PLoS ONE: Atomic Uvid u izmijenjenom O6-Methylguanine-DNA-metiltransferaze Protein arhitekture u rak želuca

Sažetak pregled

U ^{6-methylguanine-DNA mctiltransfcrazu (MGMT) je jedan od glavnih popravka DNA protein koji djeluje suprotno alkalyting sredstvo izazvanog oštećenja DNA, zamjenjivanjem O 6-methylguanine ( mutagene lezija) natrag u gvanin, na kraju suzbijanju neusklađenost greške i dvostruke uzvojnice poprečnih veza. Exonic promjene u obliku nukleotida polimorfizam može rezultirati promijenjenom strukture proteina koji zauzvrat može dovesti do gubitka funkcije. U ovom istraživanju, usredotočeni smo na stanovništvo strahuje za visoke izloženosti alkilirajuća sredstva zahvaljujući svojim tipičnim i specijaliziranih prehrambenim navikama. U tu svrhu, pacijenti s rakom želuca izvukli iz stanovništvo su odabrani za mutacije projekciju određenog pogreške skloni regiji MGMT gena. Otkrili smo da je gotovo 40% proučavanih maligne uzoraka gajili missens mutaciju kodona 151 je rezultiralo u Serin u izoleucin varijacija. Ova varijanta je rezultiralo u stvaranju strukturne nereda, a potom je uslijedila u veliku stehiometrijskog varijance u prepoznavanje domeni, vezanje supstrata i selektivnost petlje aktivnog mjesta u MGMT proteina, kao što je primijetio u virtualnom mikroskopom molekularne dinamike simulacije (MDS). Atomski uvid u MGMT proteina računalnom pristupu pokazala značajnu promjenu u obrascu unutar molekularne vodikova veza, što dovodi do promatranih strukturnih anomalija. Kako bi se dodatno ispitati mutacije implikacije na regulatornu čepa od MGMT u kojem se nalazi protein u poziciji veže na DNA, MDS temelji analiza A bila je provedena na, sve poznate fizički interaktivne aminokiseline biti grupirani u skupine na temelju njihove pozicije i funkcije. Rezultati generira fizičko-funkcionalni grupiranja proteina je pokazala da je identificiran mutacija u blizini aktivnog mjesta MGMT proteina uzrokuje lokalnu i globalnu destabilizaciju proteina od bilo eliminirajući stabilizirajuće soli mostova u klaster C3, C4 i C5 ili lokalno destabilizacije "protein stabiliziranje Hing" preslikava se na C3-C4 klastera, koji prethodi aktivno mjesto pregled}

Izvor:. Chikan nA, Buhari S, amb N, Amin A, Shafi S, Qadri RA, et al. (2015) za atomsku Uvid u Altered O ^{6-Methylguanine-DNA-metiltransferaze Protein arhitekture u rak želuca. PLoS ONE 10 (5): e0127741. doi: 10,1371 /journal.pone.0127741 pregled}

Akademska Urednik: Reiner Albert Veitia, Institut Jacques Monod, FRANCUSKA pregled

Primljeno: 16. prosinca 2014; Prihvaćeno: 19. travnja 2015; Objavljeno: 26. svibanj 2015 pregled

Copyright: © 2015 Chikan et al. Ovo je otvoreno pristupa članak distribuirati pod uvjetima Creative Commons Imenovanje License, koja omogućuje neograničeno korištenje, distribuciju i reprodukciju u bilo kojem mediju, pod uvjetom da je izvorni autor i izvor su zaslužan pregled

Podaci Dostupnost: sve relevantne podatke su u radu i njegove popratne podatke datoteka pregled

financiranje:. istraživanje je financirala University VIT znanstveni suradnik potpore i agencija financiranja nije imao ulogu u studiju dizajna, prikupljanja i analize podataka, odluka o objavi, ili pripravka rukopisa pregled

suprotstavljenih interesa. autori su izjavili da ne postoje suprotstavljeni interesi pregled

Uvod pregled

Iako je u opadanju, na oboljenje od raka želuca, prema GOLOBOCON 2012 je. i dalje treći vodeći uzrok smrti od raka u svijetu [1, 2]. U patogenezi ove bolesti, raznih genetskih i molekularnih promjena odvija dovodi do zloćudne transformacije sluznice želuca [3]. Ova transformacija je više koraka koji uključuje abnormalnosti u važne stanične funkcije kao što su DNA popravka, adheziju, prijenosa signala, staničnu diferencijaciju i drugi [4,5]. Alkiliranje karcinogeni poput N-Nitrosodimethylamine, metil nitrozourea (NMU), N-metil-N'-nitro-N--nitrogvanidin itd dovodi do nastajanja O ^{6-Methylguanine, DNK adukt èije dovodi do indukcije mutacija ( G: C-a: T prijelaza) i dovodi do razvoja raka [6-10]. MGMT pregled je enzim odgovoran za popravak O 6-methylguanine adukte [11-13]. MGMT je suicidalna enzim koji uklanja metil grupa iz O 6-poziciji u gvanin i prenosi ga na vlastitu cistinske ostatak na kodonu 145 u proteinima, čime se deaktivaciju dok popravak guanin [14]. Pod izlaganja NMU, MGMT-neispravna miševi su vidjeli za razvoj raka [15], dok je kao genetski promijenjene miševi koji nose dodatne kopije gena stranih MGMT su manje skloni bolesti [16] .The, genetičkog polimorfizma tog enzima ima dokazano da se potencijalni faktor rizika za rak [17-22]. Ova studija čime se fokusira na mutacije profiliranje pogreške skloni regiji eksona 5 MGMT koji kodira za aktivno mjesto proteina, tj aktivno mjesto okruženo područjima odgovornim za držanje na DNA [13]. Predstavnik populacija pacijenata s rakom želuca koji je odabran za ovu studiju predstavlja jedinstvenu skupinu u suštini se vrlo izložene prehrambenim alkilacijskim sredstvima [6, 23-28]. Pregled}

Upotreba Insilico Netlogu tehnike razumjeti učinak polimorfizma na strukturu i dinamiku proteina je u praksi i mnoštvo posla je učinjeno u tom pogledu [29-32]. Računalo s pomoću metode predviđanja koriste evolucijski i struktura na predviđanja daje uvid u štetnom sposobnosti polimorfizma [33]. Molekularne dinamike mogu se koristiti za promatranje konformacijskih promjena polimorfizam može nanijeti na proteinu. Te konformacijske promjene u trodimenzionalnoj strukturi proteina utječe na fiziološke afinitete i različite biokemijske staze interakcije. Ispitati utjecaj mutacija na evolucijski, kao i atomskoj razini, Insilico predviđanja pomoću različitih poslužitelja, kao i MDS od divljeg tipa (wt) i Mutant (mu) MGMT proteina je provedena. Za MDS proteina putanjama i atomske analize interakcije, gromacs su korišteni ugrađen alat. Princip analiza komponente (PCA) provedeno je za procjenu fleksibilnosti obje strukture. Slobodna energija krajolici (FEL) od native i Mu MGMT su također proučavali shvatiti učinak mutacije. Pregled

Rezultati i rasprava pregled

eksona 5 segment MGMT gena, uspješno je pojačan sa svim uzorcima , Umnošci nakon sekvenciranja pokazao transversion mutaciju u kodona 151AGC, od kojih su slijedovi podnesenom pristupnim brojevima GeneBank ležaj KM000795 i KM000796. Kompjutora alata za studij mogući štetan učinak mutacije su izabrani pažljivo, kako bi svaki čimbenik je pogledao u i dvaput provjeriti koji drugi alat koji koristi različite algoritam. Pojedinosti o poslužiteljima koji se koriste u našem istraživanju su opisane u S1 tablici, tamo gdje algoritam, rad i kriteriji za predviđanje je dano. Odabrani server predviđa mutacija biti štetan. MDS simulacije putanje za 30ns izvoditi na tež i mutant proteina analizirani su u velikoj mjeri pomoću gromacs ugrađene alate. S1 Slika prikazuje nsSNP na kodonu 151 koja vodi do missense mutacije od Ser na Ile, inače u svojoj divljeg tipa oblik pomaže u protein-DNA interakcije [34-36]. Kao što je prikazano na slici 1, wtMGMT (PDBID: 1T39). SER 151, osim što normalno elektrostatske interakcije s timina i formira dvije vodikove veze s njom preko dušik amida pregled

Slika 2 prikazuje snimke obje wt i Mu struktura u različitim vremenskim intervalima, propisuje sinopsis učinka mutacija na strukturne dinamike MGMT. Od izvanrednih snimaka, MU struktura osim otkrivajući proširio konformaciju, također formiran spiralni konformaciju na broju aminokiselina 87 do 90, daje ideju da se mutacija ne favoriziraju strukturne kompaktnost proteina koji inturn dovodi do njegovog ugrožena i aberrated konformaciji ima značajnu strukturnu promjenu koja je ključna u uzrokuju mrtav proteinske funkcije [37]. Nakon vizualne analize, g_rms alat se koristi za izračunavanje RMSD atome protein, korištenjem početnog strukturu kao referenca. Mutirani struktura pokazala naglo povišenje u RMSD na oko 17 ns. Na promatranju anomaliju na razini strukture, otkrili smo da je spiralni i petlje sadržaj mutanta strukture varirao (Slika 3A). RMSD od prosjeka tijekom vremena se označava kao RMSF, g_rmsf se koristi za izračunavanje atomsku standardne devijacije i na promatranju je Mu struktura pokazala veću fleksibilnost. RMSF obje strukture pokazali su laganu promjenu na ostatku 151, ali je znatno varira u područje petlje proteina 27-53 (slika 3B), koji može biti rezultanta intermolekularnom dugog dometa tercijarni interakcija varijacija. U r_rmsf alat opcija-OQ je korišten za pretvaranje vrijednosti RMSF u B Factor vrijednosti i implicitno ih po prosječnoj strukturi (plava predstavlja najstabilniji i crvenu najviše fluktuira). Komparativna B faktor projekcije (S2A sl) na mas i Mu MGMT prvenstveno znači fluktuacije varijacije unutar prosječne strukture, daje nam uvid u promjene u fluktuirajuće uzorka između dvije strukture. Bojanje uzorak je zadana u rasponu od plave do crvene. Značajna promjena u kretanju tečaja promatrana u Mu strukture, osim što je prosječna sekundarna struktura izgleda (S2B sl) znatno razlikovala što opet znači da Mu može biti nepovoljno za popravak DNA. Pregled

Kako analizirati oblik proteina na svaki dano vrijeme, g_ vrtjeti alat se koristi, koji izračunava radijusa giracije skupine atoma duž X, y i z-osi kao funkciju vremena. Naši rezultati pokazuju veliku devijaciju u radijusa giracije u Mu strukture, prošao nakon 17 ns pokrenuti (S3 sl). A kao što je poznato da se MGMT struktura ne varira u većoj mjeri kada se usporedi sa strukturom MGMT vezani-DNA, koja je indikativna stabilne vezanog strukturu preko bliskoj vezi ostataka ispitivanja (Ala126, Ala127, Ala129, Gly131 i Gly132) i Ser93, Thr95, Gln115, Asn123 i Ser151, u interakciji s fosfatnih veza DNA [36] međutim, budući da je zabilježen radi giracije biti povećan zbog mutacije i stoga upućuje na proširenu prevrnuo proteinske strukture vjerojatno nespretno pomiče Arginine prst (intrahelical smješten Arg128) iz svog položaja, koji je odgovoran za promicanje pečenje nukleotida u MGMT aktivnog mjesta, čime bi mogla utjecati na ustrajnost potrebnu za uklanjanje o ^{6-methylguanine adukta od DNA Netlogu}

Nadalje, kako znamo da svaka aminokiselina ima svoj hidrofobnosti-vrijednost, izvorni divlji tip zaostatak i novouvedene mutirani ostatak razlikuju u ovom objektu. Za procjenu toga, koristili smo g_sas alat koji izračunava hidrofobni, hidrofilni, a ukupan Saša proteina tijekom vremena. Mutirani struktura ima veću Saša koji korelira s našim ranijim nalazom povećanih Rg u mutanta strukture (S4 sl). Za provjeru učinka Mu na strukturu MGMT spajanje DNA PDB ID: 1T39 [38], koristili smo Discovery studio za boju i izračunati hidrofobnosti prema Kyte-Dolittle skali (S5 sl). WT hidrofobnosti i pet ostatak trčanje Prosječna hidrofobnosti su -0.8 i 0.94 redom, dok su odgovarajuće vrijednosti za Mu ostatak su bili znatno veći na 4,5 i 2, pokazujući tako da Mu ostatak je više hidrofobne od wt ostatka. Je indeksirana odstupanje u vrijednostima mutanta proteina hidrofobnosti odnosu na wt protein može značajno utjecati na stiochiochemistry formiranja vodikova veza između enzima i DNK, što je vidljivo iz S5 Sl. Nakon toga, nepovoljna enzim-DNA docking može dovesti do nedostatka odgovora enzima u odnosu na kooperativnom funkcionalnosti. Pregled

Za daljnje razumijevanje mutacije na dinamiku proteina, podijelili smo važne aminokiseline uključene u fizičko interakciji s DNA i Mg ^{+ ion u klastere (Slika 4), ovisno o njihovom položaju i doprinosa u DNA pristajanja, baza pečenje i DNA popravka [36]. Cluster1 sadrži pet aminokiselina uključuju u DNA docking viz. SER93, PHE94, THR95, ASN123 i LYS125. Klaster 2 sadržavao jednu amino kiselinu ARG 135 također su uključeni u DNA pristajanja. Klaster 3 sadržavao tri aminokiseline TYR114, GLN115 i SER151 gdje TYR 114 je uključen u osnovnoj pečenje potrebna za popravak DNA, a druga dva imaju ulogu u DNA pristajanja. Klaster 4, osim što sadrže Klaster 3 amino-kiseline, sadrži CYS145 koja je aktivna stranica MGMT, odgovorni za popravak DNA. Klaster 5 sastoje tri aminokiseline (CYS24, HIS29 i HIS85) svi koji u interakciji s Mg + iona. g_rama alat se koristi za generiranje Phi /psi dihedralnoj kombinacije odabranih klastera i korišten je za izračun kut kao funkciju vremena. Njihova konture generiran korištenjem energije minimum razumjeti njegove individualne mobilnosti (S6 sl). Sve odabrane skupine su pogođeni mutacija od SER151 do ILE151. Da bismo razumjeli djelovanje, posebno na ploči s 3 i 4, PSI /fi distribucije koji se odnose na označenom energetskom minimumu crtano (Slika 5). Razlika u vršnom području energetske minimuma može se promatrati u odgovarajućim wt i Mu klastera, dajući karakterističan dojam mogućeg različitost u popravak DNA. Pregled}

Za dublje razumijevanje strukturnih varijacija promatranom do sada, gledali smo se u formiranje unutar vodikova veza od odabranih klastera pomoću g_hband funkcije, čiji rezultati su prikazani na Slici 6. Sve odabrane za ovu analizu klastera pokazuju pad prosječnog broja vodikovih veza po okvir u mutanta strukturi očekivati ​​klaster 1. povećanje u broju prosječnih vodikovih veza po okvir u klasteru 1 je tanak u odnosu na varijacije vidimo. Ukupno smanjenje prosječne formiranja vodikova veza po okvir je u suodnosu s povećanim RMSF i Rg u mutanta strukture. Rezultat generira ove analize nedvojbeno nameće i anomaliju uočeni sada do s promjenama u uzorak unutar vodikova veza. Pregled

Da bi razumjeli učinak ove mutacije na svjetskim korelirani prijedloga u atomskih simulacije, PCA, matematička tehnika koja je učinkovita u karakterizaciji općenito preklopne i ne-sklopivi osobine proteina, korišten je. Tehnika identificira dominantan prijedloga u proteinu ekstrakcijom glavnih načina koji su uključeni u pokretu uključeni u molekuli. Glavne komponente gibanja proteina izračunate su kao vektora (EV) iz masovne ponderirana matrice kovarijance atoma proteina. Izračun od ovih vrijednosti je provedeno korištenjem bitne dinamika metodom (ED) u skladu sa standardnim protokolom [39] na raspolaganju u GROMACS programskog paketa. Dva od prvih osam Ev koji račun za više od 85% kretanja cjelokupnog sustava su odabrani za analizu, projekcija tijekom vremena i RMSF fluktuacije od kojih je prikazana na slici 7. I Ev-a se spoje u jednu putanju; kombinacija proizvela zajednički skup Principal Component (PC) vektora za wt i Mu MGMT, što izravna usporedba moguće među različitim sustavima. U putanje su dobiveni korištenjem g-COVAR i g-anaeig od gromacs komunalije. U Slika 8 (a) projekcije, PC 1 vs PC 2, obje strukture su projicirani (crna masa /crvena Mu), klaster dobiva iz mas struktura je stabilna, gdje je kao projekcija prva dva računala od mutanata pokriva veliki prostor. Za daljnju analizu projekcije PC, njihove slobodne energije površine su nacrtane (Slika 8B) koja su pokazala da je stabilnost mas preko staze je ujednačena tijekom vremena u odnosu na Mu na temelju energetske minimumi bazenima nastalim oboje. Strukture s minimalnim energije dobivene su iz slobodne energije krajolik na različitim točkama vremena. Strukture na desnoj strani svake projekcije na slici 8 (C) računala su od početka simulacije na lijevu jedan od blizu kraja simulacije. Ova analiza je presudno u rasvjetljavanju ugroženu slobodne energije krajolik Mu strukture, promatranje da osim potkrijepili s našim prethodnim rezultatima, nepobitno je podrazumijevao drastično promjene konformacije u Mu strukturi.

Zaključak pregled

neprikladno popravka DNA i raka etiologije su sinonimi na način da je pojava mutacija koja je široko prihvaćena kao temelj raka. Mutacija u popravak proteina DNK koja bi mogla narušiti njegov rad (S7 sl) može stvoriti pretumorigenic okoliš i može pomoći u napredovanju raka u bilo kojoj fazi. MGMT što je jedan od važnih popravka DNA proteina ima bitnu ulogu u održavanju genomske stabilnosti uklanjanjem O ^{6Methyleguanine adukte. Prema tome, značajan genetski polimorfizam tog proteina će imati utjecaj na razvoj raka i napredovanja. Kao što nitko od studija do datuma je izvijestio mutacije analizu MGMT koristi MDS, to je prvenstveno potaknuo nas je da pogledate u mogućnosti MGMT se mutirani u razvrstan populaciji u kojoj konzumacija hrane koja sadrži veće razine N-nitrozo spojeva je čest i želuca rak je rasprostranjen. pregled}

uporaba molekularne dinamike proučavati učinak novom mutacijom na kodon ^{151 nam je dao uvid u arhitekturi obiju struktura na atomskoj razini tijekom trajanja perioda od 30 ns , Učinak mutacije ne samo bilo je ograničeno na njenoj blizini, ali zadiru u cjelokupnoj strukturi, uključujući sekundarne elemente na različitim mjestima proteina. Strukturni prijelazi uočene u sekundarne elemente, potiče kolaps strukturne građe Mu MGMT proteina. FEL dobiti quasiharmonic analize (PCA) i zaključio da je mutacija znatno utječe na stabilnost MGMT tijekom vremena, što je faktor koji može ugroziti normalno stehiometrijski modu popravka DNA od MGMT. Pregled}

istraženi mutacija eksona 5. čini se da je povezan s vozačem mutacijom, što se čini da utječu na interakciju DNA /proteina, važan faktor koji bi mogao utjecati na DNK pristajanja, baznu pečenje i na kraju popraviti mehanizam, koji ako se umanjiti, također može dovesti do genoma širokom povećanja O ^{6 metil gvanm adukti dovodi do povećane genomske nestabilnosti. pregled}

materijali i postupci

Etički izjava pregled

Protokoli /eksperimenti koji uključuju uporabu ljudskih jedinki uredno su ispitani i odobreni od strane Sveučilišta Odbor za ljudska etika (UHEC), Sveučilište VIT, Vellore (UHEC-VIT /2011). pregled

Pacijenti i prikupljanje tkiva pregled

ukupno 30 bolesnika s želučanog karcinoma dijagnosticira primljen Sheri-Kashmir Instituta medicinskih znanosti (koji je ne žele), Srinagar smatrani su za proučavanje. Bolesnici koji se podvrgavaju operaciji kao primarni tretman u različitim fazama bolesti su regrutirani za proučavanje uz njihovu suglasnost. Karakteristike ispitivanih pacijenata navedeni su u tablici S2. Pregled

uzorci tumora 5mm ^{3 izdvojeni su iz kirurški reseciranih uzoraka unutar tumorske mase, osim margini. Susjedni ne-maligne uzoraka slične dimenzije su uzeti iz resekcija margine, oko 10 mm od makroskopskog ruba tumora, a naknadno potvrđen kao benigni rutinskom histopatologijom na dotiče. Ukupno 30 tumora i 30 normalnih uzorcima tkiva su skupljene i pohranjene na -80 ° C do analize. Pregled}

ekstrakcija DNA i polimerazna lančana reakcija pregled

DNK je ekstrahirana iz 2mm ^{3 uzorka tkiva koriste za ekstrakciju DNK kit (Hi Pura sisavaca Genomska DNA Izolacija Kit-HiMedia). Koncentracija i kvaliteta DNA je mjerena rutinskim spectrophotometeric analizom. Amplifikacija egzona 5 regijama je upravljanje eksona, provedena je gradijent minicycler (Eppendorf) na 25 ul reakcijske smjese s 1 ul (400ng /jal) genomska DNA, DNA polimeraza {1X PCR pufer (200 mM Tris HCl, 200 mM KCl, 50 mM (NH4) SO4 2) koji se dobiva s 25 mM MgCl2, Fermentas}, nukleazom slobodne vode i 1 ul naprijed (5'GCCCGTGCAGGTACGGTCTT-3 ') i prema natrag (5'AGCTCCCGCTCCCTTGAGCC-3') klica svaka. Temperatura zagrijavanja je optimizirana na 65,5 ° C. Kako bi se olakšalo lančana reakcija polimeraze (PCR) analiza proizvoda za mutaciju, PCR produkt sekvenciranja su provedena. Pregled}

SNP Oštećenje Predviđanje. Pregled

Predviđanje oštećenje polymorphisim izvodi se pomoću SIFT [40] , Polyphen-2 [41], PhD-SNP [42], MutPred [43], SNAP [44], SNP & Idi [45] i PoPMuSiC [46]. Pregled

Molekularna dinamika simulacija

MDS studija provedena od strane Gromacs 4.5.3 paket [47]. Na tež MGMT je PDB struktura 1QNT [48] je korišten kao polazna struktura za MDS. Accelrys Discovery Studio [49] se koristi da bi jednu točkastu mutaciju na strukturu divljeg tipa. I, težinski i Mu MGMT se nanosi GROMOS96 43a1 polje sile, a zatim stavi u modelu vodenoj kupelji prije toga uravnotežen i protu-iona dodano da se postigne neutralni okvir pomoću "genion" alat koji dolazi uz gromacs paket. molekule otapala su suzdržani u početni položaj sa silom nagnati od 100Kcal /mol za 5000 koraka prije podvrgavanja energije minimiziranje za 5000 iteracija. Za regulaciju temperature unutar kutije, korišten Berendsen metoda temperatura spojke [50]. Elektrostatske interakcije su se pomoću čestica Mesh Ewald metode [51]. Ionizirajuće stanje ostataka, tlaka i druge parametre postavljene su u standardnoj rasponu. Non-bonded Lista par je ažurirana nakon svakih 10 koraka i konformacije su pohranjeni svake 2 Pico sekundi (PS). naslon za simulaciju pozicija za 500 ps je provedena kako bi se omogućilo molekule otapala za ulazak u šupljinu regiju strukture. Konačno, sustav je bio podvrgnut MDS 30 nano sekundi (NS). Root mean square devijacija (RMSD), Root Mean Square Fluktuacija (RMSF), površine dostupne otapalu Area (SAŠA) Radijus giracije (RG) i PCA su provedena pomoću ugrađen gromacs alata. g_hbond se koristi za izračunavanje broja različitih vodikovih veza koje nastaju specifičnih ostataka do drugih aminokiselina u proteinu tijekom simulacije (NH veza). g_sham se koristi opsežno za dobivanje slobodne energije krajolik. Grafovi su nacrtane pomoću Grace GUI alat 5.1.22 verziju, dok su kao slobodne energije krajolici nacrtane koristeći gnuplot 4.6.0 verziju. Svi vizualizacije su provedena pomoću Pymol, Ligplus, VMD [52] i grafovi su nacrtane pomoću Grace programa [53] i gnuplot. Putanje su analizirani pomoću ugrađen alat u distribuciji GROMACS. Pregled

popratne podatke
S1 sl. a) prikazuje kromatogram MGMT eksona 5 prikazuje jedan par baza, G >. T na položaju 151 kako je prikazano strelicom na neoplastičnih kromatogramu pregled b) Poravnanje eksona 5 slijed koji je pojačan iz neoplastičnih i ne-neoplastičnih tkiva (susjedna normalno) s onom divljeg tipa (Referentna slijed dobio od NCBI) preveden je i SNP preslikava se pokazalo da promijeni serina u izoleucin pregled doi:. 10,1371 /journal.pone.0127741.s001 pregled (TIF)
S2 Sl. (A) Prosječne tercijarnih struktura u boji prema Bfactor vrijednosti (b) Prosječna Sekundarna struktura zastupljenosti obje strukture pregled doi:. 10,1371 /journal.pone.0127741.s002 pregled (TIF) pregled S3 Sl. (A) radijusa giracije WT i Mu MGMT prikazan odvojeno. Pregled

(b) Rg svih atoma wt i Mu MGMT u odnosu na vrijeme na 300 K.
Težinskih je represted Black i Mu by Green. pregled doi: 10,1371 /journal.pone.0127741.s003 pregled (TIF) pregled S4 Sl. Površine dostupne otapalu Područje mas (crna) i Mu (zeleno) MGMT s vremenom na 300 K pregled doi:. 10,1371 /journal.pone.0127741.s004 pregled (TIF) pregled S5 Sl. Varijacije u boji (površina proteina prema Kyte-Doolittle razmjera) na mutirani regije i grafički prikaz varijacija u Kyte-Doolittle razmjera u jednom aminokiselinom i pet prosječna trčanje hidrofobnosti oba mas i Mu MGMT pregled doi:. 10,1371 /journal.pone.0127741.s005 pregled (TIF)
S6 sl. Vrijeme ovisi Ramachandan Contour zemljište od svih odabranih klastera tijekom vremena, svaki redak koji prikazuje prijelaz od 1.
DOI: 10,1371 /journal.pone.0127741.s006 pregled (TIF) pregled S7 Sl. Slikovnom prikazu GC: Na prijelazu oslabljenom MGMT pregled doi:. 10,1371 /journal.pone.0127741.s007 pregled (TIF) pregled S1 stol. Polimorfizam Predviđanje pomoću različitih poslužitelja pregled doi:. 10,1371 /journal.pone.0127741.s008 pregled (docx) pregled S2 stol. Karakteristike ispitanika pregled doi:. 10,1371 /journal.pone.0127741.s009 pregled (docx) pregled

Priznanja

Autori zahvaljuje dr Daniele GRANATA za njegov vrste ulaza na slobodne energije krajolika.

• PLoS ONE: Opasnost od raka želuca vodom Izvor: Dokazi iz Golestan Case-Control Study
• PLoS ONE: Reverse POVEZANOST mikrornk-145 i FSCN1 Odgovarajuća rak želuca migracije i Invasion