Plos ONE: polimorfizma DNK methyltransferase 3b in povezanosti z razvojem in prognozo želodčnega raka

Povzetek

Cilj

DNK metiltransferazo 3b (DNMT3b) igra pomembno vlogo pri nenormalno metilacije v tumorigeneze. Polimorfizem v DNMT3b
gena lahko vpliva na DNMT3b
dejavnost, in je povezana s tveganjem za nastanek raka. Ta študija je namenjena, da razišče povezavo med enojnih nukleotidnih polimorfizmov (SNP) iz DNMT3b
gene in dovzetnost in prognozo raka želodca.

Metode

Štiri sto forty- sedem histološko potrjeno v želodcu primerov raka, 111 želodčne primerih atrofija in 961 tumor brez kontrole so bili vključeni v raziskavo. Pet tag SNP (rs6119954, rs1569686, rs4911107, rs4911259 in rs8118663) v DNMT3b
gena so genotipizacijo s TaqMan testom. DNMT3b izraz je bil ocenjen na 104 rakavih tkivih z metodo imunohistokemični.

Rezultati

Mediana spremljanja čas za 422 želodčnih bolnikih z informacijami prognoze je bila 55,1 (51,8-58,5) mesec. Ugotovili smo, da so posamezniki z rs1569686 varianto genotipom (TG /GG) v veliki meri povezano s slabo prognozo raka želodca v primerjavi s tistimi, ki nosi TT genotip (HR = 1,43, 95% CI: 1,02-1,99). Ta trend je bil bolj očiten v dolgoročno preživetje raka želodca. Podobni rezultati so bili za alelov G prevoznikov v rs4911107 in alelov T nosilci rs4911259 opazili bili ti dve mesti v popolni zgibnim neravnovesja rs1569686. GG prevozniki rs8118663 večinoma živijo krajše od AA /AG genotipom (HR = 2,72, 95% IZ: 1,45-5,12) pri bolnikih, ki živijo več kot 2,0 leta. Nobeden od petih SNP je bila povezana z nevarnostjo raka želodca ali želodca atrofije. In ne razmerje je bilo med vsako od petih SNP-ji in DNMT3b izražanja.

Sklepi

Ta študija zagotavlja dokaze, da je DNMT3b
polimorfizmi lahko napovedati dolgoročnega preživetja raka želodca . Vendar pa so potrebne nadaljnje študije, da razkrije osnovnih bioloških vlog DNMT3b
polimorfizem

Navedba. Wang C, Jia Z, Cao D, You L, Jin M, Wu X, et al . (2015) polimorfizma DNK methyltransferase 3b in povezanosti z razvojem in prognozo želodčnega raka. PLoS ONE 10 (8): e0134059. doi: 10,1371 /journal.pone.0134059

Urednik: Valli De Re, Centro di riferimento Oncologico, IRCCS National Cancer Institute, ITALIJA

Prejeto: 16. april 2015; Sprejeto: 3. julij 2015; Objavljeno: 11. avgust 2015

Copyright: © 2015 Wang et al. To je prost dostop članek razširja pod pogoji Creative Commons Attribution License, ki omogoča neomejeno uporabo, distribucijo in razmnoževanje v katerem koli mediju, pod pogojem, da prvotni avtor in vir knjižijo

Razpoložljivost podatkov: Vsi pomembni podatki so v papir in njene dodatne informacije datotek

Financiranje:. To delo je podprl Nacionalni Natural Science Foundation Kitajske (81072369, JJ), National Natural Science Foundation of China (81373084, JJ), National Natural Science Foundation Kitajske (81273065, XYC), Norman Bethune Program Jilin University (2013025, JJ), mladinski ustanovitvi prve bolnišnici Jilin University (JDYY42013014, ZFJ), Youth Foundation prvega bolnišnici Jilin University (JDYY42013018 , DHC) in Program znanost in tehnološki razvoj province Jilin (20150414014GH, JJ). Med financerji imel nobene vloge pri oblikovanju študije, zbiranje in analizo podatkov, sklep, da se objavi, ali pripravi rokopisa

nasprotujočimi si interesi.. Avtorji so izjavili, da ne obstajajo konkurenčni interesi

Uvod

rak želodca (GC) je eden izmed najpogostejših malignih tumorjev iz Kitajske in je drugi najpogostejši vzrok smrti, povezanih z rakom [1, 2]. Helicobacter pylori
( H
. pylori
) je uvrščen kot I rakotvorne snovi skupine raka želodca IARC leta 1994 [3]. H
. pylori
je tudi eden od dejavnikov tveganja za želodčne atrofije (GA), ki je vpletena v razvoj raka želodca [4, 5]. Čeprav ima polovico svetovnega prebivalstva H
. pylori
okužba, le majhen delež od njih napreduje v kronični atrofični gastritis in nato raka želodca. Te kažejo na morebitno vlogo gostiteljskih genetskih faktorjev kot odgovor na kronično H
. pylori
okužba in razvoj raka želodca, nato [6].

DNA metilacija je eden izmed epigenetsko modulacije in je pomembna uredbe prepis in kromatin struktura preoblikovanja [7]. Aberrant DNA metilacija lahko povzroči genoma vsej hipometilacije in regionalni hypermethylation, ki je opredeljena kot možni mehanizem inaktivacijo zaviralnih genov [8-10]. DNA metiltransferaza-3b (DNMT3b) je de novo
metiltransferaza in se preko izražena v različnih tumorjev, kot so rak pljuč [11], s karcinomom dojke [12], karcinomom jetrnih celic [13] in veliko B- celični limfomi [14]. Naše prejšnje delo, je pokazala, da DNMT3b izražena bistveno višja želodčnega tkiva raka v primerjavi s seznanjenih kontrolnih vzorcev [15]. In so poročali višje ravni DNMT3b biti vključeni v bezgavkah metastaze raka na jajčnikih [16] in krajše celokupno preživetje akutne mieloične levkemije [17]. To je predlagal možne vloge DNMT3b pri razvoju in napredovanju tumorjev.

DNMT3b
najde v kromosomu 20q11.2 v skupni velikosti 47kb. Ugotovljeno je bilo, da polimorfizmi enega nukleotida (SNP) v promotorja regiji DNMT3b
gen lahko spremeni izražanje genov ravni [18]. Prejšnje študije so pokazale, da SNP v DNMT3b
so povezana z dovzetnostjo za različnimi vrstami raka, kot so karcinomom jetrnih celic [19], pljučnega raka [18], nazofaringealnega karcinoma [20], raka dojke [7] in želodca raka [21], in Azad et al [22], so pokazale, da je DNMT3b
rs2424913 polimorfizem je povezana s povečanim tveganjem nevarnosti za raka glave in vratu. Ti SNP je bilo ugotovljeno, da vplivajo na delovanje DNMT3b
na metilacije DNA s spreminjanjem stopnje DNMT3b, s čimer moduliranje dovzetnost za raka [23, 24].

Vendar, kolikor smo vedeti, je na voljo na vlogi DNMT3b
polimorfizma na prognozo raka želodca ni papirja. V tej študiji smo preučili povezavo med polimorfizmi v DNMT3b
genov in odpornosti raka želodca, kakor tudi želodca atrofija, in clinicopathological funkcije in splošno preživetje raka želodca v kitajskega prebivalstva.

materiali in metode

Etika izjava

Ta študija je bila odobrena Odbor za etiko prve bolnišnice Jilin University. Pisnih obvestil soglasja so bili pridobljeni iz vseh predmetov pred sodeluje v tej raziskavi.

Študijski populacije

Na novo diagnosticiranih želodca primerov raka v postopku tumorectomy so bili povabljeni k študiji na Oddelku za želodca in danke kirurgija, prva bolnišnica za Jilin University (Changchun, Kitajska), v letu 2008 do leta 2010 je bilo vključenih skupno 447 primerov s histopathologically diagnosticirali raka želodca in nobeden od primerov je bilo s kemoterapijo ali radioterapijo pred operacijo. Glavne klinične značilnosti so bili zbrani iz medicinske dokumentacije ali po telefonskem razgovoru. Smo definirali kemoterapijo kot učinkovito zdravljenje za vsaj 3 cikluse. Bolniki so prejeli več pooperativne kemoterapije, vključno FOLFOX-4 režima (kombinaciji s 5-fluorouracilom, levkovorinu in oksaliplatinske); XELOX režim (kapecitabin in oksaliplatina); drugo kemoterapijo kot kapecitabinom ali samo 5-fluorouracil. V istem obdobju so se anketiranci udeležujejo check-up center zdravja brez zgodovine tumorja vabljeni na kontrolno skupino v isti bolnišnici in 1072 posamezniki podpisali soglasje za informirano. Med njimi je bilo ugotovljeno, je 150 oseb, da imajo želodčne atrofije s pregledovanjem serumu pepsinogen in 111 so bile potrjene z biopsijo in histopatologijo in so bili vključeni kot želodčni atrofija skupine. Preostali predmeti (961), so bili vključeni v kontrolni skupini. Pet mililitrov periferne krvi je bilo zbranih od vseh udeležencev in shranjeni pri -80 ° C do ekstrakcijo genomske DNA.

želodcu primerov raka so spremljali po telefonu zahteva tri mesece, šest mesecev in eno leto po tumorectomy in vsako leto pozneje pa do smrti ali zadnjem rednem spremljanju. Primeri ne bi bili vključeni v analizo preživetja, če (i) so bili izgubljeni za spremljanje na prvem času telefonskem razgovoru, ali (ii) so bili umrl zaradi zapletov z operacijo v perioperativnem obdobju. Čas preživetja je bil opredeljen kot čas od dneva operacijo do dneva smrti, če so bolniki umrli ali na datum zadnjega uspešnega intervjuja, če so bolniki izgubili za spremljanje ali živ do konca študije . Preživetja pa je bila prav cenzurirano, razen, da so bolniki umrli zaradi raka želodca.

Testi H
. pylori
okužba in diagnoza želodčne atrofije

serum imunoglobulin G (IgG) protiteles proti H
. pylori
, pepsinogen I (ZGO) in pepsinogen II (PGII) je ocenjevala encimsko-imunskim testom (ELISA), po navodilih proizvajalca (BIOHIT, Finska). Posamezniki z ZGO < 82,3 ng /ml in razmerje med ZGO /PGII < 6.05 so bili pozitivni za želodčne presejanje atrofija in nato potrdi biopsijo in histopatologijo z gastroskopijo [25]. Koeficient interday sprememb (CVS) kontrolnih vzorcev med sklopi so bili 4,5%, 4,3% in 4,7% za H
. pylori
IgG, PG I in PG II, v tem zaporedju.

Označevanje SNP izbor

SNP pokrivajo regijo DNMT3b
smo analizirali s SNPbrowser Software v4.0, ki temelji na Han kitajskega prebivalstva v projekt HapMap (2009/06/02 HapMap). Štiri Označevanje SNP (tagSNPs, rs6119954, rs4911107, rs4911259 in rs8118663) so bili izbrani, ki bi zadostovala za pokritje 22 SNP za DNMT3b
z minimalno manjšo alelov frekvenco (MAF) 0,05 in par kapljic r
^{2 0,8 ali več [26]. Poleg tega so trije drugi SNP, rs2424913, rs6087990 in rs1569686, so bile namenjene tudi za izbrana kot SNP kandidatke. Vendar pa so genotipizacijo le rs1569686 saj so imeli rs2424913 prenizek MAF (0,012, podatki iz HapMap projekta) in rs6087990 je v absolutnem LD ( D
'= 1 in r
2 = 1) z rs4911107. Na koncu je bilo izbranih pet SNP, rs6119954 (intronskih), rs1569686 (promotor), rs4911107 (intron), rs4911259 (intron) in rs8118663 (3 'robna regija) za genotipizacijo.}

genotipizacijo

genomsko DNA je bila vzeta iz celotnega vzorca krvi uporabo ekstrakcijo kompleti krvi genomske DNA po navodilih proizvajalca (Axygen bioznanosti, ZDA). Genotipi vsakega SNP so bile določene s pomočjo TaqMan genotipizacije testov so po protokolu proizvajalca v 384 vdolbinami za (Applied Biosystems, ZDA). Zaporedja oligonukleotidov in sonde so na voljo na zahtevo. Polimerazo verižne reakcije (PCR), so bili, kot sledi: 1 cikel 95 ° C za 10 minut, čemur sledi 40 ciklov 95 ° C za 15 sekund in 60 ° C 1 min. Procesi pomnoževanja smo izvedli na BIO-RAD S1000 termo Kolesarski (Bio-Rad, Kalifornija) in končnih izdelkov, je bilo brati na ABI PRISM 7900 HT Sequence detektor uporabo Sequence detektor Software v2.3 (Applied Biosystems, ZDA). Dva slepe kontrole so bile vključene v vsako 384-tudi test olajšanje programsko opremo za prepoznavanje genotipov. Pet odstotkov naključno izbranih dveh vzorcih so bile vključene v vsako 384 vdolbinami za nadzor kakovosti, in splošno skladnih stopnja znašala 99,91%.

Imunohistokemija

DNMT3b izraz je bila ocenjena v tumorskem tkivu 104 želodca bolnikov z rakom po metodi imunohistokemični. V 4μm debele sekcije iz tkivnih blokov so izrezali, deparaffinized in obarvajo z uporabo streptavidina-biotin imunoperoksidazni tehniko. Na kratko, so odseki tkiva inkubiran preko noči pri 4 ° C s protitelesom anti-humani DNMT3b poliklonskega (1: 200 razredčen, sc-20704, Santa Cruz, ZDA). Signali so vizualizirali s 3, 3-Diaminobenzidine (DAB) in diapozitivi so jih nasprotno z hematoksilinom. Kot negativne kontrole so bile drsi obdelamo s tem testu imunoglobuline G kot zamenjavo primarnih protiteles. Obarvane diapozitivi so bili ocenjeni z dvema neodvisnima patologi, ki so bili zaslepljeni od kliničnih podatkov. Široko sprejet sistem HSCORE smo uporabili za oceno obarvanje intenzivnost in odstotek celic, obarvanih z določenim obsegom intenzivnosti. HSCORE je bila izračunana po naslednji enačbi: HSCORE = ΣPi (i) (i = 0, 1, 2, 3, Pi = 0-100%). I pomeni intenzivnost obarvanja, tj ne obarvanje = 0, šibko obarvanje = 1, zmerno obarvanje = 2 in močno obarvanja = 3. Pi predstavlja odstotke obarvanih celic z intenzivnostjo variirajo od 0 do 100%. HSCORE giblje od 0 do 300.

Statistična analiza

kontinuiranih podatkov, kot so starost in HSCORE mnogo DNMT3b izražanja so povzeti kot mediana (25. do 75. percentil) in v primerjavi s Mann-Whitney U preizkus ali preizkus Kruskal-Wallis. Kategorične podatki so bili opisani kot frekvenco in odstotek, v primerjavi z uporabo χ <sup>2 testa ali Fisher natančen test, kadar je ustrezno. Frekvence genotipov vsakega SNP so bili določeni z neposrednim štetjem in odstopanja od Hardy-Weinberg ravnovesje v kontrolni skupini je bila ocenjena s χ 2 preizkus bog-of-fit . Vezavno neravnotežje (LD) med pari biallelic lokusov je bila določena z uporabo dveh ukrepov, D
"in r
2. Brezpogojna logistična regresijska analiza je bila uporabljena za izračun razmerja obetov (najbolj oddaljene regije) in 95% intervali zaupanja (CIS), s prilagoditvijo možnih odstopanj (starosti kot spremenljivko obsega, spola kot nominalno spremenljivko in H
. pylori
protitelesa kot nominalno spremenljivko). Preživetje funkcije bolnikov želodca z rakom v vsaki SNP so bile narisane z metodo Kaplan-Meier, in v primerjavi s testom Log-Rank. razmerja ogroženosti (HR) z 95% CI so bili uporabljeni za količinsko vpliv genotipov vsakega SNP na celotno preživetje in so bile izračunane z Cox regresijski model. Za haplotipov s frekvencami > 1%, je bilo ocenjenih tveganj glede občutljivosti in smrtni nevarnosti, primerjali z referenčnim haplotipom (glavna haplotip v kontrolni skupini), ki uporabljajo brezpogojno logistični regresijski model in Cox regresijski model oziroma z THESIAS različico 3.1 programske opreme [27, 28]. Vsi statistični testi so bili dva repa in P
vrednost < 0.05 se je štelo, da je statistično značilna. Če ni drugače navedeno, analize zgoraj so bile izvedene v SRS 9.1.3 programske opreme (SAS Institute Inc., ZDA).</sup>

Rezultati

Zadeva značilnosti

skupno 1519 predmetov, 447 primerov raka želodca, je bilo vključenih 111 želodca primeri atrofija in 961 tumorske brez kontrole v tej študiji. Značilnosti vseh predmetih so povzeti v tabeli 1. demografske dejavnike, starosti in spola, niso bili enakomerno porazdeljeni v tri skupine, ki je imela GC skupina več moških in starejših predmetov. In 69,1% primerov GC so bili pozitivni za H
pylori
, bistveno višja kot v kontrolni skupini (49,7%, P
< 0,001). Ker je ne- znatno nižje od želodca atrofija skupini (75,7%, P
= 0,176). Ker lahko ti dejavniki zmešajmo učinke SNP, so primerjave porazdelitve genotipa pod prilagojena glede na starost, spol in H
. pylori
okužbe. primerov raka najbolj želodca imela črevesno vrsto raka (87,3%) in 140 bolnikov je prejela pooperativno kemoterapijo (31,3%).

Zveza SNP s tveganjem za raka na želodcu ali želodčne atrofije

Štiri SNP loci , rs1569686, rs4911107, rs4911259 in rs8118663, so v skladu z ravnotežju Hardy-Weinberg v kontrolni skupini ( P
je 0,321, 0,341, 0,362 in 0,874, v tem zaporedju). Rs6119954 locus, pa je bilo ugotovljeno, da je odstopil od nje ( P
= 0.0331). Kljub temu je bila ta locus vključena v končni fazi, saj je bila stopnja skladnost z vzporednih vzorcev rs6119954 100%. Meritve par-pametno za genetsko neravnostežje bili navedeni v S1 tabeli. Tri loci, rs1569686, rs4911107 in rs4911259 pokazala popolno vezavno neravnotežje ( D
'> 0,98, r
^{2 > 0,96). Zato smo analizirali samo rs1569686 predstavlja rs4911107 in rs4911259.}

V primerjavi s najpogostejša genotipa vsakega SNP, ni bilo razlike opaziti na porazdelitev treh loci med želodca skupine raka in kontrolne skupine po prilagoditvi za starost , spol in H
. pylori
okužba (tabela 2). Noben alel ali haplotip je bila povezana s tveganjem za raka želodca. Podobne rezultate smo dobili negativni na tveganje želodca atrofije (tabela 2). Poleg tega so bili med SNP ali haplotipom in tveganje za H
opazili združenja. pylori
okužba v kontrolni skupini (S3 tabeli).

Združenje SNP z clinicopathologic parametri želodca raka

genotipski distribucije SNP so bili analizirani glede na clinicopathologic parametre, kot so velikost tumorja, stopnjo, razred in oddaljenih metastaz v primerov raka želodca. Bolniki, ki prevažajo genotip AA za rs6119954 imeli večjo pogostost oddaljenih metastaz (25,6% vs
. 9,1%, P
= 0,003). In bolniki, ki nosijo genotip AA za rs8118663 imela več deleža velikost tumorja ≥ 5 cm (33,5% vs
. 23,3%, P
= 0,040) (S4 tabela).

združenje SNP s preživetjem raka želodca

Nadaljnje informacije je na voljo za 435 (97,3%) bolnikov z rakom želodca do februarja 2015. Trinajst bolnikov umrl pooperativne zaplete v 30 dneh po začetku študije in ti primeri so bili izključeni iz analize učinkov SNP na preživetje. Končno je bilo 422 primerov vključeni v analizo preživetja. Med spremljanjem, 195 (46,2%) bolnikov je umrl zaradi raka želodca, 14 (3,3%) primerih je umrl zaradi drugih vzrokov, 203 bolnikov (48,1%) je živel in 10 (2,4%) bolnikov je bilo izgubljenih za nadaljnje ukrepanje. Mediana spremljanje čas je bil 55,1 meseca (od 1,1 do 79,2 meseca), za vse primere, vključene v analizo preživetja.

Cox regresijska analiza je bila izvedena za oceno združenje DNMT3b
genotipov za preživetje raka želodca z dominantno ali recesivno modela. Ugotovili smo, da je bil rs1569686 TG /GG varianta genotip povezan s statistično značilnim 43% povečano tveganje za smrt v primerjavi z genotipom TT v prevladujočem modelu. Poleg tega bi lahko težnja učinkov na dolgoročno preživetje je treba upoštevati od preživetje parcel. Zato je analiza podskupin so opravili pri bolnikih, ki živijo dlje kot dve leti. Bolniki, ki nosijo alel G (TG ali GG genotip) za 1569686 je bilo ugotovljeno, da živijo krajše kot pri TT genotipa (HR = 2,46, 95% CI: 1.29-4.69, P
= 0,006), po prilagoditvi za starost, spol, stopnja TNM in kemoterapija po tumorectomy (slika 1A). Podobni rezultati so bili za alelov G prevoznikov v rs4911107 in alelov T nosilci rs4911259 opaziti v celotnem preživetju raka želodca (tabela 3). In tistih, ki se GG genotip rs8118663 večinoma imajo krajši čas preživetja kot alela prevoznikov (AA ali AG), po prilagoditvi za starost, spol, stadij TNM in kemoterapijo po tumorectomy (HR = 2,72, 95% CI: 1.45-5.12, P
= 0,002) (slika 1B).

zveza med SNP in izražanja v DNMT3b

DNMT3b izraz so ocenili v rakasto tkivo 104 želodčnih primerov raka uporabljajo imunohistokemijske reakcije. DNMT3b izraz opazili predvsem v celičnem jedru in raven izražanja je bila visoka (HSCORE > 200) v 64 primerih (61,5%), zmerno (100 < HSCORE≤200) in 30 (28,8%), nizka (HSCORE≤100) v 2 (1,9%) in negativni (HSCORE = 0) in 8 (7,7%). Rezultati izražanja po genotipov tri SNP lokusov so prikazani v tabeli 4. Vendar je mogoče opaziti med genotipi vsak SNP ne razlikuje od DNMT3b izražanja.

Pogovor

V tej raziskavi smo sistematično raziskovali vlogo variant DNMT3b
genov pri razvoju in prognozo raka želodca v veliki populaciji. Ugotovili smo, da so bili rs1569686 TG /GG genotipi bistveno povezana s slabim preživetje raka želodca. Poleg tega smo ugotovili, da je DNMT3b
polimorfizem vpliva na dolgoročno preživetje raka na želodcu in je bil učinek še večji pri bolnikih, ki živijo dlje kot dve leti.

Večina dela, objavljena osredotočajo le na vlogo DNMT3b
v carcinogensis različnih malignih bolezni. Kolikor vemo, da je to prvo poročilo, ki opisuje povezavo med DNMT3b
polimorfizem in preživetja raka želodca v kitajskega prebivalstva. Naša trenutna študija je pokazala, da je DNMT3b
variante prispevali k dolgoročno preživetje raka želodca. DNMT3b
rs1569686 variantne TG ali GG genotip prevozniki so pokazale povečano HR s P
-vrednost od 0,036 (HR = 1,43, 95CI: 1,02-1,99) v primerjavi s TT divjega tipa. Poleg tega, posameznik ležaj G alel za rs1569686 (TG ali GG) ima 2,46-kratno povečanje tveganja umrljivosti kot alelov prevozniki niso G pri bolnikih, ki živijo dlje kot 2 leti (slika 1A), in posamezniki, ki opravljajo rs8118663 GG genotip imajo ponavadi večje tveganje v dolgoročno preživetje (slika 1B).

nadalje prvič raziskovali povezavo med DNMT3b
polimorfizmov in klinične značilnosti bolnikov z rakom želodca. Bolniki, ki prevažajo genotip rs6119954 AA imel več pogostost oddaljenih metastaz, kar kaže, da se rs6119954 polimorfizem lahko sodelujejo v napredovanje raka želodca. Podobno je pri bolnikih z rs8118663 AA genotipom večinoma imajo večjo velikost tumorja (≥5cm), kar kaže, da lahko rs8118663 SNP igrajo vlogo pri napredovanja tumorja pri bolnikih GC. Skupaj, vse te ugotovitve je pokazala napovedno vrednost DNMT3b
polimorfizmov za napredovanja in preživetje prognozo pri bolnikih z rakom želodca.

DNMT3b
kodira DNMT3b, A družinski član methyltransferase DNA, ki sodeluje v številnih bioloških procesov, vključno z razvojem tumorja in tumorgenesis [29]. Številne prejšnje študije so pokazale, da polimorfizem DNMT3b
so povezani z razvojem raka v različnih tumorjev. Shen et al [18] najprej poročali, da so morali nosilci T alel, predvsem heteroze (CT) v rs2424913 skoraj 2-krat večje tveganje za tveganje pljučnega raka v primerjavi s homozigotno CC genotip v kavkaški populaciji. Poleg tega je bilo ugotovljeno, ta skupna genetska varianta C do T na promotor DNMT3b da močno poveča mRNA ekspresije [30]. Vendar pa bi se vloga rs2424913 o raku v kitajščini zanemarljiv, saj je alel C v kitajskega prebivalstva odsoten ali redki [20], pomen velike raznolikosti v DNMT3b
SNP distribucija je lahko posledica različnih etničnih skupin , neznani okoljski dejavniki ali medsebojni vpliv dejavnikov okolja in genetske predispozicije. Rs1569686 so poročali, da je povezana z dovzetnostjo pljučnega raka [31] in rakom želodca [21], vendar ne v karcinomom jetrnih celic [19], požiralnik raka [32] in nazofaringealnega karcinoma [20]. V prejšnjem meta-analize, ki temelji na 24 študijah primerov in kontrol, DNMT3b
rs1569686 alel G je bilo opredeljeno kot nizko dejavnik tveganja za razvoj kolorektalnega raka [33]. Rs1569686 se nahaja v CpG slaba promotorski regiji. In vitro promotorja testa so pokazali, da rs1569686 polimorfizem ne vpliva na transkripcijski dejavnost DNMT
promotor [34], vendar ni mehanizmi so večinoma neznani. Študija, ki jo Lee et al [35] je pokazala, da rs6087990 v promotorja regiji DNMT3b
, ki je bila v popolnem LD z rs1569686 lahko spremeni aktivnost promotorja DNMT3b
, prepis aktivnost alel T je bistveno nižja v primerjavi s alel C, vendar rs1569686 polimorfizem ni vplival na aktivnost promotorja. V naši raziskavi pa nismo upoštevali vsako združenje rs1569686 z razvojem raka želodca ali želodca atrofije, ki je pomemben dejavnik tveganja za raka želodca (tabela 2). Prav tako nismo upoštevali nobenih razlik v DNMT3b izražanja znotraj genotipov vsak SNP z metodo imunohistokemija. Treba je osnovni mehanizem DNMT3b
na raka želodca je treba razjasniti v prihodnjih študijah. Druga spletna mesta, rs2424908, ki je v popolnem genetsko neravnostežje z rs8118663 ( r
^{2 = 0,956), je bilo tudi ugotovljeno, da sodelujejo pri tumorja, kot so rak požiralnika [32] in kolorektalnega raka [ ,,,0],34]. Vendar pa je v naši raziskavi, niso opazili pozitivna povezava z rakom želodca. Podobno kot pri naših ugotovitvah, so sporočili Yang et al, da je DNMT3b
rs2424908 polimorfizmi niso bile povezane z dovzetnostjo za raka želodca v južni kitajskega prebivalstva [36]. Zato se lahko potrebnih več študij za sklenitev vlogo genetskega polimorfizma DNMT3b
v razvoj raka želodca.}

Dve omejitve je treba priznati v naši raziskavi. Ena je bila, da so bili le SNP z minimalno manjšo alel 0,10 ali več vključena zaradi meril za izbor. Nizke nihanja frekvence lahko sovpada tudi z razvojem raka kot rs2424913 [22]. je potrebna nadaljnja raziskava zajema SNP z nizko frekvenco. Drugi pa je, da nadaljevanje čas primerov raka želodca se zdi nezadostna, saj so večini primerov na desni strani za preživetje parcel cenzurirana. Vplivi SNP na dolgoročno preživetje ni bilo mogoče v celoti obravnavati, čeprav bi bilo mogoče opaziti trend. Ko pa so primeri, stratifikacija v podskupine, ki živijo več kot dve leti, mogoče opaziti znaten združenje za dolgoročno prognozo. Kljub temu, vloga DNMT3b
na raka želodca bodo prevrednotiti in posodobiti v prihodnosti kot nadaljevanje je še vedno v teku.

Sklepi

Če povzamemo, smo ugotovili, polimorfizem DNMT3b
lahko vpliva na splošno preživetje raka želodca, kar kaže potencial DNMT3b
SNP kot uporaben marker napovedati celokupno preživetje raka želodca, še posebej pri bolnikih, ki so preživele več kot dve leti. Vendar pa nismo upoštevali vseh pomembnih povezav med DNMT3b
variante in tveganje za raka na želodcu ali želodčne atrofije. Nadaljnje raziskave so potrebne, da v celoti pojasniti vlogo DNMT3b
na raka želodca v različnih etničnih populacij.

Podpora Informacije
S1 tabelo. Vezavno neravnotežje koeficiente ( D
) in r
2 med DNMT3b
htSNPs
doi:. 10,1371 /journal.pone.0134059.s001
(DOCX)
S2 tabeli. Kliničnih podatkov o bolnikih z rakom želodca
doi:. 10,1371 /journal.pone.0134059.s002
(DOCX)
S3 tabeli. Združenje SNP in H
pylori
okužba v kontrolni skupini
doi:.. 10,1371 /journal.pone.0134059.s003
(DOCX)
S4 Tabela . Distribucije genotipov po kliničnih parametrov v primerov raka želodca
doi:. 10,1371 /journal.pone.0134059.s004
(DOCX)
S1 Podpora podatkov. Klinični podatki in genotip frekvence DNMT3b genskih polimorfizmov v primerih in kontrolah
DOI:. 10.1371 /journal.pone.0134059.s005
(XLS)

Priznanja

Avtorji bi se rad zahvalil vsem tistim, ki sodelujejo v tej študiji, še posebej Ying pesmi za svoje delo na spremljanju predmetov in Chang-Song Guo za njegovo tehnično podporo.

• Plos Computational Biology: Odkritje drog sinergije v želodcu raka celic z logičnimi Modeling
• Plos ONE: PRR11 Je prognostični Marker in potencial Oncogene pri bolnikih z želodčnim Cancer