PLoS ONE: ekspresijos kamieninių ląstelių susijusių genų neoadjuvantu apdorotų skrandžio vėžys A NOTCH2, GSK3B ir β-kateninai Genų Parašas prognozuoja Survival

Anotacija

vėžio kamieninių ląstelių (CSC), remiantis genų ekspresijos parašus yra susijęs su prognoze įvairių auglių tipų ir žiurkių ir CSCS yra pasiūlyti, kad būtų ypač atsparus narkotikų. Mūsų tyrimo tikslas buvo, pirma, nustatyti prognostinę reikšmę "CSC-susijusios genų ekspresija liekamųjų vėžinių ląstelių neoadjuvantu gydytų skrandžio vėžio (GC) pacientams. Antra, norėjome ištirti, ar yra ekspresijos pokyčiai tarp prieš ir po gydomųjų navikų mėginiuose, nuosekliai su narkotikų atsparių vėžinių ląstelių praturtėjimo. 44 genų ekspresija buvo analizuojami 63 formalinu fiksuotos, parafino įdėta naviko egzempliorių su daline naviko regresija (10-50% liekamojo naviko) po neoadjuvantas chemoterapijos kiekybiniais realaus laiko PGR mažo tankio matricos. Iš kartu GSK3B pervežimas ^{aukštos beta-kateninai parašas (CTNNB1)
didelis ir NOTCH2
mažas išraiška buvo stipriai koreliuoja su geriau pacientas išgyvenimas (p < 0,001). Prognostinė reikšmė šių genų taip pat buvo nustatyta analizuojant viešai prieinamus genų ekspresijos duomenis. 9 genų ekspresija buvo lyginami tarp anksto terapinių biopsijos ir po gydomųjų rezekcijos egzempliorių. Nemaža po terapinis padidėjimas IŠPJOVOS
2 LGR5 parsisiųsti ir POU5F1
išraiška buvo rastas auglių su skirtingais naviko regresiją klasėse. Jokių reikšmingų pakitimų nepastebėta už GSK3B
ir CTNNB1
. Imunohistocheminis analizė parodė su chemoterapija susijęs padidėjimą NOTCH2 raiškos intensyvumas, bet ne į NOTCH2 procentais. Kartu paėmus, GSK3B, CTNNB1 parsisiųsti ir NOTCH2
išraiška parašas yra naujas, perspektyvus prognostinę parametrą GC. Diferencialo ekspresijos analizės rezultatai rodo, svarbų vaidmenį NOTCH2 ir atsparumo chemoterapijos GC, kuris, atrodo, susiję su nuo narkotikų apie NOTCH2 išraiška, o ne kurio NOTCH2 išreikšti navikines ląsteles praturtėjimo poveikį.}

citavimo: Bauer L, Langer R Becker K Hapfelmeier A Ott K Novotny A et al., (2012) ekspresijos kamieninių ląstelių susijusių genų Neoadjuvantinė gydytų skrandžio vėžys: NOTCH2
GSK3B parsisiųsti ir , β-kateninai
Genų Parašas prognozuoja išlikimui. PLoS vieną iš 7 (9): e44566. Doi: 10,1371 /journal.pone.0044566

redaktorius: "Ju-Seog Lee Teksaso universiteto MD Anderson Cancer Center Jungtinės Amerikos Valstijos

Įstojo: Gegužės 16, 2012; Priimtas rugpjūčio 8, 2012 m Paskelbta rugsėjo 10, 2012

Visos teisės saugomos: © Bauer et al., Tai atviros prieigos straipsnis platinama pagal Creative Commons Attribution licencija, kuri leidžia nevaržomai naudotis, paskirstymo ir dauginimąsi bet kokioje laikmenoje sąlygomis, su sąlyga, kad pirmasis autorius ir šaltinis įskaitomos

Finansavimas:. The tyrimą parėmė Deutsche Krebshilfe Mildred SCHEEL Stiftung, suteikti numerį 108524 GK ir KB. Finansuotojas neturėjo vaidmenį studijų dizainas, duomenų rinkimo ir analizės, sprendimų skelbti, ar ruošiant rankraštį

konkuruojančių interesų.. Autoriai pareiškė, kad nėra konkuruojantys interesai egzistuoja

Įvadas

Advanced skrandžio karcinomos (GC) dažnai gydomi Platin /5-fluorouracilu (5FU) - pagrįstos neoadjuvantu chemoterapija [1]. Šio gydymo tikslas yra, be kita ko, trauktis auglį prieš operaciją padidinti visiškai rezekcija tikimybę ir tokiu būdu pagerinti pacientų išgyvenimą. Tačiau, atsako dažnis yra mažas, ir visiškas arba tarpinį naviko regresija yra stebimas tik 20-40% pacientų [1], [2]. Taigi, atsparumas chemoterapija yra pagrindinė kliūtis sėkmingam gydymui

Pasak vėžio kamieninių ląstelių hipotezę, naviko ląstelės yra nevienalytė, ir didinamas atsparumas vaistas yra ypač fenotipas iš vėžinių ląstelių mažumos -. Soci- vadinami vėžio susidarymą ląstelės arba vėžys kamieninės ląstelės (CSCS) [3] - [5]. AN CSC populiacijos padidėjimas po chemoterapijos buvo įrodyta, [6], [7], ir kamieninių ląstelių pagrindu genų ekspresijos parašai buvo susijęs su blogos prognozės įvairiose navikų, įskaitant skrandžio karcinoma [8] - [11]. CSC hipotezė vis dar prieštaringai aptarta, bet yra įrodymų, kad CSCS egzistavimo keliose auglio tipų ir molekulinių žymenų buvo nustatyti, kurie pirmenybė rasti šių ląstelių [4], [5]. Iš embriono signalizacijos būdus, pavyzdžiui, WNT, Notch ir Ežys kelius aktyvavimo, buvo pasiūlyta kaip varomoji jėga už CSCS [4] formavimo, [12]. Duomenys apie šaltinį ir buvimą skrandžio CSCS likti abejotini [13] - [17]. Pelėms, kaulų čiulpų ląstelės, gautos arba konkreti ląstelė populiacija antralinėje dalyje išreiškiančio WNT tikslas molekulės LGR5, kurie yra susiję su CSCS skrandyje [17], [18]. Be to, CD44 ir CD24 buvo pasiūlyta kaip specifinių ląstelės paviršiaus žymenų, tačiau duomenys prieštaringi [19], [20].

neoadjuvantu gydymo protokolas GC suteikia puikią galimybę prieš ištirti naviko ląsteles ir po chemoterapijos pacientams. Šiame tyrime siekėme išsiaiškinti, pirma, ar tariamų "CSC susijusių genų po terapinio likutinės naviko išraiška prognozuoja pacientų išgyvenimą ir, antra, ar konkretūs genai skirtingai išreikšta tarp anksto terapinių biopsijos ir po gydomųjų naviko egzempliorių , atitinka su chemoterapijos atsparus vėžinių ląstelių, kaip prognozuojama CSC koncepcija praturtėjimo. Pacientų, kurie parodė didelį naviko susitraukimas po neoadjuvantas chemoterapijos, bet vis tiek grupė turėjo pakankamai likusias vėžines ląsteles laisvų analizei (10-50% liekamojo naviko), buvo laikomi labiausiai tinkamą grupės pradėti su atrankos analizės prognozinių atitinkamų genų ir tada nustatyti atitinkamas skirtumus genų ekspresijos tarp prieš ir po gydomųjų navikų mėginiuose. Analizuojant šias likusias vėžines ląsteles mes nustatė genų ekspresijos šabloną apimantį GSK3B, CTNNB1 parsisiųsti ir NOTCH2
, kuris tvirtai prognozuoja prognozę pacientams. Mes parodome, kad GSK3B parsisiųsti ir CTNNB1
tai parašas nepriklauso nuo chemoterapijos ir labiau tikėtina, atspindi pirminio naviko turtą ir mūsų duomenys toliau rodo, kad visų pirma NOTCH2
gali vaidinti svarbų vaidmenį atsparumo chemoterapija GC.

medžiagos ir metodai

pacientai

iš viso 480 pacientams, sergantiems lokaliai išplitusiu GC (CT3 /4 ) buvo gydomi neoadjuvantas, Platin /5FU pagrindu chemoterapijos metu chirurgijos departamento prie Technische Universität München, tarp 1991 ir 2007 metais ir buvo vertintas atsakant remiantis standartizuotu histopatologiniams protokolo [2] - [22]. Naviko regresija buvo suskirstyti į 3 klases: naviko regresija įvertinimas (TRG) 1, kuris susideda iš TRG1a (iš viso naviko regresiją) ir TRG1b (subtotalinėmis naviko regresija: < 10% likutinė naviko ląstelių /navikas lova), TRG2 (dalinis naviko regresiją: 10-50% liekamosios vėžinių ląstelių /navikas lova) ir TRG3 (minimalus arba jokio naviko regresiją: > 50% likutinė auglio /navikas lova). Iš 480 pacientų, 121 pacientai parodė TRG2 ir 63 iš jų buvo nagrinėjami šiame tyrime. Įtraukimas kriterijus buvo pakankamai naviko audinio prieinamumą už pacientų, gydytų su ne mažiau kaip 50% į numatomą dozės chemoterapija analizės. Paciento savybės ir gydymo protokolai parodyta 1 lentelėje Norėdami patvirtinti atstovaujamasis pobūdis 63 tirtų pacientų, jų klinikos parametrų pasiskirstymas, palyginti su 121-pacientų kohortos ir neatskleidė jokių statistiškai reikšmingų skirtumų.

Sekite -up buvo skaičiuojamas nuo pirmojo gydymo dieną iki paskutinio kontakto su pacientų dienos. Vidutinė stebėjimo laikotarpis buvo 77.1 mėnesiai (diapazonas: 28,5-108,5). Klinikinis tyrimo baigtis buvo bendras išgyvenamumas (OS), kuri buvo apibrėžiama kaip skirtumas tarp pirmos dienos Chemoterapija ir mirties kokios nors priežasties laiku. Mediana OS buvo 50,9 mėnesiai (diapazonas: 4,5-108,5, 95% PI: 25,6-76,3) ir 37 iš 63 pacientų mirė per sekti. Tai imties dydį ir renginių skaičius yra pakankamai didelis, kad nuosekliai įvertinti visų poveikio dydžių tirtų šiame Pažintinė tyrimo [23], [24].

genų raiškos palyginimas tarp atitinkamų prieš ir po terapinis navikų mėginiuose buvo atlikti pacientams, sergantiems TRG2 ir TRG3 (kiekvienas n = 22).

dėl imunohistocheminio analizės, pasirengimo ir po gydomųjų navikų mėginiuose iš 21 pacientų, sergančių TRG1b, 21 pacientams, sergantiems TRG2, 22 pacientams, sergantiems TRG3 ir 16 pacientų, gydytų vien operacijos buvo įtrauktos. Atrankos kriterijus šių analizių buvo atitinkamas išankstinio gydomąjį biopsijos ir po gydomųjų navikai prieinamumą.

Etika pareiškimas

tyrimas ir žmogaus audinių naudojimas buvo patvirtintas vietos instituciniai apžvalga Pagrindinis diskusijų Technische Universität München (nuoroda: 2158/08), ir informavo sutikimas buvo gautas pagal institucinių taisyklių

RNR gavyba ir atvirkštinės transkripcijos

viso RNR buvo išskirta iš formalinu fiksuoto,. parafino įterptųjų (FFPE) audiniai po rankinio microdissection naviko sričių sudarytas iš mažiausiai 50% vėžinių ląstelių. RNR buvo gryninamas fenolio ir ekstrahuojant chloroformu ir buvo atvirkštinis transkripcija, kaip aprašyta [25].

genų ekspresijos analizė

44 genų, kurie buvo atrinkti analizei, remiantis jų galimą vaidmenį CSC biologijos yra įtrauktos į 2 lentelėje genų ekspresijos buvo analizuojami kiekybiniai realaus laiko PGR (KRL-PGR) ant užsakymą pagamintas TaqMan® mažo tankio matricos (Taikomoji Biosystems Inc. Foster City, Jungtinės Valstijos). Atitinkamos pagalbos genai buvo nustatoma pagal dešimties kandidačių atskaitos genų analizės 8 skrandžio karcinoma, naudojant geNorm algoritmu [26]. IPO8
POLR2A parsisiųsti ir BMS
buvo nustatyta, kad tinkamiausias pagalbos genai ir normalizavimas remiantis geometrinį šių trijų genų buvo vykdomi, kaip aprašyta [26] , Reagentai, Dviračiai sąlygos ir programinė įranga yra įtraukta į patvirtinanti informacija. Santykinis genų ekspresijos buvo įvertintas naudojant lyginamąją ΔΔCt metodas [27].

imunohistocheminis

monokloninis NOTCH2 antikūnas (C651.6DbHN) buvo gauta iš vystymuisi tyrimai Hybridoma banko (DSHB, universiteto Ajova, biologijos katedra, Iowa City, JAV). Dažymo procedūra ir nagrinėjimas antikūnų specifiškumo Imunoblotingo metodu yra aprašyti papildomą informaciją ir S1A pav.

imunohistocheminį dažymo pelnytas aklu metodu dviejų nepriklausomų tyrėjų (L.B. ir R.L). Citoplazmos ir branduolio dažymo buvo įvertintas atskirai. Neigiami, silpnas, vidutinio ar stipraus dažymo intensyvumas pelnė kaip 0, 1, 2 ir 3 atitinkamai. Navikinių ląstelių, turinčių beicuota, citoplazmos /branduolio procentas pelnytas kaip 0 (neigiamas), 1 (< 10%), 2 (nuo 10 iki < 50%), 3 (nuo 50 iki < 80%) ir 4 (≥80 %).

Statistinė analizė

Sąlyginis išvada testai buvo naudojami siekiant nustatyti optimalias atjungimo-vertybes genų ekspresijos už kartu su paciento išlikimo ir nustatyti p-reikšmės tinka maksimaliai pasirinktos statistikos [28]. Genų ekspresijos vertės viršija arba yra lygi optimalaus ribinė vertė buvo apibrėžta kaip aukšto išraiška ir genų ekspresijos vertybių žemiau ribinės vertės buvo apibrėžtos kaip mažas išraiška. Išgyvenamumas buvo apskaičiuota pagal Kaplan-Meier kreivėmis ir buvo lyginamos pagal log-rank bandymus. Santykinę riziką buvo įvertinta nustatant pavojaus santykį (HRS) nuo Cox proporcinės pavojingumo modelių. Į Dispersinės analizės duomenimis, palaipsniui į priekį kintamasis atranka buvo atlikta remiantis tikėtinumo santykio bandymus. Iš kintamųjų į modelį įvykių skaičiaus santykis buvo tik 1:10 [24].

Palyginimai klinikos kintamųjų tarp grupių buvo atliktas Mann-Whitney U-testų. Χ ^{2-testas ir tikslus Fišerio testas buvo naudojamas santykinių dažnių prireikus palyginimui. Statistinių skirtumai genų išraiškos tarp suporuotų mėginių buvo analizuojami naudojant Vilkoksono pasirašė rank testas.}

be priežiūros hierarchinė klasterinė analizė buvo atlikta su klasterio 3.0 Programinė įranga [29] ir Java TreeView programinės įrangos (versija 1.1.5r2) [30]. Santykiniai iRNR raiška duomenys buvo Prisijungti pertvarkyta, mediana orientuotą ir normalizuotas prieš taikant visišką susiejimo klasterių su nuotolinio matricos remiantis Pirsono koreliacijos (uncentred).

rizikos lygis buvo apskaičiuojamas apibendrinant produktus iš daugybos Cox regresijos koeficientas kiekvienam geno modelio su normalizuotų genų ekspresijos vertes kiekvienam pacientui esmės, kaip aprašyta [31] (išsamesnė informacija pateikta medžiaga ir metodai S1 ir S4 ir S6 lentelėse).

Visi statistiniai testai buvo du -sided ir rengiami Pažintinė būdu su reikšmingumo lygmuo 0,05, naudojant SPSS 18.0 programinę įrangą (SPSS Inc., Chicago, IL 11,5) ir R (R fondas statistikos Kompiuterija, Viena, Austrija).

tyrimas atitinka ataskaitų rekomendacijų dėl naviko žymenų prognostinių tyrimų (pastaba kriterijus) [32].

analizė Viešojo mikrogardeliq duomenų

viešai prieinamų genų ekspresijos masyvo duomenų apie skrandžio karcinoma su aprašymų klinikinių charakteristikų, ir paciento išgyvenimo [33] buvo gauti iš BRB-Array Įrankiai duomenų archyvas (http://linus.nci.nih.gov/~brb/DataArchive_New.html) ir analizuojami naudojant BRB-Array įrankiai [34] (Parama Informacija) , Tik išplitusiu skrandžio karcinomos (T3 /4) (n = 58) buvo įtraukti į tyrimą. Optimalus ribinės vertės, GSK3B
CTNNB1
, ir NOTCH2
išraiška lėmė susitarimo su pacientų išgyvenimo asociacija, kurią sąlyginai išvada tyrimų maksimaliai pasirinktų statistikos kaip aprašyta aukščiau.

rezultatai

genų ekspresiją ir pacientų išgyvenamumo

genų ekspresijos profiliavimas iš 63 auglių pacientams, sergantiems TRG2 parodė, kad aukštos raiškos lygį GSK3B
DNMT1 parsisiųsti ir CTNNB1
buvo reikšmingai susijęs su geresniu išlikimo (sąlyginė išvada testas: p = 0,006, 0,041 ir 0,043, atitinkamai). Saikingas asociacija geriau išlikimo buvo pastebėtas aukštos raiškos ABCG2
ir OLFM4
(p = 0,051, p = 0,055) ir žemo išraiška NOTCH2 pervežimas (p = 0,071) (3 lentelė). Vienmatės Cox-regresinė analizė parodė, maždaug Współbrzmieniowy rezultatus (4 lentelė).

daugiamatis Cox regresinė analizė, įskaitant GSK3B
CTNNB1
DNMT1 parsisiųsti ir standartinės prognostiniai kintamieji GC, ty YPT, ypN, ypM ir rezekcija kategorijos atskleidė, GSK3B
kaip antrasis svarbiausių nepriklausomos prognostinis faktorius (HR: 0,128, 95% PI: 0,033-0,492, p = 0,003), po tolima metastazės (lentelė S1).

klasterinė analizė, apimanti visus analizuotų genų neatskleidė jokių pacientų grupes, kad eksponuojami su OS asociacija. Kasetiniai analizė Wnt- ir Notch signalizacijos susijusių genų pagamino didžiausią asociacijos OS, kai GSK3B
CTNNB1 parsisiųsti ir NOTCH2
buvo įtrauktos (p = 0,002) (1A pav ir B). Pagal prie klasterinės analizės rezultatus, suskirstyti pacientus į tris grupes su skirtingais deriniais, aukštos ir žemos raiškos GSK3B pervežimas CTNNB1 parsisiųsti ir NOTCH2
, kuris buvo apibrėžta optimalių atjungimo-vertes genų ekspresijos kartu su paciento išlikimo. Grupė su GSK3B
^{aukštos CTNNB1
didelis ir NOTCH2
mažas išraiška parodė geriausią išgyvenimą, o grupėje su GSK3B
mažas, CTNNB1
mažas ir NOTCH2
aukštos išraiška turėjo blogiausią bendrą rezultatą (p < 0,001, 1C pav).}

apskaičiavimas rizikos balas remiasi daugiamatis Cox proporcinio pavojaus regresijos modelį iš šių trijų genų ir dichotomisation pacientų Pasak optimalaus ribinę vertę OS į aukštą (n = 37) ir mažai (N = 26) rizikos grupė parodė statistiškai reikšmingą skirtumą OS (išgyvenamumo mediana mažos ir didelės rizikos pacientams: nepasiekė ir 37 mėnesiai; p < 0,001). Be to, atitinkamose išgyvenimo 1, 2, 3 ir 5 metus tarp žemo ir aukšto rizikos grupei skirtumas buvo statistiškai reikšmingas (lentelė S5).

Diferencialo genų ekspresijos analizė tarp atitinkamų prieš ir po -therapeutic navikų mėginiai

kitas nustatoma, ar ekspresijos lygių genų, kurie eksponuojami didelę ar vidutinio sunkumo asociaciją su OS (p < 0,1, 3 lentelė ir 4) skiriasi iš anksto terapinių biopsijos ir jų atitinkamas pareigas -therapeutic naviko pavyzdys. Be to, POU5F1
LGR5 parsisiųsti ir , buvo tiriami CCND1
buvo analizuojami ir naviko pavyzdžiai pacientams, sergantiems TRG2 ar TRG3 (kiekvienas n = 22).

pacientams, sergantiems TRG2, saviraiškos, NOTCH2
POU5F1 parsisiųsti ir LGR5
gerokai padidėjo tarp prieš ir post-terapinės egzempliorių (p = 0,002, 0,028 ir 0,017, atitinkamai) ir DNMT1
sumažėjo (p = 0,009 išraiška). Grupėje su TRG3 POU5F1
eksponuojami gerokai padidėjo (p = 0,002), o DNMT1 parsisiųsti ir CCND1
Už ženkliai sumažėjo (p = 0,002 ir 0,007, atitinkamai) .

Kalbant apie prognostinę svarbiu genų išraiškos GSK3B parsisiųsti ir CTNNB1
nepastebėta jokių statistiškai reikšmingų skirtumų tarp prieš ir post-terapinės navikų mėginiuose ( 5 lentelė ir lentelės S2 ir S3).

analizė viešai prieinamų masyvas duomenų

Jei įvertinti bendrą prognostinę vertę GSK3B
^{aukštos CTNNB1
didelis ir NOTCH2
mažas išraiška modelis, mes panaudojome viešai prieinamus išraiška masyvo duomenis nustatytus skrandžio karcinoma [33]. Duomenų rinkinys apėmė interesų genus ir atitinkamą klinikinį informacija (OS, naviko stadijos) būtina atlikti analogišką analizę. Optimalaus atskyrimo vertybių genų ekspresijos nustatymas būtų koreliuoti su išlikimo ir vertinimo Kombinuotosios išraiška pasirašymo GSK3B pervežimas aukštos CTNNB1
aukštos ir NOTCH2
mažas nustatyta keletas 10 pacientų, kuriems buvo reikšmingai ilgesnis OS (p = 0,017, BI mediana: nepasiekė) grupė palyginti su likusiais 47 pacientų (BI mediana: 14,0 MO, 95% PI: 8,7 -19,4) (1D pav.)}

apskaičiavimas rizikos balas šiai pacientų grupei ir dichotomisation pacientų Pasak optimalaus ribinę vertę OS parodė žymiai ilgesnį OS mažos rizikos grupei (n = 27), lyginant su didelės rizikos grupės (n = 30), nors skirtumas nebuvo statistiškai reikšmingas (išgyvenamumo mediana 21, palyginti su 13 mėnesių, p = 0.110). Atsižvelgiant į atitinkamose išgyvenimo skirtumus 1, 2 ir 3 metus, pastebėta, analogiški rezultatai su akivaizdžiausias skirtumas yra 2 metų su išgyvenimo rodiklis 45% mažos rizikos pacientų ir 21% didelės rizikos pacientams (p = 0,071 ) (lentelė S7).

imunohistocheminis analizė NOTCH2

Norėdami įvertinti genų ekspresijos skirtumus tarp suporuotų prieš ir po gydomųjų navikų dėl baltymų lygio, mes atliekame imunohistocheminis ir orientuota į NOTCH2 (S1B ir C pav.) Mes analizuojami tas pats ligonis grupes, kurios buvo tiriamas mRNR lygiu. Be to, buvo įtraukta 21 pacientų, sergančių TRG1b ir kontrolinės grupės 16 pacientų gydomi vien tik operacijos.

iš citoplazmos dažymo intensyvumo tarp anksto terapinių biopsijos ir jų atitinkamų po terapinių navikų palyginimas atskleidė statistiškai reikšmingą padidėjimą į dažymo intensyvumas po terapinių egzempliorių iš pacientų su TRG1b, 2 ir 3 (p = 0,016, 0,001 ir 0,017, atitinkamai). Priešingai, buvo pastebėta jokių skirtumų pacientams, gydytiems vien operacijos (p = 0,438) (2 pav.) Iš tamsintas ląstelių procentas buvo reikšmingai nepakito. Dėl branduolinės dažymo, reikšmingai sumažėjo dažymo intensyvumas po terapinių naviko egzempliorius buvo rastas į grupę su TRG2 (p = 0,007), TRG3 (p = 0,015), o kontrolinės grupės nebuvo gydomi chemoterapija (p = 0,016) , Kad gerokai sumažės Ląstelių, turinčių nudažytus branduolių procentais buvo stebimas grupės su TRG1b (p = 0,005), TRG2 (p < 0,001), TRG3 (p = 0,003), taip pat su kontroline grupe (p = 0,001).

Diskusijos

Mūsų tyrimas analizuojant "CSC susijusių genų liekamųjų skrandžio vėžio ląstelių išraišką po neoadjuvantu chemoterapija nustatė geną, parašas su dideliu prognostinį poveikį, kurį sudaro GSK3B
, The , β-kateninai
genas CTNNB1 ir NOTCH2
. Įdomu tai, kad aukštos raiškos lygis CTNNB1 parsisiųsti ir GSK3B
buvo susijęs su padidėjusia išlikimui. Β-kateninai yra pagrindinis molekulė į WNT signalizacijos perdavimo į branduolį ir pavaros daug mobiliųjų procesai [35]. Netipinė WNT signalizacijos buvo įrodytas iki 46% GCS, ir abu WNT /, β-kateninai parsisiųsti ir neplatinimas /kamieninių ląstelių ekspresijos parašai nurodant atitinkamą keliu aktyvavimo, buvo susijęs su sumažėjusiu pacientų išgyvenamumą [36]. CTNNB1
iRNR lygiai gali moduliuoti WNT signalizacijos [37] ir WNT veikla buvo susijusi su vėžio stemness dvitaškis [38]. Atsižvelgiant į šiuos duomenis, neigiama asociacija CTNNB1
išraiška liekamųjų vėžinių ląstelių po chemoterapijos ir pacientų išgyvenamumas buvo galima tikėtis. Tačiau β
-catenin taip pat yra dalis E-cad-kateninai komplekso ir pokyčių šioje ląstelių adhezijos kompleksas buvo susijęs su blogesne prognoze įvairių navikų [39]. GC, rezultatai yra prieštaringi dėl tarp asociacijos β
-catenin išraiška ir paciento prognozė egzistuoja [40], [41].

Svarbu pažymėti, kad GSK3B taip pat yra daugiafunkcinis baltymų dalyvauja įvairiuose signalizacijos tinklus ir antagonistas WNT signalizacijos tarpininkauti degradavimą, β
-catenin, nors WNT įsijungiantis funkcija taip pat buvo aprašytas [42] - [44]. Padidėjęs išraiška GSK3B
buvo susijęs su palanki prognozė mūsų tyrime, kuris yra suderinamas su aukštojo GSK3B
iRNR raiška siejama su geresniu išlikimo kiaušidžių aukštos kokybės serous karcinoma [45 ataskaitos ].

aukštojo NOTCH2
ekspresijos lygis koreliuoja su blogesne išgyvenamumo mūsų GC pacientams. Žingsniu receptorių šeima apima keturis narius, ir NOTCH1 ir NOTCH2 buvo susijęs padidinti skrandžio vėžio progresavimo [46], [47]. Be to, iš NOTCH1 išraiškos su prastos prognozės asociacija buvo pranešta [48], kuris yra nesuderinamas su mūsų išvadomis; Tačiau dėl to, kad šiame tyrime gyventojų skirtumų, šie rezultatai nėra tiesiogiai palyginami.

Kadangi labai reikšminga asociacija genų pasirašymo apimanti CTNNB1
GSK3B parsisiųsti ir NOTCH2
su pacientų išgyvenimą bei didelė rizika balas remiantis pacientų klasifikavimo į aukštos ir žemos rizikos grupę, buvome ypač domina, ar tai buvo susiję su chemoterapija. Iš palyginimo GSK3B parsisiųsti ir CTNNB1
ekspresijos lygis tarp prieš ir po gydomųjų navikų mėginiuose atskleidė neturi aiškių skirtumų, kadangi gerokai padidėjo į išraiškos NOTCH2
buvo nerasta. Ši išvada rodo, kad CTNNB1 parsisiųsti ir GSK3B
išraiška gali atspindėti iš pirminio naviko, kuris nekeičia chemoterapijos turtą ir kad NOTCH2
išraiška liekamojo naviko ląstelių bent jau iš dalies, susijusios su šio gydymo.

ir prognostinę reikšmę trijų genų viešai prieinamų genomo išraiškos duomenys Išplėstinė GC analizė parodė reikšmingą asociacija konkretaus geno ekspresijos modelio GSK3B
^{aukštos CTNNB1
didelis ir NOTCH2
maža raiška ir padidėjęs paciento išgyvenimo ir panaši tendencija, atsižvelgiant į rizikos balas remiantis klasifikacija.}

Ši išvada patvirtina aiškinimą, kad prognostinę poveikis pastebėtas mūsų tyrime daugiausia atspindi tam pirminės skrandžio naviko turtą, o tai rodo labai svarbų vaidmenį šių genų šių navikų biologija. Be to, prognostinė efektas stebimas gali būti sustiprintas, po kurio NOTCH2
išraiška padidėjo likutinės naviko po chemoterapijos. Taigi, jei patvirtinta per perspektyvų studiją, ši trijų genų parašas gali būti naudinga rizikos stratifikacija GC pacientų ir papildomai gali vadovauti pooperacinį gydymą po neoadjuvantas chemoterapija.

Mūsų rezultatai primena neseniai atliktą tyrimą analizuojant CSC- gautas genų parašas, kad prognozuoja auglio augimą storojoje žarnoje, o tai rodo, kad padidėjusi išraiška WNT tikslinių genų yra orientacinis palankios prognozės [48]. Autoriai pateikia įrodymų, kad ši asociacija greičiausiai atspindi diferenciacijos statusą piktybinio audinio o ne CSCS [49] skaičius.

svarstant pakeitimus NOTCH2
išraiška tarp atitinkamo pre- ir po gydymo navikai, ji yra svarbu pažymėti, kad lyginant genų ekspresiją tuo iRNR lygio, negali atskirti, ar šie pakitimai atspindi santykinį praturtinimo ekspresuojančių ląstelių, šį geną, ar jie yra dėl to, kad chemoterapiniais preparatais, turinčių įtakos genų transkripciją Žemiau esančioje ląstelės savaime
, ar tokie pakeitimai atspindi vos atrankos skirtumus. Norėdami išsiaiškinti šį klausimą analizavo NOTCH2 baltymo ekspresija imunohistocheminiu ir įtraukti auglius iš pacientų, gydytų chirurginiu vieni. Remiantis citoplazmos dažymą, mūsų rezultatai patvirtina AN NOTCH2 išraiškos padidėjimą baltymų lygio post-terapinės navikų ir jie rodo, kad pastebimų skirtumų gali būti apribota Pacientams, gydytiems chemoterapija. Pažymėtina, kad į NOTCH2 raiškos padidėjimas buvo susijęs su į citoplazmos dažymo intensyvumo, o ne į ląstelių, išreiškiančius NOTCH2 skaičiaus padidėjimas padidėjimas. Šis rezultatas pasisako prieš kokį nors iš NOTCH2 ekspresija vėžinių ląstelių pogrupį praturtėjimo ir labiau tikėtina, siūlo chemoterapijos sukelta padidėjimą genų ekspresijos į vėžinių ląstelių, kurios gali būti susiję su naviko biologinio funkcijų po neoadjuvantas gydymą. Tačiau aiškiai atskirti šias galimybes gali riboti pusiau kiekybiniai testo vertinimo imunohistocheminį dažymo. Kadangi panašios pakitimai branduolinės dažymo nepastebėta visų vėžinių grupių, įskaitant kontrolės, mes apsvarstyti šiuos pakeitimus, kaip nesusiję su chemoterapija.

Nepriklausomai nuo mechanizmo ir tikrojo pobūdžio likutinė vėžinių ląstelių išreiškė NOTCH2
, mūsų rezultatai gali turėti gydomąjį poveikį. Notch signalizacijos atsirado kaip galimą naujos terapinės tikslą ir gama-sekretazės inhibitoriai, kurie slopina Notch receptorių apdorojimą, šiuo metu vertinamas klinikinių tyrimų [50]. Mūsų tyrimas rodo, kad orientacija Notch signalizacijos taip pat gali atstovauti naują strategiją, skirtą gydyti GC pacientus. Kaip neigiamas prognozinis poveikis buvo susijęs tik su NOTCH2 parsisiųsti ir ne NOTCH1
, mūsų duomenys taip pat rodo, kad išsamus apibūdinimas atskirų Notch receptorių ir nuodugnus funkcinis tyrimas yra privalomas ir dar primygtinai pirmenybę iš Notch paralog konkrečių slopinančių veiksnių plėtra.

reikšmingas padidėjimas POU5F1
išraiška buvo pastebėtas po chemoterapijos į rezekcijos egzempliorių mūsų tyrime. POU5F1 transkripcijos faktorius yra labai svarbus savęs atnaujinimo priežiūrą, o jo didelės ekspresijos liekamųjų vėžinių ląstelių po radiochemotherapy koreliuoja su prasta prognoze gaubtinės žarnos vėžio [51]. Įdomu mes taip pat pastebėjo padidėjusį išraišką LGR5
, perspektyvus žarnyno CSC persekiotoją, po chemoterapijos navikuose su TRG2 [18]. Šie rezultatai yra suderinama su potencialiu praturtėjimo vaistams atsparių vėžinių ląstelių išreiškiant POU5F1
arba LGR5
, bet pagrindinis mechanizmas šių pakitimų ir ypatingų savybių ląstelių išreiškė šie genai lieka būti nustatomas

mūsų tyrimo duomenimis, jokių sąsajų su išlikimo buvo stebimi ląstelės paviršiaus molekulių CD44 ar CD133, kurie abu buvo plačiai naudojamas nustatyti tariamą CSCS įvairių navikų [4] - [11].. Šis rezultatas palaiko naujausius rezultatus, rodančius, kad šie ląstelės paviršiaus molekulės neturi nustatyti CSCS pirminės skrandžio navikų [20].

Kartu paėmus, mūsų tyrimo rezultatai rodo, kad pasakymas parašas GSK3B
^{aukštos CTNNB1
didelis ir NOTCH2
mažai chemoterapijos atsparus likutinė GC vėžinių ląstelių yra stiprus prognozuoti taikomas palankus pacientų prognozei. Tai prognostinė reikšmė taip pat buvo įrodyta, GC pacientams, vartojantiems viešai prieinamus genų ekspresijos duomenis. Diferencialo ekspresijos analizės prieš ir po gydomųjų naviko pavyzdį rezultatai taip pat rodo, kad GSK3B
ir poveikis CTNNB1
tai parašas nepriklauso nuo chemoterapijos, o susiję su iš pirminio naviko objekto. Jie taip pat nurodo svarbų vaidmenį NOTCH2 ir chemoterapijos atsparumo GC, kuris yra labiau tikėtina, susijusio su iš chemoterapinių agentų, NOTCH2
išraiška, o ne kurio praturtėjimo poveikio NOTCH2
išreikšti auglį ląstelės.}

Pagalbinė informacija
pav S1.
Vakarų dėmė ir imunohistocheminis su anti-NOTCH2 antikūnų. A) antikūnai prieš NOTCH2 ląstelėje domeno specialiai aptinka visišką ilgis NOTCH2 baltymų virš 250 kDa persekiotoją, taip pat suskaldyti formas IŠPJOVOS Ekstraceliulinis sutrumpintas (šalia) ir IŠPJOVOS Ląstelės viduje domenas (NICD) maždaug 110 kDa. B) silpnas citoplazmos imunohistocheminį dažymo pasirengimo terapinio biopsijos mėginio ir C) stiprios citoplazmos dažymo atitinkamame po terapinio naviko su TRG2 rodomas. Mastelis barai rodo 50 mkm
Doi:. 10,1371 /journal.pone.0044566.s001
(TIF)
lentelė S1.
daugiamatė Cox regresinė analizė. Genų ekspresija, GSK3B, CTNNB1, DNMT1 parsisiųsti ir standartiniai prognostiniai kintamieji GC, YPT, ypN, ypM ir rezekcija kategorijos buvo įtrauktos į modelio
Doi:. 10,1371 /journal.pone.0044566.s002
(DOC)
S2 lentelėje.
Genų ekspresiją duomenys prieš ir atitinkantis po gydomųjų navikų mėginiuose pacientų su TRG2
Doi:. 10,1371 /journal.pone.0044566.s003
(DOC)
S3 lentelėje.

• PLoS ONE: prognostinę Vertė išaugintomis limfmazgiai ir metastazavęs limfmazgio Santykis skrandžio vėžiu sergantiems pacientams: rezultatai iš 1,101 sergančių pacientų tyrimas
• PLoS ONE: N-MYC Pasroviui Reguliuojamos Genų 1 (NDRG1) Skatina metastazes Žmogaus Tarpikliai Skrandžio vėžio ląsteles per epitelio mezenchiminių Transition