PLoS ONE: Полиморфизм ДНК метилтрансферазы 3b и ассоциации с развитием и прогнозирования в рака желудка

Абстрактный

Цель
<р> ДНК метилтрансферазы 3b (DNMT3b) играет важную роль в аномальных метилирования во время онкогенеза. Полиморфизм DNMT3b
ген может влиять на DNMT3b
активность и быть связаны с риском развития рака. Целью данного исследования являлось изучение взаимосвязи между однонуклеотидных полиморфизмов (SNP) из DNMT3b
генов и восприимчивость и прогноз развития рака желудка.

Методы
<р> Четыреста сорок семь гистологически подтвержденных случаев заболевания раком желудка, 111 желудочные случаев атрофия и опухолевые 961 контрольных образцов были включены в исследование. Пять тегов ОНП (rs6119954, rs1569686, rs4911107, rs4911259 и rs8118663) в DNMT3b
гена генотипирования путем TaqMan анализа. DNMT3b экспрессии оценивали в 104 раковых тканей методом иммуногистохимии.

Результаты
<р> Средняя продолжительность наблюдения за 422 желудочных больных с информацией прогноз был 55.1 (51.8-58.5) месяц. Мы обнаружили, что люди с rs1569686 вариант генотипа (TG /GG) были связаны с плохим прогнозом при раке желудка по сравнению с теми, несущий генотип TT (HR = 1,43, 95% ДИ: 1.02-1.99). Эта тенденция была более очевидной в долгосрочной выживаемости рака желудка. Аналогичные результаты наблюдались для G аллеля носителей rs4911107 и Т аллеля носителей rs4911259, как эти два участка были в полной неравновесия по сцеплению с rs1569686. В GG носители rs8118663, как правило, живут меньше, чем AA /AG генотипа (HR = 2,72, 95% ДИ: 1.45-5.12) у пациентов, живущих дольше, чем 2,0 лет. Ни один из пяти ОНП не было связано с риском развития рака желудка или атрофии желудка. И никакой связи не было найдено между каждым из выражения пять ОНП и DNMT3b.

Выводы
<р> Это исследование свидетельствует о том, что DNMT3b
полиморфизм может предсказать долгосрочное выживание рака желудка , Тем не менее, необходимы дальнейшие исследования, чтобы выявить основные биологические роли DNMT3b
полиморфизм
<р> Образец цитирования:. Ван C, Цзя Z, Цао D, You L, M Jin, Wu X, и др , (2015) Полиморфизм ДНК метилтрансферазы 3b и ассоциации с развития и прогнозирования в рака желудка. PLoS ONE 10 (8): e0134059. DOI: 10.1371 /journal.pone.0134059
<р> Редактор: Valli De Re, Centro ди Riferimento Oncologico, Национальный институт рака IRCCS, ИТАЛИЯ
<р> Поступило: 16 апреля, 2015 года; Принято: 3 июля 2015; Опубликовано: 11 августа 2015
<р> Copyright: © 2015 Wang и др. Это статья открытого доступа распространяется в соответствии с условиями лицензии Creative Commons Attribution, которая позволяет неограниченное использование, распространение и воспроизведение на любом носителе, при условии, что оригинальный автор и источник кредитуются
<р> Доступность данных: Все соответствующие данные находятся в пределах своих подтверждающей информации, файлов бумаги и
<р> Финансирование:. работа выполнена при поддержке Национального фонда естественных наук Китая (81072369, JJ), Национальный фонд естественных наук Китая (81373084, JJ), национальный природный научный фонд Китая (81273065, XYC), Норман Бетьюн Программа университета Цзилинь (2013025, JJ), Молодежный Фонд Первого госпиталя университета Цзилинь (JDYY42013014, ZFJ), молодежного Фонда Первого госпиталя университета Цзилинь (JDYY42013018 , DHC), и программа развития науки и техники провинции Цзилинь (20150414014GH, JJ). Доноры не играет никакой роли в дизайн исследования, сбора и анализа данных, решение о публикации или подготовки рукописи
<р> Конкурирующие интересы:.. Авторы заявили, что не существует никаких конкурирующих интересов

Введение
<р> рак желудка (GC) является одним из наиболее распространенных злокачественных опухолей в Китае, и является второй ведущей причиной смерти от рака, связанного [1, 2]. хеликобактерной
( H
. пилори
) была классифицирована как группа I канцерогеном рака желудка МАИР в 1994 году [3]. H
. пилори
также является одним из факторов риска для желудка атрофией (GA), который участвует в развитии рака желудка [4, 5]. Хотя половина населения мира имеет H
. пилори
инфекции, лишь небольшая часть из них, чтобы прогрессировать хронический атрофический гастрит, а затем рак желудка. Они свидетельствуют о возможной роли генетических факторов хозяина в ответ на хроническое H
. инфекция пилори
и развитие рака желудка, затем [6].
<Р> метилирования ДНК является одним из эпигенетические модуляциями и играет важную роль в регуляции транскрипции и структуры хроматина [7]. Ненормальная метилирование ДНК может привести к общегеномного гипометилированию и региональной гиперметилированием, который идентифицирован как возможный механизм инактивации генов-супрессоров опухолей [8-10]. ДНК метилтрансферазы-3b (DNMT3b) является De Novo
метилтрансфераза и более выражены в различных опухолей, таких как рак легких [11], карциномы молочной железы [12], гепатоцеллюлярной карциномы [13] и большой B- клеточных лимфом [14]. Наша предыдущая работа показала, что DNMT3b выражены значительно выше, в желудочной ткани рака по сравнению с парными контрольных образцов [15]. И более высокие уровни DNMT3b сообщалось, участвует в лимфатических узлах метастазов рака яичников [16] и более короткой общей выживаемости острого миелоидного лейкоза [17]. Они предложили возможную роль DNMT3b в развитии и прогрессии опухолей.

DNMT3b
находит в хромосоме 20q11.2 с общим размером 47Кб. Было высказано мнение, что одиночных нуклеотидных полиморфизмов (SNP) в пределах области промотора DNMT3b
ген может изменить уровни [18] экспрессии генов. Предыдущие исследования показали, что ОНП из DNMT3b
коррелировали с восприимчивостью различных видов рака, таких как гепатоцеллюлярной карциномы [19], рак легких [18], носоглотки карцином [20], рака молочной железы [7] и желудка рак [21], и Азад и др [22] показали, что DNMT3b
rs2424913 полиморфизма коррелировало с повышенным риском опасности рака головы и шеи. Установлено, что эти ОНП влияют на активность DNMT3b
на метилирование ДНК путем изменения уровня DNMT3b, модулируя тем самым восприимчивость к раку [23, 24].
<р> Тем не менее, насколько нам известно, ни одна бумага не была доступна на роль DNMT3b
полиморфизма в прогнозе рака желудка. В настоящем исследовании мы изучали связь между полиморфизмом DNMT3b
генов и восприимчивость рака желудка, а также атрофия желудка, а также клинико-патологических особенностей и общей выживаемости рака желудка в китайской популяции.

материалы и методы

Этика заявление
<р> Это исследование было одобрено Комитетом по этике Первой больницы Цзилинь университета им. Письменное информированное согласие было получено от всех субъектов до принятия участие в этом исследовании.

популяциях
<р> Недавно диагностированных случаев рака желудка, подвергающиеся tumorectomy были приглашены к изучению в Отделе желудочной и колопроктологии хирургия, первая больница Цзилинь университета (Чанчунь, Китай) в течение 2008 года по 2010 год в общей сложности 447 больных с гистологически диагнозом рака желудка были включены и ни один из случаев не было получено химиотерапии или лучевой терапии до хирургического вмешательства. Основные клинические характеристики были собраны из медицинской документации или через интервью по телефону. Мы определили курс химиотерапии в качестве эффективного лечения в течение не менее 3-х циклов. Пациенты получали несколько послеоперационные режимов химиотерапии, в том числе FOLFOX-4 режима (комбинации с 5-фторурацилом, лейковорин и оксалиплатин); Режим XELOX (капецитабин и оксалиплатин); другие химиотерапевтические препараты, такие как капецитабином или только 5-фторурацила. За тот же период, испытуемым, присутствовавшие на проверочную центр здоровья без истории опухоли были приглашены к контрольной группе в той же больнице и 1072 лиц подписали информированное согласие. Среди них были обнаружены 150 пациентов, чтобы иметь желудка атрофии сыворотки пепсиногена обследования и 111 были подтверждены с помощью биопсии и гистопатологии и были включены в качестве желудочной атрофии группы. Остальные предметы (961), были включены в контрольную группу. Пять миллилитров периферической крови отбирали у всех участников и хранили при -80 ° С до экстракции геномной ДНК.
<Р> Желудочный случаев заболевания раком были прослежены вверх телефонных звонков за три месяца, шесть месяцев и один год после tumorectomy и каждый год до смерти или последнего запланированного наблюдения. Случаи, не будут включены в анализ выживаемости, если (я) они были потеряны для последующего наблюдения в первый раз в телефонном интервью, или (б) они умерли от осложнений хирургической операции в послеоперационном периоде. Время выживания определялась как продолжительность с момента хирургической операции на дату смерти, если пациенты умерли или на дату последнего успешного собеседования, если пациенты были потеряны для последующего наблюдения или живыми до конца исследования , Время выживания был прав цензурой исключением того, что пациенты умерли от рака желудка.

Испытания H
. пилори
инфекции и диагностика атрофии желудка
<р> сывороточных иммуноглобулинов G (IgG) антитела к H
. пилори
, пепсиногена I (PGI) и пепсиногена II (PGII) оценивали с помощью иммуноферментного анализа (ELISA) в соответствии с инструкцией изготовителя (Biohit, Финляндия). Лица с ОПИ и ЛТ; 82,3 нг /мл и соотношения PGI /PGII &ЛТ; 6.05 были положительными для желудка скрининга атрофии, а затем подтверждено с помощью биопсии и гистопатологии через гастроскопии [25]. Коэффициент interday вариаций (ППО) контрольных образцов среди комплектов составили 4,5%, 4,3% и 4,7% для H
. пилори
IgG, ГУ I и ГУ II, соответственно.

Tagging ОНП выбор
<р> ОНП, покрывающие область DNMT3b
были проанализированы с использованием SNPbrowser Software v4.0, основанный на ханьцев населения в рамках проекта HapMap (06-02-2009 HapMap). Четыре мечения ОНП (tagSNPs, rs6119954, rs4911107, rs4911259 и rs8118663) были выбраны, которые могли бы покрыть 22 ОНП из DNMT3b
с минимальной малой частотой аллеля (МАФ) 0,05 и парного г
^{2 0,8 или выше [26]. Кроме того, три других полиморфизмов, rs2424913, rs6087990 и rs1569686, также были предназначены быть выбран в качестве кандидата ОНП. Тем не менее, только rs1569686 генотипирования, как rs2424913 имели слишком низкую МАФ (0,012, данные из HapMap Project) и rs6087990 был в абсолютном LD ( D
'= 1 и г
2 = 1) с rs4911107. И, наконец, пять ОНП, rs6119954 (интронов), rs1569686 (промотор), rs4911107 (интрон), rs4911259 (интрон) и rs8118663 (3 'фланкирующей области) были выбраны для генотипирования.}

генотипирование
<р> геномную ДНК экстрагировали из образца цельной крови с использованием крови геномной ДНК наборы экстракции в соответствии с инструкциями производителя (Axygen Biosciences, США). Генотип каждого SNP определяли с использованием TaqMan генотипирования анализов в соответствии с протоколом производителя в 384-луночные планшеты (Applied Biosystems, США). Последовательности праймеров и зондов доступны по запросу. Полимеразной цепной реакции (ПЦР) были следующими: 1 цикл 95 ° С в течение 10 мин, затем 40 циклов при 95 ° С в течение 15 с и 60 ° С в течение 1 мин. Были проведены процессы амплификации на Bio-Rad S1000 Термоциклер (Bio-Rad, Калифорния) и конечные продукты были прочитаны на ABI PRISM 7900 HT Sequence Detector с использованием последовательности Detector Software V2.3 (Applied Biosystems, США). Две пустые элементы управления были включены в каждом анализе 384-луночного облегчает программное обеспечение для идентификации генотипов. Пять процентов случайно отобранных дублированных образцов были включены в каждый 384-луночные планшеты для контроля качества, а общая согласные ставка составила 99,91%.

Immunohistochemistry
<р> Выражение DNMT3b оценивали в опухолевой ткани 104 больных раком желудка методом иммуногистохимии. В 4 мкм толщиной секций из блоков ткани были иссечены, депарафинировали и окрашивали с использованием стрептавидин-биотин технику иммунопероксидазой. Вкратце, срезы ткани инкубировали в течение ночи при 4 ° C с анти-человеческим DNMT3b поликлональных антител (1: 200, разведенного, SC-20704, Санта Круз, США). Сигналы были визуализированы с 3, 3-диаминобензидина (DAB), и предметные стекла подвергали контрастному окрашиванию гематоксилином. В качестве негативного контроля, слайды были обработаны изотипа IgG, как замена первичных антител. Витражные стекла оценивали двумя независимыми патологи, которые ослепли от клинических данных. Широко принятая система HSCORE использовали для оценки интенсивности окрашивания и процентное содержание клеток, окрашенных с определенной величиной интенсивности. HSCORE рассчитывали по следующему уравнению: HSCORE = ΣPi (I) (I = 0, 1, 2, 3, Pi = 0-100%). I означает интенсивность окрашивания, то есть нет окрашивания = 0, слабое окрашивание = 1, умеренное окрашивание = 2 и сильное окрашивание = 3. Pi представляет собой процент окрашенных клеток по интенсивности колеблется от 0 до 100%. HSCORE в диапазоне от 0 до 300.

Статистический анализ
<р> Непрерывные данные, такие как возраст и HSCORE оценки экспрессии DNMT3b суммировали как медиана (с 25 по 75-й процентили) и по сравнению с Манна-Уитни U тест или тест Крускала-Уоллиса. Категоричные данные были описаны как частота и процент, и по сравнению с использованием х <sup>2 теста или точного критерия Фишера, когда это целесообразно. Частоты генотипов каждого SNP были определены путем прямого подсчета и отклонения от Харди-Вайнберга в контрольной группе оценивали по х 2 тест доброкачественность-оф-приступе. Неравновесия по сцеплению (LD) между парами биаллельной локусов определяли с помощью двух мер, D
'и г
2. Безусловная логистический регрессионный анализ был использован для расчета шансов (ОШ) и 95% доверительные интервалы (ДИ), с поправкой на возможные вмешивающиеся факторы (возраст в качестве переменной масштаба, пола в качестве номинального переменной и H
. пилори
антитела в качестве номинального переменной). Выживание функции больных раком желудка в пределах каждого SNP были построены по методу Каплана-Мейера и сравнивались с помощью теста Log-Rank. Отношения риска (ОР) с 95% доверительным были использованы для количественной оценки влияния генотипов каждого SNP по общей выживаемости и были рассчитаны с регрессионной модели Кокса. Для гаплотипов с частотами &Гт 1%, риски по восприимчивости и смерти опасности были оценены по сравнению с эталонной гаплотипа (основным гаплотипа в контрольной группе) с использованием безусловной модели логистической регрессии и регрессионной модели Кокса соответственно с THESIAS версии 3.1 программного обеспечения [27, 28]. Все статистические тесты были двусторонними и значение P
&л; 0,05 считали статистически значимыми. Если не указано иное, анализы выше, были выполнены в SAS 9.1.3 программного обеспечения (SAS Institute Inc, США).</sup>

Результаты

Тематические характеристики
<р> В общей сложности 1519 предметов, 447 желудка случаев рака, 111 случаев желудка атрофии и 961 без опухолей контроля были включены в это исследование. Характеристики всех испытуемых приведены в таблице 1. Демографическая факторы, возраста и пола, не были равномерно распределены в трех группах, что группа GC было больше мужчин, так и старые предметы. И 69,1% случаев GC были положительными для H
пилори
, значительно выше, чем в контрольной группе (49,7%, P
&л; 0,001). В то время как не- значительно ниже, чем в желудочном атрофии группы (75,7%, P
= 0,176). Поскольку эти факторы могут посрамить эффекты полиморфизмов, сравнения распределения генотипа ниже были скорректированы по возрасту, полу и H
. пилори
инфекции. Большинство случаев рака желудка имели кишечный тип рака (87,3%) и 140 больных, получавших послеоперационную химиотерапию (31,3%).

Ассоциация полиморфизмов с риском развития рака желудка или атрофии желудка
<р> Четыре SNP локусов , rs1569686, rs4911107, rs4911259 и rs8118663, были совместимы с равновесием Харди-Вайнберга в контрольной группе ( P
был 0,321, 0,341, 0,362 и 0,874, соответственно). Rs6119954 локус, однако, было обнаружено, что отклонилась от него ( P
= 0,0331). Тем не менее, этот локус был включен в окончательный анализ, поскольку скорость согласование повторяющихся образцов rs6119954 составила 100%. Парного измерения неравновесного сцепления приведены в таблице S1. Три локусы, rs1569686, rs4911107 и rs4911259 показали полную неравновесия по сцеплению ( D
'> 0,98, г
2 > 0,96). Таким образом, только rs1569686 анализировали, представляющий rs4911107 и rs4911259.
<Р> По сравнению с наиболее распространенным генотипом каждого SNP, никакой разницы не наблюдалось на распределении трех локусов между желудочной группой рака и контрольной группы после корректировки по возрасту , секс и H
. пилори
инфекции (Таблица 2). Без аллель или гаплотип был связан с риском развития рака желудка. Подобные отрицательные результаты были получены на риск атрофии желудка (таблица 2). Кроме того, не наблюдалось никаких ассоциаций между ОНП или гаплотипа и риск H
. пилори
инфекции в контрольной группе (S3 Table).

Ассоциация полиморфизмов с клиникопатологическими параметрами желудочного рака
<р> генотипические распределения полиморфизмов были проанализированы в соответствии с клиникопатологическими параметров, таких как размер опухоли, стадии, степени и отдаленных метастазов в желудочном случаев рака. Пациенты, несущие генотип АА rs6119954 имели более высокую частоту отдаленных метастазов (25,6% против
. 9,1%, P
= 0,003). И пациенты, имеющие генотип АА rs8118663 имели больше доли размер опухоли ≥5 см (33,5% против
. 23,3%, P
= 0,040) (S4 таблица).

Ассоциация полиморфизмов с выживанием рака желудка
<р> Последующая информация не была доступна для 435 (97,3%) больных раком желудка до февраля 2015 года Тринадцать пациентов умерли послеоперационных осложнений в течение 30 дней в начале исследования и эти случаи были исключены из анализа эффектов полиморфизмов на выживание. И, наконец, 422 случаев были включены в анализ выживаемости. Во время наблюдения, 195 (46,2%) пациентов умерли от рака желудка, 14 (3,3%) случаев смерти от других причин, 203 пациентов (48,1%) жили и 10 (2,4%) пациентов были потеряны для наблюдения. Медиана время наблюдения составила 55,1 месяцев (в диапазоне от 1,1 до 79,2 месяцев) для всех случаев, включенных в анализ выживаемости.

Cox регрессионный анализ проводили для оценки ассоциации DNMT3b
генотипов на выживание рака желудка с использованием доминантных или рецессивных модели. Мы обнаружили, что rs1569686 TG /GG вариант генотип был связан со статистически значимым 43% повышенный риск смерти по сравнению с генотипом ТТ в доминирующей модели. Кроме того, тенденция воздействия на долгосрочное выживание можно было наблюдать из графиков выживания. Таким образом, анализ подгрупп были выполнены у пациентов, живущих дольше двух лет. Пациенты, несущие аллель G (TG или GG генотип) от 1569686 было обнаружено, что жить короче, чем у ТТ генотипом (HR = 2,46, 95% ДИ: 1.29-4.69, P
= 0,006) после корректировки по возрасту, пола, стадии TNM и химиотерапии после tumorectomy (рис 1А). Аналогичные результаты наблюдались для G аллеля носителей rs4911107 и аллель Т носителей rs4911259 в общей выживаемости при раке желудка (таблица 3). А те, которые несут GG генотип rs8118663, как правило, имеют более короткое время выживания, чем аллель носителей (AA или AG) после корректировки по возрасту, полу, TNM стадии и химиотерапии после tumorectomy (HR = 2,72, 95% ДИ: 1.45-5.12, P
= 0,002) (рис 1B).

Ассоциация между ОНП и выражение DNMT3b
<р> DNMT3b выражение оценивали в раковой ткани из 104 случаев рака желудка с использованием иммуногистохимического метода. Выражение DNMT3b наблюдалось в основном в ядре клетки и уровни экспрессии были высокими (HSCORE > 200) в 64 случаях (61,5%), умеренное (100 ≪ HSCORE≤200) у 30 (28,8%), низкий (HSCORE≤100) в 2 (1,9%) и отрицательные (HSCORE = 0) в 8 (7,7%). Результаты экспрессии согласно генотипов трех SNP локусов приведены в таблице 4. Однако, можно было наблюдать среди генотипов каждого SNP никакой разницы экспрессии DNMT3b.

Обсуждение
<р> В настоящем исследовании , мы систематически исследовали роль вариантов DNMT3b
гена в развитии и прогнозе развития рака желудка в большой популяции. Мы обнаружили, что rs1569686 генотип TG /GG были связаны с плохой выживаемостью рака желудка. Кроме того, мы заметили, что DNMT3b
полиморфизмы влияют на долгосрочное выживание рака желудка и эффект был еще сильнее, у пациентов, живущих дольше двух лет.
<Р> Большинство работ, опубликованных только сосредоточиться на роли DNMT3b
в carcinogensis различных злокачественных опухолей. Насколько нам известно, это первый отчет, описывающий связь между DNMT3b
полиморфизма и желудка выживания рака в китайской популяции. Наше текущее исследование показало, что DNMT3b
варианты способствовали долгосрочному выживанию рака желудка. DNMT3b
rs1569686 вариант TG или GG носителей генотипа показали увеличение HR с P
-value 0,036 (HR = 1,43, 95CI: 1.02-1.99) по сравнению с ТТ дикого типа. Кроме того, индивидуальный Подшипниковый G аллеля rs1569686 (TG или GG) имеют 2,46-кратное увеличение риска смертности, чем не G аллеля носителей у пациентов, живущих дольше, чем 2-х лет (рис 1А), а также физические лица, несущие rs8118663 GG генотип, как правило, имеют более высокий риск в долгосрочной выживаемости (рис 1В).
<р> Кроме того, мы впервые исследовали связь между DNMT3b
полиморфизмов и клинических характеристик у больных раком желудка. Пациенты, несущие генотип rs6119954 АА было больше частоты отдаленными метастазами, предполагая, что rs6119954 полиморфизм может быть вовлечен в прогрессии рака желудка. Аналогичным образом, у пациентов с генотипом rs8118663 АА, как правило, имеют больший размер опухоли (≥5cm), предполагая, что rs8118663 SNP может играть определенную роль в прогрессировании опухоли больных ГХ. Взятые вместе, все эти результаты продемонстрировали прогностическую ценность DNMT3b
полиморфизмов для прогрессии и выживаемости прогнозом у больных раком желудка.
<Р> DNMT3b
ген кодирует DNMT3b, A член семьи метилтрансферазы ДНК, которая участвует в широком диапазоне биологических процессов, включая развитие опухолей и tumorgenesis [29]. Несколько предыдущих исследований показали, что полиморфизмы DNMT3b
ассоциированы с развитием рака в различных опухолей. Shen и др [18], во-первых сообщили, что носители аллели Т, особенно гетерозиготным (КТ) rs2424913, была почти в 2 раза повышенный риск риском развития рака легких по сравнению с гомозиготным генотипом CC в кавказской популяции. Кроме того, это С-к-T общий генетический вариант в промоторе DNMT3b было обнаружено, что к значительному увеличению экспрессии мРНК [30]. Тем не менее, роль rs2424913 на рак по-китайски может быть незначительным, как аллель С в китайской популяции отсутствует или редкие [20], значение большого разнообразия в DNMT3b
распределение SNP может быть связано с различными этническими группами неизвестные факторы окружающей среды или взаимодействие между факторами окружающей среды и генетической предрасположенности. Rs1569686, как сообщается, связана с восприимчивостью рака легких [31] и рака желудка [21], но не в гепатоцеллюлярной карциномы [19], рак пищевода [32] и носоглотки [20]. В предыдущем мета-анализа на основе 24 исследований случай-контроль, то DNMT3b
rs1569686 G аллель был идентифицирован как фактор низкого риска для развития колоректального рака [33]. Rs1569686 расположена в бедных промоторной области CpG. В пробирке промотора анализа показали, что rs1569686 полиморфизм не влияет на транскрипционную активность DNMT
промоутер [34], однако точные механизмы в значительной степени неизвестны. Исследование, проведенное Ли и др [35] показал, что rs6087990 в промоторной области DNMT3b
, который был в полной LD с rs1569686, может модифицировать промотор активности DNMT3b
, транскрипции активность Т-аллель была достоверно ниже по сравнению с аллелем C, но rs1569686 полиморфизм не влияет на активность промотора. В нашем исследовании, однако, мы не наблюдали каких-либо ассоциацию rs1569686 с развитием рака желудка или атрофии желудка, что является важным фактором риска развития рака желудка (таблица 2). Кроме того, мы не наблюдали никаких различий в экспрессии DNMT3b в пределах генотипов каждого ОНП с использованием метода иммуногистохимии. , Лежащий в основе механизм DNMT3b
на рак желудка необходимо прояснить в будущих исследованиях. Еще сайты, rs2424908, который находится в полном неравновесия по сцеплению с rs8118663 ( г
2 = 0,956), также было установлено, участвует в опухоли, такие как рак пищевода [32] и колоректального рака [ ,,,0],34]. Тем не менее, в нашем исследовании, не наблюдалось никакого положительного ассоциации с раком желудка. Подобно нашим данным, сообщил Янг и др, что DNMT3b
rs2424908 полиморфизм не были связаны с предрасположенностью к раку желудка в южной части китайского населения [36]. Таким образом, дальнейшие исследования могут потребоваться сделать вывод о роли генетического полиморфизма DNMT3b
в развитии рака желудка.
<Р> Два ограничения должны быть признаны в нашем исследовании. Один из них был, что только ОНП с минимальным минорного аллеля 0,10 или выше, были включены в связи с критериями отбора. Низкие колебания частоты могут также коррелируют с развитием рака, такие как rs2424913 [22]. Дальнейшее исследование покрытия ОНП с низкой частотой необходимо. Другой является то, что время наблюдения для желудка случаев рака представляется недостаточным, поскольку большинство случаев на правой стороне участков выживания подвергаются цензуре. Влияния полиморфизмов на долгосрочное выживание не могут быть решены полностью, хотя тенденция может наблюдаться. Однако, когда случаи разделены на подгруппы живут дольше, чем два года, можно было наблюдать значительное объединение по долгосрочному прогнозу. Тем не менее, роль DNMT3b
на рак желудка будет переоцениваться и обновляться в будущем, так как последующая деятельность продолжается до сих пор.

Выводы
<р> Таким образом, мы находим полиморфизмы DNMT3b
может повлиять на общую выживаемость рака желудка, что указывает на потенциал DNMT3b
ОНП как полезный маркер для прогнозирования общей выживаемости рака желудка, особенно у больных, перенесших более двух лет. Тем не менее, мы не наблюдали каких-либо значительных связей между DNMT3b
вариантов и риск развития рака желудка или атрофии желудка. Дальнейшие исследования необходимы, чтобы полностью прояснить роли DNMT3b
на рак желудка в различных этнических популяциях.

Поддержка Информация
S1 Таблица. Коэффициенты неравновесия по сцеплению ( D
') и г
2 между DNMT3b
htSNPs
DOI:. 10,1371 /journal.pone.0134059.s001
(DOCX)
S2 Таблица. Клинические данные больных раком желудка
DOI: 10.1371. /Journal.pone.0134059.s002
(DOCX)
S3 Таблица. Ассоциация полиморфизмов и H
пилори
инфекции в контрольной группе
DOI:.. 10,1371 /journal.pone.0134059.s003
(DOCX)
S4 Таблица , Распределение генотипов в соответствии с клиническими параметрами в желудочном случаев рака
DOI: 10.1371. /Journal.pone.0134059.s004
(DOCX)
S1 вспомогательных данных. Клинические данные и частоты генотипов полиморфизмов гена DNMT3b в случаях и управления
DOI: 10.1371 /. Journal.pone.0134059.s005
(XLS)

Выражение признательности

Авторы хотел бы поблагодарить всех тех, кто участвует в этом исследовании, особенно Ин Песня для ее работы по итогам субъектов и Чанг-Сун Го для его технической поддержки.

• PLoS вычислительной биологии: открытие Synergies наркотиков в клетках рака желудка, предсказываемых Logical Modeling
• PLoS ONE: PRR11 Является ли прогностический маркер и потенциал онкогенов у больных с желудочной Cancer