Абстрактный Финансирование:. Это исследование Работа выполнена при поддержке проекта Сучжоу фонда социального развития (SS08047), Key медицинского департамента провинции Цзянсу в 2011 году спонсорам не играет никакой роли в дизайн исследования, сбора и анализа данных, решение о публикации или подготовки рукописи. Введение на сегодняшний день, с заранее транскриптома секвенирования следующего поколения (РНК-Seq), наблюдается глубокий сдвиг в нашем понимании весь набор транскрипционных аберраций в болезни, в том числе новых транскриптов и некодирующие РНК (нкРНК) не определено обычными анализами [6] - [9]. Из всех ныне характеризуемых классов некодирующих молекул РНК, они были названы долго вмешательства нкРНК (lincRNAs) длиннее, чем 200 нуклеотидов (нуклеотиды), которые не имеют открытую рамку считывания и не перекрывают друг друга белок-кодирующих генов [7], [10]. Группы lincRNAs были хорошо охарактеризованы в некоторой степени, и показано, что коррелирует с важных клеточных процессов, таких как импринтинг, инактивацию Х-хромосомы, поддержание плюрипотентности и регуляции транскрипции [10] - [15]. Кроме того, новые данные о дизрегуляции экспрессии lincRNA в многочисленных раковых заболеваний появились lincRNA как новый аспект биологии, с свидетельства того, что большую роль для участия lincRNA в человеческом онкогенеза и метастазирования [16], [17]. Действительно, хорошо описан пример, HOTAIR В последнее десятилетие, несколько беспристрастных общегеномных исследования ассоциаций (GWAS) расширили наше понимание генетических вариаций, связанные с различными виды заболеваний и злокачественных новообразований на высоких технологий пропускной способности [23]; Однако, по крайней мере, одна треть из выявленных вариантов находятся в пределах некодирующих интервалов [24]. В последнее время два GWAS показали, что несколько локусов восприимчивость риска, которые связаны с не кардиального раком желудка (NCGC) риска в китайской популяции. Анализ Биоинформатика обнаружила многочисленные lincRNAs близкие к этим локусам. Кроме того, несколько соответствующих одиночных нуклеотидных полиморфизмов (SNP), расположенных в exonic районах lincRNAs, которые могут ассоциироваться с NCGC были идентифицированы; Тем не менее, связь между генетическими вариациями в lincRNAs экзонов и восприимчивости рака редко сообщается. Учебные предметы <бр> Все субъекты в данном исследовании были этнически гомогенные ханьцы в том числе 438 больных NCGC и 727 здоровых людей. Пациенты, которые перенесли операцию на аффилиированных Больницы Дунъу университета (Сучжоу) были последовательно набраны с 2003 по 2009, с частотой ответа 94%. Пациенты были из города Сучжоу и прилегающих к нему районах, и не было никаких ограничений по возрасту, полу, и гистологии. Подробности, касающиеся клинических особенностей пациентов приведены в таблице 1. Опухоль, узел, метастаз (TNM) классификации и стадирования опухоли оценивали в соответствии с 2002 американского Объединенного комитета по вопросам системы Рак Staging. контроль населения были рак свободных людей, живущих в Сучжоу регионе; они были отобраны из пищевого обследования, проведенного в тот же период, были собраны случаи. Контрольные образцы были доступны нам от предыдущих исследований, которые были выбраны случайным образом из базы данных, состоящей из 3500 особей на основе физического обследования [25] - [27]. Измерение для сывороточного иммуноглобулина G H.pylori у больных NCGC и контрольной определяли с помощью твердофазного иммуноферментного анализа (ELISA). Это исследование было одобрено медицинской этике комитетом Дунъу университета. Все участники были генетически связаны этнические ханьцы, и никто не имел переливание крови в течение последних 6 месяцев. Дав письменное информированное согласие, каждый из участников был запланирован на интервью структурированного вопросника для сбора выборочных данных, а также пожертвовать 5 мл периферической крови. внутриклеточного фракционирования В-силикомарганца Строительство. Репортер плазмиды Cell Видимость Анализ Статистический анализ Результаты генотипов и риск невозврата кардиального рака желудка В настоящее исследование, пять ОНП были генотипированы между случаями и контролем. Как показано в таблице 2, наблюдалась значимая связь с NCGC риском для rs8506G > A. В частности, результаты генотипирования показали, что по сравнению с rs8506GG или AG генотипа, lincRNA-NR_024015 Расслоение Анализ Rs8506G >, A генотипы и риск NCGC Уровни управления стенограмма ядерной ( U6 В-силикомарганца Rs8506G >. А генотипы влиять на LincRNA-NR_024015 Ассоциация Rs8506G >. Генотипы с LincRNA-NR_024015 Влияние микроРНК-зависимой регуляции LincRNA-NR_024015 ОБСУЖДЕНИЕ в настоящем исследовании, наш результат ассоциации между генетическим полиморфизмом в exonic регионах в lincRNA и восприимчивости к NCGC был впервые получен в китайских популяциях. Относительно большие размеры образцов, используемых уменьшало размер ОШ, которые могут быть обнаружены статистически. Более того, мы достигли исследования мощности более чем на 90% (двусторонний тест, а = 0,05) в обнаружении или 1.28 для rs8506AG + AA генотипов (происходит на частоте 42,5% среди контрольных), по сравнению с rs8506GG генотип. Следует отметить, что ассоциация является биологически правдоподобной и согласуется с выводами наших функциональных исследований.
<р> рак желудка, включая кардии и не -cardia типов является второй частой причиной смертности от онкологических заболеваний во всем мире. Подмножество не-кардии рака желудка генетическая восприимчивость локусов были рассмотрены среди азиатских через исследования ассоциации генома (GWASs). Это исследование должно было оценить эффекты единичных нуклеотидных полиморфизмов (SNP) длинных межгенных некодирующих РНК (lincRNAs) на не-кардии желудка восприимчивости рака в китайских популяциях. Мы выбрали длинные межгенные некодирующие РНК (lincRNAs), расположенных в не кардиального раком желудка локусов риска, связанных и определили 10 ОНП, расположенные в пределах lincRNA exonic регионов. Мы исследовали, могут ли генетические полиморфизмы в lincRNAs экзонов связаны с не кардии желудка риск развития рака в 438 без кардии больных раком желудка и 727 контрольных субъектов в китайской популяции с использованием логистической регрессии. Функциональная значимость была дополнительно изучена биохимических анализов. Мы обнаружили, что lincRNA-NR_024015
rs8506AA носитель был в значительной степени связано с риском, не кардиального раком желудка (скорректированное отношение шансов [OR] = 1,56, 95% ДИ = 1.03-2.39, по сравнению с rs8506 AG или GG . генотип Дальнейший анализ стратификации показал, что эффект риск был более выражен у подгрупп курильщиков ( P
= 0,001) биохимический анализ показал, что G к замене базы в rs8506G >. разрушает сайт связывания имеет- . микроРНК-526b, влияя тем самым на транскрипционную активность lincRNA-NR_024015
и влияя на пролиферацию клеток нашего исследования установили устойчивую связь между rs8506G &GТ; полиморфизм в lincRNA-NR_024015
экзона и риск не-кардии рака желудка
<р> Образец цитирования: Вентилятор QH, Ю р, Хуан WX, Цуй XX, Ло BH, Чжан LY (2014) СОЛНЦА-микроРНК-526b Binding-сайта rs8506G > полиморфизм. в lincRNA-NR_024015
экзоне, идентифицированной GWASs предрасполагают к Non-Cardia рака желудка Риск PLoS ONE 9 (3):. e90008. DOI: 10.1371 /journal.pone.0090008
<р> Редактор: Сяопин Мяо, MOE лаборатория охраны окружающей среды и здоровья, Школа общественного здравоохранения, Тунцзи медицинский колледж, Хуажонге университет науки и технологии, Китай
<р> Поступило: 11 декабря 2013 г.; Принято: 25 января 2014 года; Опубликовано: 4 марта 2014
<р> Copyright: © 2014 Fan и др. Это статья с открытым доступом распространяется в соответствии с условиями лицензии Creative Commons Attribution, которая позволяет неограниченное использование, распространение и воспроизведение на любом носителе, при условии, что оригинальный автор и источник кредитуются
<р> Конфликт интересов: авторы заявили, что не существует никаких конкурирующих интересов
<р> рак желудка (GC) является второй ведущей причиной смерти от рака во всем мире после рака легких в 2010 году, хотя смертельных случаев смертности. незначительно снизилась с 774,000 в 1990 году до 755000 в 2010 году [1], [2]. Эпидемиологические исследования показали, что экологический фактор, включая диету, курение табака, алкогольных потреблений и, в частности, инфекции Helicobacter Pylori связаны с повышенным риском для GC [3], [4]. Несмотря на эти признанные факторы риска, исследователи до сих пор убеждены, что генетические факторы, в частности, единичные нуклеотидные полиморфизмы (SNP), вероятно, играют существенную роль в риске индивидуума развития рака желудка, как только часть облученных лиц развивается рак желудка [5] .
изучены вклады в ступенчатом прогрессии онкогенеза [11], [18], подчеркивая роль lncRNAs в биологии рака. Кроме того, длинные некодирующей РНК <ЕМ> MALAT1
(метастазирование-ассоциированных легких аденокарциномы транскрипт 1), часто misregulation и в качестве прогностического маркера для множества человеческих раковых клеток толстой кишки, молочной железы и предстательной железы [19] - [ ,,,0],22]. Тем не менее, механизмы, лежащие в основе конкретной функции lincRNAs в развитии рака еще не полностью разграничены.
<р> В настоящем исследовании мы предположили, что ОНП в exonic области lincRNAs может изменяться уровни экспрессии и, таким образом, может способствовать NCGC. Чтобы проверить эту гипотезу, мы провели исследование случай-контроль на базе больниц для расследования связей между этими ОНП и восприимчивость к NCGC в китайской популяции.
Материалы и методы
SNP Выбор
<р> Все опубликованной литературе расследует связь между генетической предрасположенности и NCGC риска имели право. Мы искали исследований вплоть до августа 2013 года с использованием PubMed базы данных и веб-науки. Соответствующие условия поиска были "генома ассоциации исследования", "GWAS", "NCGC", "рак желудка", "рак желудка", и "Азии". Мы также вручную искали библиографические списки в отдельных статьях. Мы во-первых, исключены некоторые статьи, сканируя заголовки и тезисы исследований, которые не были написаны на английском языке. Затем, после прочтения полного текста остальных статей, мы определили окончательный набор исследований. Все выбранные исследования отвечали следующим критериям: (1) результат исследованные был основан на GWAS по отношению к NCGC в организме человека; (2) статьи были опубликованы на английском языке; (3) последние исследования были выбраны среди перекрывающихся данных и дублированию данных; (4) GWAS было проведено с использованием технологии чипа. Основными критериями исключения были (1) отзывы, учебники, письма, и редакционные статьи; (2) дублировать данные; (3) не дизайн случай-контроль; и (4) перекрывающихся данные или данные, сброшенного по последним сообщениям. Далее, мы рыскали восприимчивость локусов, идентифицированной GWAS для NCGC в отдельных статьях, 4 lincRNAs, что не совпадало с признанными генов в диапазоне 1 МБ этих локусов, в любом направлении (в общей сложности пролетом 2 МБ) в конечном итоге были определены из базы данных lincRNAs человека [28]. Кроме того, программное обеспечение Haploview 4.2 была использована для анализа биоинформатики гаплотипа блока на основе данных китайский Хан Пекин (БКИ) населения в HapMap (HapMap Data Release 27 Фазы II + III, февраль 2009 года по сборке NCBI B36, dbSNP B126). Эти ОНП с небольшими аллельных частот больше, чем на 5% в китайской популяции экстрагировали. Существовали три гаплотипов блоки китайского населения (рис 1А). Гаплотип пометку ОНП были выбраны с программным обеспечением Haploview 4.2 программы Таггер; было установлено, что rs11752896, rs11752942, rs4714336 и rs4711631 покрыты гаплотипа в блоке 1 на частоте 100% (rs11752896 и rs11752942: D '= 1,0, г 2 = 1,0; rs11752896 и rs4714336: D' = 1,0, г 2 = 1,0; rs11752896 и rs4711631: D '= 1,0, г 2 = 1,0). Кроме того, rs2467950, rs2450764 и rs9312, rs8506 покрыты гаплотипа в блоке 1 на 100%, соответственно (rs2467950 и rs2450764: D '= 1,0, г 2 = 1,0; rs9312 и rs8506: D' = 1,0, г 2 = 1,0). SNPs rs2304285 и rs2477757 находятся вне блоков. Таким образом, ОНП rs11752896, rs2467950, rs8506, rs2477757 и rs2304285 были выбраны в качестве пяти потенциальных функциональных полиморфизмов в exonic отобранных lincRNAs быть проанализированы для их ассоциации с риском развития рака желудка.
генотипирование анализ
<р> Геном ДНК выделяли из лимфоцитов периферической крови испытуемых. Аллель-специфической MALDI-TOF масс-спектрометрии был использован для генотипа маркеров, используемых в ассоциации анализов, как описано ранее [27], [29]. В общей сложности 60 образцов были выбраны случайным образом для прямого секвенирования, чтобы подтвердить результаты генотипирования из масс-спектрометрического анализа, и результаты были в% достоверностью 100. Примерно 10% образцов были выбраны случайным образом для слепом повторения генотипирования без предварительного знания предыдущего результата генотипирования или состояние бытия случай и контроля, и результаты были в 100% соглашением.
Культура клеток
<р> 293T или ГГК-27 клетки были приобретены у банка клеток из коллекции типовых культур китайской академии наук, Шанхайский институт клеточной биологии и пересевали в течение менее 6 месяцев. 293Т или ТЖК-27 клетки поддерживали в среде DMEM с высоким содержанием глюкозы (Gibco-BRL, Gaithersburg, MD, USA) или RPMI 1640, дополненной 10% инактивированной нагреванием фетальной бычьей сыворотки (Gibco-BRL, Gaithersburg, MD, США) и 50 мкг /мл стрептомицина (Gibco-BRL, Gaithersburg, штат Мэриленд, США) при 37 ° с в присутствии 5% CO <югу> 2.
<р> HGC- 27 клетки культивировали в увлажненном инкубаторе в течение 2-х дней. Для субклеточных экспериментов по фракционированию, до 2 × 10 было использовано 6 ячеек. были собраны Цитозольные и ядерные экстракты из клеток рака молочной железы с использованием ядер /Цитозоль фракционирования комплект (BioVision, США) в соответствии с инструкциями изготовителя.
Прогнозирование Складные структуры, индуцированные Rs8506G > , А в LincRNA-NR_024015
<р> Поскольку некоторые структуры, более вероятно, играют ключевую роль в биологических функциях; Таким образом, мы использовали RNAfold и SNPfold алгоритмы для прогнозирования предполагаемого влияния rs8506G > A на локальных складных конструкций lincRNA-NR_024015
путем анализа 61-ВР областей, фланкирующих полиморфизм
<р> Два плазмиды репортера, содержащие 160 п.о. lincRNA-NR_024015
экзон фрагмент области фланговые rs8506G или rs8506A аллель были синтезированы Genewiz Company (Сучжоу, Китай), а затем клонировали в psiCHECK- 2 базовый вектор (Promega, Madison, WI) (Фигура 1В). Полученная конструкция с lincRNA-NR_024015
rs8506 СНП (psiCHECK-2-lincRNA-rs8506G и psiCHECK-2-lincRNA- rs8506A) была подтверждена секвенированием.
Трансфекция и пролетного люциферазы Assays
<р> анализ биоинформатики показал, что rs8506G > полиморфизм найти на сайте связывания микроРНК имеет-микроРНК-526b (http://snpinfo.niehs.nih.gov/). Таким образом, мимика и ингибиторы HAS-MIR-526b (GenePharma Co, Шанхай) были применены для анализа влияния HAS-MIR-526b на psiCHECK-2-lincRNA-rs8506 гены-репортеры в пробирке
. 293Т или ТЖК-27 клеток высевали в 24-луночные планшеты (1 × 10 5 клеток на лунку) и культивируют до 60-70% слияния перед трансфекцией; Затем клетки трансфицировали с репортером плазмид, описанных выше, с использованием липофектамина 2000 (Invitrogen, CA, USA), как описано ранее [25]. В каждую лунку, Котрансфекция проводили с использованием 800 нг построенной ДНК плазмиды и 0, 1, или 40 пмоль микроРНК имеет-микроРНК-526b мимике (Shanghai GenePharma Co., Ltd.), и с или без 40 пмоль имеет-Mir ингибитор -526b, в соответствии с инструкциями изготовителя. Активность люциферазы измеряли с помощью двойного люциферазы анализа системы (Promega, Madison, WI, USA) с использованием TD-20/20 люминометра (Turner Biosystems, Саннивейл, Калифорния, США), и результаты были нормализованы по отношению к активности кнопку Renilla
люциферазы гена. Каждая группа состояла из 6 повторов, а также независимые эксперименты были проведены тройные.
Выражение Конструирование вектора
<р> Для дальнейшего изучения роли lincRNA-NR_024015
в прогрессии рака, полнодиапазонными длина кДНК lincRNA-NR_024015
укрывательство rs8506G и rs8506A аллели были синтезированы Genewiz Company (Сучжоу, Китай), а затем клонировали в векторы пкДНК3.1. Полученная конструкция с lincRNA-NR_024015
rs8506 SNP (pcDNA-lincRNA-rs8506G и pcDNA-lincRNA-rs8506A) была подтверждена секвенированием.
Выделение РНК и количественный RT-PCR анализа
<р> Тридцать два образцы NCGC ткани получали из биопсий отдельных пациентов и хранили при -80 ° C до проведения анализа. Общую РНК получали из этих раковых тканей с TRIzol реагентом (Научно-исследовательский центр молекулярной, Inc). кДНК получали из мРНК с использованием случайного праймера и выносные II (Invitrogen) в соответствии с протоколом производителя. В режиме реального времени количественная полимеразная цепная реакция (ПЦР) проводили для количественной оценки относительной экспрессии гена <ЕМ> lincRNA-NR_024015
, с использованием системы ABI PRISM 7500 последовательность обнаружения (Applied Biosystems), основанный на SYBR-зеленый метод и GAPDH
был использован в качестве внутреннего контрольного гена в каждой реакции.
<р> в 96-луночный, плоскодонные планшеты (BD Biosciences, Bedford , MA), 100 мкл клеток ТЖК-27 котрансфицируют с pcDNA-lincRNA-rs8506SNP и имеет-микроРНК-526b или контроль аликвоты в каждую лунку. Жизнеспособность клеток измеряли с помощью Cell Counting Kit-8 (ССК-8) (Dojindo лаборатория, Кумамото, Япония) на основании инструкции изготовителя.
<р> Различия в распределении выбраны демографические переменные между случаями и контролем, а также частот аллелей и генотипов оценивали с помощью двусторонних хи-квадрат испытаний. Безусловные модели логистической регрессии были использованы для оценки ассоциации генотипов полиморфизмов с риском развития рака желудка путем отношения шансов (OR) и их 95% доверительный интервал (ДИ), с последующим анализом стратификации по возрасту, полу, курение и состояние питьевой. Моделирование логистической регрессии использовали в тесте тенденции, а также оценить потенциальный мультипликативный и аддитивный ген-ген и ген-экологического взаимодействия факторов. Кроме того, данные были дополнительно стратифицировать по подгруппам в клинико-патологическими переменных. Статистическая мощность была вычислена с применением программного обеспечения PS (http://biostat.mc.vanderbilt.edu/twiki/bin/view/Main/PowerSampleSize, доступ к которому 14 декабря 2010). Одностороннее ANOVA тест был использован для оценки влияния различных полиморфизмов на lincRNA-NR_024015
выражение транскрипта. Все тесты были двусторонними с помощью программного обеспечения SAS (версия 9.1; SAS Institute, Cary, NC, USA). A P
&л;. 0,05 был использован в качестве критерия статистической значимости
rs8506AA носитель был в значительной степени связано с риском, не кардиального раком желудка (скорректированное отношение шансов [OR] = 1,56, 95% CI = 1.03-2.39). Кроме того, никаких существенных различий не были рассмотрены в остальных четырех полиморфизмов ( P
> 0,05). Таким образом, мы можем заключить, что генетический вариант rs8506G &Гт. Полиморфизмом lincRNA-NR_024015
играет значительно роль в опосредовании риск NCGC
<р> Кроме того, мы провели анализ стратификации ассоциаций между вариантами генотипов и риском NCGC подгруппами клинико-патологическими особенностями NCGC в данном исследовании. Как показано в таблице 3, наблюдалась значимая связь между вариантами генотипов и риск NCGC у субъектов с курением (скорректированное OR = 2,48, 95% ДИ = 1.63-3.78, тест гомогенности P
= 0,001) , предполагая, что курение модулирует связь между lincRNA-NR_024015
rs8506G &GТ; Вариантом генотипы и риск NCGC. Ни одна значимая связь не была обнаружена в других подгруппах.
Клеточная характеристика LincRNA-NR_024015
), цитоплазматических управление транскрипт ( GAPDH
мРНК), и lincRNA-NR_024015
оценивали с помощью RT-КПЦР в ядерных и цитоплазматических фракций ТЖК-27 клеток, соответственно. Результаты показали, что GAPDH
мРНК исключительно обнаружен в цитоплазматической фракции, в то время как ядро-сохранили <ЕМ> U6
был преимущественно в ядерной фракции. И lincRNA-NR_024015
экспрессия была преимущественно цитоплазматический (Фигура 1В)
Анализ влияния Rs8506G >. А на LincRNA-NR_024015
Складные
<р> Использование RNAfold и SNPfold алгоритмы в в-силикомарганца
анализа, мы предсказали локальные структурные изменения lincRNA-NR_024015
вызванные rs8506G > полиморфизм, расположенный в пределах exonic область lincRNA-NR_024015
. Как показано на рисунке 1C и D, то результаты свидетельствуют о том, что G к основанию изменения rs8506G >, А непосредственно влияет на складывание lincRNA-NR_024015
, которые могут повлиять на сайт связывания микроРНК. Это может повлиять на то lincRNA-NR_024015
экспрессию гена
Expression Нарушая связыванию HAS-MIR-526b в пробирке
<р> Два генные конструкции люциферазы репортер содержал rs8506G или аллель анализировали с помощью скоротечно совместно с трансфекцией мимических и ингибитором обладает-MIR-526b, которые были продиктованы связывание с rs8506G &GТ; полиморфный сайт путем анализа биоинформатики. Результатом активности люциферазы показали, что клетки HEG-27 скоротечно котрансфицируют имеет-микроРНК-526b мимику и построить содержащий аллель rs8506G выставлялась значительно снижается активность люциферазы, в зависимости от концентрации, и имеет-микроРНК-526b значительно ингибиторы вспять и повышающей регуляции их деятельности. Тем не менее, не наблюдалось изменений очевидно для гена-репортера с аллеля обработанной имеет-микроРНК-526b мимике или ингибиторов ( P
> 0,05) (рис 2А). Аналогичные результаты также наблюдались, когда эти эксперименты были повторены с использованием 293T клеток (рис 2В)
Выражение
<р> Мы собрали 32 опухолевых тканей у нелеченных больных NCGC с разными генотипами и проводили ПЦР в реальном времени, чтобы оценить эффекты lincRNA-NR_024015
rs8506G > а на lincRNA-NR_024015
выражения. Результаты показали, что у пациентов с генотипом rs8506AG и rs8506AA выраженных значительно выше lincRNA-NR_024015
уровни мРНК (среднее ± SEM) по сравнению с носителями генотипа rs8506GG (AG: 0,029 ± 0,005; AA: 0,040 ± 0,005; GG: 0,019 ± 0,004; P
= 0,023), как показано на рисунках 2С
Expression на пролиферации клеток.
<р> Кроме того, мы исследовали ли lincRNA-NR_024015
rs8506G > A генотипы оказывают влияние на пролиферацию клеток в
пробирке. Как показано на рисунке 2D, lincRNA-NR_024015
выражение уменьшилось после 24 часов трансфекции в клетках скоротечно котрансфицируют pcDNA-lincRNA-rs8506G и имеет-MIR-526b по сравнению с теми котрансфицируют pcDNA-lincRNA- rs8506A и имеет-микроРНК-526b ( P
&л; 0,001). Клетки со сниженной экспрессии lincRNA-NR_024015
была слабая скорость роста клеток по сравнению с клетками трансфицированных pcDNA-lincRNA-rs8506A и имеет-MIR-526b из 2-й день ( P = 0,004
) (Рисунок 2E)
<р> В настоящем исследовании случай-контроль стационара на основе, содержащей в общей сложности 438 пациентов и 727 здоровых людей, наша группа нашла rs8506G &Гт. а связано с риски NCGC. Наши данные показали, что субъекты, несущие генотипы rs8506AG и rs8506AA оказали значительное увеличение риска для NCGC по сравнению с генотипом GG ( P
&л; 0,05). Кроме того, оказалось, что высокий эффект риск этого полиморфизма был более выражен у субъектов курения. Насколько нам известно, это первое исследование, чтобы всесторонне оценить связь между вариантами в exonic из lincRNA и риска NCGC.
<Р> В качестве другого класса регуляторных некодирующих РНК, lincRNAs, недавно переехал на первый план некодирующей РНК исследование. Эти мРНК-подобные молекулы, не имеют существенного открытую рамку считывания, как правило, ограничены, сращены и Полиаденилированная были вовлечены в широкий спектр клеточных процессов, таких как ядерная архитектура, регуляции экспрессии генов, иммунного надзора, или эмбриональных стволовых клеток плюрипотентности. Несколько исследований продемонстрировали lincRNAs возник новый аспект биологии в различных болезненных состояниях, а также изменения в уровне экспрессии lincRNAs может внести свой вклад в биологии рака в транскрипционных, посттранскрипционных и эпигенетических уровнях [18], [30] - [32]. Один из видных lincRNA, ANRIL
, были функционально вовлечены в прогрессии рака, как правило, подавляя эпигенетическую экспрессию генов посредством связывания и рекрутинг хроматина модификации комплексов [33], [34]. Другим известным примером является lincRNA, GAS5
; генетические аберрации в этом lincRNA локуса были обнаружены во многих типах опухолей, включая меланому, рака молочной железы и рака предстательной железы [35] - [37]. Эти линии доказательств подтверждают значение lincRNAs в клеточной биологии и канцерогенеза. В последнее время два GWASs сообщили подмножество NCGC восприимчивости локусов (5p13.1, 3q13.31, 8q24.3, 6p21.1 и 7p15.3), которые связаны с развитием NCGC. Анализ показал Биоинформатика несколько lincRNAs закрыт по этим локусам. Кроме того, было выявлено несколько соответствующих отдельных полиморфизмов нуклеотидов (SNP), расположенных в exonic районах lincRNAs, которые могут ассоциироваться с NCGC. Как мы все известно, за последние десять лет, при наличии крупномасштабной РНК последовательности, то теперь он становится удивительно ясно, что тысячи болезней, связанных с генетическими вариантами проживали за пределами генов или даже в некодирующих транскриптов уже полученных Генный у млекопитающих [24]. Последние новые свидетельства показали связь между ОНП проживали в lincRNAs и злокачественных опухолей человека. Например, на основе данных 1000 геномов, Гуанфу Джин и среди коллег обнаружили, что области lncRNA имели плотность полиморфизмов, подобный белок-кодирующих областей и далее аннотированный ОНП фенотип, связанных с сообщенные GWAS в lncRNA регионе может способствовать простаты риска [ ,,,0],38]. Одно недавнее исследование также сообщил, что генетический полиморфизм в lincRNA-uc003opf.1
гена связано с повышенным риском развития пищевода плоскоклеточного рака в китайских популяциях [39]. Коллективно, наше настоящее исследование согласуется с предыдущими исследования показали, что lincRNA-NR_024015
был умеренно более обильными в цитоплазме, чем в ядре фракционированных клеток рака желудка, предполагая, что функция этого lincRNAs оказываемся в цитоплазме , Наши результаты обеспечили сильные доказательства, подтверждающие гипотезу для цитоплазматической регуляции, в котором lincRNA-NR_024015
rs8506G >. SNP может влиять на экспрессию этого lincRNA путем изменения сайта связывания для HAS-MIR-526b
<Р> В заключение, данное исследование дало первые доказательства того, что генетический полиморфизм в exonic районах lincRNAs играют жизненно важную роль в опосредовании индивида восприимчивость к NCGC. Наши результаты также подтверждают гипотезу о том, что генетические варианты в lincRNA exonic регионах могут повлиять на микроРНК-опосредованной регуляции и связанное с риском GC. Наши результаты заслуживают проверки в более крупных, предпочтительно населения на основе исследований случай-контроль, а также хорошо разработанных механистических исследований.
Микробы могут предсказать летальный исход у пациентов с COVID-19 на ИВЛ
Распространение супербактерии E. coli из-за плохой гигиены туалета,
Ученые извлекли полный геном человека из «жевательной резинки» возрастом тысячи лет.
Веганская диета может увеличить количество кишечных микробов, которые способствуют снижению веса
Вперед, продолжать,
Бактерии в родовых путях снижают риск рака яичников
Бактериальные изменения кишечника влияют на результаты лечения волчанки во время беременности
Течение беременности, как настоящая любовь, не всегда проходит гладко, когда у вас волчанка, правильно называется системной красной волчанкой (СКВ). Это аутоиммунное заболевание иногда бывает сильным,
Как факторы хозяина, такие как микробиом легких, помогают при инфекции SARS ‐ CoV ‐ 2?
Коронавирус 2 (SARS-CoV-2) тяжелого острого респираторного синдрома - это РНК-вирус, который принадлежит к роду Coronaviridae и подроду бета-коронавируса. Это новый и очень заразный патоген, ответстве
Ограничения COVID-19 привели к 86-процентному снижению числа норовирусных инфекций в США,
находит исследование Начало пандемии COVID-19 привело к введению нескольких нефармацевтических вмешательств (НПИ) по всему миру. В то время как граждане США недовольны советом носить маски в обществен