PLoS ONE: turi-Pasaulis-526b, įrišimas vietoje rs8506G >, A polimorfizmo į lincRNA-NR_024015 Exon Identifikavimo GWASs salygoja ne CARDIA skrandžio vėžys Risk

Anotacija

Skrandžio vėžio, įskaitant Cardia ir ne -cardia rūšys yra antra dažna priežastis vėžio mirčių visame pasaulyje. A ne CARDIA skrandžio vėžio genetinį imlumą lokusų pogrupyje buvo sprendžiami tarp Azijos per genomo asociacijos tyrimų (GWASs). Šis tyrimas buvo įvertinti pavienių nukleotidų polimorfizmo (SNP) ilgųjų intergenic ne kodavimo RNR (lincRNAs) ne CARDIA skrandžio vėžio imlumo Kinijos gyventojams klausimą. Mes pasirinkome ilgas intergenic nekoduojamame RNR (lincRNAs), esančių ne CARDIA skrandžio vėžio riziką susijusią loci ir nustatė 10 SNP, esančius lincRNA exonic regionuose. Mes išnagrinėti, ar genetiniai polimorfizmas į lincRNAs egzonų yra susiję su ne CARDIA skrandžio vėžio rizikai 438 ne CARDIA skrandžio vėžiu sergantiems pacientams ir 727 kontrolinės grupės tiriamųjų Kinijos gyventojų naudojasi logistinę regresiją. Funkcinis aktualumas buvo toliau nagrinėjo biocheminių tyrimų. Mes nustatėme, kad lincRNA-NR_024015
rs8506AA vežėjas buvo reikšmingai susijęs su rizika ne CARDIA skrandžio vėžiu (koreguotas šansų santykis [AR] = 1,56, 95% PI = 1,03-2,39, palyginti su rs8506 AG arba GG . genotipas daugiau stratifikacija analizė parodė, kad rizika poveikis buvo ryškesnis pogrupių rūkalių ( P
= 0,001) Biocheminiai analizė parodė, kad G bazinės kaitos rs8506G > a. sutrikdo jungimosi vietos has- . Pasaulis-526b, taip įtakojant transkripcijos veiklą, lincRNA-NR_024015 parsisiųsti ir įtakos ląstelių proliferaciją Mūsų dabartinis tyrimas nustatė tvirtą asociaciją tarp rs8506G > a polimorfizmo į lincRNA-NR_024015
egzono ir iš ne CARDIA skrandžio vėžio rizika

nurodomoji dalis: Fanų GP, J. R Huang WX Cui XX Lo įranga BH Zhang LY (2014) turi-Pasaulis-526b, įrišimas vietoje rs8506G > A polimorfizmo. į lincRNA-NR_024015 pervežimas Exon žymimas GWASs salygoja ne CARDIA skrandžio vėžio rizikos PLoS ONE 9 (3):. e90008. Doi: 10,1371 /journal.pone.0090008

redaktorius: Xiaoping Miao, Ūkio ministerija Pagrindiniai laboratorija aplinkos ir sveikatos, visuomenės sveikatos mokyklos, Tongji Medicinos kolegija, Huazhong universiteto mokslo ir technologijų, Kinija

įstojo: gruodžio 11, 2013; Priimtas sausio 25 d 2014 m Paskelbta: Kovo 4, 2014

Visos teisės saugomos: © 2014 Fan et al., Tai atviros prieigos straipsnis platinama pagal Creative Commons Attribution licencija, kuri leidžia nevaržomai naudotis, paskirstymo ir dauginimąsi bet kokioje laikmenoje sąlygomis, su sąlyga, kad pirmasis autorius ir šaltinis įskaitomos

Finansavimas:. Šis tyrimas parėmė Sudžou socialinės plėtros fondo projekto (SS08047), Key Medical departamento Jiangsu provincijos 2011 m finansuotojų neturėjo vaidmenį studijų dizainas, duomenų rinkimo ir analizės, sprendimų skelbti, ar ruošiant rankraštį.

konkuruojančių interesų: autoriai pareiškė, kad nėra konkuruojantys interesai egzistuoja

Įvadas

Skrandžio vėžys (GC) yra antra pagrindinė priežastis, dėl vėžio mirties visame pasaulyje po plaučių vėžio 2010 metais, nors mirčių mirtingumo. šiek tiek sumažėjo nuo 774,000 1990 metais apie 755.000 2010 m [1], [2]. Epidemiologiniai tyrimai parodė, kad aplinkos faktorių, įskaitant mitybą, tabako rūkymas, alkoholinių suvartojimo, o ypač infekcija Helicobacter pylori yra susijusi su didesne rizika GC [3], [4]. Nepaisant šių rizikos veiksnių, mokslininkai vis dar įsitikinęs, kad genetiniai veiksniai, ypač vieno nukleotido polimorfizmas (SNP), gali vaidinti esminį vaidmenį individo rizika susirgti skrandžio vėžiu, nes tik veikiami asmenų frakcija plėtoti skrandžio vėžiu [5] .

Iki šiol su naujos kartos transcriptome sekos (RNR Eil) anksto, buvo gilus perėjimas mūsų supratimą visą rinkinį transkripcijos aberacijas ligos, įskaitant naujų nuorašai ir ne kodavimas RNR (ncRNAs) nematuojama įprastiniais tyrimais [6] - [9]. Visų iš šiuo metu būdinga klasių nekoduojanti RNR molekulių, jie buvo vadinamas ilgai įsikišti ncRNAs (lincRNAs) ilgesnis nei 200 nukleotidai (NT), kad yra trūksta atvirą skaitymo rėmelis ir nepersidengia baltymų kodavimo genus [7], [10]. Grupės lincRNAs buvo gerai charakterizuojama tam tikru mastu ir įrodyta, susijęs su svarbiais korinio procesų, pavyzdžiui, įspausti, X chromosomų nukenksminti, pluripotency priežiūra ir transkripcijos reguliavimo [10] - [15]. Be to, atsiranda įrodymų dysregulated lincRNA išraiška daugelio vėžio atsirado lincRNA kaip naujas aspektas biologijos, su įrodymų, kad pagrindinis vaidmuo dalyvaujant lincRNA žmonijos Tumorigenesis ir metastazių [16], [17]. Iš tiesų, gerai aprašyta pavyzdys HOTAIR
buvo studijavo įmokas į laipsnišką progresavimo Tumorigenesis [11], [18], pabrėždama lncRNAs vaidmenį vėžio biologija. Be to, ilgai nekoduojamame RNR MALAT1
(metastazės susijęs plaučių adenokarcinoma stenograma 1), yra dažna misregulation ir kaip prognozavimo persekiotoją dėl žmogaus vėžio ir storosios žarnos, krūties ir prostatos [19] įvairovė - [ ,,,0],22]. Nepaisant to, mechanizmus, sukeliančius specifines funkcijas lincRNAs į vėžio išsivystymo nebuvo visiškai apibrėžtos.

Per pastarąjį dešimtmetį, daug nešališką genomo asociacijos tyrimai (GWAS) praplėtė mūsų supratimą apie genetinių variantų, susijusių su įvairiais tipų ligų ir vėžio aukšto našumo technologijas [23]; Tačiau, ne mažiau kaip vienas trečdalis iš nustatytų variantų yra per nekoduojanti intervalais [24]. Neseniai du GWAS metu paaiškėjo, kad jautrumas rizikos loci kurie yra susiję su ne CARDIA skrandžio vėžys (NCGC) rizikos Kinijos gyventojų. Bioinformatika analizė atskleidė daug lincRNAs glaudžius šių lokusų. Be to, keli reikšmingi vieno nukleotido polimorfizmas (SNP), esančių į exonic regionuose lincRNAs, kurie gali susieti su NCGC buvo nustatytas; Tačiau retai buvo pranešta tarp genetinių pokyčių lincRNAs egzonų ir vėžio jautrumą asociacija.

Šiame tyrime mes iškėlė hipotezę, kad SNP į exonic regione lincRNAs gali pakeisti raiškos lygmenis ir taip gali prisidėti prie NCGC. Norėdami patikrinti šią hipotezę, mes atlikome ligoninės pagrindu atvejo-kontrolės tyrimą, kuriuo siekiama ištirti ryšį tarp šių VNP-ai ir jautrumą NCGC asociacijas Kinijos gyventojų.

Medžiagos ir metodai

Studijų dalykai

Visi dalykai dabartiniame tyrime, buvo etniškai vienarūšiai Han kinų įskaitant 438 NCGC pacientams ir 727 sveikų. Pacientai, kuriems buvo atlikta operacija ne dukterinė ligoninėse Soochow universiteto (Suzhou) buvo nuosekliai įdarbino nuo 2003 iki 2009, su atsako dažnis 94%. Pacientai buvo iš Suzhou miesto ir aplinkinių regionų, ir nebuvo jokių amžiaus, lyties ir histologija apribojimai. Išsami informacija apie klinikinius požymius pacientams yra apibendrinti 1 lentelėje navikas, mazgas, metastazės (TNM) klasifikacija ir naviko sustojimo buvo vertinami atsižvelgiant į 2002 m Amerikos jungtinio komiteto Vėžys sustojimo sistema. Gyventojų kontrolė yra vėžio nemokamai gyvenantys žmonės Sudžou regione; jie buvo atrinkti iš mitybos apklausa per tą patį laikotarpį, kaip bylos buvo surinkta. Kontrolės mėginiai buvo prieinama mus iš ankstesnių tyrimų, kurie buvo atsitiktinai pasirinktų iš duomenų bazės, susidedantis iš 3500 asmenų remiantis fizinio tikrinimo [25] - [27]. Dėl serumo H.pylori imunoglobulino G matavimas NCGC pacientų ir kontrolės nulėmė imunofermentine analize (ELISA). Šis tyrimas buvo patvirtintas medicinos etikos komiteto Soochow universitete. Visi dalyviai buvo genetiškai nesusiję etninių Han kinų ir nė turėjo kraujo perpylimas per pastaruosius 6 mėnesius. Suteikusi raštišką sutikimą, kiekvienas dalyvis buvo planuojama interviu su struktūrinio klausimyną rinkti pasirinktą informaciją ir paaukoti 5 ml periferiniame kraujyje.

SNP atranka

Visos paskelbta literatūra nagrinėjo ryšys tarp genetinio jautrumo ir NCGC rizika buvo tinkamos. Mes ieškoma tyrimų iki 2013 rugpjūčio naudojant PubMed duomenų bazės ir Web of Science. Susijusios paieškos terminai yra "genomo asociacija tyrimas", "GWAS", "NCGC", "skrandžio vėžys", "skrandžio vėžys" ir "Azijos". Mes taip pat rankiniu būdu ieškoma orientacinių sąrašus atrinktų straipsnių. Mes pirmiausia atmesti keletą straipsnių skenuojant pavadinimus ir santraukas tyrimų, kurie nebuvo parašyta anglų kalba. Tada po svarstymo visą tekstą likusių straipsniuose mes nustatė galutinį rinkinį studijas. Visi atrinkti tyrimai atitiko šiuos kriterijus: (1) rezultatas ištirti buvo grindžiamas GWAS atsižvelgiant į NCGC žmonėms; (2) straipsniai buvo paskelbti anglų kalba; (3) naujausi tyrimai buvo atrinkti tarp sutampančių duomenų ir besidubliuojančių duomenų; (4) GWAS buvo atliekami naudojant lusto technologiją. Pagrindiniai atmetimo kriterijai buvo (1) atsiliepimų, vadovėliai, raides ir Redakcijos; (2) dubliuoti duomenis; (3) nėra atvejo-kontrolės dizainas; ir (4) sutampa duomenys arba dempingo kaina naujausiais pranešimais. Be to, mes plauti jautrumo loci identifikuoja GWAS už NCGC atrinktų straipsnių, 4 lincRNAs kad nebuvo susimaišys su pripažintais genų viduje yra 1-MB asortimentą šių lokusų, bet kuria kryptimi (iš viso span 2 MB) galiausiai buvo nustatytas nuo žmogaus lincRNAs duomenų bazę [28]. Be to, Haploview programinė įranga 4,2 buvo naudojamas bioinformatikos analizės haplotipas bloko grindžiamas Kinijos Han Pekinas (CHB) Gyventojai duomenų HapMap (HapMap duomenų paskelbimo 27 etapo II + III, 2009 vasario, dėl NCBI B36 surinkimas, dbSNP B126). Šie SNP su nepilnamečiais alelių dažniai didesni nei 5% Kinijos gyventojų buvo išgauti. Yra trys haplotipas blokų Kinijos gyventojų (1a pav.) Į haplotipas-tagging SNP buvo atrinkti su Haploview programinės įrangos 4.2 Tagger programos; buvo nustatyta, kad rs11752896, rs11752942, rs4714336 ir rs4711631 apėmė 1 bloko haplotipas ne 100% dažnumu (rs11752896 ir rs11752942: D '= 1,0, R ^{2 = 1,0; rs11752896 ir rs4714336: D = 1,0, R 2 = 1,0; rs11752896 ir rs4711631: D = 1,0, R 2 = 1,0). Be to, rs2467950, rs2450764 ir rs9312, rs8506 apėmė 1 bloko haplotipas ne 100%, atitinkamai (rs2467950 ir rs2450764: D = 1,0, R 2 = 1,0; rs9312 ir rs8506: D = 1,0, R 2 = 1,0). SNP rs2304285 ir rs2477757 yra už blokus. Todėl SNP rs11752896, rs2467950, rs8506, rs2477757 ir rs2304285 buvo pasirinkta kaip penkių galimų funkcinių VNP-ai į pasirinktų lincRNAs exonic būti analizuojami jų asociacijų su rizika skrandžio vėžio.}

genotipo analizė

genomo DNR buvo išskirta iš periferinio kraujo limfocitų studijų dalykų. Alelio specifinis MALDI-TOF masės spektrometrija buvo naudojamas genotipo žymeklius, kurios naudojamos asociacijos analizuoja, kaip buvo aprašyta anksčiau [27], [29]. Iš 60 mėginių iš viso buvo atsitiktinai atrinkti tiesiogiai sekos patvirtinti genotipo nustatymo rezultatus iš masės spektrometrijos analizės, o rezultatai buvo 100% sutartį. Maždaug 10% mėginių, taip pat buvo atsitiktinai atrinkti apakinti pasikartojimas genotipo be išankstinių žinių apie ankstesnio genotipo ar dėl būties atvejis ir kontrolės statuso, o rezultatai buvo 100% sutartį.

Mobilusis kultūra

293T arba HGC-27 ląstelių buvo perkami iš ląstelių banko tipo kultūros kolekcijos Kinijos mokslų akademijos, Šanchajus instituto ląstelių biologijos ir buvo passaged už mažiau nei 6 mėnesius. Į 293T arba HGC-27 ląstelių buvo prižiūrimi DMEM aukštos gliukozės (Gibco-BRL, Gaithersburg, MD, JAV) arba RPMI 1640 terpė papildyta 10% šilumos inaktyvuota vaisiaus jaučio serumo (Lanksčiai-BRL, Gaithersburg, MD, JAV) ir 50 mikrogramai /ml streptomicino (Lanksčiai-BRL, Gaithersburg, MD, JAV) bent 37 ° C 5% CO buvimo _2.

pavienių ląstelių tyri- mas Frakcijonuojant

HGC- 27 ląstelės buvo auginamos temperatūroje drėgnoje inkubatoriuje 2 dienas. Dėl pavienių ląstelių tyri- mas frakcionavimo eksperimentų iki 2 × 10 ^{buvo naudojamas 6 ląstelės. Citozolinių ir branduolinių ištraukos krūties vėžio ląstelių buvo renkami naudojant Branduolinė /citozolyje frakcionavimo komplektas (Biovision, JAV) pagal gamintojo instrukcijas.}

silico pervežimas Prognozė lankstymo struktūrų sukeltos Rs8506G > A LincRNA-NR_024015

Kadangi tam tikros struktūros yra labiau tikėtina, kad vaidina pagrindinius vaidmenis biologinių funkcijų; todėl mes panaudojome RNAfold ir SNPfold algoritmai prognozuoti spėjamą įtaką rs8506G > A dėl vietos lankstymo struktūros lincRNA-NR_024015
analizuojant 61-BP regionus gretutines polimorfizmas

statyba. Žurnalistė plazmidės

du Reporter plazmidės sudėtyje yra 160 bp, lincRNA-NR_024015
Exon regionas fragmentas gretutines rs8506G arba rs8506A alelių buvo sintetinamas Genewiz Company (Suzhou, Kinija) ir tada klonuoti į psiCHECK- 2 pagrindinė vektoriaus (Promega Madison, WI) (1B pav.) Gautas statyti su lincRNA-NR_024015
rs8506 SNP (psiCHECK-2-lincRNA-rs8506G ir psiCHECK-2-lincRNA- rs8506A) buvo patvirtinta sekos.

laikini transfekcija ir liuciferazės Bandymai

Bioinformatikos analizė parodė, kad rs8506G >, A polimorfizmo rasti ne privalomą svetainėje MicroRNA turi-Pasaulis-526b (http://snpinfo.niehs.nih.gov/). Taip, kad imituoja ir inhibitoriai turi-miR-526b (GenePharma Co. Šanchajus) buvo taikomi analizuoti turi-miR-526b poveikį psiCHECK-2-lincRNA-rs8506 Reporter genai in vitro
. Į 293T arba HGC-27 ląstelių buvo pasėjamos į 24-duobučių lėkštelėse (1 × 10 ^{5 ląstelės per šulinio) ir kultūringas iki 60-70% santakoje prieš transfekciją; tada ląstelės buvo pernešta su reporterio plazmidžių aukščiau naudojant Lipofectamine 2000 (INVITROGEN, CA, JAV), kaip aprašyta anksčiau aprašytų [25]. Į kiekvieną šulinėlį, CO-transfekcija buvo atliekama naudojant 800 ng daug sukonstruotos plazmidės DNR ir 0, 1, arba 40 pmol MicroRNA yra-miR-526b imituoja (Šanchajus GenePharma Co, Ltd), ir su arba be 40 pmol turi-miR -526b inhibitorius, pagal gamintojo instrukcijas. Liuciferazės veikla buvo matuojamas Dvejopo liuciferazės reporterio testą sistemos (Promega, Madison, WI, JAV), naudojant TD-20/20 luminometer (Turner BIOSYSTEMS, Saniveilis, Kalifornija, JAV), o rezultatai buvo palyginti pagal veiklos Renilla
liuciferazė genas. Kiekviena grupė įtraukti 6 lygiagretūs, ir buvo atlikti nepriklausomi trimis egzemplioriais eksperimentai.}

išraiškos vektoriaus konstrukcija

Jei toliau studijuoti lincRNA-NR_024015 vaidmenį
vėžio progresavimą, pateikiant visą ilgis kDNR iš lincRNA-NR_024015
slėpimas rs8506G ir rs8506A aleliai buvo sintetinamas Genewiz Company (Sudžou, Kinija) ir tada klonuoti į pcDNA3.1 vektorių. Gautas statyti su lincRNA-NR_024015
rs8506 SNP (pcDNR-lincRNA-rs8506G ir pcDNR-lincRNA-rs8506A) buvo patvirtinta sekos.

RNR išskyrimas ir kiekybinė PGR analizė

trisdešimt du NCGC audinio mėginiai buvo gauti iš biopsijos atskirų pacientų ir saugomi -80 ° C iki analizės. Iš viso RNR buvo gauta iš šių vėžinių audinių su TRIzol reagento (Molekulinė mokslinių tyrimų centras, Inc). kDNR buvo sukurtas nuo mRNR naudojant atsitiktinių gruntą ir viršuje II (Invitrogen) pagal gamintojo protokolą. Realaus laiko kiekybine polimerazės grandininė reakcija (PGR) buvo atliktas kiekybiškai santykinį genų ekspresiją, lincRNA-NR_024015
, naudojant ABI PRISM 7500 sekos nustatymo sistemą (taikoma BIOSYSTEMS), remiantis SYBR-žalia metodas, ir GAPDH
buvo naudojamas kaip vidaus atskaitos geno kiekvienoje reakcijoje.

Mobilusis Matomumas Analizės

96 Na, plokšti dugnu plokštės (BD biomokslai Bedford MA), 100 iL HGC-27 ląstelių cotransfected su pcDNR-lincRNA-rs8506SNP ir turi-Pasaulis-526b ar kontrolės buvo gerai padalinamas alikvotinėmis dalimis į kiekvieną. Ląstelių gyvybingumas buvo matuojamas Mobilusis skaičiavimas komplektas-8 (CCK-8) (Dojindo laboratorija, Kumamoto, Japonija), remiantis gamintojo instrukcijomis.

Statistinė analizė

Į Pasirinktų skirstinių skirtumai demografiniai kintamieji tarp atvejų ir kontrolės, taip pat alelių ir genotipas dažniai buvo įvertintas dvipusių chi-kvadrato bandymus. Besąlyginė logistinės regresijos modeliai buvo naudojami siekiant įvertinti su genotipų VNP-ai asociacijas su rizika skrandžio vėžio šansų santykį (ŠS) ir jų 95% pasikliautinieji intervalai (KĮ), po stratifikacijos analizės pagal amžių, lytį, rūkymas ir alkoholio vartojimas statusą. Logistinės regresijos modeliavimas buvo naudojamas trendo testas, taip pat įvertinti galimą multiplikatyvų ir priedų genų geną ir genų ir aplinkos veiksnių sąveika. Be to, duomenys buvo dar suskirstyti pagal pogrupius klinikos-patologinis kintamųjų. Statistiniai galia buvo skaičiuojamas taikant PS programinę įrangą (http://biostat.mc.vanderbilt.edu/twiki/bin/view/Main/PowerSampleSize, prieinama Gru 14, 2010). ANOVA testas buvo naudojamas siekiant įvertinti įvairių VNP-ai poveikį lincRNA-NR_024015
stenograma išraiška. Visi testai buvo dvipusis naudojant SAS programinę įrangą (versija 9.1; SAS Institute, Cary, NC, JAV). P
. ≪ 0,05 buvo naudojamas kaip statistinio reikšmingumo kriterijus

Rezultatai

genotipai ir rizika Ne CARDIA skrandžio vėžys

Šiame tyrime penki SNP buvo nustatytas genotipas tarp atvejų ir kontrolės. Kaip parodyta 2 lentelėje, didelė asociacija su NCGC rizikos, buvo pastebėta rs8506G > a. Konkrečiai, genotipas rezultatai parodė, kad, palyginti su rs8506GG ar AG genotipu lincRNA-NR_024015
rs8506AA vežėjas buvo reikšmingai susijęs su rizika ne CARDIA skrandžio vėžiu (koreguotas šansų santykis [AR] = 1,56, 95% PI = 1,03-2,39). Be to, jokių reikšmingų skirtumų buvo nagrinėjami kitų keturių VNP-ai ( P
> 0,05). Taigi, mes galime teigti, kad genetinis variantas rs8506G >. A polimorfizmo į lincRNA-NR_024015
vaidina žymiai vaidmenį tarpininkaujant su NCGC riziką

stratifikacija analizė Rs8506G >, A genotipas ir rizika NCGC

Mes taip pat atliko stratifikacijos analizė tarp variantas genotipų ir rizikos NCGC asociacijoms pogrupių klinikos ypatybių NCGC šiame tyrime. Kaip parodyta 3 lentelėje, reikšmingas ryšys tarp variantas genotipų bei NCGC rizika buvo pastebėta dalykų su rūkymu (Pritaikytas arba = 2.48, 95% PI = 1,63-3,78, homogeniškumas testas P
= 0,001) , o tai rodo, kad rūkymas moduliuoja tarp lincRNA-NR_024015 asociaciją
rs8506G > variantas genotipus ir NCGC riziką. Nėra reikšmingas ryšys buvo rastas kitas pogrupius.

Mobilieji apibūdinimas LincRNA-NR_024015 pervežimas pervežimas

branduolinės kontrolės stenograma lygių (, U6
), citoplazmos kontrolė stenograma ( GAPDH
iRNR) ir lincRNA-NR_024015
buvo vertinamas RT-qPCR branduolinėmis ir citoplazmos frakcijų HGC-27 ląstelių, atitinkamai. Rezultatai parodė, kad GAPDH
iRNR buvo aptiktas tik citoplazmos frakcija, o branduolys-išsaugojo , U6
buvo daugiausia randama branduolinės frakcija. Ir lincRNA-NR_024015
išraiška daugiausia buvo citoplazmos (1B pav)

silico pervežimas analizė Rs8506G >poveikio;. A LincRNA-NR_024015
Sofos

Naudojant RNAfold ir SNPfold algoritmus silico pervežimas analizės, mes prognozuojama vietos struktūrinius pokyčius lincRNA-NR_024015
kurias sukelia rs8506G > A polimorfizmo įsikūręs per exonic regionas lincRNA-NR_024015
. Kaip parodyta 1C ir D paveikslas, rezultatai rodo, kad G A rs8506G >bazinės kaita; Tiesiogiai įtakoja lincRNA-NR_024015
, kuris gali turėti įtakos jungimosi vietos į MicroRNA lankstymo. tada tai gali turėti įtakos lincRNA-NR_024015
genų ekspresiją

Rs8506G >. A genotipas įtaka LincRNA-NR_024015
išraiška sutrikdyti jungiasi turi-mir-526b in vitro

du liuciferazė genas reporteris konstruktai esančius rs8506G arba A alelis buvo tiriami laikinai bendradarbiavimo transfekuoja su mimikos ir inhibitorius turi-mir-526b, kad buvo grindžiama privalomas rs8506G > A polimorfinį puslapį pagal bioinformatikos analizė. Iš liuciferazės veiklos rezultatas parodė, kad HEG-27 ląstelių laikinai bendrai Transfekuoti turi-Pasaulis-526b imituoja ir statyti kuriame rs8506G alelio eksponuojami žymiai sumažino liuciferazė veikloje, priklausomai nuo koncentracijos būdu, ir turi-Pasaulis-526b žymiai inhibitoriai atstatomi ir aktyvinama jų veiklą. Tačiau jokių akivaizdžių pokyčių buvo pastebėta reporterio geno su A alelio gydomi turi-Pasaulis-526b imituoja arba inhibitorių ( P
> 0,05) (2A pav.) Tokie patys rezultatai taip pat buvo pastebėta, kai šie eksperimentai buvo pakartoti naudojant 293T ląsteles (2b pav)

asociacija Rs8506G > a. Genotipai su LincRNA-NR_024015
išraiška

Mes surinkome 32 naviko audiniai iš neapdorotų NCGC pacientams, sergantiems skirtingų genotipų ir atlikti realaus laiko PGR, siekiant įvertinti poveikį, lincRNA-NR_024015
rs8506G > ant lincRNA-NR_024015
išraiška. Rezultatai parodė, kad pacientai su rs8506AG ir rs8506AA genotipų išreikštas žymiai didesnis, lincRNA-NR_024015
iRNR lygiai (vidurkis ± SEM), palyginti su vežėjų rs8506GG genotipo (AG: 0,029 ± 0,005; A.: 0,040 ± 0,005; VS: 0,019 ± 0,004; P
= 0,023), kaip parodyta Fig 2C

efekto Mirna priklausoma reguliavimas LincRNA-NR_024015
išraiška ląstelių proliferaciją.

Mes taip pat tiriama, ar lincRNA-NR_024015
rs8506G > A genotipas turi poveikį ląstelių proliferaciją in in vitro
. Kaip parodė 2D pav lincRNA-NR_024015
išraiška sumažėjo po 24 h transfekciją ląstelėse laikinai bendrai transfektuotose pcDNR-lincRNA-rs8506G ir turi-mir-526b, palyginti su bendrai perkeltų su pcDNR-lincRNA- rs8506A ir turi-Pasaulis-526b ( P
< 0,001). Ląstelių sumažėjo išraišką lincRNA-NR_024015
turėjo silpną ląstelių augimo lygį, palyginti su ląstelėmis transfektuotose pcDNR-lincRNA-rs8506A ir turi-mir-526b nuo 2 dieną ( P
= 0,004 ) (2E paveikslas)

Dicussion

šioje ligoninėje pagrįstą atvejo-kontrolės tyrimo, kuriame yra 438 pacientų ir 727 sveikų viso, mūsų grupė rado rs8506G >. a yra susijęs su rizika NCGC. Mūsų duomenys rodo, kad tiriamieji vežančios rs8506AG ir rs8506AA genotipus turėjo didelę padidėjusi rizika NCGC palyginti su GG genotipą ( P
< 0,05). Be to, paaiškėjo, kad didelės rizikos poveikis šio polimorfizmo buvo ryškesnis rūkymo dalykų. Mūsų žiniomis, tai pirmasis tyrimas, išsamiai įvertinti tarp variantų asociaciją exonic iš lincRNA ir rizikos NCGC.

Kaip kitos reguliavimo nekoduojamame RNR klasės, lincRNAs, neseniai persikėlė į nekoduojamame priešakyje RNR tyrimas. Šie iRNR-kaip molekulės, trūksta didelę atviras skaitymo rėmelis, paprastai apribota, sujungta ir polyadenylated buvo susijęs su įvairių ląstelių procesų, pavyzdžiui, branduolinės architektūra, reguliuoja genų ekspresiją, imuninės priežiūros, ar embrioninių kamieninių ląstelių pluripotency. Daugybė tyrimų sauja parodė lincRNAs iškilo kaip nauja aspektu biologijos dėl ligos narių įvairovė ir pokyčiai ekspresijos lygio lincRNAs gali prisidėti prie vėžio biologijos transkripcijos, po transkripcijos ir epigenetinių lygius [18], [30] - [32]. Vienas ryškus lincRNA ANRIL
, buvo funkciškai susijęs vėžio progresavimą, paprastai represuoti epigenetinius genų ekspresiją per privalomas ir įdarbinti chromatino pakeisti kompleksus [33], [34]. Kitas žinomas pavyzdys yra lincRNA GAS5
; genetiniai aberacijos šiame lincRNA lokuso buvo rasta įvairių tipų auglių, įskaitant melanomą, krūties, ir prostatos vėžio [35] - [37]. Šie įrodymai linijos pritarė lincRNAs ląstelių biologijos ir onkogenezėje svarbą. Neseniai du GWASs pranešė apie keletą NCGC jautrumo lokusų (5p13.1, 3q13.31, 8q24.3, 6p21.1 ir 7p15.3), kad susijęs su NCGC plėtros poaibis. Bioinformatika analizė atskleidė keletą lincRNAs uždarytas šių lokusų. Be to, buvo nustatyti keli svarbūs vieno nukleotido polimorfizmas (SNP), esančių į exonic regionuose lincRNAs, kurie gali susieti su NCGC. Kaip mes visi žinoma, per pastarąjį dešimtmetį, su didelio masto RNR sekos prieinamumą, tai dabar tampa nepaprastai aišku, kad tūkstančiai liga susijusių genetinių variantų gyveno ne genai ar net ne kodavimo nuorašai jau buvo gautos genomo projektas žinduolių [24]. Naujausi augančios įrodymai parodė, tarp VNP-ai asociacija gyveno lincRNAs ir žmogaus vėžio. Pavyzdžiui, remiantis 1000 genomų duomenų, Guangfu Jin ir colleages nustatė, kad regionai lncRNA turėjo SNP tankis panašus į baltymų kodavimo regionuose ir toliau paaiškintos Fenotipų susijusių SNP, apie kuriuos GWAS ne lncRNA regione gali prisidėti prie prostatos riziką [ ,,,0],38]. Vienas neseniai atliktas tyrimas taip pat pranešė, kad genetinis polimorfizmas yra lincRNA-uc003opf.1 pervežimas geno yra susijęs su padidėjusia rizika susirgti stemplės suragėjusių ląstelių karcinoma Kinijos gyventojų [39]. Apibendrinant, mūsų dabartinis tyrimas yra suderinama su ankstesnės išvados parodė, kad lincRNA-NR_024015
buvo vidutiniškai gausiai citoplazmoje negu frakcionuoto skrandžio vėžio ląstelių branduolio, rodo, kad šios lincRNAs funkcija darė citoplazmoje , Mūsų rezultatai pateikė svarių įrodymų, patvirtinančių hipotezę apie citoplazmos reguliavimas, kuris lincRNA-NR_024015
rs8506G >. SNP gali turėti įtakos šio lincRNA išraišką pakeičiant jungimosi vietos į turintis-miR-526b

šios studijos, mūsų rezultatas asociacijos tarp genetinio polimorfizmo į exonic regionuose yra lincRNA ir jautrumo NCGC pradžių buvo gautas Kinijos gyventojų. Santykinai didelės imtys naudojamos sumažėjo atokiausių regionų, kurie gali būti aptiktas statistiškai dydį. Be to, mes pasiekėme studijų galia didesnė nei 90% (dvipusis testas, alfa = 0,05), aptikti 1,28 už rs8506AG + AA genotipo OR (vyksta esant 42,5% dažniu tarp kontrolės), lyginant su rs8506GG genotipas. Pažymėtina, kad asociacija yra biologiškai tikėtini ir yra suderinamas su mūsų funkcinių tyrimų rezultatus.

Taigi, ši studija suteikė pirmąjį įrodymų, kad genetiniai polimorfizmų exonic regionuose lincRNAs vaidinti svarbų vaidmenį tarpininkauti asmeniui jautrumas NCGC. Mūsų rezultatai ir toliau patvirtina hipotezę, kad genetiniai variantai lincRNA exonic regionuose gali paveikti MicroRNA tarpininkaujant reglamentą ir susijusius su GC rizika. Mūsų išvados pateisina įteisinimą didesnėse, pageidautina gyventojų pagrindu, teismo kontrolė studijų, taip pat gerai suprojektuoti mechanizmų tyrimai.

• PLoS ONE: Laparoskopinė Blužnis konservavimo blužnies hilar limfadenektomija Atlieka Po virškinamąjį traktą skydeliams ir Intrafascial Space pažengusiems Aukštutinė trečiosios skrandžio vė…
• PLoS ONE: CpG sala Methylator fenotipas, Helicobacter pylori, Epstein-Barr virusas, ir Mikrosatelitų Nestabilumas ir prognozės skrandžio vėžiu: sisteminė apžvalga ir metaanalizė