PLoS One: polimorfizmusa DNS Methyltransferase 3b és Egyesület Fejlesztési és prognózisa gyomorrákban

absztrakt katalógusa

Cél katalógusa

DNS-metil 3b (DNMT3b) fontos szerepet játszik a kóros metiláció során tumorogenezisben. Polimorfizmus DNMT3b katalógusa gén befolyásolhatja DNMT3b katalógusa aktivitás és társulhat a rák kockázatát. Ezen tanulmány célja, hogy vizsgálja meg a szövetség között egyetlen nukleotid polimorfizmusok (SNP), a DNMT3b katalógusa gén és érzékenységi és gyomorrák prognózisa. Katalógusa

Módszerek

Négyszáz és -Ft hét szövettanilag igazolt gyomorrák esetben 111 gyomor atrófia esetekben és 961 tumormentesen ellenőrzések vontunk be a vizsgálatba. Öt tag SNP (rs6119954, rs1569686, rs4911107, rs4911259 és rs8118663) DNMT3b katalógusa gén genotipizálása TaqMan assay. DNMT3b kifejezés értékelték 104 rákos szövetekben immunhisztokémiai módszerrel. Katalógusa

Eredmények katalógusa

A medián követési idő az 422 gyomor betegek prognózisa információ 55,1 (51,8-58,5) hónap. Azt találtuk, hogy az egyének a rs1569686 variáns genotípus (TG /GG) szignifikánsan rossz prognózissal társul a gyomorrák, mint azok hordozó TT genotípus (HR = 1,43, 95% CI: 1,02-1,99). Ez a tendencia még nyilvánvalóbb a hosszú távú túlélés a gyomorrák. Hasonló eredményeket figyeltek meg a G allél hordozói rs4911107 és a T allél hordozói rs4911259 mint két hely volt teljes kapcsolódási egyensúlyban rs1569686. Az rs8118663 GG fuvarozók inkább élnek rövidebb AA /AG genotípus (HR = 2,72, 95% CI: 1,45-5,12) szenvedő betegek tovább élnek, mint 2,0 év. Egyik öt SNP járt a kockázatokat a gyomorrák vagy gyomor atrófia. És nem találtunk összefüggést az öt SNP-k és DNMT3b kifejezést. Katalógusa

Következtetések katalógusa

Ez a vizsgálat bizonyítékot szolgáltat arra, hogy a DNMT3b katalógusa polimorfizmusok megjósolni a hosszú távú túlélés a gyomorrák . Azonban további vizsgálatok szükségesek, hogy felfedje a mögöttes biológiai szerepének DNMT3b katalógusa polimorfizmus.

Citation: Wang C, Jia Z, Cao D, You L, M Jin Wu X és munkatársai . (2015) polimorfizmusa DNS Methyltransferase 3b és Egyesület Fejlesztési és prognózisa gyomorrákban. PLoS ONE 10 (8): e0134059. doi: 10,1371 /journal.pone.0134059 katalógusa

Szerkesztő: Valli De Re, Centro di Riferimento Oncologico, IRCCS National Cancer Institute, OLASZORSZÁG katalógusa

Beérkezett: április 16, 2015; Elfogadva: július 3, 2015; Megjelent: augusztus 11, 2015 katalógusa

Copyright: © 2015 Wang et al. Ez egy nyílt hozzáférésű cikk feltételei szerint terjeszthető a Creative Commons Nevezd meg! Licenc, amely engedélyezi a korlátlan használatát, a forgalmazás és a reprodukció bármilyen adathordozón, feltéve, hogy az eredeti szerző és a forrás jóváírásra katalógusa

Az adatok elérhetősége: Minden lényeges adatot belül a papír és az azt támogató információs fájlokat. katalógusa

Forrás: Ezt a munkát támogatta a Nemzeti Természettudományi Alapítvány Kína (81072369, JJ), a Nemzeti Természettudományi Alapítvány Kína (81373084, JJ), Nemzeti Természettudományi Science Foundation of China (81273065, XYC), Norman Bethune Program Jilin University (2013025, JJ), az Ifjúsági Alapítvány az első Kórház Jilin Egyetem (JDYY42013014, ZFJ), az Ifjúsági Alapítvány az első Kórház Jilin Egyetem (JDYY42013018 , DHC), valamint a Tudomány és Technológia Fejlesztési Program Jilin tartomány (20150414014GH, JJ). A finanszírozók nem volt szerepe a tanulmány tervezés, adatgyűjtés és elemzés, döntés, hogy közzéteszi, vagy a készítmény a kézirat. Katalógusa

Érdekütközés: A szerzők kijelentették, hogy nem ellentétes érdekek léteznek. Katalógusa

Bevezető

Gyomorrák (GC) egyike a leggyakoribb rosszindulatú daganatok Kínában, és ez a második leggyakoribb oka a rák okozta halál [1, 2]. Helicobacter pylori katalógusa ( H katalógusa. pylori katalógusa) lett besorolva, mint egy csoport azt rákkeltő gyomorrák által IARC 1994 [3]. H katalógusa. pylori katalógusa is az egyik rizikófaktora gyomor atrófia (GA), amely részt vesz a gyomorrák kialakulásával [4, 5]. Bár a fele a világ lakosságának H katalógusa. pylori fertőzés katalógusa, csak egy kis részük haladást a krónikus sorvadásos gyomorhurut, majd gyomorrák. Ezek arra utalnak, hogy milyen szerepet játszhatnak a gazda genetikai tényezők válaszul krónikus H katalógusa. pylori fertőzés katalógusa és gyomorrák fejlesztés, ezt követően [6]. Katalógusa

DNS metiláció egyike epigenetikus modulációk, és fontos a transzkripciós szabályozásban és a kromatin szerkezetének remodelling [7]. Aberráns DNS metiláció vezethet genomot hipometiláció és regionális hipermetiláció, amely pedig egy lehetséges mechanizmus inaktiválásának tumorszuppresszor gének [8-10]. DNS-metil-3b (DNMT3b) egy de novo
metiltranszferáz, és túlzottan fejezik ki különféle tumorok, például a tüdőrák [11], emlő karcinómák, [12] hepatocelluláris karcinóma [13], és a nagy B- sejtes limfómák [14]. A mi korábbi munka azt mutatta, hogy DNMT3b kifejezve szignifikánsan magasabb gyomorrákos szövetben képest, hogy a párosított kontroll minták [15]. És magasabb szintű DNMT3b számoltak be kell vonni nyirokcsomómetastasis petefészekrák [16] és a rövidebb teljes túlélés akut myeloid leukémia [17]. Ezeket a javasolt lehetséges szerepét DNMT3b fejlesztésében és a tumorok kifejlődésének. Katalógusa

DNMT3b katalógusa elhelyezi kromoszóma 20q11.2 a teljes mérete 47kb. Úgy ítélték meg, hogy egyetlen nukleotid polimorfizmusok (SNP) a promoter régió DNMT3b katalógusa gén módosíthatja génexpressziós szinten [18]. Korábbi tanulmányok azt mutatták, hogy SNP-k a DNMT3b
korreláltak a fogékonyság különféle rákok, mint például a hepatocelluláris karcinóma [19], tüdőrák [18], orr-garat karcinómák [20], a mellrák [7] és gyomor rák [21], és Azad és munkatársai [22] kimutatták, hogy a DNMT3b katalógusa rs2424913 polimorfizmus korrelál fokozott veszély kockázatát a fej-nyaki daganatokban. Ezek SNP kiderült, hogy érinti a aktivitása DNMT3b
DNS metiláció megváltoztatásával szintje DNMT3b, ezáltal módosítsák a hajlamot rák [23, 24].

Azonban, mint amennyire mi tudom, nincs papír volt elérhető a szerepét DNMT3b katalógusa polimorfizmus gyomorrák prognózisa. A jelen tanulmányban megvizsgáltuk a szövetség között polimorfizmusok DNMT3b katalógusa gént és fogékonyság a gyomorrák, valamint gyomor-sorvadás, klinikopatológiai jellemzők és a teljes túlélés a gyomorrák a kínai népesség. Katalógusa

anyagok és módszerek katalógusa

Etikai nyilatkozat katalógusa

Ez a tanulmány által jóváhagyott etikai bizottság az első Kórház Jilin Egyetem. Írásos hozzájárulást szereztünk mind az alanyok előtt részt vesz ebben a kutatásban. Katalógusa

Study populációk

Az újonnan diagnosztizált gyomorrák esetek áteső tumorectomy hívták meg a tanulmány a Tanszék Gyomor- és colorectalis sebészet, első Kórház Jilin Egyetem (Changchun, Kína) 2008-ban és 2010 összesen 447 esetben szövettanilag diagnosztizált gyomorrákos vontak és egyik esetben sem érkezett kemoterápia vagy sugárkezelés a műtét előtt. A fő klinikai jellemzőit gyűjtöttünk az orvosi feljegyzések vagy telefonos interjúban. Meghatároztuk a kemoterápia, mint egy hatékony kezelést legalább 3 cikluson keresztül. A betegek több posztoperatív kemoterápiás sémák, beleértve a FOLFOX-4 kezelés (kombináció 5-fluorouracil, leucovorin és oxaliplatin); XELOX rend (kapecitabin és oxaliplatin); más kemoterápiás szerekkel, mint például a kapecitabin vagy 5-fluor-uracil egyedül. Ugyanebben az időszakban a vizsgázók részt az egészségügyi kivizsgálás center nélkül tumor történelem hívták meg a kontroll csoport ugyanabban a kórházban, és 1072 számú aláírta a beleegyező nyilatkozatot. Ezek közül 150 beteget azt találtuk, hogy a gyomor atrófia a szérum pepszinogén vizsgálat és 111 igazoltuk biopszia és kórszövettani és felveszik a gyomor atrófia csoport. A fennmaradó alanyok (961) vontak be a kontroll csoportban. Öt ml perifériás vért minden résztvevőnek és -80 ° C-ig genomiális DNS kinyerése. Katalógusa

A gyomorrák esetek nyomon követték a telefonon három hónap, hat hónap és egy év után tumorectomy és minden egy évvel később, amíg a halál vagy az utolsó tervezett nyomon követés. Esetekben nem szerepel a túlélési elemzés, ha (i) elvesztek nyomon követése, az első alkalommal a telefonos interjú, vagy (ii) azokat halt komplikációk a műtét perioperatív időszakban. A túlélési idő definíciója időtartama napjától sebészeti beavatkozás a halál időpontját, ha a beteg meghalt, vagy az a nap, az utolsó sikeres interjú, ha a beteg elveszett a követés vagy él, míg a végén a vizsgálat . Túlélési idő jobbra cenzúrázva, kivéve, hogy a betegek halt meg gyomorrákban. Katalógusa

Vizsgálatok H katalógusa. pylori fertőzés katalógusa és diagnózis gyomor atrófia katalógusa

a szérum immunglobulin G (IgG) antitestek H katalógusa. pylori katalógusa, pepszinogén I (PGI) és pepszinogén II (PG-II) értékeltük enzimmel kapcsolt immunoszorbens vizsgálattal (ELISA), a gyártó utasításai szerint (Biohit, Finnország). Egyének OFJ < 82,3 ng /ml, és a arányai PGI /PG-II < 6,05 volt pozitív gyomor atrófia szűrés, majd érvényesíteni a biopszia és kórszövettani keresztül gasztroszkópia [25]. A interday együtthatója variációk (CV) a kontroll minták között kiteket 4,5%, 4,3% és 4,7% a H katalógusa. pylori IgG katalógusa, PG I és PG-II, ill.

jelölési SNP kiválasztás katalógusa

SNP, amely a régió DNMT3b katalógusa elemeztük SNPbrowser Software v4.0 alapuló Han kínai lakosság a HapMap Project (2009/06/02 HapMap). Négy tagging SNP (tagSNPs, rs6119954, rs4911107, rs4911259 és rs8118663) választottunk, amely kiterjed a 22 SNP a DNMT3b katalógusa minimális minor allél frekvencia (MAF) 0,05 és a páros r
^{2 0,8 vagy nagyobb [26]. Ezen kívül három másik SNP, rs2424913, rs6087990 és rs1569686, szintén kívánják kiválasztani a jelölt SNP. Azonban csak rs1569686 genotípust mint rs2424913 volt túl alacsony MAF (0.012 adatok HapMap Project) és rs6087990 volt abszolút LD ( D katalógusa '= 1 és r katalógusa 2 = 1) rs4911107. Végül öt SNP, rs6119954 (intron), rs1569686 (promoter), rs4911107 (intron), rs4911259 (intron) és az rs8118663 (3 'határoló régió) választottunk ki a genotipizálási.}

genotipizálása

a genomiális DNS-t extraháltunk teljes vérmintában a vér genomiális DNS-extrakció kitek követően a gyártó utasításai (Axygen Biosciences, USA). Genotípusai egyes SNP határoztuk meg TaqMan genotipizáló assay követően a gyártó utasításai szerint a 384-lyukú lemezeken (Applied Biosystems, USA). Szekvenciák primerek és próbák igényelhető. Polimeráz láncreakció (PCR) a következők voltak: 1 ciklus 95 ° C-on 10 percig, majd 40 ciklus: 95 ° C-on 15 s és 60 ° C-on 1 percig. Az amplifikációs eljárások végeztük BIO-RAD S1000 termikus cyclers (Bio-Rad, California) és a végtermék olvastuk ABI PRISM 7900 Sequence HT detektor használatával Sequence Detector Software V2.3 (Applied Biosystems, USA). Két üres kontrollokat minden egyes 384-lyukú vizsgálati megkönnyíti a szoftver azonosítására genotípusok. Öt százalékát véletlenszerűen kiválasztott ismétlődő mintákat tartalmaz minden 384 lyukú lemezeken minőség-ellenőrzés, és az általános egybehangzó arány 99,91%. Katalógusa

Az immunhisztokémiai katalógusa

DNMT3b kifejezés értékelték tumorszövetben 104 gyomorrákos betegek immunohisztokémiával módszerrel. A 4μm vastag metszeteket a szöveti blokkokat kivágtuk, paraffint és megfestjük egy sztreptavidin-biotin immunperoxidáz technikával. Röviden, a szöveti metszeteket egy éjszakán át inkubáljuk 4 ° C-anti-humán DNMT3b poliklonális antitesttel (1: 200 hígított, az SC-20704, Santa Cruz, USA). Jelzések tettük láthatóvá 3, 3-diamino-benzidin (DAB) és a lemezeket hematoxilinnel ellenfestettük. Mivel a negatív kontrollok, a tárgylemezeket kezeltük az izotípusa IgG-k helyettesítése a primer antitesteket. A megfestett metszeteket értékeltük két független patológusok, akiket elvakított a klinikai adatokat. A széles körben elfogadott HSCORE rendszer értékelésére használt festési intenzitást és a százalékok a festett sejtek egy specifikus nagysága intenzitással. A HSCORE számítottuk ki a következő egyenlettel: HSCORE = ΣPi (I) (i = 0, 1, 2, 3, Pi = 0-100%). Az I azt jelenti, az intenzitás a festődés, azaz nincs festés = 0, gyenge festődés = 1, mérsékelt festődés = 2 és erős festődés = 3. Pi jelentése százalékos megfestett sejteket intenzitások változó 0-100%. A HSCORE 0-tól 300-katalógusa

A statisztikai elemzés katalógusa

A folyamatos adatok, mint például az életkor és HSCORE pontszámok DNMT3b kifejezés összegeztük medián (25. és 75. percentilis) és összehasonlítása Mann-Whitney U tesztet vagy Kruskal-Wallis tesztet. A kategorikus adatokat le gyakoriságát, és összehasonlítottuk χ ^{2 teszt vagy Fisher egzakt teszt, ha szükséges. A frekvenciák genotípusok egyes SNP határoztuk direkt számlálás és eltérés a Hardy-Weinberg egyensúly kontroll csoport értékelte a jóságát fit χ 2 teszt. Kapcsolódási egyenlőtlenség (LD) párok között biallelikus loci alkalmazásával határoztuk meg két intézkedést, D katalógusa "és a r katalógusa 2. Feltétlen logisztikus regressziós analízis segítségével számítottuk esélyhányados (OR) és a 95% -os megbízhatósági intervallumok (CI), a kiigazítás esetleges zavaró tényezők (életkor, mint skálán változó, szex, mint a nominális változó, és H katalógusa. pylori katalógusa antitest nominális változó). Túlélési funkciók a gyomorrákos betegek egyes SNP ábrázoltuk a Kaplan-Meier módszerrel és összehasonlítva log-rank teszt. Kockázati arányok (HR) 95% -os CI-számszerűsíthető az befolyás genotípusok egyes SNP az összesített túlélés és számoltuk Cox-féle regressziós modell. Mert haplotípusok frekvenciákkal > 1%, kockázatok érzékenység és a halál veszély értékelték összehasonlítva a referencia haplotípus (fő haplotípus a kontrollcsoportban) a feltétlen logisztikus regressziós modell és Cox regressziós modellben rendre a THESIAS version 3.1 szoftver [27, 28]. Minden statisztikai tesztek kétfarkú és P katalógusa érték < 0,05 tekintettük statisztikailag szignifikánsnak. Eltérő rendelkezés hiányában, elemzések fent végeztünk SAS 9.1.3 szoftver (SAS Institute Inc., USA). Katalógusa}

Eredmények katalógusa

Tárgy jellemzői

Az összesen 1519 alanyok, 447 gyomorrák esetek, 111 gyomor atrófia esetekben és 961 tumormentes kontrollokat ebben a vizsgálatban. A jellegzetességeit alanyok 1. táblázatban foglaltuk össze a demográfiai tényezők, életkora, neme, nem egyenletesen oszlik el a három csoport, hogy a GC-csoport több volt a férfi és idősebb betegeknél. És 69,1% a GC pozitív volt H katalógusa. pylori katalógusa, lényegesen magasabb, mint a kontroll csoportban (49,7%, P katalógusa < 0,001), míg a nem lényegesen alacsonyabb, mint a gyomor atrófia csoport (75,7%, P katalógusa = 0,176). Mivel ezek a tényezők zavarhatja hatásait SNP összehasonlítását genotípus eloszlás alább korrigált kor, nem és H katalógusa. pylori fertőzés katalógusa. A legtöbb esetben gyomorrák volt bélrendszeri rák típusától (87,3%) és 140 beteg kapott posztoperatív kemoterápiát (31,3%). Katalógusa

Szövetsége SNP kockázata gyomorrák vagy gyomor atrófia katalógusa

Négy SNP loci , rs1569686, rs4911107, rs4911259 és rs8118663, megfeleltek a Hardy-Weinberg a kontroll csoportban ( P katalógusa volt 0,321 0,341, 0,362 és 0,874-kal). Az rs6119954 locus azonban kiderült, hogy eltért az ( P katalógusa = 0,0331). Ennek ellenére ez a locus került be a végső soron, mivel a egyezési arány az ismétlődő minták rs6119954 100% volt. Páronként mérések kapcsoltsági egyensúlytalanságot szerepeltek S1 táblázatban. Három loci, rs1569686, rs4911107 és rs4911259 megmutatta teljes kapcsolódási egyenlőtlenség ( D katalógusa "0,98, r katalógusa ^{2 > 0,96). Ezért csak rs1569686 elemezték képviselő rs4911107 és rs4911259. Katalógusa}

Összehasonlítva a leggyakoribb genotípus egyes SNP, nem volt különbség a disztribúció a három lókusz között gyomorrák csoport és a kontroll csoport, miután az életkor , a szex és a H katalógusa. pylori fertőzés katalógusa (2. táblázat). Semelyik alléi vagy haplotípus társult kockázatát gyomorrák. Hasonló negatív eredményeket kaptunk a kockázata gyomor atrófia (2. táblázat). Továbbá nem összefüggést figyeltek között SNP vagy haplotípus és a kockázat a H katalógusa. pylori fertőzés katalógusa a kontrollcsoportban (S3 táblázat). Katalógusa

Szövetsége SNP klinikopatológiai paraméterek a gyomorrák katalógusa

a genotípus eloszlását SNP szerint elemeztük klinikopatológiai paraméterek, mint például a tumor mérete, színpad, minőségű és távoli áttét gyomorrákban esetekben. Hordozó betegeknél az AA genotípus az rs6119954 volt nagyobb gyakorisággal fordulnak elő a távoli áttét (25,6% vs katalógusa. 9,1%, P katalógusa = 0,003). És a betegek viselő AA genotípusa rs8118663 több volt arányban tumor mérete ≥5 cm (33,5% vs katalógusa. 23,3%, P katalógusa = 0,040) (S4 táblázat). Katalógusa

Szövetsége SNP túlélés a gyomorrák katalógusa

a nyomon követés információk álltak rendelkezésre 435 (97,3%) gyomorrákos betegek februárig 2015 tizenhárom beteg halt meg a posztoperatív szövődmények 30 napon belül az elején a tanulmány és ezeket az eseteket kizárták a hatásainak elemzésekor SNP túlélésre. Végül, a 422 esetet tartalmazza a túlélési analízis. A nyomon követés, 195 (46,2%) beteg halt meg gyomorrák, 14 (3,3%) esetben meghalt egyéb okok, 203 beteg (48,1%) élt és 10 (2,4%) beteg elvesztette nyomon követni. A medián követési idő 55,1 hónap (kezdve 1,1-79,2 hónap) minden esetben tartalmazza a túlélési elemzés. Katalógusa

Cox regressziós analízist végeztünk, hogy értékelje az egyesület a DNMT3b katalógusa genotípusok a túlélés a gyomorrák a domináns vagy recesszív modell. Azt találtuk, hogy rs1569686 TG /GG variáns genotípus járt statisztikailag szignifikáns 43% a halálozás kockázata megnövekedett, mint a TT genotípus a domináns modell. Sőt, a tendencia a hatások a hosszú távú túlélés volt megfigyelhető a túlélési görbéket. Ezért alcsoport analízist végeztünk betegeknél tovább élnek, mint két éve. A betegek ellátott G allél (TG vagy GG genotípus) a 1569686 találták élni rövidebb, mint a TT genotípus (HR = 2,46, 95% CI: 1,29-4,69, P katalógusa = 0,006), miután az életkor, szex, TNM és a kemoterápia után tumorectomy (1A ábra). Hasonló eredményeket figyeltek meg a G allél hordozói rs4911107 és a T allél hordozói rs4911259 a teljes túlélés a gyomorrák (3. táblázat). És azok a szállító GG genotípust rs8118663 inkább rövidebb túlélési idő, mint egy allélt hordozók (AA vagy AG), miután az életkor, a nem, a TNM stádium és a kemoterápia után tumorectomy (HR = 2,72, 95% CI: 1,45-5,12, P katalógusa = 0,002) (1B ábra). katalógusa

közötti társulás SNP-k és kifejezése DNMT3b katalógusa

DNMT3b expresszióját vizsgálták a rákos szöveteket 104 gyomorrákos esetek immunhisztokémiai módszerrel. DNMT3b expresszió volt megfigyelhető elsősorban a sejtmagban és expressziós szintje magas volt (HSCORE > 200), 64 esetben (61,5%), közepes (100 < HSCORE≤200) 30 (28,8%), alacsony (HSCORE≤100) 2 (1,9%) és negatív (HSCORE = 0) 8 (7,7%). Eredményei kifejezés szerint genotípusok a három SNP lókuszt a 4. táblázat azonban nincs különbség a DNMT3b expresszió volt megfigyelhető genotípusok között az egyes SNP.

Discussion

A jelen vizsgálatban , szisztematikusan feltárták a szerepe változatai DNMT3b katalógusa gén fejlesztésében és gyomorrák prognózisa a lakosság nagy. Azt találtuk, hogy rs1569686 TG /GG genotípus szignifikánsan összefügg a rossz túlélési gyomorrák. Továbbá azt tapasztaltuk, hogy DNMT3b katalógusa polimorfizmusok befolyásolják a hosszú távú túlélés a gyomorrák és a hatás még erősebb volt azoknál a betegeknél, tovább élnek, mint két éve. Katalógusa

Most megjelent művek csak összpontosítani a szerepe DNMT3b katalógusa a carcinogensis a különböző daganatos. Amennyire tudjuk, ez az első olyan jelentés leírja a szövetség között DNMT3b katalógusa polimorfizmus és a gyomorrák túlélési kínai népesség. A jelenlegi tanulmány kimutatta, hogy DNMT3b katalógusa variánsok hozzájárult a hosszú távú túlélés a gyomorrák. A DNMT3b katalógusa rs1569686 variáns TG vagy GG genotípus hordozók szerint fokozódott HR egy P katalógusa -értéke 0,036 (HR = 1,43, 95CI: 1,02-1,99), mint a TT-vel a vad típusú. Emellett egyes csapágy G allél rs1569686 (TG vagy GG) van 2,46-szeres növekedést halandósági kockázat, mint a nem G allél hordozók betegeknél tovább élnek, mint 2 év (1A ábra), és az egyének kezében rs8118663 GG genotípus általában magasabb kockázati a hosszú távú túlélés (1B ábra). katalógusa

további először megvizsgáltuk, milyen kapcsolatban DNMT3b katalógusa polimorfizmusok és klinikai jellemzői gyomorrákos betegek. A betegek hordozó rs6119954 AA genotípusú több volt gyakorisága távoli áttétek, ami arra utal, hogy az rs6119954 polimorfizmus is be lehet vonni a progresszió gyomorrák. Hasonlóképpen, betegek rs8118663 AA genotípusú általában nagyobb a tumor mérete (≥5cm), ami arra utal, hogy az rs8118663 SNP szerepet játszhatnak a tumor progresszióját GC betegeknél. Mindent összevetve, ezek a megállapítások bizonyította prediktív értéke DNMT3b katalógusa polimorfizmusok a progresszió és a túlélés kórjóslatát gyomorrákban. Katalógusa

A DNMT3b katalógusa gén DNMT3b, a családtag DNS metiltranszferáz, amely részt vesz számos biológiai folyamatban, beleértve a tumor fejlődése és a daganatkeltés közös [29]. Számos korábbi tanulmányok kimutatták, hogy a polimorfizmusok DNMT3b
társított rák fejlődését a különböző daganatok. Shen és mtsai [18] először számolt be, hogy a fuvarozók a T allél, különösen heterozigóta (CT) az rs2424913, hogy majdnem 2-szeres fokozott kockázata a tüdőrák kockázata, mint a homozigóta CC genotípus kaukázusi populációban. Ezen túlmenően, ez a C-a-T közös genetikai variáns a DNMT3b promotert Azt találtuk, hogy mélyen növelése mRNS expressziós [30]. Ugyanakkor a szerepe rs2424913 a rák ellen a kínai lehet elhanyagolható, mint a C allél kínai népesség hiányzik vagy ritka [20], a jelentősége igen nagy a DNMT3b katalógusa SNP eloszlás lehet az eltérő etnikai csoportok , ismeretlen környezeti tényezők, vagy a kölcsönhatás a környezeti tényezők és a genetikai hajlam. Az rs1569686 jelentették, hogy vonják be a fogékonyság a tüdőrák [31] és a gyomorrák [21], de nem a hepatocellularis carcinoma [19], nyelőcsőrák [32] és orrgarat-karcinóma [20]. Egy korábbi metaanalízis alapján 24 eset-kontroll vizsgálatok, a DNMT3b katalógusa rs1569686 G allél azonosították alacsony kockázati tényező a vastag- és végbélrák [33]. Az rs1569686 található, a CpG szegény promoter régió. In vitro promotor vizsgálatban kimutatták, hogy rs1569686 polimorfizmus nem befolyásolja a transzkripciós aktivitását DNMT
promoter [34], de a pontos mechanizmus nagyrészt ismeretlenek. Egy tanulmány szerint Lee és munkatársai [35] azt mutatta, hogy az rs6087990 a promoter régió DNMT3b katalógusa, amely a teljes LD az rs1569686, meg tudja változtatni a promoter aktivitása DNMT3b katalógusa, a transzkripció aktivitását a T allél szignifikánsan alacsonyabb volt összehasonlítva a C allél, de a rs1569686 polimorfizmus nem volt hatással a promoter aktivitását. Tanulmányunkban azonban nem tapasztaltunk semmilyen összefüggést a rs1569686 a gyomorrák kialakulásával vagy gyomor atrófia, fontos kockázati tényező a gyomorrák (2. táblázat). Továbbá, mi nem észleltünk különbséget a DNMT3b kifejezés a genotípusok egyes SNP immunhisztokémiai módszerrel. Az alapul szolgáló mechanizmust DNMT3b katalógusa a gyomorrák Tisztázni kell a további vizsgálatok. Egy másik oldalak, rs2424908, ami a teljes kapcsolódási egyensúlyban rs8118663 ( r
^{2 = 0,956), azt is találtuk, hogy részt vesz a tumor, például a nyelőcső rák [32] és a kolorektális rák [ ,,,0],34]. Azonban a mi vizsgálatban nem pozitív kapcsolat gyomorrákos volt megfigyelhető. Hasonló Tapasztalataink Yang és munkatársai számoltak be, hogy DNMT3b katalógusa rs2424908 polimorfizmusok nem függött össze a hajlamot, gyomorrák a dél-kínai populációban [36]. Ezért több vizsgálat szükséges lehet következtetni a szerepe a genetikai polimorfizmus DNMT3b katalógusa a gyomorrák kialakulásával. Katalógusa}

Két korlátozásokat kell ismerni a vizsgálatba. Az egyik az volt, hogy csak SNP minimum minor allél 0,10 vagy annál nagyobb vontak miatt a kiválasztási kritériumokat. Alacsony frekvencia variációk is korrelál a rák fejlődését, mint például rs2424913 [22]. További vonatkozó tanulmányt SNP alacsony frekvenciájú van szükség. A másik pedig az, hogy a követési idő gyomorrák esetek nem tűnik elégségesnek, mivel a legtöbb esetben a jobb oldalon a túlélési görbéket cenzúrázzák. Befolyásolja SNP a hosszú távú túlélést nem lehetett teljesen kiküszöbölni, ha a tendencia figyelhető meg. Azonban, amikor az esetek tagolódtak alcsoport élnek, mint két év, szignifikáns asszociációt a hosszú távú prognózis volt megfigyelhető. Ennek ellenére szerepe DNMT3b katalógusa a gyomorrák lesz átértékelt és naprakésszé jövőben, mint a nyomon követés még folyamatban van. Katalógusa

Következtetések katalógusa

Összefoglalva, azt látjuk, polimorfizmusok DNMT3b katalógusa befolyásolhatja a teljes túlélés a gyomorrák, ami arra utal, a potenciális DNMT3b katalógusa SNP mint hasznos marker megjósolni teljes túlélés a gyomorrák, különösen a beteg él, mint két éve. Mi azonban nem észleltünk szignifikáns összefüggést DNMT3b katalógusa változatai és kockázatát gyomorrák vagy gyomor sorvadás. További vizsgálatok szükségesek a szerepének tisztázása a DNMT3b katalógusa a gyomorrák a különböző etnikai csoportokban. Katalógusa

alátámasztó információk
S1 táblázat. Kapcsolódási egyenlőtlenség együtthatók ( D katalógusa ") és a r katalógusa ^{2 között DNMT3b katalógusa htSNPs.
Doi: 10,1371 /journal.pone.0134059.s001
(DOCX) hotelben S2 táblázat. Klinikai adatok gyomorrákos betegek. Katalógusa doi: 10,1371 /journal.pone.0134059.s002 katalógusa (DOCX) hotelben S3 táblázat. Egyesület SNP-k és H katalógusa. pylori fertőzés katalógusa a kontroll csoportban. Katalógusa doi: 10,1371 /journal.pone.0134059.s003 katalógusa (DOCX) hotelben S4 táblázat . Eloszlásokat genotípusok szerinti klinikai paraméterek gyomorrákban esetekben. Katalógusa doi: 10,1371 /journal.pone.0134059.s004 katalógusa (DOCX) hotelben S1 alátámasztó adatokat. A klinikai adatok és genotípus frekvenciái DNMT3b gén polimorfizmusok esetek és a kontrollok. Katalógusa doi: 10,1371 /journal.pone.0134059.s005 katalógusa (XLS) hotelben}

Köszönetnyilvánítás katalógusa

A szerzők szeretnék köszönetet mondani mindazoknak, akik részt vesznek ebben a tanulmányban, különösen a Ying Song munkájáért a nyomon követése a tantárgyak és Chang-Song Guo az ő technikai támogatást. katalógusa

• PLOS Computational Biology: Discovery of Drug Szinergiára gyomorrákban sejtek által jósolt Logical Modeling
• PLoS One: PRR11 prognosztikai marker és lehetséges Oncogene a betegek Gyomor Cancer