PLOS ONE: Polimorfismo de DNA metiltransferase 3b e associação com o desenvolvimento e Prognóstico na gástrica Cancer

Abstract

Objectivo

DNA metiltransferase 3b (DNMT3B) desempenha um papel importante na metilação anormal durante a tumorigênese. O polimorfismo do DNMT3B
gene pode influenciar DNMT3B
actividade e ser associado com o risco de câncer. Este estudo teve como objetivo investigar a associação entre polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) do DNMT3B
gene ea susceptibilidade e prognóstico do câncer gástrico.

Métodos

Quatrocentos e quarenta e sete casos histologicamente confirmados de câncer gástrico, 111 casos atrofia gástrica e 961 controles livres de tumor foram incluídos no estudo. Cinco tag SNPs (rs6119954, rs1569686, rs4911107, rs4911259 e rs8118663) do DNMT3B
gene foram genotipados por ensaio TaqMan. DNMT3B expressão foi avaliada em 104 tecidos de câncer pelo método de imuno-histoquímica.

Resultados

O tempo médio de follow-up para 422 pacientes gástricas com informações prognóstico foi de 55,1 (51,8-58,5) mês. Descobrimos que os indivíduos com o genótipo variante rs1569686 (TG /GG) foram significativamente associados com mau prognóstico no câncer gástrico em comparação com os portadores do genótipo TT (HR = 1,43, 95% CI: 1,02-1,99). Esta tendência foi mais evidente na sobrevivência a longo prazo do câncer gástrico. Resultados semelhantes foram observados para os portadores do alelo G de rs4911107 eo alelo T portadores de rs4911259 como estes dois locais estavam em desequilíbrio de ligação completa com rs1569686. Os portadores GG rs8118663 tendiam a viver mais curto do que AA /AG genótipo (HR = 2,72, 95% CI: 1,45-5,12) em pacientes vivem mais tempo do que 2,0 anos. Nenhum dos cinco SNPs foi associada com o risco de cancro gástrico ou a atrofia gástrica. E não foi encontrada relação entre cada um a expressão cinco SNPs e DNMT3B.

Conclusões

Este estudo fornece evidências de que DNMT3B
polimorfismos podem prever a longo prazo de sobrevivência de câncer gástrico . No entanto, mais estudos são necessários para revelar os papéis biológicos subjacentes à DNMT3B
polimorfismo

Citation:. Wang C, Jia Z, Cao D, L Você, Jin M, Wu X, et al . (2015) Polimorfismo de DNA metiltransferase 3b e associação com o desenvolvimento e prognóstico no câncer gástrico. PLoS ONE 10 (8): e0134059. doi: 10.1371 /journal.pone.0134059

editor: Valli De Re, Centro di riferimento oncológico, IRCCS Instituto Nacional do Câncer, ITALY

Recebido: 16 de abril de 2015; Aceito: 03 de julho de 2015; Publicação: 11 de agosto de 2015

Direitos de autor: © 2015 Wang et al. Este é um artigo de acesso aberto distribuído sob os termos da Licença Creative Commons Attribution, que permite uso irrestrito, distribuição e reprodução em qualquer meio, desde que o autor original ea fonte sejam creditados

Disponibilidade de dados: Todos os dados relevantes estão dentro do papel e seus arquivos de suporte de informação

Financiamento:. Este trabalho foi financiado pela National Science Foundation Natural da China (81072369, JJ), National Natural Science Foundation da China (81373084, JJ), National Natural Science Foundation da China (81273065, XYC), Norman Programa Bethune, da Universidade de Jilin (2013025, JJ), a Fundação da Juventude do primeiro hospital da Universidade de Jilin (JDYY42013014, ZFJ), a Fundação da Juventude do primeiro hospital da Universidade de Jilin (JDYY42013018 , DHC), e Programa de Desenvolvimento de Ciência e Tecnologia da Província de Jilin (20150414014GH, JJ). Os financiadores não tiveram nenhum papel no desenho do estudo, coleta de dados e análise, decisão de publicar ou preparação do manuscrito

CONFLITO DE INTERESSES:.. Os autores declararam que não existem interesses conflitantes

Introdução

o cancro gástrico (GC) é uma das mais comuns tumores malignos na China e é a segunda principal causa de morte relacionada com o cancro [1, 2]. Helicobacter pylori
( H
. pylori
) foi classificado como um agente cancerígeno I grupo de câncer gástrico pela IARC em 1994 [3]. H
. pylori
também é um dos factores de risco para a atrofia gástrica (GA), a qual está envolvida no desenvolvimento do cancro gástrico [4, 5]. Embora metade da população do mundo tem H
. pylori
, apenas uma pequena proporção deles evoluir para gastrite atrófica crônica e, em seguida, o câncer gástrico. Estes sugerem um possível papel dos fatores genéticos do hospedeiro em resposta à crônica H
. pylori
e desenvolvimento de câncer gástrico, posteriormente, [6].

A metilação do DNA é um dos as modulações epigenéticos e é importante na regulação da transcrição e estrutura da cromatina remodelação [7]. metilação anormal do DNA pode resultar em hipometilação de todo o genoma e hipermetilação regional, que é identificado como um possível mecanismo de inactivação de genes supressores de tumor [8-10]. DNA metiltransferase-3b (DNMT3B) é um de novo
metiltransferase e é mais expressa na variedade de tumores, como o câncer de pulmão [11], carcinomas da mama [12], carcinoma hepatocelular [13] e grande B- linfomas de células [14]. O nosso trabalho anterior mostrou que DNMT3B expressa significativamente mais elevada em tecido de cancro gástrico em comparação com a das amostras de controlo correspondentes [15]. E foram relatados níveis mais elevados de DNMT3B de estar envolvido em metástases em linfonodos de câncer de ovário [16] e menor sobrevida global de leucemia mielóide aguda [17]. Estes sugeriram o possível papel da DNMT3B no desenvolvimento e progressão de tumores.

DNMT3B
localiza em 20q11.2 cromossomo com um tamanho total de 47kb. Considerou-se que polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) na região promotora de gene DNMT3B
pode modificar os níveis de expressão de genes [18]. Estudos anteriores demonstraram que SNPs de DNMT3B
foram correlacionados com a susceptibilidade de vários cancros, tais como carcinoma hepatocelular [19], o cancro do pulmão [18], carcinoma de nasofaringe [20], o cancro da mama [7] e gástrica câncer [21], e Azad et al [22] demonstraram que o DNMT3B
rs2424913 polimorfismo foi correlacionada com um aumento do risco de perigo de no câncer de cabeça e pescoço. Estes SNPs foram encontrados para afetar a atividade de DNMT3B
na metilação do DNA, alterando o nível de DNMT3B, modulando assim a susceptibilidade ao câncer [23, 24].

No entanto, tanto quanto nós sabe, nenhum papel estava disponível sobre o papel da DNMT3B
polimorfismo no prognóstico do câncer gástrico. No presente estudo, examinamos a associação entre polimorfismos de DNMT3B
gene ea susceptibilidade de câncer gástrico, bem como atrofia gástrica, e as características clinicopatológicas e sobrevida global de câncer gástrico em uma população chinesa.

Materiais e Métodos

Ética declaração

Este estudo foi aprovado pelo Comitê da Primeira Hospital da Universidade de Jilin Ética. consentimentos informados por escrito foram obtidas de todos os assuntos antes de tomar parte na pesquisa.

populações de estudo

casos de câncer gástrico recentemente diagnosticados submetidos a tumorectomia foram convidados para o estudo do Departamento de gástrico e colorretal cirurgia, primeiro Hospital da Universidade de Jilin (Changchun, China) durante 2008 a 2010. Um total de 447 casos com câncer gástrico histologicamente diagnosticado foram incluídos e nenhum dos casos foram tratados com quimioterapia ou radioterapia antes da cirurgia. As características clínicas principais foram coletados a partir dos prontuários ou através de entrevista por telefone. Definiu-se a quimioterapia como um tratamento eficaz durante pelo menos 3 ciclos. Os pacientes receberam vários regimes de quimioterapia pós-operatórias, incluindo FOLFOX 4-regime (combinação com 5-fluorouracil, leucovorina e oxaliplatina); regime XELOX (capecitabina e oxaliplatina); outras quimioterapias, tais como a capecitabina ou 5-f luorouracilo sozinho. Durante o mesmo período, os examinandos que frequentam o centro check-up de saúde sem história tumor foram convidados para o grupo de controle no mesmo hospital e 1072 indivíduos assinaram o consentimento informado. Entre eles, 150 indivíduos foram encontrados a ter atrofia gástrica, através de exame dos pepsinogénios no soro e 111 foram confirmadas por biópsia e histopatologia e foram incluídos como o grupo atrofia gástrica. Os sujeitos restantes (961) foram incluídos no grupo de controle. Cinco mililitros de sangue periférico foram coletadas de todos os participantes e armazenadas a -80 ° C até a extração de DNA genômico.

casos de câncer gástrico foram acompanhados por telefone chama três meses, seis meses e um ano após a tumorectomia e cada um ano mais tarde até a morte ou o último acompanhamento programado. Casos não seriam incluídos na análise de sobrevivência, se (i) que foram perdidos para follow-up no primeiro tempo de entrevista por telefone, ou (ii) que foram morreu de complicações da operação cirúrgica no período perioperatório. O tempo de sobrevida foi definida como a duração a partir da data da operação cirúrgica até à data da morte, se os pacientes foram morreram ou à data da última entrevista bem sucedida se os pacientes foram perdidos para follow-up ou vivo até o final do estudo . O tempo de sobrevida foi direito censurado exceto que os pacientes foram morreu de câncer gástrico.

Testes de H
. infecção e diagnóstico de atrofia gástrica pylori

Serum Imunoglobulina G (IgG) anticorpos para H
. pylori
, pepsinogénios I (PGI) e pepsinogénios II (PGII) foram avaliadas por (ELISA) ensaio imunossorvente ligado a enzima seguindo as instruções do fabricante (Biohit, Finlândia). Indivíduos com IGP < 82,3 ng /ml e os rácios de PGI /PGII < 6,05 foram positivos para o rastreio atrofia gástrica e depois validado por biópsia e histopatologia através de gastroscopia [25]. O coeficiente interdia de variações (CVS) de amostras de controlo entre os kits foram de 4,5%, 4,3% e 4,7% para o H
. pylori
IgG, PG I e PG II, respectivamente.

Tagging SNPs selecção

SNPs que cobrem a região de DNMT3B
foram analisados ​​usando v4.0 SNPbrowser Software baseado no Han população chinesa no Projeto HapMap (06-02-2009 HapMap). Quatro SNPs tagging (tagSNPs, rs6119954, rs4911107, rs4911259 e rs8118663) foram selecionados o que poderia cobrir os 22 SNPs de DNMT3B
com uma frequência mínima menor alelo (MAF) de 0,05 e um r de pares
^{2 de 0,8 ou maior [26]. Além disso, três outros SNPs, rs2424913, rs6087990 e rs1569686, também tinham a intenção de ser selecionado como os SNPs candidatos. No entanto, apenas rs1569686 foram genotipados como rs2424913 tiveram muito baixo MAF (0,012, dados do HapMap projeto) e rs6087990 estava em um LD absoluto ( D
'= 1 e r
2 = 1) com rs4911107. Finalmente, cinco SNPs, rs6119954 (intron), rs1569686 (promotor), rs4911107 (intron), rs4911259 (intron) e rs8118663 (região 3 'flanqueando) foram selecionados para genotipagem.}

A genotipagem

o ADN genómico foi extraído de amostras de sangue total usando DNA genómico de sangue kits de extracção seguindo as instruções do fabricante (Axygen Biosciences, EUA). Os genótipos de cada SNP foram determinadas utilizando os ensaios de genotipagem TaqMan seguindo o protocolo do fabricante nas placas de 384 poços (Applied Biosystems, EUA). Seqüências de primers e sondas estão disponíveis mediante pedido. reacções em cadeia com polimerase (PCR) foram como se segue: 1 ciclo de 95 ° C durante 10 min, seguido de 40 ciclos de 95 ° C durante 15 s e 60 ° C durante 1 min. Os processos de amplificação foram realizadas em Bio-Rad S1000 termocicladores (Bio-Rad, Califórnia) e os produtos finais foram lidas num Detector de ABI PRISM 7900 HT sequência utilizando o software Sequence Detector V2.3 (Applied Biosystems, EUA). Dois controlos em branco foram incluídos em cada ensaio de 384 cavidades facilitando o software para identificar genotipos. Cinco por cento das amostras duplicadas aleatoriamente selecionados foram incluídos em cada um dos 384 poços placas de controle de qualidade, ea taxa de concordância geral foi de 99,91%.

Imunohistoquímica

expressão DNMT3B foi avaliada em tecido tumoral de 104 pacientes com câncer gástrico pelo método de imuno-histoquímica. As seções 4μm de espessura de blocos de tecido foram excisadas, desparafinados e corados utilizando uma técnica de imunoperoxidase estreptavidina-biotina. Resumidamente, as secções de tecido foram incubadas durante a noite a 4 ° C com anticorpo anti-humano policlonal DNMT3B (1: 200 diluído, SC-20704, Santa Cruz, EUA). Os sinais foram visualizados com 3, 3-diaminobenzidina (DAB) e as lâminas foram contrastadas com hematoxilina. Como controlos negativos, as lâminas foram tratadas com as IgG de isotipo como substituto de anticorpos primários. As lâminas coradas foram avaliados por dois patologistas independentes, que foram cegados a partir de dados clínicos. O sistema de algoritmo HSCORE amplamente aceite foi usada para avaliar a intensidade e percentagens de células coradas com uma magnitude de intensidade da coloração específica. O algoritmo HSCORE foi calculada pela seguinte equação: = algoritmo HSCORE ΣPi (i) (i = 0, 1, 2, 3, Pi = 0-100%). O i significa que a intensidade de coloração, isto é, sem coloração = 0, fraca coloração = 1, coloração moderada = 2 e coloração forte = 3. Pi representa porcentagens de células coradas com intensidades variáveis ​​de 0 a 100%. O algoritmo HSCORE varia de 0 a 300.

A análise estatística

Os dados contínuos, tais como idade e pontuação algoritmo HSCORE de expressão DNMT3B foram resumidas como mediana (25 a percentil 75) e comparadas pelo teste de Mann-Whitney U ou teste de Kruskal-Wallis. Os dados categóricos foram descritos como freqüência e porcentagem e comparadas com χ <sup>2 ou teste exato de Fisher quando apropriado. As frequências dos genótipos de cada SNP foram determinados através de contagem direta e desvio de Hardy-Weinberg no grupo controle foi avaliado por um goodness-of-fit χ 2 de teste. desequilíbrio de ligação (LD) entre pares de loci bialélico foi determinada utilizando duas medidas, D
"e r
2. A análise de regressão logística não condicional foi utilizada para calcular odds ratio (OR) e intervalos de confiança de 95% (IC), com o ajuste para possíveis fatores de confusão (idade como uma variável de escala, o sexo como uma variável nominal e H
. pylori
anticorpo como uma variável nominal). As funções de sobrevida dos pacientes com câncer gástrico dentro de cada SNP foram plotados pelo método de Kaplan-Meier e comparadas pelo teste log-rank. taxas de risco (HR) com 95% de CIs foram usadas para quantificar a influência de genótipos de cada SNP sobre a sobrevida global e foram calculados com o modelo de regressão de Cox. Para haplótipos com freqüências > 1%, os riscos sobre a susceptibilidade e a morte de perigo foram avaliados em comparação com o haplótipo de referência (principal haplótipo no grupo controle) usando o modelo de regressão logística incondicional e modelo de regressão Cox, respectivamente, com a versão 3.1 do software THESIAS [27, 28]. Todos os testes estatísticos foram bicaudais e P
valor < 0,05 foi considerado estatisticamente significativo. Salvo disposição em contrário, as análises acima foram realizadas em SAS 9.1.3 software (SAS Institute Inc, EUA)</sup>

Resultados

características Assunto

Um total de 1519 indivíduos, 447. casos de cancro gástrico, 111 casos atrofia gástrica e 961 controlos livres de tumor foram incluídos neste estudo. As características de todos os pacientes estão resumidas na Tabela 1. O factores demográficos, idade e sexo, não foram uniformemente distribuída nas três grupos que o grupo GC teve mais sujeitos do sexo masculino e mais velhos. E 69,1% dos casos de GC foram positivas para H
pylori
, significativamente maior do que no grupo controle (49,7%, P Art < 0,001). Considerando que não significativamente mais baixa do que o grupo atrofia gástrica (75,7%, P
= 0,176). Como esses fatores podem confundir os efeitos de SNPs, comparações de distribuição dos genótipos abaixo foram ajustadas por idade, sexo e H
. pylori
. casos de câncer mais gástricas tinha tipo intestinal de câncer (87,3%) e 140 pacientes receberam quimioterapia pós-operatória (31,3%).

Associação de SNPs com risco de câncer gástrico ou atrofia gástrica

Quatro SNP loci , rs1569686, rs4911107, rs4911259 e rs8118663, foram consistentes com o equilíbrio de Hardy-Weinberg no grupo controle ( P
era 0,321, 0,341, 0,362 e 0,874, respectivamente). O locus rs6119954, no entanto, foi encontrada a ser desviado a partir dele ( P
= 0,0331). No entanto, esse locus foi incluído na análise final, uma vez que a taxa de concordância das amostras duplicadas de rs6119954 foi de 100%. medições de pares de desequilíbrio de ligação foram listadas na Tabela S1. Três loci, rs1569686, rs4911107 e rs4911259 mostrou desequilíbrio de ligação completo ( D
'> 0,98, r
^{2 > 0,96). Portanto, somente rs1569686 foram analisados ​​representando rs4911107 e rs4911259.}

Em comparação com o genótipo mais comum de cada SNP, nenhuma diferença foi observada nas distribuições dos três loci entre o grupo de câncer gástrico e do grupo de controlo após ajuste para idade , sexo e H
. pylori
infecção (Tabela 2). Nenhum alelo ou haplótipo foi associado com risco de câncer gástrico. resultados negativos semelhantes foram obtidos com o risco da atrofia gástrica (Tabela 2). Além disso, não foram observadas associações entre SNPs ou haplótipo e risco de H
. pylori
no grupo controle (S3 Tabela).

Associação de SNPs com os parâmetros clínico-patológicas de câncer gástrico

distribuições genotípicas de SNPs foram analisados ​​de acordo com os parâmetros clínico-patológicas, tais como tamanho do tumor, estágio, grau e metástases à distância nos casos de câncer gástrico. Os pacientes portadores do genótipo AA de rs6119954 tiveram maior frequência de metástases à distância (25,6% vs
. 9,1%, P
= 0,003). E pacientes portadores do genótipo AA de rs8118663 tinha mais proporção do tamanho do tumor ≥ 5 cm (33,5% vs
. 23,3%, P
= 0,040) (Tabela S4).

Associação de SNPs com a sobrevivência de câncer gástrico

as informações de acompanhamento estava disponível para 435 (97,3%) pacientes com câncer gástrico até fevereiro de 2015. Treze pacientes morreram de complicações pós-operatórias no prazo de 30 dias no início do estudo e estes casos foram excluídos da análise dos efeitos sobre a sobrevivência de SNPs. Finalmente, 422 casos foram incluídos na análise de sobrevivência. Durante o seguimento, 195 (46,2%) pacientes morreram de câncer gástrico, 14 (3,3%) casos morreu de outras causas, 203 pacientes (48,1%) viviam e 10 (2,4%) pacientes foram perdidos para acompanhamento. O tempo médio de acompanhamento foi de 55,1 meses (variando de 1,1 a 79,2 meses) para todos os casos incluídos na análise de sobrevivência.

análises de regressão de Cox foi realizada para avaliar a associação de DNMT3B
genótipos na sobrevivência de câncer gástrico utilizando o modelo dominante ou recessiva. Descobrimos que rs1569686 TG /GG genótipo variante foi associada com um risco aumentado de 43% estatisticamente significativa de morte em comparação com o genótipo TT no modelo dominante. Além disso, a tendência de efeitos sobre a sobrevivência a longo prazo poderia ser observado a partir das parcelas de sobrevivência. Portanto, as análises de subgrupo foram realizadas em pacientes que vivem mais de dois anos. Pacientes portadores do alelo G (TG ou genótipo GG) de 1.569.686 foi encontrado para viver mais curto do que os de genótipo TT (HR = 2,46, 95% CI: 1,29-4,69, P
= 0,006) após o ajuste para idade, sexo, fase TNM e quimioterapia após tumorectomia (Fig 1A). Resultados semelhantes foram observados para os portadores do alelo de G rs4911107 e alelo T portadores de rs4911259 na sobrevivência global do cancro gástrico (Tabela 3). E os portadores do genótipo GG do rs8118663 tendiam a ter o tempo de sobrevida mais curta do que um portadores do alelo (AA ou AG) após ajuste para idade, sexo, fase TNM e quimioterapia após tumorectomia (HR = 2,72 IC 95%: 1,45-5,12, P
= 0,002) (Fig 1B).

associação entre SNPs e expressão de DNMT3B

DNMT3B expressão foi avaliada em tecido canceroso de 104 casos de câncer gástrico utilizando o método de imuno-histoquímica. expressão DNMT3B foi observada principalmente no núcleo da célula e os níveis de expressão eram elevados (algoritmo HSCORE > 200) em 64 casos (61,5%), moderada (100 < HSCORE≤200) em 30 (28,8%), baixa (HSCORE≤100) em dois (1,9%) e negativo (algoritmo HSCORE = 0) em 8 (7,7%). Os resultados de expressão de acordo com genótipos de três SNP loci foram apresentados na Tabela 4. No entanto, pode ser observada nenhuma diferença de expressão DNMT3B entre os genótipos de cada SNP.

Discussão

No presente estudo , que sistematicamente explorou o papel das variantes do gene DNMT3B
no desenvolvimento e prognóstico do câncer gástrico em uma população grande. Descobrimos que rs1569686 genótipos TG /GG foram significativamente associados com pior sobrevida do câncer gástrico. Além disso, observou-se que DNMT3B
polimorfismos afetam sobrevivência a longo prazo do câncer gástrico eo efeito foi ainda mais forte em pacientes que vivem mais de dois anos.

A maioria dos trabalhos publicados apenas incidir sobre o papel da DNMT3B
na carcinogensis de várias doenças malignas. Tanto quanto sabemos, este é o primeiro relatório que descreve a associação entre o DNMT3B
polimorfismo e sobrevivência de câncer gástrico em uma população chinesa. Nosso estudo mostrou que DNMT3B
variantes contribuiu para a sobrevivência a longo prazo do câncer gástrico. O DNMT3B
rs1569686 variantes TG ou GG portadores do genótipo mostraram aumento HR com um P
-valor de 0,036 (HR = 1,43, IC95: 1,02-1,99) quando comparado com o TT do tipo selvagem. Além disso, rolamento individual do alelo G do rs1569686 (TG ou GG) tem aumento de 2,46 vezes do risco de mortalidade do que os portadores do alelo não G em pacientes que vivem mais de 2 anos (Fig 1A), e os indivíduos com rs8118663 genótipo GG tendem a ter maior risco no longo prazo sobrevivência (Fig 1B).

Nós ainda pela primeira vez, investigou a associação entre DNMT3B
polimorfismos e características clínicas de pacientes com câncer gástrico. Os pacientes portadores do genótipo rs6119954 AA teve mais frequência de metástases distantes, sugerindo que o polimorfismo rs6119954 podem estar envolvidos na progressão do cancro gástrico. Do mesmo modo, os pacientes com o genótipo AA rs8118663 tendem a ter maior tamanho do tumor (≥5cm), sugerindo que rs8118663 SNP pode desempenhar um papel na progressão tumoral de doentes GC. Tomados em conjunto, todos estes achados demonstram o valor preditivo da DNMT3B
polimorfismos para a progressão e sobrevivência prognóstico em pacientes com câncer gástrico.

O DNMT3B
gene codifica DNMT3B, um um membro da família de DNA metiltransferase que participa numa grande variedade de processos biológicos, incluindo o desenvolvimento do tumor e tumorigênese [29]. Vários estudos anteriores demonstraram que os polimorfismos de DNMT3B
estão associados com o desenvolvimento do cancro, em uma variedade de tumores. Shen et al [18] em primeiro lugar, relatou que os portadores de alelos T, particularmente heterozigoto (CT) de rs2424913, teve quase 2 vezes maior risco de risco de câncer de pulmão em comparação com o genótipo homozigoto CC na população caucasiana. Além disso, esta variante genética C-para-t comum no promotor DNMT3B foi encontrado para aumentar a expressão do mRNA profundamente [30]. No entanto, o papel do rs2424913 sobre o câncer em chinês pode ser desprezível como o alelo C na população chinesa está ausente ou rara [20], o significado da grande diversidade de DNMT3B
distribuição SNP pode ser devido a diferentes grupos étnicos , fatores ambientais desconhecidos ou a interação entre fatores ambientais e predisposição genética. O rs1569686 foi relatado para ser associado com a susceptibilidade de cancro do pulmão [31] e do cancro gástrico [21], mas não no carcinoma hepatocelular [19], cancro do esófago [32] e carcinoma nasofaríngeo [20]. Em uma meta-análise anterior com base em 24 estudos de caso-controle, o DNMT3B
rs1569686 alelo G foi identificado como um fator de baixo risco de desenvolvimento de cancro colorrectal [33]. O rs1569686 está localizado na região pobre promotor do CpG. No ensaio promotor vitro revelaram que o polimorfismo rs1569686 não afecta a actividade de transcrição da DNMT
promotor [34], mas os mecanismos exactos são em grande parte desconhecida. Um estudo de Lee et al [35] mostrou que o rs6087990 na região promotora de DNMT3B
, que foi em LD completa com rs1569686, pode modificar a actividade do promotor de DNMT3B
, a transcrição actividade do alelo T foi significativamente menor em comparação com o alelo C, mas o polimorfismo rs1569686 não afectou a actividade do promotor. Em nosso estudo, no entanto, não observamos qualquer associação de rs1569686 com o desenvolvimento de câncer gástrico ou atrofia gástrica, um importante fator de risco para câncer gástrico (Tabela 2). Além disso, não foram observadas quaisquer diferenças de expressão DNMT3B dentro dos genótipos de cada SNPs utilizando o método de imuno-histoquímica. O mecanismo subjacente de DNMT3B
em câncer gástrico precisa ser esclarecida em estudos futuros. Outra locais, rs2424908, que está em desequilíbrio de ligação completa com rs8118663 ( r
^{2 = 0,956), também foi encontrado para ser envolvido em tumores, como o câncer de esôfago [32] e cancro colorectal [ ,,,0],34]. No entanto, em nosso estudo, nenhuma associação positiva com câncer gástrico pode ser observada. Similar aos nossos achados, Yang et al relatou que DNMT3B
rs2424908 polimorfismos não foram associados com a susceptibilidade ao câncer gástrico na população do sul da China [36]. Por conseguinte, podem ser necessários mais estudos para concluir o papel do polimorfismo genético da DNMT3B
no desenvolvimento de câncer gástrico.}

Duas limitações deve ser reconhecido em nosso estudo. Uma era que apenas SNPs com um alelo menor mínimo de 0,10 ou maior foram incluídos devido aos critérios de seleção. variações de baixa frequência podem também se correlacionam com o desenvolvimento do cancro, tais como rs2424913 [22]. é necessário um estudo mais aprofundado que abranja os SNPs com baixa frequência. A outra é que o tempo de acompanhamento para casos de câncer gástrico parece ser insuficiente, a maioria dos casos no lado direito das parcelas de sobrevivência são censurados. Influências de SNPs sobre a sobrevivência a longo prazo não pode ser totalmente resolvido, embora a tendência pode ser observada. No entanto, quando os casos são estratificados em subgrupo vivendo mais de dois anos, uma associação significativa no prognóstico a longo prazo poderia ser observado. No entanto, o papel da DNMT3B
em câncer gástrico será reavaliado e atualizado no futuro, como o follow-up ainda está em curso.

Conclusões

Em resumo, encontramos polimorfismos de DNMT3B
pode afetar a sobrevida global de câncer gástrico, sugerindo o potencial dos DNMT3B
SNPs como um marcador útil para prever a sobrevida global de câncer gástrico, especialmente em pacientes que sobreviveram mais de dois anos. No entanto, não foram observadas quaisquer associações significativas entre a DNMT3B
variantes e risco de câncer gástrico ou atrofia gástrica. Investigações adicionais são necessárias para esclarecer plenamente o papel da DNMT3B
em câncer gástrico em diferentes populações étnicas.

Informações de Apoio
Tabela S1. coeficientes de desequilíbrio de ligação ( D
') e r
2 entre DNMT3B
htSNPs
doi:. 10.1371 /journal.pone.0134059.s001
(DOCX)
S2 Table. Os dados clínicos de doentes com cancro gástrico
doi: 10.1371. /journal.pone.0134059.s002
(DOCX)
S3 Tabela. Associação de SNPs e H
pylori
no grupo controle
doi:.. 10.1371 /journal.pone.0134059.s003
(DOCX)
S4 Tabela . As distribuições de genótipos de acordo com parâmetros clínicos em casos de câncer gástrico
doi: 10.1371. /Journal.pone.0134059.s004
(DOCX)
S1 dados de apoio. Os dados clínicos e freqüências genotípicas de polimorfismos do gene DNMT3B em casos e controles
DOI: 10.1371 /. Journal.pone.0134059.s005
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Agradecimentos

Os autores gostaria de agradecer a todos aqueles que participam neste estudo, especialmente para Ying Canção por seu trabalho sobre o acompanhamento de assuntos e Chang-Guo canção por seu apoio técnico.

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