A gyomor-rák, beleértve a cardia és a nem cardia típusok a második leggyakoribb oka a rák összefüggő halálesetek világszerte. A betegek egy részénél nem cardia gyomorrák genetikai hajlam loci volna foglalkozni között ázsiai keresztül genomot egyesület tanulmányok (GWASs). Ez a tanulmány az volt, hogy értékelje, milyen hatással egyetlen nukleotid polimorfizmusok (SNP) a hosszú gének közötti nem kódoló RNS-ek (lincRNAs) a nem cardia gyomorrák fogékonyság kínai populációban. Azért választottuk a hosszú tergenikus nem kódoló RNS-ek (lincRNAs) található, nem cardia gyomorrák kockázatát kapcsolatos loci és az azonosított 10 SNP található lincRNA exon régiókban. Megvizsgáltuk, hogy a genetikai polimorfizmusok lincRNAs exonokat elmaradásával kapcsolatos cardia gyomorrák kockázatát 438 nem cardia gyomorrákos betegek és 727 kontroll kínai népesség logisztikus regresszióval. Funkcionális vonatkozás tovább vizsgálták biokémiai vizsgálatokkal. Azt találtuk, hogy lincRNA-NR_024015 katalógusa rs8506AA hordozó szignifikáns összefüggést kockázata nem cardia gyomorrák (korrigált esélyhányados [OR] = 1,56, 95% CI = 1,03-2,39, míg a rs8506 AG és GG genotípus. további rétegződést elemzés azt mutatta, hogy a kockázat hatása kifejezettebb volt alcsoportok dohányosok ( P katalógusa = 0,001). Biokémiai vizsgálatok kimutatták, hogy a G-től bázisváltozás rs8506G > a megbontja a kötõhelyet has- miR-526b, ezáltal befolyásolja a transzkripciós aktivitása lincRNA-NR_024015 katalógusa és érintő sejtburjánzást. a jelen tanulmány egy robusztus közötti társulás rs8506G > a polimorfizmus lincRNA-NR_024015 katalógusa exon és a kockázat nem cardia gyomorrák. katalógusa Citation: Fan QH, Yu R, Huang WX, Cui XX, Luo BH, Zhang LY (2014) a has-miR-526b Binding-Site rs8506G > a polimorfizmus a lincRNA-NR_024015 katalógusa Exon Azonosító GWASs hajlamosít Nem Cardia Gyomor rák kockázatát. PLoS ONE 9 (3): e90008. doi: 10,1371 /journal.pone.0090008 katalógusa Szerkesztő: Xiaoping Miao, MOE legfontosabb Laboratórium Környezetvédelmi és Egészségügyi, School of Public Health, Tongji Medical College, Huazhong Egyetem Természettudományi és Technológiai, Kína katalógusa Fogadott: december 11, 2013; Elfogadva: január 25, 2014; Megjelent: március 4, 2014 katalógusa Copyright: © 2014 Fan et al. Ez egy nyílt hozzáférésű cikk feltételei szerint terjeszthető a Creative Commons Nevezd meg! Licenc, amely engedélyezi a korlátlan használatát, a forgalmazás és a reprodukció bármilyen adathordozón, feltéve, hogy az eredeti szerző és a forrás jóváírásra. Katalógusa Forrás: Ez a tanulmány támogatta a Suzhou Szociális Fejlesztési Alap Projekt (SS08047), Jiangsu tartomány Key Egészségügyi Minisztérium 2011-ben a finanszírozók nem volt szerepe a tanulmány tervezés, adatgyűjtés és elemzés, döntés, hogy közzéteszi, vagy a készítmény a kézirat. katalógusa Érdekütközés: a szerzők kijelentették, hogy nem ellentétes érdekek léteznek. katalógusa Bevezető katalógusa a gyomorrák (GC) a második vezető daganatos halálok világszerte a tüdőrák után, 2010-ben, bár a halandóság halálozás csökkent kissé 774000 1990 körülbelül 755.000, 2010-ben [1], [2]. Epidemiológiai vizsgálatok azt mutatták, hogy a környezeti tényező, beleértve a diétát, a dohányzás, alkoholos fogyasztások, és különösen a Helicobacter pylori társított nagyobb a veszélye a GC [3], [4]. Annak ellenére, hogy ezeknek az elismert kockázati tényezők, a kutatók még mindig meggyőződve arról, hogy a genetikai tényezők, különösen egyetlen nukleotid polimorfizmusok (SNP), valószínűleg alapvető szerepet játszanak az egyén kialakulásának kockázatát gyomorrák, mivel csak egy töredéke kitett egyének fejlesztése gyomorrák [5] . Eddig az előre újgenerációs szekvenálás transzkriptom (RNS-szekvencia), volt egy mélyreható váltás, hogy megértsük a teljes készlet transzkripciós aberrációk betegség, beleértve az újszerű átiratok és nem kódoló RNS-ek (ncRNAs) nem mérhető hagyományos elemzések [6] - [9]. Az összes jelenleg jellemezve osztályai nem kódoló RNS-ek molekulák, ezeket nevezik hosszú beavatkozó ncRNAs (lincRNAs) hosszabb, mint 200 nukleotid (nt), amelyek nem rendelkeznek egy nyitott leolvasási keretet, és nem fedik át egymást fehérjét kódoló gén [7], [10]. Csoportjai lincRNAs már jól jellemzett, hogy bizonyos mértékig, és bizonyította, hogy korrelál a fontos celluláris folyamatok, mint például imprinting, X-kromoszóma inaktiváció, pluripotencia karbantartás, és a transzkripciós szabályozás [10] - [15]. Továbbá új bizonyítékot szabályozatlan lincRNA kifejezés számos rákos alakultak lincRNA új szempontként a biológia, a bizonyíték arra utal, hogy jelentős szerepet bevonásának lincRNA humán tumorigenezis és metasztázis [16], [17]. Valóban, egy jól leírt példában a Hotair katalógusa vizsgálták a hozzájárulások lépcsőzetes progresszió tumorigenezis [11], [18], szerepének kiemelése lncRNAs rák biológia. Ezen túlmenően, a hosszú nem-kódoló RNS-t MALAT1 katalógusa (metasztázis-asszociált tüdő adenocarcinoma transcript 1), gyakori misregulation és prediktív markerként a különböző emberi rák a vastagbél-, az emlő- és a prosztata [19] - [ ,,,0],22]. Mindazonáltal a mechanizmusa a speciális funkciója lincRNAs a daganatok kialakulásában még nem teljesen körülhatárolt. Katalógusa Az elmúlt évtizedben több elfogulatlan genomot egyesület tanulmányok (GWAS) bővítettük ismereteinket a genetikai variációk kapcsolatos különböző típusú betegségek és a rák nagy áteresztőképességű technológiák [23]; Azonban legalább egyharmada az azonosított variánsok belül nem kódoló időközönként [24]. A közelmúltban két GWAS kiderült, hogy számos hajlamosító kockázati loci társított nem cardia gyomorrák (NCGC) kockázat a kínai populációban. Bioinformatikai elemzés fedetlen számos lincRNAs közel ezeket loci. Ezenkívül számos érintett egyetlen nukleotid polimorfizmusok (SNP) található exon régiójában lincRNAs hogy társulhatnak NCGC azonosítottak; Azonban a szövetség között genetikai különbségek lincRNAs exon és a rák hajlam ritkán jelentettek. katalógusa A jelen tanulmányban azt feltételeztük, hogy SNP az exon régiójában lincRNAs lehet megváltozott expresszió szintjét, és ezáltal hozzájárulhat a NCGC. Ezen hipotézis, végeztünk egy kórházi alapú eset-kontroll vizsgálat az egyesületek közötti SNP és érzékenység NCGC a kínai népesség. Katalógusa Anyagok és módszerek katalógusa szakterületektől az összes téma a jelenlegi vizsgálatban etnikailag homogén han kínai köztük 438 NCGC betegek és 727 egészséges kontroll. Átesett betegek műtét kapcsolt kórházak a Soochow Egyetem (Suzhou) kerültek egymás toborzott 2003-2009, a válaszadási arány 94%. A betegek Suzhou város és a környező régiók, és nem volt az életkor, a nem, és szövettani korlátozásokat. Részleteket a klinikai jellemzői a beteg 1. táblázatban foglaltuk össze a tumor, nyirokcsomó, metasztázis (TNM) osztályozás és stádium szerint értékeltük a 2002-es American Joint Committee on Cancer Staging rendszer. Népesség kontrollok rák-mentes ember él Suzhou régióban; ezek közül választották ki a táplálkozási felmérés ugyanabban az időszakban, mint az esetek gyűjtötték. A kontroll mintákat elérhető számunkra a korábbi vizsgálatok, amelyek véletlenszerűen kiválasztott egy adatbázis, amely 3500 egyének alapuló fizikai vizsgálat [25] - [27]. A mérési szérum H. pylori immunglobulin G NCGC betegek és a kontrollok határoztuk meg enzimhez kötött immunszorbens vizsgálattal (ELISA). Ez a tanulmány által jóváhagyott orvosi etikai bizottsága Soochow Egyetemen. Minden résztvevő genetikailag nem rokon etnikai han kínai, és egyik sem volt vérátömlesztés az elmúlt 6 hónapban. Miután kapott egy írásos beleegyezését adta, az egyes résztvevők a tervek egy interjú strukturált kérdőív összegyűjteni kiválasztott információt, és adományozni 5 ml perifériás vérben. Katalógusa SNP Selection katalógusa A publikált szakirodalom vizsgálja a közötti összefüggést a genetikai hajlam és NCGC kockázati voltak jogosultak. Kerestünk végzett, augusztus 2013 a PubMed adatbázis és Web of Science. Releváns kifejezések voltak "genomot egyesület vizsgálat", "GWAS", "NCGC", "gyomorrák", "gyomorrák", és "ázsiai". Mi is kézzel keresett a referencia lista a kiválasztott cikkeket. Elsőként kizárt néhány cikk Szkenneralapú cím és absztrakt tanulmányok, amelyek nem angol nyelven íródott. Majd, miután elolvasta a teljes szövegét a fennmaradó árucikkek azonosítottunk egy utolsó vizsgálatok. Az összes kiválasztott vizsgálatok megfeleltek a következő követelményeknek: (1) az eredmény vizsgált alapult GWAS kapcsolatban NCGC emberben; (2) A közlemény jelent meg angol nyelven; (3) A legújabb vizsgálatok közül kiválasztott átfedő adatok és duplikált adatokat; (4) GWAS végeztük chip technológia. A fő kizáró feltételek voltak (1) vélemény, útmutatók, levelek és szerkesztőségi; (2) ismétlődő adatok; (3) nem eset-kontroll kialakítása; és (4) átfedő, illetve olyan adatok dömpingelt a legfrissebb jelentések. Következő, mosott az érzékenység loci azonosított GWAS az NCGC a kiválasztott cikkek, 4 lincRNAs hogy nem fedik le azokat elismert gén egy 1 MB tartomány ilyen lókusz, mindkét irányban (összesen fesztávolsága 2 MB) végül azonosították az emberi lincRNAs adatbázis [28]. Továbbá Haploview szoftver 4.2-ben használt bioinformatikai elemzése haplotípus blokk alapján a kínai Han Beijing (CHB) populáció adatait HapMap (HapMap Data Release 27 Fázis II + III, 2009 februárjában a NCBI B36 összeszerelés, dbSNP B126). Ezek SNP-k kisebb allél frekvenciája nagyobb, mint 5%, a kínai populációban extraháljuk. Három haplotípus blokkokat a kínai lakosság (1A). A haplotípus-tagging SNP választottak a Haploview szoftver 4.2 Címkéző program azt találták, hogy az rs11752896, rs11752942, rs4714336 és rs4711631 lefedett a haplotípus blokkban 1 egy 100% frekvencia (rs11752896 és rs11752942: D '= 1,0, r 2 = 1,0; rs11752896 és rs4714336: D' = 1,0, r 2 = 1,0; rs11752896 és rs4711631: D '= 1,0, r 2 = 1,0). Ezen túlmenően, rs2467950, rs2450764 és rs9312, rs8506 terjedt haplotípus blokkban 1 egy 100% -kal (rs2467950 és rs2450764: D '= 1,0, r 2 = 1,0; rs9312 és rs8506: D' = 1,0, r 2 = 1,0). SNP rs2304285 és rs2477757 kívül a blokkokat. Ezért az SNP-k rs11752896, rs2467950, rs8506, rs2477757 és rs2304285 választottuk, mint öt lehetséges funkcionális SNP-k a exon a kiválasztott lincRNAs elemezni kell azok társulásai kockázatával gyomorrák. Genom DNS-t extraháltunk perifériás vér limfociták, a vizsgálati alanyok. Allélspecifikus MALDI-TOF tömegspektrometriás alkalmaztunk genotípusnál a markerek a társulási elemzések, a korábban leírtak [27], [29]. Összesen 60 mintát véletlenszerűen kiválasztott direkt szekvenálás megerősíteni a genotípus-eredmények a tömegspektrometriás analízis, és az eredmény 100% megállapodást. Körülbelül 10% -a mintát is kiválasztanak egy vak megismételni a genotípus-ismerete nélkül az előző genotipizálás eredményeként vagy a helyzetét, hogy egy eset és kontroll, és az eredmény 100% egyezés. Katalógusa Cell Culture katalógusa a 293T vagy HGC-27 sejteket vásárolt a Cell Bank of Type Culture Collection a kínai Tudományos Akadémia, Shanghai Intézet Sejt- és átvisszük, kevesebb, mint 6 hónap. A 293T vagy HGC-27 sejteket tartottunk fenn DMEM magas glükóz (Gibco-BRL, Gaithersburg, MD, USA) vagy RPMI 1640 tápközegben, amelyet 10% hővel inaktivált magzati borjúszérummal (Gibco-BRL, Gaithersburg, MD, USA) és 50 ug /ml sztreptomicinnel (Gibco-BRL, Gaithersburg, MD, USA) egy 37 ° C-on jelenlétében, 5% CO 2. szubcelluláris frakcionálása HGC- 27 sejteket tenyésztettünk, párásított inkubátorban 2 napon át. A szubcelluláris frakcionálást kísérletekhez legfeljebb 2 × 10 6 sejteket használtunk. Citoszol és nukleáris kivonatok emlőrákos sejteket gyűjtöttünk egy nukleáris /citoszoija Frakcionálást készlet (BioVision, USA), a gyártó utasításai szerint. Katalógusa In-silico katalógusa Előrejelzése Összecsukható struktúrák által indukált Rs8506G > a LincRNA-NR_024015 Matton Mivel bizonyos struktúrák inkább kulcsszerepet játszanak a biológiai funkciók; így szoktuk RNAfold és SNPfold algoritmusok megjósolni a feltételezett hatása rs8506G > A helyi összecsukható szerkezetének lincRNA-NR_024015 katalógusa elemzésével a 61 bp szegélyező régiókat a polimorfizmus. katalógusa Építőipari riporter plazmid katalógusa Két riporter plazmid, amely 160 bp lincRNA-NR_024015 katalógusa exon régió töredék szegélyező rs8506G vagy rs8506A allél állítottam elő a Genewiz Company (Suzhou, Kína), majd klónoztuk psiCHECK- 2 alapvető vektorba (Promega, Madison, WI) (1B ábra). Az így kapott konstrukciót lincRNA-NR_024015 katalógusa rs8506 SNP (psiCHECK-2-lincRNA-rs8506G és psiCHECK-2-lincRNA- rs8506A) igazoltuk szekvenálás. Katalógusa tranziens és Luciferase Assay Bioinformatikai elemzés kimutatta, hogy a rs8506G > a polimorfizmus keresse meg a kötőhely mikroRNS van-miR-526b (http://snpinfo.niehs.nih.gov/). Ezáltal az utánzók és inhibitorok van-miR-526b (GenePharma Co, Shanghai) vittük fel, milyen hatást gyakorol a has-miR-526b on psiCHECK-2-lincRNA-rs8506 riporter gének in vitro katalógusa. A 293T vagy HGC-27 sejteket oltottunk 24 lyukú lemezekre (1 × 10 5 sejt per lyuk), és tenyésztjük, hogy 60-70% összefolyás előtt transzfekció; sejteket azután transzfektáltuk a riporter plazmidok fentiekben ismertetett Lipofectamine 2000 (Invitrogen, CA, USA) az előzőekben leírtak szerint [25]. Minden egyes lyukban, társ-transzfekció segítségével végeztük 800 ng konstruált plazmid DNS és 0, 1, vagy 40 pmol microRNS HAS-miR-526b utánozza (Shanghai GenePharma Co., Ltd.), és együtt vagy anélkül 40 pmol van-miR -526b inhibitor, a gyártó utasításai szerint. A luciferáz aktivitást a Dual-Luciferáz Riporter vizsgálati rendszer (Promega, Madison, WI, USA) alkalmazásával TD-20/20 luminométer (Turner Biosystems, Sunnyvale, CA, USA), és az eredményeket normalizáltuk ellen aktivitásának a Renilla katalógusa luciferáz. Mindegyik csoportban 6 ismétlést, és független három példányban kísérletet végeztünk. Katalógusa Expression Vector Cégkatalógus Építőipar További szerepének tanulmányozása a lincRNA-NR_024015 katalógusa daganatos progresszió, a teljes hosszúságú cDNS lincRNA-NR_024015 RNS izolálás és kvantitatív RT-PCR analízis katalógusa Harminckét NCGC szövetmintákban kaptuk biopsziák az egyes betegek és -80 ° C-on az elemzés előtt. Teljes RNS-t ezekből a rákos szövetekben Trizol reagenssel (Molecular Research Center, Inc.). cDNS-t generált mRNS alkalmazásával random primer és Superscript II (Invitrogen) alkalmazásával a gyártó protokollja. Valós idejű kvantitatív polimeráz láncreakció (RT-PCR) végeztünk, hogy meghatározza a relatív génexpresszióját lincRNA-NR_024015 katalógusa, ABI Prism 7500 Sequence Detection System (Applied Biosystems) alapján a SYBR-zöld módszer, és a GAPDH katalógusa használtunk belső referencia gén minden reakcióban. katalógusa Cell-re Analitika katalógusa a 96 lyukú, lapos fenekű lemezek (BD Biosciences, Bedford , MA), 100 ul HGC-27 sejteket kotranszfektáltunk pcDNA-lincRNA-rs8506SNP és-miR-526b vagy ellenőrző aliquotoltunk minden lyukba. A sejtek életképességét úgy mértük sejtszámláló Kit-8 (CCK-8) (Dojindo Laboratory, Kumamoto, Japán) alapján a gyártó utasításai szerint. A különbségek az eloszlások kiválasztott demográfiai változók közötti esetek és a kontrollok, valamint az allél és genotípus frekvenciák értékelték kétoldalas khí-négyzet teszt. Feltétlen logisztikus regressziós modellt használtunk, hogy megbecsüljük a szövetségek genotípusok SNP kockázatával gyomorrák által esélyhányados (OR) és 95% -os konfidencia intervallum (CI), majd rétegződés vizsgálata az életkor, a nem, a dohányzás és az alkoholfogyasztás állapotát. Logisztikus regressziós modellezést alkalmaztunk a trend teszt, valamint, hogy értékelje a potenciális multiplikatív és additív gén-gén és gén-környezeti faktor kölcsönhatások. Továbbá az adatok tovább rétegezni alcsoportok a klinika-kóros változó. Statisztikai hatalom meghatározása az PS szoftver (http://biostat.mc.vanderbilt.edu/twiki/bin/view/Main/PowerSampleSize, elérhető december 14, 2010). Egyirányú ANOVA teszt, hogy értékelje a hatását különböző SNP a lincRNA-NR_024015 katalógusa átirat kifejezést. Minden teszt két oldalú segítségével SAS szoftver (9.1 verzió; SAS Institute, Cary, NC, USA). A P katalógusa < 0,05 használtunk kritérium statisztikai jelentősége. Katalógusa Eredmények katalógusa genotípusok és a kockázat az nem cardia gyomorkarcinóma katalógusa A jelen tanulmányban öt SNP genotípust közötti esetek és a kontrollok. Amint a 2. táblázatban látható, egy szignifikáns összefüggést találtunk az NCGC kockázat volt megfigyelhető rs8506G > A. Pontosabban, az eredmények azt mutatták, hogy genotípus összehasonlítva a rs8506GG vagy AG genotípus, lincRNA-NR_024015 katalógusa rs8506AA hordozó szignifikáns összefüggést kockázata nem cardia gyomorrák (korrigált esélyhányados [OR] = 1,56, 95% CI = 1,03-2,39). Ezen kívül, nem volt szignifikáns különbség vizsgáltuk a másik négy SNP ( P katalógusa > 0,05). Így lehetett következtetni, hogy a genetikai variáns rs8506G > A polimorfizmus lincRNA-NR_024015 katalógusa játszik jelentős szerepet közvetítésében kockázatát NCGC. Katalógusa rétegződése elemzése Rs8506G > A genotípusok és a kockázat az NCGC további végeztünk rétegződés vizsgálata az egyesületek közötti variáns allél és kockázatát NCGC által alcsoportok klinikopatológiai jellemzői NCGC ebben a vizsgálatban. Amint a 3. táblázat mutatja, jelentős összefüggést a variáns allél és a kockázat NCGC figyeltek meg a dohányzás (korrigált OR = 2,48, 95% CI = 1,63-3,78, homogenitás teszt P katalógusa = 0,001) , ami arra utal, hogy a dohányzás módosítja az összefüggést a lincRNA-NR_024015 katalógusa rs8506G > a variáns allél és a kockázat NCGC. Nincs szignifikáns összefüggést találtunk a többi alcsoport. Katalógusa Cellular jellemzése LincRNA-NR_024015 Matton A szintek nukleáris ellenőrzési átirat ( U6 katalógusa), citoplazma kontroll átirat ( GAPDH katalógusa mRNS), és a lincRNA-NR_024015 katalógusa értékelték RT-qPCR nukleáris és citoplazmatikus frakciójában HGC-27 sejtek, ill. Az eredmények azt mutatták, hogy GAPDH In-silico katalógusa hatásának elemzése a Rs8506G > A LincRNA-NR_024015 a RNAfold és SNPfold algoritmusok in silico katalógusa elemzés azt jósolta helyi szerkezeti változásainak lincRNA-NR_024015 Rs8506G > A genotípusok befolyásolják a LincRNA-NR_024015 katalógusa expressziójának megszakítása az kötődése Has-miR-526b in vitro Matton Két luciferáz riporter gén konstrukciót tartalmaz rs8506G vagy a allél vizsgáltunk által átmenetileg együtt transzfektáló ábrákkal és inhibitor van-miR-526b, amelyeket meghatározná kötődését rs8506G > a polimorf hely a bioinformatikai elemzéssel. Az eredmény a luciferáz aktivitás kimutatta, hogy a HEG-27 sejteket tranziensen ko-transzfektált van-miR-526b utánozza és a kivitelezést tartalmazó rs8506G allél mutatott jelentősen csökkent luciferáz aktivitást, egy koncentráció-függő módon, és az MTA-miR-526b-inhibitorok jelentősen megfordul, és fokozódik a tevékenységüket. Azonban nincs nyilvánvaló változás volt megfigyelhető riporter gén A allél kezelt van-miR-526b utánozza vagy inhibitorok ( P Szövetsége Rs8506G > A genotípusok LincRNA-NR_024015 katalógusa Expression katalógusa Összegyűjtöttük 32 daganatszöveteken a kezeletlen NCGC betegek különböző genotípusok és végre valós idejű PCR, hogy értékelje a hatását lincRNA-NR_024015 katalógusa rs8506G > a a lincRNA-NR_024015 katalógusa kifejezést. Az eredmény azt mutatta, hogy a betegek a rs8506AG és rs8506AA genotípusok kifejezve jelentősen magasabb, lincRNA-NR_024015 A Effect miRNS-függő szabályozása LincRNA-NR_024015 katalógusa Expression sejtproliferációra közelebbről megvizsgálta, hogy a lincRNA-NR_024015 katalógusa rs8506G > a genotípus hatással a sejtek burjánzását vitro katalógusa. Amint azt mutatta, ábra a 2D, lincRNA-NR_024015 Dicussion katalógusa a jelenlegi kórházi alapú eset-kontroll vizsgálat, amely összesen 438 beteg és 727 egészséges kontroll, a csoport megállapította, a rs8506G > a társított kockázatát NCGC. Adataink azt mutatják, hogy érintettek hordozó rs8506AG és rs8506AA genotípus volt jelentős fokozott a NCGC összehasonlítva a GG genotípus ( P katalógusa < 0,05). Továbbá úgy tűnt, hogy nagy a kockázata hatása ennek a polimorfizmus kifejezettebb volt dohányzás egyénekben. Tudomásunk szerint ez az első tanulmány, hogy átfogóan értékelje az összefüggést a variánsok exon a lincRNA és kockázatát NCGC. Katalógusa Egy másik osztályát szabályozási nem kódoló RNS-ek, lincRNAs, nemrégiben költözött az élvonalban nem kódoló RNS vizsgálatot. Ezek az mRNS-molekulák, hiányzik egy jelentős nyílt leolvasási keret, általában kupakkal, lapolva és poliadenilezett hozták összefüggésbe a széles körű celluláris folyamatok, mint például a nukleáris építészet, a génexpresszió szabályozását, az immunrendszer felügyelet, vagy embrionális őssejt-pluripotencia. A maroknyi vizsgálatok igazolták lincRNAs alakult ki, mint egy új aspektusa biológia a különböző betegségi állapotok, és a változások expressziós szintje lincRNAs hozzájárulhat a rák biológia transzkripciós, poszttranszkripciós és epigenetikai szinteket [18], [30] - [32]. Egy neves lincRNA, ANRIL katalógusa, már funkcionálisan játszik a daganatok progressziójában, jellemzően elnyomó epigenetikai génexpresszió révén kötődni és toborzás kromatin módosító komplexek [33], [34]. Egy másik híres példa az lincRNA, GAS5 katalógusa; genetikai aberrációk ebben lincRNA lókusz találtak számos típusú tumorok, beleértve a melanómát, a mell, és prosztatarák [35] - [37]. Ezek a sorok a bizonyítékok megerősítették, hogy fontos a lincRNAs a sejtbiológia és onkogenezis. A közelmúltban két GWASs arról számoltak egy részhalmaza NCGC fogékonyság lókuszok (5p13.1, 3q13.31, 8q24.3, 6p21.1 és 7p15.3), amelyek társított fejlődését NCGC. Bioinformatikai elemzés során több lincRNAs zárt ezekre loci. Ezenkívül számos érintett egyetlen nukleotid polimorfizmusok (SNP) található exon régiójában lincRNAs hogy társulhatnak NCGC azonosítottak. Ahogy az összes ismert, az elmúlt évtizedben, a rendelkezésre álló nagyméretű RNS szekvenálást, ma már egyre rendkívül tiszta, hogy több ezer betegséggel kapcsolatos genetikai variánsai tartózkodtak kívül a gének, vagy akár nem kódoló transzkriptumok már elő genom projekt emlősök [24]. Újabb feltörekvő bizonyítékok azt mutatták, a szövetség között SNP tartózkodott lincRNAs és az emberi rák. Például alapján 1000 Genomes adatok Guangfu Jin és kollégák találtuk, hogy a régiók a lncRNA volt egy SNP-sűrűség hasonló fehérje-kódoló régiók és további annotált fenotípus összefüggő SNP-k által jelentett GWAS at lncRNA régió hozzájárulhat a prosztata kockázat [ ,,,0],38]. Egy nemrégiben készült tanulmány is beszámolt, hogy a genetikai polimorfizmus lincRNA-uc003opf.1 katalógusa gén jár fokozott kockázata a fejlődő nyelőcső laphámrák kínai lakosság [39]. Együttesen a jelen tanulmány összhangban van a korábbi eredmények azt mutatták, hogy lincRNA-NR_024015 a jelen tanulmányban a következtében közötti összefüggést a genetikai polimorfizmus exon régióit lincRNA és fogékonyság NCGC először is nyert a kínai populációban. A viszonylag nagy mintanagyság használt csökkent a méret a legkülső régiók, amelyet érzékelni lehet statisztikailag. Sőt, elértük egy tanulmányt ereje több mint 90% (kétoldalas vizsgálat, α = 0,05) kimutatására egy VAGY 1,28 a rs8506AG + AA genotípus (előforduló frekvenciája 42,5% között kontroll), összehasonlítva a rs8506GG genotípus. Figyelemre méltó, hogy az egyesület biológiailag elfogadható, és összhangban van a megállapításait a funkcionális vizsgálatok. Katalógusa Összefoglalva, a jelen vizsgálat, amennyiben az első bizonyíték arra, hogy a genetikai polimorfizmus az exon régiójában lincRNAs létfontosságú szerepet játszanak közvetítésében egyéni fogékonyság NCGC. Eredményeink további alátámasztják azt a hipotézist, hogy a genetikai variánsok lincRNA exon régiókban befolyásolhatja mikroRNS-közvetítette szabályozása és a kockázatkezelési GC. Eredményeink garantálja érvényesítése nagyobb, lehetőleg lakossági alapú, eset-kontroll vizsgálatok, valamint a jól megtervezett Műszeres vizsgálatok. Katalógusa
genotipizálási vizsgálatban katalógusa
rejtegetése rs8506G és rs8506A allélok által szintetizált Genewiz Company (Suzhou, Kína), majd klónoztuk pcDNA3.1 vektorok. Az így kapott konstrukciót lincRNA-NR_024015 katalógusa rs8506 SNP (pcDNA-lincRNA-rs8506G és pcDNA-lincRNA-rs8506A) igazoltuk szekvenálás. Katalógusa
Statisztikai elemzés
mRNS-t kizárólag kimutatható a citoplazmatikus frakció, míg a sejtmag-visszatartott U6
túlnyomórészt megtalálható a nukleáris frakciót. És lincRNA-NR_024015 katalógusa kifejezés döntően citoplazmatikus (1B). Katalógusa
Összecsukható katalógusa
okozta rs8506G > a polimorfizmus található az exon régió lincRNA-NR_024015 katalógusa. Ábrán látható módon az 1C és D, az eredmények azt javasolta, hogy a G-től bázis változása rs8506G > A közvetlenül befolyásolja a hajtás a lincRNA-NR_024015 katalógusa, amely hatással lehet a kötőhely a mikro-RNS. Ez azután befolyásolhatja a lincRNA-NR_024015 katalógusa génexpresszió. Katalógusa
&0,05) (2A ábra). Ugyanezt az eredményt is megfigyeltek, amikor ezeket a kísérleteket megismételtük a 293T (2B). Katalógusa
mRNS-szintek (átlag ± SEM), összehasonlítva a hordozók a rs8506GG genotípus (AG: 0,029 ± 0,005; AA: 0,040 ± 0,005; GG: 0,019 ± 0,004; P katalógusa = 0,023), amint azt a 2C. katalógusa
expresszió csökkent 24 óra után transzfekciót sejtekben tranziensen kotranszfektáltuk pcDNA-lincRNA-rs8506G és has-miR-526b szemben azokkal együtt transzfektálunk pcDNA-lincRNA- rs8506A és-miR-526b ( P katalógusa < 0,001). A sejteket a csökkent expressziója lincRNA-NR_024015
volt egy gyenge sejt növekedési ráta képest transzfektált sejtekben pcDNA-lincRNA-rs8506A és has-miR-526b a 2. naptól ( p
= 0,004 ) (ábra 2E). katalógusa
volt mérsékelten bőségesebb a citoplazmában, mint a sejtmagban a frakcionált gyomorrák-sejtek, ami arra utal, hogy a funkció ennek lincRNAs gyakorlunk a citoplazmában . Eredményeink erős bizonyítékot, amely alapján a hipotézist citoplazmatikus szabályozására, ahol a lincRNA-NR_024015 katalógusa rs8506G > A SNP befolyásolhatja a kifejezése ez lincRNA módosításával a kötőhely a has-miR-526b.
A kutatók in vitro azonosítanak egy SARS-CoV-2 elleni aktivitással rendelkező baktériumot:Dolosigranulum pigrum
Gázérzékelő elektronikus tabletta a gyomor -bélrendszeri betegségek diagnosztizálásához
Az emberi mikrobiom fehérje hírvivői megvilágítják az emberi egészséget
A használatban lévő gyógyszerek fele károsítja a bélbaktériumokat,
A Wegovy súlycsökkentő gyógyszer az FDA által jóváhagyott
Az IBD sokkal gyakoribb a vártnál,
A darazsak bélmikrobái segítenek legyőzni a peszticideket
Érdekes tanulmány 2020 februárjában jelent meg a folyóiratban Cell Host &Microbe arról számol be, hogy amikor a darazsak atrazinnak vannak kitéve, általánosan használt peszticid, a bél mikrobioma ol
A pókméreg -peptid segíthet megállítani a fájdalmat az irritábilis bél szindrómában
A Queenslandi Egyetem kutatói azt találták, hogy a pókméregben található specifikus peptidnek olyan tulajdonságai lehetnek, amelyek hasznosak lehetnek az irritábilis bél szindrómában szenvedő betegek
Az étrend és a táplálkozás befolyásolja a vastagbél nyálkahártyájának mikrobiómát
Az étrend fontos az emberi egészség megőrzésében, de a mögöttes mechanizmusa még nem teljesen érthető. Most, egy kutatócsoport megvilágítja az étrend és az egészség kapcsolatát, és valami köze van az