PLoS One: Az Egyesület az egyes SNP vagy haplotípusok mátrix metalloproteináz 1 és a gyomorrák hajlamosság, Progression és kórjóslat

absztrakt katalógusa

Háttér katalógusa

A egypontos nukleotid polimorfizmusok (SNP) a mátrix metalloproteináz 1 (MMP-1) fontos szerepet játszanak bizonyos rákbetegségek. A tanulmány a szervezetek az egyes SNP-k vagy haplotípusok MMP-1 és fogékonyság, klinikopatológiai paraméterek és gyomorrák prognózisa a nagy mintát a Han lakosság Kína északi részén. Katalógusa

Módszerek

Ebben az esetben kontrollált vizsgálatban volt 404 gyomorrákos betegeknél és 404 egészséges kontroll. Hét SNP genotipizálása a MALDI-TOF MS rendszer. Ezután SPSS szoftver, Haploview 4.2 szoftver, Haplo.states szoftver és THEsias szoftver segítségével megbecsültük az egyesület az egyes SNP vagy haplotípusok MMP-1 és a gyomorrák fogékonyság, progresszió és a prognózis. Katalógusa

Eredmények katalógusa

Ezek hét SNP, nem voltak egyéni SNP korrelál gyomorrák kockázatát. Sőt, csak az rs470206 genotípus volt összefüggés szövettani minőségű, és a betegek GA /AA volt jól sejtek differenciálódását, mint a betegek genotípus GG (OR = 0,573; 95% CI: 0,353-0,929; p = 0,023). Ezután elkészítettük a négy marker haplotípus blokkot tartalmazó 4 közös haplotípusok: TCCG, GCCG, TTCG és TTTA. Azonban mind a négy közös haplotípusok pedig nem mutatott összefüggést a gyomorrák kockázatát, és nem találtunk semmilyen kapcsolatot ezen haplotípusok és klinikopatológiai paraméterek gyomorrákban. Továbbá, sem egyéni, sem SNP haplotípus volt kapcsolata a betegek túlélési gyomorrák. Katalógusa

Következtetések katalógusa

Ez a tanulmány értékelte polimorfizmusával MMP-1 gén gyomorrák a MALDI-TOF MS módszerrel egy nagy észak-kínai eset-kontrollos csoportban. Eredményeink azt mutatták, hogy ez a hét SNP MMP-1 nem lesz hasznos, mint jelentős markerek megjósolni gyomorrák érzékenység, progresszió vagy prognózis, legalábbis a Han lakosság Kína északi részén. Katalógusa

Citation: Song YX, Zhou X, Wang ZN Gao P, Li aL, Liang JW et al. (2012) A Szövetség az egyes SNP vagy haplotípusok mátrix metalloproteináz 1 és a gyomorrák hajlamosság, Progression és Prognózis. PLoS ONE 7 (5): e38002. doi: 10,1371 /journal.pone.0038002 katalógusa

Szerkesztő: Jurij E. Khudyakov, Centers for Disease Control and Prevention, az Amerikai Egyesült Államok katalógusa

Beérkezett: január 30, 2012; Elfogadva: 29. április 2012; Megjelent: 2012. május 24. katalógusa

Copyright: © 2012 Song et al. Ez egy nyílt hozzáférésű cikk feltételei szerint terjeszthető a Creative Commons Nevezd meg! Licenc, amely engedélyezi a korlátlan használatát, a forgalmazás és a reprodukció bármilyen adathordozón, feltéve, hogy az eredeti szerző és a forrás jóváírásra. Katalógusa

Forrás: Ez a munka támogatott National Science Foundation of China (No. 30972879 és 81172370 számú), a program tudományos és technológiai Tanszék Liaoning tartomány (No. 2010225032) és Természettudományi Alapítvány Liaoning tartomány (No. 20092129). A finanszírozók nem volt szerepe a tanulmány tervezés, adatgyűjtés és elemzés, döntés, hogy közzéteszi, vagy a készítmény a kézirat. Katalógusa

Érdekütközés: A szerzők kijelentették, hogy nem ellentétes érdekek léteznek. Katalógusa

Bevezető

gyomorrák egyik leggyakoribb vezető oka a rák összefüggő mortalitás világszerte [1]. Annak ellenére, hogy néhány előrelépés a diagnózis és a kezelés gyomorrák az elmúlt évtizedekben, a betegek prognózisa előrehaladott gyomorrák továbbra is gyenge. [2] Mint más rákbetegségek, a gyomorrák kialakulásával egy többlépéses folyamat a felhalmozási genetikai és epigenetikai változások. A felfedezés és alkalmazása biomarker lehet építeni a hagyományos rák diagnózisa, staging és prognózisa is nagyban javítják a korai diagnózis és a betegellátás [3]. A befejezése az emberi genom projekt millió egyetlen nukleotid polimorfizmusok (SNP) azonosítottak vonzó biomarkerek rák kockázatelemzés, szűrés, staging, vagy osztályozó [4]. Katalógusa

mátrix fém (MMP-k) egy fontos család fém-függő enzimek, amelyek felelősek a bomlás az extracelluláris mátrix komponensek [5]. Molekuláris epidemiológiai vizsgálatok kimutatták, egyesületek közötti genetikai polimorfizmusok MMP és a rák hajlam, progresszió és a prognózis [6] - [10]. Legutóbb, néhány SNP-k az MMP-1 kimutatták, hogy jelentősen összefüggésbe hozható a megnövekedett kockázata a fejlesztés a tüdőrák [6], [7], [11]. Az emlőrák, Karolina Przybylowska et al. megállapította, hogy a 2G allél az 1G /2G MMP-1 gén polimorfizmus lehet felelős nyirokcsomó (LN) metasztázis [8]. Másrészt, mindkét vizsgálatban a Hinoda Y et al. és Ghilardi G et al. találta, hogy SNP-k az MMP-1-et kapcsolódik fokozott kockázata a colorectalis rák, [12] [13]. Továbbá, egy SNP MMP-1 promoter kimutatták, hogy korrelál a szövettani differenciálódását gyomorrák [14]. Ugyanakkor más vizsgálatok azt mutatták, negatív összefüggést a MMP-1 polimorfizmus és a rák hajlam [15], [16], [17]. Továbbá, a legtöbb ilyen vizsgálatok kizárólag a kis minta, néhány SNP vagy számtanilag haplotípusok két vagy három polimorf helyek. Tehát egy nagy minta és több polimorf helyen kritikusak szerepének megértése MMP-1 SNP gyomorrákban fejlődését. Katalógusa

A jelen tanulmány egy nagy mintát a Han lakosság Kína északi részén, szoktuk formalin-fixált, paraffinba ágyazott szövetek (FFPETs) -eredetű származó DNS-minták betegekben és a vér-eredetű DNS-t a kontrollokat a mátrix-segített lézer deszorpciós /ionizációs time-of-flight tömegspektrometria (MALDI-TOF MS) módszerrel, hogy tanulmányozza az lehetséges összefüggést hét SNP (rs2071231, rs7125062, rs491152, rs470558, rs2075847, rs470206 és rs1144396), illetve haplotípusok MMP-1 és tumor hajlamot, klinikopatológiai paraméterek, és a túlélés a gyomorrák. katalógusa

anyagok és módszerek

Tárgy kiválasztása katalógusa

a vizsgálatnak 404 primer gyomorrákos betegek és 404 vezérlők és minden alanyok a Han lakosság Kína északi részén. Az alany jellemzőit már korábban leírták [18]. Röviden, a támogatható beteg kapott radikális műtét az első kórház Kínai Orvostudományi Egyetem között 1998 januárja és 2004 decembere és diagnosztizáltak gyomorrákot alapján kórszövettani értékelés. A tumor szövettani grade szerint értékeltük World Health Organization kritériumok és tumorokat rendeztek a 7. kiadása TNM stádium a Nemzetközi Rákellenes Unió (UICC) /American Joint Committee on Cancer (AJCC) rendszer (2010) alapján a posztoperatív patológiai vizsgálata a mintákat. Teljes patológiai adatokat kaptunk az életkor, a nem, a dátum a műtét, helyét a primer tumor szövettani grade, vénás invázió, lymphovascularis invázió mélysége invázió, számos nyirokcsomók lekért száma áttétes nyirokcsomók, és számos tumordepozitummal letöltésére. Azok az (I) szinkrón vagy metakrón rosszindulatú daganatok, a (II) távoli metasztázis talált műtét előtt, (iii) átesett preoperatív sugárkezelés vagy kemoterápia, vagy (iv) a hiányos patológiai adatokat bejegyzéseket kizártuk ebből a vizsgálatból. A nyomon követés elkészült a teljes vizsgálati populációban, míg 2010. január Két beteg halt meg a műtét utáni időszakban (30 napon belül), és 21 beteget elvesztették a követés; Ezért, 381 beteget vontak be túlélési analízis. Medián és az átlagos utánkövetési időszak volt 90,0 hónap és 93,3 ± 20,24 hónap (tartomány: 61-136 hónap), ill. A következő adatokat kaptuk minden beteg esetében: a halál időpontja (adott esetben), a halál oka (ha van), és a dátum a követés. Az elsődleges végpont a rák-specifikus túlélés időtartamát attól az időponttól gyomorrák diagnózisa a halál időpontját. Az 5 éves túlélési arány a 404 beteg volt 54,2%. Katalógusa

404 vérmintát a kontrollcsoport kaptuk rák-mentes egyének véletlenszerűen választottuk alapul fizikális vizsgálatok során 2009 december 2011 augusztusában és ez a csoport hitték, hogy jól reprezentálja a népesség ebben a régióban. Az értékelés szempontjai között nincs különleges története rák, frekvenciája megegyezik az esetekre a nemmel és életkorral és az egyének független volt etnikai han kínai. A mintákat (etilén-diamin-tetraecetsavat [EDTA] anticoagulate) adunk -20 ° C-on 30-40 percen belül, majd átkerült egy fagyasztóban -80 ° C-on belül 2 vagy 3 nappal a mintavétel után.

Etikai nyilatkozat katalógusa

a vizsgálat által jóváhagyott Kutatási Etikai Bizottság a kínai Orvostudományi Egyetem, Kína. Írásos beleegyezését adta a minden ember előtt a vizsgálatban résztvevő. Katalógusa

DNS kivonás katalógusa

A genomi DNS-t vontunk ki FFPET minták esetében csoportban. Szekciókat vastagsága 8 um és fajlagos felülete 250 mm ^{2 készítettünk egy mikrotómmal és a DNS-t izoláltunk a 6. szakaszok 12 szakaszok, attól függően, hogy a szövet méretének és sejtek számát. Mikrotomokat megtisztítása és a pengék is változott, hogy elkerüljék intersample szennyeződés. DNS-kivonást a FFPETs végeztük egy QIAamp® DNS FFPE Tissue Kit (Qiagen, Hilden, Németország) [19], eljárásokat követve a gyártó által leírt és a korábbi munka [18]. Mintegy 2-10 ug DNS-t nyerünk 50 ul végső oldatban, és -80 ° C-on.}

A genomiális DNS-t extraháltunk a vérmintából a kontroll csoport az Univerzális Genomi DNS Extraction Kit Ver.3.0 (TAKARA) a gyártó utasításait, és a korábbi munka [18]. Körülbelül 2-6 ug DNS volt visszanyerhető a TE és tároltuk -80 ° C-on.

kiválasztása jelölt SNP-k

A vizsgálatban hét SNP MMP-1, amely vettünk az NCBI SNP adatbázis és az HapMap adatbázisban. Azért választottuk SNP egész génlokuszok a magas sűrűségű markerek és a megfelelő jellemzése haplotípus sokféleséget [6]. Az összes kiválasztott SNP szükség, hogy a minor allél frekvencia ≥5%. Ezért kiválasztott hét SNP: rs2071231 (intron), rs7125062 (intron), rs491152 (intron), rs470558 (exon), rs2075847 (5'UTR), rs470206 (5 'UTR) és rs1144396 (1A.). Katalógusa

SNP és -érvényesítő

SNP genotipizálása a MALDI-TOF MS rendszer (MassARRAY; Sequenom, San Diego, CA, USA), primereket és próbákat (táblázat S1) a korábban leírtak [19], [20]. Annak biztosítása érdekében, a gépelési minőség, 1% pozitív minták (Yanhuang sejt törzs) bekerültek minden genotipizálás lemez, hogy érvényesítse a megbízhatóság a primerek és 1% negatív mintákat (víz nélkül DNS-t) használtunk ellenőrzésére szennyeződést. 5% -os véletlen mintát vizsgáltak két példányban a különböző személyek és a reprodukálhatóság 100% volt. A laboratóriumi személyzet nem ismerte a minta elrendezése a folyamat során. MALDI-TOF MS analízis voltak szerinti Justenhoven et al. [21], és a fő folyamat részét PCR amplifikáció (GeneAmp® PCR System 9700 Dual 384-Well mintablokk modul, Sequenom), garnélarák alkalikus foszfatáz kezelés (Sequenom), bázis kiterjesztése reakciók, só eltávolítása gyantával SpectroCHIP adagoló (384- SpectroCHIP microarray, Sequenom). Allél megkülönböztetés kaptuk analízissel MassARRAY Analyzer Compact tömegspektrométer (MT9). Végül, az adatok elemzését végeztük MassArray Typer Analyzer szoftver 4.0 (Sequenom, San Diego, CA) [22]. Katalógusa

kapcsolódási egyenlőtlenség (LD) blokk meghatározása és haplotípus építőipari katalógusa

Haploview 4.2 szoftver volt értékelésére használt LD és a kivitelezést haplotípusok korábban leírtak [6]. LD között a hét SNP használt haplotípus analízis mértük páronkénti D 'statisztikát. A szerkezet a LD blokk vizsgáltuk módszerével Gábriel et al. [23], a 80% -os megbízhatósági határait D 'meghatározására helyszínek történelmi közötti rekombináció SNP. Haplotípusok képeztünk genotípus adatokat a teljes méretű eset-kontroll panel blokkon belüli használatával gyorsított elvárás-maximalizálás algoritmus módszer Haploview 4.2 szoftver [6], [24]. Továbbá, mi történt SNP genotípus kombinációk, hogy megtalálja a társulás gyomorrák kockázatát [25]. Katalógusa

A statisztikai elemzés katalógusa

A kétoldalas chi-négyzet (χ2) próbát becsléséhez használt népesség eloszlása jellemzőit, hasonlítson különbségek allél és genotípus frekvenciák közötti esetek és a kontrollok és becslés közötti összefüggéseket az egyes SNP-k és klinikopatológiai paraméterek. Annak megállapítására, jelentősége permutációs eljárással (1000 teszt) alkalmaztuk, hogy korrigáljuk a P értéke egylókuszos asszociáció [6]. A permutáció teszt egy olyan típusú statisztikai szignifikancia vizsgálat, amely az elosztó a vizsgálati statisztika alapján a nullhipotézist kapjuk meg, hogy kiszámítjuk az összes lehetséges értékei a vizsgálati statisztika alapján átrendeződések a címkét a megfigyelt adatokat. Sőt, a Bonferroni korrekciót alkalmaztunk többszörös vizsgálatok korrekció [26]. Logisztikus regressziót alkalmaztunk, hogy elemezze a szövetség között genotípus frekvenciák és a gyomorrák kockázatát, korrigálva a nem és az életkor. Túlélési elemzéseket végeztünk a log-rank teszt és Cox-féle arányos kockázati modellt. A Haploview 4.2 szoftvercsomagot használtuk: becslés páros LD, érzékelni indulás a Hardy-Weinberg, konstrukció haplotípusok számítsuk haplotípus és becslés közötti összefüggéseket haplotípusok és a gyomorrák kockázatát. Azt is használják Haplo.states szoftver értékelésére közötti összefüggéseket haplotípusok és klinikopatológiai jellemzők [6], [27]. A THEsias alapuló szoftverek Cox túlélés visszalépésre haplotípus-alapú egyesület analízis sztochasztikus-EM algoritmus előállításához használt túlélési analízis haplotípusok [28]. Mivel több hipotézis tesztelése, a P-érték szignifikancia állítjuk konzervatív Bonferroni korrekciót a < 0,007 (0,05 /7) hotelben

Eredmények katalógusa

Tárgy jellemzői

Ahogy az 1. táblázat és a korábbi munka, az átlagos életkor 56,67 ± 11,92 y és a százalékos férfiaknál 70,54% a csoportban. Az átlagéletkor a kontrollcsoport 56,91 ± 11,48 y és a százalékos férfiaknál 70,54%. Nem volt statisztikailag szignifikáns különbség a eloszlása ​​nem és életkor között betegek és a kontrollcsoport (összes P = 1,00). Sőt, a 404 beteg, 85 (21.04%) volt I. stádiumú gyomorrák, 107 (26,49%) volt Stage II gyomorrák, és 212 (52,48%) stádiumú volt III gyomorrák (1. táblázat). A másik klinikopatológiai paraméterei gyomorrák betegek 1. táblázatban mutatjuk be

genotipizálás sikerességi arányok, LD és haplotípus szerkezete

Minden SNP voltak polimorf kisebb allél frekvenciák > 10% és genotípus eloszlások mind egyetértésben Hardy-Weinberg (az adatokat nem mutatjuk be). Az eredményességi aránya magas volt az eset csoportban (98,27-100%) és a kontroll csoport (99,50-100% táblázat S2). Akkor szoktuk Haploview 4.2 szoftvert, hogy értékelje az LD és a kivitelezést haplotípusok. LD volt megfigyelhető az egész rs2071231, rs7125062, rs491152 és rs470558 (összes D ≥0.99), és ez a négy SNP épített blokk 1. blokk 1 fedett 5,0 kb, és tartalmazta a 4. közös haplotípusok: TCCG, GCCG, TTCG és TTTA (frekvencia tartomány: 0.127- 0,500), amely képviseli körülbelül 99,9% -ánál (Fig.1B).

Egyesületek között egyes SNP-k és a gyomorrák kockázatát, klinikopatológiai paraméterek és a túlélés

Amint a 2. táblázatban látható, nem volt nincs statisztikai különbség az allél közötti megoszlása ​​betegek és a kontrollcsoport (P > 0,007 és P > 0,007 után permutációs teszt allél frekvenciák és Bonferroni korrekció). Sőt, nem volt összefüggés a genotípus eloszlás a hét SNP MMP-1 és a kockázat a gyomorrák (P > 0,007 és P > 0,007 után korrigált neme és kora genotípia frekvenciák 3. táblázat). Katalógusa

a genotípus egyes SNP értékeltünk asszociációk a klinikopatológiai paraméterek. 4. táblázat mutatta, hogy rs470206 genotípus volt összefüggés szövettani minőségű, és a betegek GA /AA volt jól sejtek differenciálódását, mint a betegek genotípus GG (OR = 0,573; 95% CI: 0,353-0,929; p = 0,023). Azonban ez nem volt szignifikáns után Bonferroni korrekciót. A többi genotípus SNP nem volt szignifikáns korreláció a klinikopatológiai paraméterek gyomorrákban. Katalógusa

Az egyváltozós elemzés szerint Borrmann típus, pT kategória, nyirokcsomó áttét, lymphovascularis invázió és TNM bizonyítottan szignifikáns prognosztikai faktorok (táblázat 5). Ugyanakkor a statisztikai eredmények azt mutatták, hogy az összes genotípus a hét SNP nem volt társulások betegek túlélési gyomorrák (összes P > 0,007 5. táblázat). Katalógusa

Egyesületek haplotípusok között vagy SNP genotípus kombinációk és a gyomorrák kockázatát , klinikopatológiai paraméterek és a túlélés katalógusa

a Haploview 4.2 szoftver, létrehoztunk egy négy marker haplotípus blokkot, amely tartalmazta a négy közös haplotípusok: TCCG, GCCG, TTCG és TTTA. Mind a négy közös haplotípusok pedig nem mutatott összefüggést a gyomorrák kockázatát (P > 0,007 és P > 0,007 után egy permutációs teszt; táblázat S3). Sőt, mi nem találtunk összefüggést ezek között négy közös haplotípusok és klinikopatológiai paraméterek gyomorrákban (összes P > 0,007 táblázat S4). Továbbá, az eredmény a egyváltozós analízis nem mutatott összefüggést a minden haplotípusok és betegek túlélési gyomorrák (összes P > 0,007 táblázat S5). Katalógusa

Ezt tettük SNP genotípus kombinációk találni az egyesület gyomor rák kockázatát. Közül minden kombináció, genotípus kombinációk két SNP (rs2071231 és rs470206) négy alcsoportra: TA, TG, GG és az AA. Bár az LD két SNP nem létezik, és a négy alcsoport nem volt összefüggés a gyomor rák kockázatát (P = 0,523), a betegek TA volt jól sejtdifferenciálódás összehasonlítva a betegek genotípus TG (OR = 0,561; 95% -os CI : 0,357-0,881; p = 0,022). Azonban ez nem volt szignifikáns után Bonferroni korrekciót. Továbbá, minden alcsoportban nem volt társulások betegek túlélési gyomorrák (összes P > 0,007). A többi genotípus kombinációk nem volt jelentős eredményeket.

Discussion

A lebomlás az extracelluláris mátrix és a bazális membrán által MMP-k az egyik legfontosabb szabályozó elemeket számos fiziológiás és patológiás folyamatokban a tumor invázió és metasztázis [5]. A legtöbb korábbi tanulmányok középpontjában a viszonyát SNP-k és az MMP-2 és MMP-9. Továbbá, néhány SNP-k az MMP-1 kimutatták, hogy jelentősen társított fokozott kialakulásának kockázata a tüdőrák, mellrák és a vastagbélrák [6] - [8], [11] - [13]. Azonban más vizsgálatok azt mutatták, negatív összefüggés a MMP-1-polimorfizmusok és a rák fogékonyság [15] - [17]. Sőt, a gyomorrák, a legtöbb tanulmány az MMP-1 csak összpontosított fontosságát az SNP (-1607 1G /2G) a promoter viszonylag kis mintákban. Jin X et al. jelentette, hogy nem volt összefüggés a MMP-1 promoter polimorfizmus (-1607 1G /2G) az érzékenység a gyomor adenokarcinóma szív Kína északi részén (183 beteg). [15] Azonban egy tanulmány egy japán populációban (215 beteg) azt mutatta, hogy bár a jelenléte a 2G allél (-1607) Az MMP-1 promoter nem növeli a kockázatot a gyomorrák, azt be lehet vonni differenciálódását gyomorrák [14]. Így egy nagy minta és több polimorf helyen kritikusak szerepének megértése MMP-1 SNP gyomorrákban fejlődését. Katalógusa

A fentiek figyelembevételével válogattunk hét polimorf helyek szerte az MMP-1, hogy magas sűrűségű markerek és a megfelelő jellemzése haplotípus sokféleségét. Sőt, a kiválasztott 404 beteg és 404 kontroll, mely ugyanolyan eloszlású, nem és kor. Másrészt, a mai napig, a legtöbb SNP vizsgáltuk restrikciós fragmens hossz polimorfizmus (RFLP) vizsgálat [29], TaqMans [19], DHPLC [30], MALDI-TOF MS [6], [20] és a Pyrosequencing elemzés [31]. Jelenleg a MALDI-TOF MS módszerrel, mely mintegy 100% -os pontossággal SNP genotípus minősül gold standard [19], [32]. Ezen túlmenően, a korábbi jelentések azt mutatták, hogy nem voltak allélikus jelentése közötti különbségek FFPET-eredetű DNS-t és a vér-eredetű DNS-t az ugyanazon egyén keresztül, több módszerek, beleértve a MALDI-TOF MS [33] - [35]. Ezért genotipizálása FFPET eredetű DNS MALDI-TOF MS megbízható és reprodukálható. Eredményeink azt is kimutatta, nagy siker aránya közötti 98,27% és 100% (átlag: 99,43%), ami összhangban volt a korábbi jelentett adatokat [19], [32], [33]. Katalógusa

Ezek hét SNP Sun és mtsai. kimutatta, hogy a kockázat allélikus frekvenciái rs7125062, rs2075847 és rs470206 magasabb volt tüdőrákos betegek, mint a kontrollokban [6]. De a jelen vizsgálatban, nem voltak egyéni SNP-k korrelál gyomorrák kockázatát. Sőt, rs470206 genotípus volt corelation szövettani minőségű, és a betegek GA /AA volt jól sejtek differenciálódását, mint a betegek genotípus GG. Ez az eredmény hasonló volt a polimorf helyek (-1607 1G /2G), amely részt vehet a differenciálódás gyomorrák [14]. Továbbá, néhány tanulmány kimutatta, hogy az MMP-1 promoter polimorfizmus (-1607 1G /2G) van egy kapcsolata prognózissal nyelvrákos [36], az emlőrák [37] és a vastagbélrák [38]. Mi azonban nem találtunk olyan egyedi SNP korrelál prognózis a gyomorrák a vizsgálatba. Katalógusa

SNP stabilan öröklődik, nagyon bőséges és mutatják a fajokon belüli és a populációk, amelyek úgy gondolják, hogy vonzó biomarkerek. A kérelmet azonban az egyes SNP-k korlátozott volt, mert alacsony penetranciájú és hatásuk viszonylag nehéz azonosítani. Ezért fontos a haplotípus információk nőtt összekapcsolni DNS szekvencia variáció a betegség [6], [18], [39]. Tanulmányunkban létrehoztunk egy négy marker haplotípus blokkot tartalmazó 4 közös haplotípusok: TCCG, GCCG, TTCG és TTTA, amelyek megfeleltek a tanulmány Sun et al. [6]. A tanulmány kimutatta, haplotípus TTCG egy frekvencia volt szignifikáns különbség a két betegek és a kontrollcsoport. Sőt, haplotípus TTCG kockázata nagyobb volt, távoli metasztázisok a tüdőrák és, ellentétben a haplotípus TTCG, haplotípus TTTA mutatott elleni védőhatást tüdőrák progressziója [6]. Ugyanakkor az általunk vizsgált, mind a négy közös haplotípusok pedig nem mutatott összefüggést a gyomorrák kockázatát, és nem találtunk semmilyen kapcsolatot ezen haplotípusok és klinikopatológiai paraméterek gyomorrákban. Továbbá, az eredmény a egyváltozós analízis nem mutatott összefüggést az összes a haplotípusok és betegek túlélési gyomorrák. Eddig egyre több vizsgálat foglalkozott a szövetség között SNP-k és a betegség, de még azonos SNP, az eredmények általában eltérő. Egyre több tanulmány kimutatta, hogy a különböző eredményeket lehet elsősorban annak köszönhető, hogy különböző kombinációit tényezők, mint például a betegség heterogenitása, a népesség, a környezetvédelem, az allél frekvenciák és /vagy LD különbségek, szöveti forrás használt minták mérete, detektálási módszert, és így tovább.

Érdekes módon, bár az LD között rs2071231 és rs470206 nem létezik, mégis SNP genotípus kombinációk a tanulmány szerint az Osztrovszkij O et al. [25]. Azt találtuk, hogy, szemben a betegek genotípus TG, a betegek TA volt jól sejtdifferenciálódás. Azonban a frekvencia az ilyen típusú SNP genotípus kombináció nagyon alacsony volt a lakosság.

Összefoglalva, ez a vizsgálat értékelte polimorfizmusok az MMP-1 gén gyomorrák egy MALDI-TOF MS eljárás és archivált FFPETs egy nagy észak-kínai eset-kontrollos csoportban. Bár a vizsgálat negatív eredménye, ez a tanulmány először azt jelezte, hogy az SNP-k (rs2071231, rs7125062, rs491152, rs470558, rs2075847, rs470206 és rs1144396) MMP-1 nem lesz hasznos, mint jelentős markerek megjósolni gyomorrák fogékonyság, progresszió vagy prognózis, a legalábbis a Han lakosság Kína északi részén. Sőt, ezek az eredmények biztosítják a lényeges információkat más tudósok csinál rákkutatás, hogy megszüntesse ezt a hét SNP diagnosztikai markerek gyomorrák. Katalógusa

alátámasztó információk katalógusa táblázat S1.
primer szekvenciák használt genotípus hét SNP MMP-1. katalógusa doi: 10,1371 /journal.pone.0038002.s001 katalógusa (DOC) hotelben táblázat S2.
Genotyping siker aránya a hét SNP MMP-1. katalógusa doi: 10,1371 /journal.pone.0038002.s002 katalógusa (DOC) hotelben táblázat S3.
Egyesületek között haplotípus négy SNP-k MMP-1 és a kockázat a gyomorrák.
doi: 10,1371 /journal.pone.0038002.s003 katalógusa (DOC) katalógusa táblázat S4.
Egyesületek között haplotípus négy SNP MMP-1 és klinikopatológiai paraméterek.
doi: 10,1371 /journal.pone.0038002.s004 katalógusa (DOC) katalógusa táblázat S5.
Túlélési analízis haplotípusok négy SNP MMP-1. katalógusa doi: 10,1371 /journal.pone.0038002.s005 katalógusa (DOC) hotelben

Köszönetnyilvánítás katalógusa

Köszönettel az osztály Sebészeti Onkológiai Első Kórház kínai Orvostudományi Egyetem biztosító humán mintákban. Mi is köszönjük a College of Kína Orvostudományi Egyetem, technikai segítségnyújtás kísérletekben. Katalógusa

• PLoS One: β, β-Dimethylacrylshikonin indukál mitokondrium függő apoptózis révén ERK Humán gyomorkarcinóma SGC-7901 Cells
• PLoS One: hosszú távú eredményeket és prognosztikai tényezői gyomorrákos betegek mikroszkópos peritoneális Carcinomatosis