abstraktné
Pozadie
V súčasnej dobe, to je dobre bolo zistené, že rakovina vzniká v chronicky zapáleného tkaniva. Rad NOD-like receptory (národnými registrov preukazov) tvorí inflamazóm, intracelulárne multiproteinového komplexy rozhodujúci pre tvorbu zrelých pre-zápalové cytokíny (IL-1 a IL-18). Ako chronický zápal žalúdočnej sliznice je dôsledkom Helicobacter pylori infekcie Materiály a metódy Päťdesiat jedna genetické polymorfizmy boli zisťované genotypy na 310 etnických Číňanov (87 non-CARDIA prípady GC a 223 kontrol s funkčná dyspepsia). Okrem toho, expresia génu 84 molekúl podieľajúcich sa na NLR signálne dráhy bola hodnotená v THP 1 bunkách vystavených dvoma H. pylori s Výsledky CARD8 Nové asociácie medzi polymorfizmy v NLR signálnej dráhy ( CARD8 Citácia :. Castaño-Rodríguez N, Kaakoush NO, Goh KL, Fock KM, Mitchell HM (2014) Tento NOD-like receptora Signalizácia Pathway v Helicobacter pylori Strih: David M. Ojcius, University of California Merced, Spojené štáty | prijatá: 2. marca 2014; Prijaté: 08.05.2014; Uverejnené: 05.06.2014 Copyright: © 2014 Castaño-Rodríguez et al. Toto je článok o otvorený prístup distribuovaný pod podmienkami Creative Commons Attribution licencie, ktorá umožňuje neobmedzené použitie, distribúciu a reprodukciu v nejakom médiu, za predpokladu, že pôvodný autor a zdroj sú pripísané Financovanie :. Toto dielo bola podporená čiastočne Cancer Rada New South Wales, Austrália (Grant No.66 /04). N.O. Kaakoush je podporovaný skoré kariéry štipendium od Národného zdravie a Rade pre lekársky výskum, Austrália. Platcovia mal žiadnu úlohu v dizajne štúdie, zber a analýzu dát, rozhodnutie publikovať, alebo prípravu rukopisu Konkurenčné záujmy: .. Autori vyhlásili, že žiadne konkurenčné záujmy neexistujú Úvod celkový výskyt rakoviny žalúdka (GC) sa pohybuje široko medzi krajinami. Podľa globálnych štatistík s rakovinou, celkovo 952,000 nových prípadov GC a GC 723,000 úmrtí súvisiacich s Odhaduje sa, že došlo v roku 2012, čo predstavuje 6,8% z celkového počtu prípadov rakoviny a 8,8% z celkového počtu úmrtí súvisiacich s rakovinou [1]. Viac ako 70% nových prípadov a úmrtí dochádza v rozvojových krajinách, pričom najvyšší výskyt bol hlásený vo východnej Ázii, východnej Európe a Strednej a Južnej Amerike [2]. Bakteriálna patogén Helicobacter pylori zárodočnej línie kódované receptory označované ako receptory vzor rozpoznávanie (PRRS) sú súčasťou vrodeného imunitného systému a sú kľúčové pre detekciu nemenných mikrobiálnych motívy známeho ako patogén -associated molekulárnej vzory (PAMP). PRR boli rozdelené do piatich odlišných genetických a funkčných clades: nukleotid viažuci doménu oligomerizace (NOD) -ako receptory (národnými registrov preukazov), Toll-like receptory, C-typu lektínu receptory, gén pre kyselinu retinovou indukovatelné (súprava) -I-like receptory a chýba v melanómu 2 (AIM2) -Ako receptory [5] [6]. rodina NLR nielen rozpoznať PAMP, ale aj škody spojené s molekulárnou vzormi (tlmí) v cytoplazme, ktoré sú endogénne ligandy vyrobené po poranení tkaniva alebo bunkovej smrti, [7]. Národnými registrov preukazov charakteristická štruktúra zahŕňa centrálnu nukleotidov-väzbové a oligomerizace (NACHT) doménu, ktorá je prítomná vo všetkých rodinných príslušníkov NLR, C-terminálny leucín bohaté repetície (Lrrs) a N-terminálny kaspázy nábor (karta) alebo pyrin (PYD ) doménu. Na fylogeneticky analýzy Nacht domén základe bolo zistené, že rodina NLR sa skladá z troch subfamilies: 1) rodinná NOD ktorá zahŕňa NOD1-2, NOD 3 /NLRC3, NOD4 /NLRC5, NOD5 /NLRX1 a CIITA, 2) NLRPs vrátane NLRP1-14 (tiež známy ako NALPs), a 3) IPAF podčeľaď, ktorá sa skladá z IPAF (NLRC4) a NAIP [7]. NLRP3 inflamazóm, najviac plne charakterizované inflamazóm, sa skladá z NLRP3 lešenia proteínu, apoptóza spojená škvrna-like proteín (ASC) a kaspázy-1. NLRP3 interaguje a regrutuje adaptéra ASC cez PYD-PYD interakcie [8]. Táto interakcia vedie k prijímaniu kaspázy-1, intracelulárne aspartát špecifické cysteinové proteázy, čo by následne viedlo k zrenia a uvoľňovanie prozápalových cytokínov, ako sú IL-1 a IL-18. H. pylori Preto predchádzajúce štúdie jasne ukazujú, že v reakcii na H. pylori materiáloch a metódach genotypizácia polymorfizmov zahrnutých v príkaze receptora Signalizačné dráhy Etické NOD-like. Táto štúdia bola schválil výbor pre ľudské etiky (HREC) University of New South Wales (UNSW) (HREC 08115 a 02144 HREC). Písomný informovaný súhlas bol získaný od každého jednotlivca prijatí na štúdium. Predmety boli etnickí čínski jednotlivci, ktorí podstúpili endoskopiou hornej časti GIT na General Hospital Changi (Singapur) a fakultnej nemocnice Malajzia (Kuala Lumpur), medzi januárom 2004 a aprílom 2007. Pacienti známe, že sú infikovaní vírusom ľudskej imunodeficiencie alebo ktorým boli predpísané nesteroidné protizápalové lieky, antimikrobiálne prostriedky alebo potláčajúci kyseliny v dvojmesačnej lehoty pred nástupom do zamestnania boli vylúčení. Osemdesiat sedem pacientov s novo diagnostikovanou primárnou non-kardio GC (Medzinárodná klasifikácia chorôb, 9 th revízie, kód 151) na základe histologického overenia boli vyzvané k účasti na štúdium. Kontrolná skupina zahŕňala 223 jedincov s diagnózou funkčnú dyspepsia (FD), ktorý bol definovaný ako trvalé alebo opakujúce sa symptómy (bolesť alebo nepohodlie sa stredom v hornej časti brucha) v neprítomnosti organického ochorenia (a to aj na hornej endoskopia), v súlade s Rím II klasifikačný systém [14]. Helicobacter pylori H. pylori výber polymorfizmy. Elektronické databázy (PubMed, Scopus, Science Direct, Ovídius, Biosis náhľady, databázy Scirus, CINAHL, IMBIOMED, Scielo a orgován) boli vyhľadávané až do februára 2013 pre polymorfizmy zapojených do NLR signálne dráhy, ktoré boli spojené s rakovinou, infekčné ochorenie alebo boli funkčne relevantné. Päťdesiat jedna polymorfizmy v génoch 6, ktoré boli hlásené, že majú menšiu frekvenciu alely >. 1% v National Center for Biotechnology Information (NCBI) dbSNP, boli vybrané pre analýzu (tabuľka S1 v tabuľkách S1) genotypizácia techniky. Pre stanovenie genotypu z 51 vybraných polymorfizmov v NLR signálnej dráhy každého jednotlivca zahrnutých do štúdie, genomická DNA bola extrahovaná z periférnej vzorkách plnej krvi pomocou QIAamp DNA Blood Mini Kit, ako je popísané výrobcom (Qiagen, Chadstone, Australia). DNA bola rehydratovaný v sterilnej vode a normalizované na 10 ng /ul pre zákazníkov SNP genotypizáciu prostredníctvom aplikácie matrice asistovanej laserovej desorpčnej ionizačnej time-of-flight (MALDI-TOF), hmotnostná spektrometria sa Sequenom MassARRAY IPLEX? Test (San Diego, CA , USA) [16], [17] na Australian Genome Research facility Ltd, Svätá Lucia, University of Queensland, Austrália. Jedna polymorfizmus, ktoré nemohli byť zahrnuté v teste Sequenom MassARRAY Iplex, známy ako NLRP3- štyri polymorfizmy ( CARD8 Štatistická analýza. nepárová Študent je t génovej expresie molekúl zapojenými do NOD-like receptor Signalizačné dráhy cicavčie bunkovej kultúre ľudský monocytární leukémie bunkové línie THP-1 (kód: TIB-202). (American Type Culture zber, Manassas, USA), bola kultivovaná v médiu RPMI 1640 doplnenom 10% tepelne inaktivovaným fetálnym hovädzím sérom (FBS) (Invitrogen, Mulgrave, Austrália), 1 mM pyruvát sodný (Invitrogen), 2500 mg /l hydrogénuhličitanu sodného (Invitrogen ) a 100 ug /ml penicilín-streptomycín roztok (Invitrogen). Bunky boli udržiavané v 25-cm 2 fľašiach pre tkanivové kultúry (Greiner Bio-On-; Frickenhausen, Germany) .. Pri teplote 37 ° C s 5% CO 2 bakteriálna kultúra H pylori infekcie testu. THP-1 bunky boli schovať na kultivačné doštičke s 6 priehlbinami v koncentrácii 5 x 10 5 buniek /ml a následne sa členia na makrofágy s forbol myrastate-acetátu (Sigma-Aldrich) po dobu 72 hodín [24]. pred bakteriálnou infekciou, cicavčie bunky boli inkubované v médiu bez antibiotika. H. pylori kmeňov Potom infekcie, non-napádal a H. Pylori Pre analýzu dát génovej expresie bola realizovaná ΔΔ Ct metóda založená na relatívnej kvantifikácie pomocou aplikácie Web-based RT 2 Profiler PCR Array Analýza dát verzie 3.5 (http://pcrdataanalysis.sabiosciences.com/pcr/arrayanalysis.php). Najmenej dva-násobné zmeny (≥2, ≤0.5) a P SDS-PAGE a westernový prenos THP -1 bunky boli schovať, diferencované a infikované pri MOI 1, ako bolo popísané vyššie. Proteíny boli extrahované za použitia pufra RIPA, separované na 12% dodecylsulfát sodný elektroforézou na polyakrylamidovom gélu géloch a prenesené do metanolu ošetrené polyvinylidine difluorid membrány pomocou systému prenosu buniek Trans-Blot (Bio-Rad). Membrány boli immunolabeled s králičími anti-ľudské polyklonálne protilátky proti NLRX1 (1: 200) alebo myšou anti-ľudské monoklonálne protilátky proti p-aktínu (1: 1000) (Santa Cruz). Kozí anti-králičie a anti-myšou IgG protilátky spojenej s HRP (1: 2000, Bio-Rad) boli použité ako sekundárne protilátky, v danom poradí. Membrány boli testované v súlade s protokolom Pierce ECL Western Blotting substrátu (Thermo Scientific, Scoresby, Austrália). klinickými charakteristikami Klinické charakteristiky študijných odborov vrátane pohlavia, H. pylori polymorfizmy v génoch, zapojenými do NOD-like receptorov signalizácia Pathway sú spojené s rakoviny žalúdka v etnických Číňanov za osobami päťdesiat jedna polymorfizmy v génoch podieľajúcich sa na NLR signálne dráhy boli genotyp 310 etnických Číňanov jednotlivci (87 prípadov GC a 223 FD kontrol). Miera volania zo všetkých vybraných polymorfizmy bola 97-100% v tejto štúdii. bolo zistené, že všetky polymorfizmy v NLR signálnej dráhy, aby sa v HWE v kontrolnej skupine, ukazujúci nevýznamný χ 2 hodnoty okrem CARD8 alel a genotypové frekvencia je aj najvzdialenejšie regióny a 95% CI pre zvyšné 27 polymorfizmy sú uvedené v tabuľkách 1 a S4 v tabuľkách S1. CARD8 Analýzy haplotypu báze sú mocný prístup k pitvať architektúru komplexných chorôb. V súčasnej štúdii, EM algoritmus identifikovaná 25 haplotypu s frekvenciou > 0,01 v prípadoch, GC (pozri tabuľku S5 v tabuľkách S1). Pomocou hlavnej haplotypu v kontrolnej skupine ako referenčný haplotypu, dva CARD8-NLRP12 polymorfizmy v génoch, zapojenými do NOD-like receptorov signalizácia Pathway sú spojené s Helicobacter pylori Vzhľadom na to, že H. pylori Spoločné pôsobenie Helicobacter pylori Ďalšie analýzy boli vykonané pre hodnotenie nielen prítomnosť alebo neprítomnosť vybranej polymorfizmu, ale aj H. pylori Helicobacter pylori pre ďalšiu charakterizáciu účinku H. pylori Vzhľadom k tomu, že zápal je charakteristickým znakom žalúdka karcinogenézy, sme ďalej analyzovať expresiu pre-zápalových cytokínov a chemokiny po expozícii na dve H , pylori Helicobacter pylori Trinásť gény kódujúce národnými registrov preukazov boli hodnotené v tejto štúdii vrátane členov podčeľade IPAF (NAIP, NLRC4), NLRPs (NLRP1, NLRP3-6, NLRP9, NLRP12) a prikyvne (NOD2, NLRC5, NLRX1 a CIITA) (Obrázok 1B). Expresie génov kódujúcich piatich národnými registrov preukazov výrazne upravená v H. pylori-napadnutých buniek (NLRC4, NLRC5, NLRP9, NLRP12 a NLRX1) (tabuľka 5). Z nich NLRP12 (rozkladací regulácia: 0,03, p-hodnota: 0.016298) a NLRX1 (rozkladacie regulácia: 0,02, p-hodnota: 0.01762) boli výrazne down-regulované v H. pylori GC026-napadnutých buniek. Ako validačné techniky, ďalšie Western blot testy skúmajúca NLRX1 expresiu, boli vykonané. Dôsledne, znížená hladina NLRX1 boli nájdené v THP 1 bunkách napadnutých ako s H. pylori GC026 a 26695 (podporné informácie Obrázok S3). Vzhľadom na to, že NF-kB je negatívne regulovaná NLRP12 a NLRX1 sme ďalej v porovnaní výrazom NFKB1 stroje a Relay Helicobacter pylori Expresia iných molekúl zapojených nielen v NLR signalizačnej dráhy, ale aj v karcinogenéze sa tiež analyzuje porovnaním THP-1 bunky reakcie na oba H. pylori Diskusia GC je teraz považovaný za mnohofaktorovú proces, v ktorom sú zapojené bakteriálne, environmentálne a hostiteľskej genetika faktorov v rôznych štádiách rakoviny patofyziológie. V súčasnej dobe je dobre známe, že rakovina vzniká v chronicky zapáleného tkaniva, a to je zvlášť pozoruhodné v gastrointestinálnom trakte [4]. Ako chronický zápal žalúdočnej sliznice je dôsledkom H. pylori Pokiaľ je nám známe, toto je prvý hlásené dôkaz, že polymorfizmy sa podieľajú na NLR signálne dráhy sú spojené so zvýšeným rizikom GC v ľudskej populácii. Multivariačný štatistickej analýzy vyplýva, že CARD8 H. pylori
sme skúmali úlohu genetických polymorfizmov a expresiu génov podieľajúcich sa na NLR signálne dráhy v H. pylori
infekcie a súvisiace rakovina žalúdka (GC).
vlakmi, GC026 (GC) a 26695 (gastritída).
-rs11672725, NLRP3
-rs10754558, NLRP3
-rs4612666, NLRP12
-rs199475867 a NLRX1
-rs10790286 ktoré preukázali významné asociácie s GC. Na viacrozmerné analýzy, CARD8
-rs11672725 zostal rizikový faktor (OR: 4,80, 95% CI: 1.39-16.58). Ďalej NLRP12-
rs2866112 zvyšuje riziko H. pylori
infekcie (OR: 2,13, 95% CI: 1,22-3,71). Štatistických analýz posudzovaní spoločný efekt H. pylori
infekcie a zvolenej polymorfizmy odhalil silné vzťahy s GC ( CARD8
NLRP3
CASP1 stroje a NLRP12
polymorfizmy). V analýzy génovej expresie, päť gény kódujúce národnými registrov preukazov boli výrazne upravené v H. pylori
-challenged bunky ( NLRC4
NLRC5
NLRP9
NLRP12 stroje a NLRX1
). Je zaujímavé, že pretrvávajúce up-regulácia NFKB1
sa súčasným down-reguláciu NLRP12 stroje a NLRX1
bolo pozorované u H. Pylori
GC026-napádal buniek. Ďalej, NF-kB cieľové gény kódujúce pre-zápalové cytokíny, chemokiny a molekuly zapojené do karcinogenézy boli významne up-regulované v H. Pylori
GC026-napádal bunky.
Závery
NLRP3
NLRP12
NLRX1 stroje a CASP1
) a GC boli identifikované v čínskych jedincov. Naše genetické polymorfizmy a génovej expresie výsledky zdôrazňujú dôležitosť NLR signálne dráhy v žalúdočnej karcinogenéze a jej úzku spoluprácu s NF-kB
infekcie a súvisiacich rakoviny žalúdka: prípadová kontrolná štúdia a analýzy génovej expresie. PLoS ONE 9 (6): e98899. doi: 10,1371 /journal.pone.0098899
je základným etiologickým faktorom pre GC (IARC, 1994), však, predchádzajúce štúdie naznačujú, že okrem H. pylori
infekcie a diétne faktory, hostiteľskej genetika prispievajú k GC [3]. Genetické polymorfizmy sa objavili v posledných rokoch ako determinanty náchylnosti ochorenia a závažnosti zranenia, čo platí najmä v zažívacom malignity [4]. Z tohto dôvodu, polymorfizmus v rámci génov zapojených do prirodzenej a adaptívne imunity by mohla zohrávať dôležitú úlohu v patogenéze H. pylori
infekciu a rozvoj H. pylori
spojené so štúdiom komplikácie, vrátane GC.
infekcie, prvé štyri fyzikálno-chemické bariéry sú vrstvy slizu žalúdočné epiteliálne bunky sa TLR a národnými registrov preukazov. Obmedzený počet štúdií posúdil interakciu medzi NLR signálne dráhy a H. pylori
. Napríklad počiatočné štúdie Basak et al. [9] ukázal, že nielen H. pylori
lipopolysacharid (LPS) aktivuje kaspázy-1, ale že táto aktivácia kaspázy-1 sa podieľa na LPS-indukovanej IL-1β zrenie. Neskôr, Hitzler et al. [10] ukázal, že H. pylori infekcie
aktivuje kaspázy-1, čo vedie k IL-1 /IL-18 spracovanie a sekrécie, a to ako v kultivovaných dendritické bunky (DCS) a in vivo
. Dôsledne, dve nedávne štúdie, s použitím ľudských bunkových línií žalúdka, potvrdila zvýšená expresia kaspázy-1, IL-1β a IL-18 v H. pylori
-infected bunky [11], [12]. Okrem toho nedávna štúdia Kim et al. [13] ukázala, že sekrécia IL-1 podľa DC infikované H. pylori
vyžaduje TLR2, NOD2 a NLRP3 inflamazóm.
, aktivácia inflamazóm závislé kaspázy-1 je rozhodujúci pre tvorbu zrelých pre-zápalové cytokíny, ktoré sú rozhodujúce pre Th1 reakcie spojené s žalúdočnej imunopatologií. Vzhľadom na to, že len málo je známe o úlohe inflamazóm a iných molekúl podieľajúcich sa na NLR signálne dráhy v reakcii na H. pylori
infekcie, a že funkčne relevantné polymorfizmy v génoch tohto ramena imunitného systému má potenciál ovplyvniť veľkosť a smer hostiteľskej odozvy proti infekcii, sme skúmali úlohu NLR signálne dráhy, vrátane inflammasome- príbuzné molekuly, vo H. pylori
by preto vývoj GC na základe posúdenia 51 genetickej polymorfizmy v čínskej jednotlivcov, známu populáciu s vysokým rizikom pre GC, a riešenie génovej expresie 84 molekúl zapojených do NLR signálnych dráh v monocytární bunkové línie po vystavení H , pylori
.
Študijné predmety.
detekcie.
protilátky IgG u týchto čínskych jedincov boli stanovené s použitím in-house enzyme-linked ImmunoSorbent assay [15] a imunoblotu (MPD Helico Blot 2.1 MP Biomedicals, Austrália).
42 bp-VNTR, bol genotyp cez štandardné PCR. Primery boli navrhnuté s Oligo Primer Analysis Software verzia 6,71 (Molecular Biology Insights, Inc; Colorado Springs, USA). Experimenty boli vykonané za použitia 2720 Thermal Cycler (Applied Biosystems, Foster City, USA). PCR produkty boli podrobené 1,5% agarózovom géle a vizualizované pod UV svetlom pomocou systému Gel Doc 2000 (Bio-Rad; Hercules, USA). Tieto sekvencie primérov a teplotné podmienky cyklistické pre genotypu tohto polymorfizmus sú popísané v tabuľke S2 v v tabuľkách S1.
-rs2043211, CARD8
-rs6509368 CARD8
-rs12984929 a NLRP3
-rs10754558) genotyp MALDI-TOF hmotnostnej spektrometrie bolo náhodne vybraných na potvrdenie výsledkov pomocou real-time PCR. Tieto sekvencie primérov a teplotné podmienky pre cyklistov sú uvedené v tabuľke S2 v tabuľkách S1. Ako overenie metodiky realizovaného pre genotypizácia NLRP3-
42 bp-VNTR, sekvenčné analýzy boli vykonané u 10% náhodne vybraných vzorkách štúdii, pri Ramaciotti Centre, UNSW, Austrália.
-test bol použitý na analýzu klinické charakteristiky. Priama metóda počet bol použitý na odhad genotypom a alelové frekvencie. Odchýlka od Hardy-Weinberg rovnováhy (HWE) bola testovaná pomocou dobrota-of-fit testu chí-kvadrát (χ 2). Stanovenie väzobnej nerovnováhe (LD) bol založený na teste pomeru pravdepodobnosť, v ktorom je význam zistený pomer pravdepodobnosti zistené výpočtom distribúcia null tohto pomeru v rámci hypotézy väzobné rovnováhy, za použitia spôsobu, permutácie [18]. Haplotypu záver bolo vykonané pomocou očakávania-zväčšenia (EM) algoritmus pre multi-locus genotypových dát [19]. Pomery štatistiky (OR) a 95% intervalu spoľahlivosti (CI) boli vypočítané pomocou Fisherovho exaktného testu pravdepodobnosti (dvojchvostý p
-hodnoty). Aby sa opravili pre mätúcich faktorov, binárne logistická regresia (LR) byť upravená H. Bola vykonaná pylori
stav a pohlavie. P
-hodnoty menšie ako 0,05 boli považované za štatisticky významné. filtre kvality pre vylúčenie polymorfizmy zo štatistickej analýzy zahrnuté volať sadzby pod 95% a odchýlky od HWE. Dáta boli analyzované pomocou programov ARLEQUIN verzia 3.1 [20], GraphPad Prism verzia 5.02 (GraphPad Software Inc., San Diego, USA) a SPSS verzie 19.0.0. (SPSS Inc., Chicago, USA)
kmeň GC026 ( ČAGA
+, Cage
+, CAGL
+, cagT
+ Vaca
S1 M1 +, Baba
+, oipA
+, Dupa
+ a Saba
+) bol izolovaný z GC pacient vo fakultnej nemocnici Malajzia, Kuala Lumpur [21], [22]. H. pylori
kmeň 26695 ( ČAGA
+ a Vaca
s1m1 +) bol izolovaný z pacienta s gastritídou [23] (ATCC kód 700392). Oba H. pylori
kmene boli kultivované počas dvoch dní na agarových doskách konské krvi (Blood Agar Base No.2 s prídavkom 6% sterilný defibrinované konské krvi (Oxoid, Heidelberg West, Vic., Austrália) pri teplote 37 ° C v anaeróbnej nádoby obsahujúce plyn generujúce kit (Oxoid), aby sa mikroaerobní atmosfére 6% o 2, 10% CO 2 a 84% N 2.
GC026 a 26695 boli potom pridané do média pri multiplicitě infekcie 1 a inkubované po dobu 6 hodín pri teplote 37 ° C ° C a 5% CO 2. pridá bakteriálna koncentrácia bola stanovená na základe štandardnej krivky a optická hustota (OD) odpočty na vlnovej dĺžke 595 nm za použitia Bio-Rad reader modelu 550 (Bio-Rad). Skutočná koncentrácia pridanej bola potvrdená spočítaním jednotiek vytvárajúcich kolónie (CFU), pestované na konské krvi agarových platniach po sériovom riedení bakteriálnej suspenzie.
extrakcie RNA, cDNA a PCR prípravy poľa.
-challenged Bunky THP-1 boli použité pre izoláciu mRNA za použitia Qiagen RNeasy Mini Kit, ako je popísané výrobcom (Qiagen). Pre analýzu génovej expresie 84 molekúl podieľajúcich sa na NLR signálne cesty, cDNA bola syntetizovaná z 0,8 ug celkovej RNA za použitia RT 2 First Strand cDNA kit (Qiagen), a ďalej analyzovaná pomocou Human inflamazóm RT 2 Profiler PCR array (PAH-097R) (Qiagen) podľa odporúčania výrobcu. Profilov génovej expresie boli získané z troch nezávislých experimentov H. pylori
GC026 infikovaných H. pylori
26695 infikované a zodpovedajúce neinfikovaných (kontrola) vzorky. Pokusy boli vykonané zamestnávať Rotor-Gene Q cyklovača (Corbett Life Sciences; Doncaster, Austrália).
-hodnoty. ≪ 0,05 boli považované za štatisticky významné
Výsledky
zdravotný stav a medián veku sú uvedené v tabuľke S3 v tabuľkách S1. Bolo zistené, mužské pohlavie, aby sa viac prevláda u pacientov GC než u kontrol FD, čo ukazuje pozitívne spojená s vývojom GC v tejto etnickej čínskej populácie (OR: 2,15, 95% CI: 1.29-3.58, P
-hodnota: 0,0036). H. bolo zistené, že je prítomný v 68,7% jedincov v tejto štúdii (73/87 pacientov GC a 140/223 FD kontrol) pylori
infekcie. Porovnanie prevalencia H. pylori
infekcie u pacientov GC a kontrol FD ukázali, že H. pylori
infekcie bol rizikovým faktorom pre vývoj GC (OR: 2,38, 95% CI: 1,41 - 3,99, P
-hodnota: < 0,0001). Aj napriek tomu, že subjekty v tejto štúdii sa porovnávali až 5 rokov vekových skupín, stredný vek GC pacientov (65,3 rokov) bola významne vyššia ako u kontroly FD (54.3 rokov) ( P
-hodnota: <. 0,0001)
-rs12984929 (χ 2: 35,98), CARD8-
rs4802445 (χ 2: 5,87) a CARD8-
rs6509368 (χ 2: 5,43). Dvadsaťjeden polymorfizmy v NLRP3
(n = 5), NLRP12
(n = 3), NLRX1
(n = 3), ASC
(n = 4) a CASP1
(n = 6) bolo zistené, že non-polymorfné v tejto etnickej čínskej populácie (tabuľka S1 v v tabuľkách S1).
-rs11672725 TT genotyp ukázala silnú asociáciu s GC v bivariate štatistická analýza (OR: 4,80, 95% CI: 1.39-16.58). Okrem CARD8
-rs11672725, ďalšie štyri polymorfizmy ukázal hraničné výsledky v dvojrozmernej analýzy ( NLRP3
-rs10754558, NLRP3
-rs4612666, NLRP12
-rs199475867 a NLRX1
-rs10790286) (tabuľka 1). Ďalšie viacrozmerné štatistické analýzy, pri započítaní H. pylori
infekcie a mužské pohlavie, ukázala, že CARD8
-rs11672725 TT genotyp zostal rizikový faktor pre GC v tejto etnickej čínskej populácie (tabuľka 2).
(Hap1 a Hap8), jeden NLRP3
(Hap3) a tri NLRX1-CASP1
(Hap21, 23 a 24) bolo zistené, haplotypu zvýšiť riziko GC v tejto etnickej čínskej populácie. Je zaujímavé, že Hap1 skrýva CARD8
-rs11672725 T alely, a Hap21 a Hap23 ukrývajúci NLRX1
-rs10790286 C alelu, ktorá ukazuje súlad s výsledkami získanými z alely a genotypu analýz.
Infekcia u etnických Číňanov jednotlivcov
je známe, že je hlavný rizikový faktor spojený s GC, ďalšie analýzy boli vykonané pre hodnotenie spojenie medzi genetickými polymorfizmy sa podieľajú na NLR signálne dráhy a H. pylori
infekciu. Je zaujímavé, že náš etnickí Číňania case-control štúdia ukázala, že NLRX1
-rs10790286, NLRP12
-rs2866112, NLRP12
-rs4419163 a ASC
-rs8056505 bolo spojené s výrazne zvýšeným rizikom H. pylori
infekcie u týchto jedincov (pozri tabuľku S6 v tabuľkách S1). Multivariačný štatistickej analýzy potvrdili, že NLRP12
-rs2866112 bolo spojené so zvýšeným rizikom H. pylori
v čínskych jedincov (OR: 2,13, 95% CI: 1.22-3.71)
Infekcie a genetické polymorfizmy Výrazne zvyšuje riziko rakoviny žalúdka dovnútra. etnické čínske Jednotlivci
stavu vo vzťahu k riziku GC, v snahe zistiť existenciu biologickej interakcie v podobe synergizmu alebo antagonizmu. Pozoruhodné je, že jedinci nesúce desať vybraných polymorfizmy ( CARD8
-rs10405717, NLRP3
-rs12079994, NLRP3
-rs3806265, NLRP3
-rs4612666, NLRP12
-rs2866112, NLRP12
-rs4419163, NLRX1
-rs10790286, CASP1
-rs2282659, CASP1
-rs530537 a CASP1
-rs61751523) a infikované H. pylori
bolo pozorované, že v najviac ohrozené GC, väčšina týchto najvzdialenejších je v rozmedzí 4,0-5,0 (tabuľka 3). Naproti tomu v neprítomnosti H. pylori
infekcie, CARD8
-rs2043211 významne znížila riziko GC (OR: 0,19, 95% CI: 0,06-0,63)
vplyvmi. expresie niekoľko molekúl zapojenými do NOD-like receptorov signalizácia Pathway
na molekúl podieľajúcich sa na NLR signálne cesty, sme hodnotili expresiu génov, ktoré kódujú 84 národnými registrov preukazov, iné inflamazóm komponenty, negatívne regulátory, pre-zápalové cytokíny, prozápalové kaspázy a molekuly zapojené do signalizácie downstream, v THP-1 odvodil makrofágy tieto expozície k dvom rôznym H. pylori
kmene (GC026 a 26695). V H. Pylori
THP1 bunky GC026-napádal, 49 gény boli odlišne exprimované v porovnaní s kontrolnou skupinou (Tabuľka S7 v tabuľkách S1 a S1 obrázku na obrázkoch S1). Z nich štatisticky významne up-regulácia a down-regulácia aspoň dvojnásobne bola nájdená v 17 a 28 génov, respektíve (tabuľky 4 a 5). Tridsať päť gény boli odlišne exprimované medzi kontrolnou skupinou a skupinou vystavenú H. pylori
26695 (tabuľka S7 v tabuľkách S1 a S2 obrázku na obrázkoch S1). Z nich štatisticky významne up-regulácia a down-regulácia aspoň dvojnásobne bol nájdený v 5 a 23 génov, respektíve (tabuľky 4 a 5).
Helicobacter pylori
Kmene pridruženými s karcinóm žalúdka a gastritída viesť k rôznym expresných hladín cytokínov a chemokiny
kmene. Expresie génov kódujúcich deviatich pre-zápalové cytokíny ( IFNB1
, IL1B
, IL12B
, IL6
, IL33
a TNF
) a chemokiny ( CXCL1
CXCL2, CCL5
) významne vzrástli regulované v THP 1 bunkách napadnutých s oboma H. pylori
GC026 a 26695 kmene (tabuľka 4). Ďalej intenzívne imunitnú odpoveď ( CXCL1
CXCL2
CCL5
IL6
IL12B
TNF stroje a IFNB1
) sa začalo voči H. pylori
GC026 (obrázok 1A). Je zaujímavé, že počet génov kódujúcich chemokiny ( CCL2 stroje a CCL7
) a cytokínov ( IL18
, TNFSF11 stroje a CD40LG
) boli down-regulované v H. pylori
-challenged THP-1 bunky (tabuľka 5).
Infekčné Výsledky v up-regulácia NFKB1
so súčasným nápadný pokles nariadenia NLRP12 stroje a NLRX1
medzi H. pylori
GC026- a 26695-napádal bunky. Je pozoruhodné, že aj keď Relay
ukázala, zníženej hladiny v bunkách THP-1 sú vystavené H. pylori
kmene (rozkladací regulácia: 0.49, p
-hodnota: 0,044673 a zložiť regulácia: 0.26, p
-hodnota :. 0,131017 na H pylori
GC026 a 26.695, v uvedenom poradí), štatisticky významný up-regulácia NFKB1
bol pozorovaný iba v H. pylori
bunky GC026-napádal (rozkladací regulácia: 2.50, p
-hodnota: 0,006825). (obrázok 1C)
zvyšuje expresiu PTGS2 stroje a BIRC3
kmene. Je zaujímavé, že PTGS2
bola významne up-regulovaný v THP-1 buniek po vystavení obaja H. pylori
kmene, H. pylori
bunky GC026-napádal (rozkladací regulácia: 54.03, p
-hodnota: 0,0247), v ktorej významne vyššie hladiny expresie v porovnaní s H. pylori
26695-napadnúť bunky (rozkladací Regulácia: 19,56, p
-hodnota: 0,016089) (obrázok 1d). Ďalej, druhý gén zapojený do karcinogenézy, BIRC3
, bol výlučne up-regulovaný v H. pylori
bunky GC026-napádal (rozkladací regulácia: 12,28, p
-hodnota: 0.001638). (obrázok 1D)
infekcii a táto baktéria je spočiatku zameraný PRRS sme skúmali úlohu molekúl zapojených do NLR signálne dráhy v H. pylori
infekcie a súvisiaci GC.
-rs11672725 TT genotyp je konzistentné rizikový faktor pre GC v čínskych jedincov. CARD8
, ktorý sa nachádza v 19q13, kóduje bielkovinu kaspázy nábor domény 8 (CARD8), tiež známy ako Tucan, ktorá bola nahlásená k interakcii s NLRP3, potlačiť NF-kB aktivačné signály a byť nadmerne exprimovaný v ľudských nádorových tkanivách vrátane vaječníkov, pľúc a prsníka tkaniva [25] - [27]. K dnešnému dňu iba jedna štúdia, uskutočnenej v nemeckej populácii, posúdila úlohe tohto polymorfizmus v chorobe [28]. Títo autori riešiť vzťah medzi CARD8
-rs11672725 a hrubého čreva a konečníka, ale nepreukázali žiadne významné výsledky (OR: 1,02, 95% CI: 0,86-1,21) [28]. Rozdiely v typu rakoviny a študovanej populácii by mohlo zodpovedať za tieto protichodným výsledkom.