PLoS ONE: transkripcijskih faktora i mikrornk-Co-reguliranih gena u rak želuca Invazija u Ex Vivo

Sažetak pregled

Aberantna Mirna izraz nenormalno modulira ekspresiju gena u stanicama i mogu pridonijeti nastanku tumora kod ljudi. Ova studija prepoznaje funkcionalno relevantne različito izražene gene pomoću transkripcijskih faktora i Mirna-ko-regulirano analiza mreže za rak želuca. TF-Mirna ko-regulacijska mreža izgrađena je na temelju podataka dobivenih iz cDNA microarray i Mirna izražavanja profiliranje želučanog tkiva raka. Mreža zajedno sa svojim suradnicima regulirano gena je analizirana pomoću baze podataka za napomenu, Vizualizacija i Integrirani Discovery (DAVID) i transkripcije regulatorni element baze podataka (TRED). Pronašli smo osamnaest (17 regulira prema gore i jedan dolje regulirano) različito izražene gene koji su ko-regulirana transkripcijskih faktora i miRNAs. KEGG analiza put otkrila da su ti geni bili dio interakcije izvanstaničnog matriksa receptora i fokalne adhezije signalnih putova. Osim toga, qRT- PCR i podaci Western blot pokazalo je porast COL1A1 i smanjenje NCAM1 mRNA i proteina u želučanog tkiva raka. Dakle, ti podaci pod uvjetom da je prvi dokaz da ilustriraju da je promijenjen gen mreža povezana je sa želučanom invazije karcinoma. Daljnje studije s velikim uzorkom i više funkcionalnih eksperimenata je potrebno za potvrdu tih podataka i doprinose dijagnostičkih i terapijskih strategija za rak želuca pregled

Izvor:. Shi Y, Wang J, Xin Z, Duan Z, Wang G Li F (2015) transkripcijskih faktora i mikrornk-Co-reguliranih gena u rak želuca invazije u Ex vivo pregled. PLoS ONE 10 (4): e0122882. doi: 10,1371 /journal.pone.0122882 pregled

Akademska Urednik: Jian-lipanj Zhao, Dana-Farber Cancer Institute, SAD pregled

Primljeno: 8. studeni 2014; Prihvaćeno: 24. veljače 2015. godine; Objavljeno: 10. travanj 2015 pregled

Copyright: © 2015 Shi i sur. Ovo je otvoreno pristupa članak distribuirati pod uvjetima Creative Commons Imenovanje License, koja omogućuje neograničeno korištenje, distribuciju i reprodukciju u bilo kojem mediju, pod uvjetom da je izvorni autor i izvor su zaslužan pregled

Podaci Dostupnost: sve relevantne podatke su u radu i njegove popratne podatke datoteka pregled

Financiranje:. Ovaj rad je podržan od strane potpore iz Nacionalne zaklade prirodoslovni Kine (̭20108025 i̮72662). Također je podržan u sklopu Nacionalne zaklade prirodoslovni Kine (̬71897 i̮01712), Jilin Key Laboratorij biomedicinskog materijala, zaklade Jilin Province znanosti i tehnologije Zavod (É30522013JH iÉ40414048GH) i Norman Bethune Programa Jilin Sveučilište (É2219) pregled

suprotstavljenih interesa:.. autori su izjavili da ne postoje suprotstavljeni interesi pregled

Uvod pregled

rak želuca je jedan od najčešćih oblika malignih bolesti u svijet, pridonoseći trećine smrtnih slučajeva vezanih za rak u muškaraca i petine među ženama [1]. Oko dvije trećine slučajeva raka želuca javlja se u zemljama u razvoju. U Kini, incidencija i smrtnost povezana s rakom želuca na trećem mjestu među drugim oblicima malignih bolesti [2] te je izvijestio da je rak želuca se češće javlja u ruralnim područjima i sa trendom mlađih ljudi koji su pogođeni to u posljednjih nekoliko godina [3 ]. Okoliša (kao što su Helicobacter pylori pregled infekcija ili konzumiranje dimljenih namirnica) i genetski faktori ( E-kadherina pregled mutacija) povećava osjetljivost na rak želuca zbog izazivanja promjene u onkogena /gena za suzbijanje tumora i /ili epigenetičko profil [4]. Promjena ovih ključnih čimbenika rezultira abnormalnom regulacijom staničnog rasta, apoptozu i diferencijaciju time potiče karcinogeneze. Višestruki genske regulacijske mreže koordinirati transformacije normalnih stanica u tumorske stanice i voziti progresije tumora. Međutim, do sada, detaljno razumijevanje temeljnih višestruki gena regulatornih mreža u patogenezi karcinoma želuca je tek treba utvrditi. Utvrđivanje detaljne molekulskih mehanizama mrežu povezanu s želučanom razvoj i progresiju raka može poboljšati razumijevanje karcinogeneze u želučanog tkiva, čime se utire put za nove i učinkovite strategije u prevenciji, dijagnostici i liječenju raka želuca.

ekspresije gena u stanicama je pod kontrolom i na transkripciju i post-transkripcijskih razinama. Transkripcijski faktori (TFS) koordinatni transkripciju gena, dok miRNAs regulira gensku ekspresiju posredovanju nakon transkripcije događaja, kao što razgradnje mRNA i proteina prijevodu [5]. Prema tome, bilo promjene u funkciji Mirni može dovesti do razvoja raka kod ljudi [6,7]. Transkripcijski faktori su proteini koji se vežu na specifične DNA sekvence za kontrolu brzine transkripcije genetskom informacijom iz DNA mRNA [8,9], dok miRNAs su skupina male nekodiranom RNA u stanicama i funkciju u RNA prigušenje i post -transcriptional regulacija ekspresije gena [10,11]. TF-Mirna gen regulatorna mreža određuje ukupni genski profil ekspresije u stanicama do neke mjere. Dakle, analiza TF-Mirna koregulacijskog mreže u želučanog tkiva raka može nam pomoći da bolje razumijevanje o tome kako TFS i miRNAs koordinirati regulaciju ekspresije gena doprinosi želučane karcinogeneze [12]. U našem prethodnom istraživanju, mi profilirani različito izražena gena u osamdeset pari karcinom želuca susjednih normalnih tkiva pomoću cDNA čipovi [13] i pronašao niz gena s izmijenjenom izražavanja, uključujući i TFS. Na temelju podataka iz transkripcije regulatorni element baze podataka (TRED) [14], izgradili smo i konsolidirati TF-gen regulatorne mreže. U ovoj studiji smo različito profiliranih izrazio miRNAs u pet pari karcinom želuca susjednih zdravih tkiva i konstruirao Mirna-ciljnu regulatornu mrežu za rak želuca, integrirajući Mirne ciljanja gena baze podataka, uključujući Targetscan, Miranda, miRDB i miRWalk [15] , Mi smo tada konstruirao TF-Mirna ko-regulatorni mreže pomoću naše prethodne podatke i zatim obavlja ići i KEGG put analizira i izvodi u stvarnom vremenu PCR i Western blot analizu za potvrdu tih podataka. Dakle, oba metoda i analiza može pružiti važne tragove za buduća istraživanja o Mirne i TFS funkcije želuca. Pregled

Materijali i metode

Uzorci tkiva

Ukupno 25 pacijenata karcinom želuca su regrutirani za ovu studiju iz prvog bolnice Jilin sveučilišta, Changchun, Kina. Želučani tkiva raka i podudaranje udaljenih nekancerozne tkiva kirurški reseciran i pohranjene u tekući dušik u roku od 10 minuta nakon resekcije. Pismeni informirani pristanak dobiveni su iz svih predmeta, a podaci su analizirani anonimno. TNM i histološki Klasifikacija je prema Svjetskoj zdravstvenoj organizaciji (WHO) kriterijima. Ovo istraživanje je odobrilo Etičko povjerenstvo College of temeljnih medicinskih znanosti, Jilin sveučilišta. Pregled

profiliranje različito izražene mRNA i mikrornk u želučanim tkiva raka pregled

različito izraženi mRNA podataka između karcinoma želuca i normalna tkiva je provedeno od 80 pacijenata, a prethodno [13] prijavljen. Koristili smo ≥ 2 puta promjena na profil različito izražene gene za ovo istraživanje. pregled

U ovoj studiji, diferencijalno izražene miRNAs u 5 parova rak želuca susjednih zdravih tkiva (vidi podatke o pacijentima u S2 tablici) su profilirani pomoću Affymetrix Mirna microarray pločice prema protokolu proizvođača. Ukratko, ukupna RNA iz uzorka tkiva je izolirana pomoću Trizola (Invitrogen, Carlsbad, CA, USA) i Mirna se izolira i očisti pomoću mirVana Mirna izolacije Kit (Ambion, Austin, TX, USA), a zatim podvrgnut Gene Chip mikrornk niz analiza. Podaci su skenirani pomoću GeneChip Scanner3000 s GeneChip operativni sustav (GCOS) i analiziraju. Pregled

Izgradnja TF-gena, Mirna ciljanje gena, a TF-Mirna koregulacijskog mreže pregled

Na temelju su GeneChip Ljudski egzona 1.0 ST microarray podataka (Affymetrix, CA, USA), konstruirali smo na TF-gen mreža integrirajući genske ekspresije profila i prepisivanja podataka regulacijski element (TRED). Regulatorna interakcije između mikrornk i njihovih ciljnih gena su uspostavljeni na temelju informacija iz Targetscan, Miranda, miRDB i miRWalk baze podataka. TF-Mirna ko-regulatorne mreže su izgrađene od preklapanja ta dva dijela. Hub-geni koji surađuju uređena TFS i miRNAs također su identificirani. Mreže su konstruirani pomoću Cytoscape softvera (Institute of Systems Biology, SAD, http://www.cytoscape.org). Pregled

Funkcionalni bilješke odabranih gena

Online analitičkih alata kao što su baze podataka za primjedba, vizualizacija i integrirani Discovery (David) i Kyoto Enciklopedija gena i genoma (KEGG) se primjenjuju na istraživanje funkcionalnu put povezan s različito izraženim genima. Značajno obogaćen KEGG putova s ​​p < 0.01 Analizirani su i dalje. Pregled

Kvantitativna RT-PCR (QRT-PCR) pregled

Za otkrivanje razine mRNA, koristi se 5 J..lg uzoraka ukupne RNA za svaki uzorak se obrnuto prepisati u cDNA s prvi lanca cDNA Synthesis Kit (Takara, Dalian, Kina), a zatim pojačan pomoću qPCR za izražavanje COL1A1 i NCAM1 mRNA s SYBR premiks Ex Taq (Takara) u Applied Biosystems 7300 Brzo real-Time PCR sustava u skladu s uputama proizvođača. Relativna izraz razine mRNA normalizira se p-aktin mRNA pomoću komparativne Ct metodom (2 ^{-ΔΔCt, ΔCt = Ct _{meta-Ct β-aktin, ΔΔCt = ΔCt tumor ΔCt normalno). Svi primeri su dizajnirani s Primer Premier 6 Software, nizovi primera za pojačanje su navedeni u tablici 1. Podaci iz QRT-PCR analizirani su s GraphPad Prism verzija 5.0, razlike između skupina statistički su ocijenjeni uzorak jednim repom t-test sa p vrijednost. < 0,05 smatrati značajan pregled}}

ekstrakcije proteina i Western blot pregled

Tissue uzoraka sa 1 mm ^{3 veličine je stavljeno u tekući dušik i homogenizirano u pufera za lizu stanica (Beyotime , Beijing, Kina) pri 4 ° C tijekom 20 minuta. Koncentracija proteina u uzorku određena je pomoću BCA proteinski test kit (Bio-Rad, Hercules, CA, SAD), te su uzorci proteina su odijeljeni s natrij dodecil sulfat-poliakrilamid gel elektroforezom (SDS-PAGE), upotrebom 10% gel i zatim preneseni na PVDF membrane (0.45 um; Bio-Rad, Hercules, CA, USA) tijekom 2 sata. Membrane su zatim inkubirane sa zečjim anti-kolagena I protutijela (Novus Biologicals, Littleton, CO, USA) u razrjeđenju 1: 1000, miš anti-NCAM1 /CD56 protutijela (Novus Biologicals) u razrjeđenju 1: 400 ili zečji anti-β-aktin antitijelo (Proteintech, Chicago IL, USA) u razrjeđenju 1: 2000, na 4 ° C preko noći i zatim se nakon ispiranja Tris-based fiziološkom otopinom Tween 20 (TBST), membrane se inkubiraju s kozjim anti-zečjim IgG (Beyotime) ili kozjim anti-mišjim IgG (Proteintech) pri razrjeđenju od 1: 2000 za 2 h. Proteinske signali su detektirani autoradiogratije, pomoću hemiluminiscencija reagens (Beyotime, Peking, Kina), nakon čega slijedi izlaganje rendgenskih snimki. Gustoća proteina bend se kvantificira korištenjem gel za sliku sustava (Tanon, Šangaj, Kina) te su normalizirani na ß-aktin razine koja je služila kao kontrola opterećenja. Pregled}

Statistička analiza pregled

LIMMA ( linearnih modela za mikropolja podataka) na temelju analiza provedena je identificirati diferencijalno eksprimirani miRNAs s limitom off vrijednosti od najmanje 2-puta promjene (FC) s p < 0,05 i FDR < 0.05. SPSS 21.0 softvera (SPSS, Chicago, IL, USA) je korištena za obavljanje prijemnik obilježje (ROC) krivulja i logističku regresijsku analizu. Osjetljivost, specifičnost i površina ispod krivulje (AUC) izračunate su pomoću Med-Calc statistički softver i p vrijednosti < 0,05 smatra se statistički značajnom. Western hibridizacije podaci analizirani su GraphPad Prism verzija 5.0 (San Diego, CA, USA) i razlika između tumora i normalnog tkiva su ocijenjeni od strane jedne repom t-test i p vrijednost < 0,05 smatrana je statistički značajna. Pregled

Rezultati

TF-gen regulatorne mreže i diferencijalne ekspresije miRNAs u rak želuca pregled

TF-gen regulatorna mreža kao što je prikazano na slici 1 izgrađena je na temelju podataka dobivenih iz prethodnog studija [13] na različito izraženim genima (≥ 2 puta) od 80 pari želučanog tkiva raka. Naime, pet faktora transkripcije MYB, MYBL2, ETV4, LEF1 i TFAP2A su up-regulirana i oni formirali TF-genske regulatorne mreže sa 41 gena, od kojih su 38 bili regulira prema gore i 3 podregulirani u želučanim tkiva raka (S1 Stol). Nadalje, profilirao se Mirna izraz koristi Affymetrix mikrornk polja u pet pari želučanog raka odgovara normalnim tkivima (kliničkopatološkim karakteristikama bolesnika kao što je prikazano u tablici S2). Ukupno 93 miRNAs su različito izraženi u želučanom tkivu karcinoma (p < 0,05), od kojih je 27 miRNAs su up-regulirana, dok je 66 podregulirani (Slika 2 i S3 Tablica). Među tim različito izraženim miRNAs, nekoliko su iskazane u prethodnim studijama, poput miRlet-7, miR409, Mir-28-5p, Mir-625, itd [16-19]. Nakon toga, Targetscan, Miranda, miRDB i miRWalk baze podataka su minirana za predviđanje ciljne gene tih različito izraženi miRNAs. Pregled

TF-Mirna mreža regulira različito izražene gena u karcinomu želuca pregled

Na temelju skupova podataka iz cDNA i Mirna microarray kao što je ranije spomenuto, izgrađena smo neprirodni TF-Mirna mrežu koja regulira ekspresiju gena u karcinomu želuca (Slika 3 i S4 stol). Posebno, ove neprirodne TF-Mirne mreže regulira ekspresiju 18 gena ( COL1A1 pregled, COL1A2 pregled, COL5A2 pregled, COL11A1 pregled, DSG3 pregled, boljeti pregled, SERPINE1 pregled, SERPINB2 pregled, CXCL5 pregled, MMP1 pregled, Plau
, SPP1 pregled, GJB2 pregled, CLDN2 pregled, lokusu CDKN2A pregled, CENPF pregled, MAD2L1 pregled, i NCAM1 pregled), od kojih je većina (17 od 18) bili su up-regulirana u želučanom tkivu raka (Slika 4). pregled

Funkcionalna analiza ovih 18 hub-gena koji koriste DAVID (The baza podataka za napomenu, Vizualizacija i integriranog Discovery) [20] pokazalo je da postoje dva bitno obogaćena KEGG putevi, interakcija put ECM-receptora i žarišne adhezije put. Pet geni ( COL1A1 pregled, COL1A2 pregled, COL5A2 pregled, COL11A1 pregled i SPP1 pregled) su najznačajnije promijenjen te su svi koji su uključeni u interakciji ECM-receptora i žarišne adhezije staze (tablica 2). Analiza koregulacijskog mreže pokazala da su ti 18 hub-geni imali drugačiju raspodjelu čvor stupnjeva, dok je COL1A1 pregled i NCAM1 pregled je pokazao najveću distribuciju stupnjeva (Slika 5). Pregled

Udruga COL1A1 pregled i NCAM1 pregled izrazi s kliničkopatološkim status pregled

Mi smo pretpostavili da geni s višim distribucija stupnjeva može igrati važnu ulogu u regulatornom mreže. Na taj način, povezane smo ekspresiju tih gena sa klinikopatološkim karakteristikama pacijenata oboljelih od raka želuca. Prijamnik operativni karakteristične (ROC) analiza krivulja pokazala da je ekspresija COL1A1 pregled i NCAM1 pregled mogao biti potencijalni diskriminiraju između raka i odgovarajućim normalnim tkivima s AUC (površina ispod krivulje) = 0,806 za COL1A1 pregled i 0,677 za NCAM1 Netlogu. Kombinacija COL1A1 pregled i NCAM1 pregled izraz daje bolju diferencijaciju stanje sa AUC = 0,829, osjetljivost = 70.7% i specifičnost = 84,0% nego da pojedinac COL1A1 pregled ili NCAM1 pregled izraz (Slika 6 i tablica 3).

Nadalje, ovjeren smo podatke microarray pomoću QRT-PCR i Western blot u drugim 20 pari raka želuca i susjednih zdravih tkiva (bolesnici ' informacije navedene u S2 tablici). COL1A1 i izraz NCAM1 mRNA pokazao 3,10 ± 1,08 puta gore-regulacije i 0,37 ± 0,02 preklopite regulacija u tumorskim tkivima u odnosu na normalne i one (P 0,01), dok su zapadne podaci blot pokazali jasnu razliku između relativne gustoće proteina COL1A1 u tkivima oboljelih od raka (0,92 ± 0,02) u odnosu na susjedna normalna tkiva (0,29 ± 0,01; p < 0,01), dok je izraz za NCAM1 u tkivima oboljelih od raka (0,11 ± 0,002) u odnosu na normalne one (0,85 ± 0,05) (p < 0,01 , Slika 7). Dakle, gore-regulacija COL1A1 i down-regulacije NCAM1 izražavanja, ne samo mogao razlikovati raka i normalnih tkiva, ali i podijeliti pacijenata oboljelih od raka u različitim stadijima tumora. Razina COL1A1 izražavanja bila je viša u mišićnom i serosa napao tumora, dok NCAM1 izraz skloni da se negativno povezan s tumorske invazije (Slika 8). Pregled

Rasprava pregled

U trenutnoj studiji, podatke od cDNA i Mirna mikropostrojima je korišten za izgradnju faktori transkripcije-Mirna koregulacijskog mreže u rak želuca i identificirati 18 glavčine gene koji su regulirana oba faktora transkripcije i miRNAs. Ovi geni pripadaju izvanstaničnom interakcijom matriksa receptora i fokalne adhezije signalizacije. Osim toga, ekspresija COL1A1 pregled i NCAM1 pregled potvrđeno u želučanom tkivu karcinoma koje su povezane sa želučanom invazije raka; Međutim, ostaje nepoznato što je Mirna (s) regulirati svoj izraz u rak želuca. pregled

transkripcijskih faktora MYB, MYBL2, ETV4, LEF1, TFAP2A su up-regulirana u želučanom tkivu raka. Doista, MYB obitelji proteina su široko rasprostranjeni u eukariotskim organizmima expresison faktora MYB-transkripcije je kritična za rast tumora i mliječne karcinogeneze [21] [22], a MYBL2 (B-myb) je onkogeni faktor transkripcije koji su uključeni u stanični ciklus , G2 /M napredovanje [23]. Kao član onkogenih ETS
gena, ETV4 Protien je prijavljen za promicanje metastaza raka u mišjim modelima [24] te je povezana s lošom prognozom u želučanom adenokarcinoma [25]. Obitelj TCF /LEF je mali obiteljski faktora DNA vežu i LEF1 djeluje uglavnom kao aktivator s ulogom u inhibiciju stanične apoptoze [26]. TFAP2A je transkripcijski faktor koji regulira uglavnom stanični rast i diferencijaciju. U nazofarinksa karcinom, TFAP2A regulira rast stanica tumora i preživljavanje kroz HIF-1α-posredovane VEGF /PEDF signalnog puta, sugerirajući da TFAP2A mogao biti potencijalni biomarker za nazofarinksa liječenje karcinoma [27]. Nadalje, u Mirne-TF koregulacijskog mreže, identificirali smo 18 glavčine gena koji su regulirani od strane TFS i miRNAs. Funkcionalna analiza ovih 18 gena označen dvije značajne KEGG putova, ekstracelularnog matriksa (ECM), receptor interakcija puta prijenosa i fokalne adhezije puta. Nedavne studije su pokazale da ECM-receptori (Integrini) izaziva signalnu su glavni skupina signala koji pridonose stanica opstanak i osigurava opstanak prednost za različite vrste stanica raka [28]. ECM može regulirati staničnu proliferaciju, diferencijaciju i smrt i karcinogeneze [29]. Kao strukturalnih veza između ECM i aktin citoskeleta, žarišne priraslice služi kao mjesta za pretvaranje signala iz ECM na unutarstanične kupe [30]. Naš trenutni podaci pokazali su da je pet gena ( COL1A1 pregled, COL1A2 pregled, COL5A2 pregled, COL11A1 pregled i SPP1 pregled) ko-regulirati i TFS i miRNAs sudjelovao u interakciji ECM-receptora i žarišnih prianjanja putova. Prethodna studija pokazala izražajnost SPP1 pregled (izlučuje fosfoprotein 1) u želučanim raka i njegova povezanost s progresijom raka [31]. Geni COL1A1
, COL1A2 pregled, COL5A2
i COL11A1
pripadaju kolagena obitelji proteina, esencijalnih strukturne komponente ECM. Up-regulaciju kolagena je ključno za promicanje rasta tumora kao kolagen katabolizira by metaloproteinaza matriksa (MMP) otkriva skrivene veznih mjesta koje dodatno potiču angiogenezu i tumorske invazije. Prethodno istraživanje je pokazalo da je ekspresija COL1A1 i COL1A2 je uzdignut u malignim kolorektalnom endotelnim stanicama [32], što ukazuje da ova dva proteina imaju ulogu u angiogenezi i formiranje desmoplasia tijekom kolorektalnog razvoja raka [33]. Štoviše, izraz COL5A2 pregled i COL11A1 pregled je bio povezan s debelog karcinogeneze [34] koji pokazuje da COL5A2 pregled je istovremeno izložen sa COL11A1 pregled u debelom crijevu uzorci tumora, ali ne u normalnom debelog epitela; Međutim, ostaje nepoznato što je Mirna (s) regulirati svoj izraz u raka želuca. Dubina invazije tumora važan je čimbenik u predviđanju preživljavanja i plan terapije. Kolagen je jedan od važnih dijelova u mikrookolišu tumora, eksperimentalni rezultati subtraktivnog hibridizacije i microarray pokazuje razne kolagena gena koji su abnormalno izraženi u tumorskim tkivima, kao što COL1A1 kodiranje tip 1 kolagena [35]. COL1A1 pregled je identificiran povezati s želučanom invaziju i metastaziranje [33] raka. Naše trenutne podaci potvrdili da je ekspresija COL1A1 značajno povišena u želučanom tkivu karcinoma te je povezana s progresijom tumora. Osim toga, naša trenutna Studija je također pokazala da je ekspresija NCAM1 proteina negativno povezan s želučanim invazije karcinoma. NCAM je višenamjenski membranski protein koji sudjeluje u staničnom diferencijacijom, migracija, neuronske rast sinapsi, a posebne obrasce sinaptičkih veza. Prethodna studija je izvijestio da NCAM1 ekspresija je povezana s invazivnom rastu glioma [36]. Nakon inokulacije transfektiranih zvjezdastih stanica glioma u mozak štakora Edvardsen sur pregled., Su izvijestili da je invazivnost stanica tumora smanjen, što znači da stupanj NCAM1 ekspresije negativno povezane sa tumorom invazivnosti [37]. Iako je gubitak NCAM1 izražavanja u rak želuca nije prije prijavio, naš trenutni podaci o inverznom odnosu sa želučanim invazije karcinoma je u skladu s prethodnim istraživanjima glioma [37]. Daljnja istraživanja su potrebna kako bi potvrdili status ekspresije COL1A1 i NCAM1 proteina kao potencijalnih biomarkera za rano dijagnosticiranje i predviđanje želučanog raka progresije. Pregled

Izgradnja TF-Mirna koregulacijskog mreža je koristan alat za identifikaciju od kritične regulatori i njihovih ciljnih gena u ljudskim karcinoma. Međutim, naše je istraživanje samo je dokaz-of-princip truda i buduće studije s većim uzorkom su potrebne kako bi potvrdili trenutne rezultate. To bi trebao biti popraćen mehaničko studija za daljnje razumijevanje o ulozi ključnih molekula i gena puteva kod raka želuca. Pregled

popratne podatke
S1 tablicu. Sažetak regulatornih interakcija TF-gena mreži pregled doi:. 10,1371 /journal.pone.0122882.s001 pregled (XLSX) pregled S2 stol. Bolesnici karakteristike (25 parova od raka želuca i susjednih zdravih tkiva za Mirne microarray (n = 5) i Western blot (n = 20) analiza i RT-qPCR (n = 20) analiza) pregled, doi:. 10,1371 /časopis .pone.0122882.s002 pregled (DOC) pregled S3 tablici. . Sažetak 93 različito izražene miRNAs u želučanog tkiva raka vs dalekih normalnim tkivima
razine ekspresije gena u želučanog tkiva raka vs dalekih normalna tkiva su barem dva puta različite s p-vrijednost. ≪ 0,05
doi: 10,1371 /journal.pone.0122882.s003 pregled (XLS) pregled S4 stol. . Interakcije miRNAs i njihovih reguliranih gena u TF-gena regulatorne mreže
Sve propis je izvedena iz transkripcije baze podataka regulatorni element (TRED) pregled, doi:. 10,1371 /journal.pone.0122882.s004 pregled (XLSX ) pregled

Priznanja

Ovaj rad je podržan u sklopu koje potpore iz Nacionalne zaklade prirodoslovni Kine (̭20108025 i̮72662), Nacionalna zaklada prirodoslovni Kine (̬71897 i̮01712) , Jilin ključ Laboratorij biomedicinskog materijala, zaklada Jilin Province znanosti i tehnologije Zavod (É30522013JH iÉ40414048GH), kao i Norman Bethune programa Sveučilišta Jilin (É2219). Također zahvaljujemo Medjaden bioznanosti Limited (Hong Kong, Kina) za uređivanje i lektura ovog rukopisa. Pregled