PLOS Genetik: Oncogenic Passerelle Kombinatioune virauszesoen Séminairen hätt an Gastric Cancer

Wat VerfÜgung

Vill staark Cancers sinn bekannt an hire Dereguléierung vun verschidden oncogenic Weeër engem héije Mooss vun heterogeneity zu Collectioun. Mir machen grouss oncogenic Weeër an gastric Kriibs (GC) mat wichtege Bezéiungen zu Patient Iwwerliewe z'identifizéieren. Benotzt Gentherapie Ausdrock Ënnerschreften, mir Hobson e zu silico VerfÜgung Strategie vun 301 Primärschoul gastric Cancers Musteren vun oncogenic Passerelle Aktivéierung zu Kaart, déi zweet héchsten Ursaach vun global Kriibs veruerteelt. Mir identifizéiert dräi oncogenic Édouard (Prolifératioun /Stammzellenfuerschung, NF-κB, an Wnt /β-catenin) an der Majoritéit dereguléierte (> 70%) vun gastric Cancers. Mir System dës Passerelle Prognosen vun engem Rot vu gastric Kriibs Zell Linnen validéiert. Patient stratification vun oncogenic Passerelle Kombinatioune zougedréckt reproducible a wesentleche Iwwerliewe Differenzen an Multiple cohorts suggeréiert datt Passerelle Interaktioune eng wichteg Roll Behuele vun beaflossen Krankheet spille kann. Individuell GCs kann erfollegräich vun oncogenic Passerelle Aktivitéit an biologically a klinesch relevant subgroups taxonomized ginn. En Passerelle Aktivitéit vun Ausdrock Ënnerschrëfte Genehmegungen also der Etude vun der Pluralitéit Kriibs-Zesummenhang Weeër gläichzäiteg am primäre Cancers, op enger Skala net Moment realiséierbar duerch aner Plattformen proposéiert. VerfÜgung

Author Satz VerfÜgung

Gastric Kriibs ass de zweete Spëtzekandidat Ursaach vun global Kriibs veruerteelt. Mat aktuell Traitementer, manner wéi e Véirel vun de Patienten iwwerlieft net méi wéi fënnef Joer no der Chirurgie. Individuell gastric Cancers sinn héichgradeg disparate an hir bewosst Beméien an Äntwerte schëlleg chemotherapeutic Drogen, gastric Kriibs eng komplex Krankheet bruecht. Passerelle baséiert Approche, anstatt Single Gentherapie Studien kann, hëlleft dat Komplexitéit ze ergrënnen. Hei, mir abrénge vun engem computational Approche Verbindungen tëscht molekulare Weeër a Kriibs Profiler ze identifizéieren. An engem grousse Skala Etude vun méi ewéi 300 Patienten, identifizéiert mir subgroups vun gastric Cancers distinguishable duerch hir Musteren vun molekulare Weeër Führerschäin. Mir weisen dass dës identifizéiert subgroups klinesch relevant sinn Iwwerliewe Dauer an en a kann an wéider der Wiel vun geziilte Therapien entworf zu Bréissel mat dëse molekulare Weeër nëtzlech beweisen. Mir och spezifesch gastric Kriibs Zell Linnen kathoulesch Kierch dës Passerelle subgroups identifizéiert, déi de Pre-Medeziner Beurteelung vun Äntwerte geziilte Therapien an all Ënnergrupp erliichtert soll VerfÜgung

Fro:. Ooi CH, IVANOVA IVANOVA T, Wu J, Lee M, Tan normal schwätzen, Tao J, et al. (2009) Oncogenic Passerelle Kombinatioune virauszesoen Séminairen hätt an Gastric Cancer. PLoS Genet 5 (10): e1000676. Doi: 10.1371 /journal.pgen.1000676 VerfÜgung

Redakter: Jason G. Mezey, Cornell University, Vereenegt Staate vun Amerika VerfÜgung

Arnaque: 22. Abrëll 2009; Akzeptéiert: 3 September 2009; Publizéiert: Oktober 2, 2009 VerfÜgung

Copyright: © 2009 Ooi et al. Dëst ass eng oppen-Zougang Artikel ënnert de Bedingunge vun der Lizenz BY Creative Commons verdeelt, déi bereet benotzen Genehmegungen, Distributioun, an Reproduktioun vun all mëttelgrouss, gëtt d'Original Auteur an d'Quell Kaiser sinn VerfÜgung

Funding:. Dës Aarbecht duerch Subventiounen un PT aus BMRC 05/1/31/19/423, Singapur Cancer Syndikat SCS-BS0001, ënnerstëtzt gouf heimat NMRC e misst /001/2007, an enger Duc-NUS Kär gewähren. D'funders hu keng Roll am Etude Design, Daten Kollektioun an Analyse, Décisioun, oder Virbereedung vun der mëttelalterlech Handschrëft ze publizéieren VerfÜgung

Wettsträit Interessen:.. D'Auteuren hunn deklaréiert, datt keng Competitioun Interessen existéieren VerfÜgung

Aféierung VerfÜgung

Gastric Kriibs (GC) ass den zweete Spëtzekandidat Ursaach vun global Kriibs veruerteelt [1]. Besonnesch verwandelt an Asien, sinn déi meescht GC Patienten mat fortgeschratt Etapp Krankheet diagnostizéiert [2]. Dereguléierung vum kanonesche oncogenic Weeër wéi E2F, K-RAS, p53, an Wnt /β-catenin sécher sinn bekannt mat variabelen Ofstänn zu GC zu geschéien [3] - [6], wat beweist, datt GC eng molecularly heterogen Krankheet ass. Virdrun Studien GC Diversitéit an alleréischter erhéijen beschreiwen hu generell op eenzel Weeër do, nëmmen een oder e puer biomarkers pro Experimenter Moossen [4], [6], [7]. Am Géigesaz, beweist experimentéierte Beweis, datt déi meescht Kriibs phenotypes (ongebremste Wuesstem, Resistenz ze apoptosis, etc) schiddene regéiert net just duerch eenzel Weeër, mä komplex Interaktiounen tëschent Multiple Regle- an Anti-oncogenic sécher Kreesleef [8]. Socles dës Schéier tëscht de Medeziner an experimentell Mätscher gëtt Strategien verlaangen kapabel Moossen an déi Aktivitéit Musteren vu multiple oncogenic Weeër gläichzäiteg am primäre erhéijen. VerfÜgung

virdrun Studien hu mat der Gentherapie Ausdrock Ënnerschrëfte proposéiert d'Aktivitéit vun oncogenic Weeër ze soe vun Cancers [9] - hei, mir Hypothes, datt Musteren vun oncogenic Passerelle Aktivéierung benotzt ginn hätt e Frankräich Lieserbréif vum GC ze entwéckelen. Wichtegst, dat Passerelle-centric Strategie méi aus virdrun microarray Studien Ënnerscheed verbonne Ausdrock beschreiwen Verännerunge mat morphological an Otemschwieregkeeten Typ Differenzen am GC [10], [11], esou Passerelle Ënnerschrëfte (anstatt eenzelne Genen) sinn als Basis fir Kriibs Klassifikatioun benotzt . Mir entwéckelt en zu silico VerfÜgung Method Aktivéierung Niveau vun verschidden Weeër an cohorts vun komplex Primärschoul entholl Profiler a validéiert dës Passerelle-Direkter Klassifikatioun Approche zu Kaart mat Beweis-vun-Konzept Beispiller aus Broscht Kriibs. Mir huelen dann dës Method fir GC eelef oncogenic Weeër ze diskutéieren virdrun zu gastric carcinogenesis agebonne [3] - [7], [12] - [17]. Am Ganzen, analyséiert mir iwwer 300 Primärschoul vun dräi onofhängeg Patient cohorts ofgeleet GCs, fir déi bescht vun eisem Wëssen vun GC zu Datum de gréisste Frankräich Analyse funktionéiert. Mir identifizéiert dräi oncogenic Édouard (nuklear Faktor-κB (NF-κB), Wnt /β-catenin, an Prolifératioun /Desaccord) dass an der Majoriteit dereguléierte waren (> 70%) vun GCs, an System d'Passerelle Prognosen validéiert kënschtlech VerfÜgung mat engem Rot vu GC Zell Linnen. Obwuel Patient stratification um Niveau vun eenzelne Weeër gescheitert konsequent Differenze vun de Medeziner Resultat, Patient stratification vun oncogenic Passerelle Kombinatioune (zB héich Prolifératioun /héich NF-κB vs. niddereg Prolifératioun /niddereg NF-κB) zougedréckt Differenzen reproducible a wesentleche Iwwerliewe weisen zu méi onofhängeg Patient cohorts, proposéiert Iech eng kritesch Roll fir Passerelle Kombinatioune vun GC Medeziner Verhalen ze beaflossen. Eis Resultater beweisen also datt GCs kann erfollegräich Aktivitéit mat oncogenic Passerelle an biologically taxonomized ginn, System, an klinesch relevant bestemmt. VerfÜgung

Resultater VerfÜgung

eis Passerelle Activatiounscode am Cancer Gene Expression Profiler VerfÜgung

Eis Strategie fir Cours'en véier Schrëtt an Cancers Niveau vun oncogenic Passerelle Aktivéierung en (Dorënner 1A). Éischt, mir definéiert 'Passerelle Ënnerschrëfte "- baut vun Genen verännert Ausdrock der funktionell perturbation vun engem spezifeschen Passerelle an engem gutt-definéiert suer- kënschtlech VerfÜgung oder zu VIVO VerfÜgung experimentell System. Zweet, Ëmgéigend mir d'Passerelle Ënnerschrëften op der Gentherapie Ausdrock Profiler vun enger heterogen Serie vun Cancers. Drëtten, sech un déi eenzel Cancers op d'Kraaft vun Associatioun zu der Passerelle Ënnerschrëft baséiert unerkannten engem nonparametric, attributer-baséiert Tasten Prozedur, Aktivéierung Fändelen benotzt. Endlech, huet den eenzelne Cancers op hir Passerelle Aktivéierung Fändelen baséiert zortéiert. VerfÜgung

Virun dëser Approche un GC Kandidatur, als mir et wichteg, dat ze validéieren zu silico VerfÜgung Strategie vun enger Serie vun Beweis-vun -principle Experimenter. Mir kucke d'Beispill vun Broscht Kriibs, e malignancy fir dat do ass doriwwer Beweiser vu Passerelle heterogeneity an diskret "molekulare bestemmt" [18]. Fir dëst Confirmatioun vum Feinsten, mir gefrot éischt wa virdrun beschriwwen Passerelle Ënnerschrëfte mat leider estrogen sécher verbonne konnt benotzt ginn Broscht Kriibs Zell Linnen suer- héije Niveau vun estrogen receptor (ËH) Aktivitéit z'identifizéieren. Mir analyséieren engem Gene Ausdrock Rot vun 51 Broscht Linnen Kriibs Zell ursprénglech zu Neve um al beschriwwen. [18] mat enger 11-Gene 'tamoxifen Empfindlechkeet' Passerelle Ënnerschrëft ofgeleet aus enger Lëscht vun Genen differentially ausgedréckt tëscht MaCa 3366, eng tamoxifen-senisitive Mënsch mammary carcinoma xenograft, an MaCa 3366 /TAM, engem tamoxifen-resistent subline vun der selwechter xenograft [19]. Mir hu fonnt, datt Zell Broscht Kriibs Linnen positiv mat der tamoxifen Empfindlechkeet Ënnerschrëft verbonne Schatzkummer bedeitend méi héich Ausdrock Niveau vun ESR1 VerfÜgung, déi estrogen receptor a molekulare Zilscheif vun tamoxifen, am Verglach zu Linnen weist negativ Passerelle Aktivéierung Fändelen (p = 2,12 × 10 -7, Genauegkeet 84,3%, Empfindlechkeet 100%, Spezifizitéit 75%) (Dorënner 1B an Table S1). VerfÜgung

Zweet, mir mat estrogen verbonne wann eng Passerelle Ënnerschrëft getest sécher mä aus Net- ofgeleet Broscht Otemschwieregkeeten kéint och d'selwecht Rot vun Broscht Kriibs Zell Zeilen ze stratify benotzt ginn. Mir queried der Zell Linn Rot Broscht Kriibs mat engem 41-Gene 'estrogen Äntwert' Ënnerschrëft ofgeleet aus enger Lëscht vun Genen vun estradiol upregulated zu U2OS Mënsch Kand besser Zellen [20]. Trotz der Ënnerschrëft vun engem anere Otemschwieregkeeten Typ zoustänneg (zB Kand besser), eemol mir fonnt Kéier dass, wann zortéiert baséiert op hir virausgesot estrogen Réceptivitéit, Zell Linnen Broscht Kriibs Strooss zesummen duerch hir Niveau vun ESR1 VerfÜgung (estrogen receptor) Ausdrock (p = 0,0035, Genauegkeet 62,7%, Empfindlechkeet 94,7%, Spezifizitéit 43,8%) (Dorënner 1c an Table S1). Dës Resultater bewisen, datt et effektiv machbar ass Musteren vun Passerelle Aktivatioun vun enger Kriibserkrankung interesséieren (gastric Kriibs an eisen Fäll) ze soe mat Ausdrock Ënnerschrëften aus verschiddene experimentell Konditiounen kritt an och verschidden Otemschwieregkeeten Typen. VerfÜgung

Stil vun Oncogenic Passerelle Activatiounscode am GC VerfÜgung

No dëser Passerelle Cepheid Approche ausseet, dunn hu mir d'Strategie Primärschoul GC zu gëllen. Amplaz all méiglech Passerelle Testen, ausgewielt mir eelef oncogenic an entholl suppressor Weeër virdrun zu gastric carcinogenesis agebonne, an eiser Analyse RAS benotzt [4], p53 [5], BRCA1 [12], p21 [13], Wnt /β-catenin [6], E2F [3], SRC [14], MYC [15], NF-κB [21], histone deacetylation (HDAC) [16], an Desaccord-Zell am Zesummenhang Ënnerschrëfte [17]. Wann méiglech, versichten mir Multiple Ënnerschrëfte fir all Passerelle, Ze- aus onofhängeg publizéiert Etuden ze wielen. Zum Beispill, vun de zwou E2F Aktivéierung Ënnerschrëfte an eiser Approche benotzt, war vun Pinguin E2F1 Aktivitéit zu Grenzwäerter fibroblast Zellen eng Ënnerschrëft kritt [22], während déi aner Ënnerschrëft war en Kand besser-ofgeleet Zell Linn mat wouvun eng inducible ËH-E2F1 Fusioun FAQ kritt [23]. Finale Passerelle Prognosen fir weider analyséiert goufen normalerweis duerch Kombinéiere eenzelne Ënnerschrëfte gehéiert zu der selwechter Passerelle kritt (cf. spontan a Methoden). VerfÜgung

Mir berechnen Aktivéierung Fändelen fir d'eelef Weeër dreit 20 Passerelle Ënnerschrëfte ganze dräi onofhängeg cohorts vun der Primärschoul GCs ofgeleet vun Australien (Kohort 1-70 erhéijen), Singapur (Kohort 2-200 erhéijen), an d'Vereenegt Kinnekräich (Kohort 3-31 erhéijen). Ze visualiséieren Musteren vun Passerelle Aktivéierung duergestallt mir all Kohort als heatmap, wou de heatmap Faarf fir all Passerelle an der eenzelne GCs der virausgesot Stäerkt vun Aktivéierung duerstellt. Mir observéiert bedeitend heterogeneity vun Passerelle Aktivéierung tëschent eenzelne GC Patienten (Dorënner 2A-2C). Allerdéngs, vun onofhängege Studie ofgeleet Ënnerschrëfte representéiert ähnlech Weeër dacks ähnlech Cepheid Musteren (zB NF-κB (Haut) a NF-κB (cervix)) Kriseperiod, an engem Chi-Feld Test confirméiert wesentlechen Niveau vun Ähnlechkeet vun de globale Musteren vun Passerelle Aktivéierung tëscht der Australien a Singapur cohorts (p = 0.00038), an tëscht de Australien an UK cohorts (p = 0,00051, gesinn Table S2) suggeréiert datt de GC Passerelle Prognosen fir e spezifeschen Patient Kohort net Kierf sinn. Mir identifizéiert zwee gréisser Kéip vun de Ko-ageschalt Weeër, déi komplett am Cohorts agekacht waren 1 an 2 (Dorënner 2A an 2B) a meeschtens zu Kohort 3 (Dorënner 2C) agekacht. Dës abegraff (i) eng 'Prolifératioun /Desaccord' Passerelle Stärekoup (brong vertikalen Bar zu Dorënner 2) opmierksam Weeër verbonne mat verschiddenen Zell Zyklus Legislateuren (e.g. MYC, E2F, p21) an Zell Ënnerschrëfte Desaccord; an (II) eng 'oncogenic sécher "Passerelle Stärekoup (gro vertikalen Bar zu Dorënner 2) mat villen verschiddenen oncogenic Édouard (BRCA1, NF-κB, p53, Wnt /β-catenin, SRC, RAS, an HDAC Weeër).

kënschtlech VerfÜgung Validatioun vun VerfÜgung Passerelle blenden

de GC Passerelle heatmap zu Dorënner 2 vun analyséiert, ausgewielt mir dräi oncogenic Édouard (NF-κB, Wnt /β-catenin, an Prolifératioun /Desaccord) dass individuell zu engem groussen Deel vun GCs (≥35%) ausgeléist huet, a wann déi Garantien vun der Majoritéit kombinéiert (> 70%) vun GCs. Prolifération /Desaccord Weeër an 40% vun GCs ausgeléist huet an all Kohort: (: 43 bis 48% Gamme), an der NF- (Gamme 38 zu 43%), Wnt /β-catenin Weeër sech zu 46% vun GCs ageschalt (: 35 bis 41% Gamme) (Faarf Baren ënnert all heatmap zu Dorënner 2) κB Passerelle war zu 39% vun GCs ausgeléist. Dës Ofstänn an aner dacks dereguléierte Édouard (zB p53) an Table S3 opgezielt sinn. VerfÜgung

experimentally Fir dës Primärschoul GC Passerelle Prognosen validéieren, applizéiert mir d'Passerelle Cepheid sind zu engem Rot vu 25 GC Zell Linnen (GCCLs) ( Figur 3). Ähnlech un alleréischter GC, 'Prolifératioun /Desaccord' an 'oncogenic sécher "Passerelle Kéip waren och an der GCCLs observéiert. Doriwwer eraus, representéiert Ënnerschreften déi selwecht Passerelle, mee aus verschiddenen Etüden, wéi déi zwee onofhängeg MYC-ofgeleet Ënnerschrëfte kritt [9], [24] och zesummen am GC Zell Linnen Strooss no unsupervised Hierarchie Käre (violett Klammeren zu Dorënner 3). Opgewäert duerch d'Passerelle Prognosen, identifizéiert mir spezifesch GC Zell Linnen Musteren vun oncogenic Passerelle Aktivitéit suer- Primärschoul GCs kathoulesch Kierch. Vertrauen an d'Selektioun vun spezifesch Zell Linnen wéi kënschtlech VerfÜgung Modeller och déi Widderhuelung déi Cepheid Prozedur siwe Mol mat enger Rei vun Referenzmaterial Profiler, rangéiert vun de Steiren GCCL Profil an onofhängeg Profiler wéi Net-malignant normal erreecht gouf Mo. Profiler (kuckt spontan a Methoden an Table S4). Pairwise Vergläicher confirméiert datt all zwou Referenz Profiler méi wahrscheinlech Passerelle concurring Prognosen wéi contraire Prognosen (Text S1 an Table S4) ze produzéieren goufen. Puer Beispiller vu Vertrieder Linnen och AZ521 an MKN28 Zellen, déi weise Aktivatioun vun Prolifératioun /Desaccord Édouard YCC3 an AGS Zellen fir Wnt /β-catenin Weeër, an MKN1 an SNU5 Zellen fir d'NF-κB Passerelle. VerfÜgung

éischt, gemooss mir direkt d'proliferative Taux vun 22 GCCLs an d'Prolifératioun Taux Date mat der heeschen Aktivéierung Ball aus Ënnerschreften vun der Prolifératioun soll /Zell Passerelle Stärekoup Stammzellenfuerschung. Et war e wesentleche Associatioun tëscht der experimentally sech proliferative Tariffer an d'Passerelle Aktivéierung Fändelen (R = 0,4688, p = 0.0278) (Dorënner 4A). Ënnerstëtzen d'Notioun dass oncogenic Passerelle Ënnerschrëfte ausféieren dacks Passerelle Aktivitéit sinn am Verglach zu den Ausdrock vun eenzege Schlëssel Passerelle Genen, sech kee groussen Associatiounen fir entweder MYC oder E2F1 Ausdrock (p = 0,48 an 0,38 fir MYC an E2F1, bzw.) (Dorënner S1 observéiert ). VerfÜgung

Second, fir d'Wnt /β-catenin Passerelle Prognosen ze validéieren, mir den Ausdrock vu verschidde Wnt Passerelle Komponente (β-catenin, TCF4) a Bekannten Niveau vun TCF /LEF transcriptional Aktivitéit am GC analyséiert Zell Linnen virausgesot Wnt /β-catenin- ageschalt oder Wnt /β-catenin-nonactivated gin. Vu siwen Zell Leitungen fir hire experimentell tractability ausgewielt (zB kamoud vun transfection a praktesch Wuesstem Konditiounen), hunn mir dass souwuel β-catenin an der TCF /LEF Transkriptiouns Faktor TCF4 (och als TCF7L2 bekannt), grouss Deeler vun der Wnt sécher Passerelle, am GC Zell goufe vun der Passerelle Aktivéierung virausgesot ausgedréckt Analysë héich Wnt /β-catenin Aktivitéit (AGS, YCC3, Kato III, an NCI-N87) ze hunn, awer net zu zwee aus dräi Linnen (SNU1 an SNU5) ausgedréckt assoziéiert mat onkompatibel oder niddereg Wnt /β-catenin Aktivéierung Fändelen (Dorënner 4B). Ausserdeem, an direkt Wnt Passerelle Aktivitéit assay an Uerdnung, alles mir TCF /LEF transcriptional Aktivitéit am GC Zell Linnen mat Topflash, engem luciferase ausdrécken plasmid multimerized TCF bindend Siten wou. D'Topflash assay bestätegt héich TCF /LEF transcriptional Aktivitéit zu dräi vun véier GC Zell Linnen héich Wnt /β-catenin Aktivitéit (AGS, YCC3, a Kato III) hunn erginn, mee minimal oder guer keng Topflash Aktivitéit am GC Zell Linnen verbonne mat onkompatibel oder niddereg Wnt /β-catenin Aktivéierung Fändelen (SNU1, SNU5, an SNU16). Ausserdeem, huet de β-catenin Passerelle Aktivéierung Punkten däitlech méi héich zu GCCLs mat méi wéi zwee-Weeër TCF /LEF transcriptional Aktivitéit (AGS, YCC3, Kato III, an NCI-N87) wéi zu GCCLs mat manner TCF /LEF transcriptional Aktivitéit (p = 0,007, Dorënner 4B). Am Verglach géint eenzel Genen, ausféieren Associatiounen zu TCF /LEF transcriptional Aktivitéit Neits goufen observéiert der heeschen Aktivéierung Ball aus Wnt /β-catenin Ënnerschrëfte Verglach zu entweder β-catenin oder TCF4 (aka TCF7L2) Ausdrock eleng (p = 0,038 fir Ënnerschrëften vs. p = 0,31 an 0,58 fir β-catenin an TCF4, bzw.) (Dorënner S1). VerfÜgung

Analyse, d'NF-κB Passerelle Prognosen ze validéieren, ausgewielt mir 11 GCCLs konsequent wéi entweder NF-κB- virausgesot ageschalt (NF-κB /op ", sechs GCCLs) oder NF-κB-nonactivated (NF-κB /ugefaangen", fënnef GCCLs) (Dorënner S2). Geklomm Gentherapie Ausdrock vun p50 an p65, den NF-κB heterodimer subunits, sech an NF-κB /op GC Zell Linnen Verglach zu NF-κB /ugefaangen GC Zell Linnen (p = 0,0002 fir p50, p = 0,046 fir p65, observéiert Dorënner 4C) a bei d'FAQ Niveau p65 Ausdrock war haaptsächlech am NF-κB /op Linnen (Dorënner 4C) observéiert. Benotzt immunocytochemistry op formalin fix paraffin Ënnerbewosstsinn GC Zell Linnen, p65 FAQ Ausdrock méi war dacks am NF-κB /op GC Zell Linnen Verglach zu NF-κB /ugefaangen GC Zell Linnen an Conditioune vun nuklearem sublocalization observéiert, Prozentzuelen vun Zellen mat staining (entweder nuklear oder cytoplasmic), an staining Intensitéit (Table S5, Dorënner S3). wann NF-κB /op GC Zell Linnen och Schatzkummer Ënnerscheed Ausdrock vun p65-reegelen Genen Verglach zu NF-κB /ugefaangen GC Zell Zeilen ze bestëmmen, kombinéiert mir d'Lëscht vun Genen direkt vun der p65 Transkriptiouns Faktor gebonnen [25] mat Lëschte vun Genen um mRNA Niveau vun TNF-α reegelen [26], e bekannte inducer vun NF-κB Aktivéierung. Benotzt Gene Set Beräicherung Analys (GSEA, [27]), mir dass p65 Zil- Genen upregulated vun TNF-α Behandlung fonnt goufen an NF-κB /op GC Zell Linnen Verglach zu NF-κB /ugefaangen GC Zell Linnen (normalized Beräicherung vill overexpressed stoung, Nes = 1,86; falsch Entdeckung Tarif, FDR &Si besteet; 0,001, ënnen am Rot, Dorënner 4C). Ëmgedréit, sech duerch TNF-α downregulated Genen p65 Zil- bedeitend an NF-κB /op GC Zell Linnen Verglach zu NF-κB /ugefaangen GC Zell Linnen underexpressed (Nes = -1,56, FDR = 0,019, ënnen am Rot, Dorënner 4C). Ofschléissend, fir direkt d'Präsenz vun nik NF-κB Aktivitéit confirméieren, transfected mir dräi NF-κB /op GC Zell Versen an zwee NF-κB /ugefaangen GC Zell Linnen mat engem luciferase reporter eng NF-κB reporter Gentherapie mat. Als zu Dorënner 4D gewisen, déi dräi NF-κB /op GC Zell Linnen Schatzkummer nik NF-κB transcriptional Aktivitéit am Verglach zu den zwou NF-κB /ugefaangen GC Zell Linnen (p = 0.0084). VerfÜgung

kollektiv deelgeholl, dës Resultater vum Konzept dass zu silico VerfÜgung Passerelle Prognosen benotzt Gentherapie Ausdrock Profiler verbonne si mat Aktivatioun vun den zoustännege Passerelle kënschtlech VerfÜgung Ënnerstëtzung. VerfÜgung

Passerelle Kombinatioune virauszesoen Gastric Cancer Patienten- traureg VerfÜgung

de Medeziner Relevanz vun der identifizéiert Passerelle subgroups ze evaluéieren, ze propagéieren mir wann Musteren vun Passerelle Co-Aktivéierung wéi an der heatmaps vun de verschiddene cohorts illustréiert kéint zu Patient Iwwerliewe Zesummenhang ginn. Mir benotzt globale Iwwerliewe Daten aus Kohort 1 an Kohort 2 an stratified Patienten duerch hir virausgesot Musteren vun Passerelle Aktivéierung. Eng Primärschoul GC Profil huet wéi weist héich Aktivéierung Niveau vun enger Passerelle definéiert wann den Aktivéierungscode stoung virun null war - i.e. positiv mat der Passerelle Ënnerschrëft verbonne ginn. Patient Gruppen stratified déi entweder d'Prolifératioun /Desaccord Passerelle Aktivéierung stoung eleng oder de NF-κB Passerelle Aktivéierung stoung eleng net ënnerschiddlech hir allgemeng Iwwerliewe wat (p > 0,05 fir Prolifératioun /Desaccord an NF-κB zu souwuel cohorts, Dorënner 5A an 5B). Allerdéngs, wann der Passerelle Aktivéierung Fändelen waren kombinéiert, Patienten mat héije Aktivéierung Niveaue vu béiden NF-κB an Prolifératioun /Desaccord Weeër hu vill méi kuerz Iwwerliewe Verglach zu Patiente mat niddereg Aktivéierung Niveaue vu béiden NF-κB an Prolifératioun /Desaccord Édouard (p = 0,0399 a p = 0,0109 fir Cohorts 1 an 2 sinn, well 5D). VerfÜgung

Activatiounscode vun der Wnt /β-catenin Passerelle vill mat Patient Iwwerliewe vun Kohort 1, verbonne war (p = 0,0056, Dorënner 5C) awer net zu Kohort 2 (p = 0,0693, Dorënner 5C). Allerdéngs, Kranken an Cohorts 1 an 2 mat héije Aktivéierung Niveaue vu béiden Wnt /β-catenin an Prolifératioun /Desaccord Weeër hu vill verschlechtert Iwwerliewe Verglach zu Patiente mat niddereg Aktivéierung Niveau vun zwee Weeër (p = 0,0073 a p = 0,0086, Dorënner 5E ). Fir Ulass standing d'Cotisatioune vun der Passerelle Kombinatioune géint bekannt histopathologic Kritären, déi mir engem multivariate Analyse dorënner kombinéiert Passerelle Prognosen a agebousst entholl Etapp (TNM Klassifikatioun: Etappen 1-4), déi wichtegst prognostic Faktor am GC [28]. An souwuel cohorts, kombinéiert Aktivatioun vun Prolifératioun /Desaccord an NF-κB Weeër bewisen engem prognostic Faktor onofhängeg vun entholl Etapp (p = 0,003 an 0,048 fir Cohorts 1 an 2, bzw.) (Table S6) ze ginn. Anerersäits, kombinéiert Aktivatioun vun Prolifératioun /Desaccord an Wnt /β-catenin Édouard eng onofhängeg prognostic Faktor Kohort war 1 an erreecht geséchert Bedeitung vun Kohort 2 (p &Si besteet; 0,001 an p = 0,058, Table S7). Dës Resultater bewisen, datt de Bilan vun der kombinéiert Passerelle Aktivéierung Status klinesch relevant ass a besonnesch och zousätzlech prognostic Informatiounen iwwer déi kann a virun der aktueller Gold Standard vum Patient hätt Cepheid, déi TNM baséiert entholl Stadium. VerfÜgung

Diskussioun VerfÜgung

an dëser Etude, géng mir zu individualizing Patient Behandlungen a verbesseren Resultater GCs an molecularly homogen subgroups als eng éischt Etapp zu subdivide. Wichtegst, am Géigesaz zu de leschte GC microarray Studien Gentherapie Ausdrock Musteren Liewewiesen ze Histologie oder Präparaten Zort [10], [11], kucke mir eis GC Ënnerdelungen op Musteren vun oncogenic Passerelle Aktivitéit ze baséieren. Der Entwécklung an dësem Roman Klassifikatioun Approche ausseet, konnten zu mir, fir d'éischte Kéier, e Frankräich Lieserbréif vum GC baséiert op Musteren vun oncogenic Passerelle Aktivitéit beschreiwen. Eis Approche ass besonnesch fir Gentherapie Ausdrock microarrays geegent, well dës Quaien dausende vun mRNA gët an all Prouf interrogate, doduerch heiansdo d'Bewäerte vu verschidde Weeër gläichzäiteg zu enger eenzeger Experimenter. Am Géigesaz, esou eng Approche ass net de Moment méiglech op d'FAQ Niveau wéinst Manktem vun passenden Quaien. Mat Hëllef vun dëser Strategie, identifizéiert mir dräi dominant Weeër Aktivatioun vun der Majoritéit ze weisen (> 70%) vun GCs: Prolifératioun /Stammzellenfuerschung, Wnt /β-catenin, an NF-κB sécher VerfÜgung

D'Kapazitéit fir Leeschtunge. esou "héich-duerch dat Passerelle profiling" mécht vill interessant Pisten. Zum Beispill, hunn e puer Studien gemellt virdrun onkompatibel Resultater iwwert d'prognostic Impakt vun verschiddenen oncogenic Weeër an GC - d'prognostic Implikatioune vun Prolifératioun-Zesummenhang antigens wéi Ki-67 zu GC sinn net fest etabléiert [29], an héich NF-κB Aktivéierung am GC ass mat zwou gutt a schlecht GC Patient Resultat vun aner Studien [7], [30] assoziéiert. Et ass gutt méiglech, datt e puer vun dëse anner wéinst engem historeschen konzentréieren gewiescht kann konventionell Methoden op benotzt an entweder eenzel Weeër oder individuell Passerelle Komponente (Genen /Proteinen) analyséiert. Eis Observatioun déi Passerelle Kombinatioune predictive vum Patient Resultat sinn hindeit datt Passerelle Kombinatioune, anstatt eenzel Weeër gehalen, eng kritesch Roll Behuele vun beaflossen entholl spille kann. VerfÜgung

weideren Virdeel vun héich-duerch dat Passerelle profiling ass d'Fähegkeet ze definéieren héich fir Relatiounen tëscht z'ënnerscheedde oncogenic Weeër. An der aktueller Etude, mir observéiert konsequent concomitant Aktivatioun vun E2F, MYC, p21 (-repression), an Zell Weeër an erhéijen Desaccord (de 'Prolifératioun /Desaccord' Passerelle Stärekoup). Dëst ass déi wahrscheinlech wéinst fräi bewosst Verbreedung zu entholl Zellen, wéi E2F wichteg zu Zell Prolifératioun Kontroll ass an MYC ass souwuel eng p21-repressor an inducer vun cyclin D2 an cyclin-ofhängeg kinase bindend FAQ CksHs2 [31]. Ausserdeem, Zellen Desaccord, besonnesch embryonal Stammzellen (ESCs), sinn och héich Zell Prolifératioun Tariffer ze weise bekannt [32]. vermeintlech System verschidde Weeër, wéi β-catenin an SRC, souwéi HDAC inhibition an BRCA1 méi intriguingly, mir observéiert och no Associatiounen tëscht. Esou Passerelle Co-Aktivéierung Musteren funktionell Interaktiounen tëschent dëse Weeër kënne proposéieren, dat weider ze ginn studéiert verdéngt. Zum Beispill, ass et méiglech, datt ageschalt c-SRC kann de Begrëff vun der Wnt sécher Passerelle [33] verbesseren. Projekt d'Relatiounen tëscht Weeër Co-Aktivéierung weist also wäertvoll Informatiounen iwwert d'Fäegkeet vun de Kriibs Zell suerge kann d'Aktivitéit vun der Pluralitéit Weeër ze koordinéieren. VerfÜgung

Eng drëtt Virdeel vun der Passerelle profiling Approche ass, datt et Identifikatioun vun gréisser erliichtert Krankheet-Zesummenhang Weeër. Vun de Weeër an dëser Etude analyséiert, kann d'Opklärung datt NF-κB sécher zu engem groussen Deel vun GCs gefördert ginn verdéngt opmierksam wéi dës Passerelle relativ manner am GC lant gouf. Spannen, wann mir e groussen Ënnerscheed zu souwuel p50 an p65 (den NF-κB subunits) Gentherapie Ausdrock tëscht NF-κB /op an NF-κB /ugefaangen GCCLs observéiert, hu mir net Verkaf Ënnerscheed p50 FAQ Ausdrock vun dëse Linnen fest, an Géigesaz zu p65 (Dorënner 4C). Dëst kann zu enger Kombinatioun vun dräi Grënn wéinst ginn. Éischt, ass den absolute Gamme vun p65 Gentherapie Ausdrock ganze Zell Linnen mat Ofstand méi grouss wéi déi absolut Gamme vun p50 Gentherapie Ausdrock (&​​GT; 3 ×, Dorënner S4). Zweet, d'Western blotting assay benotzt dëse FAQ Miessungen zu performant ass bekannt héich Net-grouss ze ginn, déi am Ausdrock subtil Differenzen Mask kann. Drëtt, doriwwer Gentherapie Ausdrock, ass p50 Ausdrock och Sujet zu enger Rei vu Post-transcriptional reglementaresche Mechanismen wéi Virleefer Rëss dass d'Finale Niveau vun p50 FAQ beaflossen kéinten, iwwerdeems p65 net aus engem Virleefer FAQ [34] generéiert gëtt. NF-κB gouf vun H gin ageschalt gewisen. pylori VerfÜgung [35], e bekannte GC carcinogen, an aberrant NF-κB sécher ass och zu Multiple inflammation-Hausnummeren Cancers wéi GC [36] agebonne ginn. NF-κB gouf virgeschlo constitutively am primäre gastric Cancers an e puer Studien ageschalt gin [7]. Cibléiert NF-κB-inhibitors Moment ginn an vill anticancer Drogenofhängeger Entwécklung Programmer an engem Ziel vun GC Patienten (dh déi mat nik NF-κB Aktivitéit) kënne vertrieden enger gëeegenter Ënnerklass fir Evaluéieren der Efficacitéit vun dësen awer aktiv entwéckelt. VerfÜgung

den zu silico VerfÜgung Method vun eiser Etude benotzt gëtt conceptually ähnlech zu der Aarbecht vun thailännescher et al, wéi en Duebelstäresystem Réckgang Modell benotzt erhéijen ze klassifizéieren baséiert op der virausgesot Aktivitéit vu fënnef oncogenic Weeër [9]. Anescht wéi Duebelstären Réckgang, eiser Approche, déi Notzung vun enger Platz-baséiert Konnektivitéit Tonne mécht [37], brauch keen representativ Training Prozess op all Passerelle Ënnerschrëft an och net d'Disponibilitéit vun raw Ausdrock Donnéeën net verlaangen, d'Benotze vun de ville Saachen publik Passerelle Ënnerschrëfte an der Literatur [27]. Mä, stellt der Gentherapie Ausdrock-baséiert Approche Aschränkungen hunn. Éischt, well eis Passerelle Prognosen iwwert Gentherapie Ausdrock baséiert sin anstatt Proteinen, sinn esou Prognosen jo molekulare surrogates vun richteg Passerelle sécher Aktivitéit. Zweet, si mir am Moment limitéiert zu analyséiert oncogenic Weeër bekannt virdrun an der Literatur identifizéiert. Drëtt, obwuel mir kënnen sech aus Passerelle Ënnerschreften ze benotzen ganz verschiddene Otemschwieregkeeten Kontexter Passerelle Aktivéierung Zoustand, en Examen vun der éischter Prouf-vun-Prinzip Broscht Kriibs Beispiller verroden ze soe, datt d'Associatioun vun ËH Status Réceptivitéit fir estrogen wéi mat dem Kand besser Ënnerschrëft virausgesot , obwuel däitlech, mat Ofstand méi schwaachen Verglach zu der Associatioun vun ËH zu tamoxifen Empfindlechkeet Status virausgesot aus der selwechter Otemschwieregkeeten Typ eng Ënnerschrëft benotzen ofgeleet (dh Broscht). Dëst Resultat erausfonnt, dass et och Otemschwieregkeeten-spezifesch Differenzen an Passerelle Ënnerschrëfte existéieren kann dat Cepheid Genauegkeet Afloss kann. Véiert, am Verglach zu eiser Etude déi op Curriculum vun bekannt biologescher Relevanz vun GC Schwéierpunkt, ass et net kloer, ob dës Method fir Krankheeten applizéiert gin kann wou Wësse vun Équipe Weeër net sinn kann. verbonne mat ënnerschiddlechen biochemical a sécher Weeër schonn an der Literatur, déi aus dem ëffentlechen Datebanke wéi MSigDB zougegraff ka ginn (http://www.broad.mit driwer, soll et (1000 >), datt e Räichtum vun Passerelle Ënnerschrëfte bemierkt ginn .edu /gsea /msigdb /genesets.jsp? Kollektioun = CGP). Zënter eiser Approche kënne bis quasi all Krankheet Donnéeën applizéiert gin fir déi Gene Ausdrock Informatiounen disponibel ass, ass all Ënnerschrëft vun engem héich-duerch dat Manéier Testen fir Beweiser vun der Passerelle Dereguléierung souwuel erdenklech an machbar. An esou Fäll, Passerelle héich Ofstänn vun Dereguléierung suer- géif dann Kandidat Weeër an der Krankheet an Fro Équipe vertrieden, déi dann fir do Enquête an trotzdeem cibléiert ginn. Adresséieren dës Problemer wäert de Buedem fir vill Zukunft Fuerschung Form. VerfÜgung

An Conclusioun, hunn mir zu dësem Wierk gewisen, datt Ënnerschrëfte Weeër kann erfollegräich Aktivéierung Status vun bewosst sécher Weeër, och am biologesche gouffen als komplex ze soe ginn als mënschlech GC. Eng kloer direkt Applikatioun vun esou enger Passerelle-baséiert taxonomies fir de Gebrauch vun geziilte Therapien summenhang kann. Initialen Prozesser d'Roll vun geziilte Therapien an GC bewäert hunn nëmme bescheide Resultater bewisen [38]; Ee, hunn déi meescht vun dëse Studien opgeféiert ginn ouni Précoce-stratifying Patienten molekulare oder histopathologic Critère benotzt.

• PLOS NËMMEN: Silencing vun Claudin-11 Ass mat Geklomm Invasiveness vun Gastric Cancer Cells
• PLOS NËMMEN: Aberrant Expression vun Cx43 mat der Peritoneal Metastasen vun Gastric Cancer an Cx43-Mediated Gap Kräizung verbessert Gastric Cancer Zell Diapedesis aus Peritoneal Mesothelium