Plos ONE: Atomic Vpogled v spremenjenih O6-metilgvanina-DNA methyltransferase Protein arhitekturo želodčnega raka

Povzetek

O ^{6-metilgvanin-DNA metiltransferaza (MGMT) je eden od glavnih beljakovin popravilo DNA, ki preprečuje, da alkalyting agenta povzroča poškodbe DNK z zamenjavo O 6-metilgvanina ( mutagene poškodba) nazaj na gvanina, sčasoma odpravljanje napak neujemanja in dvojnih verig prečne vezi. Exonic spremembe v obliki nukleotidnega polimorfizma lahko povzroči v spremenjeni proteinske strukture, ki lahko v zameno privede do izgube funkcije. V tej študiji smo se osredotočili na prebivalstvo bali za visoke izpostavljenosti alkilirajočimi zdravili zaradi svojih značilnih in posebnih prehranjevalnih navad. V ta namen so bolniki z rakom želodca združili ven iz bile za mutacijsko pregleda posebne k napakam nagnjeni regiji MGMT gena izbrana populacija. Ugotovili smo, da je skoraj 40% proučevanih neoplastične vzorcev gojila missense mutacijo na kodonskega 151, ki izhaja v serin do izolevcin variacije. Ta sprememba je povzročilo pri zagotavljanju strukturne motnje, nato sledila v velik stehiometrično variance na področju priznavanja substrat zavezujoča in selektivnost zanke aktivne mestu MGMT beljakovin, kot je bilo ugotovljeno v skladu z virtualno mikroskopom simulacije molekulske dinamike (MDS). Atomska vpogled v MGMT beljakovin, ki jih računsko pristopom pokazala precejšnjo spremembo v molekularni vzorca znotraj vodik obveznic, kar je pripeljalo do opazovanih strukturnih anomalij. Da bi še dodatno preučiti mutacij vpliva na regulativni ceveh MGMT, ki ima protein v položaju DNA-Vezava je bila analiza MDS, ki temelji opravi na, vse znane fizično interakcija aminokislin v bistvu v gruči v skupine glede na njihov položaj in funkcijo. Rezultati, ki jih ustvari fizikalno-funkcionalno grozdov proteina je pokazala, da opredeljena mutacijo v bližini aktivnega mesta MGMT proteina povzroči lokalno in globalno destabilizacijo proteina bodisi odpravo stabilizacijski solne mostove na grozda C3, C4 in C5 ali lokalnega destabilizacijo "stabilizacijo beljakovin Hing" preslikan na C3-C4 grozd, pred aktivno mesto}

Navedba. Chikan nA, Bukhari s, Shabir N, Amin A, Shafi s, Qadri RA, et al. (2015) za atomsko Vpogled v Altered O ^{6-metilgvanina-DNA methyltransferase Protein arhitekturo želodčnega raka. PLoS ONE 10 (5): e0127741. doi: 10,1371 /journal.pone.0127741}

Akademska Urednik: Reiner Albert Veitia, Institut Jacques Monod, FRANCIJA

Prejeto: 16. december 2014; Sprejeto: 19. april 2015; Objavljeno: 26. maj 2015

Copyright: © 2015 Chikan et al. To je prost dostop članek razširja pod pogoji Creative Commons Attribution License, ki omogoča neomejeno uporabo, distribucijo in razmnoževanje v katerem koli mediju, pod pogojem, da prvotni avtor in vir knjižijo

Razpoložljivost podatkov: Vsi pomembni podatki so v papir in njene dodatne informacije datotek

financiranje:. raziskava je bila financirana s VIT University raziskave izrednega nepovratnih sredstev in agencija financiranja imela nobene vloge pri oblikovanju študije, zbiranje in analizo podatkov, sklep, da se objavi, ali pripravka rokopisa

nasprotujočimi si interesi:. avtorji so poročali, da ne obstajajo konkurenčni interesi

Uvod

Čeprav upada, bolezni same raka želodca, po GOLOBOCON 2012 je. še tretji najpogostejši vzrok smrti zaradi raka v svetu [1, 2]. V patogenezo te bolezni, različne genetske in molekularne spremembe potekajo vodi do maligne transformacije sluznico želodca [3]. Ta transformacija je več korakih, ki vključuje tudi nepravilnosti pri pomembnih celičnih funkcij, kot so popravilo DNA, oprijem, prenos signalov, celično diferenciacijo in drugi [4,5]. Alkiliranje rakotvorne kot N-Nitrosodimethylamine, metil nitrozouree (NMU), N-metil-N'-nitro-N-nitrogvanidina itd privede do nastanka O ^{6-metilgvanin, DNA adukt katerega prisotnost vodi do indukcije mutacij ( G: C-A: T prehod) in rezultati pri razvoju raka [6-10]. MGMT
je encim, odgovoren za popravilo O 6-metilgvanina adukti [11-13]. MGMT je samomorilski encim, ki odstrani metilno skupino iz O 6-položaj v gvanina in prenese na svojem ostanku cistin na kodonu 145 v proteinu, s čimer se inaktivira medtem ko popravila gvanin [14]. Pod izpostavljenosti NMU, so MGMT-pomanjkljivo miši videl, da razvijejo raka [15], medtem ko so bili transgenih miših, ki opravljajo dodatne kopije gena tujih MGMT manj dovzetni za bolezni [16] Odprta, genetski polimorfizem tega encima je izkazalo, da je potencialni dejavnik tveganja za raka [17-22]. Ta študija torej osredotoča na mutacijsko profiliranje k napakam nagnjeni regije eksonu 5 MGMT, ki kodira za aktivno mesto proteina, in sicer aktivno mesto obdano s področij, ki so odgovorni za gospodarstvo na DNK [13]. Predstavnik populacija bolnikov z rakom želodca, ki je bil izbran za to študijo predstavlja edinstveno kohorte v bistvu so zelo izpostavljeni prehranskih alkilirajočimi sredstvi [6, 23-28].}

Uporaba Insilico
tehnike razumejo vpliv polimorfizma na strukture in dinamike proteinov je bila v praksi in obilice dela je bilo narejenega v zvezi s tem [29-32]. računalniško podprto metode napovedovanja, ki uporabljajo evolucijsko in strukturo, ki temelji napoved daje vpogled v škodljiv zmožnostjo polimorfizma [33]. Molekulske dinamike lahko uporabimo za opazovanje konformacijske spremembe polimorfizem lahko povzročata v proteinu. Te konformacijske spremembe v tridimenzionalni strukturi beljakovin lahko vpliva na fiziološke pripadnosti in različne biokemijske poti, interakcije. Da bi preučili vpliv mutacij na evolucijski kot tudi atomski ravni, Insilico napovedi z uporabo različnih strežnikov, kot tudi MDS od divjega tipa (WT) in mutiranih (Mu) MGMT beljakovin je bila izvedena. Za MDS beljakovin potmi in atomsko interakcijske analize, gromacs so bili uporabljeni vgrajen orodja. Načelo analiza komponenta (SPS) je bila opravljena za ocenitev prožnosti obeh struktur. Prosti energije krajine (meje) iz domačih in Mu MGMT so raziskovali tudi razumeti učinek mutacije.

Rezultati in diskusija

Exon 5 segment MGMT gena, smo uspešno pomnožili iz vseh vzorcih . Pomnožkov po sekvenciranje pokazala transverzija mutacijo v kodonskega 151AGC, sekvence, katere so bile predložene genske banke ležajev pristopna številk KM000795 in KM000796. V silico orodja za preučevanje morebitno škodljiv učinek mutacije so bili izbrani skrbno, tako kot je vsak faktor preučiti in dvojno preveri drugo orodje, ki se uporablja drugačen algoritem. Podrobnosti o strežnikih, ki se uporabljajo v naši raziskavi so opisani v S1 tabeli, kjer obstaja algoritem, ki delajo in merila za napoved je podana. Izbrano strežnik napoveduje mutacija, da je škodljiv. V MDS simulacije trajektorije za 30ns teči mas in mutant proteina bili analizirani v veliki meri s pomočjo gromacs vgrajen orodja. S1 Slika prikazuje nsSNP na kodonu 151, ki vodi do missense mutacijo Ser do Ile, sicer v svoji divjega tipa oblika pomaga pri interakcij protein-DNK [34-36]. Kot je prikazano na sliki 1, wtMGMT (PDBID: 1T39). SER 151, poleg običajne elektrostatične interakcije s timinom tvori tudi dva vodikove vezi z njo preko amidne dušika

Slika 2 prikazuje posnetke obeh WT in Mu struktur v različnih časovnih intervalih, ki določa, da strnjen učinek mutacije na strukturne dinamike MGMT. Od snap shots je Mu struktura razen razvitjem razširil konformacijo, prav tako tvori vijačno obliko na številko amino kisline 87 do 90, ki daje idejo, da mutacija ne podpira strukturne kompaktnost proteina, ki inturn vodi svoje ogrožena in aberrated zgradbe ki ima velik strukturni premik, ki je ključnega pomena pri povzročanju propadli funkcije proteinov [37]. Po vizualno analizo smo g_rms orodje za izračun RMSD proteinov atomi, z uporabo izhodnega strukturo kot referenca. Mutant struktura pokazala nenadno povišanje v RMSD na okoli 17 ns. Na opazovanju nepravilnost na ravni strukture, smo ugotovili, da je spiralni in zanko vsebine mutirane strukture spreminjala (slika 3A). RMSD od povprečja v daljšem časovnem obdobju se imenuje kot RMSF, g_rmsf je bila uporabljena za izračun atomske standardni odklon in na opazovanju, struktura Mu je pokazala večjo fleksibilnost. RMSF obeh struktur je pokazala rahlo spremembo na ostanku 151, vendar je precej spreminja v beljakovin zanki območju 27 do 53 (slika 3B), ki je lahko rezultanta na medmolekulskim velike razdalje variacije terciarno interakcij. V r_rmsf orodje je bila možnost, OQ uporablja za pretvorbo RMSF vrednost v vrednostih Factor B in implicitno jih na povprečni strukturi (modra predstavlja najbolj stabilen in rdeče najbolj nihajo). Primerjalna Faktor B projekcija (S2A slika) na mas in Mu MGMT predvsem kaže razlike nihanja v povprečni strukturi, ki nam vpogled v spremembo spreminjanja vzorca med strukturami. Vzorec barvanje je privzeta razponu od modre do rdeče. Pomembna sprememba v nihanju opazili v Mu strukturi poleg katerih je povprečna razporeditev sekundarna struktura (S2B slika) precej razlikuje kar spet pomeni, da se lahko Mu bilo škodljivo za popravilo DNA.

Za analizo obliko proteina na vsaki glede na čas, g_ Vrtjeti orodje je bila uporabljena, ki izračunava vztrajnostni polmer skupine atomov vzdolž x-, y- in z-osi, kot funkcijo časa. Naši rezultati kažejo na veliko odstopanje v polmerov sukanja v Mu strukture, opravljen po 17 ns teči (S3 slika). Medtem ko je, kot je znano, da MGMT struktura ne spreminja v veliki meri v primerjavi s strukturo MGMT veže DNA, ki kaže stabilno vezane strukture prek tesne povezanosti ostankov priznanje (Ala126, Ala127, Ala129, Gly131 in Gly132), in Ser93, Thr95, Gln115, Asn123 in Ser151, v stiku s fosfatom hrbtenico DNA [36] vendar pa, odkar je bila ugotovljena Radi od sukanja, ki se zaradi poveča do mutacije in zato predlaga razširjeno obrnjeno strukturo beljakovin verjetno nerodno premika prst arginin (intrahelical postavljen Arg128) iz njenega položaja, ki je odgovoren za spodbujanje flipping od nukleotida v MGMT aktivno mesto, s čimer bi lahko škodovala skrbnost je potrebna za odstranitev o ^{6-metilgvanina adukt iz DNK}

Poleg tega, kot je vemo, da ima vsaka aminokislina svojo hidrofobost vrednost, prvotno divjega tipa ostanek in novo uvedeni mutant ostanek razlikujejo v tem premoženjem. To ovrednotenje smo uporabili g_sas orodje, ki izračuna hidrofobni, hidrofilni in skupno SAZU proteina v daljšem časovnem obdobju. Mutant struktura ima večjo SAZU, ki korelira z našo prejšnjo ugotovitvijo povečane Rg mutant strukture (S4 slika). Če želite preveriti učinek Mu o strukturi MGMT zasidrana z ID PPP DNK: 1T39 [38], smo uporabili Discovery studio za barvanje in izračun hidrofobnost po Kyte-Dolittle lestvici (S5 slika). WT hidrofobnost in pet ostanek drseče povprečje hidrofobnost bilo -0.8 in 0,94 oziroma, medtem ko so ustrezne vrednosti za Mu ostanek bistveno višja pri 4,5 in 2, kar kaže, da je Mu ostanek bolj hidrofobni od ostanka mas. Indeksirana odstopanje v vrednosti mutirani protein hidrofobnosti glede na mas beljakovine lahko močno vpliva na stiochiochemistry tvorbe vodikove vezi med encimom in DNK, kot je razvidno iz S5 sl. Kasneje lahko neugodno Enzyme-DNA docking privedla do neodzivnosti encima glede na svojo zadrugo funkcionalnosti.

Za nadaljnje razumevanje mutacije na dinamiko beljakovin, smo razdeljeni pomembne aminokisline, ki sodelujejo v fizično interakcijo z DNA in Mg ^{+ ion v grozde (slika 4), odvisno od njihovega položaja in prispevkov v docking DNK, osnovnega Listanje in popravilo DNA [36]. Cluster1 vsebuje pet aminokislin vključujejo v DNA razširitveni viz. SER93, PHE94, THR95, ASN123 in LYS125. Cluster 2 vsebuje eno samo amino kisline ARG 135 vključeni tudi v docking DNK. Cluster 3 vsebuje tri aminokisline TYR114, GLN115 in SER151 kjer se TYR 114 vključenih v osnovno Listanje je potreben za popravilo DNA in drugih dveh imajo vloge v docking DNK. Cluster 4, poleg tega vsebuje Cluster 3 aminokislin, vsebuje CYS145 ki je aktivno mesto MGMT, ki je odgovoren za popravilo DNA. Cluster 5 sestavljajo tri aminokisline (CYS24, HIS29 in HIS85), vsi, ki pridejo v stik z Mg + ion. g_rama orodje je bila uporabljena za ustvarjanje Phi /psi diedrsko kombinacije izbranih skupin in je bila uporabljena za izračun kotov kot funkcijo časa. Njihov obris parcela je bila ustvarjena s pomočjo energije minimume razumeti njihovo ustrezno mobilnost (S6 Fig). Vsi izbrani grozdi so prizadeti zaradi mutacije od SER151 do ILE151. Razumeti učinek, zlasti na plošči 3 in 4, smo PSI /Phi porazdelitev, ki se nanašajo na označene energetsko minimumom narisane (slika 5). Razlika v vrhuncu območju energetskega minimumov je mogoče opaziti v ustreznih WT in Mu grozdov, kar daje poseben vtis morebitne imparity pri popravilu DNK.}

Za globlje razumevanje strukturne razlike opaziti do sedaj, smo pogledali v tvorba vodika vez znotraj izbranih grozdov z uporabo g_hband orodja, katerih rezultati so prikazani na sliki 6. Vse grozdi, izbrani za te analize kažejo na zmanjšanje povprečnega števila vodikovih vezi na okvir v mutant strukturi pričakujejo Grozd 1. povečanje število povprečnih vodikovih vezi na okvir v grozdu 1 je tanka v primerjavi z variacij opazujemo. Skupno zmanjšanje povprečne tvorba vodikovega na okvirju je v sodelovanju povezavi s povečano RMSF in Rg mutant strukturi. Rezultat ustvari te analize je dokončno posledico anomalijo opaženo do sedaj s spremembo vzorca znotraj vodik obveznic.

Da bi razumeli vpliv te mutacije na svetovnih korelacijski predlogih v atomski simulacij, PCA, matematična tehnika, ki je učinkovita pri opredelitvi splošnih zložljivi in ​​ne-zložljivi značilnosti beljakovin, je bila uporabljena. Tehnika opredeljuje prevladujoči predloge v proteinu z odstranitvijo glavne načine sodelujejo pri gibanju sodeluje v molekuli. Glavni sestavni deli beljakovin gibanja so izračunani kot vektorji (EV) v množično prilagojenih kovariance matriko proteinskih atomov. Izračun teh vrednosti je bila izvedena s pomočjo osnovne dinamike metodo (ED) po standardnem protokolu [39] je na voljo v programskem paketu GROMACS. Dva izmed prvih osem Ev-jev, ki predstavljajo za več kot 85% gibanja celotnega sistema smo za analizo izbrali projekcija časom in nihanja RMSF katerih je prikazana na sliki 7. Oba EV je združimo v eno samo tirnice; kombinacija proizvaja skupni niz glavnih komponent (PC) vektorji za mas in Mu MGMT, kar omogoča neposredno primerjavo med različnimi sistemi. Letalske proge so bili pridobljeni s pomočjo g-COVAR in G-anaeig za gromacs javnih služb. Na sliki 8 (a) projekcije, PC 1 vs PC 2, obeh struktur predvidevanjih (črna m /rdeča Mu), grozd, pridobljen iz mas struktura je stabilna, če je kot projekcijo prvih dveh PS mutanta zaposlitvi zajema veliko območje. Za nadaljnjo analizo projekcij PC, so bile narisane njihove proste energije površine (slika 8B), ki je pokazala, da je stabilnost mas preko rok izenačena s časom, v primerjavi z Mu, ki temelji na energetski minimumom za bazene oblikovanih oba. Strukture z minimalno energije so bili pridobljeni iz proste energije zemljišč krajini ob različnem času. Strukture na desni strani vsake štrline v sl 8 (c) PC so od začetka simulacije na levi enem od blizu konca simulacije. Ta analiza je bila ključna za pojasnjevanje ogrožena brezplačne energetske pokrajino Mu strukture, z ugotovitvijo, da je poleg potrjujejo z našimi prejšnjimi rezultati, je dokončno pomenilo drastično konformacijske spremembe v Mu strukture.

Zaključek

Neusklajenosti popravila DNA in raka etiologiji so na način, da je pojav mutacije, ki se je na široko sprejeta kot osnova raka sinonima. Mutacija v popravilo proteina DNA, ki bi lahko oslabila svojo funkcijo (S7 slika) lahko ustvari pretumorigenic okolje in lahko pomaga pri napredovanju raka na kateri koli stopnji. MGMT je eden od pomembnih popravilo DNA beljakovin ima ključno vlogo pri ohranjanju genomske stabilnosti z odstranjevanjem O ^{6Methyleguanine adukte. Tako bo velik genetski polimorfizem tega proteina vplival na razvoj raka in njegovo napredovanje. Ker nobena od študij do datuma poročali mutacijski analizo MGMT s pomočjo MDS, kar nam je v prvi vrsti pozvani, naj preuči možnost MGMT se mutirala v tajnih populaciji, kjer je uživanje živil, ki vsebujejo višjo raven N-nitrozo spojin pogosti in želodca rak je razširjena.}

uporaba molekularne dinamike, naj preuči vpliv nove mutacije na kodon ^{151 nam je dal vpogled v arhitekturo obeh struktur na atomski ravni nad vožnjo 30 ns obdobja . Učinek mutacije ni omejena le na njegovi bližini, temveč učinkujejo najmanj tudi na celotno strukturo, vključno sekundarnih elementov na različnih lokacijah proteina. Strukturne prehodi opazili v sekundarnih elementih, spodbuja propad strukturnih arhitekture Mu mgmt beljakovin. FEL, pridobljen z kvaziharmonske analizo (SPS) je ugotovila tudi, da mutacija bistveno vpliva na stabilnost MGMT v daljšem časovnem obdobju, dejavnik, ki lahko ovirajo normalno stehiometrično moda popravilo DNA, ki MGMT.}

raziskati mutacija v eksonu 5 se zdi, da je povezana z voznikom mutacije, za katero se zdi, da vplivajo na interakcijo DNA /protein, ki je pomemben dejavnik, ki bi lahko vplivale na DNA krajšanje, bazno flipping in končno popravila mehanizem, ki, če se poškoduje, lahko povzroči tudi v genomu široko povečanje o ^{6 metil gvanina aditivni, ki zagotavljajo večjo genomske nestabilnosti.}

Materiali in metode

Etični kodeks

protokoli /eksperimenti, ki vključujejo uporabo človeških osebkov so ustrezno pregledani in Univerze odobril Odbor za človeška etika (UHEC), VIT University, Vellore (UHEC-VIT /2011).

Bolniki in zbiranje tkiva

skupno 30 bolnikov z diagnozo raka želodca sprejeti v Sheri-Kašmir inštituta za medicinske vede (skims), so Srinagar velja za študijo. Bolniki, ki imajo predvideno operacijo kot primarno zdravljenje v različnih fazah bolezni so bili zaposleni za študijo z njihovim soglasjem. Značilnosti preučevanih bolnikov so navedeni v S2 tabeli.

Vzorce tumorjev 5mm ^{3 so izrezali kirurško odstranjenimi osebkov v maso tumorja, brez razlike. Sosednje non-neoplastične vzorcev podobne dimenzije so vzeta iz stopnje resekcijo, približno 10 mm od makroskopski tumorja rob in nato potrjen kot benigne z rutinskim histopatologijo na preiskuje. Skupaj 30 tumorja in 30 običajnih vzorcev tkiva smo zbrali in shranili pri -80 ° C do analize.}

ekstrakcijo DNK in verižno reakcijo s polimerazo

DNA je bila vzeta iz 2mm ^{3 vzorce tkiva z uporabo ekstrakcije DNA kit (Hi Pura sesalcev genomske DNA Isolation Kit-HIMEDIA). Koncentracija in kakovost DNA smo merili z rutinskim spectrophotometeric analizo. Amplification regij Exon 5 v MGMT eksona, je bila izvedena v gradient minicycler (Eppendorf) v 25μl reakcijski mešanici, ki vsebuje 1 p (400ng /ul) genomske DNA, DNA polimerazo {1X PCR buffer (200mm Tris HCl, 200 mm KCl, 50 mM, (NH4) 2 SO4) opremljen z 25 mM MgCl2, Fermentas}, Nuclease proste vode in 1 ul terminskih (5'GCCCGTGCAGGTACGGTCTT-3 ') in nazaj (5'AGCTCCCGCTCCCTTGAGCC-3') Temeljni premazi vsak. Temperatura žarjenje bila optimizirana pri 65,5 ° C. Za lažjo verižno reakcijo s polimerazo (PCR) analize proizvodov za mutacijo, je PCR produkt zaporedja izvaja.}

SNP Škoda Napoved.

Napoved poškodba polymorphisim je bila izvedena s pomočjo [40] SIFT , Polyphen-2 [41], PhD-SNP [42], MutPred [43], SNAP [44], SNP & Pojdi [45] in PoPMuSiC [46].

molekulske dinamike simulacija

Raziskave MDS smo izvedli Gromacs 4.5.3 paketa [47]. Za mas MGMT, je bila struktura PPP 1QNT [48] se uporablja kot izhodiščno strukturo za MDS. Accelrys Discovery Studio [49] je bila uporabljena za eno točkovno mutacijo o strukturi divjega tipa. Oba, ut in Mu MGMT so bile uporabljene pri GROMOS96 43a1 polje sile, ko se postavi v model vnaprej uravnotežen vodni kopeli in nasprotnih ionov smo dodali doseči nevtralno polje z uporabo "Genion" orodje, ki prihaja skupaj z gromacs paket. Topil molekule so bili pripeti, da se v prvotni položaj z omejujejo silo 100 kcal /mol za 5000 korakov, preden gredo k energetski zmanjšanje za 5000 ponovitev. Za regulacijo temperature v notranjosti škatle, je bila uporabljena Berendsen metoda temperatura sklopke [50]. Elektrostatske interakcije so bile izračunane z uporabo metode delcev Mesh Ewald [51]. Ionizirajočega stanja ostankov, tlaka in drugih parametrov so bile določene v standardnem obsegu. Non-vezan seznam par je bil posodobljen, ko je bilo na vsakih 10 korakov in konformacije shranjeni vsake 2 pico sekund (PS). simulacija Zadrževalni položaj za 500 ps je bil uveden, da bi molekule topila za vstop v votlino regijo strukture. Nazadnje se je sistem izpostavljen MDS 30 nano sekund (NS). Efektivna vrednost odklon (RMSD) efektivne vrednosti Fluktuacija (RMSF), topilo dostopne površine (SAZU), so vztrajnostni polmer (RG) in SPS opravi s pomočjo vgrajen gromacs orodja. g_hbond je bila uporabljena za izračun števila različnih vodikovih vezi, ki jih tvorijo specifične ostanke z drugimi aminokislinami v proteinu med simulacij (NH vezi). g_sham je bil v veliki meri uporabljajo za pridobitev brezplačne energetske pokrajino. Grafi so narisane s pomočjo Grace GUI Toolkit 5.1.22 različico, medtem ko so za proste energije pokrajine narisane s pomočjo gnuplot 4.6.0 verzijo. Vse vizualizacije so bile izvedene z uporabo Pymol, Ligplus, us [52] in grafi so prikazani so z uporabo Grace programa [53] in gnuplot. Usmeritve so bili analizirani z vgrajeno orodje v distribuciji GROMACS.

Podpora Informacije
S1 Sl. a) Predstavnik kromatogram MGMT eksonu 5 prikazuje eno bazni par, G >. T na položaju 151, kot je prikazano s puščico v neoplastične kromatogramu
b) Uskladitev ekson 5 zaporedja, ki je bila dopolnjena z neoplastični in ne-neoplastične tkivo (v bližini normalno) s tisto divjega tipa (Sklic zaporedje pridobljeni iz NCBI), je bila prevedena in SNP preslikan se je izkazalo za spremembo serinskih v Izolevcina
doi:. 10,1371 /journal.pone.0127741.s001
(TIF)
S2 sl. (A) Povprečno terciarne strukture obarvan glede na vrednosti Bfactor (b) Povprečna Sekundarna struktura zastopanost obeh struktur
doi:. 10,1371 /journal.pone.0127741.s002
(IOD)
S3 Sl. (A) polmer sukanja v mas in Mu MGMT prikazane ločeno.

(b) Rg vseh atomov mas in Mu MGMT v odvisnosti od časa pri 300K.
Mas se represted s črno in Mu ga Green.
doi: 10,1371 /journal.pone.0127741.s003
(IOD)
S4 sl. Topilo dostopne površine mas (črno) in Mu (zelena) MGMT sčasoma 300K
doi:. 10,1371 /journal.pone.0127741.s004
(IOD)
S5 Sl. Razlike v barvi (Surface beljakovin po Kyte-Doolittle skala) na mutirani regiji in grafični prikaz razlik v Kyte-Doolittle lestvici iz same aminokisline in pet povprečno tekočo hidrofobnosti tako mas in Mu MGMT
doi:. 10,1371 /journal.pone.0127741.s005
(IOD)
S6 sl. Čas je odvisen od Ramachandran Contour ploskve vseh izbranih skupin v daljšem časovnem obdobju, vsaka vrstica prikazuje prehod 1.
doi: 10,1371 /journal.pone.0127741.s006
(IOD)
S7 Sl. Slikovna predstavitev GC: AT tranzicije okvarjenim MGMT
doi:. 10,1371 /journal.pone.0127741.s007
(IOD)
S1 tabeli. Polimorfizem Napoved uporabo različnih strežnikov
doi:. 10,1371 /journal.pone.0127741.s008
(DOCX)
S2 tabeli. Značilnosti študijskih predmetov
doi:. 10,1371 /journal.pone.0127741.s009
(DOCX)

Priznanja

Avtorji želi priznati dr Daniele granata za njegovo prijazni vhodi na proste energije pokrajine.

• Plos ONE: Nevarnost želodca raka, ki ga v vodi Vir: Dokazi iz študije Golestan Case-Control
• Plos ONE: Reverse Korelacija med MicroRNA 145 in FSCN1 ki vplivajo Rak želodca migracije in Invasion