PLoS ONE: polymorfismin DNA metyylitransferaasi 3b ja Assosiaatio kehitys ja ennuste vuonna Mahalaukun Cancer

tiivistelmä

tavoite

DNA metyylitransferaasi 3b (DNMT3b) on tärkeä rooli epänormaali metylointi aikana tuumorigeneesin. Polymorfismin DNMT3b
geeni voi vaikuttaa DNMT3b
aktiivisuutta ja liittyä syöpäriskiä. Tämän tutkimuksen tavoitteena oli selvittää yhdistyksen välillä yhden nukleotidin polymorfismien (SNP) ja DNMT3b
geeni ja alttius ja ennusteen mahasyövän.

Methods

neljä sataa ja neljäkymmentä seitsemän histologisesti-vahvistivat mahalaukun syöpätapausta, 111 mahalaukun surkastuminen tapauksia ja 961 kasvaimettomina valvonta otettiin mukaan tutkimukseen. Viisi tag SNP (rs6119954, rs1569686, rs4911107, rs4911259 ja rs8118663) ja DNMT3b
geeni genotyypattiin mukaan TaqMan määrityksessä. DNMT3b ilmentyminen arvioitiin 104 syövän kudoksissa immunohistokemiallisesti menetelmällä.

Tulokset

mediaani seuranta-aika 422 mahalaukun potilaalla on ennuste oli 55,1 (51,8-58,5) kuukausi. Huomasimme, että yksilöiden rs1569686 variantti genotyyppi (TG /GG) oli merkitsevästi yhteydessä huonoon ennusteeseen mahasyövän verrattuna kuljettaa TT genotyyppi (HR = 1,43, 95% CI: 1,02-1,99). Tämä suuntaus oli nähtävissä pitkällä aikavälillä säilyttämään mahasyövän. Samanlaisia ​​tuloksia havaittiin, että G-alleelin kantajia rs4911107 ja T-alleelin kantajia rs4911259 koska nämä kaksi aluetta olivat täydellisessä kytkentäepätasapainossa kanssa rs1569686. Rs8118663 GG harjoittajat yleensä elää lyhyempi kuin AA /AG-genotyyppi (HR = 2,72, 95% CI: 1,45-5,12) potilailla elävät pidempään kuin 2,0 vuotta. Mikään viidestä SNP liitettiin mahasyövän tai mahalaukun surkastuminen. Eikä suhdetta välillä havaittiin kunkin viiden SNP ja DNMT3b ilme.

Johtopäätökset

Tämä tutkimus antaa näyttöä, että DNMT3b
polymorfismit voivat ennustaa pitkän aikavälin selviytyminen mahasyövän . Kuitenkin lisätutkimuksia tarvitaan paljastaa taustalla olevat biologiset roolit DNMT3b
polymorfismi.

Citation: Wang C, Jia Z, Cao D, Sinä L, Jin M, Wu X, et al . (2015) polymorfismin DNA metyylitransferaasi 3b ja Assosiaatio kehitys ja ennuste mahasyövän. PLoS ONE 10 (8): e0134059. doi: 10,1371 /journal.pone.0134059

Editor: Valli De Re, Centro di Riferimento Oncologico, IRCCS National Cancer Institute, ITALIA

vastaanotettu: 16 huhtikuu 2015; Hyväksytty: 3. heinäkuuta 2015 Julkaistu: 11 elokuu 2015

Copyright: © 2015 Wang et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään

Data Saatavuus: kaikki asiaankuuluvat tiedot kuuluvat paperin ja sen tukeminen Information tiedostoja.

Rahoitus: Tätä työtä tuki National Natural Science Foundation of China (81072369, JJ), National Natural Science Foundation of China (81373084, JJ), National Natural Science Foundation of China (81273065, XYC), Norman Bethune Program Jilin University (2013025, JJ), Nuorten säätiö The First sairaalan Jilin University (JDYY42013014, ZFJ), Nuorten säätiö The First sairaalan Jilin University (JDYY42013018 , DHC), sekä tieteen ja teknologian kehityksen ohjelma Jilin (20150414014GH, JJ). Rahoittajat ollut mitään roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen.

Kilpailevat edut: Kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.

Johdanto

Mahasyöpää (GC) on yksi yleisimmistä pahanlaatuisia kasvaimia Kiinassa ja se on toiseksi suurin syy syöpään liittyvän kuoleman [1, 2]. Helicobacter pylori
( H
. pylori
) on luokiteltu ryhmään I karsinogeeni mahasyövän IARC vuonna 1994 [3]. H
. pylori
on myös yksi riskitekijöistä mahalaukun atrofiaa (GA), jossa on mukana kehittämässä mahalaukun syövän [4, 5]. Vaikka puolet maailman väestöstä on H
. pylori
infektio, vain pieni osa heistä edetä krooninen atrofinen gastriitti ja sitten mahasyövän. Nämä viittaavat mahdollinen rooli isännän geneettisten tekijöiden vastauksena krooniseen H
. pylori
infektio ja mahalaukun syövän kehitykseen, sen jälkeen [6].

DNA: n metylaatio on yksi epigeneettisenä modulaatiot ja on tärkeä transkription säätelyyn ja kromatiinirakenteeseen remodeling [7]. Poikkeava DNA: n metylaatio voi johtaa genominlaajuisten hypometylaatio ja alueellisten hypermetylaatio, joka on tunnistettu mahdolliseksi mekanismi inaktivoimiseksi tuumorisuppressorigeeneille [8-10]. DNA metyylitransferaasi-3b (DNMT3b) on de novo
metyylitransferaasiestäjiä ja on yli ilmaistaan ​​erilaisissa kasvaimissa, kuten keuhkosyöpä [11], rintasyövät [12], maksasyövän [13] ja suuri B- solulymfooma [14]. Meidän edellinen työ osoitti, että DNMT3b ilmaistu huomattavasti korkeampi mahasyövän kudoksessa verrattuna pariksi kontrollinäytteiden [15]. Ja korkeampi DNMT3b raportoitu olevan mukana imusolmuke etäpesäke munasarjasyöpä [16] ja lyhyemmät eloonjäämisaste akuutti myelooinen leukemia [17]. Nämä ehdottivat mahdollista roolia DNMT3b kehittämisessä ja etenemistä kasvaimia.

DNMT3b
etsii kromosomissa 20q11.2 joiden koko yhteensä 47Kb. Katsottiin, että yhden emäksen monimuotoisuus (SNP) sisällä promoottorialueen DNMT3b
geeni voi muuttaa geeniekspressiotasot [18]. Aiemmat tutkimukset ovat osoittaneet, että SNP DNMT3b
korreloivat herkkyys erilaisten syöpien, kuten maksasyövän [19], keuhkosyöpä [18], nenänielun karsinoomat [20], rintasyöpä [7] ja mahalaukun syöpä [21], ja Azad et al [22] ovat osoittaneet, että DNMT3b
rs2424913 polymorfismi korreloi suurentunut vaara riski pään ja kaulan alueen syöpä. Nämä SNP todettiin vaikuttavan aktiivisuuteen DNMT3b
DNA metylaatio muuttamalla tason DNMT3b, jolloin ne moduloivat alttius syöpään [23, 24].

Kuitenkin, sikäli kuin me tietävät, ei paperia ollut saatavilla roolista DNMT3b
polymorfismi ennustetta mahasyövän. Esillä olevassa tutkimuksessa tutkimme yhdistyksen välillä polymorfismit DNMT3b
geenin ja herkkyydestä mahasyövän sekä mahalaukun surkastumisen ja kliinis-ja eloonjäämisaste mahasyövän kiinalaisessa väestöstä.

Materiaalit ja menetelmät

Ethics selvitys

Tämä hyväksyi tutkimuksen eettisen komitean ensimmäisen sairaalan Jilin University. Kirjallinen suostumukset on saatu kaikista potilaista ennen osallistuu tähän tutkimukseen.

Tutkimus väestön

Vasta diagnosoitu mahalaukun syöpätapausta meneillään tumorectomy kutsuttiin tutkimuksen laitoksella mahalaukun ja paksusuolen ja peräsuolen Surgery, First sairaalan Jilin University (Changchun, Kiina) vuonna 2008 vuoteen 2010. kaikkiaan 447 tapausta, jossa histopatologisesti todettu mahasyöpä sisällytettiin eikä yksikään tapauksista saatiin kemoterapiaa tai sädehoitoa ennen leikkausta. Pääasiallinen kliinisiä piirteitä kerättiin potilastietoja tai puhelinhaastattelu. Määrittelimme kemoterapiaa tehokasta hoitoa vähintään 3 sykliä. Potilaat saivat useita postoperatiivinen kemoterapiahoitojen, kuten FOLFOX-4 hoito (yhdessä 5-fluorourasiilin, leukovoriinin ja oksaliplatiini); XELOX hoito (kapesitabiinin ja oksaliplatiinin); muut kemoterapian kuten kapesitabiinin tai 5-fluorourasiilin yksin. Samana aikana, tutkittavien osallistuu terveystarkastus keskus ilman kasvaimen historiaa kutsuttiin kontrolliryhmään samassa sairaalassa ja 1072 yksilöiden allekirjoitti tietoisen suostumuksen. Niistä 150 aiheita todettiin mahalaukun surkastuminen seerumin pepsinogeeni tarkastus ja 111 vahvistettiin koepala ja histopatologia ja sisällytettiin mahan surkastumista ryhmä. Loput aiheet (961) sisällytettiin kontrolliryhmässä. Viisi millilitraa perifeeristä verta kerättiin kaikki osallistujat ja varastoitiin -80 ° C: ssa, kunnes genomista DNA: n uuttaminen.

Mahasyöpää tapauksissa potilaita seurattiin puhelimitse puhelut kolme kuukautta, kuusi kuukautta, ja vuoden kuluttua tumorectomy ja joka vuotta myöhemmin kuolemaan saakka tai viimeinen suunniteltu seurantaa. Tapaukset eivät sisällytetä selviytymisen analyysissä jos (i) ne ovat tuhoutuneet seuranta ensimmäisellä kerralla on puhelinhaastattelu, tai (ii) ne kuoli komplikaatioihin kirurgisen operaation leikkaussalin aikana. Elinaika määriteltiin ajaksi alkaen kirurgisen operaation kuolinpäivä jos potilasta kuoli tai viimeisestä onnistuneen haastattelun, jos potilasta menetettiin seuranta tai elossa loppuun tutkimuksen . Elinaika oli oikeassa sensuroitiin paitsi että potilaat kuolivat mahasyövän.

Testit H
. pylori
infektio ja diagnoosi mahalaukun surkastuminen

seerumin immunoglobuliini G (IgG) vasta-aineet H
. pylori
, pepsinogeeni I (PGI) ja pepsinogeeni II (PGII) arvioitiin entsyymi-immunosorbenttimääritys (ELISA) seuraten valmistajan ohjeita (Biohit, Suomi). Yksilöiden SMM < 82,3 ng /ml ja suhteet PGI /PGII < 6,05 oli positiivinen mahalaukun surkastuminen seulonta ja sitten validoitu koepala ja histopatologia gastroskopialla [25]. Interday kerroin variaatioita (CV: t) valvonnan näytteiden joukossa sarjat olivat 4,5%, 4,3% ja 4,7% H
. pylori
IgG, PG I ja PG II, tässä järjestyksessä.

merkitseminen SNP valinta

SNP, joka kattaa alueen DNMT3b
analysoitiin SNPbrowser Software v4.0 perustuu han-kiinalaisten Väestö HapMap Project (02.06.2009 HapMap). Neljä koodaus SNP (tagSNPs, rs6119954, rs4911107, rs4911259 ja rs8118663) valittiin joka voisi kattaa 22 SNP DNMT3b
vähintään vähäinen alleelin taajuus (MAF) 0,05 ja pareittaisesta r
^{2 0,8 tai suurempi [26]. Lisäksi kolme muuta SNP, rs2424913, rs6087990 ja rs1569686, tarkoituksena oli myös valittava ehdokas SNP. Kuitenkin vain rs1569686 genotyypattiin kuin rs2424913 oli liian alhainen MAF (0,012, tiedot HapMap Project) ja rs6087990 oli ehdoton LD ( D
'= 1 ja r
2 = 1) kanssa rs4911107. Lopulta viisi SNP, rs6119954 (introni), rs1569686 (promoottori), rs4911107 (introni), rs4911259 (introni) ja rs8118663 (3 'reunustava alue) valittiin Genotyyppausanalyysiin.}

genotyypin

genomi-DNA uutettiin kokoverestä näytteestä käyttäen veren genomista DNA: ta uuttamalla sarjat noudattamalla valmistajan ohjeita (Axygen Biosciences, USA). Genotyypit kunkin SNP määritettiin käyttäen TaqMan genotyypin määritysten noudattamalla valmistajan protokollan 384-kuoppaisilla levyillä (Applied Biosystems, USA). Sekvenssit alukkeiden ja koettimien ovat saatavilla pyynnöstä. Polymeraasiketjureaktio (PCR) olivat seuraavat: 1 sykli 95 ° C: ssa 10 min, jota seurasi 40 sykliä 95 ° C 15 s ja 60 ° C 1 min. Monistus- prosessit suoritettiin BIO-RAD S1000 lämpösyklilaitteilla (Bio-Rad, Kalifornia) ja lopputuotteiden luettiin ABI PRISM 7900 HT Sequence Detector käyttämällä Sequence Detector Software V2.3 (Applied Biosystems, USA). Kaksi tyhjä kontrollia sisällytettiin kuhunkin 384-kuoppaisille määritys helpottaa ohjelmisto tunnistaa genotyypit. Viisi prosenttia satunnaisesti valitun kaksoisnäytteillä sisällytettiin kuhunkin 384-kuoppalevyillä laadunvalvontaa, ja yleinen yhdenmukaisten oli 99,91%.

immunohistokemia

DNMT3b ilmentyminen arvioitiin tuumorikudoksessa 104 mahasyöpäpotilaista immunohistokemiallisesti menetelmällä. 4 um paksu osissa kudosblokeista leikattiin, parafiini ja värjättiin käyttäen streptavidiini-biotiini immunoperoksidaasilla tekniikalla. Lyhyesti, kudosta Leikkeitä inkuboitiin yön yli 4 ° C: ssa anti-ihmisen DNMT3b polyklonaalista vasta-ainetta (1: 200 laimennettua, sc-20704, Santa Cruz, USA). Signaalit visualisoitiin 3, 3-Diaminobenzidine (DAB) ja levyt vasta- värjättiin hematoksyliinillä. Koska negatiiviset kontrollit, levyt käsiteltiin isotyypin IgG: t, kuten korvaaminen ensisijainen vasta-aineita. Värjättyjä laseja arvioitiin kaksi riippumatonta patologia, jotka sokeus kliinistä tietoa. Laajalti hyväksytty HSCORE järjestelmää käytettiin arvioimaan värjäytymisen intensiteettiä ja prosenttiosuudet solut värjättiin tietyn suuruuden intensiteettiä. HSCORE laskettiin seuraavalla yhtälöllä: HSCORE = ΣPi (i) (i = 0, 1, 2, 3, Pi = 0-100%). I tarkoittaa värjäytymisen intensiteetti, eli mitään värjäytymistä = 0, heikkoa värjäytymistä = 1, kohtalainen värjäytyminen = 2 ja vahva värjäytyminen = 3. Pi edustaa prosenttiosuudet värjäytyneiden solujen intensiteetit vaihtelevat 0-100%. HSCORE välillä 0 300.

Tilastollinen

Jatkuvat kuten ikä ja HSCORE tulokset DNMT3b ilmaisun oli tiivistää mediaani (kahdeskymmenesviides-seitsemäskymmenesviides persentiilit) ja verrattiin Mann Whitney U testi tai Kruskal-Wallisin testiä. Kategorinen data kuvattiin tiheyttä ja prosenttiosuutta ja verrattiin käyttäen χ <sup>2 testiä tai Fisherin tarkkaa testiä tarvittaessa. Taajuudet genotyyppien kunkin SNP määritettiin suoralla laskenta ja poikkeama Hardy-Weinberg tasapainon kontrolliryhmän arvioitiin jonka hyvyys fit χ 2 testiä. Kytkentäepätasapaino- (LD) parien välillä kaksialleelisten loci määritettiin käyttäen kahta toimenpidettä, D
'ja r
2. Ehdoton regressioanalyysimme avulla laskettiin kertoimet suhde (syrjäisimmillä alueilla) ja 95%: n luottamusvälit (CI), jossa mahdollisten sekoittavien tekijöiden mukauttamisen (iän asteikolla muuttuja, sukupuolen nimellinen muuttuja ja H
. pylori
-vasta nimellinen muuttuja). Survival toiminnot mahasyöpäpotilaista kunkin SNP piirrettiin Kaplan-Meier menetelmällä ja verrattiin Log-Rank testi. Hazard suhde (HR), jossa 95% CI käytettiin määrittämään vaikutuksen genotyyppien kunkin SNP eloonjäämiseen ja laskettiin Coxin regressiomallin. Haplotyyppien taajuuksilla > 1%, riskien alttiuteen ja kuoleman vaara arvioitiin vertaamalla vertailutasoon haplotyyppi (suuret haplotyyppi verrokkiryhmässä) käyttäen ehdoton logistiikkaregressiomallin ja Coxin regressiomallia vastaavasti kanssa THESIAS version 3.1 ohjelmisto [27, 28]. Kaikki tilastolliset testit olivat kaksisuuntaisia ​​ja P
arvo < 0,05 pidettiin tilastollisesti merkitsevä. Ellei toisin mainita, analyysit edellä suoritettiin SAS 9.1.3 ohjelmiston (SAS Institute Inc., USA).</sup>

Tulokset

Aihe ominaisuudet

Yhteensä 1519 aiheita, 447 mahalaukun syöpätapausta, 111 mahalaukun surkastuminen tapauksia ja 961 kasvaimettomina kontrolleja mukana tässä tutkimuksessa. Ominaisuudet kaikkien aineiden on koottu taulukkoon 1. demografinen tekijät, ikä ja sukupuoli, ei jakautunut tasaisesti kolmeen ryhmään, että GC ryhmällä oli enemmän mies ja vanhempi aiheita. Ja 69,1%: n GC tapauksista oli positiivisia H
. pylori
, huomattavasti korkeampi kuin kontrolliryhmässä (49,7%, P
< 0,001), kun taas ei- huomattavasti vähemmän kuin mahalaukun surkastuminen ryhmässä (75,7%, P
= 0,176). Koska nämä tekijät voivat sekoittaa vaikutuksia SNP, vertailuja genotyyppijakauman alla oikaistiin iän, sukupuolen ja H
. pylori
infektio. Useimmat mahasyövän tapaukset oli suoliston syöpä (87,3%) ja 140 potilasta sai postoperatiivinen kemoterapiaa (31,3%).

Association of SNP kanssa mahalaukun syövän riski tai mahalaukun surkastuminen

neljä SNP loci , rs1569686, rs4911107, rs4911259 ja rs8118663, vastasivat Hardy-Weinberg tasapaino kontrolliryhmässä ( P
oli 0,321, 0,341, 0,362 ja 0,874, tässä järjestyksessä). Rs6119954 locus kuitenkin todettiin poikennut siitä ( P
= 0,0331). Siitä huolimatta, tämä lokus sisällytettiin lopulliseen analyysiin, koska viskositeettiluku nopeus kaksoiskappaleen näytteiden rs6119954 oli 100%. Pareittain mittaukset kytkentäepätasapainossa lueteltiin S1 taulukossa. Kolme loci, rs1569686, rs4911107 ja rs4911259 osoitti täydellistä kytkentäepätasapaino- ( D
'> 0,98, r
^{2 > 0,96). Siksi vain rs1569686 analysoitiin edustavat rs4911107 ja rs4911259.}

Verrattuna yleisin genotyyppi kunkin SNP, mitään eroa ei havaittu jakaumia kolmen loci välillä mahasyövän ryhmän ja kontrolliryhmän oikaisun jälkeen ikä , sukupuoli ja H
. pylori
infektio (taulukko 2). Ei mitään alleeli tai haplotyyppi liittyy mahalaukun syövän riski. Samanlaisia ​​negatiivisia tuloksia saatiin riskin mahalaukun surkastuminen (taulukko 2). Myöskään yhdistysten välillä ei havaittu SNP tai haplotyypin ja riskin H
. pylori
infektio kontrolliryhmässä (S3 taulukko).

Association of SNP kanssa ennusteeseen viittaavia parametreja mahasyövän

Genotyyppikorrelaatit jakaumia SNP analysoitiin mukaan ennusteeseen viittaavia parametreja kuten kasvaimen kokoa, vaihe, laatu ja etäinen etäpesäke mahalaukun syöpätapausta. Potilaat kuljettavat AA genotyyppi rs6119954 oli korkeampi taajuus etäpesäkkeiden (25,6% vs
. 9,1%, P
= 0,003). Ja potilaat, joissa on AA genotyyppi rs8118663 oli enemmän osuus kasvaimen kokoa ≥5 cm (33,5% vs
. 23,3%, P
= 0,040) (S4 taulukko).

Association of SNP pelastautumiskoulutukseen mahasyövän

seuranta oli käytettävissä 435 (97,3%) mahasyöpäpotilaista vasta helmikuussa 2015. Kolmetoista potilasta kuoli leikkauksen jälkeisiä komplikaatioita 30 päivän kuluessa alussa tutkimuksen ja nämä tapaukset jätettiin analyysin vaikutuksista SNP eloonjäämiseen. Lopuksi, 422 tapausta oli mukana selviytymisen analyysiin. Aikana seurannan, 195 (46,2%) potilaista kuoli mahasyöpä, 14 (3,3%) tapauksista kuoli muista syistä, 203 potilasta (48,1%) eli ja 10 (2,4%) potilasta menetettiin seurata. Mediaani seuranta-aika oli 55,1 kuukautta (vaihteluväli 1,1-79,2 kuukautta) kaikissa tapauksissa mukana selviytymisen analyysissä.

Cox Regressioanalyysistä suoritettiin arvioimaan yhdistys DNMT3b
genotyypit eloonjäämiseen mahasyövän käyttämällä hallitseva tai resessiivinen mallin. Huomasimme, että rs1569686 TG /GG variantti genotyyppi liittyi tilastollisesti merkitsevä 43% suurempi riski kuolla verrattuna TT genotyypin hallitseva malli. Lisäksi taipumus vaikutuksia pitkän aikavälin elinkelpoisuuden voitiin havaita selviytymisen tontteja. Siksi alaryhmäanalyyseissa potilaille tehtiin elävät yli kaksi vuotta. Potilaat laakeri G-alleelin (TG tai GG-genotyyppi) on 1.569.686 havaittiin elää lyhyempi kuin TT-genotyyppi (HR = 2,46, 95% CI: 1,29-4,69, P
= 0,006) säätämisen jälkeen ikä, sukupuoli, TNM ja kemoterapian jälkeen tumorectomy (kuvio 1A). Samanlaisia ​​tuloksia havaittiin, että G-alleelin kantajia rs4911107 ja T-alleelin kantajia rs4911259 yleisessä selviytymisen mahasyövän (taulukko 3). Ja ne kuljettavat GG genotyypin rs8118663 yleensä on lyhyempi elinaika kuin alleelin kantajia (AA tai AG) oikaisun jälkeen ikä, sukupuoli, TNM ja kemoterapia jälkeen tumorectomy (HR = 2,72, 95% CI: 1,45-5,12, P
= 0,002) (kuvio 1 B).

Association SNP: iden välillä ja ilmaus DNMT3b

DNMT3b ilmentyminen arvioitiin syöpäkudoksen 104 mahasyövän tapaukset käyttäen immunohistokemiallista menetelmää. DNMT3b ilmentyminen havaittiin lähinnä solun tumassa ja ekspressiotasot olivat korkeat (HSCORE > 200) 64 tapauksessa (61,5%), kohtalainen (100 < HSCORE≤200) 30 (28,8%), alhainen (HSCORE≤100) 2 (1,9%) ja negatiivinen (HSCORE = 0) 8 (7,7%). Tulokset ilmaisun mukaan genotyyppejä kolmen SNP loci on esitetty taulukossa 4. Kuitenkin, ei ole eroa DNMT3b ilmentymistä ei voitu havaita kesken genotyypit kunkin SNP.

Keskustelu

Esillä olevassa tutkimuksessa olemme systemaattisesti tutkittu rooli varianttien DNMT3b
geenin kehittämiseen ja ennusteen mahasyövän suuressa populaatiossa. Huomasimme, että rs1569686 TG /GG genotyypit merkitsevästi yhteydessä huonoon säilymiseen mahasyövän. Lisäksi havaitsimme, että DNMT3b
polymorfismien vaikuttavat pitkän aikavälin selviytyminen mahasyövän ja vaikutus oli vielä voimakkaampi potilailla elävät yli kaksi vuotta.

Useimmat teokset julkaistaan ​​vain keskittyä roolista DNMT3b
vuonna carcinogensis eri syöpäsairauksia. Sikäli kuin tiedämme, tämä on ensimmäinen raportti, jossa kuvataan yhdistyksen välillä DNMT3b
polymorfismi ja mahasyövän selviytymisen kiinalaisessa väestöstä. Nykyinen tutkimus osoitti, että DNMT3b
variantteja osaltaan pitkän aikavälin selviytymisen mahasyövän. DNMT3b
rs1569686 variantti TG tai GG genotyypin kantajia oli kohonnut HR kanssa P
-arvo on 0,036 (HR = 1,43, 95CI: 1,02-1,99) verrattuna TT villityypin. Lisäksi yksittäiset laakeri G alleelin rs1569686 (TG tai GG) on 2,46-kertainen kuolleisuuden riski kuin muiden G-alleelin kantajia potilailla elävät yli 2 vuoden ajan (kuvio 1A), ja yksilöt kuljettaa rs8118663 GG-genotyyppi on yleensä suurempi riski pitkällä aikavälillä säilyttämään (kuvio 1 B).

lisäksi ensimmäistä kertaa tutkinut yhdistyksen välillä DNMT3b
polymorfismien ja kliinisiä tekijöitä mahalaukun syöpäpotilailla. Potilaat kuljettavat rs6119954 AA genotyyppi oli enemmän taajuus etäpesäkkeiden, mikä viittaa siihen, että rs6119954 polymorfismi voi olla mukana etenemistä mahasyövän. Samoin potilailla, joilla on rs8118663 AA genotyyppi yleensä on suurempi kasvaimen kokoa (≥5cm), viittaa siihen, että rs8118663 SNP voi olla rooli kasvaimen etenemisen GC potilailla. Yhdessä kaikki nämä havainnot osoittivat ennustearvo DNMT3b
polymorfismien varten etenemisen ja eloonjäämisen ennustetta potilaille, joilla on mahalaukun syövän.

DNMT3b
geeni koodaa DNMT3b, eli perheenjäsen DNA metyylitransferaasi, joka osallistuu monenlaisia ​​biologisia prosesseja, kuten kasvainten kehittymiseen ja tumorgenesis [29]. Useat aiemmat tutkimukset ovat osoittaneet, että polymorfismit DNMT3b
liittyy syövän kehityksen eri kasvaimia. Shen, et al [18] Ensinnäkin raportoitu, että kantajia T alleelien, erityisesti heterotsygoottinen (CT) on rs2424913, oli lähes 2-kertainen riski sairastua keuhkosyöpään riski verrattuna homotsygoottinen CC genotyyppi valkoihoisilla väestöstä. Lisäksi tämä C-to-T yhteinen geneettinen variantti DNMT3b promoottorin todettiin syvästi lisätä mRNA: n ilmentymisen [30]. Kuitenkin rooli rs2424913 syövän Kiinan voisi olla merkityksetön, koska C-alleelin Kiinan väestö on poissa tai harvinainen [20], merkitys suuren monimuotoisuuden DNMT3b
SNP jakelu voi johtua eri etnisten ryhmien , tuntematon ympäristötekijät tai vuorovaikutuksesta ympäristötekijöiden ja geneettinen alttius. Rs1569686 oli raportoitu liittyvän alttiuteen sairastua keuhkosyöpään [31] ja mahasyövän [21] mutta ei maksasolukarsinoomassa [19], ruokatorven syöpä [32] ja nenänielun karsinooma [20]. Aiemmassa meta-analyysi perustuu 24 tapausverrokkitutkimukset, DNMT3b
rs1569686 G-alleelin on todettu alhaisen riskitekijä kolorektaalisyövän kehittymisen [33]. Rs1569686 sijaitsee CpG huono promoottorialueen. In vitro-promoottori määritys ovat osoittaneet, että rs1569686 polymorfismi ei vaikuta transkriptionaalista aktiivisuutta DNMT
promoottori [34], mutta tarkka mekanismit ovat suurelta osin tuntemattomia. Tutkimus Lee et al [35] osoittivat, että rs6087990 että promoottorialueen DNMT3b
, joka oli täydellinen LD rs1569686, voivat muuttaa promoottorin aktiivisuutta DNMT3b
, transkription aktiivisuus T-alleelin oli huomattavasti alhaisempi verrattuna C-alleeli, mutta rs1569686 polymorfismi ei vaikuta promoottorin aktiivisuutta. Tutkimuksessamme emme kuitenkaan ei havainnut yhdistyksen rs1569686 kehittämisen kanssa mahasyövän tai mahalaukun surkastuminen, tärkeä riskitekijä mahasyövän (taulukko 2). Lisäksi meillä ei havainnut eroja DNMT3b ilmaisun sisällä genotyypit kunkin SNP käyttäen immunohistokemiallisesti menetelmällä. Taustalla mekanismi DNMT3b
mahasyöpä on selvennettävä tulevissa tutkimuksissa. Toinen sivustoja, rs2424908, joka on täydellinen kanssa kytkentäepätasapainossa rs8118663 ( r
^{2 = 0,956), on myös todettu olevan osallisena kasvainten, kuten ruokatorven syöpä [32] ja peräsuolen syöpä [ ,,,0],34]. Kuitenkin meidän tutkimuksessa ei positiivinen yhteys mahasyövän voitiin havaita. Samanlainen kuin meidän havaintoja, Yang ym todettu, että DNMT3b
rs2424908 polymorfiat eivät liittyneet alttius mahasyövän Etelä Kiinan väestöstä [36]. Siksi enemmän saatetaan tarvita päätellä roolin geneettistä vaihtelua DNMT3b
kehittämisessä mahasyövän.}

Kaksi rajoitukset olisi tunnustettava tutkimuksessamme. Yksi oli, että vain SNP vähintään pieni alleelin 0,10 tai suurempi sisällytettiin vuoksi valintakriteerit. Matala taajuus vaihtelut voivat myös korreloida syövän kehitykseen, kuten rs2424913 [22]. Edelleen tutkimus kattaa SNP harvoin, tarvitaan. Toinen on, että seuranta-ajan mahasyövän tapaukset tuntuu riittämättömiä useimmissa tapauksissa oikealla puolella selviytymisen tontteja sensuroidaan. Vaikutteet SNP pitkän aikavälin selviytyminen ei voitu täysin käsitelty vaikka suuntaus oli havaittavissa. Kuitenkin, kun tapaukset ovat kerrostuu alaryhmä elävät pidempään kuin kaksi vuotta, on merkittävä yhdistys pitkän aikavälin ennuste voitiin havaita. Kuitenkin rooli DNMT3b
mahasyövän tullaan Arvonkorotuksia ja päivitetään tulevaisuudessa seurannassa on yhä käynnissä.

Johtopäätökset

Yhteenvetona löydämme polymorfismia DNMT3b
voivat vaikuttaa eloonjäämisaste mahasyövän, mikä viittaa mahdollisuuksia DNMT3b
SNP hyödyllisenä merkki ennustaa eloonjäämisaste mahasyövän, erityisesti potilailla, elossa yli kaksi vuotta. Emme kuitenkaan ei havainnut merkittäviä assosiaatioita DNMT3b
variantteja ja mahalaukun syövän riski tai mahalaukun surkastuminen. Lisätutkimukset ovat tarpeen täysin selkeyttää roolia DNMT3b
mahasyövän eri etnisten populaatioissa.

tukeminen Information
S1 Taulukko. Kytkentäepätasapaino- kertoimet ( D
) ja r
2 välillä DNMT3b
htSNPs.
Doi: 10,1371 /journal.pone.0134059.s001
(DOCX)
S2 Taulukko. Kliiniset tiedot mahalaukun syöpäpotilailla.
Doi: 10,1371 /journal.pone.0134059.s002
(DOCX)
S3 Taulukko. Association of SNP ja H
. pylori
infektion kontrolliryhmässä.
Doi: 10,1371 /journal.pone.0134059.s003
(DOCX) B S4 Taulukko . Jakaumat genotyyppien mukaan kliinisten parametrien mahasyövän tapauksissa.
Doi: 10,1371 /journal.pone.0134059.s004
(DOCX) B S1 tukevat tiedot. Kliiniset tiedot ja genotyyppi taajuuksilla DNMT3b geenipolymorfismien tapauksissa ja valvontaa.
Doi: 10,1371 /journal.pone.0134059.s005
(XLS) B

Kiitokset

Kirjoittajat kiittää kaikkia niitä, jotka osallistuvat tähän tutkimukseen, erityisesti Ying Song hänen työstään seurantaa aiheista ja Chang-Song Guo hänen teknistä tukea.

• PLoS Computational Biology: Discovery of Drug Synergia mahasyövän Cells ennustama Looginen Modeling
• PLoS ONE: PRR11 Onko Prognostiset Marker ja mahdolliset Oncogene potilailla mahalaukun syövän