Plos ONE: poka-miR-526b Binding-Site rs8506G > polimorfizma v lincRNA-NR_024015 EXON s GWASs predispozicija Identifikacija za Non-Cardia želodca raka tveganja

Povzetek

želodčnega raka, vključno z vrstami Cardia in ne Cardia je drugi pogost vzrok smrti zaradi raka po vsem svetu. Podniz non-Cardia raka želodca genetske dovzetnosti lokusov so med Asian obravnavati v okviru pridružitvenih raziskav genoma vsej (GWASs). Ta študija je bil oceniti učinke posameznih nukleotidnih polimorfizmov (SNP) dolgih medgenskega brez kodiranja RNA (lincRNAs) na non-Cardia želodca občutljivost raka kitajskega prebivalstva. Izbrali smo dolge medgenskega nekodirano RNA (lincRNAs), ki se nahajajo v non-Cardia raka želodca lokusov, povezanih s tveganjem in opredelil 10 SNP, ki se nahajajo v lincRNA exonic regijah. preučiti smo, ali so genetski polimorfizmi v lincRNAs eksonov povezan z non-Cardia želodca tveganje za nastanek raka v 438 non-Cardia bolnikov z rakom želodca in 727 kontrolnih osebah v kitajskih populacijah z uporabo logistične regresije. Funkcionalna ustreznost je nadalje preučil biokemičnih testih. Ugotovili smo, da je lincRNA-NR_024015
rs8506AA prevoznik močno povezana s tveganjem, ki niso Cardia raka želodca (razmerje prilagojena obetov [OR] = 1,56, 95% CI = 1,03-2,39, v primerjavi z rs8506 AG ali GG . genotip Nadaljnja analiza razslojevanje je pokazala, da je bil učinek tveganja izrazitejše v podskupinah kadilcev ( P
= 0,001) Biokemijska analiza je pokazala, da je G do A osnovno sprememb na rs8506G > a. moti vezavno mesto za has- . miR-526b, s tem vpliva na transkripcijski dejavnost lincRNA-NR_024015
in vpliva na proliferacijo celic Naš sedanji študija vzpostavila trden pridružitvi med rs8506G > a polimorfizem v lincRNA-NR_024015
eksonu in tveganje ni Cardia raka želodca

Navedba: Fan QH, Yu R, Huang WX, Cui XX, Luo BH, Zhang LY (2014) poka-miR-526b Binding-Site rs8506G > polimorfizma. v lincRNA-NR_024015
eXON s GWASs predispozicija Opredeljena za Non-Cardia Rak želodca tveganja PLoS ONE 9 (3). e90008. doi: 10,1371 /journal.pone.0090008

Urednik: Xiaoping Miao, MOE Key Laboratorij za okolje in zdravje, šola za javno zdravje, Tongji Medical College, Huazhong univerza za znanost in tehnologijo, Kitajska

Prejeto: 11. december, 2013; Sprejeto: 25. januar 2014; Objavljeno: 4. marec 2014

Copyright: © 2014 Fan et al. To je odprtega dostopa članek razširja pod pogoji Creative Commons Attribution License, ki omogoča neomejeno uporabo, distribucijo in razmnoževanje v katerem koli mediju, pod pogojem, da prvotni avtor in vir knjižijo

Financiranje:. Ta študija je podprl projekt v Suzhou sklada za socialni razvoj (SS08047), Key Medical Department provinci Jiangsu v letu 2011. blagajnami imel nobene vloge pri oblikovanju študije, zbiranje in analizo podatkov, sklep, da se objavi, ali pripravi rokopisa.

konkurenčni interesi: avtorji so izjavili, da ne obstajajo konkurenčni interesi

Uvod

rak želodca (GC) je drugi najpogostejši vzrok smrti zaradi raka v svetu po pljučnega raka v letu 2010, čeprav smrti umrljivosti. so se v letu 2010 nekoliko zmanjšala s 774.000 v letu 1990 na približno 755000 [1], [2]. Epidemiološke študije so pokazale, da je okoljski dejavnik, vključno s hrano, kajenje tobaka, alkoholnih porabe in, še posebej, okužba s Helicobacter pylori so povezani z večjim tveganjem za GC [3], [4]. Kljub tem znanimi dejavniki tveganja, raziskovalci še vedno prepričan, da so genetski dejavniki, zlasti mononukleotidnih polimorfizmov (SNP), lahko igrajo pomembno vlogo pri tveganju, da posameznik za razvoj raka na želodcu, saj je le delček izpostavljenih posameznikov razvoj raka želodca [5] .

do sedaj, z vnaprej naslednje generacije transkriptomov sekvenciranja (RNA-naslednje), je prišlo do globoke premik v našem razumevanju celotnega niza transkripcijskih aberacij v bolezni, vključno s sodobnimi prepisov in nekodiran RNA (ncRNAs), ki niso merjeni po običajnih analizah [6] - [9]. Od vseh trenutno značilna razrede, ki kodirajo niso RNA molekule, ti so bili imenovani dolgo intervenira ncRNAs (lincRNAs) več kot 200 nukleotidov (nt), ki nimajo odprt bralni okvir in se ne prekrivajo kodiranja beljakovin gene [7], [10]. Skupine lincRNAs so dobro označena do neke mere in so dokazano povezana s pomembnimi celične procese, kot odtis, X kromosomov inaktivaciji, vzdrževanje pluripotency in transkripcijske ureditev [10] - [15]. Poleg tega so v vzponu dokaz dysregulated lincRNA izražanja v številnih raka pojavila lincRNA kot nov vidik biologije, s kažejo dokazi, da je pomembno vlogo pri vključevanju lincRNA v človeški tumorigeneze in metastaz [16], [17]. Dejansko je dobro opisano, na primer, HotAir
so proučevali prispevke za postopno napredovanje tumorigeneze [11], [18], ki poudarja vlogo lncRNAs v raka biologije. Poleg tega dolga nekodirano RNA MALAT1
(-metastaze, povezane pljučni adenokarcinom transkript 1), je pogosto misregulation in kot napovedni marker za različne človeške raka debelega črevesa, dojk in prostate [19] - [ ,,,0],22]. Kljub temu, da mehanizmi, povezane s specifično funkcijo lincRNAs v razvoj raka ni v celoti opisati.

V zadnjem desetletju, več nepristranskih genoma vsej društvene študije (GWAS) so razširili naše razumevanje genetskih variacij, povezanih z različnimi vrste bolezni in raka po visokih tehnologij pretovor [23]; Vendar vsaj ena tretjina opredeljenih variant so v presledkih, ki ne kodira [24]. V zadnjem času, dva GWAS je pokazala, da je več lokusov dovzetnost tveganja, ki so povezani z non-Cardia rak želodca (NCGC) tveganje v kitajskega prebivalstva. Bioinformatika Analiza je razkrila številne lincRNAs bližini teh lokusov. Poleg tega je nekaj ustrezne mononukleotidnih polimorfizmov (SNP), ki se nahajajo v exonic regijah lincRNAs, ki se lahko povezujejo z NCGC bilo ugotovljeno; Vendar je bil redko poročali povezava med genetskih razlik v lincRNAs eksonov in dovzetnost za raka.

V tej študiji smo predpostavili, da se lahko SNP v exonic regiji lincRNAs spremenila raven izražanja in s tem lahko prispeva k NCGC. Da bi preverila to hipotezo, smo izvedli študijo, ki temelji na bolnišnično primera za nadzor, da razišče povezave med temi SNP in občutljivost na NCGC v kitajskega prebivalstva.

Materiali in metode

Študijski predmeti

Vsi predmeti v tekočem študije so bili etnično homogena Han kitajski vključno z 438 bolniki NCGC in 727 zdravih kontrolah. Bolniki, ki so imeli operacijo na odvisnih bolnišnice v Soochow Univerze (Suzhou) je zaporedoma zaposlen od leta 2003 do leta 2009, s stopnjo odziva 94%. Bolniki, ki so bili iz mesta Suzhou in okoliških regijah, in ni bilo nobenih omejitev na starost, spol in histološki. Podrobnosti glede klinične značilnosti bolnikov, so povzeti v tabeli 1. tumor, vozlišče, metastaze (TNM) razvrstitev in tumor uprizoritve so bile ocenjene glede na 2002 Skupnega odbora Ameriškega za raka izvajalno sistema. Nadzor populacija so rak brez ljudi, ki živijo v Suzhou regiji; so bili izbrani iz prehranske anketi v istem obdobju, kot so bili zbrani primeri. Vzorci nadzora bili na voljo za nas iz predhodnih študij, ki so bile naključno izbrane iz baze podatkov sestavljen iz 3500 posameznikov, ki temelji na fizični pregled [25] - [27]. Meritev v serumu H. pylori imunoglobulina G pri bolnikih NCGC in kontrole smo določili z encimsko imunskim testom (ELISA). Ta študija je bila odobrena s medicinsko etiko z dne Soochow univerze. Vsi udeleženci so bili gensko nepovezanih etničnih Han Kitajci in nobena ni imela transfuzijo krvi v zadnjih 6 mesecih. Potem ko je privolitev pisno, je vsak udeleženec predvidena za intervju s strukturiranim vprašalnikom za zbiranje izbrane informacije in darovati 5 ml periferne krvi.

SNP Izbor

Vse objavljene literature Preiskovalna povezave med genetsko predispozicijo in NCGC tveganja so bili upravičeni. Iskali smo študij do avgusta 2013 z PubMed bazo podatkov in Web of Science. Ustrezne iskalni pojmi so bili "genom za celotno združenje študija", "GWAS", "NCGC", "želodčnega raka", "rak želodca" in "azijski". Smo tudi sami iskali referenčnih seznamov v izbranih izdelkih. Smo najprej izključiti nekaj člankov s skeniranjem naslove in povzetke študij, ki niso bile napisane v angleščini. Potem, ko je prebral celotno besedilo preostalih členih, smo identificirali končno vrsto študij. Vse izbrane študije izpolnjena naslednja merila: (1) izid preiskala je temeljila na GWAS v zvezi z NCGC pri ljudeh; (2) članki so bili objavljeni v angleškem jeziku; (3), zadnje raziskave so bili izbrani med prekrivajo podatke in podvajanje podatkov; (4) GWAS je bila izvedena s pomočjo tehnologije čip. Glavni kriteriji za izločitev so bili (1) pregledi, vaje, pisma, in uvodniki; (2) podvojenih podatkov; (3) Ne zasnova vsak primer nadzor; in (4) prekrivajo podatkov ali podatkov, ki so jih zadnjih poročilih dampinški. Dalje, smo scoured lokusov dovzetnost s GWAS identificiran za NCGC v izbranih izdelkih, so bili na koncu opredeljene 4 lincRNAs da ni prekrivajo z vsemi priznanimi genov v razponu 1-MB teh lokusov, v obe smeri (skupno dobo 2 MB) iz baze človekovih lincRNAs [28]. Poleg tega je bila Haploview programska oprema 4.2 uporablja za bioinformatika analizo haplotip bloka glede na podatke o Kitajski Han Peking (CHB) prebivalstva v HapMap (HapMap podatkov Release 27 faze II + III, februarja 2009, na skupščini NCBI B36, dbSNP B 126). Ti SNP z manjšimi alelov frekvencah več kot 5% v kitajskega prebivalstva je bila vzeta. Tam so bili trije haplotiski bloki v kitajskega prebivalstva (slika 1A). V SNP-haplotiski označevanje so bili izbrani s programsko opremo Haploview 4.2 programa Tagger; je bilo ugotovljeno, da je rs11752896, rs11752942, rs4714336 in rs4711631 zajela haplotip v polju 1 na 100% frekvenco (rs11752896 in rs11752942: D '= 1,0, r ^{2 = 1,0; rs11752896 in rs4714336: D' = 1,0, r 2 = 1,0; rs11752896 in rs4711631: D '= 1,0, r 2 = 1,0). Poleg tega rs2467950, rs2450764 in rs9312, rs8506 zajela haplotip v polju 1 na 100%, v tem zaporedju (rs2467950 in rs2450764: D '= 1,0, r 2 = 1,0; rs9312 in rs8506: D' = 1,0, r 2 = 1,0). SNP rs2304285 in rs2477757 zunaj blokov. Zato je bila SNP rs11752896, rs2467950, rs8506, rs2477757 in rs2304285 izbrana kot pet možnih funkcionalnih SNP v exonic izbranih lincRNAs je treba analizirati za njihovih združenj s tveganjem za raka na želodcu.}

genotipizacijo Analiza

genoma DNA je bila vzeta iz limfocitih periferne krvi študijskih predmetov. Alel-specifični MALDI-TOF masno spektrometrijo smo uporabili za genotip označevalce, ki se uporabljajo v regiji analize, kot je opisano predhodno [27], [29]. Skupno 60 vzorcev so bili naključno izbrani za neposredno sekvenciranje za potrditev rezultatov genotipizacije iz analize masno spektrometrično, in rezultati so bili v 100% sporazumu. Približno 10% vzorcev so bili naključno izbrani tudi za slepo ponovitev genotipizacijo brez predhodnega poznavanja prejšnjega rezultata genotipizacije ali status, da so primer in nadzor, in rezultati so bili v 100% sporazumu.

Cell Culture

293T ali HGC-27 celice so bile kupljene iz celične banke Type Culture Collection kitajske akademije znanosti, Shanghai Institute of Cell Biology, in so pasaže za manj kot 6 mesecev. Se 293T ali HGC-27 celice smo vzdrževali v DMEM z visoko glukozo (Gibco-BRL, Gaithersburg, MD, ZDA) ali RPMI 1640 mediju, dopolnjenem z 10% toplotno deaktiviranega fetalni goveji serum (Gibco-BRL, Gaithersburg, MD, ZDA) in 50 mg /ml streptomicina (Gibco-BRL, Gaithersburg, MD, USA) pri 37 ° C v prisotnosti 5% CO _2.

subceličnih Frakcioniranje

HGC- 27 celice gojimo v navlaženem inkubatorju za 2 dni. Za subceličnih frakcionirnimi poskuse, do 2 × 10 ^{smo uporabili 6 celic. Citosolskih in jedrske izvlečki iz celice raka dojke, so bili zbrani s pomočjo jedrske /citosolu frakcioniranja komplet (Biovision, ZDA) po navodilih proizvajalca.}

V-silico
Napoved Zložljive strukture, ki jih Rs8506G >induciranih , A LincRNA-NR_024015

Ker so nekatere strukture, bolj verjetno, da igrajo ključno vlogo pri bioloških funkcijah; Tako smo uporabili RNAfold in SNPfold algoritmov za napovedovanje domnevnega vpliva rs8506G > A na lokalnih zložljivih struktur lincRNA-NR_024015
z analizo 61-bp regije spremljevalni polimorfizem

Gradnja. Reporter plazmide

Dve reporter plazmidov, ki vsebujejo 160 bp lincRNA-NR_024015
ekson regija fragment spremljajočimi alel rs8506G ali rs8506A smo sintetizirali v Genewiz Company (Suzhou, Kitajska) in nato klonirali v psiCHECK- 2 osnovni vektor (Promega, Madison, WI) (slika 1B). Nastala izgradnjo s lincRNA-NR_024015
rs8506 SNP (psiCHECK-2-lincRNA-rs8506G in psiCHECK-2-lincRNA- rs8506A) je potrdila sekvenciranje.

prehodne Transfekcije in luciferaza Testi

Bioinformatika analiza je pokazala, da je rs8506G > polimorfizma poiščite na vezave mestu microRNA ima-miR-526b (http://snpinfo.niehs.nih.gov/). Pri tem so bili uporabljeni posnema in zaviralci ima-pokoj-526b (GenePharma Co, Shanghai) analizirati vpliv ima-pokoj-526b na psiCHECK-2-lincRNA-rs8506 reporterski geni in vitro
. Se 293T ali HGC-27 celice smo zasejali v 24-vdolbinami (1 x 10 ^{5 celic na jamico) in kultiviramo na 60-70% konfluence pred transfekciji; Celice smo nato transfektirali z reporterskih plazmidov zgoraj pomočjo Lipofectamine 2000 (Invitrogen, CA, ZDA), kot je opisana predhodno opisanih [25]. V vsaki dobro smo sočasno transfekcijo izvedemo z uporabo 800 ng konstruirane plazmidne DNA in 0, 1 ali 40 pmol microRNA vstopi-miR-526b posnema (Shanghai GenePharma Co., Ltd.) in z ali brez 40 pmol poka-MIR inhibitor -526b, v skladu z navodili proizvajalca. Luciferazno aktivnost izmerjena z dvojno-luciferazni Reporter testnem sistemu (Promega, Madison, WI, ZDA) z uporabo TD-20/20 luminometer (Turner Biosystems, Sunnyvale, Kalifornija, ZDA), ter rezultate smo normalizirali glede na aktivnost Renilla
luciferazni gen. Vsaka skupina vključena 6 ponovitev, in smo izvedli neodvisni trojnih poskusov.}

Expression Vector Gradbena

Da bi še dodatno preučiti vlogo lincRNA-NR_024015
in napredovanje raka, za čas celotnega cDNA dolžina lincRNA-NR_024015
zatočišča rs8506G in rs8506A alelov smo sintetizirali v Genewiz Company (Suzhou, Kitajska) in nato klonirali v vektorjev pcDNA3.1. Nastala konstrukt z lincRNA-NR_024015
rs8506 SNP (pcDNA-lincRNA-rs8506G in pcDNA-lincRNA-rs8506A) je potrdila sekvenciranje.

RNA Izolacija in kvantitativne RT-PCR analizo

dvaintrideset osebki NCGC tkiva smo pridobili s pomočjo biopsije posameznih bolnikov in shranimo pri -80 ° C pred analizo. Total RNA je bila pridobljena iz teh rakavih tkiv z TRIzola reagenta (Molecular Research Center, Inc). cDNA smo ustvarili s mRNA z naključnim primerja in Nadpisano II (Invitrogen) po protokolu proizvajalca. Realnem času kvantitativne verižne reakcije s polimerazo (RT-PCR) je bila izvedena za količinsko relativno izražanje genov za lincRNA-NR_024015
, s sistemom ABI Prism 7500 zaporedno detekcije (Applied Biosystems), ki temelji na SYBR-zelena metoda, in GAPDH
je bila uporabljena kot notranji referenčnega gena v vsaki reakciji.

Cell Vidnost Vsebnost

v 96-dobro, ravnim dnom plošče (BD Biosciences, Bedford , MA), 100 ml celice HGC-27 kotransfektiramo z pcDNA-lincRNA-rs8506SNP in ima-miR-526b ali nadzor so alikvote v vsako dobro. viabilnost celic smo merili, ki jih mobilni štetje Kit-8 (CCK-8) (Dojindo Laboratory, Kumamoto, Japonska), ki temelji na navodilih proizvajalca.

Statistična analiza

The razlike v distribuciji v izbrano demografske spremenljivke med primerov in kontrol, kakor tudi alelov in genotipov je ocenil dvostranskih testov-chi kvadrat. Brezpogojne Logistični regresijski modeli so bili uporabljeni za oceno združenja genotipov SNP s tveganjem za raka na želodcu, ki ga razmerij obetov (OR) in njihove 95% intervali zaupanja (CIS), sledijo analize stratifikacije glede na starost, spol, kajenje in stanje pitno. Model logistične regresije je bila uporabljena v preskusu trend, kot tudi za oceno potencialnega multiplikativno in aditiv gen-gen in okoljske interakcije faktorjev. Poleg tega so bili podatki nadalje razdeljeni glede podskupin spremenljivk kliniko-patoloških. Statistični moč je bila izračunana z uporabo programske opreme PS (http://biostat.mc.vanderbilt.edu/twiki/bin/view/Main/PowerSampleSize, dostopna 14. december 2010). Enosmerna ANOVA testu je bila uporabljena za oceno vpliva različnih SNP na lincRNA-NR_024015
Prepis izražanja. Vsi testi so bili obojestransko s pomočjo programske opreme SAS (različica 9.1; SAS Institute, Cary, NC, ZDA). A P
. ≪ 0,05 je bila uporabljena kot merilo za statistične pomembnosti

Rezultati

genotipi in tveganja Non-Cardia želodca raka

V ta študija, je bilo pet SNP genotipizacijo med primeri in kontrolami. Kot je prikazano v tabeli 2, so opazili bistveno povezanost z NCGC tveganje za rs8506G > a. Natančneje, rezultati genotipizacije so pokazali, da v primerjavi z rs8506GG ali genotipom AG, lincRNA-NR_024015
rs8506AA prevoznik je bistveno povezan s tveganjem, ki niso Cardia raka želodca (prilagojeno razmerje obetov [OR] = 1,56, 95% CI = 1,03-2,39). Poleg tega so bili pregledani ni bistvenih razlik v drugih štirih SNP ( P
> 0,05). Tako lahko sklepamo, da je genetsko varianto rs8506G >. A polimorfizem v lincRNA-NR_024015
predvaja bistveno vlogo pri posredovanju tveganje NCGC

stratifikacija Analiza Rs8506G > genotipi in tveganje za NCGC

smo dodatno izvedli analizo stratifikacije združenj, med variantnih genotipov in tveganje NCGC s podskupin clinicopathological značilnosti NCGC v tej študiji. Kot je prikazano v tabeli 3, so ugotovili značilno povezavo med variantne genotipov in tveganjem NCGC pri osebah s kajenjem (popravljeni OR = 2,48, 95% CI = 1,63-3,78, test homogenosti P
= 0,001) , kar kaže, da je kajenje modulira pridružitvi med lincRNA-NR_024015
rs8506G > varianta genotipov in tveganje NCGC. Ni pomembno združenje je bilo v drugih podskupinah.

Cellular Karakterizacija LincRNA-NR_024015

Ravni kontrolnega prepisa jedrske ( U6
), citoplazme nadzor Prepis ( GAPDH
mRNA) in lincRNA-NR_024015
ocenil RT-qPCR v jedrskih in citoplazme frakcij HGC-27 celic, oz. Rezultati so pokazali, da je GAPDH
mRNA bila odkrita samo v citoplazemski frakcijo, medtem ko jedro-obdrži U6
je pretežno nahaja v jedrskem frakciji. In lincRNA-NR_024015
izraz je pretežno citoplazme (slika 1B)

V-silico
Analiza Učinek Rs8506G >. A LincRNA-NR_024015
Folding

z RNAfold in SNPfold algoritmov v in-silico
analizo, smo napovedali lokalne strukturne spremembe lincRNA-NR_024015
Avtor je rs8506G >povzročajo; A polimorfizem, ki se nahaja v exonic regija lincRNA-NR_024015
. Kot je prikazano na sliki 1C in D, rezultati kažejo, da G do A osnovno spremembo rs8506G > Neposredno vpliva na zlaganje lincRNA-NR_024015
, ki lahko vplivajo na vezavno mesto za microRNA. To lahko nato vpliva na lincRNA-NR_024015
izražanje genov

Rs8506G >. A genotipi Influence LincRNA-NR_024015
Expression jih moti vezavo je-MIR-526b in vitro

Dve luciferaza reporterski gen konstrukti vsebuje rs8506G ali A alelov smo testirali s prehodno kotransfektiranjem s posnemajo in zaviralec ima-MIR-526b, ki so bili temelječ vezavo na rs8506G > A polimorfne stran z analizo bioinformatiki. Rezultat luciferazne aktivnosti so pokazali, da ima-miR-526b celice HEG-27 prehodno sočasno transficirane posnema in gradnjo vsebuje alel rs8506G razstavljen bistveno zmanjša luciferazno aktivnost, v odvisnosti od koncentracije, in ima-miR-526b občutno zaviralci obrne in molekul svoje dejavnosti. Vendar pa ni bilo opaziti očitna sprememba za reporterski gen z A alel zdravljeni z je-miR-526b posnema ali zaviralci ( P
> 0,05) (slika 2A). Opazili so tudi enake rezultate, če so bili ti poskusi ponoviti z 293T celice (Slika 2b)

Združenje Rs8506G > a. genotipi z LincRNA-NR_024015
Expression

Zbrali smo 32 tumor tkiva iz nezdravljenih bolnikov NCGC z različnih genotipov in izvedli PCR v realnem času za oceno učinkov lincRNA-NR_024015
rs8506G > odgovori o lincRNA-NR_024015
izražanja. Rezultat je pokazal, da bolniki z genotipom rs8506AG in rs8506AA izraženih precej višja lincRNA-NR_024015
nivoji mRNA (povprečje ± SEM) v primerjavi s prevozniki rs8506GG genotipa (AG: 0,029 ± 0,005; AA: 0,040 ± 0,005; GG: 0,019 ± 0,004; P
= 0,023), kot je prikazano na sliki 2C

Vpliv Mirna odvisna od Ureditev LincRNA-NR_024015
izražanja na mobilni širjenju.

dodatno raziskati, ali je lincRNA-NR_024015
rs8506G > A genotipi imajo učinke na celično proliferacijo v vitro
. Kot je pokazala na sliki 2D, lincRNA-NR_024015
izraz po 24 urah transfekciji v celicah prehodno sočasno transfekciji s pcDNA-lincRNA-rs8506G zmanjšala in je-MIR-526b v primerjavi s tistimi, ki so-transfekciji s pcDNA-lincRNA- rs8506A in ima-miR-526b ( P
< 0,001). Celice z zmanjšano izražanje lincRNA-NR_024015
imel šibko rast celic v primerjavi s celicami transfekciji s pcDNA-lincRNA-rs8506A in ima-MIR-526b od 2. dan ( P
= 0,004 ) (slika 2E)

Dicussion

v tej študiji primerov in kontrol, ki temeljijo na bolnišničnih vsebuje skupno 438 bolnikov in 727 zdravih kontrol, naša skupina ugotovila, da je rs8506G >. a je povezan z tveganja NCGC. Naši podatki so pokazali, da subjekti, ki prevažajo rs8506AG in rs8506AA genotipov znatno povečano tveganje za NCGC primerjavi z GG genotipom ( P
< 0,05). Poleg tega se je izkazalo, da je bil velik učinek tveganje tega polimorfizma bolj izrazit pri kadilcih. Kolikor nam je znano, da je to prva študija za celovito oceniti povezavo med variant v exonic za lincRNA in tveganja NCGC.

Kot drugo skupino regulatornih nekodirano RNA, lincRNAs, so pred kratkim preselila v ospredju nekodirano študija RNA. Te mRNA podobne molekule, nimajo znatno odprt bralni okvir, so na splošno omejena, spojeni in Poliadenilirano bili vpleteni v številne celične procese, kot so jedrska arhitekture, regulacijo genskega izražanja, imunskem nadzoru ali embrionalnih izvornih celic pluripotency. Peščica študije so pokazale, lincRNAs pojavila kot nov vidik biologije pri različnih bolezenskih stanjih, in spremembe v stopnjah izražanja v lincRNAs lahko prispevajo k raku biologije na transkripcijskih, post-transkripcijskih in epigenetske ravni [18], [30] - [32]. Ena vidno lincRNA, ANRIL
, so funkcionalno vpleten v napredovanju raka, običajno zatiranje epigenetsko izražanje genov preko vezave na in zaposlovanju kromatina spreminjanje komplekse [33], [34]. Še en znan primer je lincRNA, GAS5
; genetske aberacije v tem lincRNA locus so našli v več vrst tumorjev, vključno melanoma, raka dojke in prostate raka [35] - [37]. Te linije dokazi pomen lincRNAs v celični biologiji in onkogenezo. Pred kratkim so dva GWASs poročali podskupino NCGC občutljivosti lokusov (5p13.1, 3q13.31, 8q24.3, 6p21.1 in 7p15.3), ki je povezan z razvojem NCGC. Bioinformatika analiza je pokazala več lincRNAs zaprt teh lokusov. Poleg tega so bile ugotovljene številne pomembne mononukleotidnih polimorfizmov (SNP), ki se nahajajo v exonic regijah lincRNAs, ki se lahko povezujejo z NCGC. Kot smo vsi znani, v zadnjem desetletju, z razpoložljivostjo velikih RNA sekvenciranje, je zdaj postala izredno jasno, da je na tisoče, povezanih z boleznijo genskih variant prebival zunaj genov ali celo v prepisih nekodiranih so že bila pridobljena s genom projekt pri sesalcih [24]. Nedavne vzponu dokazi so pokazale, povezava med SNP prebival v lincRNAs in človeških rakavih obolenj. Na primer, na podlagi podatkov iz genomov 1000, Guangfu Jin in kolege so ugotovili, da so regije lncRNA gostoto SNP podobno regij, ki kodirajo proteine ​​in nadalje obrazloženi v SNP, povezanih z fenotip GWAS poročali na lncRNA regije lahko prispeva k prostate tveganja [ ,,,0],38]. Ena Nedavna študija tudi poročali, da je genetski polimorfizem v lincRNA-uc003opf.1
gena povezana s povečanim tveganjem za razvoj esophageal ploščatocelični karcinom kitajskega prebivalstva [39]. Kolektivno, naše sedanje študija je v skladu s prejšnjimi rezultati so pokazali, da je lincRNA-NR_024015
je zmerno bolj bogat v citoplazmi kot v jedru frakcioniranih želodca rakavih celic, kar kaže, da je funkcija tega lincRNAs deluje v citoplazmi . Naši rezultati zagotovil trdne dokaze, ki podpirajo hipotezo za citoplazemske ureditev, v kateri je lincRNA-NR_024015
rs8506G >. SNP lahko vpliva na izražanje tega lincRNA s spremembo vezavno mesto za je-pokoj-526b

v tej študiji je naš rezultat zveze med genetskega polimorfizma v exonic regijah z lincRNA in dovzetnosti za NCGC bila najprej pridobljena na kitajske populacije. Sorazmerno velike velikosti vzorcev, ki se uporabljajo zmanjšala velikost najbolj oddaljenih regij, ki jih je mogoče odkriti statistično. Poleg tega smo dosegli študijski moč več kot 90% (dvostranski preizkus, alfa = 0,05), v odkrivanja ali 1,28 za rs8506AG + AA genotipov (ki se pojavijo pri frekvenci 42,5% med nadzora), v primerjavi z rs8506GG genotip. Predvsem združenje je biološko verjetna in je v skladu z ugotovitvami naših funkcionalnih študij.

Na koncu je ta študija pod pogojem, prvi dokaz, da genetski polimorfizmi v exonic regijah lincRNAs igrajo ključno vlogo pri posredovanju posameznika dovzetnost za NCGC. Naši rezultati še naprej podpirajo hipotezo, da lahko genetske variante v lincRNA exonic regijah vplival-microRNA posredovano ureditev in povezano s tveganjem GC. Naše ugotovitve upravičujejo potrditev v večjih, najbolje temeljijo na prebivalstvu, študije primerov in kontrol, kot tudi z dobro zasnovanih raziskavah mehanizma.

• Plos ONE: Laparoskopska Spleen-Ohranjanje vranice hilar Lymphadenectomy s Po Perigastric odbijači in Intrafascial prostora za napredno Zgornja tretjina želodca Cancer
• Plos ONE: CpG Island Methylator cvasti, Helicobacter pylori, Epstein-Barr virus, in mikrosatelitskih Nestabilnost in Prognoza želodčnega raka: sistematični pregled in metaanaliza