PLoS ONE: atominės Pažvelgti į pakeista O6-Metilguaninas-DNR metiltransferazei baltymų architektūros skrandžio vėžio

Anotacija

O ^{6-Metilguaninas-DNR metiltransferazė (MGMT ") yra vienas iš pagrindinių DNR remonto baltymo, neutralizuoja alkalyting agentas sukeltos DNR pažeidimus, pakeičiant O 6-metilguaninas ( mutageninio pažeidimas) atgal į guanino, galiausiai slopina neatitikimas klaidų ir dukart kryptis crosslinks. Exonic pakitimai nukleotidų polimorfizmo forma gali sukelti ir pakitusiu baltymų struktūrą, kuri, savo ruožtu, gali sukelti į funkcijos praradimo. Šiame tyrime, mes sutelktas į gyventojų bijojo dėl didelio poveikio alkilinimo agentų dėl jų tipines ir specializuotų mitybos įpročių. Šiuo tikslu, skrandžio vėžiu sergantiems pacientams sukaupiami iš populiacija buvo atrinkti mutacijos atranką konkretaus klaidos linkę regione MGMT geno. Mes nustatėme, kad beveik 40% tirtų mėginių navikinių priglaudė missense mutacija kodone 151 rezultatas į serino į izoleucinas variacijos. Šis skirtumas atsirado pareikšti apie struktūrinio sutrikimas, vėliau kylančių į didelį stechiometriniam nesutaria pripažinimo srityje, substratas privalomas ir selektyvumas kilpa veikliosios svetainėje MGMT baltymų, kaip laikomasi pagal virtualios mikroskopu molekulinės dinamikos modeliavimas (VNI). Atominis įžvalga MGMT baltymų skaičiavimo metodą parodė reikšmingą pokytį viduje molekulinio vandenilio obligacijų modelio, todėl jų stebimų struktūrinių anomalijų. Toliau nagrinėti mutacijų poveikio reguliavimo kištukai MGMT kad laikančiu DNR surišantis padėtyje baltymų, BVS pagrįsta analizė buvo atliekama, visų žinomų fiziškai sąveikaujančių aminorūgštis iš esmės sugrupuotos į grupes, remiantis jų padėtis ir funkcijos. Generuojama fizinio funkcinės grupavimo baltymų rezultatai parodė, kad nustatyta mutacija veikliosios svetainėje MGMT baltymų netoli sukelia vietos ir pasaulio destabilizacija baltymo pagal bet pašalinti stabilizavimo druskos tiltų grupių C3, C4, ir C5 ar lokaliai destabilizuoti "baltymų stabilizavimo Hing" perkeliamos C3-C4 klasterį, prieš aktyvų puslapį}

nurodomoji dalis:. Chikan NP, Bukhari S shabir N Amino A Shafi S Qadri RA ir kt. (2015) atominės Pažvelgti į pakeista O ^{6-Metilguaninas-DNR metiltransferazei baltymų architektūros skrandžio vėžio. PLoS ONE 10 (5): e0127741. Doi: 10,1371 /journal.pone.0127741}

Akademinė redaktorius: Reiner Albertas Veitia Institut Jacques'as Monod, PRANCŪZIJA

Įstojo: Gruodžio 16, 2014 m Priėmė: Balandžio 19, 2015 m Paskelbta: Gegužės 26, 2015

Visos teisės saugomos: © 2015 Chikan et al., Tai atviros prieigos straipsnis platinama pagal Creative Commons Attribution licencija, kuri leidžia nevaržomai naudotis, paskirstymo ir dauginimąsi bet kokioje laikmenoje sąlygomis, su sąlyga, kad pirmasis autorius ir šaltinis įskaitomos

Duomenų Prieinamumas: Visi susiję duomenys yra per popieriaus ir jo Pagalbinė informacija failus

finansavimas:. tyrimas buvo finansuojamas VIT universiteto mokslinis bendradarbis dotacijos ir finansavimo agentūra neturėjo vaidmenį studijų dizainas, duomenų rinkimo ir analizės, sprendimų skelbti, arba preparato rankraščio

konkuruojančių interesų. autoriai paskelbė, kad konkuruojantys interesai egzistuoja

Įvadas

Nors mažėja, skrandžio vėžio blogybė, pasak GOLOBOCON 2012 yra. dar trečioji pagrindinė priežastis, mirčių nuo vėžio visame pasaulyje [1, 2]. Atsižvelgiant į šios ligos patogenezės, įvairių genetinių ir molekulinės pakitimai vyksta, vedantį į piktybinę transformaciją skrandžio gleivinės [3]. Ši transformacija yra daugiapakopis procesas, reikalaujantį anomalijos svarbiausių mobiliojo ryšio funkcijas, tokias kaip DNR remonto, sukibimo, signalo perdavime, ląstelių diferenciacijos ir kiti [4,5]. Alkilinimą kancerogenų, pavyzdžiui, N-Nitrosodimethylamine, metilas nitrozokarbamidu (NMU), N-metil-N'-nitro-N-nitroguanidino tt padėti susiformuoti O ^{6-metilguaninas, DNR adukto, kurio buvimas veda prie indukcijos mutacijų ( G: C-A-T perėjimas) ir rezultatai plėtros vėžio [6-10]. "MGMT
yra atsakingas už remonto P 6-metilguaninas aduktai [11-13] fermentas. "MGMT yra savižudiškas fermentas, kuris pašalina metilo grupę iš P 6-oje guanino ir perduoda jį savo cistino likučių kodone 145 baltymų, taip neutralizuojant save remontuojant guanino susidarymo [14]. Pagal NMU poveikio MGMT "brokuotas pelėms buvo matyti, kad susirgs vėžiu [15], o kaip transgeninių pelių vežantys papildomų kopijų užsienio MGMT geno buvo mažiau linkę į ligos [16] .Sriegines, genetinis polimorfizmas šio fermento yra įrodyta, kad potencialus rizikos veiksnys vėžio [17-22]. Taigi, šis tyrimas dėmesys skiriamas mutacijos profiliavimo klaidas linkę regione Exon 5 MGMT kuris koduoja už aktyvų svetainėje baltymų, ty aktyvus svetainė apsuptas sričių, atsakingų už įsikibęs DNR [13]. Atstovas gyventojų skrandžio vėžiu sergantiems pacientams, kurie buvo atrinkti šios studijos pristato unikalią kohortos esmės yra labai veikiami mitybos alkilinančių medžiagų [6, 23-28].}

ir Insilico
naudojimas metodai suprasti polimorfizmo įtaką baltymų struktūros ir dinamikos buvo praktiškai ir darbo gausa buvo padaryta šiuo klausimu [29-32] ir. Į kompiuterinis prognozavimo metodai, naudojant evoliucinį ir struktūra remiantis prognozavimas suteikia įžvalgų kenkia galimybes iš polimorfizmo [33]. Molekulinės dinamika gali būti naudojamas stebėti konformacinis pasikeitusias aplinkybes, polimorfizmas gali padaryti į baltymų. Šie konformacji pokyčiai trimatėje struktūros baltymų gali paveikti fiziologinius gimininguma ir įvairių biocheminių tuo pačiu būdu, sąveiką. Išnagrinėti mutacija evoliucinis, taip pat atominės lygio poveikį, Insilico prognozės naudojant skirtingų serverių, taip pat BVS iš laukinio tipo (WT) ir Mutant (MU) MGMT baltymų buvo atliktas. MDS baltymų trajektorijos ir atominės sąveikos analizę, gromacs buvo naudojami Integruotą įrankiai. Principas komponentas analizė (PBS) buvo atliktas siekiant įvertinti abiejų struktūrų lankstumą. Laisvos energijos peizažai (FEL) ir gimtoji ir Mu MGMT taip pat buvo tiriamas siekiant suvokti mutacijos poveikį.

Rezultatai ir jų aptarimas

Exon 5 segmentas MGMT geno, buvo sėkmingai sustiprino iš visų mėginių , Amplikonų po sekos parodė transversion mutacija kodono 151AGC, sekos, kurios buvo pateiktos GeneBank guolis priėjimo numerius KM000795 ir KM000796. Į Silico įrankiai studijuoti galimą žalingą poveikį mutacijos buvo atrinktos kruopščiai, kad kiekvienas veiksnys pažvelgė į ir dukart tikrinamas kitų įrankis, kuris naudoja kitokį algoritmą. Iš serverių, kurie yra naudojami mūsų tyrime informacija pateikiama S1 lentelėje, kur algoritmas, darbo ir kriterijai prognozavimas yra skiriamas. Pasirinktas serveris prognozuoja mutacija būti žalingas. MDS modeliavimo trajektorijos 30ns paleisti wt ir mutantas baltymų buvo analizuojami plačiai naudojant gromacs Integruotą įrankius. S1 pav rodo nsSNP kodone 151, kuris veda į missense mutacija Ser Ile, kitaip jos laukinio tipo forma padeda baltymų DNR sąveikos [34-36]. Kaip parodyta 1 pav, wtMGMT (PDBID: 1T39). SER 151, be to, priimant įprastą elektrostatinės sąveikos su timino taip pat susiformavo du vandenilinius ryšius su juo per amido azoto

2 pav rodo abiejų masės ir Mu struktūrų vaizdus skirtingais laiko intervalais, nustatančias nuo mutacijos poveikį struktūrinių dinamikos MGMT santrauką. Nuo Snap Shots, MU struktūra išskyrus atskleidžiantys išplėtė raumeningumo, taip pat suformavo sraigtinis raumeningumo ne aminorūgščių skaičių 87 90, suteikiant idėją, kad mutacija nėra palanki struktūrinį kompaktiškumą baltymo, kuris INTURN veda į jo pavojus ir aberrated raumeningumo turintys didelį struktūrinį perėjimą, kuris yra lemiama sukelia išnykęs baltymų funkciją [37]. Po to, kai vizualiai analizės, g_rms įrankis buvo naudojamas apskaičiuoti RMSD žymimi baltymų atomų, naudojant pradinę struktūrą, kaip nuoroda. Mutantas struktūra parodė staigiai pakilimu į RMSD maždaug 17 ns. Apžvelgdama anomalija tuo struktūros lygmenyje, mes nustatėme, kad spiralinės ir kilpa turinį mutantas struktūra skyrėsi (pav 3a). RMSD nuo vidurkio per tam tikrą laiką yra minimas kaip RMSF, g_rmsf buvo naudojamas apskaičiuoti atominę standartinis nuokrypis ir stebėjimais, MU struktūra parodė didesnį lankstumą. Abiejų struktūrų RMSF parodė, šiek tiek kaita liekanos 151, bet yra gerokai skiriasi į baltymų kilpos regione 27-53 (pav 3B), kuris gali būti pareikštas tarpmolekuliniq ilgų nuotolių tretinis sąveika variacijos atstojamasis. Be r_rmsf priemonė galimybė-OQ buvo naudojamas konvertuoti RMSF vertę į B faktoriaus vertes ir numanomas jų vidutiniu struktūros (mėlyna atstovaujantis labiausiai stabilią ir raudoną labiausiai svyruodamos). Lyginamoji B veiksnys projekcija (S2A pav) ant masės ir Mu MGMT pirmiausia rodo svyravimai variantus per vidutinį struktūrą, suteikdamas mums įžvalgų į nepastoviai modelio dviejų struktūrų kaita. Koloritas modelis yra numatytoji svyruoja nuo mėlynos iki raudonos. Reikšmingas pokytis svyravimo pastebėtas Mu struktūros, be kurių vidutinis antrinė struktūra išdėstymas (S2B pav) gerokai skyrėsi kuris vėl reiškia, kad MU gali būti nenaudingas DNR remontas.

Jei analizuoti baltymų formą ne kiekvienas tam tikrą laiką,, g_ Riņķot įrankį buvo naudojamas, kuris apskaičiuoja apskritiminio judėjimo iš atomų palei x-, y- ir z ašies grupės spindulys, kaip laiko funkciją. Mūsų rezultatai rodo didelį nuokrypį apskritiminio judėjimo spindulio į Mu struktūrą, priimtą po 17 ns paleisti (S3 pav). O kaip yra žinoma, kad "MGMT struktūra nesikeičia į didžiąja dalimi, palyginti su" MGMT jungiasi DNR struktūrą, rodo stabiliai sujungtų struktūros per glaudžiai bendradarbiaujant pripažinimo likučių (Ala126, Ala127, Ala129, Gly131 ir Gly132) ir Ser93, Thr95, Gln115, Asn123 ir Ser151, bendrauja su fosfato stuburą DNR [36] Tačiau kadangi apskritiminio judėjimo Radi buvo užfiksuotas būti padidintas dėl mutacijų ir todėl rodo išplėstą apvirstų baltymų struktūrą matyt nerangiai pastumia argininas pirštu (intrahelical pastatytas Arg128) iš savo pozicijos, kuri yra atsakinga už skatinant nukleotido prakeiktas į MGMT aktyviosios vietos, todėl gali pakenkti kruopštumo reikia pašalinti p ^{6-metilguaninas adukto iš DNR}

Daugiau kaip mes žinome, kad kiekviena aminorūgštis turi savo hidrofobiškumo-vertę, originalus laukinio tipo liekaną ir naujai mutantas liekaną požiūriu skirtingos šio objekto. Įvertinti tai, mes panaudojome g_sas įrankį, kuris apskaičiuoja hidrofobinės, hidrofilinės ir bendra Saša baltymo per tam tikrą laiką. Mutantas struktūra turi didesnį Saša, kuris yra susijęs su mūsų ankstesniu išvada dėl padidėjusio Rg į mutantas struktūros (S4 pav). Norėdami patikrinti MU poveikį MGMT struktūros nukirpta su DNR PBP ID: 1T39 [38], mes panaudojome Discovery studijoje spalvos ir apskaičiuoti hidrofobiškumo pagal Kyte-Dolittle skalėje (S5 pav). WT hidrofobiškumo ir penkių likučių veikia vidutiniškai hidrofobiškumo buvo -0.8 ir 0,94 atitinkamai, o atitinkančios vertės Mu liekanos buvo gerokai didesnis už 4,5 ir 2 tai rodo, kad Mu likutis yra hidrofobinės nei wt likučių. Indeksuotos nuokrypis į mutantas baltymų hidrofobiškumo lyginant su wt baltymų vertybių gali smarkiai paveikti vandenilio obligacijų susidarymą tarp fermento ir DNR stiochiochemistry, kaip matyti iš S5 pav. Vėliau nepalanki Fermentų-DNR prijungimo gali sukelti ne reagavimą fermento, atsižvelgiant į jo kooperatyvo funkcionalumą.

Jei toliau mutacinis baltymų dinamikos supratimą, mes suskirstyti svarbių amino rūgščių dalyvauja fizinio sąveikos su DNR ir Mg ^{+ jonų į grupes (4 pav) priklausomai nuo jų padėties ir įnašų DNR pjaustymas, bazinės prakeiktas ir DNR reparacijos [36]. Cluster1 esančius penkis Aminorūgštys dalyvauja DNR prijungimo viz. SER93, PHE94, THR95, ASN123 ir LYS125. Klasteris 2 esančios vienos amino rūgštis, ARG 135 taip pat dalyvauja DNR doko. Klasteris 3 esančios trys amino rūgštys TYR114, GLN115 ir SER151 kur TYR 114 dalyvaujantis bazinės prakeiktas reikalingą DNR remonto ir kitų dviejų jie turi savo vaidmenį DNR doko. Klasteris 4, be kurių sudėtyje yra 3 kategorija Aminorūgštys, esančios CYS145 kuris yra aktyvus svetainė MGMT, atsakingas už DNR remontas. Klasteris 5 sudaro trys amino rūgštys (CYS24, HIS29 ir HIS85) visi, kurie sąveikauja su Mg + jonų. g_rama įrankis buvo naudojamas generuoti PHI /psi Divplakņu derinius pasirinktų grupių ir buvo naudojamas apskaičiuoti kampus kaip laiko funkcija. Jų kontūras sklypas buvo sukurtas naudojant energijos minimumą suprasti jų atitinkamų mobilumą (P6 pav). Visi atrinkti klasteriai buvo paveikti mutacijos iš SER151 į ILE151. Norėdami suprasti poveikį, ypač 3 ir 4 grupės ir, PSI /phi pasiskirstymai, susiję su etikete energijos minimumo buvo brėžiamas (5 pav). Į piko regiono energijos minimumo skirtumas gali būti pastebimas atitinkamose WT ir Mu grupių, suteikiant išskirtinę įspūdį galimo Nelygybė DNR remontas.}

gilesnį supratimą apie konstrukcinį svyravimo iki dabar, mes pažvelgė į vandenilio vidaus obligacijų formavimas pasirinktų klasterių naudojant g_hband įrankiu, kurio rezultatai buvo parodyta pav 6. Visi šie klasteriai pasirinktos šios analizės rodo, kad vidutinė skaičių vandenilio obligacijų per rėmais mutantas struktūros sumažėjimą tikėtis Sujunkite 1. padidinti į vidutines vandenilio obligacijų už kadro Klasteryje 1 numeris yra plonas palyginus su variacijomis mes stebime. Bendras sumažėjimas vidutinio vandenilinio ryšio formavimo per rėmo yra kartu atžvilgiu su padidintu RMSF ir Rg mutavimo struktūros. Rezultatas generuoja šią analizę įtikinamai reikalaujantis anomalija pastebėtas iki šiol su pokyčio vandenilio obligacijų vidaus modelio.

Norėdami suprasti šio mutacija pasaulinėse koreliavo judesių į atominių modeliavimo poveikį, PBS, matematinis metodas, kuris yra efektyvus, kvalifikuojant bendruosius lankstymo ir ne lankstymo funkcijos baltymų, buvo naudojamas. Technika identifikuoja dominuojančias judėjimų baltymų išgauti pagrindinius režimus dalyvaujančių dalyvauja molekulės juda. Pagrindiniai komponentai baltymų Pasiūlymas buvo skaičiuojamas kaip Vektorius (EV) masinės svertinis kovariacijų matricos baltymų atomų. Šių vertybių skaičiavimai buvo atlikti naudojant eterinius dinamikos (ED) metodą pagal standartinį protokolą [39] Galimas per gromacs programinės įrangos paketo dalis. Du iš pirmųjų aštuonių Ivanas šia sąskaita daugiau, kad 85% judėjimo bendrą sistemą buvo atrinkti analizė parodė, kad per tam tikrą laiką ir RMSF svyravimo projekcija iš kurių yra pavaizduota pav 7. Tiek Ivanas buvo sujungti į vieną trajektorija; derinys gaminami bendrą rinkinį pagrindinis komponentas (PC) Vektorius už wt ir Mu MGMT, todėl tiesioginis palyginimas įmanoma tarp skirtingų sistemų. Trajektorijos buvo gauti naudojant G-covar ir G-anaeig iš gromacs komunalinės paslaugos. Fig 8 (a) prognozėmis, PC 1 vs PC 2, abiejų struktūrų Prognozuojama (juoda WT /raudona Mu), gaunamas iš wt struktūros klasteris yra stabilus, kur, kaip pirmosios dvi kompiuterio mutanto projekcija apimantis didelis plotas. Toliau analizuoti PC projekcijos, jų laisvos energijos paviršiai buvo brėžiamas (pav 8B), kuris parodė, kad masės stabilumas per run yra vienodas, laikui bėgant, palyginti su Mu remiantis energijos minimumai baseinų suformuotų abu. Struktūros minimalių energinio buvo gauti iš laisvos energijos kraštovaizdis skirtingais laiko momentais. Struktūros dešinėje pusėje kiekvieno projekcija 8 pav (C) PC yra iš modeliavimo pradžios iki kairės vieną iš artimiausioje pabaigoje modeliavimas. Ši analizė buvo labai svarbus nušviečiantys pavojus laisvos energijos kraštovaizdį Mu struktūrą, pastabą, kad be patvirtinančių su mūsų ankstesniais rezultatais, įtikinamai reiškė drastiškas konformacinius pokytį Mu struktūrą.

Išvada

neatitikimai DNR remonto ir vėžio etiologijos yra sinonimai, tam tikru mastu, kad ji yra mutacijos, kad buvo plačiai priimtinas kaip vėžio pagrindu įvykis. Mutacija DNR reparacijos baltymų ir kuris gali paveikti jų funkcijos (S7 Fig) gali sukurti pretumorigenic aplinką ir gali padėti vėžio progresavimo bet kuriame etape. "MGMT yra vienas iš svarbiausių DNR remonto baltymų turi svarbų vaidmenį išlaikant genomo stabilumą pašalinant O ^{6Methyleguanine aduktus. Tokiu būdu, didelė genetinė polimorfizmas į šio baltymo turės įtakos vėžio vystymosi ir jos progresavimo poveikį. Kadangi nė viena iš studijų iki šiol pranešė mutacijų analizę MGMT naudojant MDS, ji pirmiausia paskatino mus ieškoti į MGMT yra mutavo į įslaptintos gyventojų galimybę, kai vartojimas maisto produktų, kurių sudėtyje yra aukštesnio lygio N-nitrozo junginių yra bendras ir skrandžio vėžys yra paplitę.}

molekulinių dinamikos panaudojimas studijuoti naujų mutacijų poveikį kodone ^{151 davė mums įžvalgų architektūros abiejų struktūrų atominis lygio per 30 ns laikotarpį paleisti , Iš mutacijos poveikis buvo ne tik tik jo apylinkės, bet taip pat neigiama įtaka dėl bendros struktūros įskaitant antrinių maisto medžiagų, skirtingose ​​vietose pagal proteino. Pastebėti vidurinėse elementų struktūriniai perėjimai, skatina struktūrinės architektūros Mu MGMT baltymų žlugimo. Gauta quasiharmonic analizės (PCA) FEL taip pat padarė išvadą, kad mutacija žymiai paveikia MGMT stabilumą laikui bėgant, yra veiksnys, kuris gali trukdyti normalų stechiometrinė mados DNR remontuoti MGMT.}

ištirta mutacija egzono 5, atrodo, susijęs su vairuotoju mutacija, kuri, atrodo, įtakos DNR /baltymų sąveiką, yra svarbus veiksnys, kuris gali turėti įtakos DNR pjaustymas, bazinę prakeiktas ir galiausiai remontas mechanizmą, kuris, jei sutrikusi, taip pat gali sukelti genomo plataus padidėjimo o ^{6 metilo guaninas aduktai todėl padidėja genomo nestabilumą.}

medžiagos ir metodai

Etikos pareiškimas

Protokolai /eksperimentų su žmogaus egzempliorių naudojimas buvo tinkamai išnagrinėti ir universiteto patvirtintas žmogaus etikos komitetas (UHEC) VIT universitetas, Vellore (UHEC-VIT /2011).

pacientai ir audinių kolekcija

30 pacientų, kuriems diagnozuota skrandžio karcinoma viso leista Sheri-Kašmyro instituto medicinos mokslų (šlakas), Srinagaras buvo laikomi už tyrimą. Pacientai, kuriems atliekama operacija, kaip pirminio valymo skirtingais ligos stadijose buvo įdarbinti už tyrimą su jų sutikimu. Nuo tirtų pacientų charakteristikos yra išvardytos S2 lentelėje.

navikų mėginiuose 5mm ^{3 buvo pašalintų iš chirurginiu rezekcijos egzempliorių per naviko masės, išskyrus maržos. Kaimyniniai ne navikiniai mėginiai panašaus dimensijos buvo paimti iš rezekcija marža, maždaug 10mm nuo makroskopinių naviko krašto, o vėliau patvirtino, gerybiniai įprastine histopatalogiją ne šlaku. Iš 30 naviko ir 30 normalių audinių mėginių iš viso buvo surinkta ir saugomi -80 oC iki analizės.}

DNR išskyrimas ir polimerazės grandininė reakcija

DNR buvo išskirta iš 2mm ^{3 audinio mėginiai, naudojant DNR išskyrimo rinkinys (Hi Pura žinduolių Genomo DNR išskyrimas Kit HiMedia). Koncentracija ir kokybės DNR buvo matuojamas įprastas spectrophotometeric analizė. Amplifikacija iš Exon 5 regionuose MGMT egzono, buvo atliktas gradientas minicycler (Eppendorf) A 25μl reakcijos mišiniu, kuriame yra 1 iL (400ng /pl) genomo DNR, DNR polimerazė {1X PGR buferis (200mm Tris HCl, 200 mm KCl, 50 mm, (NH4) 2 SO4), tiekiamas su 25mm MgCl2 Fermentas}, Nuclease laisvojo vandens ir 1 įxL priekį (5'-GCCCGTGCAGGTACGGTCTT-3 ") ir atbulinės eigos (5'-AGCTCCCGCTCCCTTGAGCC-3") gruntai kiekvienam. Esant prijungimo temperatūra buvo optimizuota ne 65,5 ° C temperatūroje. Kad būtų lengviau polimerazės grandininė reakcija (PGR) produkto analizę mutacijos, PGR produktas sekos buvo atliktas.}

SNP Žala prognozavimas.

žala prognozavimas polymorphisim buvo atliktas atsijoti [40], naudojant , Polyphen-2 [41], daktaras-SNP [42], MutPred [43], "Snap [44], SNP" & Eiti [45] ir PoPMuSiC [46].

molekulinės dinamikos modeliavimas

MDS tyrimai buvo atlikti gromacs 4.5.3 paketo [47]. Dėl wt MGMT, PBP struktūra 1QNT [48] buvo naudojamas kaip atskaitos struktūrą MDS. ACCELRYS Discovery "Studija [49] buvo padaryti vieną tašką mutacija dėl laukinio tipo struktūra. Tiek masės ir Mu MGMT buvo taikomi GROMOS96 43a1 jėgos srityje, ir tada dedamas į iš anksto balansuojama vandens vonioje ir kova su jonų modelį buvo įtraukti pasiekti neutralų langelį naudodami "GENION" įrankį, kuris ateina kartu su gromacs paketą. Tirpiklio molekulės buvo suvaržytas į pradinę padėtį su jėgos suvaržyti iš 100Kcal /mol 5000 žingsnių Prieš atliekant energijos minimizavimo už 5000 iteracijos. Reguliuojant esančių dėžutės viduje, temperatūrą, buvo naudojamas Berendsen temperatūra mova metodas [50]. Elektrostatiniai sąveikos skaičiuojami naudojant dalelių tinklelis Ewald metodą [51]. Jonizuojančios būklę liekanos, slėgio ir kitų parametrų buvo nustatyti standartinio diapazone. Ne surištų pora sąrašas buvo atnaujintas po kas 10 žingsnių ir konformacijos buvo laikomi kas 2 Pico sekundžių (ps). Pozicija atlošai modeliavimo 500 ps buvo įgyvendintas leisti tirpiklio molekulės įvesti ertmės regioną struktūrą. Pagaliau, sistema buvo atliktas MDS 30 nano sekundžių (NS). Vidutinė kvadratinė nuokrypis (RMSD), vidutinė kvadratinė svyravimas (RMSF), tirpikliu pritaikyti paviršiaus plotas (SASA), spindulys apskritiminio judėjimo (RG) ir PBS buvo atliekami naudojant Integruotą gromacs įrankius. g_hbond buvo naudojamas apskaičiuoti skirtingų vandenilio obligacijų, kurias sudaro konkrečių likučių į kitas amino rūgščių per baltymų skaičius per modeliavimas (NH obligacijų). g_sham buvo plačiai naudojami gauti nemokamą energijos kraštovaizdį. Grafikai buvo brėžiamas naudojant Malonė VSS Toolkit 5.1.22 versiją, o kaip laisvos energijos peizažai buvo brėžiamas naudojant gnuplot 4.6.0 versija. Visi vizualizacijos buvo atliekami naudojant Pymol, Ligplus, VMD [52] ir grafikai buvo brėžiamas naudojant Grace programa [53] ir gnuplot. Trajektorijos buvo analizuojami naudojant Integruotą įrankį gromacs platinimo.

Pagalbinė informacija
S1 pav. a) atstovas chromatograma MGMT egzono 5, rodantis vieno pagrindo pora G >. t 151 padėtyje, kaip nurodyta vykdančio neoplastiniu chromatogramos rodyklės
b) suderinti Exon 5 seka, kad buvo išplėstos nuo neoplazminė ir ne neoplazminė audinių (greta normalus) su ta laukinio tipo (nuorodos sekos įsigijo iš NCBI) buvo išversta ir SNP kartografuoti buvo parodyta, kad iš serino pakeisti į izoleucinas
Doi:. 10,1371 /journal.pone.0127741.s001
(TIF)
S2 pav. (A) Vidutiniai tretinių struktūrų spalvos pagal Bfactor vertes (b) vidutinio antrinės struktūros atstovavimas abiejų struktūrų
Doi:. 10,1371 /journal.pone.0127741.s002
(TIF)
S3 pav. (A) apskritiminio judėjimo spindulio Wt ir Mu MGMT parodomi atskirai.

(B) RG visų wt ir Mu MGMT atomų, lyginant kartą tūris ruošiniai 300 tūkst.
Masės yra represted Black ir Mu Green.
Doi: 10,1371 /journal.pone.0127741.s003
(TIF)
S4 pav. Tirpiklis prieinamo paviršiaus plotas WT (juoda) ir Mu (žalias) MGMT laikui bėgant tūris ruošiniai 300 tūkst
Doi:. 10,1371 /journal.pone.0127741.s004
(TIF)
S5 pav. Svyravimas spalvos (paviršiaus baltymų pagal Kyte-Doolittle apimties) ne mutavo regione ir grafinis variacijos Kyte-Doolittle masto vieną amino rūgštį ir penkių vidutinis bėgimo hidrofobiškumo tiek wt ir Mu MGMT
Doi:. 10,1371 /journal.pone.0127741.s005
(TIF)
S6 pav. Laikas priklauso Ramachandranas Kontūras sklypas iš visų pasirinktų klasterių laikui bėgant, kiekviena eilutė, rodantis 1. pervežimas Doi PERĖJIMAS: 10,1371 /journal.pone.0127741.s006
(TIF)
S7 pav. Grafiškai GC: į pereinamojo laikotarpio sutrikusi MGMT
Doi:. 10,1371 /journal.pone.0127741.s007
(TIF)
S1 lentelė. Polimorfizmas prognozavimas naudojant skirtingų serverių
Doi:. 10,1371 /journal.pone.0127741.s008
(docx)
S2 lentelė. Charakteristikos studijų dalykų
Doi:. 10,1371 /journal.pone.0127741.s009
(docx)

Padėka

autoriai norėtų pripažinti Dr. Daniele Granata už savo natūra įėjimai laisvos energijos kraštovaizdžių.

• PLoS ONE: Rizikos skrandžio vėžio Vandens šaltinis: Įrodymai iš Golestanas atvejo-kontrolės Study
• PLoS ONE: Reverse Koreliacija tarp MicroRNA-145 ir FSCN1 Poveikio skrandžio vėžys migracija ir Invasion