Ploche ONE: Polymorfizmus DNA metyltransferázy 3b a spojitosti s rozvojom a prognózy v žalúdočnej Cancer

abstraktné

Cieľ

DNA metyltransferáza 3b (DNMT3b) hrá dôležitú úlohu pri abnormálnej metylácie pri vzniku nádorov. Polymorfizmus DNMT3b
génu môže mať vplyv na DNMT3b
aktivitu a byť spojené s rizikom rakoviny. Cieľom tejto štúdie bolo zistiť vzťah medzi jednonukleotidových polymorfizmov (SNP) v DNMT3b
gén a citlivosť a prognózu rakoviny žalúdka.

Metódy

Štyristo štyridsať sedem histologicky-potvrdených prípadov karcinómu žalúdka, žalúdočné 111 puzdra 961 a atrofia nádor bez kontroly bolo zaradených do štúdie. Päť tag SNP (rs6119954, rs1569686, rs4911107, rs4911259 a rs8118663) zo DNMT3b
génu boli genotyp TaqMan testu. DNMT3b expresia bola hodnotená u 104 rakovinových tkanív metódou imunohistochemického.

Výsledky

Stredná doba sledovania u 422 pacientov s žalúdočnými s informáciami prognóza bola 55,1 (51,8 - 58,5) mesačne. Zistili sme, že jedinci s rs1569686 variantom genotypu (TG /GG) boli významne spojené so zlou prognózou u rakoviny žalúdka v porovnaní s tými, nesúci genotyp TT (HR = 1,43, 95% CI: 1,02-1,99). Tento trend bol ešte evidentné v dlhodobé prežitie rakoviny žalúdka. Podobné výsledky boli pozorované pre G alely nosiče rs4911107 a T alely nosiče rs4911259, pretože tieto dve miesta sú vo väzobnej nerovnováhe s kompletným rs1569686. GG dopravcovi rs8118663 tendenciu žiť kratšie ako AA /AG genotypu (HR = 2,72, 95% CI: 1,45-5,12) u pacientov, ktorí žijú dlhšie ako 2,0 rokov. Žiadny z piatich SNP bolo spojené s rizikami rakovinou žalúdka alebo žalúdočné atrofia. A žiadny vzťah bol nájdený medzi každým z piatich SNP a DNMT3b prejavu.

Závery

Táto štúdia poskytuje dôkazy o tom, že DNMT3b
polymorfizmy môžu predpovedať dlhodobé prežitie rakoviny žalúdka , Je však potrebné ďalšie štúdie k odhaleniu základných biologických role DNMT3b
polymorfizmus

Citácia :. Wang C, Jia Z, Cao D, vy L, M Jin Wu X, et al , (2015) polymorfizmus DNA metyltransferázy 3b a spojitosti s rozvojom a prognózou u rakoviny žalúdka. PLoS ONE 10 (8): e0134059. doi: 10,1371 /journal.pone.0134059

Editor: Valli De Re, Centro di riferimento Oncologico, IRCCS National Cancer Institute, Taliansko

prijatá: 16.apríla 2015; Prijaté: 03.07.2015; Uverejnené: 11.08.2015

Copyright: © 2015 Wang et al. Toto je článok o otvorenej distribuovaný pod podmienkami Creative Commons Attribution licencie, ktorá umožňuje neobmedzené použitie, distribúciu a reprodukciu v nejakom médiu, za predpokladu, že pôvodný autor a zdroj sú pripísané

Data Dostupnosť: Všetky relevantné údaje spadajú do papiera a jeho podporné informácie súbory

Financovanie :. Táto práca bola podporená národnej prírodnej Science Foundation Číny (81072369, JJ), Národná prírodná Science Foundation of China (81373084, JJ), národná prírodná Science Foundation of China (81273065, XYC), Norman Bethune Program Ťi-lin University (2013025, JJ), nadácie mládeže z prvých nemocnice Jilin univerzity (JDYY42013014, ZFJ), nadácie pre mládež prvej nemocnici, Jilin University (JDYY42013018 , DHC) a Science and Technology Development Program provincii Jilin (20150414014GH, JJ). Platcovia mal žiadnu úlohu v dizajne štúdie, zber a analýzu dát, rozhodnutie publikovať, alebo prípravu rukopisu

Konkurenčné záujmy: .. Autori vyhlásili, že žiadne konkurenčné záujmy neexistujú

Úvod

rakovina žalúdka (GC) je jedným z najbežnejších zhubných nádorov v Číne a to je druhou najčastejšou príčinou úmrtí v súvislosti rakoviny [1, 2]. Helicobacter pylori
( H
. pylori
) bola klasifikovaná ako karcinogén I. skupiny rakoviny žalúdka IARC v roku 1994 [3]. H
. pylori
je tiež jedným z rizikových faktorov pre žalúdočné atrofia (GA), ktorý sa podieľa na vývoji rakoviny žalúdka [4, 5]. Aj keď polovica svetovej populácie má H
. pylori
infekcie, len malá časť z nich postúpi do chronickou atrofickú gastritídu a potom rakoviny žalúdka. Tie ukazujú možnú úlohu genetických faktorov hostiteľa v reakcii na chronické H
. pylori
infekciu a rozvoj rakoviny žalúdka, následne [6].

DNA metylácie je jedným z epigenetické modulácia a je dôležité v regulácii transkripcie a remodelácia chromatínu [7]. Aberantne metylácie DNA, môže dôjsť k celogenomové hypometylácii a regionálne hypermetylace, ktorý je identifikovaný ako možný mechanizmus inaktiváciu tumor supresorových génov [8-10]. DNA metyltransferáza-3b (DNMT3b) je de novo
metyltransferáza a je cez vyjadrená v rôznych nádorov, ako je rakovina pľúc [11], karcinómov prsníka [12], hepatocelulárny karcinóm [13] a veľkú B- bunkové lymfómy [14]. Naše predchádzajúce práce ukázali, že DNMT3b vyjadrený významne vyššia u rakoviny žalúdka tkanive v porovnaní s párových kontrolných vzoriek [15]. A vyššie hladiny DNMT3b boli hlásené byť zapojený do lymfatických uzlín rakoviny vaječníkov [16] a kratším celkovým prežitím AML [17]. Tie navrhol možnú úlohu DNMT3b v rozvoji a progresii nádorov.

DNMT3b
nájde v chromozóme 20q11.2 o celkovej veľkosti 47kb. Bolo konštatované, že jednonukleotidových polymorfizmy (SNP) v rámci promotorové oblasti DNMT3b
gén môže meniť hladiny génovej expresie [18]. Predchádzajúce štúdie ukázali, že SNP z DNMT3b
boli korelované s náchylnosti rôznych druhov rakoviny, ako je napríklad hepatocelulárny karcinóm [19], rakovina pľúc [18], nosohltanu karcinómov [20], rakoviny prsníka [7] a žalúdočných rakovina [21], a Azad et al [22] preukázali, že DNMT3b
rs2424913 polymorfizmus korelovala so zvýšeným rizikom nebezpečnosti v karcinómu hlavy a krku. bolo zistené, že tieto SNP ovplyvniť aktivitu DNMT3b
na metylácie DNA zmenou úrovne DNMT3b, a tým moduláciu náchylnosť k rakovine [23, 24].

Avšak, ak je nám známe, žiadny papier bol k dispozícii v úlohe DNMT3b
polymorfizmu v prognóze rakoviny žalúdka. V tejto štúdii sme skúmali súvislosť medzi polymorfizmy DNMT3b
génu a citlivosti na rakovinu žalúdka, rovnako ako žalúdočné atrofia a klinicko-patologické rysy a celkové prežitie rakoviny žalúdka v čínskej populácie.

materiály a metódy

Ethics vyhlásenie

Táto štúdia bola schválená etickou komisiou prvého nemocnice Jilin univerzity. Písomné informovaný súhlas boli získané od všetkých subjektov pred zúčastňujú tohto výskumu.

Študijné populácie

Novo diagnostikovaných prípadov karcinómu žalúdka podstupujúcich tumorectomy boli vyzvaní, aby štúdium v ​​Ústave žalúdku a hrubého čreva chirurgia, prvá nemocnica Jilin univerzity (Changchun, Čína) v priebehu roku 2008 do roku 2010. celkovo 447 prípadov s histopatologicky diagnostikovaná rakovina žalúdka boli zahrnuté a žiadny z prípadov boli získané chemoterapiu alebo rádioterapiu pred chirurgickým zákrokom. Hlavné klinické charakteristiky boli zhromaždené z lekárskych záznamov alebo prostredníctvom telefónneho rozhovoru. Stanovili sme chemoterapiu ako účinnú liečbu po dobu aspoň 3 cykly. Pacienti dostali niekoľko pooperačné chemoterapeutických režimov, vrátane kombinácie FOLFOX-4 (kombinácii s 5-fluorouracilom, leukovorínom a oxaliplatinou); XELOX režim (kapecitabín a oxaliplatina); iné, ako je chemoterapia kapecitabínom alebo samotným 5-fluóruracil. Počas rovnakého obdobia, si žiak zúčastňujúci sa zdravotná prehliadka centra bez histórie nádoru boli vyzvaní, aby kontrolné skupine v rovnakej nemocnici a 1072 jedincov podpísali informovaný súhlas. Medzi nimi bolo zistené, že 150 subjektov mať žalúdočné atrofia o vyšetrenie séra pepsinogénu a 111 bola potvrdená biopsiou a histopatológia a boli zahrnuté ako žalúdočné atrofia skupiny. Zvyšné subjekty (961), boli zaradení do kontrolnej skupiny. Päť mililitrov periférnej krvi sa získali od všetkých účastníkov a skladované pri -80 ° C do extrakcie genómovej DNA.

žalúdočné prípadov rakoviny boli sledovaní po telefonické hovory tri mesiace, šesť mesiacov, a jeden rok po tumorectomy a každý rok neskôr až do smrti, alebo poslednej plánovanej follow-up. Prípady, by nemali byť zahrnuté do analýzy prežitie, ak (i) boli stratení, aby v nadväznosti na prvej dobe telefonickom rozhovore, alebo (ii) boli zomreli na komplikácie chirurgického výkonu v perioperačnom období. Doba prežitia bola definovaná ako po celý čas od dňa chirurgický zákrok až do dňa smrti, ak boli pacienti zomreli alebo k dátumu posledného úspešného pohovoru v prípade, že pacienti boli stratení zo sledovania či nažive až do konca štúdie , Doba prežitia bola správna cenzurovaný okrem toho, že boli pacienti zomreli na rakovinu žalúdka.

Odber H
. pylori
infekcie a diagnostika žalúdočné atrofia

sérum imunoglobulín G (IgG) protilátky proti H
. pylori
, pepsinogén I (CHZO) a pepsinogén II (PGII) boli hodnotené enzýmom-linked ImmunoSorbent assay (ELISA) podľa inštrukcií výrobcu (Biohit, Fínsko). Jedinci s chráneným zemepisným označením < 82,3 ng /ml a pomery PGI /PGII < 6.05 boli pozitívne na žalúdočnú skríningu atrofie a následne overené biopsiou a histopatológia endoskopicky [25]. Koeficient mezidenního variácií (CV) vzoriek kontrolných medzi výstrojou boli 4,5%, 4,3% a 4,7% za H
. pylori
IgG, PG I a PG II, resp.

značkovanie SNP výber

SNP pokrývajúce oblasť DNMT3b
boli analyzované pomocou SNPbrowser Software v4.0 založený na Han čínskej populácie v HapMap Project (06.2.2009 HapMap). Štyri značkovanie SNP (tagSNPs, rs6119954, rs4911107, rs4911259 a rs8118663) boli vybrané, ktorá by mohla pokryť 22 SNP na DNMT3b
s minimálne vedľajšie alely frekvencie (MAF) 0,05 a párového R
^{2 0,8 alebo vyšší [26]. Okrem toho, ďalšie tri SNP, rs2424913, rs6087990 a rs1569686, bola určená tiež byť vybraný ako kandidát SNP. Boli však genotyp iba rs1569686 ako rs2424913 má príliš nízku MAF (0,012 dáta z HapMap projektu) a rs6087990 bol v absolútnom LD ( D
'= 1 a r
2 = 1) s rs4911107. A konečne, päť SNP, rs6119954 (intronom), rs1569686 (promotér), rs4911107 (intronom), rs4911259 (intronom) a rs8118663 (3 'hraničnú oblasť) boli vybrané pre genotypizáciu.}

genotypu

genomická DNA bola extrahovaná z celého krvnej vzorky s použitím krvný genómovej DNA extrakčnej súpravy podľa inštrukcií výrobcu (Axygen Biosciences, USA). Genotypy každý SNP boli stanovené za použitia testov TaqMan genotyping po protokolu výrobcu v 384-jamkové doštičky (Applied Biosystems, USA). Sekvencie primérov a sond sú k dispozícii na vyžiadanie. PCR (PCR) boli nasledovné: 1 cyklus 95 ° C počas 10 minút, nasledovaný 40 cyklami 95 ° C počas 15 sekúnd a 60 ° C po dobu 1 min. Amplifikačnej procesy boli vykonávané na BIO-RAD S1000 tepelné cyklovača (Bio-Rad, Kalifornia) a výsledné produkty boli čítané na ABI PRISM 7900 Sequence Detector HT za použitia Sequence Detector Software V2.3 (Applied Biosystems, USA). Dva prázdne kontroly boli zahrnuté v každom teste 384-jamkové uľahčiť softvér pre identifikáciu genotypov. Päť percent z náhodne vybraných dvojíc vzoriek, boli zahrnuté do každého 384-jamkových doštičiek pre kontrolu kvality, a celková súhlasný predstavovala 99,91%.

Imunohistochémia

DNMT3b expresie bola hodnotená v nádorovom tkanive 104 pacientov s rakovinou žalúdka metódou imunohistochemického. Tieto 4um silné rezy z tkanivových blokov boli vyrezané, zbavené parafínu a farbené s použitím streptavidín-biotín imunoperoxidázovému techniky. Stručne, tkanivové rezy boli inkubované cez noc pri 4 ° C s anti-ľudským DNMT3b polyklonálnou protilátkou (1: 200 zriedený, SC-20704, Santa Cruz, USA). Signály boli vizualizované s 3, 3-Diaminobenzidine (DAB) a rezy boli kontrastne hematoxylínom. Ako negatívne kontroly, boli doštičky ošetrené izotypov IgG ako náhrada primárnych protilátok. Nafarbená boli hodnotené dvoma nezávislými patológov, ktorí boli zaslepení z klinických dát. Široko uznávaný systém HSCORE bol použitý na posúdenie farbiace intenzity a percentá buniek zafarbených konkrétnej veľkosti intenzity. HSCORE bola vypočítaná podľa nasledujúcej rovnice: HSCORE = ΣPi (i) (i = 0, 1, 2, 3, Pi = 0 až 100%). Aj znamená intenzitu farbenie, to znamená žiadne farbenie = 0, slabé farbenie = 1, mierne farbenie = 2 a silné farbenie = 3. Pi predstavuje percentá zafarbených buniek sa intenzity v rozmedzí od 0 do 100%. HSCORE sa pohybuje v rozmedzí od 0 do 300.

Štatistická analýza

Priebežné údaje, ako je vek a HSCORE skóre DNMT3b prejavu boli zhrnuté ako medián (25. až 75. percentilu) a porovnané Mann-Whitney U test alebo Kruskal-Wallis test. Kategorické údaje boli opísané ako frekvenciu a percento a v porovnaní s použitím × <sup>2 test alebo Fisherov presný test, ak je to vhodné. Frekvencia genotypov každý SNP boli stanovené priamym počítaním a odklonu od Hardy-Weinberg rovnováha v kontrolnej skupine bola hodnotená pomocou × 2 testu dobrota-of-fit. Väzbové nerovnováha (LD) medzi dvojicami biallelic loci bola stanovená s použitím dvoch opatrení, D
'a r
2. Nepodmienené logistická regresná analýza bola použitá na výpočet miery pravdepodobnosti (ORS) a 95% intervaly spoľahlivosti (CIS), s úpravou pre prípadné confounders (vek ako mierky premenné, pohlavie ako nominálne premenné a H
. pylori
protilátka ako nominálna premenné). Prežitie funkcie pacientov s karcinómom žalúdka v rámci každej SNP boli vynesené pomocou metódy Kaplan-Meier a porovnané pomocou log-rank testu. pomer rizika (HR) s 95% CI boli použité na kvantifikáciu vplyvu genotypov každý SNP na celkové prežívanie a boli vypočítané Cox regresie modelu. Pre haplotypu s frekvenciou > 1%, boli hodnotené riziká na citlivosti a smrti nebezpečenstvo porovnaní s referenčným haplotypu (hlavný haplotypu v kontrolnej skupine), s použitím bezpodmienečné logistický regresný model a Cox regresie modelu, respektíve so softvérom THESIAS verzia 3.1 [27, 28]. Všetky štatistické testy boli dvojstranný a P
hodnota menšia ako 0,05 bola považovaná za štatisticky významnú. Ak nie je uvedené inak, analýzy vyššie boli vykonané v SAS 9.1.3 softvér (SAS Institute Inc., USA).</sup>

Výsledky

Subject charakteristiky

celkom 1519 jedincov 447 žalúdočné prípadov rakoviny, 111 žalúdočné prípady atrofie a 961 nádor bez kontroly boli zahrnuté do tejto štúdie. Charakteristiky všetkých subjektov sú uvedené v tabuľke 1. demografický faktorov, veku a pohlavia, neboli rovnomerne rozdelené do troch skupín, ktoré GC skupina mala viac mužských a starších objektov. A 69,1% prípadov GC boli pozitívne na H
pylori
, významne vyššia než u kontrolnej skupiny (49,7%, P Hotel <0,001)., Kým non podstatne nižšie ako žalúdočné atrofia skupiny (75,7%, P
= 0,176). Lebo tieto faktory môžu zmiasť účinky SNP, porovnanie distribúciu genotypu nižšie boli upravené podľa veku, pohlavia a H
. pylori
infekcie. Väčšina prípadov rakoviny žalúdka mal črevnej typ rakoviny (87,3%) a 140 pacientov dostávalo pooperačné chemoterapiu (31,3%).

Združenie SNP s rizikom rakoviny žalúdka alebo žalúdočné atrofia

Four SNP loci , rs1569686, rs4911107, rs4911259 a rs8118663, boli v súlade s rovnováhou Hardy-Weinberg v kontrolnej skupine ( P
bol 0,321, 0,341, 0,362 a 0,874, v danom poradí). Rs6119954 miesto však bolo zistené, že sa odchýlila od neho ( P
= 0.0331). Avšak, toto miesto bolo do konečnej analýze, pretože miera zhoda duplicitných vzoriek rs6119954 bola 100%. Meranie párové z väzobnej nerovnováhe boli uvedené v tabuľke S1. Tri loci, rs1569686, rs4911107 a rs4911259 ukázala úplnú väzbové nerovnováhe ( D
'> 0,98, r
^{2 > 0,96). Z tohto dôvodu boli analyzované iba rs1569686 reprezentujúci rs4911107 a rs4911259.}

V porovnaní s najbežnejšou genotype každý SNP, nebol pozorovaný žiadny rozdiel na distribúciách troch loci medzi žalúdočné skupiny rakoviny a kontrolnej skupiny po úprave vzhľadom na vek , sex a H
. pylori
infekcii (tabuľka 2). Žiadne alela alebo haplotypu bol spojený s rizikom rakoviny žalúdka. Podobné negatívne výsledky boli získané na riziko žalúdočnej atrofie (tabuľka 2). Okrem toho neboli pozorované žiadne asociácie medzi SNP alebo haplotypu a riziko H
. pylori
infekcie v kontrolnej skupine (S3 tabuľka).

Asociácie SNP s patologickým parametrami žalúdočné rakoviny

genotypy rozvody SNP boli analyzované v súlade s patologickým parametrov, ako je veľkosť nádoru, štádium, grade a vzdialené metastázy do žalúdka prípadov rakoviny. Pacienti nesúci AA genotyp rs6119954 mali vyššiu frekvenciu vzdialených metastáz (25,6% vs
. 9,1%, P
= 0,003). A pacienti s označením AA genotyp rs8118663 mali väčší podiel na veľkosť nádoru ≥ 5 cm (33,5% vs
. 23,3%, P
= 0,040) (S4 Table).

Združenie SNP sa prežitie karcinómu žalúdka

Ďalšie sledovanie do februára bola k dispozícii pre 435 (97,3%) pacientov s karcinómom žalúdka 2015. Trinásť pacientov zomrelo pooperačných komplikácií do 30 dní na začiatku štúdie a tieto prípady boli z analýzy dopadov SNP na prežitie vylúčené. A konečne, 422 prípadmi boli zahrnuté do analýzy prežitie. Počas sledovania, 195 (46,2%) pacientov zomrelo na rakovinu žalúdka, 14 (3,3%) prípadov zomreli z iných príčin, 203 pacientov (48,1%) žil a 10 (2,4%) pacientov bolo stratené sledovať. Stredná doba sledovania bola 55.1 mesiacov (v rozmedzí od 1,1 do 79,2 mesiacov) pre všetky prípady zahrnuté do analýzy prežitie.

Cox regresná analýza bola vykonaná za účelom vyhodnotenia združenie DNMT3b
genotypov na prežitie rakoviny žalúdka pomocou dominantný alebo recesívny model. Zistili sme, že rs1569686 TG /GG variant genotyp bol spojený so štatisticky významným 43% zvýšené riziko úmrtia v porovnaní s genotypom TT v dominantným modelu. Okrem toho tendencie účinkov na dlhodobé prežitie bolo možné pozorovať z pozemkov prežitie. Z tohto dôvodu boli vykonané analýzy podskupín u pacientov, ktorí žijú dlhšie ako dva roky. Bolo zistené, pacienti, nesúci alely G (TG alebo genotypom GG) o 1569686 žiť kratšie ako u TT genotype (HR = 2,46, 95% CI: 1.29-4.69, P
= 0,006) po úprave vzhľadom na vek, sex, TNM štádium a chemoterapie po tumorectomy (obr 1A). Podobné výsledky boli pozorované pre G alely nosiče rs4911107 a T alely nosiče rs4911259 v celkovom prežitie karcinómu žalúdka (tabuľka 3). A tí, nesúci GG genotyp rs8118663 tendenciu mať kratšiu dobu prežitia než alely dopravcov (AA alebo AG) po očistení o vek, pohlavie, TNM štádiu a chemoterapiu po tumorectomy (HR = 2,72, 95% CI: 1.45-5.12, P
= 0,002) (obr 1B).

pridružení medzi SNP a vyjadrenie DNMT3b

DNMT3b expresie bola hodnotená v rakovinové tkanive 104 prípadov rakoviny žalúdka za použitia imunohistochemické metódou. DNMT3b expresia bola pozorovaná najmä v bunkovom jadre a hladiny expresie boli vysoké (HSCORE > 200), v 64 prípadoch (61,5%), stredné (100 < HSCORE≤200) u 30 (28,8%), nízka (HSCORE≤100) vo 2 (1,9%) a negatívne (HSCORE = 0) v 8 (7,7%). Výsledky pojmu podľa genotypov troch SNP lokusy boli uvedené v tabuľke 4. Avšak, žiadny rozdiel z DNMT3b expresie by mohla byť pozorovaná u genotypov každý SNP.

Diskusia

V tejto štúdii sme systematicky skúmali úlohu variantov DNMT3b
génu vo vývoji a prognózu rakoviny žalúdka vo veľkej populácii. Zistili sme, že rs1569686 TG /GG genotypy boli významne spojené so zlou prežitie karcinómu žalúdka. Ďalej sme pozorovali, že DNMT3b
polymorfizmy vplyv na dlhodobé prežitie rakoviny žalúdka a účinok bol ešte silnejší u pacientov, ktorí žijú dlhšie ako dva roky.

Väčšina diela vydávané sústrediť len na úlohu DNMT3b
v carcinogensis rôznych malignít. Pokiaľ je nám známe, je toto prvá správa popisujúca vzťah medzi DNMT3b
polymorfizmus a žalúdočné prežitia rakoviny u čínskej populácie. Naša súčasná štúdia ukázala, že DNMT3b
variantoch, ktoré prispeli k dlhodobému prežitie rakoviny žalúdka. DNMT3b
rs1569686 variant TG alebo genotypom GG nosiča ukázali zvýšenú HR s P
-hodnota 0,036 (HR = 1,43, 95CI: 1,02 - 1,99), v porovnaní s divokým typom TT. Okrem toho, individuálne ložisko G alela rs1569686 (TG alebo GG) má 2,46-násobné zvýšenie rizika úmrtnosti ako non alel nosičov G u pacientov, ktorí žijú dlhšie ako 2 roky (obr 1A) a jednotlivci nesúci rs8118663 GG genotyp mávajú vyššie riziko v dlhodobé prežitie (obrázok 1B).

ďalej prvýkrát skúmali súvislosť medzi DNMT3b
polymorfizmov a klinické charakteristiky pacientov s rakovinou žalúdka. Pacienti nesúci rs6119954 AA genotyp mal viac frekvenciu vzdialených metastáz, čo naznačuje, že rs6119954 polymorfizmus môžu byť zapojené do progresie rakoviny žalúdka. Podobne, pacienti s genotypom AA rs8118663 tendenciu mať väčšiu veľkosť nádoru (≥5cm), čo naznačuje, že rs8118663 SNP môže hrať úlohu v progresii nádoru u pacientov GC. Dohromady všetky tieto nálezy preukázali prediktívnu hodnotu DNMT3b
polymorfizmy pre progresie a prežitie prognózou u pacientov s rakovinou žalúdka.

DNMT3b
gén kóduje DNMT3b, je člen rodiny DNA metyltransferázy, ktorý sa zúčastňuje v širokom rozmedzí biologických procesov, vrátane vývoja nádoru a tumorgenesis [29]. preukázali Niekoľko predchádzajúcich štúdií, ktoré polymorfizmy DNMT3b
sú spojené s vývojom rakoviny u rôznych nádorov. Shen et al [18] za prvé uvádza, že nosiče T alel, najmä heterozygotnou (CT) s rs2424913, mal takmer 2-násobné zvýšenie rizika rizikom karcinómu pľúc v porovnaní s homozygotným genotypom CC v Belošské populácii. Okrem toho sa zistilo, že táto C-to-T bežné genetická varianta promótorom DNMT3b sa hlboko zvýšenie expresie mRNA [30]. Avšak role rs2424913 na rakovinu do nemčiny môže byť zanedbateľný, pretože alela C v čínskej populácie je neprítomný alebo vzácne [20], význam veľkej rozmanitosti v DNMT3b
SNP distribúcia môže byť v dôsledku rôznych etnických skupín neznáme faktory životného prostredia alebo súhra medzi faktormi životného prostredia a genetické predispozície. Rs1569686 bolo hlásené, že sú spojené s citlivosťou rakoviny pľúc [31] a rakoviny žalúdka [21], ale nie v hepatocelulárneho karcinómu [19], rakoviny pažeráka [32] a nosohltanu karcinóm [20]. V predchádzajúcom meta-analýzu založenú na 24 prípadov a kontrol štúdia, DNMT3b
rs1569686 G alely bol identifikovaný ako faktor nízke riziko vzniku kolorektálneho karcinómu [33]. Rs1569686 sa nachádza v chudobných promotorové oblasti CPG. V promótorom teste in vitro bolo zistené, že polymorfizmus rs1569686 nemá vplyv na transkripčný aktivitu DNMT
promótor [34], ale presný mechanizmus je do značnej miery neznámy. Štúdia Lee et al [35] ukázali, že rs6087990 v promotorové oblasti DNMT3b
, čo bolo v úplnom LD s rs1569686, by mohla zmeniť promotorovou aktivitu DNMT3b
prepis aktivita T alely bol významne nižší v porovnaní s alelou C, ale rs1569686 polymorfizmus neovplyvňuje aktivitu promótorom. V našej štúdii sme však nepozorovali žiadnu združenia rs1569686 s rozvojom rakoviny žalúdka alebo žalúdočné atrofia, dôležitý rizikový faktor pre rakovinu žalúdka (tabuľka 2). Tiež sme nespozorovali žiadne rozdiely v DNMT3b prejave v rámci genotypov, z ktorých každá SNP metódou imunohistochémie. Podkladové Mechanizmus DNMT3b
na rakovinu žalúdka je potrebné objasniť v ďalších štúdiách. Ďalšie miesta, rs2424908, ktorý je vo väzobnej nerovnováhe s kompletnou rs8118663 ( r
^{2 = 0,956), bolo tiež zistené, že sa podieľa na nádoru, ako je napríklad rakovina pažeráka [32] a [kolorektálneho karcinómu ,,,0],34]. Avšak, v našej štúdii, nebol pozorovaný žiadny pozitívny asociácie s rakovinou žalúdka. Podobne ako u našich zistení, Yang et al uvádzajú, že DNMT3b
rs2424908 polymorfizmy neboli spojené s náchylnosťou k rakovine žalúdka, v južnej čínskej populácie [36]. Preto sa viac štúdií môže byť potrebné uzatvoriť úlohu genetickým polymorfizmom DNMT3b
v rozvoji rakoviny žalúdka.}

Dve obmedzenia by mala byť uznaná v našej štúdii. Jeden z nich bol, že iba SNP s minimálne vedľajšie alely 0,10 alebo väčší, boli zahrnuté v dôsledku výberových kritérií. Nízke zmeny frekvencie môže tiež korelovať s vývojom rakoviny, ako je rs2424913 [22]. Je potrebné ďalšie štúdie týkajúce sa SNP s nízkou frekvenciou. Ten druhý je, že follow-up čas pre žalúdočné prípadov rakoviny sa javí ako nedostatočná, pretože väčšina prípadov na pravej strane pozemkov prežitie sú cenzurované. Vplyvy SNP na dlhodobé prežitie nemohla byť plne vyriešený aj keď by bolo možné pozorovať trend. Avšak, keď sú prípady stratifikovaní do podskupiny žijúci dlhšie ako dva roky, možno pozorovať významný asociácie na dlhodobú prognózu. Avšak, role DNMT3b
o rakovine žalúdka bude prehodnotený a aktualizované v budúcnosti ako následná-up je stále pokračuje.

Závery

V súhrne sme zistili polymorfizmy DNMT3b
môže mať vplyv na celkové prežitie rakoviny žalúdka, čo naznačuje potenciál DNMT3b
SNP ako užitočný ukazovateľ predvídať celkového prežitia rakoviny žalúdka, a to najmä u pacientov prežívajúcich dlhšie ako dva roky. Avšak sme nespozorovali žiadne významné vzťahy medzi DNMT3b
variantov a rizikom rakoviny žalúdka alebo žalúdočné atrofia. Treba ďalšieho pátrania, aby plne objasnila úlohu DNMT3b
na rakovinu žalúdka v rôznych etnických skupinách.

Podporné informácie
S1 tabuľku. Väzbové nerovnováhe koeficienty ( D
") a r
2 medzi DNMT3b
htSNPs
doi :. 10,1371 /journal.pone.0134059.s001
(DOCX)
S2 Tab. Klinické údaje pacientov s karcinómom žalúdka
doi: 10,1371. /Journal.pone.0134059.s002
(DOCX)
S3 Tab. Združenie SNP a H
pylori
infekcie v kontrolnej skupine
doi: .. 10,1371 /journal.pone.0134059.s003
(DOCX)
S4 Tab , Distribúcia genotypov podľa klinických parametrov v žalúdku prípadov rakoviny
doi: 10,1371. /Journal.pone.0134059.s004
(DOCX)
S1 podporná dáta. Klinické údaje a genotypovej frekvencie polymorfizmov génov DNMT3b v prípadoch a kontrol
DOI: 10.1371 /. Journal.pone.0134059.s005
(XLS)

Poďakovanie

Autori by rada poďakovala všetkým, ktorí sa zúčastňujú tejto štúdii, najmä Ying Song za svoju prácu na nadväzujúcich predmetov a Chang-Song Guo za jeho technickú podporu.

• PLoS Computational Biology: Discovery of Drug synergia v žalúdočnej nádorových buniek predpovedal Logical Modeling
• Ploche ONE: PRR11 Je prognostický marker a potenciál Oncogene u pacientov s karcinómom žalúdka