kimutatta túltermelése SPP1 katalógusa (kiválasztott foszfoprotein 1) a gyomorrák kialakulása és annak kapcsolata a rák progressziója [31]. A gének COL1A1 katalógusa, COL1A2 katalógusa, COL5A2 katalógusa, és COL11A1
tartozik a kollagén fehérje család alapvető szerkezeti elemei ECM. Up-regulációját kollagének létfontosságú a tumor növekedését, mint a kollagén katabolizált által a mátrix metalloproteinázok (MMP-k) feltárja a rejtett kötőhelyek, hogy további elősegítik az angiogenezist és a tumor invázió. Egy korábbi tanulmány kimutatta, hogy expressziója COL1A1 és COL1A2 emelkedett volt a malignus kolorektális endotélium sejtek [32], ami arra utal, hogy ez a két fehérje szerepet játszanak az angiogenezisben és képződését desmoplasia alatt colorectalis rák fejlődését [33]. Ráadásul kifejezése COL5A2 katalógusa és COL11A1 katalógusa járt colorectalis carcinogenesis [34] mutatja, hogy a COL5A2 katalógusa együttműködésével került kifejezni COL11A1 katalógusa colorectalis tumorminták, de nem a normális vastagbél hámban; azonban továbbra is ismeretlen, amely a miRNS (ok) szabályozzák a kifejezést gyomorrák. Mélység rák invázió fontos tényező a predikciós a túlélés és a kezelés megtervezése. A kollagén az egyik fontos összetevője a tumor mikrokörnyezetében, a kísérleti eredmények a szubtraktív hibridizáció és microarray jelzett különféle kollagén gének, amelyek abnormálisan kifejezett tumor szövetekben, mint például a COL1A1 kódolási 1. típusú kollagén [35]. COL1A1 katalógusa azonosították társítani gyomorrák invázió és metasztázis [33]. A jelenlegi adatok igazolták, hogy kifejeződése COL1A1 szignifikánsan emelkedett a gyomorrák szövetekben, és összefügg a tumor progresszióját. Sőt, a jelenlegi tanulmány azt is kimutatta, hogy a kifejezés NCAM1 fehérje negatívan kapcsolódó gyomorrák invázió. NCAM egy multifunkcionális membrán fehérje részt vesz a sejt differenciálódás, a migrációt, idegi szinapszis növekedés, és a speciális minták szinaptikus kapcsolatokat. Egy korábbi tanulmány számolt be, hogy NCAM1 expresszió társított invazív növekedés a glioma [36]. Beoltása után a transzfektált csillagsejtek glióma sejtek az agyba patkányok, Edvardsen és munkatársai katalógusa., Jelentette, hogy a invazivitását tumorsejtek csökken, jelezve, hogy a szintje NCAM1 kifejezés negatívan összefügg a tumor invazív [37]. Bár a veszteség NCAM1 expresszió gyomorrák még nem számoltak be korábban, a jelenlegi adatok a fordított összefüggést a gyomorrák invázió összhangban van a korábbi tanulmányok gliomák [37]. További vizsgálatok szükségesek, hogy erősítse meg a kifejezés állapotát COL1A1 és NCAM1 fehérjék potenciális biomarkerek korai diagnózis és előrejelzése gyomorrák progresszió. Katalógusa

Építése a TF-miRNS társszabályozó hálózat hasznos eszköz az azonosító a kritikus szabályozóknak és a target gének humán daganatokban. Azonban a jelenlegi tanulmány csupán egy proof-of-elv erőfeszítés és jövőbeli vizsgálatokban nagyobb minta van szükség, hogy erősítse meg a jelenlegi eredmények. Meg kell majd mechanisztikus tanulmányok az ismeretek a szerepe kulcsfontosságú molekulák és gén utak gyomorrákban. Katalógusa

alátámasztó információk
S1 táblázat. Összefoglaló a szabályozási kölcsönhatásait TF-gén hálózat. Katalógusa doi: 10,1371 /journal.pone.0122882.s001 katalógusa (XLSX-) hotelben S2 táblázat. A betegek jellemzői (25 pár a gyomorrák és a szomszédos normális szövetekben a miRNS microarray (n = 5) és Western-blot (n = 20) analízis és RT-qPCR (n = 20) analízis).
Doi: 10,1371 /folyóirat .pone.0122882.s002 katalógusa (DOC) hotelben S3 táblázat. Összefoglalása 93 differenciálisán expresszált miRNS gyomorkarcinómában szövetekben vs. a távoli normális szövetekben.
Génexpresszió szintek gyomorrák szövetekben vs. a távoli normális szövetek voltak, legalább 2-szer más a p-érték < 0,05.
doi: 10,1371 /journal.pone.0122882.s003 katalógusa (XLS) hotelben S4 táblázat. Kölcsönhatásait miRNS és gének TF-gén szabályozó hálózat.
Összes szabályozás származik transzkripciós szabályozó elem az adatbázisban (TRED). Katalógusa doi: 10,1371 /journal.pone.0122882.s004 katalógusa (XLSX- ) hotelben

Köszönetnyilvánítás katalógusa

Ezt a munkát részben támogatta támogatásokkal Nemzeti Természettudományi Alapítvány Kína (̭20108025 és̮72662), Nemzeti Természettudományi Alapítvány Kína (̬71897 és̮01712) Jilin Key Laboratórium Biomedical Materials, Alapítvány Jilin tartomány Tudományos és Technológiai Minisztérium (É30522013JH ésÉ40414048GH), és a Norman Bethune Program Jilin University (É2219). Mi is köszönjük a Medjaden Bioscience Limited (Hong Kong, Kína) szerkesztési és lektorálás ez a kézirat. Katalógusa

• PLoS One: prognosztikai jelentősége Mátrix metalloproteináz-7 gyomorrákban Túlélés: A meta-analízis
• PLoS One: NMe2 Csökkenti szaporodása, migrációja és invázió a gyomorrák sejtek Limit metasztázis