PLOS ONE: Le a-miR-526b Reliure-Site rs8506G > Un polymorphisme dans le lincRNA-NR_024015 Exon Identifié par Gwäss prédisposer à la non-Cardia cancer gastrique Risk

Résumé

de cancer gastrique, y compris le cardia et non types -cardia est la deuxième cause fréquente de décès liés au cancer dans le monde entier. Un sous-ensemble de non-cardia cancer gastrique susceptibilité génétique loci ont été abordés entre l'Asie grâce à des études d'association pangénomique (Gwäss). Cette étude était d'évaluer les effets des polymorphismes nucléotidiques simples (SNP) de longs ARN non codantes intergéniques (lincRNAs) sur la non-cardia susceptibilité au cancer gastrique chez les populations chinoises. Nous avons choisi de longues ARNs intergéniques non codantes (lincRNAs) situés dans la non-cardia cancer gastrique loci sur les risques et identifié 10 SNP situés dans les régions d'exons lincRNA. Nous avons examiné si les polymorphismes génétiques dans les exons lincRNAs sont associés à un risque de cancer gastrique non-cardia chez 438 patients atteints de cancer gastrique non-cardia et 727 sujets témoins dans les populations chinoises par régression logistique. pertinence fonctionnelle a ensuite été examiné par des analyses biochimiques. Nous avons constaté que le support de rs8506AA de lincRNA-NR_024015 était significativement associée à un risque de cancer gastrique non-cardia (odds ratio ajusté [OR] = 1,56, IC à 95% = 1,03 à 2,39, par rapport à l'AG de rs8506 ou GG . génotype Une analyse plus poussée de la stratification a montré que l'effet du risque a été plus prononcée dans les sous-groupes de fumeurs ( P
= 0,001) l'analyse biochimique a démontré que le G à un changement de base à rs8506G >. A perturbe le site de liaison pour a- . miR-526b, influençant ainsi l'activité transcriptionnelle de lincRNA-NR_024015
et affectant la prolifération cellulaire Notre étude actuelle a établi une association robuste entre le rs8506G > un polymorphisme dans l'exon
lincRNA-NR_024015 et le risque de cancer gastrique non-cardia

Citation: Fan QH, Yu R, Huang WX, Cui XX, Luo BH, Zhang LY (2014) l'a-miR-526b Reliure-site rs8506G > Un polymorphisme. dans le lincRNA-NR_024015
Exon identifié par Gwäss prédisposer à la non-Cardia gastrique risque de cancer PLoS ONE 9 (3):. e90008. doi: 10.1371 /journal.pone.0090008

Editeur: Xiaoping Miao, MEO Laboratoire clé de l'environnement et la santé, École de santé publique, Tongji Medical College, Université Huazhong des Sciences et de la technologie, la Chine

reçu le 11 Décembre 2013; Accepté le 25 Janvier 2014; Publié 4 Mars, 2014

Droit d'auteur: © 2014 Fan et al. Ceci est un article en accès libre distribué sous les termes de la licence Creative Commons Attribution, qui permet une utilisation sans restriction, la distribution et la reproduction sur tout support, à condition que l'auteur et la source originelle sont crédités

Financement:. Cette étude a été soutenu par le projet Fonds de développement social Suzhou (SS08047), service médical clé de la province du Jiangsu en 2011. les bailleurs de fonds n'a joué aucun rôle dans la conception de l'étude, la collecte et l'analyse des données, la décision de publier, ou de la préparation du manuscrit.

intérêts concurrents: les auteurs ont déclaré aucun conflit d'intérêts existent

le cancer gastrique introduction (GC) est la deuxième cause de décès par cancer dans le monde après le cancer du poumon en 2010, bien que les décès de mortalité. ont légèrement diminué, passant de 774.000 en 1990 à environ 755.000 en 2010 [1], [2]. Des études épidémiologiques ont montré que le facteur environnemental, y compris l'alimentation, le tabagisme, les consommations alcoolisées et, en particulier, l'infection par Helicobacter pylori est associée à un risque plus élevé pour GC [3], [4]. En dépit de ces facteurs de risque reconnus, les chercheurs encore convaincus que les facteurs génétiques, en particulier des polymorphismes nucléotidiques simples (SNP), sont susceptibles de jouer un rôle essentiel dans le risque de développer un cancer gastrique d'un individu ne représente qu'une fraction des personnes exposées à développer un cancer gastrique [5] .

à ce jour, avec l'avance de séquençage du transcriptome de la prochaine génération (ARN-Seq), il y a eu un profond changement dans notre compréhension de l'ensemble des aberrations de transcription dans une maladie, y compris les nouveaux relevés de notes et non codante ARNs (ARNnc) non mesurés par les analyses conventionnelles [6] - [9]. De toutes les classes actuellement caractérisées de codantes non ARNs molécules, celles-ci ont été appelés à long intervenir ncRNAs (lincRNAs) plus de 200 nucléotides (nt) qui sont le manque d'un cadre de lecture ouvert et ne se chevauchent pas les gènes codant pour des protéines [7], [dix]. Des groupes de lincRNAs ont été bien caractérisés dans une certaine mesure et démontré en corrélation avec les processus importants cellulaires tels que imprinting, inactivation du chromosome X, l'entretien de la pluripotence, et régulation de la transcription [10] - [15]. En outre, de nouvelles preuves de l'expression lincRNA dérégulée dans de nombreux cancers sont apparus lincRNA comme un nouvel aspect de la biologie, avec des preuves suggérant que un rôle majeur pour l'implication des lincRNA dans la tumorigenèse humaine et les métastases [16], [17]. En effet, un exemple bien décrit, Hotair
ont été étudiées les contributions à la progression graduelle de la tumorigenèse [11], [18], mettant en évidence le rôle de lncRNAs dans la biologie du cancer. En outre, l'ARN longue non codante MALAT1
(poumon transcript d'adénocarcinome métastatique associé 1), est misregulation fréquente et en tant que marqueur prédictif pour une variété de cancers humains du côlon, du sein et de la prostate [19] - [ ,,,0],22]. Néanmoins, les mécanismes sous-jacents de la fonction spécifique de lincRNAs dans le développement du cancer n'a pas été complètement délimitée.

Dans la dernière décennie, plusieurs impartiales études d'association pangénomique (GWAS) ont élargi notre compréhension des variations génétiques liées à différents types de maladies et de cancers par des technologies à haut débit [23]; cependant, au moins un tiers des variants identifiés sont dans un intervalle de non-codants [24]. Récemment, deux GWAS a révélé que plusieurs loci de risque de susceptibilité qui sont associés à la non-cardia cancer gastrique (CCRE) risque dans une population chinoise. l'analyse bioinformatique a découvert de nombreux lincRNAs à proximité de ces loci. En outre, plusieurs polymorphismes pertinents nucléotidiques simples (SNP) situés dans les régions d'exons de lincRNAs qui peuvent associer à CCRE ont été identifiés; Cependant, l'association entre les variations génétiques dans les exons lincRNAs et la prédisposition au cancer a rarement été rapportée.

Dans la présente étude, nous avons émis l'hypothèse que les SNP dans la région exonique de lincRNAs peut modifié les niveaux d'expression et, partant, peut contribuer à CCRE. Pour tester cette hypothèse, nous avons mené une étude cas-témoins en milieu hospitalier pour enquêter sur les associations entre ces SNP et la susceptibilité à CCRE dans une population chinoise.

Matériaux et

Sujets d'étude de méthodes

Tous les sujets de l'étude actuelle étaient ethniquement homogènes Chinois Han y compris 438 patients CCRE et 727 témoins sains. Les patients ayant subi une chirurgie dans les hôpitaux affiliés de l'Université Soochow (Suzhou) ont été recrutés consécutivement 2003 à 2009, avec un taux de 94% de réponse. Les patients étaient de la ville de Suzhou et ses régions environnantes, et il n'y avait pas de restrictions âge, le sexe et l'histologie. Les détails concernant les caractéristiques cliniques des patients sont résumées dans le tableau 1. La tumeur, noeud, métastases (TNM) la classification et la tumeur mise en scène ont été évalués en fonction de l'American Joint Committee 2002 sur le système de stadification du cancer. contrôles de population étaient des personnes sans cancer vivant dans la région de Suzhou; ils ont été sélectionnés à partir d'une enquête nutritionnelle menée dans la même période que les cas ont été recueillies. Les échantillons témoins ont été mis à notre disposition des études antérieures qui ont été sélectionnées au hasard à partir d'une base de données constituée de 3500 individus sur la base d'un examen physique [25] - [27]. La valeur mesurée pour le sérum H.pylori immunoglobuline G chez les patients et les témoins NCGC a été déterminée par un dosage immuno-enzymatique (ELISA). Cette étude a été approuvée par le comité d'éthique médicale de l'Université Soochow. Tous les participants étaient génétiquement sans rapport ethniques chinois Han et aucun n'a eu une transfusion sanguine au cours des 6 derniers mois. Après avoir donné un consentement éclairé, chaque participant a été prévue pour une entrevue avec un questionnaire structuré pour recueillir des informations sélectionnées, et de faire un don de 5 ml de sang périphérique.

SNP Selection

Tous les documents publiés enquête sur une association entre la susceptibilité génétique et le risque CCRE étaient admissibles. Nous avons cherché des études jusqu'à Août 2013 en utilisant la base de données PubMed et Web of Science. termes de recherche pertinents étaient "étude de l'ensemble du génome association", "GWAS", "CCRE", "cancer de l'estomac", "cancer de l'estomac", et "asiatique". Nous avons également recherché manuellement les listes de références dans les articles sélectionnés. Nous tout d'abord exclu certains articles en balayant les titres et les résumés des études qui ne sont pas écrits en anglais. Puis, après avoir lu le texte intégral des articles restants, nous avons identifié un ensemble final d'études. Toutes les études sélectionnées répondent aux critères suivants: (1) le résultat en question a été basé sur GWAS par rapport à CCRE chez l'homme; (2) les articles ont été publiés en anglais; (3) les dernières études ont été sélectionnées parmi les données qui se chevauchent et les données dupliquées; (4) GWAS a été réalisée en utilisant la technologie de la puce. Les principaux critères d'exclusion étaient (1) avis, des tutoriels, des lettres et des éditoriaux; (2) dupliquer les données; (3) pas de cas-témoins; et (4) chevauchant des données ou des données sous-évaluées par les derniers rapports. Ensuite, nous avons parcouru les loci de susceptibilité identifié par GWAS pour CCRE dans les articles sélectionnés, 4 lincRNAs qui ne se chevauchent pas avec des gènes reconnus dans une gamme de 1 Mo de ces loci, dans les deux sens (une durée totale de 2 Mo) ont finalement été identifiés à partir de la base de données lincRNAs humaines [28]. En outre, le logiciel Haploview 4.2 a été utilisé pour l'analyse bioinformatique du bloc haplotype basé sur les Chinois Han de Pékin (CHB) des données de population dans HapMap (HapMap diffusion des données 27 Phase II + III, Février 2009, sur l'ensemble NCBI B36, dbSNP b126). Ces SNP avec la fréquence des allèles mineurs de plus de 5% dans la population chinoise a été extraite. Il y avait trois blocs d'haplotypes dans la population chinoise (figure 1A). Les SNP haplotype-tagging ont été sélectionnés avec le logiciel Haploview 4.2 du programme Tagger; il a été constaté que le rs11752896, rs11752942, rs4714336 et rs4711631 couverts l'haplotype dans le bloc 1, à une fréquence de 100% (de rs11752896 et rs11752942: D '= 1.0, r ^{2 = 1,0; rs11752896 et rs4714336: D' = 1,0, r 2 = 1,0; rs11752896 et rs4711631: D '= 1.0, r 2 = 1,0). En outre, rs2467950, rs2450764 et rs9312, rs8506 couvert l'haplotype dans le bloc 1 à 100%, respectivement (rs2467950 et rs2450764: D '= 1.0, r 2 = 1,0; rs9312 et rs8506: D' = 1.0, r 2 = 1,0). rs2304285 et rs2477757 SNP sont en dehors des blocs. Par conséquent, le SNP rs11752896, rs2467950, rs8506, rs2477757 et rs2304285 ont été choisis comme cinq SNP fonctionnels potentiels dans le exonique des lincRNAs sélectionnés pour être analysés pour leurs associations avec le risque de cancer de l'estomac.}

Analyse génotypage

ADN génomique a été extrait à partir de lymphocytes du sang périphérique des sujets de l'étude. MALDI-TOF allèle-spécifique a été utilisée pour génotyper les marqueurs utilisés dans l'association d'analyses, comme décrit précédemment [27], [29]. Un total de 60 échantillons ont été choisis au hasard pour le séquençage direct pour confirmer les résultats de génotypage de l'analyse par spectrométrie de masse, et les résultats étaient en accord à 100%. Environ 10% des échantillons ont également été choisis au hasard pour une répétition aveugle du génotypage sans connaissance préalable du résultat de génotypage précédent ou le statut d'être un cas et de contrôle, et les résultats étaient en accord à 100%.

cellules de culture cellulaire

le 293T ou HGC-27 ont été achetés à partir de la banque de cellules de type Culture Collection de l'Académie chinoise des sciences, Institut de Shanghai de biologie cellulaire, et ont été repiquées pendant moins de 6 mois. Les cellules 293T ou HGC-27 ont été maintenues dans DMEM à haute glucose (Gibco-BRL, Gaithersburg, MD, USA) ou du milieu RPMI 1640 additionné de 10% inactivé par la chaleur du sérum de veau fœtal (Gibco-BRL, Gaithersburg, MD, USA) et 50 pg /ml de streptomycine (Gibco-BRL, Gaithersburg, MD, USA) à 37 ° C en présence de 5% de CO _2.

Subcellular Fractionnement

HGC- 27 cellules ont été cultivées dans un incubateur humidifié pendant 2 jours. Pour les expériences de fractionnement subcellulaire, jusqu'à 2 × 10 ^{6 cellules ont été utilisées. Cytosoliques et nucléaires extraits de cellules de cancer du sein ont été recueillies à l'aide d'un kit nucléaire /cytosol Fractionnement (Biovision, USA) selon les instructions du fabricant.}

In-silico
Prédiction des Structures repliement induit par Rs8506G > A dans LincRNA-NR_024015

Comme certaines structures sont plus susceptibles de jouer un rôle clé dans les fonctions biologiques; donc nous avons utilisé des algorithmes rnafold et SNPfold pour prédire l'influence supposée de rs8506G > A sur les structures de pliage locales de lincRNA-NR_024015
en analysant les régions de 61 pb flanquant le polymorphisme

Construction de. Reporter plasmides

Deux plasmides rapporteurs contenant 160 pb lincRNA-NR_024015 de fragment de région exon flanquant l'allèle rs8506G ou rs8506A ont été synthétisés par la Société Genewiz (Suzhou, Chine), puis clonées dans le psiCHECK- 2 vecteur de base (Promega, Madison, WI) (figure 1B). La construction résultante avec lincRNA-NR_024015
rs8506 SNP (psiCHECK-2-lincRNA-rs8506G et psiCHECK-2-lincRNA- rs8506A) a été confirmée par séquençage.

Transient transfections et luciférase Assays

analyse bioinformatique a révélé que le rs8506G > Un polymorphisme localiser au site de liaison de microRNA a-miR-526b (http://snpinfo.niehs.nih.gov/). De ce fait, les mimiques et les inhibiteurs de has-miR-526b (GenePharma Co, Shanghai) ont été appliquées pour analyser l'effet de a-miR-526b sur psiCHECK-2-lincRNA-rs8506 gènes rapporteurs in vitro
. Les cellules 293T ou HGC-27 ont été ensemencées dans des plaques à 24 puits (1 x 10 ^{5 cellules par puits) et cultivées jusqu'à 60 à 70% de confluence avant la transfection; cellules ont ensuite été transfectées avec les plasmides rapporteurs décrits ci-dessus en utilisant Lipofectamine 2000 (Invitrogen, CA, USA) comme décrit précédemment [25]. Dans chaque puits mimétiques, la co-transfection a été réalisée en utilisant 800 ng d'ADN de plasmide construit et 0, 1 ou 40 pmol de microARN miR-a-526B (Shanghai GenePharma Co., Ltd.), et avec ou sans 40 pmol a-miR un inhibiteur de -526b, selon les instructions du fabricant. L'activité luciférase a été mesurée avec le Dual-Luciferase système de dosage de Reporter (Promega, Madison, WI, USA) en utilisant un 20 TD-/20 luminomètre (Turner Biosystems, Sunnyvale, CA, USA), et les résultats ont été normalisés contre l'activité de Renilla
gène de la luciférase. Chaque groupe comprenait 6 répétitions, et les expériences en triple indépendantes ont été réalisées.}

Expression Vector Construction

Pour étudier davantage le rôle de lincRNA-NR_024015
dans la progression du cancer, le plein ADNc de longueur de lincRNA-NR_024015
hébergement rs8506G et allèles rs8506A ont été synthétisés par la Société Genewiz (Suzhou, Chine) et ensuite clone dans les vecteurs pcDNA3.1. La construction résultante avec lincRNA-NR_024015
rs8506 SNP (pcDNA-lincRNA-rs8506G et pcDNA-lincRNA-rs8506A) a été confirmée par séquençage.

Isolement de l'ARN et l'analyse RT-PCR quantitative

Trente-deux des échantillons de tissus ont été obtenus NCGC à partir de biopsies de patients individuels et stockées à -80 ° C avant analyse. L'ARN total a été obtenu à partir de ces tissus cancéreux avec le réactif Trizol (Molecular Research Center, Inc). L'ADNc a été généré à partir d'ARNm en utilisant l'amorce aléatoire et Superscript II (Invitrogen) selon le protocole du fabricant. En temps réel polymérase quantitative réaction en chaîne (RT-PCR) a été réalisée pour quantifier l'expression génique relative de lincRNA-NR_024015
, en utilisant un système ABI Prism 7500 de la séquence de détection (Applied Biosystems) selon le SYBR-green méthode, et GAPDH
a été utilisé comme un gène de référence interne dans chaque réaction.

cellule Visibilité Assay

dans 96 puits, des plaques à fond plat (BD Biosciences, Bedford , MA), 100 ul HGC-27 cellules cotransfectées avec pcDNA-lincRNA-rs8506SNP et a-miR-526b ou de contrôle ont été aliquotes dans chaque puits. La viabilité cellulaire a été mesurée par Cell Counting Kit-8 (CCK-8) (Dojindo Laboratory, Kumamoto, Japon) sur la base des instructions du fabricant.

Analyse statistique

Les différences dans les distributions de sélectionné variables démographiques entre les cas et les contrôles, ainsi que les fréquences alléliques et génotypiques ont été évalués par des tests de chi-carré recto-verso. modèles de régression logistique inconditionnelles ont été utilisés pour estimer les associations de génotypes de SNP avec le risque de cancer de l'estomac par les odds ratios (OR) et leurs intervalles de 95% de confiance (IC), suivie d'une analyse de la stratification par âge, le sexe, le tabagisme et l'état de consommation d'alcool. un modèle de régression logistique a été utilisée dans le test de tendance, ainsi que d'évaluer le gène-gène multiplicatif et additif potentiel et les interactions des facteurs génétiques-environnementaux. De plus, les données ont ensuite été stratifiés par des sous-groupes des variables cliniques pathologiques. La puissance statistique a été calculé en appliquant le logiciel PS (http://biostat.mc.vanderbilt.edu/twiki/bin/view/Main/PowerSampleSize, consulté le 14 décembre 2010). One-way test ANOVA a été utilisé pour évaluer l'effet de différents SNP sur la transcription expression
lincRNA-NR_024015. Tous les tests étaient deux côtés à l'aide du logiciel SAS (version 9.1; SAS Institute, Cary, NC, USA). A P
<. 0,05 a été utilisé comme critère de signification statistique

Résultats

Génotypes et risque de non-cardia cancer gastrique

Dans le présente étude, cinq SNP ont été génotypés entre les cas et les témoins. Comme le montre le tableau 2, une association significative avec un risque CCRE a été observée pour rs8506G > A. Plus précisément, les résultats de génotypage ont montré que par rapport à la rs8506GG ou AG génotype, Transporteur rs8506AA de lincRNA-NR_024015 était significativement associé à un risque de cancer gastrique non-cardia (odds ratio ajusté [OR] = 1,56, 95% IC = 1,03 à 2,39). En outre, aucune différence significative n'a été examiné dans les quatre autres SNP ( P
> 0,05). Ainsi, nous pourrions conclure que la variante génétique rs8506G >. Un polymorphisme dans lincRNA-NR_024015
joue un rôle significativement dans la médiation du risque de CCRE

Stratification Analyse des Rs8506G > A Génotypes et risque de CCRE

Nous avons également procédé à une analyse de la stratification des associations entre des variantes de génotypes et risque de CCRE par sous-groupes de caractéristiques clinico de CCRE dans cette étude. Comme le montre le tableau 3, une association significative entre les génotypes variants et le risque de CCRE a été observé chez les sujets avec le tabagisme (OR ajusté = 2,48, IC à 95% = 1,63 à 3,78, test d'homogénéité P
= 0,001) , ce qui suggère que le tabagisme modulant l'association entre le lincRNA-NR_024015
rs8506G > une variante génotypes et le risque de CCRE. Aucune association significative n'a été trouvée dans d'autres sous-groupes.

Caractérisation cellulaire de LincRNA-NR_024015

Les niveaux de transcription de contrôle nucléaire ( U6
), cytoplasmique le contrôle de transcription ( GAPDH
ARNm), et lincRNA-NR_024015
été évaluée par RT-qPCR dans les fractions nucléaires et cytoplasmiques de HGC-27 cellules, respectivement. Les résultats ont montré que GAPDH de l'ARNm a été exclusivement détecté dans la fraction cytoplasmique, alors que le noyau-retenu U6
a été principalement trouvé dans la fraction nucléaire. Et l'expression de lincRNA-NR_024015 était principalement cytoplasmique (figure 1B)

In-silico
Analyse de l'effet de Rs8506G >. A dans LincRNA-NR_024015
Folding

en utilisant des algorithmes rnafold et SNPfold dans in-silico
analyse, nous avons prédit des changements structurels locaux de lincRNA-NR_024015
causés par le rs8506G > Un polymorphisme situé dans la région exonique de lincRNA-NR_024015
. Comme le montre la figure 1C et D, les résultats suggèrent que le G à un changement de base de rs8506G > affecte A directement le pliage de lincRNA-NR_024015
, ce qui peut affecter le site de liaison pour le microARN. Cela peut alors influencer le lincRNA-NR_024015
expression du gène

Rs8506G >. A Génotypes influencer le Expression de LincRNA-NR_024015 par Perturber la liaison de A-miR-526b in vitro

Deux constructions de gènes rapporteurs luciférase contenaient rs8506G ou allèle ont été analysés par transitoirement co-transfection avec mimétique et de l'inhibiteur de a-miR-526b qui ont été fondé lier à rs8506G > Un site polymorphique par analyse bioinformatique. Le résultat de l'activité luciférase a montré que les HEG-27 cellules transitoirement co-transfectées a-miR-526b imite et construisent contenant l'allèle rs8506G présenté une activité de luciférase considérablement réduit, d'une manière dépendante de la concentration, et les inhibiteurs a-miR-526b de manière significative inversée et régulée positivement leurs activités. Toutefois, aucun changement évident n'a été observée pour le gène rapporteur avec un allèle traité avec imite ou inhibiteurs a-miR-526b ( P
> 0,05) (figure 2A). Les mêmes résultats ont également été observés lors de ces expériences ont été répétées en utilisant des cellules 293T (Figure 2B)

Association des Rs8506G >. A Génotypes avec Expression de LincRNA-NR_024015

Nous recueillis 32 tissus tumoraux des patients non traités CCRE avec différents génotypes et réalisées par PCR en temps réel pour évaluer les effets de lincRNA-NR_024015
rs8506G > A sur l'expression
lincRNA-NR_024015. Le résultat a montré que les patients avec les génotypes rs8506AG et rs8506AA exprimées significativement plus élevée Les taux d'ARNm de lincRNA-NR_024015 (moyenne ± SEM) par rapport aux porteurs du génotype rs8506GG (AG: 0,029 ± 0,005; AA: 0,040 ± 0,005; GG: 0,019 ± 0,004; P
= 0,023), comme indiqué dans les figures 2C

Réglementation L'effet de miRNA dépendant de expression
LincRNA-NR_024015 sur la prolifération cellulaire.

Nous avons étudié en outre si le lincRNA-NR_024015
rs8506G > A génotypes ont des effets sur la prolifération cellulaire dans in vitro
. Comme le montre la figure 2D, L'expression de lincRNA-NR_024015 diminué après 24 h transfection dans des cellules transitoirement co-transfectées avec pcDNA-lincRNA-rs8506G et a-miR-526b par rapport à ceux co-transfectées avec pcDNA-lincRNA- rs8506A et a-miR-526b ( P
< 0,001). Les cellules avec diminution de l'expression de lincRNA-NR_024015
eu un taux de croissance cellulaire faible en comparaison avec des cellules transfectées avec pcDNA-lincRNA-rs8506A et a-miR-526b du jour 2 ( P = 0,004
) (Figure 2F)

dicussion

Dans la présente étude cas-témoins en milieu hospitalier contenant un total de 438 patients et 727 contrôles sains, notre groupe a trouvé le rs8506G >. a est associée à risques de CCRE. Nos données ont montré que les sujets porteurs des génotypes rs8506AG et rs8506AA avaient une augmentation significative du risque pour CCRE par rapport au génotype GG ( P
< 0,05). En outre, il est apparu que l'effet de risque élevé de ce polymorphisme était plus prononcé chez les sujets fumeurs. À notre connaissance, cette étude est la première à évaluer globalement l'association entre les variantes exonique de lincRNA et risque de CCRE.

Comme une autre classe d'ARN non codantes réglementaires, lincRNAs, ont récemment déménagé à l'avant-garde de la non codante étude de l'ARN. Ces molécules d'ARNm-like, manquent d'un cadre ouvert de lecture importante, sont généralement plafonnés, jointées et polyadénylé ont été impliqués dans un large éventail de processus cellulaires tels que l'architecture nucléaire, la régulation de l'expression des gènes, la surveillance immunitaire, ou embryonnaires pluripotence des cellules souches. Une poignée d'études ont démontré lincRNAs émergé comme un nouvel aspect de la biologie dans une variété d'états pathologiques, et les changements dans les niveaux de lincRNAs d'expression peut contribuer à la biologie du cancer au niveau de la transcription, post-transcriptionnel et épigénétiques [18], [30] - [32]. Un lincRNA proéminent, ANRIL
, avaient été fonctionnellement impliqués dans la progression du cancer, réprimant généralement l'expression des gènes épigénétique via la liaison à recruter et complexes de chromatine modifier [33], [34]. Un autre exemple célèbre est le lincRNA, GAS5
; aberrations génétiques dans ce locus lincRNA ont été trouvées dans de nombreux types de tumeurs, y compris mélanome, du sein et cancer de la prostate [35] - [37]. Ces éléments de preuve ont soutenu l'importance de lincRNAs en biologie cellulaire et oncogenèse. Récemment, deux Gwäss ont rapporté un sous-ensemble des CCRE loci de susceptibilité (5p13.1, 3q13.31, 8q24.3, 6p21.1 et 7p15.3) qui est associée au développement de CCRE. l'analyse bio-informatique a révélé plusieurs lincRNAs fermées à ces loci. En outre, plusieurs polymorphismes pertinents nucléotidiques simples (SNP) situés dans les régions d'exons de lincRNAs qui peuvent associer à CCRE ont été identifiés. Comme nous l'avons tous connu, au cours de la dernière décennie, avec la disponibilité de séquençage de l'ARN à grande échelle, il est en train de devenir remarquablement clair que des milliers de variantes génétiques liées à la maladie résidaient en dehors de gènes ou même dans les transcriptions non codantes ont déjà été obtenus par projet du génome chez les mammifères [24]. preuves émergentes récentes ont indiqué l'association entre les SNP résidait dans lincRNAs et les cancers humains. Par exemple, sur la base des données 1000 Génomes, Guangfu Jin et colleages ont constaté que les régions de lncRNA avaient une densité SNP similaire aux régions codant pour des protéines et plus annotée les SNPs liés à phénotype rapportés par GWAS à région lncRNA peuvent contribuer à la prostate risque [ ,,,0],38]. Une étude récente a également rapporté qu'un polymorphisme génétique dans lincRNA-uc003opf.1
gène est associé à un risque accru de développer un carcinome épidermoïde de l'œsophage chez les populations chinoises [39]. Collectivement, notre étude est cohérente avec les résultats antérieurs ont montré que lincRNA-NR_024015
était modérément plus abondant dans le cytoplasme que dans le noyau des cellules de cancer gastrique fractionnés, ce qui suggère que la fonction de cette lincRNAs est exercée dans le cytoplasme . Nos résultats ont fourni une preuve solide soutenant une hypothèse pour la régulation cytoplasmique, dans lequel le lincRNA-NR_024015
rs8506G >. Un SNP peut affecter l'expression de cette lincRNA en modifiant le site de liaison pour l'a-miR-526b

dans la présente étude, notre résultat de l'association entre un polymorphisme génétique dans les régions d'exons d'un lincRNA et la susceptibilité à CCRE a d'abord été obtenu dans les populations chinoises. Les relativement grande taille des échantillons utilisés ont diminué la taille des RUP qui peuvent être détectés statistiquement. De plus, nous avons atteint une puissance d'étude de plus de 90% (test recto-verso, α = 0,05) dans la détection d'un OR de 1,28 pour les rs8506AG + AA génotypes (survenant à une fréquence de 42,5% parmi les témoins), par rapport à le génotype rs8506GG. Notamment, l'association est biologiquement plausible et concorde avec les résultats de nos études fonctionnelles.

En conclusion, la présente étude a fourni la première preuve que les polymorphismes génétiques dans les régions d'exons de lincRNAs jouent un rôle vital dans la médiation individuelle susceptibilité à CCRE. Nos résultats soutiennent l'hypothèse selon laquelle les variants génétiques dans les régions d'exons lincRNA peuvent affecter la régulation de microRNA médiée et associé au risque de GC. Nos résultats justifient la validation dans les plus grandes, de préférence, des études cas-témoins, ainsi que par des études mécanistiques bien conçues basées sur la population.

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