Plos ONE: Zveza med posameznimi SNP ali haplotipov MMP 1 in želodca raka Dovzetnost, napredovanja in Prognosis

Povzetek

Ozadje

Posamezne nukleotidnih polimorfizmov (SNP) v MMP 1 (MMP-1) imajo pomembno vlogo v nekaterih rakavih obolenj. Ta študija je preučila povezavo med posameznimi SNP ali haplotipov v MMP-1 in občutljivosti, clinicopathological parametrov in prognozo raka želodca v velikem vzorcu prebivalstva Han na severu Kitajske.

Metode

to-case kontrolirani študiji je bilo 404 bolnikov z rakom želodca in 404 zdravih kontrol. Sedem SNP so genotipizacijo z uporabo sistema MALDI-TOF MS. Nato so bile programske opreme SPSS, Haploview 4.2 software, Haplo.states programsko opremo in THEsias programska oprema, uporabljena za oceno povezave med posameznimi SNP ali haplotipov MMP-1 in dovzetnost za raka želodca, napredovanja in prognozo.

Rezultati

Med sedmimi SNP, ni bilo posameznih SNP, povezani s tveganjem za nastanek raka želodca. Poleg tega je bilo le rs470206 genotip ujemanje s histološke razrede, in bolniki z GS /AA imel tudi mobilne razlikovanje v primerjavi z bolniki z genotipom GG (OR = Dobimo 0,573; 95% IZ: 0.353-0.929; P = 0,023). Nato smo zgradili štiri marker haplotip blok, ki vsebuje 4 skupnih haplotipov: TCCG, GCCG, TTCG in TTTA. Vendar pa so vse štiri skupne haplotipov ni povezan z rakom na želodcu, in nismo našli nobene povezave med temi haplotipov in clinicopathological parametrov pri bolnikih z rakom želodca. Poleg tega je imel niti posamezni SNP niti haplotipov povezavo z preživetju bolnikov z rakom želodca.

Sklepi

Ta študija je ocenila polimorfizmi v MMP-1 gena raka želodca z MALDI-TOF metoda MS v veliki severni kitajski primerom nadzorovana kohorte. Naši rezultati so pokazali, da morda ne bo teh sedem SNP MMP-1 uporaben kot pomembnih označevalci napovedati želodčni dovzetnost za raka, napredovanje ali prognozo, vsaj v populaciji Han na severu Kitajske

Navedba. Song YX, Zhou X, Wang ZN, Gao P Li aL, Liang JW et al. (2012) Zveza med posameznimi SNP ali haplotipov MMP 1 in želodca raka Dovzetnost, napredovanja in prognozo. PLoS ONE 7 (5): e38002. doi: 10,1371 /journal.pone.0038002

Urednik: Yury E. Khudyakov, Center za nadzor in preprečevanje bolezni, Združenih držav Amerike

Prejeto: 30. januar 2012; Sprejeto: 29. april 2012; Objavljeno: 24. maj 2012

Copyright: © 2012 Song et al. To je odprtega dostopa članek razširja pod pogoji Creative Commons Attribution License, ki omogoča neomejeno uporabo, distribucijo in razmnoževanje v katerem koli mediju, pod pogojem, da prvotni avtor in vir knjižijo

Financiranje:. To delo je bila podprta z National Science Foundation Kitajske (št 30972879 in št 81172370), programa znanstvenem in tehnološkem oddelku za Liaoning province (št 2010225032) in Natural Science Foundation province Liaoning (št 20092129). Med financerji imel nobene vloge pri oblikovanju študije, zbiranje in analizo podatkov, sklep, da se objavi, ali pripravi rokopisa

nasprotujočimi si interesi.. Avtorji so izjavili, da ne obstajajo konkurenčni interesi

Uvod

rak želodca je eden izmed najpogostejših vodilnih vzrokov smrtnosti, povezane z rakom na svetu [1]. Kljub nekaterim napredek v diagnostiki in zdravljenju raka želodca v zadnjih desetletjih, je prognoza za bolnike z napredovalim rakom želodca, še vedno slaba [2]. Tako kot druge oblike raka, razvoj raka želodca je večstopenjski proces, s kopičenjem genetskih in epigenetskih sprememb. Odkritje in uporaba biomarkerjev, ki jih je mogoče vključiti s tradicionalno diagnozo raka, uprizarjanja in prognozo lahko v veliki meri pomagajo izboljšati zgodnje odkrivanje in nego bolnikov [3]. Ob zaključku projekta človeškega genoma, so milijone posameznih nukleotidnih polimorfizmov (SNP), opredeljene kot privlačne biomarkerjev v oceni tveganja raka, presejalnih počivanje, ali razvrščanje [4].

Matrix metaloproteinaz (MMP), so pomembna družina kovinskih odvisna od encimov, ki so odgovorni za razgradnjo izvencelicnega matriksa [5]. Molekularna epidemiološke študije so pokazale povezavo med genetskih polimorfizmov MMP in dovzetnosti za raka, napredovanja in prognozo [6] - [10]. V zadnjem času, so dokazali nekateri SNP MMP-1, ki se bistveno povezana s povečanim tveganjem za razvoj raka na pljučih [6], [7], [11]. Pri raku na dojki, Karolini Przybylowska et al. ugotovljeno, da je lahko alel 2G za 1G /2G MMP-1 genski polimorfizem odgovoren za bezgavke (LN) metastaze [8]. Po drugi strani pa obe študije Hinoda Y et al. in Ghilardi G et al. ugotovljeno, da so SNP-MMP-1 povezan s povečanim tveganjem za kolorektalnega raka [12], [13]. Poleg tega je bil SNP v promotorja MMP-1 dokazano, da povezati s histološko diferenciacijo raka želodca [14]. Vendar druge študije pokazale negativno povezavo med MMP-1 polimorfizmov in dovzetnost za raka [15], [16] [17]. Poleg tega je bila večina teh študij omejen na majhnih vzorcih, nekaj SNP ali zgrajenih haplotipov iz dveh ali treh polimorfnih mestih. Tako velik vzorec in več polimorfnih strani so ključnega pomena za razumevanje vloge MMP-1 SNP v razvoj raka želodca.

V tej raziskavi, v velikem vzorcu prebivalstva Han na severu Kitajske, smo uporabili -formalinom določen,-parafin vgrajeni tkiva (FFPETs) -derived vzorce DNK od bolnikov in DNK v krvi, ki izhajajo iz nadzora v matriko pomaga lasersko desorpcijo /ionizacijo čas z letom masne spektrometrije z (MALDI-TOF MS) metoda preučevati morebitne zveze med sedem SNP (rs2071231, rs7125062, rs491152, rs470558, rs2075847, rs470206 in rs1144396) ali haplotipov v MMP-1 in tumorske občutljivosti, clinicopathological parametri in preživetja raka želodca.

materiali in metode

ob izbor

Ta študija je bila sestavljena iz 404 osnovnih želodca bolnikov z rakom in 404 kontrol in vsi predmeti so bili od prebivalstva Han na severu Kitajske. Predmetne lastnosti so bile že prej [18] opisano. Na kratko, so upravičeni bolniki prejeli radikalno operacijo na prvem Hospital China Medical University v obdobju od januarja 1998 do decembra 2004 in so diagnosticirali raka želodca, ki temelji na spariti. Tumor Histološka ocena je bila ocenjena po svetovnih merilih zdravstvene organizacije in tumorjev so potekali z uporabo 7. izdaja TNM uprizoritev Mednarodne zveze proti raku (UICC) sistem /Skupni odbor ameriške raka (AJCC) (2010), ki temelji na pooperativna patološko pregled osebkov. Popolni patološki podatki so bili pridobljeni tudi starost, spol, datum in kirurgije, mesto primarnega tumorja, histološke razred, venska invazijo, lymphovascular invazijo, globina invazije, število LNS naložena, število metastatskih LNS, in število tumorskih depozitov pridobljenih. Tisti, ki (i) z sinhroni ali metachronous malignih tumorjev, (ii) z oddaljenih metastaz našel predoperativno, (iii), ki je doživel preoperativno obsevanje ali kemoterapijo, ali (iv) z so nepopolne patoloških vnose podatkov izključeni iz te študije. Spremljanje je bila zaključena za celotno populacijo v raziskavi do januarja 2010. Dva bolnika sta umrla v pooperativnem obdobju (v 30 dneh) in 21 bolnikov je bilo izgubljenih za spremljanje; Zato je bilo vključenih 381 bolnikov v analizi preživetja. Mediana in pomenijo nadaljnji roki so bili 90,0 mesecev in 93,3 ± 20,24 mesecev (razpon: 61-136 mesecev), v tem zaporedju. Naslednji podatki so pridobljeni za vse bolnike: datum smrti (če je primerno), vzrok smrti (če obstaja), datum in spremljanja. Primarni cilj študije je bilo trajanje preživetja raka specifično od datuma želodca diagnozo raka na dan smrti. Stopnja preživetja 5-letno od 404 bolnikov je bila 54,2%.

404 krvnih vzorcev iz kontrolne skupine so bili pridobljeni iz rakavih brez posameznikov, ki so bili izbrani naključno, ki temeljijo na fizičnih pregledih med decembrom 2009 in avgustom 2011, in ta skupina je verjel, da je dobra zastopanost prebivalstva v tej regiji. Merila za izbor vključiti nobenega posameznega zgodovino raka, frekvenca ujemajo primerih na spol in starost in posamezniki so bili nepovezani etnične Han Kitajci. Vzorci (etilen diamin tetraocetna kislina [EDTA] anticoagulate) smo hranili pri -20 ° C v 30-40 minutah, nato preselili v zamrzovalniku pri -80 ° C v 2 ali 3 dni po zbiranju.

etika izjava

študija je odobril Odbor za etiko raziskovalnega Kitajske Medical University, Kitajska. Pisna privolitev je bila pridobljena iz vseh ljudi pred sodelovanjem v raziskavi.

DNK ekstrakcijo

genomske DNK je bila vzeta iz FFPET vzorcev v primeru skupine. Odseki z debelino 8 um in površino do 250 mm ^{2 smo pripravili s Mikrotom in DNA smo izolirali s 6 odsekov 12 oddelkov, odvisno od velikosti tkiva in število celic. Mikrotom bila očiščena in rezila smo spremenili izogniti intersample kontaminacije. ekstrakcijo DNK iz FFPETs je bila izvedena z QIAamp® DNA FFPE Tissue Kit (Qiagen, Hilden, Nemčija) [19], v skladu s postopki, ki jih določi proizvajalec, opisane in naše prejšnje delo [18]. Okoli 2-10 ig DNA predela v končni raztopini 50 ul in shranimo pri -80 ° C.}

Genomsko DNA smo ekstrahirali iz krvnih vzorcih iz kontrolne skupine z univerzalno Genomska DNA Extraction Kit Ver.3.0 (TAKARA) v skladu z navodili proizvajalca in naše dosedanje delo [18]. Približno 2-6 ig DNK izločilo v TE in shranimo pri -80 ° C.

Izbor kandidatk SNP

V raziskavi je sodelovalo sedem SNP v MMP-1, ki so bili odvzeti iz baza podatkov NCBI SNP in baza podatkov HapMap. Izbrali smo SNP čez gena lokusov zagotoviti visoko gostoto označevalcev in poskrbi za ustrezno opredelitev haplotip raznovrstnosti [6]. Vse izbrane SNP so morali manjši alelov frekvenco ≥ 5%. Zato smo izbrali sedem SNP:. rs2071231 (intronov), rs7125062 (intron), rs491152 (intron), rs470558 (ekson), rs2075847 (5'UTR), rs470206 (5 'UTR) in rs1144396 (. slika 1A)

SNP analiza in potrjevanje

SNP so genotipizacijo z MALDI-TOF MS sistem (MassARRAY, Sequenom, San Diego, CA, ZDA), z začetnih oligonukleotidov in sonde (tabela S1), kot prej opisanih [19], [20]. Da bi zagotovili kakovost tipkanje, 1% pozitivnih vzorcev (lističev YanHuang celic) so bile vključene v vsak genotipizacije ploščo potrditi zanesljivost primerji in 1% negativnih vzorcev (vode brez DNK) so bili uporabljeni za spremljanje onesnaženja. 5% naključnih vzorcev smo testirali v dveh izvodih, ki jih različne osebe in obnovljivost je bila 100%. Osebje laboratorija, ki so zaslepljeni, da dogovora vzorca med postopkom. MALDI-TOF MS analizo so bili po Justenhoven et al. [21] in glavni postopek vključeni PCR pomnoževanja (GeneAmp® PCR sistem 9700 Dual 384-No Vzorec Block modul, Sequenom), kozice zdravljenje alkalno fosfatazo (Sequenom), baza razširitev reakcije, odvoz soli s smolo, SpectroCHIP razdeljevanje (384-dobro SpectroCHIP mikromrež, Sequenom). Alelna diskriminacija je bila pridobljena z analizo z MassARRAY analizatorja Compact masni spektrometer (MT9). Na koncu so analiza podatkov izvaja z uporabo MassArray Typer analizatorja programske opreme 4.0 (Sequenom, San Diego, CA) [22].

Povezava neravnovesje (LD) določitev blok in haplotip gradnja

Haploview 4.2 programska oprema je uporabljen za oceno LD in gradnjo haplotipov kot je opisano predhodno [6]. LD med sedmimi SNP, ki se uporabljajo pri analizi haplotip smo merili s parno D 'statistike. Konstrukcija LD bloka smo raziskali z uporabo metode Gabriel et al. [23], z uporabo meje na 80% zaupanje D "za opredelitev območij zgodovinskega rekombinacijo med SNP. Haplotipov so bili zgrajeni iz podatkov genotipov v polni velikosti primera nadzorni plošči v blokih z uporabo pospešenega pričakovanje-maksimizacijski metodo algoritem z Haploview 4,2 programske opreme [6], [24]. Poleg tega smo naredili SNP genotipa kombinacije, da bi našli svojo povezavo z želodčno tveganje za raka [25].

Statistična analiza

A obojestransko hi-kvadrat (χ2) Test je bil uporabljen za oceno porazdelitev prebivalstva značilnosti, primerjati razlike v alelov in genotipske frekvence med primerov in kontrol ter po oceni združenja med posameznimi SNP in clinicopathological parametrov. Za oceno pomembnosti, je bil uporabljen postopek permutacije (1.000 testi), da se popravi vrednost P za eno-locus pridružitvenih rezultatov [6]. Test permutacije je vrsta testa statistične pomembnosti, v katerem je porazdelitev testne statistike pod ničelno hipotezo pridobljena z izračunom vse možne vrednosti testne statistike pod preurejanj etikete na opazovanih podatkovnih točk. Poleg tega je bil popravek Bonferroni uporablja za večkratno korekcijo testiranje [26]. Logistična regresija je bila uporabljena za analizo povezavo med genotipom frekvenc in tveganje za raka na želodcu, ki so prilagojene za spol in starost. analize preživetja so bile izvedene s testom log-rank in Cox sorazmernih tveganj modela. 4,2 programski paket Haploview je bila uporabljena za: oceno paroma LD, zazna odmik od Hardy-Weinberg ravnovesje, zgraditi haplotipov, izračun haplotip frekvenc in oceniti povezavo med haplotipov in tveganjem za nastanek raka želodca. Uporabili smo tudi Haplo.states programsko opremo za ocenjevanje povezave med haplotipov in clinicopathologic funkcij [6], [27]. THEsias programska oprema, ki temelji na Cox sorazmernih tveganj preživetje nazadovanje, ki temelji na haplotip združenje analize z uporabo Stohastični-EM algoritem je bil uporabljen za izdelavo analize preživetja haplotipov [28]. Zaradi večkratnega preskušanja domnev, je P vrednost pomena konzervativno popravite s popravkom Bonferroni < 0,007 (0,05 /7)

Rezultati

Zadeva značilnosti

Kot je prikazano v Tabela 1 in prejšnje delo, je bila povprečna starost 56,67 ± 11,92 y in odstotek moških je bila v sodni skupini 70,54%. Povprečna starost kontrolne skupine je bila 56,91 ± 11,48 y in odstotek moških je bila 70,54%. Ni bilo statistično značilne razlike v distribuciji spola in starosti med bolniki in nadzora (vsi P = 1,00). Poleg tega je od 404 bolnikov, 85 (21,04%) je faza I raka želodca, 107 (26,49%) je imela fazo II raka želodca, in 212 (52.48%) je imela stopnjo raka III želodca (tabela 1). Drugi clinicopathological parametri bolnikih z rakom želodca so prikazani v tabeli 1.

mere genotipizacijo uspeha, LD in haplotip struktura

Vse SNP so bili polimorfna z manjšimi alelov frekvenc > 10% in porazdelitev genotipov so bili vsi v dogovoru s Hardy-Weinberg ravnotežju (podatki niso prikazani). Stopnja uspešnosti so bili visoki v primeru skupine (98,27-100%) in kontrolno skupino (99,50-100%; tabela S2). Nato smo uporabili Haploview 4.2 programsko opremo za vrednotenje LD in gradnjo haplotipov. LD opazili čez rs2071231, rs7125062, rs491152 in rs470558 (vse D ≥0.99), in ti štirje SNP zgrajen blok 1. Block 1 pokriti 5,0 kb in vsebuje 4 skupnih haplotipov: TCCG, GCCG, TTCG in TTTA (frekvenčno območje: 0.127- 0.500), kar predstavlja približno 99,9% vseh predmetov (Fig.1B).

Združenja med posameznimi SNP in tveganjem za nastanek raka želodca, clinicopathological parametrov in preživetje

Kot je prikazano v tabeli 2, je bilo statistično značilne razlike v distribuciji alelov med bolniki in kontrol (P > 0.007 in P > 0,007 po testu permutacije za alelne frekvence in Bonferronijev popravek). Poleg tega ni bilo nobene povezave med genotipom distribucij sedmih SNP v MMP-1 in tveganje za raka želodca (P > 0,007 in P > 0,007, potem ko je prilagojena za spol in starost genotipskimi frekvenc, tabela 3)
<. p> genotipi posameznih SNP so ocenili združenj s clinicopathological parametrov. Tabela 4 je pokazala, da je imel rs470206 genotipi ujemanje s histološke razrede, in bolniki z GS /AA imel tudi mobilne razlikovanje v primerjavi z bolniki z genotipom GG (OR = Dobimo 0,573; 95% IZ: 0.353-0.929; P = 0,023). Vendar pa ni bila pomembna po korekciji Bonferroni. Drugi genotipov SNP ni imela pomembne korelacije z clinicopathological parametrov pri bolnikih z rakom želodca.

V univariantne analize, tip BORRMANN, pT kategorije, bezgavk metastaze, lymphovascular invazije in stadija TNM je bilo dokazano, da so pomembni napovedni dejavniki (Preglednica 5). Vendar pa statistični rezultati so pokazali, da so imele vse genotipov sedmih SNP nima zveze z preživetje bolnikov z rakom želodca (vsi P > 0,007, tabela 5).

Združenja med haplotipov ali genotipov kombinacij SNP in tveganje za nastanek raka želodca , clinicopathological parametri in preživetje

s Haploview 4.2 programske opreme, smo zgradili štiri marker haplotip blok, ki je vseboval štiri skupnih haplotipov: TCCG, GCCG, TTCG in TTTA. Vsi štirje skupnih haplotipov imela ni povezan z želodca tveganja raka (P > 0,007 in P > 0,007 po testu permutacije; Tabela S3). Poleg tega nismo našli nobene povezave med temi štirimi skupnimi haplotipov in clinicopathological parametrov pri bolnikih z rakom želodca (vse P > 0.007, Tabela S4). Poleg tega je rezultat univariantne analiza ni pokazala povezave med vsemi haplotipov in preživetje bolnikov z rakom želodca. (Vsi P > 0,007 Tabela S5)

Potem smo SNP genotipa kombinacije, da bi našli svojo povezavo s želodca tveganje raka. Med vsemi kombinacijami, imel genotip kombinacije dveh SNP (rs2071231 in rs470206) štiri podskupine: TA, TG, GG in AA. Čeprav LD med SNP ni obstajal in štiri podskupine nima korelacije s tveganjem želodčnega raka (P = 0,523), so imeli bolniki s TA in mobilnih razlikovanje v primerjavi z bolniki z genotipom TG (OR = 0.561; 95% IZ : 0,357-0,881 P = 0,022). Vendar pa ni bila pomembna po korekciji Bonferroni. Poleg tega so vse podskupine nima zveze z preživetje bolnikov z rakom želodca (vsi P > 0,007). Druge kombinacije genotipov ni imel pomembne rezultate.

Pogovor

Degradacija ekstracelularnega matriksa in bazalne membrane, ki ga MMP je eden od najpomembnejših regulatornih elementov v mnogih fizioloških in patoloških procesov tumorske invazije in metastaze [5]. Večina predhodnih študijah so bile osredotočene na odnos med SNP in MMP-2 in MMP-9. Poleg tega so dokazali nekateri SNP-MMP-1, ki se bistveno povezana s povečanim tveganjem za razvoj raka na pljučih, raka dojke in raka debelega [6] - [8], [11] - [13]. Vendar druge študije pokazale negativno povezavo med MMP-1 polimorfizmov in dovzetnost za raka [15] - [17]. Poleg tega je pri raku želodca, večina študij o MMP-1, so se osredotočili le na pomen SNP (-1607 1G /2G) v promotorja v razmeroma majhnih vzorcih. Jin X sod. poročali, da ni bilo združenje za MMP-1 promotorja polimorfizma (-1607 1G /2G) z občutljivostjo do želodca srca adenokarcinom na severu Kitajske (183 bolnikov) [15]. Vendar je študija o japonskega prebivalstva (215 bolnikov) so pokazali, da čeprav je prisotnost alela 2G (-1607) v promotorja MMP-1 ni povečajo tveganje za raka želodca, se lahko sodeluje pri diferenciaciji raka želodca [14]. Zato velik vzorec in več polimorfnih strani so ključnega pomena za razumevanje vloge MMP-1 SNP v razvoj raka želodca.

Glede na zgoraj navedeno, smo izbrali sedem polimorfnih mest po vsej MMP-1, da bi zagotovili visoko gostoto označevalci in poskrbi za ustrezno opredelitev haplotip raznolikosti. Poleg tega smo izbrali 404 bolnikov in 404 kontrol, ki so imele enake porazdelitve za spol in starost. Po drugi strani pa je do sedaj večina SNP smo preučevali z dolžino restrikcijskih fragmentov polimorfizma (RFLP) testnem [29], TaqMans [19], DHPLC [30], MALDI-TOF MS [6], [20] in pyrosequencing analiza [31]. Trenutno MALDI-TOF MS metodo, ki ponuja približno 100% natančnost za SNP genotipizacijo, se šteje, kot zlati standard [19], [32]. Poleg tega je prejšnja poročila so pokazala, da ni bilo alelna frekvenca razlike med FFPET izvedenega DNK in DNK v krvi, ki izhajajo iz istega posameznika skozi več načinov, vključno MALDI-TOF MS [33] - [35]. Zato, genotipizacijo na FFPET izvedenega DNK, ki ga MALDI-TOF MS je zanesljiv in ponovljiv. Naši rezultati so pokazali tudi visoke stopnje uspeha v razponu med 98.27% in 100% (pomeni: 99,43%), ki so bili v skladu s prejšnjimi sporočenih podatkov [19], [32] [33]

Med sedmimi SNP. Sun et al. je pokazala, da so bili alelne tveganje frekvence rs7125062, rs2075847 in rs470206 višja pri bolnikih s pljučnim rakom, kot v kontrolni [6]. Vendar pa v tej študiji ni bilo posameznih SNP, povezani s tveganjem za nastanek raka želodca. Poleg tega je imel rs470206 genotipi je korelacija z histološke razrede, in bolniki z GS /AA imel tudi mobilne razlikovanje v primerjavi z bolniki z genotipom GG. Ta rezultat je bil podoben polimorfnih mest (-1607 1G /2G), ki lahko sodelujejo pri diferenciaciji raka želodca [14]. Poleg tega so nekatere študije so pokazale, da ima MMP-1 promotor polimorfizma (-1607 1G /2G) povezavo z prognozo raka jezika [36], raka dojke [37] in kolorektalnega raka [38]. Vendar pa nismo našli nobenih posameznih SNP, ki se ujemajo s prognozo raka želodca v naši raziskavi.

SNP so stalni podedoval, zelo bogat in pokazati raznolikost znotraj in med populacijami, ki so mislili, da so privlačne biomarkerjev. Vendar pa je uporaba posameznih SNP omejena, ker imajo nizko penetrantnih in njihovi učinki so razmeroma težko ugotoviti. Zato je pomen informacij haplotip se povečuje povezati DNA spreminjanje zaporedja z boleznijo [6], [18] [39]. V naši raziskavi smo zgradili štiri marker haplotip blok, ki vsebuje 4 skupnih haplotipov: TCCG, GCCG, TTCG in TTTA, ki so bile v skladu s študijo Sun et al. [6]. Njihova študija je pokazala, haplotip TTCG imel frekvenco, ki je bil bistveno drugačen od bolnikov in kontrol. Poleg tega je imela haplotip TTCG povečano tveganje za oddaljeno metastazami pljučnega raka, v nasprotju z haplotip TTCG, haplotip TTTA pokazala zaščitni učinek proti napredovanje pljučnega raka [6]. Vendar pa je v naši raziskavi, so imeli vsi štirje skupni haplotipov ni povezan z rakom na želodcu, in nismo našli nobene povezave med temi haplotipov in clinicopathological parametrov pri bolnikih z rakom želodca. Poleg tega je rezultat univariantne analiza ni pokazala povezave med vsemi haplotipov in preživetje bolnikov z rakom želodca. Do sedaj je vedno več raziskav osredotoča na povezave med SNP in bolezni, ampak tudi z istim SNP, so bili rezultati ponavadi drugačna. Vse več študij je pokazala, da bi lahko različni rezultati predvsem posledica različnih kombinacij dejavnikov, kot so heterogenosti bolezni, prebivalstvo, okolje, alelne frekvence in /ali LD razlik, vir tkiva, ki se uporablja, velikosti vzorca, tehnike odkrivanja in tako naprej.

Zanimivo je, da čeprav je LD med rs2071231 in rs470206 ni bilo, še vedno je SNP genotipa kombinacije glede na študijo Ostrovsky o et al. [25]. Ugotovili smo, da so v primerjavi z bolniki z genotipom TG so imeli bolniki z VK tudi diferenciacijo celica. Vendar pa je bila pogostost te vrste SNP genotipa kombinacije v populaciji zelo nizka.

Zaključek: Ta študija je ocenila polimorfizmov na MMP-1 gena raka želodca z metodo MALDI-TOF MS in arhivirani FFPETs v veliki severni kitajski primerom nadzorovana kohorte. Čeprav so bili naši rezultati negativni, ta študija najprej navedla, da morda ne bo SNP (rs2071231, rs7125062, rs491152, rs470558, rs2075847, rs470206 in rs1144396) MMP-1 uporaben kot pomembnih označevalci napovedati želodčni dovzetnost za raka, napredovanje ali prognozo, pri vsaj v populaciji Han na severu Kitajske. Poleg tega bi lahko ti rezultati zagotavljajo pomembne informacije z drugimi znanstveniki opravljajo raziskave raka za odpravo teh sedem SNP kot diagnostičnih označevalcev za raka želodca.

dodatne informacije
Tabela S1.
Primer zaporedja se uporabljajo za genotipizacijo sedem SNP v MMP-1
doi:. 10,1371 /journal.pone.0038002.s001
(DOC)
Tabela S2. ocene uspešnosti
genotipizacije sedmih SNP v MMP-1
doi:. 10,1371 /journal.pone.0038002.s002
(DOC)
Tabela S3.
Združenja med haplotip frekvencah štirih SNP v MMP-1 in tveganje za raka želodca
doi:. 10,1371 /journal.pone.0038002.s003
(DOC)
Tabela S4.
Združenja med haplotip frekvencah štirih SNP v MMP-1 in clinicopathological parametrov
doi:. 10,1371 /journal.pone.0038002.s004
(DOC)
Tabela S5. Analiza
Preživetje haplotipov štirih SNP v MMP-1
doi:. 10,1371 /journal.pone.0038002.s005
(DOC)

Priznanja

Zahvaljujemo oddelek za kirurške onkologije prve Hospital China Medical University za zagotavljanje človeških vzorcev. Prav tako se zahvaljujem College of China Medical University za tehnično pomoč pri poskusih.

• Plos ONE: β, β-Dimethylacrylshikonin inducira Mitohondrij Odvisna apoptoza skozi ERK Pathway v človekovem želodca Rak SGC-7901 celice
• Plos ONE: Long-Term rezultatov in napovedni dejavniki želodčnega raka bolnikov z mikroskopskimi peritonealno karcinomatozo