PLoS ONE: Atomic Insight osaksi Altered O6-metyyliguaniini-DNA metyylitransferaasi proteiini Architecture mahasyövän

tiivistelmä

O ^{6-metyyliguaniini-DNA metyylitransferaasi (MGMT) on yksi tärkeimmistä DNA korjaukseen proteiinia, joka toimii vastavoimana alkalyting agentti aiheuttaman DNA-vaurion korvaamalla O 6-metyyliguaniini ( mutageeninen leesio) takaisin guaniini, lopulta tukahduttaa epäsuhta virheitä ja kaksinkertainen lohkon siltoja. Eksoni muutokset muodossa nukleotidin polymorfismi saattavat muuttaa proteiinin rakenne, joka puolestaan ​​voi johtaa lakkaa toimimasta. Tässä tutkimuksessa olemme keskittyneet väestön pelkäsivät altistuminen korkeille alkylointiaineita vuoksi niiden tyypillisiä ja erikoistunut ruokailutottumuksiin. Tätä varten mahasyöpäpotilaista yhdistettiin pois väestön valittiin mutaation seulontaan tietyn virhealtista alueella MGMT geenin. Olemme havainneet, että lähes 40% tutkituista neoplastisen näytteet kanna missensemutaatio kodonissa 151 tuloksena luodaan Serine ja isoleusiini vaihtelua. Tämä vaihtelu johti aikaansaamisessa rakenteellisia häiriö, myöhemmin seuranneen suureen stökiometrinen varianssia tunnustamista domain, substraatin sitoutumisen ja valikoivuus lenkki aktiivista kohtaa MGMT proteiinin, kuten tarkasteltiin virtuaalinen mikroskoopilla molekyylidynamiikan simulointi (MDS). Atomin käsityksen MGMT proteiiniin laskennallinen lähestymistapa osoitti merkittävää muutosta sisäisessä molekyyli vetysidos kuvio, mikä johtaa havaittuun rakenteellisia poikkeavuuksia. Tutkia edelleen mutaation vaikutuksia sääntelyyn pistokkeet MGMT joka pitää proteiinin DNA-Binding asennossa, MDS analyysi tehtiin, kaikki tunnetut fyysisesti vuorovaikutuksessa aminohappojen olennaisesti ryhmittyneet ryhmään niiden asema ja tehtävä. Tulokset tuottama fyysinen toiminnallinen klusterointi proteiinin osoitti, että tunnistettu mutaatio läheisyydessä aktiiviseen kohtaan MGMT proteiinin aiheuttaa paikallisen ja globaalin epävakauden proteiinin joko poistamalla vakauttava suola siltoja klusterin C3, C4 ja C5 tai paikallisesti horjuttaa "proteiini vakauttava hing" kartoitetaan C3-C4 klusteri, edeltävän aktiivisen.}

Citation: Chikan NA, Bukhari S, Shabir N, Amin A, Shafi S, Qadri RA, et al. (2015) Atomic Insight osaksi Altered O ^{6-metyyliguaniini-DNA metyylitransferaasi proteiini Architecture mahasyövän. PLoS ONE 10 (5): e0127741. doi: 10,1371 /journal.pone.0127741}

Academic Editor: Reiner Albert Veitia, Institut Jacques Monod, FRANCE

vastaanotettu: 16 joulukuu 2014; Hyväksytty: 19 huhtikuu 2015; Julkaistu: toukokuu 26, 2015

Copyright: © 2015 Chikan et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään

Data Saatavuus: kaikki asiaankuuluvat tiedot kuuluvat paperin ja sen tukeminen Information tiedostoja.

rahoitus: tutkimusta rahoittivat VIT yliopiston tutkijana avustuksen ja rahoittajana ei ollut roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista, tai valmisteen käsikirjoituksen.

kilpailevat edut: kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.

Johdanto

laskusuunnassa, mutta sairaus mahalaukun syövän, mukaan GOLOBOCON 2012 edelleen kolmanneksi yleisin syy syöpäkuolemista maailmanlaajuisesti [1, 2]. Patogeneesissä tämän taudin, eri geneettisten ja molekyylitason muutosten tapahtuu johtaa pahanlaatuisiin mahan limakalvon [3]. Tämä muutos on monivaiheinen prosessi, joka edellyttää poikkeavuudet tärkeitä solun toimintoja, kuten DNA: n korjaus, tarttuvuus, signaalitransduktion, solujen erilaistumista ja muut [4,5]. Alkyloivat karsinogeeneja, kuten N-nitrosodimetvyliamiini, metyyli nitrosourea (NMU), N-metyyli-N'-nitro-N-nitroguanidiini jne johtaa muodostumiseen O ^{6-metyyliguaniini, DNA-adduktia, jonka läsnäolo johtaa indusoi mutaatioita ( G: C-A: T siirtyminen) ja johtaa syövän kehittymiseen [6-10]. MGMT
on vastaava entsyymi korjaus O 6-metyyliguaniini addukteja [11-13]. MGMT on itsemurha entsyymi, joka poistaa metyyliryhmää päässä O 6-asema guaniini ja siirtää sen omaan kystiini jäämiä kodonissa 145 proteiinissa, mikä inaktivoivat itse korjaamisen aikana guaniini [14]. Alle altistuminen NMU, MGMT-viallisia hiiret on havaittu syövän kehittymiseen [15], kun taas kuten siirtogeenisiä hiiriä, joissa on ylimääräisiä kopioita ulkomaisen MGMT geeni olivat vähemmän alttiita taudin [16] kantavassa, geneettistä vaihtelua tämän entsyymin osoittautunut potentiaalinen riskitekijä syöpään [17-22]. Näin ollen tässä tutkimuksessa keskitytään mutaatiostatuksesta profilointia virhealtista alueen eksoni 5 MGMT joka koodaa aktiivista kohtaa proteiinin, eli aktiivisessa ympäröi verkkotunnuksia vastaava pitää kiinni DNA [13]. Edustaja väestö mahasyöpäpotilaista joka on valittu tähän tutkimukseen on ainutlaatuinen kohortti olennaisesti on erittäin avoin ravinnon alkyloivat aineet [6, 23-28].}

käyttö Insilico
tekniikoita ymmärtää vaikutus polymorfismin proteiinien rakenteen ja dynamiikan on ollut käytännössä ja lukuisia työtä on tehty tässä yhteydessä [29-32]. Tietokoneavusteisen ennuste menetelmiä käyttäen kehittyvä ja rakenne perustuu ennustaminen antaa käsityksen vahingollista kykyä polymorfismin [33]. Molekyylidynamiikan voidaan tarkkailla konformaatiomuutoksiin polymorfismin voi aiheuttaa proteiinissa. Nämä konformaatiomuutoksia kolmiulotteisen rakenteen proteiini voi vaikuttaa fysiologisia yhtäläisyyksiä ja eri biokemiallinen reitti vuorovaikutusta. Tutkia vaikutus mutaatio evoluution sekä atomitasolla Insilico ennusteita käyttämällä eri palvelimilla sekä MDS villityyppisen (wt) ja Mutant (Mu) MGMT proteiini suoritettiin. MDS proteiini liikeradat ja atomi vuorovaikutuksen analyysi, Gromacs sisäänrakennettu työkaluja käytettiin. Pääkomponenttianalyysi (PCA) suoritettiin arvioida joustavasti molempien rakenteita. Vapaa energia maisemat (FEL) natiivin ja Mu MGMT tutkittiin myös ymmärtää vaikutusta mutaation.

Tulokset ja keskustelu

eksoni 5 segmentti MGMT geenin, monistettiin onnistuneesti kaikista näytteistä . Amplikonit jälkeen sekvensointi osoitti transversio mutaatio kodonissa 151AGC, joiden sekvenssit on toimitettu GeneBankissa laakeri liittymistä numerot KM000795 ja KM000796. In silico avulla tarkkailla mahdollisia haitallisia vaikutuksia mutaation valittiin huolellisesti, jotta jokainen tekijä on tutkinut ja kaksinkertainen tarkistanut muu työkalu, joka käyttää eri algoritmia. Yksityiskohdat palvelimia, joita käytetään tutkimuksessamme kuvataan S1 taulukossa, jossa on algoritmi, työ- ja kriteerit ennuste annetaan. Valittu palvelin ennustaa mutaation olla vahingollista. MDS simulointi trajectories 30ns juosta paino- ja mutantti proteiini analysoitiin laajasti käyttäen Gromacs sisäänrakennettu työkaluja. S1 Kuvio esittää nsSNP kodonissa 151, joka johtaa missensemutaatio Ser Ile, muuten sen villityypin muoto auttaa proteiini-DNA vuorovaikutuksia [34-36]. Kuten on esitetty kuviossa 1, wtMGMT (PDBID: 1T39) SER 151, lisäksi tavanomaisen sähköstaattisen vuorovaikutuksen tymiinin muodostettu myös kaksi vetysidoksia sen kautta amidin typpi.

Kuvio 2 esittää tilannekuvia sekä paino- ja Mu rakenteet eri aikavälein, määrätään tiivistelmää vaikutus mutaation rakenteellisista dynamiikkaan MGMT. Vuodesta snap laukausta, Mu rakenne muu kuin paljastava laajentunut konformaatio, muodostuu myös kierrekonformaationa aminohaposta numero 87-90, antaa käsityksen, että mutaatio ei suosi rakenteellinen tiiviys proteiinin, joka inturn johtaa sen vaarantunut ja aberrated konformaatio jolla on huomattavan suuri rakenteellinen muutos, joka on keskeinen aiheuttaa kuollut proteiinien toimintaa [37]. Sen jälkeen visuaalisen analyysin, g_rms työkalua käytettiin laskettaessa RMSD proteiinin atomien käyttäen lähtöaineena rakenne viitteenä. Mutantti rakenne osoitti äkillinen nousu RMSD noin 17 ns. On tarkkailemalla anomalia on rakenteen tasolla, huomasimme, että kierteiset ja silmukka sisältö mutantin rakenne vaihteli (kuvio 3A). RMSD keskiarvon ajan on tarkoitettu niin RMSF, g_rmsf käytettiin laskemiseen atomi keskihajonta ja havaintoihin, Mu rakenne osoitti suurempaa joustavuutta. RMSF Molempien rakenteiden osoittivat lievää tähteessä 151, mutta ei vaihtelevat huomattavasti proteiinissa silmukka-alueelle 27-53 (kuvio 3B), mikä saattaa olla tuloksena olevan molekyylien välisen pitkän kantaman kolmannen asteen vuorovaikutusta vaihtelua. Vuonna r_rmsf työkalu optio-OQ käytettiin muuntamaan RMSF arvo osaksi B Factor arvoja ja epäsuora ne keskimäärin rakenteeseen (sininen edustaa vakain ja punainen useimmat vaihteleva). Vertaileva B tekijä ulokkeen (S2A kuvio) on p- ja Mu MGMT ensisijaisesti osoittaa vaihtelut vaihtelut keskimääräisen rakenteen antaa meille käsityksen muutos epävakaista mallia kahden rakenteita. Väritys kuvio on oletusarvo vaihtelee sinisestä punaiseksi. Merkittävä muutos vaihtelu havaittu Mu rakenne minkä ohella keskimääräinen sekundaarinen rakenne layout (S2B kuvio) poikkesivat huomattavasti mikä taas merkitsee sitä, että Mu voi olla epäedullista DNA korjaukseen.

analysoimiseksi muoto proteiinin jokaisen tiettynä aikana, G_ pyöriä työkalua on käytetty, joka laskee jäyhyyssäde ryhmän atomien pitkin x-, y- ja z-akselin, kuten ajan funktiona. Tuloksemme osoittavat suurta poikkeamaa Säteet hitaussädettä vuonna Mu rakenne, kulunut 17 ns ajaa (S3 kuvassa). Vaikka kuten tiedetään, että MGMT rakenne ei vaihtele sen suuresti verrattuna MGMT sidottuja-DNA rakenne, osoittaa vakaa sidotun rakenteen kautta läheisessä yhteydessä tunnustusta jäämiä (Ala126, Ala127, Ala129, Gly131 ja Gly132), ja Ser93, Thr95, Gln115, Asn123, ja Ser151, vuorovaikutuksessa fosfaattiselkärankaan DNA [36] kuitenkin sillä radi hitaussädettä kirjattiin nostetaan johtuen mutaation ja siksi ehdottaa laajennetun kumosi proteiinin rakenne oletettavasti hankalasti siirtää arginiini sormi (intrahelical sijoitettu Arg128) sen kannan, joka on tehtävänä on edistää käännetään nukleotidista osaksi MGMT aktiivisen, mikä voisi heikentää huolellisuutta poistoon tarvittavan O ^{6-metyyliguaniini additiotuotteen DNA}

Muuta kuin me tiedämme, että jokainen aminohappo on oma hydrofobisuus-arvon, alkuperäisen villikannan jäämien ja hiljattain mutantti jäännös eroavat tätä ominaisuutta. Arvioida tämän käytimme g_sas työkalu, joka laskee hydrofobisia, hydrofiilisiä ja yhteensä SASA proteiinin ajan. Mutantti rakenne on suurempi SASA mikä korreloi aikaisemmassa havainto lisääntyneestä Rg mutantissa rakenne (S4 kuvio). Voit tarkistaa vaikutuksen Mu on MGMT rakenteen liitettynä DNA ATE ID: 1T39 [38], käytimme Discovery studio väri ja laskea hydrofobisuuden mukaan kyte-Dolittle asteikko (S5 kuvio). WT hydrofobisuus ja viisi jäännös liukuvan keskiarvon hydrofobisuus oli -0,8 ja 0,94 vastaavasti, kun taas vastaavat arvot Mu jäämiä olivat huomattavasti korkeammat 4,5 ja 2, mikä osoittaa, että Mu jäännös on enemmän hydrofobinen kuin p- jäännös. Indeksoidun poikkeama-arvojen mutanttiproteiinin hydrofobisuutta suhteessa paino- proteiini voi vaikuttaa syvällisesti stiochiochemistry vety sidoksen muodostuminen entsyymin ja DNA: n, kuten on ilmeistä S5 kuvion. Myöhemmin epäsuotuisa Entsyymi-DNA telakka voi johtaa ei-reagointikykyä entsyymin suhteen yhteistyökykyisistä toiminnallisuutta.

ymmärtämiseksi entistä mutaatio proteiinin dynamiikkaa, jaoimme tärkeitä aminohappoja mukana fyysisessä vuorovaikutuksessa DNA ja Mg ^{+ ioni klustereiksi (Kuva 4) riippuen niiden asemaa ja maksuja DNA telakka, pohja käännetään ja DNA korjaukseen [36]. Cluster1 sisälsi viisi aminohappojen johon DNA telakointi eli. SER93, PHE94, THR95, ASN123 ja LYS125. Cluster 2 sisälsi yhden aminohapon ARG 135 osallistuu myös DNA telakointi. Cluster 3 sisälsi kolme aminohappoa TYR114, GLN115 ja SER151 jossa TYR 114 on mukana pohja käännetään tarvitaan DNA: n korjaukseen ja kaksi muuta ovat rooleja DNA telakointi. Ryhmä 4, lisäksi sisältävät klusterin 3 aminohappoa, jotka sisältyvät CYS145 joka on aktiivisen kohdan MGMT, joka vastaa DNA: n korjaukseen. Cluster 5 koostuu kolme aminohappoa (CYS24, HIS29 ja HIS85), jotka kaikki ovat vuorovaikutuksessa Mg + ioni. g_rama työkalua käytetään tuottamaan phi /psi dihedral yhdistelmät valitaan klustereiden ja käytettiin laskemaan kulmien funktiona ajan. Heidän Ääriviivakaavioissa luotiin käyttäen energiaa minimit ymmärtää niiden liikkuvuutta (S6 kuvio). Kaikki valitut klusterit vaikutti mutaation SER151 ja ILE151. Ymmärtää vaikutus etenkin klusterin 3 ja 4, Psi /phi jakaumat liittyvät leimattu energia minimit piirrettiin (kuvio 5). Ero huippu alueella energian minimit voidaan havaita vastaavassa paino ja Mu klustereita, jolloin erottuva vaikutelman mahdollisten imparity DNA: n korjaukseen.}

syvempää ymmärrystä rakenteellisen vaihtelun havaittu tähän mennessä olemme tutkineet sisäisen vetysidoksen muodostumisen valitun klustereiden avulla g_hband työkalu, jonka tulokset on esitetty kuviossa 6. Kaikki klusterien valittu tämän analyysin osoittavat pienempi keskimääräinen vetysidosten lukumäärä kehystä kohti mutantti rakenteen odottaa Cluster 1. lisäys määrän keskimääräinen vetysidoksia kehystä kohti Ryhmä 1 on hoikka verrattuna muunnelmia vietämme. Yhteenlaskettu lasku keskimääräinen vetysiltamuodostuksen kehystä kohti on yhteistyössä suhteessa lisääntynyt RMSF ja Rg mutantti rakenteessa. Tuloksena syntyy tämä analyysi on kiistatta edellytä anomalia havaittiin asti nyt muutoksen sisäisessä vetysidoksen malli.

Ymmärtääksemme vaikutus tämän mutaation maailmanlaajuisten korreloivat liikkeitä atomi simulaatioita, PCA, matemaattinen tekniikka, joka on tehokas kuvaavat yleisesti taitto ja ei-taitto piirteitä proteiinia, käytettiin. Tekniikka tunnistaa hallitseva liikkeitä proteiinin uuttamalla pääasiallinen tilat mukana liikkeessä mukana molekyylin. Pääkomponentit proteiinin liikettä laskettiin kuten ominaisvektorit (Ev) massan painotettu kovarianssimatriisi proteiinin atomien. Laskenta Näiden arvojen suoritettiin käyttäen olennaista dynamiikka (ED) mukaisen menetelmän vakioyhteyskäytäntöä [39] sisällä käytettävissä Gromacs ohjelmistopaketti. Kaksi kahdeksan ensimmäisen Ev: n että tilin yli 85% liike kokonaisjärjestelmän valittiin analyysiin, projektio ajan ja RMSF vaihtelu, joka on esitetty kuvassa 7. Sekä Ev: n yhdistettiin yhdeksi lentorata; yhdistelmä tuotti yhteiset Principal Component (PC) ominaisvektorit paino- ja Mu MGMT, suoraa vertailua mahdollista eri järjestelmissä. Reitti saatiin käyttämällä g-COVAR ja g-anaeig of Gromacs apuohjelmia. Kuviossa 8 (A) ulokkeet, PC 1 vs. PC 2, molempien rakenteiden ennustetaan (musta paino /punainen Mu), klusterin saatu p- rakenne on vakaa, jos sillä projektio kahden ensimmäisen PC mutanttien kattaa suuri pinta-ala. Analysoida edelleen PC ennusteet, niiden vapaan energian pinnat piirrettiin (kuvio 8B), joka paljasti, että vakaus wt ajojakson on yhtenäinen ajan verrattuna Mu perustuu energian minimiä altaat muodostuu molempia. Rakenteita pienellä energian haettiin vapaan energian maisema eri ajankohtina. Rakenteet oikealla puolella jokaisen ulokkeen kuviossa 8 (C) PC ovat alusta simulointi vasemmalle yksi lähipään simulointi. Tämä analyysi oli ratkaiseva selvittämisessä vaarantunut vapaa energiamaisema Mu rakenne, havainto, joka lisäksi vahvistavia meidän aiempien tulosten, on lopullisesti hiljaista raju konformaatiomuutoksen Mu rakenne.

Johtopäätös

epäkohtia DNA korjaukseen ja syövän etiologia ovat synonyymejä siten, että se on esiintyminen mutaatio, joka on laajalti hyväksytty perustaksi syöpä. Mutaatio DNA korjaus proteiini, joka voi aiheuttaa toimintahäiriöitä (S7 kuvio) voidaan luoda pretumorigenic ympäristö ja voi auttaa syövän etenemisen missään vaiheessa. MGMT on yksi tärkeä DNA korjaukseen proteiini on keskeinen rooli ylläpitää genomista vakauden poistamalla O ^{6Methyleguanine adduktit. Siten merkittävä geneettinen polymorfismi tällä proteiinilla on vaikutusta syövän kehitykseen ja sen etenemistä. Koska mikään tutkimuksista ei asti mennessä on raportoitu mutaatioanalyysiin MGMT käyttää MDS, se on ensisijaisesti sai meidät tutkimaan mahdollisuutta MGMT on mutatoitunut luokiteltu populaation jossa kulutus sisältävien elintarvikkeiden korkeammat N-nitroso yhdisteet on yleinen ja mahalaukun syöpä on yleistä.}

käyttö molekyylidynamiikka tutkimaan vaikutusta uuden mutaation kodonissa ^{151 on antanut meille käsityksen arkkitehtuuri sekä rakenteiden atomitasolla yli ajaa 30 ns aikana . Vaikutus mutaatio ei rajoitu vain sen läheisyydessä, mutta myös iskeytyy kokonaisrakenteen mukaan lukien ylimääräiset elementit eri paikoissa proteiinin. Rakenteellinen siirtymät havaittu sekundaariosien, edistää romahdus rakenteellisen arkkitehtuurin Mu MGMT proteiinia. FEL saatu quasiharmonic analyysi (PCA) totesi myös, että mutaatio huomattavasti vaikuttaa vakautta MGMT ajan, tekijä, joka voi haitata normaalia stoikiometrinen muoti DNA korjauskelvottomiksi MGMT.}

tutkitaan eksonissa 5 näyttää liittyvän kuljettajan mutaatio, joka näyttää vaikuttavan DNA /proteiini vuorovaikutuksen tärkeä tekijä, joka voi vaikuttaa DNA telakka, pohja käännetään ja lopulta korjaus mekanismi, joka jos heikentynyt, saattaa myös aiheuttaa perimän laaja lisäys O ^{6 metyyli guaniini additiotuotteiden mikä lisää perimän epävakaisuuden.}

Materiaalit ja menetelmät

Eettinen

protokollat ​​/kokeet, joissa käytetään ihmisen näytteitä otettiin asianmukaisesti tutkinut ja hyväksynyt University ihmisen eettisen komitean (UHEC), VIT yliopisto, Vellore (UHEC-VIT /2011).

potilaille ja kudoksen keräys

yhteensä 30 potilasta diagnosoitu mahalaukun syöpä otettu Sheri-Kashmirin Institute Lääketieteen (kuorii), Srinagar katsottiin tutkimukseen. Leikkauspotilaiden ensisijaisena hoito eri vaiheissa taudin rekrytoitiin tutkimukseen heidän suostumuksellaan. Ominaisuudet tutkittiin potilaiden on lueteltu S2 taulukossa.

Tuumorinäytteet 5mm ^{3 irrotettiin kirurgisesti resekoitu yksilöt sisällä kasvain massa ilman marginaalia. Viereinen epäneoplastisis- näytteitä vastaavia ulottuvuus otettiin resektio marginaalin, noin 10 mm makroskooppisen kasvain reunan ja vahvistettiin myöhemmin hyvänlaatuinen rutiininomaisella histopatologian klo kuorii. Yhteensä 30 kasvaimen ja 30 normaalia kudosta kerättiin ja säilytettiin -80 ° C ° C: ssa analyysiin asti.}

DNA: n uutto ja Polymerase Chain Reaction

DNA uutettiin 2 mm ^{3 kudosnäytteitä käyttämällä DNA: n eristämiseksi pakki (Hi Pura Mammalian Perimän DNA Isolation Kit-HiMedia). Keskittyminen ja laadun DNA mitattiin rutiininomaisesti spectrophotometeric analyysi. Monistaminen eksoni 5 alueilla MGMT eksonin, suoritettiin gradientilla minicycler (Eppendorf) on 25 ui reaktioseoksessa, joka sisälsi 1 ui (400 ng /ul) genomista DNA: ta, DNA-polymeraasi {1X PCR-puskuria (200 mM Tris HCI, 200 mM KCI, 50 mM (NH4) 2SO 4) mukana 25 mM MgCI2, Fermentas}, Nuclease vapaata vettä ja 1 ui eteenpäin (5'-GCCCGTGCAGGTACGGTCTT-3 ') ja reverse (5'-AGCTCCCGCTCCCTTGAGCC-3') alukkeina kussakin. Hehkutus lämpötila oli optimoitu 65,5 ° C: ssa. Helpottaa Polymerase Chain Reaction (PCR) tuotteiden analyysi mutaatio, PCR-tuote sekvensointi suoritettiin.}

SNP Damage Prediction.

vaurioita ennustaminen polymorphisim suoritettiin käyttäen SIFT [40] , Polyphen-2 [41], PhD-SNP [42], MutPred [43], SNAP [44], SNP & Mene [45] ja PoPMuSiC [46].

molekyylidynamiikkasimulaatioita simulointi

MDS tutkimukset suoritettiin Gromacs 4.5.3 paketti [47]. Sillä paino- MGMT ATE rakenne 1QNT [48] käytettiin lähtö- rakenteen MDS. Accelrys Discovery Studio [49] käytettiin tekemään yksittäinen pistemutaatio villi tyyppinen rakenne. Sekä, p- ja Mu MGMT levitettiin GROMOS96 43a1 voimakenttä ja sitten laitetaan malli ennalta tasapainotettu vesihauteessa ja vastaionit lisättiin saavuttaa neutraalia laatikko käyttämällä "Genion" työkalu, joka tulee yhdessä Gromacs paketti. Liuotinmolekyylit lakkasi alkuperäiseen asentoon voimalla rajoittaa, on 100 kcal /mol 5000 vaiheet ennen kuin sille energiaminimointi 5000 iterointia. Lämpötilan säätämiseksi laatikon sisällä, Berendsen lämpötila kytkin menetelmä [50] käytettiin. Sähköstaattisia vuorovaikutuksia laskettiin käyttäen Particle Mesh Ewald menetelmä [51]. Ionisoivan tila tähteistä, paine ja muut parametrit asetettiin vakiovalikoiman. Sitoutumattomien pari luettelo on päivitetty jokaisen 10 askelta ja konformaation säilytettiin välein 2 pico sekuntia (ps). Sijoitus turvalaitteen simulointi 500 ps toteutettiin sallimaan liuottimen molekyylien syöttää onkaloon alueen rakenteen. Lopuksi järjestelmä saatettiin MDS 30 nano sekuntia (ns). Tehollisarvo Poikkeama (RMSD), Root Mean Square vaihtelu (RMSF), liuottimelle pinta-ala (SASA), jäyhyyssäde (Rg) ja PCA tehtiin käyttäen sisäänrakennettu Gromacs työkaluja. g_hbond käytettiin laskettaessa useita eri vetysidoksia muodostuu erityisiä jäämien muita aminohappoja proteiinin sisällä aikana simulaatiot (NH bond). g_sham käytettiin laajasti saamiseksi vapaa energiamaisema. Käyrät piirrettiin käyttäen Grace GUI Toolkit 5.1.22 versio samalla kun vapaa energia maisemat piirrettiin käyttämällä gnuplot 4.6.0 versio. Kaikki visualisointeja suoritettiin käyttäen Pymol, Ligplus, VMD [52] ja kuvaajia piirrettiin käyttäen Grace Program [53] ja Gnuplot. Liikeradat analysoitiin käyttämällä sisäänrakennettu työkalu Gromacs jakeluun.

tukeminen Information
S1 Kuva. a) edustaja kromatogrammi ÄLYPELIT eksonin 5 esittää yhden emäsparin, G > T asemassa 151, kuten on osoitettu nuolella neoplastisissa kromatogrammissa.
b) rinnastus eksonin 5-sekvenssin, joka monistettiin neoplastisten ja ei-neoplastisten kudoksen (viereinen normaali) kanssa villin tyypin (viite-sekvenssi hankittiin NCBI) on käännetty ja SNP kartoitettu osoitettiin muuttaa of Serine osaksi Isoleucine.
doi: 10,1371 /journal.pone.0127741.s001
(TIF)
S2 Kuva. (A) Keskimääräinen tertiaarirakenteisiinsa värillinen mukaan Bfactor arvot (b) Keskimääräinen Toissijainen rakenne edustus molempien rakenteita.
Doi: 10,1371 /journal.pone.0127741.s002
(TIF)
S3 Fig. (A) säteet hitaussädettä paino- ja Mu MGMT näytetään erikseen.

(b) Rg kaikkien atomien paino- ja Mu MGMT versus aika 300K.
Paino- on represted Black ja Mu Green.
doi: 10,1371 /journal.pone.0127741.s003
(TIF)
S4 Fig. Liuotinpääsyisellä pinta-ala paino (musta) ja Mu (vihreä) MGMT ajan 300 K: ssa.
Doi: 10,1371 /journal.pone.0127741.s004
(TIF)
S5 Fig. Värivaihtelu (Surface proteiinin mukaan kyte-Doolittle asteikko) on mutatoitunut alue ja graafinen esitys vaihtelua kyte-Doolittle mittakaavassa yhden aminohapon ja viisi keskimääräinen käyntiaika hydrofobisuus sekä paino- ja Mu MGMT.
Doi: 10,1371 /journal.pone.0127741.s005
(TIF)
S6 Fig. Aika riippuvainen Ramachandran Contour tontti kaikkien valittujen klustereiden ajan, kukin viiva, joka osoittaa siirtymistä 1.
doi: 10,1371 /journal.pone.0127741.s006
(TIF)
S7 Fig. Kuvin GC: AT Transition heikentynyt MGMT.
Doi: 10,1371 /journal.pone.0127741.s007
(TIF) B S1 Taulukko. Polymorfismi Prediction eri palvelimilla.
Doi: 10,1371 /journal.pone.0127741.s008
(DOCX)
S2 Taulukko. Ominaisuudet Study aiheet.
Doi: 10,1371 /journal.pone.0127741.s009
(DOCX) B

Kiitokset

Tekijät haluavat tunnustaa tohtori Daniele Granata hänen kind tuloa vapaan energian maisemiin.

• PLoS ONE: mahasyöpäriski mukaan Vesi Lähde: Todisteet Golestan tapauskontrollitutkimuksessa
• PLoS ONE: Reverse välinen korrelaatio MicroRNA-145 ja FSCN1 vaikuttavat mahasyövän Migration and Invasion