PLOS ONE: O tem-miR-526b Encadernação-Site rs8506G > Um polimorfismo no lincRNA-NR_024015 Exon Identificado por GWASs predispor a não-cárdia Cancer Risk

Abstract

O câncer gástrico incluindo o cárdia e não tipos -cardia é a segunda causa frequente de mortes relacionadas ao câncer em todo o mundo. Um subconjunto de não-cárdia câncer gástrico susceptibilidade genética loci foram abordados entre asiática através de estudos de associação do genoma (GWASs). Este estudo foi avaliar os efeitos de polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) de longos RNAs não-codificantes intergênicas (lincRNAs) sobre a não-cárdia susceptibilidade câncer gástrico em populações chinesas. Foram selecionados RNAs longos intergênicas não codificadores (lincRNAs) localizadas em não-cárdia câncer gástrico loci relacionados com riscos e identificou 10 SNPs localizados em regiões ex�icas lincRNA. Examinamos se polimorfismos genéticos em exons lincRNAs estão associados a não-cárdia risco de câncer gástrico em 438 pacientes com câncer gástrico não-cárdia e 727 indivíduos controle em populações chinesas usando regressão logística. relevância funcional foi ainda examinada por meio de ensaios bioquímicos. Descobrimos que lincRNA-NR_024015
transportadora rs8506AA foi significativamente associada com o risco de câncer gástrico não-cárdia (odds ratio ajustada [OR] = 1,56, 95% CI = 1,03-2,39, em comparação com o rs8506 AG ou GG . genótipo Outras análises mostraram que a estratificação do risco efeito foi mais pronunciado em subgrupos de fumantes ( P
= 0,001) a análise bioquímica demonstrou que o G para uma mudança de base na rs8506G >. Uma perturba o sítio de ligação para tem- . miR-526b, influenciando assim a atividade transcricional do lincRNA-NR_024015
e afetando a proliferação celular Nosso estudo estabeleceu uma forte associação entre o rs8506G > um polimorfismo no lincRNA-NR_024015
exão e o risco de câncer gástrico não-cárdia

Citation: Fan QH, Yu R, Huang WX, Cui XX, Luo BH, Zhang LY (2014) a tem-miR-526b Encadernação-site rs8506G > Um polimorfismo. no lincRNA-NR_024015
Exon Identificado por GWASs predispor a não-cárdia Cancer Risk PLoS ONE 9 (3):. e90008. doi: 10.1371 /journal.pone.0090008

editor: Xiaoping Miao, MOE chave do Laboratório de Ambiente e Saúde, Escola de Saúde Pública, Tongji Medical College, Huazhong Universidade de Ciência e Tecnologia, China

Recebido: 11 de dezembro de 2013; Aceito: 25 de janeiro de 2014; Publicação: 04 de março de 2014

Direitos de autor: © 2014 Fan et al. Este é um artigo de acesso aberto distribuído sob os termos da Licença Creative Commons Attribution, que permite uso irrestrito, distribuição e reprodução em qualquer meio, desde que o autor original ea fonte sejam creditados

Financiamento:. Este estudo foi apoiado pelo projeto Fundo Suzhou Desenvolvimento social (SS08047), Key Departamento Médico da província de Jiangsu em 2011. os financiadores não tiveram nenhum papel no desenho do estudo, coleta de dados e análise, decisão de publicar ou preparação do manuscrito.

Conflito de interesses: os autores declararam que não existem interesses conflitantes

Introdução

o câncer gástrico (GC) é a segunda principal causa de morte por câncer em todo o mundo depois do câncer de pulmão em 2010, embora as mortes de mortalidade. diminuíram ligeiramente, de 774 mil em 1990 para cerca de 755.000 em 2010 [1], [2]. Estudos epidemiológicos mostraram que o fator ambiental, incluindo a dieta, tabagismo, consumo alcoólicas e, especialmente, a infecção por Helicobacter pylori está associada a um maior risco de GC [3], [4]. Apesar desses fatores de risco reconhecidos, os pesquisadores ainda convencido de que fatores genéticos, particularmente polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs), são susceptíveis de desempenhar um papel essencial no risco de um indivíduo de desenvolver câncer gástrico como apenas uma fração dos indivíduos expostos desenvolver câncer gástrico [5] .

Até o momento, com o avanço da próxima geração seqüenciamento do transcriptoma (RNA-Seq), houve uma profunda mudança em nossa compreensão de todo o conjunto de aberrações da transcrição em uma doença, incluindo novas transcrições e não-codificante RNAs (ncRNAs) não medidos por análises convencionais [6] - [9]. De todas as classes caracterizadas actualmente de moléculas não-codificantes RNAs, estes foram chamados longo intervir ncRNAs (lincRNAs) mais de 200 nucleótidos (nt), que são a falta de uma estrutura de leitura aberta e não se sobrepõem genes codificadores de proteínas [7], [10]. Grupos de lincRNAs têm sido bem caracterizados, em certa medida e demonstrou correlacionada com importantes processos celulares, tais como estampagem, X inactivação cromossoma, manutenção da pluripotência, e a regulação da transcrição [10] - [15]. Além disso, a evidência emergente de expressão lincRNA desregulada em vários tipos de câncer, surgiram lincRNA como um novo aspecto da biologia, com evidências que sugerem que um papel importante para o envolvimento de lincRNA na tumorigênese humana e metástase [16], [17]. Na verdade, um exemplo bem descrito, HOTAIR
foram estudadas as contribuições para a progressão gradual de desenvolvimento de neoplasias [11], [18], com destaque para o papel de lncRNAs na biologia do câncer. Além disso, o ARN de comprimento não codificadora MALAT1
(associada a metástase pulmonar adenocarcinoma transcrição 1), é frequente e misregulation como marcador preditivo para uma variedade de cancros humanos do cólon, da mama e da próstata [19] - [ ,,,0],22]. No entanto, os mecanismos subjacentes a função específica de lincRNAs no desenvolvimento do câncer ainda não foi completamente delineada.

Na última década, vários estudos de associação do genoma imparciais (GWAS) ampliaram o nosso entendimento das variações genéticas relacionadas com diferentes tipos de doenças e cancros por tecnologias de alto rendimento [23]; No entanto, pelo menos um terço das variantes identificadas estão dentro de intervalos não codificantes [24]. Recentemente, dois GWAS revelou que vários loci de susceptibilidade de risco que estão associados com o risco de não-cárdia cancro gástrico (NCGC) numa população chinesa. análise bioinformática revelou inúmeros lincRNAs próximas a esses loci. Além disso, vários polimorfismos de nucleótidos relevantes individuais (SNPs) localizados nas regiões de ex�icas lincRNAs que podem associar-se NCGC foram identificados; No entanto, a associação entre variações genéticas em exons lincRNAs e suscetibilidade ao câncer tem sido raramente relatada.

No presente estudo, a hipótese de que SNPs na região exônico de lincRNAs pode alterar os níveis de expressão e, portanto, pode contribuir para NCGC. Para testar essa hipótese, realizamos um estudo de caso-controle de base hospitalar para investigar as associações entre esses SNPs e susceptibilidade a NCGC na população chinesa.

Materiais e Métodos

Todos os indivíduos do estudo foram etnicamente homogêneos chineses Han, incluindo 438 pacientes NCGC e 727 controles saudáveis. Pacientes submetidos à cirurgia nos hospitais afiliados da Universidade Soochow (Suzhou) foram consecutivamente recrutados a partir de 2003 a 2009, com uma taxa de resposta de 94%. Os pacientes eram da cidade de Suzhou e as suas regiões circundantes, e não havia restrições de idade, sexo e histologia. Detalhes sobre as características clínicas dos pacientes estão resumidos na Tabela 1. O tumor, nó, metástase (TNM) classificação e estadiamento do tumor foram avaliados de acordo com a Comissão Mista de 2002 Americana sobre sistema de estadiamento do câncer. controles populacionais eram pessoas sem câncer que vivem na região Suzhou; eles foram selecionados a partir de um inquérito nutricional realizado no mesmo período que os casos foram recolhidos. As amostras de controlo estavam disponíveis para nós a partir de estudos anteriores que foram selecionados aleatoriamente a partir de uma base de dados composta por 3500 indivíduos com base em um exame físico [25] - [27]. A medição por H. pylori imunoglobulina G sérico em pacientes e controlos NCGC foi determinada por ensaio imunossorvente ligado a enzima (ELISA). Este estudo foi aprovado pelo comitê de ética médica da Universidade de Soochow. Todos os participantes foram geneticamente relacionado étnicos chineses han e nenhum tinha transfusão de sangue nos últimos 6 meses. Tendo dado um consentimento informado por escrito, cada participante foi agendada para uma entrevista com um questionário estruturado para coletar informações selecionadas e para doar 5 ml de sangue periférico.

SNP Seleção

Toda a literatura publicada investigando um associação entre a susceptibilidade genética eo risco NCGC eram elegíveis. Nós procurado para estudos até agosto 2013 usando o banco de dados PubMed e Web of Science. termos de pesquisa relevantes foram "estudo do genoma associação", "GWAS", "NCGC", "câncer gástrico", "cancro do estômago" e "asiáticos". Nós também procurou manualmente as listas de referência em artigos selecionados. Temos primeiro excluídos alguns artigos examinando os títulos e resumos de estudos que não foram escritos em Inglês. Então, depois de ler o texto completo dos artigos restantes, identificamos um conjunto final de estudos. Todos os estudos selecionados preencheram os seguintes critérios: (1) o resultado investigados foi baseada em GWAS em relação ao NCGC em seres humanos; (2) os artigos foram publicados em Inglês; (3) foram selecionados os estudos mais recentes entre a sobreposição de dados e dados duplicados; (4) GWAS ter sido realizada utilizando tecnologia de chip. Os principais critérios de exclusão foram (1) Avaliações, tutoriais, cartas e editoriais; (2) duplicar os dados; (3) não um projeto de caso-controle; e (4) sobreposição de dados ou dados descarregados pelos últimos informes. Em seguida, nós vasculharam a loci susceptibilidade identificado por GWAS para NCGC em artigos selecionados, 4 lincRNAs que não se sobrepõem a quaisquer genes reconhecidos dentro de um intervalo de 1 MB destes loci, em ambos os sentidos (a extensão total de 2 MB) foram finalmente identificados a partir da base de dados lincRNAs humanos [28]. Além disso, o software Haploview 4.2 foi utilizado para análise bioinformática de bloco de haplótipos com base nos dados chineses Han Pequim (CHB) População em HapMap (HapMap Data Release 27 Fase II + III, fevereiro de 2009, no conjunto do NCBI B36, B126 dbSNP). Estes SNPs com freqüências alélicas menores de superior a 5% da população chinesa foi extraído. Havia três blocos de haplótipos na população chinês (Figura 1A). Os SNPs-tagging haplótipos foram selecionadas com o software Haploview 4.2 programa Tagger; verificou-se que a rs11752896, rs11752942, rs4714336 e rs4711631 coberta do haplótipo no bloco 1 com uma frequência de 100% (rs11752896 e rs11752942: D '= 1,0, r ^{2 = 1,0; rs11752896 e rs4714336: D' = 1,0, r 2 = 1,0; rs11752896 e rs4711631: D '= 1,0, r 2 = 1,0). Além disso, rs2467950, rs2450764 e rs9312, rs8506 abrangeu o haplótipo no bloco 1 de cada 100%, respectivamente (rs2467950 e rs2450764: D '= 1,0, r 2 = 1,0; rs9312 e rs8506: D' = 1,0, r 2 = 1,0). rs2304285 e rs2477757 SNPs estão fora dos blocos. Portanto, o SNPs rs11752896, rs2467950, rs8506, rs2477757 e rs2304285 foram escolhidos como cinco SNPs funcionais potenciais na exônico dos lincRNAs selecionadas para serem analisadas por suas associações com o risco de câncer gástrico.}

Análise Genotipagem

ADN do genoma foi extraído a partir de linfócitos de sangue periférico dos sujeitos do estudo. MALDI-TOF de espectrometria de massa específica de alelo foi usada para genotipar os marcadores utilizados na análise de associação, como descrito anteriormente [27], [29]. Um total de 60 amostras foram selecionados aleatoriamente para sequenciação directa para confirmar os resultados de genotipagem da análise por espectrometria de massa, e os resultados estavam de acordo a 100%. Aproximadamente, 10% das amostras também foram seleccionados aleatoriamente para uma repetição da genotipagem cego sem conhecimento prévio da sequência de genotipagem anterior ou o estado de ser um caso e de controlo, e os resultados estavam em concordância de 100%.

células Cultura de células

o 293T ou HGC-27 foram adquiridos a partir do celular Bank of Type Culture Collection da Academia chinesa de Ciências, Xangai Instituto de Biologia celular e foram passadas por menos de 6 meses. As células 293T ou HGC-27 foram mantidas em DMEM com alto teor de glucose (Gibco-BRL, Gaithersburg, MD, EUA) ou meio RPMI 1640 suplementado com 10% de calor-inactivado soro fetal de bovino (Gibco-BRL, Gaithersburg, MD, EUA) e 50 ug /ml de estreptomicina (Gibco-BRL, Gaithersburg, MD, EUA), a uma temperatura de 37 ° C na presença de 5% de CO _2.

Fraccionamento subcelular

HGC- 27 As células foram cultivadas num incubador humidificado, durante 2 dias. Para experiências de fracionamento subcelular, até 2 × 10 ^{foram utilizados 6 células. Citosólicas e nucleares extratos de células de câncer de mama foram coletados por meio de um kit Nuclear /citosol Fracionamento (Biovision, EUA) de acordo com as instruções do fabricante.}

In-silico
Previsão de Estruturas dobráveis ​​Induzidas por Rs8506G > a em LincRNA-NR_024015

Como certas estruturas são mais propensos a desempenhar papéis-chave em funções biológicas; assim, usamos RNAfold e SNPfold algoritmos para prever a influência putativa de rs8506G > Uma das estruturas dobráveis ​​locais de lincRNA-NR_024015
através da análise das regiões 61 pb ladeando o polimorfismo

Construção de. repórter Plasmids

Dois plasmídeos repórter contendo 160 bp lincRNA-NR_024015
fragmento da região do exão flanqueando o alelo rs8506G ou rs8506A foram sintetizados pelo Genewiz Company (Suzhou, China) e depois clonados no psiCHECK- 2 vector básico (Promega, Madison, WI) (Figura 1B). A construção resultante com lincRNA-NR_024015
rs8506 SNP (psiCHECK-2-lincRNA-rs8506G e psiCHECK-2-lincRNA- rs8506A) foi confirmada por sequenciação.

transitórios Transfec�es e luciferase Ensaios

Bioinformatics análise revelou que o rs8506G > Um polimorfismo localizar no local de ligação de microARN tem-miR-526b (http://snpinfo.niehs.nih.gov/). Desse modo, os imitadores e inibidores de has-miR-526b (GenePharma Co, Shanghai) foram aplicados para analisar o efeito de has-miR-526b em psiCHECK-2-lincRNA-rs8506 genes repórter in vitro
. As células 293T ou HGC-27 foram semeadas em placas de 24 poços (1 × 10 ^{5 células por poço) e cultivadas para confluência de 60-70% antes da transfecção; As células foram então transf ectadas com os plasmídeos repórter descritos acima, utilizando Lipofectamine 2000 (Invitrogen, CA, EUA) como previamente descrito [25]. Em cada imita bem, a co-transf ecção foi realizada utilizando 800 ng de ADN plasmídeo construído e 0, 1, ou 40 pmol microARN tem-miR-526B (Xangai GenePharma Co., Ltd.), e com ou sem 40 pmol tem-miR -526b inibidor, de acordo com as instruções do fabricante. A actividade da luciferase foi medida com a luciferase Dual-sistema de ensaio Repórter (Promega, Madison, WI, EUA) utilizando um TD-20/20 luminómetro (Turner Biosystems, Sunnyvale, CA, EUA), e os resultados foram normalizados contra a actividade de Renilla
gene luciferase. Cada grupo incluiu 6 repetições e ensaios em triplicado independentes foram realizadas.}

Expression Vector Construção

Para aprofundar o estudo do papel da lincRNA-NR_024015
na progressão do cancro, o full- cDNA de comprimento de lincRNA-NR_024015
abrigando rs8506G e alelos rs8506A foram sintetizados pelo Genewiz Company (Suzhou, China) e, em seguida, clonado nos vectores de pcDNA3.1. A construção resultante com lincRNA-NR_024015
rs8506 SNP (pcDNA-lincRNA-rs8506G e pcDNA-lincRNA-rs8506A) foi confirmada por sequenciação.

Isolamento RNA e Análise Quantitativa de RT-PCR

Trinta e duas amostras de tecido NCGC foram obtidos a partir de biópsias de pacientes individuais e armazenado a -80 ° C antes da análise. O ARN total foi obtido a partir destes tecidos cancerosos com reagente TRIzol (Molecular Research Center, Inc.). O ADNc foi gerado a partir de ARNm utilizando o iniciador aleatório e Superscript II (Invitrogen) de acordo com o protocolo do fabricante. -Polimerase em tempo real quantitativa de reacção em cadeia (RT-PCR) foi efectuado para quantificar a expressão genética relativa de lincRNA-NR_024015
, utilizando um sistema ABI Prism 7500 sequência de detecção (Applied Biosystems) com base na SYBR verde- método, e GAPDH
foi usado como um gene de referência interna em cada reação.

celular Visibilidade Ensaio

em 96 poços, placas de fundo plano (BD Biosciences, Bedford , MA), 100 ul de células HGC-27 co-transfectadas com pcDNA-lincRNA-rs8506SNP e tem-miR-526b ou controlo foram divididas em alíquotas para cada poço. A viabilidade das células foi medida por contagem celular Kit-8 (CCK-8) (Dojindo Laboratory, Kumamoto, Japão), baseado nas instruções do fabricante.

Análise estatística

As diferenças entre as distribuições das seleccionado variáveis ​​demográficas entre casos e controles, bem como as freqüências alélicas e genotípicas foram avaliadas por testes de qui-quadrado de dois lados. Modelos de regressão logística não condicional foram utilizados para estimar as associações de genótipos de SNPs com risco de câncer gástrico pelo odds ratio (OR) e seus intervalos de confiança de 95% (IC), seguido por análise de estratificação por idade, sexo, tabagismo e estado de beber. O modelo de regressão logístico foi usado no teste de tendência, bem como para avaliar o potencial de genes para o gene multiplicativo e aditivo e do factor de interacções gene-ambiente. Além disso, os dados foram estratificados por sub-grupos das variáveis ​​clínico-patológico. poder estatístico foi calculado mediante a aplicação do software PS (http://biostat.mc.vanderbilt.edu/twiki/bin/view/Main/PowerSampleSize, acessado 14 de dezembro de 2010). One-way ANOVA foi utilizada para avaliar o efeito de vários SNPs no lincRNA-NR_024015
expressão transcrição. Todos os testes foram dois lados usando o software SAS (versão 9.1; SAS Institute, Cary, NC, EUA). A P
. ≪ 0,05 foi utilizado como critério de significância estatística

Resultados

Genótipos e risco de não-cárdia Câncer Gástrico

No presente estudo, cinco SNPs foram genotipados entre casos e controles. Como mostrado na Tabela 2, foi observada uma associação significativa com o risco para NCGC rs8506G > A. Especificamente, os resultados de genotipagem mostrou que, em comparação com o rs8506GG ou AG genótipo, lincRNA-NR_024015
transportadora rs8506AA foi significativamente associada com o risco de câncer gástrico não-cárdia (odds ratio ajustada [OR] = 1,56, 95% IC = 1,03-2,39). Além disso, não houve diferenças significativas foram examinados nos outros quatro SNPs ( P Art > 0,05). Assim, podemos concluir que a variante genética rs8506G >. Um polimorfismo no lincRNA-NR_024015
desempenha um papel significativo na mediação do risco de NCGC

Análise Estratificação de Rs8506G > A genótipos e Risco de NCGC

Foi realizada ainda uma análise de estratificação das associações entre genótipos variantes e risco de NCGC por subgrupos de características clinicopatológicas de NCGC neste estudo. Como mostrado na Tabela 3, observou-se uma associação significativa entre os genótipos variantes e o risco de NCGC em indivíduos com o tabagismo (OR ajustado IC = 2,48, 95% = 1,63-3,78, teste de homogeneidade P
= 0,001) , sugerindo que o tabagismo modula a associação entre o lincRNA-NR_024015
rs8506G > a genótipos variantes eo risco de NCGC. Nenhuma associação significativa foi encontrada em outros subgrupos.

Caracterização celular de LincRNA-NR_024015

Os níveis de transcrição de controle nuclear ( U6
), citoplasmática controle de transcrição ( GAPDH
mRNA), e lincRNA-NR_024015
foram avaliados por RT-qPCR em frações nucleares e citoplasmáticos de células HGC-27, respectivamente. Os resultados mostraram que
GAPDH mRNA foi detectada exclusivamente na fracção citoplasmática, enquanto reteve-núcleo U6
foi encontrada predominantemente na fracção nuclear. E lincRNA-NR_024015
expressão foi predominantemente citoplasmática (Figura 1B)

In-silico
análise do efeito de Rs8506G >. A no LincRNA-NR_024015
Folding

Usando RNAfold e SNPfold algoritmos em in silico
análise, previu mudanças estruturais locais de lincRNA-NR_024015
causados ​​pela rs8506G > Um polimorfismo localizado dentro a região exônico de lincRNA-NR_024015
. Como mostrado na Figura 1C e D, os resultados sugerem que o G para uma mudança de base de rs8506G > afecta directamente a uma dobragem de lincRNA-NR_024015
, o que pode afectar o sítio de ligação para o microARN. Este pode então influenciar o lincRNA-NR_024015
expressão do gene

Rs8506G >. A Genótipos influenciar o LincRNA-NR_024015
Expressão por perturbar a ligação do Tem-miR-526b in vitro

Duas construções de gene repórter luciferase contido rs8506G ou alelo foram ensaiadas pelo transitoriamente co-transfecção com mímica e inibidor da has-miR-526b que se baseavam ligação a rs8506G > Um sítio polimórfico por análise de bioinformática. O resultado da actividade da luciferase mostraram que as células HEG-27 co-transfectadas transientemente tem-miR-526b imita e construção contendo o alelo rs8506G exibiram significativamente reduzida actividade da luciferase, de um modo dependente da concentração, e os inibidores tem-miR-526b significativamente invertida e regulada positivamente as suas actividades. No entanto, não foi observada nenhuma alteração evidente para o gene repórter com o alelo A tratada com imita tem-miR-526b ou inibidores ( P
> 0,05) (Figura 2A). Também foram observados os mesmos resultados quando estes experimentos foram repetidos usando células 293T (Figura 2B)

Associação de Rs8506G >. A genótipos com LincRNA-NR_024015
Expressão

Foram coletadas 32 tecidos tumorais de pacientes NCGC não tratados com diferentes genótipos e realizada PCR em tempo real para avaliar os efeitos do lincRNA-NR_024015
rs8506G > a na expressão lincRNA-NR_024015
. O resultado mostrou que os pacientes com os genótipos rs8506AG e rs8506AA expressas significativamente maior lincRNA-NR_024015
níveis de mRNA (média ± SEM) em comparação com os portadores do genótipo rs8506GG (AG: 0,029 ± 0,005; AA: 0,040 ± 0,005; GG: 0,019 ± 0,004; P
= 0,023), conforme mostrado na Figura 2C

Regulamento O Efeito do miRNA-dependente de LincRNA-NR_024015
Expressão sobre a proliferação celular.

Nós investigado se o lincRNA-NR_024015
rs8506G > a genótipos têm efeitos sobre a proliferação celular em vitro
. Como mostrado na Figura 2D, lincRNA-NR_024015
expressão diminuída após 24 horas de transfecção em células co-transfectadas transientemente com pcDNA-lincRNA-rs8506G e tem-miR-526b comparados com os co-transfectadas com pcDNA-lincRNA- rs8506A e tem-miR-526b ( P Art < 0,001). As células com a diminuição da expressão de lincRNA-NR_024015
teve uma taxa de crescimento de células fracas em comparação com as células transfectadas com pcDNA-lincRNA-rs8506A e tem-miR-526b do dia 2 ( P = 0,004
) (Figura 2E)

dicussion

no presente estudo de caso-controle de base hospitalar contendo um total de 438 pacientes e 727 controles saudáveis, o nosso grupo encontrou o rs8506G >. a está associado à riscos de NCGC. Nossos dados mostraram que os indivíduos portadores dos genótipos rs8506AG e rs8506AA teve um aumento significativo do risco de NCGC comparação com o genótipo GG ( P Art < 0,05). Além disso, verificou-se que um efeito de risco elevado de polimorfismo este foi mais pronunciado em sujeitos fumadores. Para nosso conhecimento, este é o primeiro estudo para avaliar de forma abrangente a associação entre as variantes em exônico de lincRNA e risco de NCGC.

Como uma outra classe de RNAs não codificantes reguladoras, lincRNAs, recentemente transferida para a vanguarda da não-codificante estudo de ARN. Estas moléculas de mRNA-like, carecem de um quadro de leitura aberta significativa, são geralmente cobertas, splicing e poliadenilado têm sido implicados numa grande variedade de processos celulares, tais como a arquitectura nuclear, a regulação da expressão do gene, vigilância imune, ou pluripotência células estaminais embrionárias. Um punhado de estudos demonstraram lincRNAs emergiu como um novo aspecto da biologia, em uma variedade de estados de doença, e as alterações nos níveis de lincRNAs expressão podem contribuir para a biologia do cancro em níveis de transcrição, pós-transcricional e epi [18], [30] - [32]. Um lincRNA proeminente, ANRIL
, tinham sido funcionalmente implicado na progressão do cancro, tipicamente reprimir a expressão do gene epigenético via ligação e recrutamento de complexos de cromatina modificando [33], [34]. Outro exemplo famoso é o lincRNA, GAS5
; aberrações genéticas neste locus lincRNA ter sido encontrada em muitos tipos de tumores, incluindo melanoma, mama, e cancros da próstata [35] - [37]. Estas linhas de evidência apoia a importância de lincRNAs em biologia celular e oncogênese. Recentemente, dois GWASs relataram um subconjunto de NCGC loci de susceptibilidade (5p13.1, 3q13.31, 8q24.3, 6p21.1 e 7p15.3) que está relacionado com o desenvolvimento de NCGC. análise bioinformática revelou vários lincRNAs fechado para estes loci. Além disso, foram identificados vários polimorfismos de nucleótidos relevantes individuais (SNPs) localizados nas regiões de ex�icas lincRNAs que podem associar-se NCGC. Como se sabe, na última década, com a disponibilidade de grande escala de sequenciação de ARN, que está agora a tornar-se extremamente claro que milhares de variantes genéticas relacionadas com a doença residir fora de genes ou mesmo em transcrições não codificantes foram já obtidos por projeto do genoma dos mamíferos [24]. evidências emergentes recentes têm indicado a associação entre SNPs residia em lincRNAs e cânceres humanos. Por exemplo, com base nos dados 1000 genomas, Guangfu Jin e colleages descobriram que regiões de lncRNA tinha uma densidade SNPs semelhante às regiões codificantes de proteínas e ainda mais anotados os SNPs relacionados com o fenótipo relatados por GWAS na região lncRNA pode contribuir para a próstata risco [ ,,,0],38]. Um estudo recente também relatou que um polimorfismo genético no lincRNA-uc003opf.1
gene está associado a um risco aumentado de desenvolver carcinoma de células escamosas do esôfago em populações chinesas [39]. Colectivamente, o nosso estudo é consistente com os resultados anteriores mostraram que lincRNA-NR_024015
foi moderadamente mais abundante no citoplasma do que no núcleo de células de cancro gástrico fraccionados, o que sugere que a função deste lincRNAs é exercida no citoplasma . Os nossos resultados forneceram uma forte evidência de apoio a uma hipótese para a regulação citoplasmático, em que o lincRNA-NR_024015
rs8506G >. Um SNP pode afectar a expressão desse lincRNA modificando o local de ligação para a tem-miR-526b

no presente estudo, o resultado da associação entre um polimorfismo genético nas regiões ex�icas de um lincRNA e susceptibilidade à NCGC foi primeiramente obtido em populações chinesas. Os relativamente grandes tamanhos de amostra utilizados para a diminuição do tamanho das RUP que podem ser detectados estatisticamente. Além disso, temos conseguido um poder do estudo de mais de 90% (teste bilateral, α = 0,05) na detecção de uma OR de 1,28 para os genótipos rs8506AG + AA (que ocorrem com uma frequência de 42,5% entre os controles), quando comparado com o genótipo rs8506GG. Notavelmente, a associação é biologicamente plausível e é consistente com os resultados de nossos estudos funcionais.

Em conclusão, o presente estudo forneceu a primeira evidência de que polimorfismos genéticos nas regiões ex�icas de lincRNAs desempenham um papel vital na mediação indivíduo susceptibilidade à NCGC. Nossos resultados apoiar ainda mais a hipótese de que variantes genéticas em regiões ex�icas lincRNA podem afectar a regulação mediada por microRNA e associado com o risco de GC. Nossas descobertas garante validação de preferência, estudos de caso-controle, assim como por estudos maiores, de base populacional bem desenhados mecanicistas.

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