PLOS ONE: L'association entre les SNP individuels ou haplotypes de Matrix métalloprotéinase 1 et cancer gastrique Susceptibilité, Progression et Prognosis

Résumé

Contexte

Les polymorphismes nucléotidiques simples (SNP) dans la matrice métalloprotéinase 1 (MMP-1) jouent un rôle important dans certains cancers. Cette étude a examiné les associations entre SNPs ou haplotypes individuels dans MMP-1 et de la sensibilité, les paramètres clinicopathologiques et le pronostic du cancer gastrique dans un large échantillon de la population Han dans le nord de la Chine.

Méthodes

cette étude de cas-témoins, il y avait 404 patients atteints de cancer gastrique et 404 témoins sains. Sept SNP ont été génotypées en utilisant le système MALDI-TOF. Ensuite, le logiciel SPSS, le logiciel Haploview 4.2, le logiciel Haplo.states et les logiciels de THESIAS ont été utilisés pour estimer l'association entre les SNP individuels ou haplotypes de MMP-1 et la susceptibilité au cancer gastrique, la progression et le pronostic.

Résultats

Parmi les sept SNP, il n'y avait pas de SNP individuels associés au risque de cancer de l'estomac. En outre, seul le génotype rs470206 avait une corrélation avec les grades histologiques, et les patients avec GA /AA avait bien la cellule différenciation par rapport aux patients avec le génotype GG (OR = 0,573; IC à 95%: 0,353 à 0,929; P = 0,023). Ensuite, nous avons construit un bloc haplotype quatre marqueur qui contenait 4 haplotypes communs: TCCG, GCCG, TTCG et TTTA. Cependant, tous les quatre haplotypes communs avaient aucune corrélation avec le risque de cancer de l'estomac et nous n'a trouvé aucune relation entre ces haplotypes et les paramètres clinicopathologiques dans le cancer gastrique. En outre, ni les SNP individuels ni haplotypes avaient une association avec la survie des patients atteints de cancer de l'estomac.

Conclusions

Cette étude des polymorphismes évalués du gène MMP-1 dans le cancer gastrique avec un MALDI-TOF méthode MS dans une grande cohorte chinoise nord de cas-témoins. Nos résultats indiquent que ces sept SNPs de MMP-1 pourraient ne pas être utiles comme marqueurs importants pour prédire la susceptibilité au cancer gastrique, la progression ou le pronostic, au moins dans la population Han dans le nord de la Chine

Citation:. Chanson YX, Zhou X, Wang ZN, Gao P, Li aL, Liang JW, et al. (2012) L'association entre les SNP individuels ou haplotypes de Matrix métalloprotéinase 1 et cancer gastrique Susceptibilité, Progression et pronostic. PLoS ONE 7 (5): e38002. doi: 10.1371 /journal.pone.0038002

Editeur: Yury E. Khudyakov, Centers for Disease Control and Prevention, États-Unis d'Amérique

Reçu 30 Janvier 2012; Accepté: 29 Avril 2012; Publié: 24 mai 2012 |

Droit d'auteur: © 2012 Song et al. Ceci est un article en accès libre distribué sous les termes de la licence Creative Commons Attribution, qui permet une utilisation sans restriction, la distribution et la reproduction sur tout support, à condition que l'auteur et la source originelle sont crédités

Financement:. Ce travail a été soutenu par la national science Foundation de Chine (n ° 30972879 et n ° 81172370), le Programme de service scientifique et technologique de la province du Liaoning (n ° 2010225032) et la Fondation des sciences naturelles de la province du Liaoning (n ° 20092129). Les bailleurs de fonds ont joué aucun rôle dans la conception de l'étude, la collecte et l'analyse des données, la décision de publier, ou de la préparation du manuscrit

Intérêts concurrents:.. Les auteurs ont déclaré aucun conflit d'intérêts existent

Introduction

le cancer gastrique est l'une des principales causes les plus fréquentes de la mortalité liée au cancer dans le monde [1]. Malgré quelques avancées dans le diagnostic et le traitement du cancer gastrique au cours des dernières décennies, le pronostic des patients atteints de cancer gastrique avancé reste faible [2]. Comme d'autres cancers, le développement d'un cancer gastrique est un processus en plusieurs étapes avec l'accumulation des modifications génétiques et épigénétiques. La découverte et l'application des biomarqueurs qui peuvent être incorporés avec le diagnostic du cancer traditionnel, la mise en scène et le pronostic pourraient largement contribuer à améliorer le diagnostic précoce et les soins aux patients [3]. Avec l'achèvement du projet du génome humain, des millions de polymorphismes nucléotidiques simples (SNP) ont été identifiés comme des biomarqueurs intéressants dans l'évaluation des risques de cancer, le dépistage, mise en scène, ou de calibrage [4].

métalloprotéinases matricielles (MMP) sont une famille importante d'enzymes dépendantes d'un métal qui sont responsables de la dégradation des composants de la matrice extracellulaire [5]. Des études épidémiologiques moléculaires ont montré des associations entre les polymorphismes génétiques des MMP et la prédisposition au cancer, la progression et le pronostic [6] - [10]. Récemment, certains SNP de MMP-1 ont été démontrés être significativement associée à un risque accru pour le développement du cancer du poumon [6], [7], [11]. Dans le cancer du sein, Karolina Przybylowska et al. ont trouvé que l'allèle 2G du 1G /2G de la MMP-1 polymorphisme du gène peut être responsable de ganglions lymphatiques (LN), les métastases [8]. D'autre part, les études portant sur Hinoda Y et al. et Ghilardi G et al. ont constaté que les SNP de MMP-1 ont été liés à un risque accru de cancer colorectal [12], [13]. En outre, un SNP dans le promoteur de MMP-1 a été démontrée en corrélation avec la différenciation histologique du cancer gastrique [14]. Cependant, d'autres études ont montré une association négative entre MMP-1 polymorphismes et susceptibilité au cancer [15], [16], [17]. En outre, la plupart de ces études se sont limitées à de petits échantillons de quelques SNP ou haplotype construits à partir de deux ou trois sites polymorphes. Ainsi, un grand échantillon et des sites plus polymorphes sont essentiels à la compréhension du rôle de la MMP-1 SNP dans le développement du cancer gastrique.

Dans la présente étude, dans un large échantillon de la population Han dans le nord de la Chine, nous avons utilisé , les tissus enrobés de paraffine fixés au formol (FFPETs) échantillons d'ADN -derived de patients et de l'ADN dérivé du sang de contrôles dans un laser assistée par matrice de désorption /ionisation à temps de vol spectrométrie de masse (MALDI-TOF MS) méthode pour étudier la associations potentielles entre sept SNP (rs2071231, rs7125062, rs491152, rs470558, rs2075847, rs470206 et rs1144396) ou haplotypes dans MMP-1 et de la tumeur, la sensibilité des paramètres clinicopathologiques et la survie du cancer gastrique.

Matériel et méthodes

Sujet sélection

Cette étude comportait 404 patients atteints de cancer gastrique primaire et 404 contrôles et tous les sujets étaient de la population Han dans le nord de la Chine. Les caractéristiques des sujets ont été décrits précédemment [18]. En bref, les patients admissibles ont reçu une chirurgie radicale au premier hôpital de l'Université médicale de Chine entre Janvier 1998 et Décembre 2004 et ont été diagnostiqués avec un cancer gastrique basé sur l'évaluation histopathologique. La tumeur de grade histologique a été évaluée selon Monde critères de l'Organisation de la santé et les tumeurs ont été mis en scène en utilisant la 7e édition de la classification TNM de l'Union Internationale Contre le Cancer (UICC) /système American Joint Committee on Cancer (AJCC) (2010) sur la base post-opératoire pathologique examen des échantillons. données pathologiques complètes ont été obtenues, y compris l'âge, le sexe, la date de la chirurgie, la localisation de la tumeur primitive, le grade histologique, envahissement veineux, invasion lymphovasculaire, profondeur de l'invasion, le nombre de MILD récupéré, nombre de ganglions métastatiques, et le nombre de dépôts tumoraux récupérés. Ceux (i) avec des tumeurs malignes synchrones ou métachrones, (ii) avec métastases à distance trouvé préopératoire, (iii) qui ont subi une radiothérapie préopératoire ou la chimiothérapie, ou (iv) avec des entrées de données pathologiques incomplets ont été exclus de cette étude. Le suivi a été réalisé pour l'ensemble de la population étudiée jusqu'en Janvier 2010. Deux patients sont décédés dans la période postopératoire (dans les 30 jours) et 21 patients ont été perdus de vue; Par conséquent, 381 patients ont été inclus dans l'analyse de survie. les périodes de suivi médian et moyen étaient 90,0 mois et 93,3 ± 20,24 mois (extrêmes: 61-136 mois), respectivement. Les données suivantes ont été obtenues pour tous les patients: la date du décès (le cas échéant), la cause du décès (le cas échéant), et la date de suivi. Le critère principal était la durée spécifique du cancer de survie de la date du diagnostic de cancer de l'estomac à la date du décès. Le taux de survie à 5 ans des 404 patients était de 54,2%.

404 échantillons de sang du groupe témoin ont été obtenus à partir d'individus sans cancer qui ont été aléatoirement sélectionnés sur la base des examens physiques au cours de Décembre 2009 à Août 2011, et ce groupe a été considéré comme une bonne représentation de la population dans cette région. Les critères de sélection comprenaient pas l'histoire individuelle du cancer, la fréquence correspondant pour les cas sur le sexe et l'âge et les individus étaient indépendants ethniques chinois Han. Les échantillons (acide éthylène diamine tétraacétique [EDTA] anticoagulation) ont été stockés à -20 ° C dans les 30-40 minutes, puis déplacés vers un congélateur à -80 ° C dans les 2 ou 3 jours après la collecte.

éthique déclaration

l'étude a été approuvée par le Comité d'éthique de la recherche de l'Université médicale de Chine, la Chine. Le consentement éclairé écrit a été obtenu à partir de toutes les personnes avant de participer à l'étude.

ADN extraction

L'ADN génomique a été extrait à partir d'échantillons FFPET dans le groupe de cas. Les sections ayant une épaisseur de 8 pm et une surface spécifique pouvant atteindre 250 mm ^{2 ont été préparés avec un microtome et l'ADN a été isolé à partir de 6 parties à 12 parties, en fonction de la taille des tissus et le nombre de cellules. Le microtome a été nettoyé et les lames ont été changées pour éviter toute contamination les inter. l'extraction d'ADN à partir de FFPETs a été réalisée avec un kit de tissus QIAamp® ADN FFPE (Qiagen, Hilden, Allemagne) [19], suivant les procédures décrites par le fabricant et nos travaux précédents [18]. Environ 2-10 ug d'ADN a été récupéré dans 50 pl solution finale et a été stocké à -80 ° C.}

L'ADN génomique a été extrait à partir d'échantillons de sang provenant du groupe témoin avec l'ADN génomique universel kit d'extraction Ver.3.0 (TAKARA) selon les instructions du fabricant et nos travaux précédents [18]. A propos de 2-6 pg d'ADN a été récupéré dans TE et a été stocké à -80 ° C.

Sélection des SNPs
candidats

L'étude comprenait sept SNP dans la MMP-1, qui ont été prises à partir la base de données NCBI SNP et la base de données HapMap. Nous avons choisi les SNP dans les loci de gènes pour assurer une haute densité de marqueurs et de fournir une caractérisation adéquate de la diversité haplotype [6]. Tous les SNPs sélectionnés devaient avoir une fréquence de l'allèle mineur ≥5%. Nous avons choisi donc sept SNP:. Rs2071231 (introns), rs7125062 (introns), rs491152 (introns), rs470558 (exon), rs2075847 (5'UTR), rs470206 (5 'UTR) et rs1144396 (Fig. 1A)
analyse

des SNP et la validation

SNPs ont été génotypés en utilisant le système MS MALDI-TOF (MassARRAY; Sequenom, San Diego, CA, USA) avec des amorces et des sondes (Tableau S1) comme décrit précédemment [19], [20]. Pour assurer la qualité de frappe, 1% d'échantillons positifs (souche de cellules Yanhuang) ont été incorporées dans chaque plaque de génotypage pour valider la fiabilité des amorces et 1% d'échantillons négatifs (eau sans ADN) ont été utilisées pour contrôler la contamination. 5% d'échantillons aléatoires ont été testés en double par des personnes différentes et la reproductibilité était de 100%. Le personnel du laboratoire ont été aveuglés à l'échantillon arrangement au cours du processus. MALDI-TOF MS analyse étaient selon l'une Justenhoven et al. [21] et le processus principal inclus amplification par PCR (PCR System GeneAmp® 9700 double 384-Well Sample Bloquer Module, Sequenom), crevettes traitement de la phosphatase alcaline (Sequenom), des réactions d'extension de base, l'élimination du sel avec de la résine, SpectroCHIP distribution (384 puits SpectroCHIP microarray, Sequenom). discrimination allélique a été obtenu par l'analyse avec un analyseur MassARRAY spectromètre de masse Compact (MT9). Enfin, l'analyse des données ont été effectuées en utilisant le logiciel MassARRAY Typer Analyzer 4.0 (Sequenom, San Diego, CA) [22]

Le déséquilibre de liaison (LD) détermination de bloc et haplotype construction

Haploview logiciel. 4.2 était utilisé pour évaluer LD et la construction des haplotypes comme décrit précédemment [6]. LD entre les sept SNP utilisés dans l'analyse des haplotypes a été mesurée par une statistique par paires D '. La structure du bloc de LD a été examinée selon la méthode de Gabriel et al. [23], en utilisant les limites de 80% de confiance de D 'pour définir les sites de recombinaison historique entre les SNP. Les haplotypes ont été construits à partir des données de génotype dans le panneau de cas-témoins en pleine dimension dans les blocs en utilisant une méthode d'attente maximisation algorithme accéléré avec le logiciel Haploview 4.2 [6], [24]. De plus, nous avons fait SNP combinaisons de génotypes pour trouver leur association avec le risque de cancer gastrique [25].

L'analyse statistique

Une distribution de la population des deux côtés chi-carré (χ2) test a été utilisé pour estimer caractéristiques, comparer les différences dans allélique et les fréquences génotypiques entre les cas et les contrôles et les associations d'estimation entre les SNP individuels et les paramètres clinicopathologiques. Pour évaluer l'importance, une procédure de permutation (1.000 tests) a été utilisé pour corriger la valeur de P des résultats de l'association à locus unique [6]. Un test de permutation est un type de test de signification statistique dans laquelle la distribution de la statistique de test sous l'hypothèse nulle est obtenue en calculant toutes les valeurs possibles de la statistique de test sous réarrangements des étiquettes sur les points de données observées. Par ailleurs, la correction de Bonferroni a été utilisé pour la correction des tests multiples [26]. La régression logistique a été utilisée pour analyser l'association entre les fréquences de génotype et le risque de cancer de l'estomac, ajusté pour le sexe et l'âge. Les analyses de survie ont été faites avec le test du log-rank et Cox modèle des risques proportionnels. Le progiciel 4.2 Haploview a été utilisé pour: estimation par paires LD, détecter le départ de l'équilibre de Hardy-Weinberg, construire haplotypes, calculer les fréquences d'haplotypes et les associations d'estimation entre les haplotypes et le risque de cancer de l'estomac. Nous avons également utilisé le logiciel Haplo.states pour évaluer les associations entre les haplotypes et les caractéristiques clinico [6], [27]. Le logiciel THESIAS basé sur risques proportionnels de Cox survie régression dans l'analyse de l'association basée haplotype-en utilisant l'algorithme Stochastic-EM a été utilisé pour produire des analyses de survie des haplotypes [28]. En raison de tests d'hypothèses multiples, la valeur de P pour la signification a été ajusté de façon conservatrice par la correction Bonferroni à < 0,007 (0,05 /7)
de

Résultats caractéristiques Sujet

Comme le montre la Tableau 1 et les travaux antérieurs, l'âge moyen était 56,67 ± 11,92 ans et le pourcentage d'hommes était 70,54% dans le groupe de cas. L'âge moyen du groupe témoin était 56,91 ± 11,48 y et le pourcentage d'hommes était 70,54%. Il n'y avait aucune différence statistiquement significative dans la distribution du sexe et de l'âge entre les patients et les témoins (P = tout 1,00). En outre, des 404 patients, 85 (21,04%) avaient un cancer de stade I gastrique, 107 (26,49%) étaient au stade II de cancer de l'estomac, et 212 (52,48%) étaient au stade III de cancer gastrique (tableau 1). Les autres paramètres clinicopathologiques des patients atteints de cancer gastrique sont présentés dans le tableau 1.

taux de réussite de génotypage, LD et haplotype la structure

Tous les SNP étaient polymorphes avec mineures fréquences des allèles > 10% et les distributions de génotype étaient tous en accord avec Hardy-Weinberg (données non présentées). Les taux de réussite ont été élevés dans le groupe de cas (98,27 à 100%) et le groupe de contrôle (99,50 à 100% de; le tableau S2). Ensuite, nous avons utilisé le logiciel Haploview 4.2 pour évaluer LD et construire haplotypes. LD a été observé dans rs2071231, rs7125062, rs491152 et rs470558 (tous D ≥0.99), et ces quatre SNP construit le bloc 1. Bloc 1 couverts 5,0 kb et contenait 4 haplotypes communs: TCCG, GCCG, TTCG et TTTA (gamme de fréquences: 0.127- 0,500), ce qui représentait environ 99,9% des sujets (Fig.1B).

les associations entre les SNP individuels et le risque de cancer de l'estomac, des paramètres clinicopathologiques et la survie

Comme le montre le tableau 2, il y avait aucune différence statistique dans la distribution des allèles entre les patients et les témoins (P > 0,007 et P > 0,007 après un test de permutation pour les fréquences alléliques et correction de Bonferroni). De plus, il n'y avait pas d'association entre les distributions des génotypes des sept SNP dans la MMP-1 et le risque de cancer de l'estomac (P > 0,007 et P > 0,007 après avoir été ajusté pour le sexe et l'âge pour les fréquences génotypiques, tableau 3)
<. p> les génotypes de SNP individuels ont été évalués pour les associations avec les paramètres clinicopathologiques. Le tableau 4 montre que les génotypes rs470206 avaient une corrélation avec les grades histologiques, et les patients avec GA /AA avait bien la cellule différenciation par rapport aux patients avec le génotype GG (OR = 0,573; IC à 95%: 0,353 à 0,929; P = 0,023). Cependant, il n'a pas été significative après correction de Bonferroni. Les autres génotypes de SNP avaient aucune corrélation significative avec les paramètres clinicopathologiques dans le cancer gastrique.

En analyse univariée, le type Borrmann, catégorie pT, métastase ganglionnaire, invasion lymphovasculaire et le stade TNM ont démontré que des facteurs pronostiques significatifs (Tableau 5). Cependant, les résultats statistiques ont révélé que tous les génotypes des sept SNP avaient aucune association avec la survie des patients atteints de cancer de l'estomac (tous les P > 0,007, tableau 5).

Associations entre haplotypes ou SNP combinaisons de génotype et le risque de cancer de l'estomac , les paramètres clinicopathologiques et la survie

en utilisant le logiciel Haploview 4.2, nous avons construit un bloc haplotype quatre marqueurs, qui contenait quatre haplotypes communs: TCCG, GCCG, TTCG et TTTA. Tous les quatre haplotypes communs avaient aucune corrélation avec le risque de cancer de l'estomac (P > 0,007 et P > 0,007 après un test de permutation; Tableau S3). De plus, on n'a pas trouvé de relation entre ces quatre haplotypes communs et les paramètres clinicopathologiques dans le cancer gastrique (tous les P > 0,007, tableau S4). En outre, le résultat de l'analyse univariée a montré aucune association entre tous les haplotypes et la survie des patients atteints de cancer de l'estomac. (Tous les P > 0,007, Tableau S5)

Ensuite, nous avons fait SNP combinaisons de génotypes pour trouver leur association avec gastrique le risque de cancer. Parmi toutes les combinaisons, combinaisons de génotypes de deux SNP (rs2071231 et rs470206) avaient quatre sous-groupes: TA, TG, GG et AA. Bien que le LD entre les deux SNP n'existait pas et les quatre sous-groupes avait aucune corrélation avec le risque de cancer gastrique (P = 0,523), les patients atteints de TA avaient bien la cellule différenciation par rapport aux patients avec le génotype TG (OR = 0,561; IC à 95% : 0,357 à 0,881; P = 0,022). Cependant, il n'a pas été significative après correction de Bonferroni. En outre, tous les sous-groupes avaient aucune association avec la survie des patients atteints de cancer de l'estomac (tous les P > 0,007). Les autres combinaisons de génotype avaient aucun résultat significatif.

Discussion

La dégradation de la matrice extracellulaire et la membrane basale par MMP est l'un des éléments régulateurs les plus importants dans de nombreux processus physiologiques et pathologiques de l'invasion tumorale et métastases [5]. La majorité des études antérieures ont mis l'accent sur la relation entre les SNP et MMP-2 et MMP-9. En outre, certains SNP de MMP-1 ont été démontrés être significativement associés à un risque accru de développement du cancer du poumon, le cancer du sein et le cancer colorectal [6] - [8], [11] - [13]. Cependant, d'autres études ont montré une association négative entre MMP-1 polymorphismes et susceptibilité au cancer [15] - [17]. Par ailleurs, dans le cancer gastrique, la plupart des études sur les MMP-1 ont seulement mis l'accent sur l'importance du SNP (-1607 1G /2G) dans le promoteur dans des échantillons relativement petits. X Jin et al. a rapporté qu'il n'y avait pas d'association du promoteur polymorphisme MMP-1 (-1607 1G /2G) avec la susceptibilité à l'adénocarcinome gastrique cardiaque dans le nord de la Chine (183 patients) [15]. Toutefois, une étude sur une population japonaise (215 patients) a montré que, bien que la présence de l'allèle 2G (-1607) dans le promoteur de MMP-1 n'a pas augmenté le risque de cancer de l'estomac, elle peut être impliquée dans la différenciation des cancers gastriques [14]. Par conséquent, un grand échantillon et des sites plus polymorphes sont essentiels pour comprendre le rôle de la MMP-1 SNP dans le développement du cancer gastrique.

Compte tenu de ce qui précède, nous avons sélectionné sept sites polymorphes à travers MMP-1 pour assurer une forte densité de marqueurs et de fournir une caractérisation adéquate de la diversité des haplotypes. De plus, nous avons sélectionné 404 patients et 404 contrôles qui avaient les mêmes distributions pour le sexe et l'âge. D'un autre côté, jusqu'à présent, la plupart des SNP ont été étudiés par la longueur des fragments de restriction (RFLP), analyse [29], TaqMans [19], CLHPD [30], MALDI-TOF-MS [6], [20] et le pyroséquençage analyse [31]. Actuellement, la méthode MS MALDI-TOF, offrant environ 100% de précision pour génotypage SNP, est considéré comme un étalon-or [19], [32]. En outre, les rapports précédents ont montré qu'il n'y avait pas de différence de fréquence allélique entre l'ADN dérivé FFPET et l'ADN dérivé du sang provenant du même individu par le biais de plusieurs procédés, y compris MALDI-TOF MS [33] - [35]. Par conséquent, le génotypage de l'ADN dérivé FFPET par MALDI-TOF-MS est fiable et reproductible. Nos résultats ont également montré des taux de réussite élevés variant entre 98,27% et 100% (moyenne: 99,43%), qui étaient conformes aux données rapportées précédentes [19], [32], [33]

Parmi les sept SNP. , Sun et al. ont montré que les fréquences alléliques des risques de rs7125062, rs2075847 et rs470206 étaient plus élevés chez les patients atteints de cancer du poumon que chez les témoins [6]. Mais, dans la présente étude, il n'y avait pas de SNP individuels associés au risque de cancer de l'estomac. En outre, les génotypes rs470206 eu un corelation avec des notes histologiques, et les patients avec GA /AA avait bien la cellule différenciation par rapport aux patients avec le génotype GG. Ce résultat est similaire aux sites polymorphes (-1607 1G /2G), qui peuvent être impliqués dans la différenciation du cancer gastrique [14]. De plus, certaines études ont montré que le polymorphisme du promoteur de MMP-1 (-1607 1G /2G) a une association avec le pronostic dans le cancer de la langue [36], le cancer du sein [37] et le cancer colorectal [38]. Cependant, on n'a pas trouvé d'SNP individuels associés à un pronostic dans le cancer gastrique dans notre étude.

SNP sont stablement hérités, très abondante et de montrer la diversité au sein et entre les populations, qui sont pensés pour être des biomarqueurs intéressants. Cependant, l'application des SNP individuels a été limité, car ils ont une faible pénétrance et leurs effets sont relativement difficiles à identifier. Par conséquent, l'importance de l'information haplotype a augmenté pour relier la variation de séquence d'ADN avec la maladie [6], [18], [39]. Dans notre étude, nous avons construit un bloc haplotype quatre marqueur qui contenait 4 haplotypes communs: TCCG, GCCG, TTCG et TTTA, qui étaient en accord avec l'étude de Sun et al. [6]. Leur étude a montré haplotype TTCG avait une fréquence qui était significativement différente entre les patients et les contrôles. Par ailleurs, l'haplotype TTCG avait un risque accru de métastases à distance du cancer du poumon et, par contraste avec l'haplotype TTCG, TTTA haplotypes a montré un effet protecteur contre la progression du cancer du poumon [6]. Cependant, dans notre étude, les quatre haplotypes communs avaient aucune corrélation avec le risque de cancer de l'estomac et nous n'a trouvé aucune relation entre ces haplotypes et les paramètres clinicopathologiques dans le cancer gastrique. En outre, le résultat de l'analyse univariée a montré aucune association entre tous les haplotypes et la survie des patients atteints de cancer gastrique. Jusqu'à présent, un nombre croissant d'études ont porté sur l'association entre les SNP et les maladies, mais même avec le même SNP, les résultats sont généralement différents. De plus en plus d'études ont révélé que des résultats différents pourraient être principalement attribuable à diverses combinaisons de facteurs, tels que l'hétérogénéité de la maladie, de la population, l'environnement, les fréquences alléliques et /ou les différences de LD, source de tissu utilisé, la taille des échantillons, la technique de détection et ainsi de suite.

il est intéressant, bien que la LD entre rs2071231 et rs470206 n'existait pas, nous avons encore fait SNP combinaisons de génotype selon l'étude de Ostrovsky O et al. [25]. Nous avons constaté que, par rapport aux patients avec le génotype TG, les patients atteints de TA avaient bien la différenciation cellulaire. Toutefois, la fréquence de ce type de combinaison de génotype SNP était très faible dans la population.

En conclusion, cette étude évaluée polymorphismes du gène MMP-1 dans le cancer gastrique avec une méthode MALDI-TOF MS et FFPETs archivés dans une grande cohorte chinoise nord de cas-témoins. Bien que nos résultats étaient négatifs, cette étude a d'abord indiqué que le SNP (rs2071231, rs7125062, rs491152, rs470558, rs2075847, rs470206 et rs1144396) de MMP-1 pourrait ne pas être utiles comme marqueurs importants pour prédire la susceptibilité au cancer gastrique, la progression ou le pronostic, à moins dans la population Han dans le nord de la Chine. De plus, ces résultats pourraient fournir des informations importantes à d'autres scientifiques qui font des recherches sur le cancer pour éliminer ces sept SNP comme marqueurs de diagnostic pour le cancer gastrique.

Informations complémentaires
Tableau S1.
séquences d'amorces utilisées pour le génotypage des sept SNP dans MMP-1
doi:. 10.1371 /journal.pone.0038002.s001
(DOC)
Tableau S2.
génotypage taux de succès des sept SNP dans MMP-1
doi:. 10.1371 /journal.pone.0038002.s002
(DOC)
Tableau S3. Associations
entre les fréquences d'haplotypes de quatre SNP dans la MMP-1 et le risque de cancer de l'estomac
doi: 10.1371. /Journal.pone.0038002.s003
(DOC)
Tableau S4. Associations
entre les fréquences d'haplotypes de quatre SNP dans MMP-1 et les paramètres clinicopathologiques
doi: 10.1371. /Journal.pone.0038002.s004
(DOC)
Tableau S5. Analyse
survie des haplotypes de quatre SNP dans MMP-1
doi:. 10.1371 /journal.pone.0038002.s005
(DOC)

Remerciements

Nous remercions le département d'oncologie chirurgicale du premier hôpital de l'Université médicale de Chine pour fournir des échantillons humains. Nous remercions également le Collège de l'Université médicale de Chine pour l'assistance technique dans les expériences.

• PLOS ONE: β, β-Dimethylacrylshikonin Induit mitochondries Apoptose dépendante par ERK Pathway dans les cellules gastriques humaines du cancer SGC-7901
• PLOS ONE: Résultats à long terme et facteurs pronostiques du cancer gastrique Les patients avec Microscopique carcinose péritonéale