PLoS ONE: Atomic Inzicht in de Altered O6-methylguanine-DNA-methyltransferase Protein Architectuur bij maagkanker

Abstract

O ^{6-methylguanine-DNA methyltransferase (MGMT) is één van de belangrijkste DNA-reparatie eiwit dat de alkalyting agent-geïnduceerde DNA-schade door het vervangen van O 6-methylguanine tegengaat ( mutageen laesie) terug naar guanine, uiteindelijk het onderdrukken van de mismatch fouten en dubbele streng crosslinks. Exon veranderingen in de vorm van nucleotide polymorfisme kan resulteren in veranderde eiwitstructuur die op hun beurt kunnen leiden tot het verlies van functie. In de huidige studie, hebben we ons gericht op de bevolking vreesde voor hoge blootstelling aan alkylerende agentia vanwege hun typische en gespecialiseerde voedingsgewoonten. Daartoe maagkankerpatienten samengevoegd uit de populatie werden geselecteerd voor de mutatie screening van een specifieke foutgevoelige regio MGMT gen. We vonden dat bijna 40% van de onderzochte monsters neoplastische geherbergd missense-mutatie op codon 151 resulteert in Serine aan Isoleucine variatie. Deze variatie heeft geleid tot de totstandbrenging van de structurele stoornis, vervolgens daarop een grote stoichiometrische variatie in herkenningsdomein, substraatbinding en selectiviteit lus van de actieve plaats van het MGMT eiwit, waargenomen bij een virtuele microscoop van moleculaire dynamica simulatie (MDS). De atomaire inzicht MGMT eiwit door berekeningsaanpak een significante verandering in de intra- moleculaire waterstofbinding patroon, hetgeen leidt tot de waargenomen structurele afwijkingen. De mutationele gevolgen voor regulerende stekkers van MGMT dat het eiwit in een DNA-Binding blijft staan ​​verder te onderzoeken, werd een MDS gebaseerde analyse uitgevoerd op alle bekende fysisch interacterende aminozuren wezen geclusterd in groepen op basis van hun positie en functie. De resultaten die door fysisch-functionele clustering eiwit gaf aan dat de geïdentificeerde mutatie in de nabijheid van de actieve plaats van MGMT eiwit veroorzaakt dat de lokale en globale destabilisatie van een eiwit door ofwel het elimineren van de stabiliserende zoutbrug cluster C3, C4 en C5 of door het plaatselijk destabiliserende "eiwitstabiliserende hing" afgebeeld op C3-C4 cluster, voorafgaand aan de actieve plaats}

Citation:. Chikan NA, Bukhari S, Shabir N, Amin A, S Shafi, Qadri RA, et al. (2015) Atomic Inzicht in de Veranderde O ^{6-methylguanine-DNA-methyltransferase Protein Architectuur bij maagkanker. PLoS ONE 10 (5): e0127741. doi: 10.1371 /journal.pone.0127741}

Academic Editor: Reiner Albert Veitia, Institut Jacques Monod, FRANCE

Ontvangen: 16 december 2014; Aanvaard: 19 april 2015; Gepubliceerd: 26 mei 2015

Copyright: © 2015 Chikan et al. Dit is een open toegang Artikel gedistribueerd onder de voorwaarden van de Creative Commons Attribution License, die onbeperkt gebruik, distributie en reproductie maakt in elk medium, op voorwaarde dat de oorspronkelijke auteur en de bron worden gecrediteerd

Data Beschikbaarheid: Alle relevante gegevens zijn binnen het papier en de Ondersteunende informatie bestanden

financiering:. het onderzoek werd gefinancierd door de VIT University research associate subsidie ​​en de financiering agentschap had geen rol in de studie design, het verzamelen van gegevens en analyse, besluit te publiceren, of het preparaat van het manuscript

Competing belangen. de auteurs hebben verklaard dat er geen tegenstrijdige belangen bestaan ​​

Introductie

Hoewel afneemt, de ziekte van maagkanker, volgens GOLOBOCON 2012 is. nog steeds de derde belangrijke oorzaak van kanker sterfgevallen wereldwijd [1, 2]. In de pathogenese van deze ziekte, verschillende genetische en moleculaire veranderingen plaatsvinden waardoor de maligne transformatie van maagslijmvlies [3]. Deze transformatie is een meerstappenprocedure dat de afwijkingen in belangrijke cellulaire functies zoals DNA herstel, hechting, signaaltransductie, celdifferentiatie en anderen [4,5] meebrengt. Alkylerende carcinogenen zoals dimethylnitrosamine, methyl nitrosoureum (NMU), N-methyl-N'-nitro-N-nitroguanidine etc. leiden tot de vorming van O ^{6-methylguanine, een DNA adduct waarvan de aanwezigheid leidt tot inductie van mutaties ( G: C-A: T transitie) en leidt tot de ontwikkeling van kanker [6-10]. MGMT
is het enzym dat verantwoordelijk is voor de reparatie O 6-methylguanine adducten [11-13]. MGMT is een suïcidale enzym dat een methylgroep van de O 6-positie van guanine en transporteert deze naar zijn eigen cystine residu op codon 145 in het eiwit verwijdert, aldus zelf inactiveren bij het repareren guanine [14]. Onder de blootstelling van NMU zijn MGMT-defectieve muizen waargenomen kanker [15] te ontwikkelen, terwijl transgene muizen die extra kopieën van het vreemde MGMT gen minder vatbaar voor de ziekte waren [16] .De, genetisch polymorfisme van dit enzym blijkt een mogelijke risicofactor voor kanker [17-22] zijn. Deze studie richt zich dus op mutatiepatronen profilering van foutgevoelige regio Exon 5 van MGMT dat codeert voor de actieve plaats van het eiwit, nl actieve plaats omringd door domeinen verantwoordelijk voor vasthouden DNA [13]. De representatieve populatie van maagkanker patiënten die is geselecteerd voor deze studie presenteert een uniek cohort wezen wordt in hoge mate blootgesteld aan de voeding alkylerende middelen [6, 23-28].}

Het gebruik van Insilico
technieken om het effect van polymorfisme op eiwitstructuur en dynamica begrijpen is in de praktijk en een overvloed aan werk verzet dienaangaande [29-32]. De computer aided voorspelling methoden met behulp van evolutionaire en de structuur gebaseerd voorspelling geeft een inzicht in de schadelijke vermogen van het polymorfisme [33]. De moleculaire dynamica kan worden gebruikt om de conformatieveranderingen het polymorfisme kunnen veroorzaken in het eiwit te observeren. Deze conformationele verandering in de driedimensionale structuur van eiwitten kunnen beïnvloeden de fysiologische affiniteiten en verschillende biochemische route interacties. Om het effect van de mutatie op evolutionaire en atomair niveau onderzoeken Insilico voorspellingen met verschillende servers en MDS de wildtype (wt) en mutante (Mu) MGMT eiwit werd uitgevoerd. Voor MDS eiwit trajecten en atomaire interactie analyse Gromacs ingebouwde instrumenten werden gebruikt. Hoofdcomponentenanalyse (PCA) werd uitgevoerd om de flexibiliteit van beide structuren te schatten. Vrije energie landschappen (FEL) van inheemse en Mu MGMT werden ook onderzocht om het effect van de mutatie te begrijpen.

Resultaten en discussie

De Exon 5 segment van MGMT-gen, werd met succes versterkt uit alle monsters . Amplicons na sequencing toonde een transversie mutatie in codon 151AGC, waarvan de sequenties zijn om GeneBank lager toegangsnummers KM000795 en KM000796 ingediend. De in silico tools om de mogelijke schadelijke effecten van de mutatie te bestuderen werden zorgvuldig geselecteerd, zodat elke factor wordt onderzocht en dubbel gecontroleerd door andere tool die verschillende algoritme gebruikt. De data van de servers die worden gebruikt in ons onderzoek worden in tabel S1, waar algoritme werken en criteria voor voorspelling wordt gegeven. Geselecteerde server voorspelt de mutatie te schadelijk zijn. De MDS simulatie trajecten voor 30ns lopen voor wt en mutant eiwit werden geanalyseerd op grote schaal gebruik van gromacs ingebouwde hulpmiddelen. S1 figuur toont een nsSNP op codon 151 dat leidt tot een missense-mutatie van Ser naar Ile, anders in zijn wildtype vorm helpt bij eiwit-DNA interacties [34-36]. Zoals getoond in figuur 1, wtMGMT (PDBID: 1T39). SER 151, naast het maken van normale elektrostatische wisselwerking met thymine vormde ook twee waterstofbindingen met het via amidestikstof

Figuur 2 toont de foto van zowel wt en Mu structuren op verschillende tijdstippen, het bepalen van de samenvatting van het effect van de mutatie op de structurele dynamiek van MGMT. Van snelle schoten, de Mu structuur uitzondering onthullend uitgebreide conformatie, vormde ook helische conformatie bij aminozuur nummer 87-90, geven een idee dat de mutatie de structurele dichtheid van het eiwit, die de beurt tot gevolg heeft aangetast en aberraties conformatie niet begunstigen met een aanzienlijke structurele verschuiving die is cruciaal in het veroorzaken van ter ziele gegane eiwitfunctie [37]. Na visuele analyse werd g_rms instrument gebruikt om de RMSD berekenen eiwit bevat, met het starten structuur als referentie. De mutant structuur toonde abrupte verhoging in RMSD ongeveer 17 ns. Het observeren van de afwijking op het structuurniveau, vonden we dat spiraalvormige lus en inhoud van de mutant structuur gevarieerd (Figuur 3A). De RMSD van het gemiddelde in de tijd wordt aangeduid als RMSF, g_rmsf werd gebruikt om de atomaire standaarddeviatie en observatie berekenen, de Mu structuur werden hogere flexibiliteit. De RMSF van beide structuren een lichte verandering bij residu 151, maar aanzienlijk variëren in een eiwit lusgebied van 27-53 (figuur 3B), waarbij de resultante van een intermoleculaire interactie lange afstand tertiaire variatie kan zijn. In r_rmsf tool is de optie-OQ gebruikt om de RMSF waarde in B Factor waarden en impliciete ze op de gemiddelde structuur (blauw die de meest stabiele en rode meest fluctuerende) om te zetten. De vergelijkende B factor projectie (S2A figuur) op wt en Mu MGMT geeft voornamelijk fluctuaties variaties binnen de gemiddelde structuur, geeft ons een inzicht in de verandering in de fluctuerende patroon tussen de twee structuren. De kleuring patroon is standaard variërend tussen de blauw naar rood. Een significante verandering waargenomen in fluctuatie Mu structuur waarnaast de gemiddelde secundaire structuur weergave (Fig S2B) aanzienlijke verschillen wat weer betekent dat de Mu nadelig DNA reparatie kan worden.

De vorm van het eiwit te analyseren bij elke bepaald tijdstip G_ gyrate instrument werd gebruikt, waarbij de traagheidsstraal van een groep atomen langs de x-, y- en z-as berekend als functie van de tijd. Onze resultaten tonen aan het grote afwijking in traagheidsstralen in Mu structuur, ging na 17 ns draaien (Fig S3). Hoewel zoals bekend dat de MGMT structuur niet varieert met de grote mate vergeleken met-MGMT gebonden DNA structuur duiden op stabiele gebonden structuur door nauwe associatie van residuen herkenning (Ala126, Ala127, Ala129, Gly131 en Gly132) en Ser93, Thr95, Gln115, Asn123 en Ser151, interactie met het fosfaat skelet van DNA [36] maar sinds de radi traagheidsstraal opgenomen worden verhoogd door de mutatie en daarom suggereren de geëxpandeerde gekanteld eiwitstructuur vermoedelijk onhandig verschuift de Arginine vinger (intrahelical gepositioneerd Arg128) van zijn plaats, die verantwoordelijk is voor het bevorderen van het wegknippen van nucleotide in de MGMT actieve plaats, waardoor de zorgvuldigheid die nodig is voor het verwijderen van O ^{6-methylguanine adduct van DNA}

Verder als nadelig zou kunnen zijn we weten dat elk aminozuur zijn eigen hydrofobiciteit-waarde, de oorspronkelijke wildtype residu en nieuw geïntroduceerde mutante residuen verschillen deze eigenschap. Om dit te evalueren, gebruikten we g_sas tool die hydrofobe, hydrofiele en totale SASA van het eiwit berekent na verloop van tijd. De mutant structuur groter SASA correleert met onze eerdere bevindingen van verhoogde Rg in mutant structuur (Fig S4). Om het effect van de Mu op de MGMT structuur aangemeerd met DNA VOB ID controleren: 1T39 [38], gebruikten we Discovery studio te kleuren en bereken de hydrofobiciteit volgens Kyte-Dolittle schaal (S5 Fig). Het gew hydrofobiciteit en vijf residu lopend gemiddelde hydrofobiciteit waren -0,8 en 0,94 respectievelijk, terwijl de overeenkomstige waarden voor Mu residu aanzienlijk hoger op 4,5 en 2 waren, daarmee aangevend dat Mu residu meer hydrofoob is dan de gew residu. De geïndexeerde afwijking in de waarden van mutante eiwit hydrofobiciteit opzichte van het wt eiwit kan diepgaand beïnvloeden de stiochiochemistry van waterstofbrug vorming tussen het enzym en DNA, zoals blijkt uit S5 Fig. Vervolgens kan de ongunstige Enzyme-DNA docking leiden tot niet-reactiviteit van het enzym ten opzichte van zijn coöperatieve functionaliteit.

Om het begrip van de mutaties op eiwitdynamica verder, verdeelden we belangrijke aminozuren betrokken bij fysieke interactie met DNA en Mg ^{+ ionen in clusters (figuur 4) afhankelijk van hun positie en bijdragen DNA docking base flipping en DNA herstel [36]. Cluster1 bevatte vijf aminozuren waarbij in DNA docking nl. SER93, PHE94, THR95, ASN123 en LYS125. Cluster 2 bevatte enkel aminozuur ARG 135 ook betrokken bij DNA-docking. Cluster 3 bevatte drie aminozuren TYR114, GLN115 en SER151 waarbij TYR 114 betrokken is bij base zonder bladeren voor herstel van DNA en de andere twee hebben rollen in DNA docking. Cluster 4, behalve dat cluster 3 aminozuren, bevatten CYS145 die een actieve plaats van MGMT, verantwoordelijk voor herstel van DNA. Cluster 5 bestaat uit drie aminozuren (CYS24, HIS29 en HIS85) die allemaal samenwerken met Mg + ion. g_rama instrument werd gebruikt om phi /psi V-vormige combinaties van geselecteerde clusters genereren en werd gebruikt om de hoeken als functie van de tijd te berekenen. Hun contour plot werd gegenereerd met behulp van energie minima die hun respectievelijke mobiliteit (S6 figuur) te begrijpen. Alle geselecteerde clusters werden beïnvloed door de mutatie van SER151 naar ILE151. Om het effect vooral op de cluster 3 en 4 te begrijpen, werden de Psi /phi uitkeringen met betrekking tot de gemerkte energie minima uitgezet (Figuur 5). Het verschil in de piek gebied van energie minima kan worden waargenomen in de overeenkomstige wt en Mu clusters, waardoor onderscheidende indruk van de mogelijke ongelijkheid in DNA-herstel.}

Voor dieper inzicht in de structurele variatie waargenomen tot nu toe hebben we gekeken naar vorming intra waterstofbinding van de geselecteerde clusters behulp g_hband gereedschap, waarvan de resultaten zijn getoond in figuur 6. Alle geselecteerde clusters voor deze analyse blijkt de daling gemiddelde aantal waterstofbindingen per frame mutant structuur verwacht cluster 1. verhoging het gemiddelde aantal waterstofbindingen per frame in Cluster 1 is dun in vergelijking met de verschillen die we waarnemen. De totale vermindering van de gemiddelde waterstofbrug vorming per frame in co-verband met verhoogde RMSF en Rg in mutant structuur. Het resultaat wordt gegenereerd door deze analyse is overtuigend meebrengt de anomalie waargenomen nu tot en met de verandering in intra waterstofbrug patroon.

Om het effect van deze mutatie op de wereldwijde gecorreleerde bewegingen in atomaire simulaties te begrijpen, PCA, een wiskundige techniek die is efficiënt bij het karakteriseren van de algemene vouwing en niet-vouwing gebruik van eiwit, werd gebruikt. De techniek identificeert dominante bewegingen in het eiwit door extractie belangrijkste functies betrokken bij de bij het molecuul beweging. De belangrijkste elementen van eiwit beweging werden berekend als de eigenvectoren (EV) van de massa gewogen covariantiematrix eiwit atomen. De berekening van deze waarden werd uitgevoerd met essentiële dynamiek (ED) Werkwijze volgens standaard protocol [39] binnen het GROMACS softwarepakket. Twee van de eerste acht Ev die goed zijn voor meer dan 85% beweging van gehele systeem werden geselecteerd voor analyse, het uitsteeksel in de tijd en RMSF constant is weergegeven in figuur 7. Zowel de LW werden samengevoegd tot één enkele baan; de combinatie die een gemeenschappelijke set van Principal Component (PC) eigenvectoren voor wt en Mu MGMT, waardoor directe vergelijking mogelijk tussen de verschillende systemen. De trajecten werden verkregen met behulp van g-COVARIANTIE en G-anaeig van gromacs nutsbedrijven. In figuur 8 (A) de uitsteeksels, PC 1 PC vs. 2, van beide structuren geprojecteerd (zwart gew /rood Mu), de verkregen structuur gew cluster stabiel is, waarbij het uitsteeksel op eerste twee PC van mutant omvat een groot gebied. Te onderzoeken welke PC uitsteeksels, werden hun vrije oppervlaktespanning uitgezet (figuur 8B), waaruit bleek dat de stabiliteit van wt via run uniform is over de tijd in vergelijking met Mu basis van de energieminima bekkens gevormd door beide. De structuren met een minimum aan energie werden opgehaald uit de vrije energie land scape op verschillende tijdstippen. De structuren aan de rechterkant van elk uitsteeksel in figuur 8 (C) PC zijn vanaf het begin van de simulatie om de linker van het nabije einde van de simulatie. Deze analyse was cruciaal in het ophelderen van de gecompromitteerde vrije energie landschap van Mu structuur, een observatie dat naast bevestigende met onze eerdere resultaten, heeft overtuigend impliceerde een drastische conformationele verandering in Mu structuur.

Conclusie

ongerijmdheden DNA herstel en kanker etiologie synoniemen zodanig dat het de aanwezigheid van de mutatie die ruim basis van kanker is aanvaard. Een mutatie in een DNA-reparatie eiwit dat zijn functie (S7 figuur) zouden kunnen aantasten kan pretumorigenic omgeving te creëren en kan helpen bij de progressie van kanker in elk stadium. MGMT is een van de belangrijkste DNA-reparatie eiwit een essentiële rol bij het handhaven van genomische stabiliteit door het verwijderen van O ^{6Methyleguanine adducten. Zo zal een significante genetische polymorfisme in deze eiwitten een effect op de ontwikkeling van kanker en progressie. Aangezien geen van de studies tot datum mutatie-analyse van MGMT gebruik van MDS heeft gemeld, is het in de eerste plaats voor ons aanleiding om te kijken naar de mogelijkheid van MGMT wordt gemuteerd in een geklasseerd populatie waar de consumptie van voedingsmiddelen met hogere niveaus van N-nitrosoverbindingen komt veel voor en de maag kanker heerst.}

het gebruik van moleculaire dynamica om het effect van nieuwe mutatie op studeren codon ^{151 heeft ons een inzicht in de architectuur van zowel de structuren gegeven op atomair niveau over een run van 30 ns periode . Het effect van de mutatie werd niet alleen beperkt tot de omgeving, maar ook van invloed was op algemene structuur waaronder secundaire elementen op verschillende locaties van het eiwit. De structurele overgangen waargenomen in secundaire elementen, bevordert de ineenstorting van de structurele architectuur van Mu MGMT eiwit. De FEL verkregen door quasiharmonic analyse (PCA), ook geconcludeerd dat de mutatie aanzienlijk de stabiliteit van het MGMT loop van de tijd beïnvloedt, een factor die de normale stoichiometrische mode van DNA-herstel kan belemmeren van MGMT.}

De verkend mutatie in exon 5 lijkt te worden geassocieerd met chauffeur mutatie, die lijkt te beïnvloeden DNA /eiwit interactie, een belangrijke factor die van invloed kunnen DNA-docking, basis flippen en uiteindelijk te herstellen mechanisme, dat indien aangetast, kan ook leiden tot het gehele genoom toename van O ^{6 methyl guanine adducten leidt tot verhoging van genomische instabiliteit.}

Materialen en methoden

ethische verklaring

de protocollen /experimenten met het gebruik van menselijke specimens werden naar behoren onderzocht en goedgekeurd door de Universiteit Human ethische Commissie (UHEC), VIT University, Vellore (UHEC-VIT /2011).

patiënten en weefsel collectie

Een totaal van 30 patiënten met maagcarcinoom toegelaten tot Sheri-Kashmir Institute Medische Wetenschappen (scheert), Srinagar werden beschouwd voor de studie. Patiënten chirurgie als primaire behandeling in verschillende stadia van de ziekte werden gerekruteerd voor de studie met hun toestemming. De kenmerken van de onderzochte patiënten worden weergegeven in tabel S2.

Tumormonsters 5mm ^{3 werden uit chirurgisch resectiepreparaten binnen de tumormassa, exclusief de marge. Naburige niet-neoplastische monsters vergelijkbare afmeting werden uit de resectierand ongeveer 10 mm van de rand macroscopische tumor en vervolgens bevestigd door goedaardige routinematige histopathologie bij scheert. Een totaal van 30 tumor en 30 normale weefselmonsters werden verzameld en opgeslagen bij -80 ° C tot analyse.}

DNA-extractie en Polymerase Chain Reaction

DNA werd geëxtraheerd uit 2mm ^{3 weefselmonsters met behulp van DNA-extractie kit (Hi Pura Mammalian Genomic DNA Isolation kit-himedia). Concentratie en kwaliteit van DNA werd gemeten door routine spectrophotometeric analyse. Amplificatie van de Exon 5 gebieden van het MGMT exon, werd in verloop minicycler (Eppendorf) in een 25 ui reactiemengsel dat 1 pl uitgevoerd (400 ng /gl) genomisch DNA, DNA polymerase {1X ​​PCR-buffer (200 mM Tris HCl, 200 mM KCl, 50 mM (NH4) 2 SO4) met 25 mM MgCl2, Fermentas} nuclease vrij water en 1 pl voorwaartse geleverd (5'GCCCGTGCAGGTACGGTCTT-3 ') en omgekeerde (5'- AGCTCCCGCTCCCTTGAGCC-3') primers elk. De hybridisatietemperatuur werd geoptimaliseerd bij 65,5 ° C. Om Polymerase Chain Reaction (PCR) productanalyse voor mutatie te vergemakkelijken, werd PCR-product sequencing uitgevoerd.}

SNP Damage Voorspelling.

De schade voorspelling van de polymorphisim werd met behulp van SIFT [40] uitgevoerd , Polyphen-2 [41], PhD-SNP [42], MutPred [43], SNAP [44], SNPs & Ga [45] en popmuziek [46].

Moleculaire dynamica simulatie

MDS studies werden uitgevoerd door Gromacs 4.5.3 pakket [47]. Voor gew MGMT, de VOB structuur 1QNT [48] werd gebruikt als basis structuur voor MDS. Accelrys Discovery Studio [49] werd gebruikt om de enkele puntmutatie op de wildtype structuur is. Zowel wt Mu MGMT werden toegepast GROMOS96 43a1 krachtveld en vervolgens in een model van een vooraf geëquilibreerd waterbad en tegenionen toegevoegd aan een neutrale doos met de "Genion" tool die wordt geleverd samen met Gromacs pakket bereiken. Oplosmiddelmoleculen teruggehouden in de uitgangspositie met een kracht inperken van 100 kcal /mol voor 5000 stappen alvorens te worden onderworpen aan energieminimalisering 5000 iteratie. Voor het regelen van de temperatuur in de box, Berendsen temperatuur koppelingsmethode [50] werd gebruikt. Elektrostatische interacties werden berekend met behulp van de Particle Mesh Ewald methode [51]. Ioniserende toestand van de residuen, druk en andere parameters werden in het standaard assortiment. Niet-gebonden paar lijst is bijgewerkt na elke 10 stappen en conformaties om de 2 pico seconden (ps) werden opgeslagen. Positie terughoudendheid simulatie voor 500 ps werd geïmplementeerd om oplosmiddel moleculen aan de holte regio structuur in te voeren. Tenslotte werd systeem onderworpen aan MDS 30 nanoseconden (ns). Root Mean Square Deviation (RMSD), Root Mean Square Fluctuation (RMSF), Solvent Accessible Oppervlakte (SASA), werden gyrostraal (Rg) en PCA uitgevoerd door het gebruik van ingebouwde gromacs gereedschap uitgevoerd. g_hbond werd gebruikt om het aantal afzonderlijke waterstofbindingen gevormd met specifieke resten van andere aminozuren in het eiwit gedurende simulaties (NH binding) berekend. g_sham werd uitgebreid gebruikt om vrije energie landschap te verkrijgen. Grafieken werden uitgezet met behulp van Grace GUI toolkit 5.1.22 versie tijdje als vrije energie landschappen werden uitgezet met behulp van gnuplot 4.6.0 versie. Alle visualisaties werden uitgevoerd met behulp van PyMOL, Ligplus, VMD [52] en grafieken werden uitgezet met behulp van Grace Program [53] en gnuplot. Trajecten werden geanalyseerd met behulp van de ingebouwde functie in de GROMACS distributie.

Ondersteunende informatie
S1 Fig. a) Een representatief chromatogram van MGMT exon 5 toont de enkel basepaar, G >. T op positie 151 zoals aangeduid door een pijl in de neoplastische chromatogram
b) Uitlijning van exon 5 sequentie die is geamplificeerd van neoplastische en niet-neoplastische weefsel (grenzend normaal) met die van wild-type (Referentie-sequentie overgenomen van NCBI) werd vertaald en de SNP in kaart gebracht werd aangetoond dat het veranderen van Serine in Isoleucine
doi:. 10.1371 /journal.pone.0127741.s001
(TIF)
S2 Afb. (A) Gemiddeld Tertiair structuren gekleurd volgens Bfactor waarden (b) Gemiddeld Secundaire structuur vertegenwoordiging van beide structuren
doi:. 10.1371 /journal.pone.0127741.s002
(TIF)
S3 Fig. (A) traagheidsstralen van wt en Mu MGMT afzonderlijk vermeld.

(b) Rg van alle atomen van wt en Mu MGMT versus tijd bij 300K.
Gew wordt represted door Black en Mu door Green.
doi: 10.1371 /journal.pone.0127741.s003
(TIF)
S4 Fig. Oplosmiddel Toegankelijk Oppervlakte van wt (zwart) en Mu (groen) MGMT loop van de tijd bij 300K
doi:. 10.1371 /journal.pone.0127741.s004
(TIF)
S5 Fig. Variatie in kleur (oppervlakte van eiwit volgens Kyte-Doolittle schaal) aan gemuteerde gebied en de grafische weergave van de variatie in Kyte-Doolittle schaal enkel aminozuur en vijf gemiddelde verloop hydrofobiciteit van zowel wt en Mu MGMT
doi:. 10.1371 /journal.pone.0127741.s005
(TIF)
S6 Fig. Tijdsafhankelijke Ramachandran Contour plot van alle geselecteerde clusters na verloop van tijd, elke lijn met de overgang van 1.
doi: 10.1371 /journal.pone.0127741.s006
(TIF)
S7 Fig. Schilder Vertegenwoordiging van GC: AT Transition door een verminderde MGMT
doi:. 10.1371 /journal.pone.0127741.s007
(TIF)
S1 Table. Polymorfisme Voorspellen met behulp van verschillende servers
doi:. 10.1371 /journal.pone.0127741.s008
(docx)
S2 Table. Kenmerken van de proefpersonen
doi:. 10.1371 /journal.pone.0127741.s009
(docx)

Dankwoord

De auteurs willen graag Dr. Daniele Granata erkennen voor zijn soort ingangen op vrije energie landschappen.

• PLoS ONE: Risico van maagkanker door Water Bron: Bewijs uit de Golestan Case-Control Study
• PLoS ONE: Reverse Correlatie tussen MicroRNA-145 en FSCN1 invloed maagkanker Migratie en Invasion