rakovinou žalúdka vrátane CARDIA a non-Cardia typov je druhou najčastejšou príčinou úmrtí súvisiacich s rakovinou po celom svete. Podskupina non-kardio rakoviny žalúdka genetickou predispozíciou loci boli riešené mimo ázijský cez asociačné štúdie celého genómu (GWASs). Táto štúdia bolo vyhodnotiť účinky jednonukleotidových polymorfizmy (Snps) dlhých intergenových nekódovacích RNA (lincRNAs) na non-ústí pažeráka citlivosti na rakovinu u čínskej populácie. Zvolili sme dlhé intergenové nekódujúca RNA (lincRNAs) Nachádza sa v non-kardio rakoviny žalúdka loci rizík súvisiacich a identifikoval 10 SNP umiestnených v lincRNA exonic regiónoch. Skúmali sme, či genetické polymorfizmy v lincRNAs exóny sú spojené s non-ústí pažeráka riziko rakoviny vo 438 non-CARDIA pacientov s rakovinou žalúdka a 727 kontrolných orgánov v čínskej populácie s použitím logistickej regresie. Funkčné relevancie bola ďalej skúmaná pomocou biochemických testov. Zistili sme, že lincRNA-NR_024015 Citácia: Fan QH, Yu R, Huang WX, Cui XX, Luo BH, Zhang LY (2014) Tento má-MIR-526B Väzba-Site rs8506G > polymorfizmus. v lincRNA-NR_024015 Editor: Xiaoping Miao, MŽP Key Laboratórium pre životné prostredie a zdravie, School of Public Health, Tonga Medical College, Huazhong University of Science and Technology, Čína Prijaté: 11. decembra 2013; Prijaté: 25. január 2014; Publikované: 04.3.2014 Copyright: © 2014 Fan et al. Toto je článok o otvorený prístup distribuovaný pod podmienkami Creative Commons Attribution licencie, ktorá umožňuje neobmedzené použitie, distribúciu a reprodukciu v nejakom médiu, za predpokladu, že pôvodný autor a zdroj sú pripísané Financovanie :. Táto štúdia bol podporený v rámci projektu Suzhou fondu sociálneho rozvoja (SS08047), zadajte internej kliniky provincii Jiangsu v roku 2011. investorov nemal žiadnu úlohu v dizajne štúdie, zber a analýzu dát, rozhodnutie publikovať, alebo príprave rukopisu. Konflikt záujmov: autori vyhlásili, že žiadne konkurenčné záujmy neexistujú Úvod rakovina žalúdka (GC) je druhou najčastejšou príčinou úmrtí na rakovinu po celom svete po rakovine pľúc v roku 2010, hoci úmrtia úmrtnosti. nepatrne poklesol z 774,000 v roku 1990 na asi 755 tisíc v roku 2010 [1], [2]. Epidemiologické štúdie ukázali, že environmentálne faktor, vrátane stravovania, fajčenie tabaku, alkoholických spotrieb a predovšetkým infekcie Helicobacter pylori sú spojené s vyšším rizikom GC [3], [4]. Napriek týmto známymi rizikovými faktormi, vedci stále presvedčený, že genetické faktory, najmä jednonukleotidových polymorfizmy (SNP), je pravdepodobné, že hrajú zásadnú úlohu v riziku jednotlivca vzniku rakoviny žalúdka, ako len zlomok z exponovaných jedincov vyvinie rakovina žalúdka [5] . k dnešnému dňu, s predstihom novej generácie transkriptomu sekvencovania (RNA-Seq), tam bol hlboký posun v našom chápaní celú sadu transkripčných aberácií v chorobe, vrátane nových prepisy a nekódujúca RNA (ncRNAs) nie sú merané konvenčnými analýzami [6] - [9]. Zo všetkých v súčasnosti charakterizované tried kódovania non RNA molekúl, boli tieto tzv dlho zasahujúce ncRNAs (lincRNAs) dlhší ako 200 nukleotidov (nt), ktoré sú chýba otvorený čítací rámec a neprekrývajú sa gény proteíny kódujúcich [7], [10]. Skupiny lincRNAs boli dobre charakterizované do určitej miery a preukázané, že koreluje s dôležitých bunkových procesov, ako je potlač, X chromozómu inaktiváciu, údržbu pluripotence a reguláciu transkripcie [10] - [15]. Okrem toho, objavujúce sa dôkazy o porušenú reguláciou lincRNA vyjadrenie v početných druhov rakoviny sa objavili lincRNA ako nový aspekt biológie, s dôkazmi o tom, že hlavná úloha pre zapojenie lincRNA v ľudskom vzniku nádorov a metastáz [16], [17]. V skutočnosti, dobre popísaný príklad, hotair V posledných desiatich rokoch, viac Nestranná genómu-široký združenia štúdie (GWAS) rozšírili naše chápanie genetických variácií týkajúcich sa líšia typov chorôb a rakoviny vysokou priepustnosťou technológií [23]; však, aspoň jedna tretina z identifikovaných variantov sú v intervaloch nekódovacích [24]. V poslednej dobe sa dve GWAS bolo zistené, že niekoľko náchylnosť riziká loci, ktoré sú spojené s non-kardio rakovina žalúdka (NCGC) riziku v čínskej populácie. Analýza Bioinformatika odhalil početné lincRNAs blízko k týmto loci. Okrem toho niektoré relevantné jednonukleotidových polymorfizmy (SNP) Nachádza sa v exonic regiónoch lincRNAs, ktoré sa môžu spojiť s NCGC boli identifikované; Avšak, vzťah medzi genetickými zmenami v lincRNAs exónov a citlivosti rakoviny zriedka boli hlásené. V tejto štúdii sme predpokladali, že SNP v exonic oblasti lincRNAs môže zmeniť hladiny expresie, a tak môžu prispievať k NCGC. Pre testovanie tejto hypotézy sme vykonali štúdiu prípadov a kontrol nemocničné báze vyšetrovať súvislosti medzi týmto SNP a náchylnosť ku NCGC v čínskej populácie. študijných predmetov Všetky subjekty v tejto štúdii boli etnicky homogénny Han Číňan vrátane 438 pacientov NCGC a 727 zdravých kontrol. Pacienti, ktorí podstúpili chirurgický zákrok na prepojenými nemocníc Soochow univerzity (Suzhou) boli postupne regrutujú z roku 2003 do roku 2009, s rýchlosťou odozvy 94%. Pacienti boli z mesta Su-čou a jeho okolitých regiónov, a nedošlo k žiadnemu obmedzeniu veku, pohlavia a histológie. Podrobnosti týkajúce sa klinické príznaky pacientov sú zhrnuté v tabuľke 1. tumor, uzlina, metastáza (TNM) klasifikácie a nádor predstavovať boli hodnotené podľa amerického spoločného výboru na rakovinu predstavovať systém 2002. Ovládacie prvky populácie bol s rakovinou bez ľudí, ktorí žijú v regióne Suzhou; v akom boli vybrané z nutričného prieskumu uskutočneného v rovnakom období ako boli zhromaždené prípady. Kontrolné vzorky boli máme k dispozícii z predchádzajúcich štúdií, ktoré boli náhodne vybraných z databázy sa skladá z 3500 osôb na základe fyzikálneho vyšetrenia [25] - [27]. Meranie sérového imunoglobulínu G H. pylori u pacientov a kontrol NCGC bola stanovená pomocou enzymatického imunitného testu (ELISA). Táto štúdia bola schválená etickou komisiou Lekárskej univerzity Soochow. Všetci účastníci boli geneticky nepríbuzných etnickí Han Číňania a žiadny mal krvnú transfúziu počas posledných 6 mesiacov. Potom, čo písomný informovaný súhlas, každý účastník bol naplánovaný na prijímací pohovor so štruktúrovaným dotazníkom zhromažďovať vybrané informácie, a darovať 5 ml periférnej krvi. Všetky publikovanej literatúry vyšetruje súvislosť medzi genetickou predispozíciou a rizikom NCGC boli oprávnené. Hľadali sme pre štúdium až do augusta 2013 s použitím PubMed databázu a Web of Science. Rozhodujúci aktívny podmienky boli "asociačné štúdii genómu-široký", "GWAS", "NCGC", "rakovina žalúdka", "rakovina žalúdka", a "ázijské". Tiež sme ručne prehľadali referenčných zoznamov vo vybraných predmetoch. Máme za prvé vylúčiť niektoré články skenovaním tituly a súhrny štúdií, ktoré neboli napísané v angličtine. Potom, po prečítaní úplné znenie zostávajúcich článkov, sme identifikovali konečnú množinu štúdií. Všetky vybrané štúdie splnené nasledujúce podmienky: (1) výsledok vyšetrovania, bola založená na GWAS vo vzťahu k NCGC u ľudí; (2) články boli publikované v angličtine; (3) poslednej štúdie boli vybrané medzi prekrývajúce sa údaje a duplicitné údaje; (4) GWAS bolo vykonané s použitím čipovej technológie. Hlavnými kritériami pre vylúčenie boli (1) Recenzia, konzultácie, listy a úvodníky; (2) duplicitné údaje; (3) nie je case-control dizajnu; a (4) prekrývajúce údaje alebo údaje dumpingové najnovšími správami. Ďalej sme prehľadali citlivosti loci identifikovaný GWAS pre NCGC vo vybraný tovar, 4 lincRNAs, ktoré sa neprekrývajú s žiadnymi uznávanými génmi v rámci 1-MB rozsahu týchto lokusov v oboch smeroch (celkové rozpätie 2 MB), boli nakoniec identifikované z databázy ľudských lincRNAs [28]. Okrem toho Haploview softvéru 4,2 bola použitá pre bioinformatiky analýzu haplotypu bloku založenú na údajoch z čínskej Han Peking (CHB) Populácia HapMap (HapMap dát Release 27 fázy II + III februára 2009, na zostave NCBI B36, dbSNP B126). Tieto SNP s menšími alel frekvenciou vyššou ako 5% v čínskej populácie bola extrahovaná. Boli tri haplotypové blokov v čínskej populácie (obrázok 1A). Tieto SNP haplotypu-tagging boli vybrané pomocou softvéru Haploview 4,2 Tagger programu; bolo zistené, že rs11752896, rs11752942, rs4714336 a rs4711631 pokryl haplotypu v bloku 1, na 100% frekvenciou (rs11752896 a rs11752942: D '= 1.0, r 2 = 1,0; rs11752896 a rs4714336: D' = 1,0, r 2 = 1,0; rs11752896 a rs4711631: D '= 1.0, r 2 = 1,0). Okrem toho rs2467950, rs2450764 a rs9312, rs8506 pokryl haplotypu v bloku 1 na 100%, respektíve (rs2467950 a rs2450764: D '= 1.0, r 2 = 1,0; rs9312 a rs8506: D' = 1.0, r 2 = 1,0). SNP rs2304285 a rs2477757 sú mimo bloky. Preto SNP rs11752896, rs2467950, rs8506, rs2477757 a rs2304285 boli vybrané ako potenciálny päť funkčných SNP v exonic vybraných lincRNAs, ktoré majú byť analyzované na ich združenia s rizikom vzniku rakoviny žalúdka. genómovej DNA bola extrahovaná z lymfocytov periférnej krvi zo študovaných subjektov. Alely špecifický MALDI-TOF hmotnostnej spektrometrie bola použitá pre stanovenie genotypu značiek použitých v spojení analýzy, ako bolo opísané skôr [27], [29]. Celkovo 60 vzoriek bolo náhodne vybraných pre priame sekvenovanie na potvrdenie výsledkov genotyping z hmotnostnej spektrometriou analýzou, a výsledky boli v 100% zhodou. Približne 10% vzoriek boli náhodne vybrané pre zaslepeným opakovanie genotypu bez predchádzajúcej znalosti z predchádzajúceho výsledku genotypu alebo stavu bytia prípad a kontroly, a výsledky boli v 100% dohode. 293T alebo HGC-27 bunky boli zakúpené od Cell Bank of Type Culture Collection čínskej akadémie vied, Shanghai Institute of Cell Biology, a boli pasážovania za menej ako 6 mesiacov. Tieto 293T alebo HGC-27 bunky boli udržiavané v médiu DMEM s vysokým obsahom glukózy (Gibco-BRL, Gaithersburg, MD, USA) alebo médiu RPMI 1640, doplnenom 10% teplom inaktivovaného fetálneho séra hovädzieho dobytka (Gibco-BRL, Gaithersburg, MD, USA) a 50 ug /ml streptomycínu (Gibco-BRL, Gaithersburg, MD, USA) pri teplote 37 ° C v prítomnosti 5% CO 2. subcelulárnu frakcionácia HGC- 27 bunky boli pestované vo vlhkom inkubátore počas 2 dní. Pre subcelulárnu frakcionácie experimenty, a to až do 2 x 10 6 bunky boli použité. Cytozolové a nukleárnej extrakty z buniek karcinómu prsníka sa získala pomocou nukleárnej /cytosolu do frakcií kit (Biovision, USA) podľa inštrukcií výrobcu. In silico Vzhľadom k určitej štruktúry majú väčšiu šancu hrať kľúčovú úlohu v biologických funkcií; Takto sme použili RNAfold a SNPfold algoritmy predpovedať predpokladaný vplyv rs8506G > A na miestnych skladacích štruktúr lincRNA-NR_024015 Výstavba. reporter plazmidy Dva reportéri plazmidy obsahujúce 160 bp lincRNA-NR_024015 Bioinformatics analýza ukázala, že rs8506G > polymorfizmus umiestniť na väzbového miesta microRNA má-MIR-526B (http://snpinfo.niehs.nih.gov/). A tým, že napodobňuje a inhibítory má-MIR-526B (GenePharma Co, Shanghai) boli použité pre analýzu účinku má-MIR-526B na psiCHECK-2-lincRNA-rs8506 reportéri gény in vitro Na ďalšie štúdium role lincRNA-NR_024015 Tridsať dve vzorky tkaniva NCGC boli získané z biopsie jednotlivých pacientov a skladované pri -80 ° C pred analýzou. Celková RNA bola získaná z týchto rakovinových tkanív TRIzolu činidla (Molecular Research Center, Inc.). cDNA bola generovaná z mRNA s použitím náhodného primeru a Superscript II (Invitrogen) podľa protokolu výrobcu. Real-time kvantitatívnej polymerázovej reťazovej reakcie (RT-PCR) bola vykonaná na kvantifikáciu relatívnej génovej expresie lincRNA-NR_024015 Cell Viditeľnosť Assay 96 jamkami s plochým dnom doštičky (BD Biosciences, Bedford , MA), 100 ul buniek HGC-27 kotransfekovány pcDNA-lincRNA-rs8506SNP a má-MIR-526B alebo ovládacie boli rozdelené do alikvótnych častí do každej jamky. Životaschopnosť buniek bola meraná Cell Counting Kit-8 (CCK-8) (Dojindo Laboratory, Kumamoto, Japonsko) na základe pokynov výrobcu. rozdielom v distribúciách vybraná demografické premenné medzi prípadov a kontrol, ako aj alely a genotypovej frekvencie boli hodnotené pomocou obojstranných testy chi-kvadrát. Nepodmienené logistické regresné modely boli použité k odhadu združenia genotypov SNP s rizikom vzniku rakoviny žalúdka u miery pravdepodobnosti (OR) a ich 95% intervaly spoľahlivosti (CIS), nasleduje stratifikácia analýza podľa veku, pohlavia, fajčenia a stavu pitnej vody. Logistická regresia modelovanie bol použitý v teste trende, ako aj pre hodnotenie potenciálnych multiplikatívnej a aditív gén-gen a faktor interakcie génovo pre životné prostredie. Navyše údaje boli ďalej rozdelené podľa podskupín kliniky patologických premenných. Štatistická vypovedaciu schopnosť bola vypočítaná použitím softvéru PS (http://biostat.mc.vanderbilt.edu/twiki/bin/view/Main/PowerSampleSize, sprístupňoval 14 decembra 2010). Jednosmerné ANOVA test bol použitý pre vyhodnotenie účinku rôznych SNP na lincRNA-NR_024015 Výsledky genotypy a Nebezpečenstvo Non-kardia rakovina žalúdka V súčasná štúdia, päť SNP boli genotyp medzi prípadmi a kontrolami. Ako je uvedené v tabuľke 2, bola pozorovaná významná súvislosť s NCGC rizikom rs8506G >, A. Presnejšie, výsledky ukázali, že Genotypizácia v porovnaní s rs8506GG alebo AG genotypu lincRNA-NR_024015 stratifikácia Analýza Rs8506G >, A genotypy a riziko NCGC ďalej sme vykonali analýzu stratifikácia asociáciou medzi genotypom variantné a riziko NCGC podľa podskupín klinicko-rysy NCGC v tejto štúdii. Ako je uvedené v tabuľke 3, významná súvislosť medzi variantné genotypy a rizikom NCGC bola pozorovaná u pacientov s fajčením (upravený OR = 2,48, 95% CI = 1,63 - 3,78, homogenita testu P úrovniach kontrolného transkriptov jadrového ( U6 In silico Použitie RNAfold a SNPfold algoritmy in-silico Rs8506G >. A genotypom vplyv na LincRNA-NR_024015 Dve luciferázového reportérového génu konštrukty obsahovali rs8506G alebo alely boli testované prechodne ko-transfekcia sa napodobňovať a inhibítor má-MIR-526B, ktoré boli vychádzajúce väzba k rs8506G > a polymorfné miesto analýzou bioinformatiky. Výsledkom luciferázové aktivity ukazuje, že bunky HEG-27 prechodne kotransfekovány má-MIR-526B mimiku a postaviť obsahuje alely rs8506G vystavený výrazne znížená aktivita luciferázy, v závislosti od koncentrácie, a má-MIR-526B inhibítory výrazne obrátil a stimulovaná ich činnosť. Avšak, žiadna zjavná zmena bola pozorovaná pre reportéri gén A alely liečených má-MIR-526B napodobňuje alebo inhibítory ( P Hotel &0,05) (obrázok 2A). Rovnaké výsledky boli tiež pozorované, keď boli tieto experimenty opakovať s použitím buniek 293T (obrázok 2b) Združenie Rs8506G > a. Genotypy s LincRNA-NR_024015 Zhromaždili sme 32 nádorového tkaniva z neliečených pacientov NCGC s rôznymi genotypmi a vykonaná PCR v reálnom čase vyhodnotiť dopady lincRNA-NR_024015 Vplyv Mirna závislé Regulácia LincRNA-NR_024015 ďalej sme skúmali, či lincRNA-NR_024015 dicussion V tomto case-control štúdii nemocnici báze, obsahujúci celkom 438 pacientov a 727 zdravých kontrol, naša skupina našla rs8506G >. a je spojené s riziká NCGC. Naše dáta ukázali, že predmety nesúce rs8506AG a rs8506AA genotypy mali významné zvýšenie rizika pre NCGC v porovnaní s genotypom GG ( P Hotel &0,05). Ďalej sa ukázalo, že vysoké riziko účinok tohto polymorfizmu bol výraznejší u fajčiarov. Pokiaľ je nám známe, toto je prvá štúdia, ktorá komplexne vyhodnotiť pridružení medzi variantmi v exonic z lincRNA a riziko NCGC. Ako ďalšie triedu regulačných nekódovacích RNA, lincRNAs, sa nedávno presťahoval do popredia nekódovacích RNA štúdie. Tieto mRNA podobné molekuly, nemajú významný otvorený čítací rámec, sú všeobecne limitovaný, spojené a polyadenylated boli zapojené v celom rade bunkových procesov, ako je jadrová architektúry, regulácia génovej expresie, imunitným dozoru, alebo embryonálnych kmeňových buniek pluripotence. Niekoľko štúdií ukázalo lincRNAs sa ukázal ako nový aspekt biológie v rôznych chorobných stavov, a zmeny v hladinách expresie lincRNAs môže prispieť k biológii rakoviny na transkripčný, post-transkripčný a epigenetické úrovni [18], [30] - [32]. Jeden prominentný lincRNA, ANRIL v tejto štúdii, naša výsledkom spojenia medzi genetickým polymorfizmom v exonic regióny jedného lincRNA a citlivosťou na NCGC sa najprv získa v čínskej populácie. Relatívne veľké veľkosti vzorky použitej znížila veľkosť najvzdialenejších regiónov, ktoré možno detekovať štatisticky. Okrem toho sme dosiahli študijný výkon o viac ako 90% (obojstranný test, a = 0,05) v detekcii alebo 1,28 pre rs8506AG + AA genotypov (vyskytujúce sa s frekvenciou 42,5% medzi kontrolami), v porovnaní s genotyp rs8506GG. Pozoruhodne, asociácia je biologicky prijateľný a je v súlade so zisteniami našich funkčné štúdie. Na záver, táto štúdia poskytuje prvý dôkaz, že genetické polymorfizmy v exonic regiónoch lincRNAs hrajú dôležitú úlohu pri sprostredkovaní jednotlivca náchylnosť k NCGC. Naše výsledky ďalej podporujú hypotézu, že genetické varianty v lincRNA exonic regiónoch môžu ovplyvniť mikroRNA-sprostredkovanú reguláciu a spojenú s rizikom GC. Naše zistenia vyžadujú potvrdenie vo väčších výhodou case-control štúdií, rovnako ako dobre navrhnutých mechanických populačných štúdií.
rs8506AA nosič sa významne spojené s rizikom non-kardio rakoviny žalúdka (pomer upravený kurzy [OR] = 1,56, 95% CI = 1,03 až 2,39, v porovnaní s rs8506 AG alebo GG . genotyp ďalšia analýza ukázala, že stratifikácia účinok riziko bolo výraznejšie u podskupín fajčiarov ( P
= 0,001) Biochemické analýza preukázala, že G na zámenu bázy pri rs8506G > a. naruší väzobné miesto pre has- . MIR-526B, čím ovplyvňujú transkripčné aktivitu lincRNA-NR_024015 stroje a ovplyvňuje proliferáciu buniek Naša súčasná štúdia založená robustný vzťah medzi rs8506G > polymorfizmus v lincRNA-NR_024015
exónu a riziko non-kardio rakoviny žalúdka
Exon identifikovať podľa GWASs predurčujú k Non-kardia rakovina žalúdka Risk PLoS ONE 9 (3) :. e90008. doi: 10,1371 /journal.pone.0090008
boli študované príspevky na postupné progresiu nádorového ochorenia [11], [18], a vyzdvihne úlohu lncRNAs v biológii rakoviny. Okrem toho je dlhé nekódujúca RNA MALAT1
(metastáz spojené adenokarcinóm pľúc prepis 1), je časté misregulation a ako prediktívne marker pre rôznych ľudských rakovín hrubého čreva, prsníka a prostaty [19] - [ ,,,0],22]. Avšak mechanizmy špecifickú funkciu lincRNAs v rozvoju rakoviny nebol doteraz plne vymedzená.
Materiály a metódy
SNP Selection
genotypu Analýza
Cell Culture
predikciu skladacou konštrukciou indukovaného Rs8506G >, A LincRNA-NR_024015
podľa analýzy 61-BP regióny lemujúce polymorfizmus
región fragment exon lemujúce rs8506G alebo rs8506A alely boli syntetizované Genewiz Company (Suzhou, Čína) a potom klonovaný do psiCHECK- 2 základné vektora (Promega, Madison, WI, USA) (obrázok 1B). Výsledný konštrukt s lincRNA-NR_024015
rs8506 SNP (psiCHECK-2-lincRNA-rs8506G a psiCHECK-2-lincRNA- rs8506A) bola potvrdená sekvenovaním.
Prechodné transfekcia a Luciferase testy
. Tieto 293T alebo HGC-27 bunky boli vrúbľovať do 24-jamkových doštičiek (1 x 10 5 buniek na jamku) a kultivované na 60-70% zhlukovania pred transfekcia; Bunky potom boli transfekovány reportérových plazmidov opísaných vyššie s použitím Lipofectamine 2000 (Invitrogen, CA, USA), ako bolo opísané skôr [25]. V každej jamke, ko-transfekcia bola vykonaná za použitia 800 ng plazmidmi DNA postavené a 0, 1, alebo 40 pmol mikroRNA má-MIR-526B napodobňuje (Shanghai GenePharma Co., Ltd.), a s alebo bez 40 pmol má-MIR inhibítor -526b, v súlade s pokynmi výrobcu. Aktivita luciferázy bola meraná s Dual-Luciferase Reporter testovacieho systému (Promega, Madison, WI, USA) za použitia 20 TD- /20 luminometra (Turner Biosystems, Sunnyvale, CA, USA), a výsledky boli normalizované proti aktivite Renilla
luciferázového génu. Každá skupina obsahovala 6 opakovaní, a boli vykonané nezávislé troje experimentov.
Expression Konštrukcia vektora
progresie rakoviny je plný cDNA zo lincRNA-NR_024015
ukrývanie rs8506G a rs8506A alely boli syntetizované podľa Genewiz Company (Suzhou, Čína), a potom klonovaný do pcDNA3.1 vektorov. Výsledný konštrukt s lincRNA-NR_024015
rs8506 SNP (pcDNA-lincRNA-rs8506G a pcDNA-lincRNA-rs8506A) bola potvrdená sekvenovaním.
RNA izolácie a kvantitatívnej RT-PCR analýza
, za použitia ABI Prism 7500 detekčný systém sekvencie (Applied Biosystems) na základe SYBR zelený spôsob a GAPDH
bol použitý ako vnútorný referenčný gén v každej reakcii.
Štatistická analýza
expresie transkriptov. Všetky testy boli obojstranný pomocou softvéru SAS (verzia 9.1; SAS Institute, Cary, NC, USA). A P
. ≪ 0,05 bola použitá ako kritérium pre štatistickej významnosti
rs8506AA nosič sa významne spojené s rizikom non-kardio karcinómu žalúdka (upravený pomer šancí [OR] = 1,56, 95% CI = 1,03 - 2,39). Okrem toho žiadne významné rozdiely boli skúmané v ďalších štyroch SNP ( P Hotel > 0,05). Tak by sme mohli konštatovať, že genetickú variant rs8506G >. Polymorfizmus v lincRNA-NR_024015
hrá výrazne úlohu pri sprostredkovaní riziko NCGC
= 0,001) , čo naznačuje, že fajčenie moduluje pridružení medzi lincRNA-NR_024015
rs8506G > varianta genotypy a riziko NCGC. Žiadna významná asociácia bola nájdená v ďalších podskupín.
Mobilné charakterizácia LincRNA-NR_024015
), cytoplazmatická ovládanie prepis ( GAPDH
mRNA), a lincRNA-NR_024015
boli hodnotené pomocou RT-qPCR v jadrových a cytoplazmatických frakciách buniek HGC-27, resp. Výsledky ukázali, že GAPDH
mRNA bola detekovaná iba v cytoplazmatickej frakcii, zatiaľ čo jadro-udržal U6
bol prevažne v nukleárnej frakcii. A lincRNA-NR_024015
výraz bol prevažne cytoplazmatickej (obrázok 1B)
Analýza účinku Rs8506G >. A LincRNA-NR_024015
Skladacie
analýze sme predpokladali miestnej štrukturálne zmeny lincRNA-NR_024015
spôsobené rs8506G > polymorfizmus umiestnený v rámci exonic oblasť lincRNA-NR_024015
. Ako je znázornené na obrázku 1C a D, výsledky naznačujú, že G na zámenu bázy z rs8506G >, A má priamy vplyv na skladanie lincRNA-NR_024015
, čo môže mať vplyv na väzobné miesto pre microRNA. To potom môže mať vplyv na lincRNA-NR_024015
génovú expresiu
Expression narušením väzbou has-MIR-526B in vitro
Expression
rs8506G > a umiestnený na lincRNA-NR_024015
výrazu. Výsledok ukázal, že pacienti s genotypom rs8506AG a rs8506AA vyjadrené výrazne vyššia lincRNA-NR_024015
hladiny mRNA (priemer ± SEM) v porovnaní s dopravcov genotype rs8506GG (AG: 0,029 ± 0,005, AA: 0,040 ± 0,005; GG: 0,019 ± 0,004; P
= 0,023), ako je ukázané na obrázkoch 2C
prejave na bunkovej proliferácie.
rs8506G > a genotypy majú vplyv na proliferáciu buniek v vitro
. Ako je vidieť na obrázku 2D, lincRNA-NR_024015
expresie klesla po 24 hodinách transfekcia v bunkách prechodne ko-transfekovány pcDNA-lincRNA-rs8506G a má-MIR-526B v porovnaní s tými, ktoré ko-transfekovány pcDNA-lincRNA- rs8506A a má-MIR-526B ( P Hotel <0,001). Bunky s znížená expresia lincRNA-NR_024015
majú nízku rýchlosť bunkového rastu v porovnaní s bunkami transfekovanými pcDNA-lincRNA-rs8506A a má-MIR-526B z 2 ( P
= 0,004 ) (obr 2E)
, bol funkčne podieľa na progresiu rakoviny, zvyčajne potláča epigenetické génovej expresie prostredníctvom väzby na a nábor chromatín modifikáciu komplexy [33], [34]. Ďalšie slávny príklad je lincRNA, GAS5
; genetické odchýlky v tomto lincRNA lokuse boli nájdené v mnohých druhov nádorov, vrátane melanómu, prsníka a rakoviny prostaty [35] - [37]. Tieto riadky dôkazov podporil význam lincRNAs v bunkovej biológii a onkogenézy. V poslednej dobe, dva GWASs hlásili podmnožinu NCGC citlivosti loci (5p13.1, 3q13.31, 8q24.3, 6p21.1 a 7p15.3), ktoré sú spojené s rozvojom NCGC. Bioinformatics analýza odhalila niekoľko lincRNAs uzavreté s týmito loci. Ďalej boli identifikované niektoré relevantné jednonukleotidových polymorfizmy (SNP) Nachádza sa v exonic regiónoch lincRNAs, ktoré sa môžu spojiť s NCGC. Ako sme všetky známe, v posledných desiatich rokoch, s dostupnosťou vo veľkom meradle RNA sekvenovania, že sa teraz stáva pozoruhodne jasné, že tisíce genetických variantov spojených s ochorením zdržiaval mimo gény alebo dokonca v nekódovacích transkriptov už boli získané genóm projekt u cicavcov [24]. Nedávne dôkazy rozvíjajúce sa ukázali súvislosť medzi SNP sídlila v lincRNAs a ľudských nádorov. Napríklad, na základe údajov z genómov 1000, Guangfu Jin a colleages zistili, že oblasti lncRNA mala hustotu SNP podobnú oblastí kódujúcich proteíny a ďalej komentovaný SNP fenotyp súvisiace hlásené GWAS na lncRNA oblasti môže prispieť k prostaty riziká [ ,,,0],38]. Jedna nedávna štúdia tiež oznámil, že genetický polymorfizmus v časti lincRNA-uc003opf.1
génu je spojené so zvýšeným rizikom vzniku pažeráka spinocelulárny karcinóm v čínskej populácie [39]. Spoločne, naša Táto štúdia je v súlade s predchádzajúcimi zisteniami ukázali, že lincRNA-NR_024015
bol mierne hojnejší v cytoplazme, než v jadre frakcionované buniek karcinómu žalúdka, čo naznačuje, že funkcia tohto lincRNAs je vyvíjaný v cytoplazme , Naše výsledky za predpokladu silné dôkazy podporujúce hypotézu pre cytoplazmatickej reguláciu, v ktorom lincRNA-NR_024015
rs8506G >. SNP môže ovplyvniť expresiu tejto lincRNA zmenou väzobné miesto pre Has-MIR-526B
Mikrobióm by mohol pomôcť identifikovať riziko pred rakovinou u žien s HPV
Matematický model odhaľuje riziko infekcie SARS-CoV-2 po transplantácii fekálnej mikrobioty
To, čo jete, môže zmeniť spôsob, akým antibiotiká ovplyvňujú vaše črevo
Migrácia ovplyvňuje črevnú mikroflóru, ktorá zase ovplyvňuje výskumníkov v oblasti zdravia
Organické jablká majú probiotické vlastnosti
Nové interakcie hostiteľ-vírusový-mikrobióm počas COVID-19 môžu určiť výsledok
Pľúcne mikróby by mohli pomôcť predpovedať výsledky u vážne chorých
Nová štúdia publikovaná v American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine ukazuje, že zaznamenanie toho, ako sa organizmy žijúce v pľúcach menia v type a počte, by mohlo odrážať reakciu k
Bežný genetický variant vysvetľuje, prečo imunoterapia pri Crohnovej chorobe často zlyhá
Dôvod, prečo bežne používaný sortiment liekov nie je účinný u niektorých pacientov s Crohnovou chorobou, nebol doteraz identifikovaný. Avšak, spolupráca medzi University of Exeter, Royal Devon &Exeter
Vedci identifikovali baktériu s aktivitou anti-SARS-CoV-2 in vitro:Dolosigranulum pigrum
Vážny akútny respiračný syndróm koronavírus 2 (SARS-CoV-2) nakazil viac ako 173,3 milióna ľudí na celom svete. Z nich, významná menšina bola vážna alebo kritická, čo vedie k viac ako 3,7 miliónu úmrtí