PLoS ONE: Ассоциация между отдельными ОНП или гаплотипов матриксных металлопротеиназ 1 и рак желудка Восприимчивость, Progression и Prognosis

Абстрактный

Фон

одиночных нуклеотидных полиморфизмов (SNP) в матричной металлопротеиназы 1 (ММР-1) играют важную роль в некоторых видов рака. Это исследование изучило ассоциации между отдельными ОНП или гаплотипов в ММР-1 и восприимчивости, клинико-патологическими параметрами и прогноза рака желудка в большой выборке населения Хань в северном Китае.

Методы
<р> В этот случай-контролируемое исследование, было 404 больных раком желудка и 404 здоровых лиц. Семь ОНП генотипирования с использованием системы MALDI-TOF MS. Затем программное обеспечение SPSS, Haploview 4.2 программное обеспечение, программное обеспечение Haplo.states и THEsias программного обеспечения были использованы для оценки связи между отдельными ОНП или гаплотипов ММР-1 и желудка восприимчивости рака, прогрессирования и прогноза.

Результаты
<р> Среди семи полиморфизмов, не было никаких отдельных полиморфизмов коррелирует с риском развития рака желудка. Кроме того, только rs470206 генотип имел корреляцию с гистологических классов, а также пациенты с GA /AA была хорошо дифференцировка клеток по сравнению с пациентами с генотипом GG (OR = 0,573; 95% ДИ: 0.353-0.929; P = 0,023). Затем мы построили гаплотип блок четыре маркера, который содержал 4 общих гаплотипов: TCCG, GCCG, TTCG и TTTA. Тем не менее, все четыре общих гаплотипа не было никакой корреляции с риском развития рака желудка, и мы не нашли каких-либо отношений между этими гаплотипов и клинико-патологическими параметрами при раке желудка. Кроме того, ни отдельные ОНП, ни гаплотипы имели связь с выживаемостью пациентов с раком желудка.

Выводы
<р> Это исследование оценило полиморфизм гена ММР-1 при раке желудка с MALDI-TOF метод MS в большой северной китайской когорте случай-контроль. Наши результаты показали, что эти семь ОНП ММР-1 не может быть полезным в качестве важных маркеров для прогнозирования желудка восприимчивость рака, прогрессирование или прогноз, по крайней мере, в популяции Хань в северном Китае
<р> Цитирование:. Песня YX, Чжоу X, Ван ЗН, Гао P, Ли AL, Лян JW, и др. (2012) Ассоциация между отдельными ОНП или гаплотипов матриксных металлопротеиназ 1 и рак желудка Восприимчивость, прогрессирования заболевания и прогноз. PLoS ONE 7 (5): e38002. DOI: 10.1371 /journal.pone.0038002
<р> Редактор: Юрий Е. Худяков, Центры по контролю и профилактике заболеваний, Соединенные Штаты Америки
<р> Поступило: 30 января, 2012 года; Принято: 29 апреля 2012 года; Опубликовано: 24 мая 2012
<р> Copyright: © 2012 песни и др. Это статья с открытым доступом распространяется в соответствии с условиями лицензии Creative Commons Attribution, которая позволяет неограниченное использование, распространение и воспроизведение на любом носителе, при условии, что оригинальный автор и источник кредитуются

Финансирование:. Эта работа была поддержана Национальным научным фондом Китая (№ 30972879 и № 81172370), Программа научно-технического департамента провинции Ляонин (№ 2010225032) и фонд естественных наук провинции Ляонин (№ 20092129). Доноры не играет никакой роли в дизайн исследования, сбора и анализа данных, решение о публикации или подготовки рукописи
<р> Конкурирующие интересы:.. Авторы заявили, что не существует никаких конкурирующих интересов

Введение
<р> рак желудка является одним из наиболее распространенных основных причин рака, связанных с смертности во всем мире [1]. Несмотря на определенные успехи в диагностике и лечении рака желудка в течение последних десятилетий, прогноз для пациентов с распространенным раком желудка остается на низком уровне [2]. Как и другие виды рака, развитие рака желудка является многоступенчатым процессом с накоплением генетических и эпигенетических изменений. Открытие и применение биомаркеров, которые могут быть включены с традиционным диагнозом рак, постановка и прогноз может в значительной степени способствовать улучшению ранней диагностики и лечения пациентов [3]. С завершением проекта генома человека, миллионы одиночных нуклеотидных полиморфизмов (SNP), были идентифицированы как привлекательные биомаркеров в оценке риска развития рака, скрининг, постановка, или выбраковки [4].

Матричные металлопротеиназы (ММР) являются важное семейство металлорежущих зависимых ферментов, которые ответственны за деградацию компонентов внеклеточного матрикса [5]. Молекулярные эпидемиологические исследования показали связь между генетическими полиморфизмов ММР и восприимчивости рака, прогрессирования и прогноза [6] - [10]. В последнее время некоторые ОНП ММР-1 было продемонстрировано, что в значительной степени связано с повышенным риском развития рака легких [6], [7], [11]. При раке молочной железы, Karolina Przybylowska и др. обнаружили, что аллель 2ж ММР-1 полиморфизма гена 1G /2G могут быть ответственны за лимфатического узла (LN) метастазирование [8]. С другой стороны, оба исследования Hinoda Y и соавт. и Гиларди G и др. обнаружили, что ОНП ММР-1 были связаны с повышенным риском развития колоректального рака [12], [13]. Кроме того, в СНП промотора ММР-1 было показано, что коррелирует с гистологической дифференцировки рака желудка [14]. Тем не менее, другие исследования показали отрицательную связь между ММР-1 полиморфизмов и восприимчивостью рака [15], [16], [17]. Кроме того, большинство из этих исследований были ограничены небольшими образцами, несколько полиморфизмов или построенных гаплотипов из двух или трех полиморфных сайтов. Таким образом, большая выборка и более полиморфные сайты имеют решающее значение для понимания роли MMP-1 полиморфизмов в развитии рака желудка.
<Р> В настоящем исследовании, в большой выборке населения Хань в северном Китае, мы использовали фиксированных формалином, парафином ткани (FFPETs) -derived образцы ДНК больных и ДНК крови, полученных от контроля в времени пролета масс-спектрометрии с матричной лазерной десорбцией /ионизацией (MALDI-TOF MS) метод для изучения потенциальные ассоциации между семи ОНП (rs2071231, rs7125062, rs491152, rs470558, rs2075847, rs1144396 и rs470206) или гаплотипов в ММР-1 и опухолевой восприимчивости, клинико-патологические параметры и выживание рака желудка.

материалы и методы <бр>

Тематическая подборка
<р> Это исследование состояло из 404 первичных больных раком желудка и 404 управления и все субъекты были от населения Хань в северном Китае. Заявленные характеристики были описаны ранее [18]. Вкратце, подходящие пациенты получили радикальной операции на Первой больницы Китайского медицинского университета в период с января 1998 по декабрь 2004 года и был поставлен диагноз рака желудка на основе гистологической оценки. Опухоль гистологическое оценка была оценена в соответствии с мировыми критериями и опухолей организации здравоохранения были организованы с использованием 7-е издание TNM постановки Международного союза против рака (UICC) /Американский Объединенный комитет по вопросам рака системы (AJCC) (2010) основан на послеоперационный патологический исследование образцов. Полные патологические данные были получены в том числе возраст, пол, дата операции, место первичной опухоли, гистологической класса, венозную инвазию, лимфоваскулярная вторжение, глубина вторжения, количество LNs извлеченное, количество метастатических лимфоузлов и количество опухолевых отложений, извлекаемых. Те (я) с синхронными или метахронных злокачественных опухолей, (II) с отдаленными метастазами нашел предоперационной, (III), которые подверглись предоперационной лучевой терапии или химиотерапии, или (IV) с неполным патологическими записи данных были исключены из этого исследования. Последующая деятельность по итогам не было завершено в течение всего исследования населения до января 2010 Два пациента умерли в послеоперационном периоде (в течение 30 дней) и 21 пациентов были потеряны для последующей деятельности; Таким образом, 381 пациентов были включены в анализ выживаемости. Медиана и средняя продолжительность наблюдения периодов 90,0 месяцев и 93,3 ± 20,24 месяцев (диапазон: 61-136 месяцев), соответственно. Следующие данные были получены для всех пациентов: дата смерти (если это применимо), причины смерти (если это применимо) и дату наблюдения. Первичная конечная точка была канцер-специфическая продолжительность выживания с момента постановки диагноза рака желудка до даты смерти. 5-летняя выживаемость 404 больных составила 54,2%.
<Р> 404 образцов крови контрольной группы были получены от рака, свободных людей, которые были выбраны случайным образом на основе физических исследований в течение декабря 2009 года по август 2011 года, и эта группа, как полагают, является хорошим представлением населения в этом регионе. Критерии отбора не включены не отдельные истории рака, частота соответствия к случаям по полу и возрасту и лиц, не были связаны этнические ханьских китайцев. Образцы (этилендиаминтетрауксусной кислоты [ЭДТА] препятствовать свертыванию крови) хранили при -20 ° С в течение 30-40 минут, а затем переехал в морозильной камере при температуре -80 ° С в течение 2-х или 3-х дней после сбора.

Этика заявление
<р> исследование было одобрено Комитетом по этике Научно-исследовательского Китайского медицинского университета Китая. Письменное информированное согласие было получено от всех людей, прежде чем участвовать в исследовании.

ДНК экстракции
<р> геномную ДНК экстрагировали из образцов FFPET в случае группы. Секции толщиной 8 мкм и удельной площадью поверхности до 250 мм 2 были получены с помощью микротома и ДНК была выделена из 6 секций до 12 секций, в зависимости от размера ткани и кровяных клеток. Микротом была очищена и ножи были изменены, чтобы избежать межвыборочная загрязнения. Выделение ДНК из FFPETs проводили с помощью ткани Kit QIAamp® ДНК FFPE (Qiagen, Hilden, Германия) [19], следуя процедурам, описанным производителем и нашей предыдущей работе [18]. 2-10 мкг ДНК восстанавливали в 50 мкл конечного раствора и хранили при -80 ° С.
<Р> геномную ДНК экстрагировали из образцов крови из контрольной группы с универсальному геномную ДНК Extraction Kit Ver.3.0 (Takara) в соответствии с инструкциями изготовителя и нашей предыдущей работе [18]. О 2-6 мкг ДНК выделяли в ТЕ и хранили при -80 ° C.

Выбор кандидатов ОНП
<р> В исследование были включены семь ОНП в ММР-1, которые были взяты из база данных NCBI SNP, и база данных HapMap. Мы выбрали ОНП по генным локусам, чтобы обеспечить высокую плотность маркеров и обеспечить адекватную характеристику разнообразия гаплотипов [6]. Все отобранные ОНП должны были иметь незначительную частоту аллеля ≥5%. Поэтому мы выбрали семь ОНП:. rs2071231 (интронов), rs7125062 (интрон), rs491152 (интрон), rs470558 (экзон), rs2075847 (5'UTR), rs470206 (5 'UTR) и rs1144396 (рис. 1а)
анализ

ОНП и проверка
<р> ОНП генотипирования с использованием MS системы MALDI-TOF (MassARRAY; Sequenom, Сан-Диего, Калифорния, США) с использованием праймеров и зондов (таблица S1), как описано ранее [19], [20]. Для того, чтобы гарантировать качество печатания, 1% положительных образцов (штамм Yanhuang клеток) были включены в каждую генотипирования пластину для проверки достоверности праймеров и 1% отрицательных образцов (воды, без ДНК) были использованы для мониторинга загрязнения. 5% случайные образцы в двойном повторе тестировали разными лицами и воспроизводимости составила 100%. В персонал лаборатории были ослеплены к обустройству образца во время процесса. MALDI-TOF MS анализа были в соответствии с Justenhoven и соавт. [21] и основной процесс включал в себя ПЦР-амплификации (GeneAmp® PCR System 9700 двойной 384-Well Block Sample Module, Sequenom), креветки лечение щелочной фосфатазы (Sequenom), база расширения реакции, удаление соли смолой, SpectroCHIP раздаточного (384-луночного SpectroCHIP микрочипов, Sequenom). Аллельное дискриминация была получена путем анализа с помощью масс-спектрометра Компактный MassARRAY Analyzer (MT9). Наконец, анализ данных проводили с использованием программного обеспечения MassARRAY типизатор Analyzer 4.0 (Sequenom, San Diego, CA) [22].

неравновесия по сцеплению (LD) определение блока и гаплотип строительство
<р> Haploview 4.2 программное обеспечение было используется для оценки LD и построить гаплотипов, как описано ранее [6]. LD между семью ОНП, используемых при анализе гаплотипов измеряли с помощью статистики парным D '. Структура блока LD исследовали с помощью метода Габриэля и др. [23], используя 80% доверительные границы D ', чтобы определить участки исторической рекомбинации между ОНП. Гаплотипы были построены по данным генотипа в полноразмерном панели случай-контроль внутри блоков, используя ускоренный метод алгоритм ожидания Максимизация с Haploview 4.2 программного обеспечения [6], [24]. Кроме того, мы сделали комбинации генотипов SNP, чтобы найти их ассоциацию с риском развития рака желудка [25].

Статистический анализ
<р> Двусторонний хи-квадрат (χ2) тест был использован для оценки распределения населения характеристики, сравнить различия в аллельных и генотипических частот между случаями и контролем и оценочных ассоциаций между отдельными ОНП и клинико-патологическими параметрами. Для оценки значимости, процедура перестановки (1000 тестов) использовали для коррекции значения P результатов однолокусные ассоциации [6]. Тест перестановок представляет собой тип статистического критерия значимости, в котором распределение тестовой статистики при нулевой гипотезе получается путем вычисления всех возможных значений тестовой статистики при перестановках меток на наблюдаемых точек данных. Кроме того, коррекция Бонферрони использовался для многократной коррекции тестирования [26]. Логистическая регрессия была использована для анализа взаимосвязи между частотами генотипов и риском развития рака желудка, с поправкой на пол и возраст. Анализ выживаемости проводили с помощью теста лог-ранга и Кокса модели пропорциональных рисков. Пакет программного обеспечения 4.2 Haploview было использовано для: оценки парного LD, обнаружить отклонение от равновесия Харди-Вайнберга, построить гаплотипы, вычислить частоты гаплотипов и оценить связи между гаплотипов и риском развития рака желудка. Мы также использовали программное обеспечение Haplo.states для оценки связи между гаплотипов и клиникопатологическими функциями [6], [27]. THEsias программное обеспечение, основанное на Кокса выживания регрессии при анализе ассоциации гаплотипов на основе использования алгоритма стохастической-EM был использован для получения анализа выживаемости гаплотипов [28]. Из-за многократного тестирования гипотез, значение P для значимости была скорректирована консервативно коррекцией Бонферрони до &Лт; 0,007 (0,05 /7)

Результаты

Тематические характеристики
<р> Как показано в Таблица 1 и предыдущая работа, средний возраст которых составил 56,67 ± 11,92 лет и процент мужчин был в случае группе 70,54%. Средний возраст контрольной группы была 56,91 ± 11,48 лет, а доля мужчин составляет 70,54%. Там не было обнаружено статистически значимой разницы в распределении по полу и возрасту между пациентами и группой контроля (все P = 1,00). Кроме того, из 404 больных, 85 (21,04%) была I стадия рака желудка, 107 (26,49%) был рак желудка II стадии, и 212 (52,48%) имели III стадия рака желудка (таблица 1). Другие клинико-патологические параметры у больных раком желудка показаны в таблице 1.

ставки генотипирование успеха, LD и гаплотип структура
<р> Все ОНП были полиморфными с незначительными частот аллелей &GТ; 10% и распределений генотипов все были в согласии с Харди-Вайнберга (данные не показаны). Показатели успеха были высоки в случае группы (98.27-100%) и контрольной группе (99.50-100%; Таблица S2). Затем мы использовали Haploview 4.2 программного обеспечения для оценки LD и построить гаплотипов. LD наблюдалась через rs2071231, rs7125062, rs491152 и rs470558 (все D ≥0.99), и эти четыре ОНП построен блок 1. Блок 1 покрыт 5,0 кб и содержал 4 общих гаплотипов: TCCG, GCCG, TTCG и TTTA (диапазон частот: 0.127- 0,500), что составляет примерно 99,9% испытуемых (рис.1б).

ассоциации между отдельными полиморфизмов и риском развития рака желудка, клинико-патологическими параметрами и выживания
<р> Как показано в таблице 2, было нет статистически значимых различий в распределении аллеля между пациентами и контрольной группой (P > 0,007 и P > 0,007 после испытания перестановки для аллельных частот и коррекции Бонферрони). Кроме того, не было никакой связи между генотипом распределений семи полиморфизмов в ММР-1 и риском развития рака желудка (P &GТ; 0,007 и P &GТ; 0,007 после того, как с поправкой на пол и возраст для генотипических частот, таблица 3)
<. P> генотипов отдельных полиморфизмов были оценены для ассоциаций с клинико-патологическими параметрами. В таблице 4 показано, что rs470206 генотипы имели корреляцию с гистологических классов, а также пациенты с GA /AA была хорошо дифференцировка клеток по сравнению с пациентами с генотипом GG (OR = 0,573; 95% ДИ: 0.353-0.929; P = 0,023). Тем не менее, это не было статистически значимым после коррекции Бонферрони. Остальные генотипы SNP, не имели каких-либо существенных корреляций с клинико-патологическими параметрами при раке желудка.
<Р> В однофакторного анализа, типа Бормана, категория рТ, узел метастаза лимфатический, лимфоваскулярной инвазии и TNM стадии были продемонстрированы значительные прогностические факторы (таблица 5). Тем не менее, статистические результаты показали, что все генотипы семи ОНП не имели никаких ассоциаций с выживаемостью пациентов с раком желудка (все P &GТ; 0,007, таблица 5).

Ассоциации между гаплотипов или комбинации генотипов SNP и желудка риск развития рака , клинико-патологические параметры и выживание
<р> Использование Haploview 4.2 программного обеспечения, мы построили гаплотип блок четыре маркера, который содержал четыре общих гаплотипа: TCCG, GCCG, TTCG и TTTA. Все четыре общих гаплотипа не было никакой корреляции с желудочным риска развития рака (P &GТ; 0,007 и P &GТ; 0,007 после испытания перестановки, таблица S3). Более того, мы не обнаружили каких-либо отношений между этими четырьмя общими гаплотипов и клинико-патологическими параметрами при раке желудка (все P > 0,007, Таблица S4). Кроме того, результат однофакторного анализа не показали никакой связи между всеми гаплотипов и выживаемости пациентов с раком желудка. (Все P > 0,007, таблица S5)
<р> Затем мы сделали комбинации генотипов SNP, чтобы найти их ассоциацию с желудочным риск развития рака. Среди всех комбинаций, комбинации генотипов двух полиморфизмов (rs2071231 и rs470206) подразделяются на четыре подгруппы: TA, TG, GG и AA. Несмотря на то, LD между двумя ОНП не существовало и четыре подгруппы не имели никакой связи с желудочным риском развития рака (P = 0,523), у больных с ТП была хорошо дифференцировка клеток по сравнению с пациентами с генотипом TG (OR = 0,561; 95% ДИ : 0.357-0.881; P = 0,022). Тем не менее, это не было статистически значимым после коррекции Бонферрони. Кроме того, все подгруппы не имели никаких ассоциаций с выживаемостью пациентов с раком желудка (все P &GТ; 0,007). Другие комбинации генотипов не было никаких значимых результатов.

Обсуждение
<р> Деградация внеклеточного матрикса и базальной мембраны ММР является одним из наиболее важных регуляторных элементов во многих физиологических и патологических процессах инвазии опухоли и метастазирование [5]. Большинство предыдущих исследований были сосредоточены на связи между ОНП и ММР-2 и ММР-9. Кроме того, некоторые ОНП ММР-1 было продемонстрировано, что в значительной степени связано с повышенным риском развития рака легких, рака молочной железы и колоректального рака [6] - [8], [11] - [13]. Тем не менее, другие исследования показали отрицательную связь между ММР-1 полиморфизмов и восприимчивостью рака [15] - [17]. Кроме того, при раке желудка, большинство исследований по ММР-1 были сосредоточены только на важности SNP (-1607 1G /2G) в промоторной в относительно небольших образцах. Jin X и др. сообщил, что не было никакой ассоциации с ММР-1 промотора полиморфизма (-1607 1G /2G) с восприимчивостью к желудочной аденокарциномы сердца в северном Китае (183 больных) [15]. Тем не менее, исследование по Японской популяции (215 пациентов), показали, что, хотя наличие аллеля 2G (-1607) в промоторе ММР-1 не увеличивает риск развития рака желудка, он может быть вовлечен в дифференциации рака желудка [14]. Следовательно, большая выборка и более полиморфные сайты имеют решающее значение для понимания роли MMP-1 полиморфизмов в развитии рака желудка.
<Р> Учитывая вышесказанное, мы выбрали семь полиморфных сайтов через ММР-1, чтобы обеспечить высокую плотность маркеры и обеспечить адекватную характеристику разнообразия гаплотипов. Кроме того, мы выбрали 404 пациентов и 404 управления, которые имели одинаковые распределения для пола и возраста. С другой стороны, до сих пор большинство из SNP, не изучались полиморфизма длин рестрикционных фрагментов (ПДРФ) анализа [29], TaqMans [19], DHPLC [30], MALDI-TOF МС [6], [20] и Пиросеквенирование анализ [31]. В настоящее время метод MALDI-TOF MS, предлагая точность приблизительно 100% для SNP генотипирования, считается золотым стандартом [19], [32]. Кроме того, предыдущие доклады показали, что не было никаких частот аллельного различия между FFPET производный ДНК и ДНК крови, полученных от того же индивида через несколько методов, в том числе MALDI-TOF MS [33] - [35]. Таким образом, генотипирование FFPET-производного ДНК с помощью MALDI-TOF MS является надежным и воспроизводимым. Наши результаты также показали высокие показатели успешности в диапазоне от 98.27% до 100% (среднее значение: 99,43%), которые были в соответствии с предыдущими данными [19], [32], [33]
<р> Среди семи ОНП. , Sun и др. показали, что риск аллельные частоты rs7125062, rs2075847 и rs470206 были выше у пациентов с раком легких, чем в контрольной группе [6]. Но, в данном исследовании, не было никаких отдельных полиморфизмов коррелирует с риском развития рака желудка. Кроме того, rs470206 генотипы имели corelation с гистологических классов, а также пациенты с GA /AA была хорошо дифференцировка клеток по сравнению с пациентами с генотипом GG. Этот результат был похож на полиморфных сайтов (-1607 1G /2G), которые могут быть вовлечены в дифференциации рака желудка [14]. Кроме того, некоторые исследования показали, что ММР-1 промотор полиморфизм (-1607 1G /2G) имеет связь с прогнозом при раке языка [36], рак молочной железы [37] и колоректальном раке [38]. Тем не менее, мы не обнаружили каких-либо отдельных ОНП коррелировали с прогнозом при раке желудка в нашем исследовании.
<Р> ОНП стабильно наследуется, весьма обильны и показать разнообразие внутри и среди населения, которые, как полагают, чтобы быть привлекательными биомаркеры. Тем не менее, применение отдельных полиморфизмов было ограничено, так как они имеют низкую пенетрантность и их эффекты относительно трудно идентифицировать. Таким образом, важность информации гаплотипа увеличивается, чтобы связать изменения последовательности ДНК с болезнью [6], [18], [39]. В нашем исследовании мы построили гаплотип блок четыре маркера, который содержал 4 общих гаплотипов: TCCG, GCCG, TTCG и TTTA, которые были совместимы с изучением Солнца и др. [6]. Их исследование показало, гаплотип TTCG имел частоту, которая значительно отличалась между пациентами и контрольной группы. Кроме того, гаплотип TTCG имели повышенный риск развития отдаленных метастазов рака легких и, в отличие от гаплотипа TTCG, гаплотип TTTA показали защитный эффект против прогрессии рака легких [6]. Тем не менее, в нашем исследовании, все четыре общих гаплотипа не было никакой корреляции с риском развития рака желудка, и мы не нашли каких-либо отношений между этими гаплотипов и клинико-патологическими параметрами при раке желудка. Кроме того, результат однофакторного анализа не показали никакой связи между всеми гаплотипов и выживаемости больных раком желудка. До сих пор, все большее число исследований не были сосредоточены на ассоциацию между ОНП и болезни, но даже с тем же SNP, результаты были, как правило, различны. Все больше и больше исследований показали, что различные результаты могут быть в основном за счет различных комбинаций факторов, таких как гетерогенность заболевания, населения, окружающей среды, аллельных частот и /или LD различия, источник ткани, используемой, размеров выборки, методики обнаружения и так далее. <Бр>

Интересно, что хотя LD между rs2071231 и rs470206 не существовало, мы до сих пор сделали комбинации генотипов SNP согласно исследованию Островского O и др. [25]. Мы обнаружили, что, по сравнению с пациентами с генотипом TG, у больных с ТА была хорошо дифференцировка клеток. Однако частота этого типа SNP комбинации генотипов была очень низкой в ​​популяции.

В заключение, данное исследование оценивали полиморфизмов гена ММР-1 при раке желудка с методом MALDI-TOF MS и заархивированные FFPETs в большой северной китайской когорте случай-контроль. Хотя наши результаты были отрицательными, это исследование впервые указал, что ОНП (rs2071231, rs7125062, rs491152, rs470558, rs2075847, rs470206 и rs1144396) ММР-1 не может быть полезным в качестве важных маркеров для прогнозирования желудка восприимчивость рака, прогрессирование или прогноз, в хотя бы в популяции Хань в северном Китае. Кроме того, эти результаты могут предоставить важную информацию для других ученых проводят исследования рака, чтобы устранить эти семь ОНП в качестве диагностических маркеров для рака желудка.

подтверждающей информации,
таблице S1.
Последовательности праймеров использовали для генотипирования семи ОНП в ММР-1
DOI:. 10,1371 /journal.pone.0038002.s001
(DOC)
Таблица S2.
генотипирования успеха ставки семи полиморфизмов в ММР-1
DOI:. 10,1371 /journal.pone.0038002.s002
(DOC)
Таблица S3.
Ассоциации между гаплотипов четырех полиморфизмов в ММР-1 и риском развития рака желудка
DOI: 10.1371. /journal.pone.0038002.s003
(DOC)
Таблица S4.
Ассоциации между гаплотипов четырех полиморфизмов в ММР-1 и клинико-патологическими параметрами
DOI: 10.1371. /journal.pone.0038002.s004
(DOC)
Таблица S5.
Выживание анализ гаплотипов четырех полиморфизмов в ММР-1
DOI:. 10,1371 /journal.pone.0038002.s005
(DOC)

Выражение признательности
<р> Мы благодарим кафедры хирургической онкологии больницы скорой Китайского медицинского университета для обеспечения человеческих образцов. Мы также благодарим Колледж Китайского медицинского университета за техническую помощь в экспериментах.

• PLoS ONE: β, β-Dimethylacrylshikonin Индуцирует Митохондрии зависимом апоптозе через ERK Путь в рака желудка человека SGC-7901 кл…
• PLoS ONE: долгосрочные результаты и прогностические факторы у больных раком желудка с микроскопическими карцино…