PLoS ONE: Asociacija tarp atskirų VNP-ai ar haplotipų adatinių metaloproteinazės 1 ir skrandžio vėžio jautrumą, raidą ir Prognosis

Anotacija

Fonas

vieno nukleotido polimorfizmas (SNP) matricos metaloproteinazės 1 (MMP-1) vaidina svarbų vaidmenį kai kurių vėžio formų. Šis tyrimas nagrinėjo ryšį tarp atskirų VNP-ai ar haplotipų asociacijas MMP-1 ir jautrumu, klinikos parametrus ir prognozės skrandžio vėžio didelės imties Han gyventojų šiaurinėje Kinijoje.

Metodai

šiuo atveju kontroliuojamame tyrime, buvo 404 pacientai, sergantys skrandžio vėžiu ir 404 sveikus kontrolė. Septyni SNP buvo genotipą naudojant MALDI-TOF MS sistemą. Tada SPSS programinę įrangą, Haploview 4,2 programinę įrangą, Haplo.states programinė įranga ir THEsias programinė įranga buvo naudojama įvertinti tarp atskirų VNP-ai ar haplotipų MMP-1 ir skrandžio vėžio jautrumą, raidą ir prognozes asociacija.

Rezultatai

"Tarp septynių VNP-ai nebuvo individualūs SNP koreliuoja su skrandžio vėžio riziką. Be to, tik rs470206 genotipas turėjo ryšį su histologiniai klasėse, o pacientams, sergantiems GA /AA turėjo gerai ląstelių diferenciacijos, palyginti su pacientų, sergančių genotipo GG (arba = 0.573; 95% PI: 0.353-0.929; p = 0,023). Tada mes pastatytas keturių žymeklis haplotipas bloką, kad esančios 4 bendrus haplotipų: TCCG, GCCG, TTCG ir TTTA. Tačiau visos keturios bendros haplotipas neturėjo koreliaciją su skrandžio vėžio rizika ir neradome jokio ryšio tarp šių haplotipų ir klinikos parametrų skrandžio vėžio. Be to, nei individualūs SNP nei haplotipas turėjo su pacientų išgyvenimo su skrandžio vėžiu, asociaciją.

Išvados

Šis tyrimas įvertino polimorfizmas iš MMP-1 geno skrandžio vėžio su MALDI-TOF MS metodas didelėje šiaurinės Kinijos atveju kontroliuojama kohortos. Mūsų rezultatai parodė, kad šios septynios SNP MMP-1 gali būti naudinga, nes reikšmingi žymenys prognozuoti skrandžio vėžio jautrumą, progresavimą ar prognozę, bent jau Han gyventojų šiaurinėje Kinijoje

nurodomoji dalis:. Lyrinės YX Zhou X, Wang ZN, Gao P, Li AL, Liang JN, ir kt. (2012) Asociacija tarp atskirų VNP-ai ar haplotipų adatinių metaloproteinazės 1 ir skrandžio vėžio jautrumą, raidą ir prognozes. PLoS vieną iš 7 (5): e38002. Doi: 10,1371 /journal.pone.0038002

redaktorius: Jurijus E. Khudyakov, Ligų kontrolės ir prevencijos, Jungtinių Amerikos Valstijų

Įstojo: Sausis 30, 2012 m Priimta 29 balandžio 2012 m Paskelbta: Gegužės 24, 2012

Visos teisės saugomos: © 2012 Lyrinės et al., Tai atviros prieigos straipsnis platinama pagal Creative Commons Attribution licencija, kuri leidžia nevaržomai naudotis, paskirstymo ir dauginimąsi bet kokioje laikmenoje sąlygomis, su sąlyga, kad pirmasis autorius ir šaltinis įskaitomos

Finansavimas:. Šis darbas parėmė nacionalinio mokslo fondo Kinijos (Nr 30972879 ir Nr 81172370), mokslinės programos ir technologijų departamento Liaoning provincijoje (Nr 2010225032) ir gamtos mokslo fondo Liaoning provincijos (Nr 20.092.129). Į finansuotojai neturėjo vaidmenį studijų dizainas, duomenų rinkimo ir analizės, sprendimų skelbti, ar ruošiant rankraštį

konkuruojančių interesų.. Autoriai pareiškė, kad nėra konkuruojantys interesai egzistuoja

Įvadas

Skrandžio vėžys yra viena iš labiausiai paplitusių pagrindinių priežasčių vėžio susijusio mirtingumo pasaulyje [1]. Nepaisant kai kurių diagnozavimo ir gydymo skrandžio vėžio per pastaruosius dešimtmečius pasiekimus, pacientams, sergantiems išplitusiu skrandžio vėžiu, prognozė išlieka prasta [2]. Kaip ir kitų vėžio formų, skrandžio vėžio vystymasis yra daugiapakopį procesą su genetinių ir epigenetinių pokyčių kaupimosi. Šis atradimas ir taikymas biologinių žymenų, kurie gali būti sujungtas su tradiciniu vėžio diagnozę, sustojimo ir prognozės gali labai padėti pagerinti ankstyvąją diagnostiką ir pacientų priežiūrą [3]. Su žmogaus genomo projekto užbaigimo, milijonai vieno nukleotido polimorfizmas (SNP) Buvo nustatyta, patrauklios biologinių žymenų vėžio rizikos vertinimo, atrankos, sustojimo, arba atrankos [4].

Matrix metaloproteinazes (MMP) yra svarbus šeimos metalo-priklauso nuo fermentų, kurie yra atsakingi už matriksą komponentų [5] pablogėjimo. Molekuliniai epidemiologiniai tyrimai parodė, asociacijas tarp genetinių polimorfizmas nuo MMP ir vėžio jautrumą, raidą ir prognozes [6] - [10]. Neseniai buvo įrodyta, kad būti reikšmingai susijęs su padidėjusia rizika plaučių vėžio [6], o kai kurie iš MMP-1 SNP [7], [11]. Krūties vėžiui, Karolina Przybyłowska et al. Nustatyta, kad 2G alelis 1G /2G MMP-1 geno polimorfizmas gali būti atsakingas už limfmazgiuose (LN) metastazės [8]. Kita vertus, abi Hinoda Y et al tyrimai. ir GHILARDI G ir kt. nustatė, kad SNP MMP-1 buvo susijęs su padidėjusia rizika susirgti storosios žarnos vėžiu [12], [13]. Be to, buvo įrodyta, kad būti susijęs su histologinio diferenciacijos skrandžio vėžio [14] į MMP-1 promotoriaus SNP. Tačiau kiti tyrimai parodė neigiamą asociaciją tarp MMP-1 polimorfizmas ir vėžio jautrumą [15], [16], [17]. Be to, dauguma šių tyrimų buvo tik mažiems mėginių, keletą VNP-ai ar pastatytų haplotipų iš dviejų ar trijų polimorfines svetainėse. Taigi, didelis mėginys ir daugiau polimorfinės svetainės yra svarbu suprasti MMP-1 VNP-ai skrandžio vėžio vystymosi vaidmenį.

Šios studijos, didelėje imties Han gyventojų šiaurinėje Kinijoje, mes panaudojome formalino fiksuotas, parafino-embedded audiniai (FFPETs) -derived DNR mėginiai iš pacientų ir kraujo išskirtų DNR iš kontrolės matrica-padeda lazerio desorbcija /jonizacijos laiko ir orlaivio masių spektrometrijos (MALDI-TOF MS) metodas studijuoti potencialūs asociacijos tarp septynių VNP-ai (rs2071231, rs7125062, rs491152, rs470558, rs2075847, rs470206 ir rs1144396) arba haplotipų į MMP-1 ir naviko jautrumą, klinikos parametrai, ir išlikimas skrandžio vėžio.

medžiagos ir metodai

Tema pasirinkimas

Šis tyrimas susidėjo iš 404 pirminių skrandžio vėžiu sergantiems pacientams ir 404 kontrolės ir visi dalykai buvo iš Han gyventojų šiaurinėje Kinijoje. Tema savybės buvo aprašytos anksčiau [18]. Trumpai tariant, atitinkantys pacientai gavo radikalų operaciją tuo Pirmosios ligoninės Kinijos medicinos universiteto nuo 1998 sausio iki 2004 gruodžio mėnesį ir buvo diagnozuotas skrandžio vėžys remiantis organų įvertinimas. Navikas histologinis laipsnio buvo vertinami pagal Pasaulio sveikatos organizacijos kriterijais ir navikų buvo pastatytas naudojant 7-osios redakcijos TNM sustojimo Tarptautinės Sąjungos kovos su vėžiu (UICC) /(AJCC) sistemą Amerikos jungtiniame komitete dėl vėžio (2010), remiantis pooperacinis patologinis egzempliorių apžiūrėjimas,. buvo gauti Complete patologiniai duomenys, įskaitant amžių, lytį, datą chirurgijos vietą pirminio naviko, histologinio laipsnio, venų invazija, lymphovascular invazija, gylis invazija, skaičių LNS priimtus, skaičių metastazavusiu LNS ir skaičių naviko indėliai priimami. Tie, (i) sinchroninės ar metachronous piktybinių navikų (ii) tolimoje metastazių nerasta prieš operaciją, (III), kuris patyrė priešoperacinė radioterapija ar chemoterapija, arba (iv) su nebaigtais patologinių duomenų įrašai buvo pašalinti iš šiame tyrime. Tolesni buvo baigtas visą studijų gyventojų iki 2010 sausio Du pacientai mirė pooperaciniu laikotarpiu (per 30 dienų), o 21 pacientai buvo prarasta tolesnių; Todėl, 381 pacientai buvo įtraukti į išgyvenamumo analizė. Mediana ir vidutinė kontrolinio stebėjimo laikotarpius buvo 90,0 mėnesiai ir 93,3 ± 20,24 mėnesiai (diapazonas: 61-136 mėnesių), atitinkamai. Šie duomenys buvo gauti visų pacientų: mirties data (jei taikytina), mirties priežastis (jei taikoma) ir datą tolesnių. Pagrindinė vertinamoji baigtis buvo vėžys konkrečių išlikimo trukmė nuo skrandžio vėžio diagnostikos dienos iki mirties dienos. 5 metų išgyvenamumas iš 404 pacientų buvo 54,2%.

buvo gauti 404 kraujo mėginių kontrolinėje grupėje nuo vėžio nemokamai asmenų, kurie buvo atsitiktinai atrinkti remiantis fizinės apžiūros metu 2009 m iki 2011 m, ir ši grupė buvo manoma, kad būti gera atstovavimą šiame regione populiacijos. Atrankos kriterijai įtraukti jokios individualios istoriją vėžio dažnis atitikimo tais atvejais, dėl lyties ir amžiaus ir asmenims buvo nesusijusių etninių Han kinų. Mėginiai (etileno diamino tetraacto rūgšties [EDTA] sutraukia kraujyje) buvo laikomi -20 ° C temperatūroje per 30-40 minučių, ir tada perkelti į šaldiklyje -80 ° C per 2 arba 3 dienų po surinkimo.

etika pareiškimas

tyrimas buvo patvirtinta mokslinių tyrimų etikos komiteto Kinijos medicinos universitetas, Kinija. Parašė informuotas sutikimas buvo gautas iš visų žmonių prieš dalyvaujant tyrime.

DNR ekstrakcija

Genomo DNR buvo išskirta iš FFPET pavyzdžių teismų grupei. Ruožai, kurių 8 pm storio ir paviršiaus plotas yra iki 250 mm ^{2 buvo paruošti su Mikrotoms ir DNR buvo išskirtas iš 6 skyriuose iki 12 sekcijų, priklausomai nuo audinių dydžio ir ląstelių skaičius. Mikrotoms buvo valomi ir peiliai buvo pakeistas, kad būtų išvengta intersample užteršimo. DNR išskyrimas iš FFPETs buvo atliktas su QIAamp® DNR FFPE audinių rinkinį (Qiagen, Hilden, Vokietija) [19], buvo aprašyta gamintojo procedūras ir mūsų pradėtą ​​darbą [18]. Apie 2-10 mikrogramų DNR buvo aptikta 50 mikrol, galutinio tirpalo ir prie -80 ° C temperatūroje.}

Genomo DNR buvo ekstrahuojamas iš kraujo mėginių iš kontrolinės grupės su Universal Genomo DNR ekstrakcijos rinkinio Ver.3.0 (TAKARA) pagal gamintojo instrukcijas ir mūsų ankstesniame darbe [18]. Apie 2-6 mikrogramų DNR buvo aptikta VE ir buvo laikomi -80 ° C temperatūroje.

parinkimas kandidatės SNP

Tyrime dalyvavo septyni SNP į MMP-1, kuri buvo paimti iš NCBI SNP duomenų ir HapMap duomenų bazę. Mes pasirinkome SNP visoje genų lokusų užtikrinti aukštą tankį žymekliai ir teikti tinkamą apibūdinimą haplotipas įvairovę [6]. Visi pažymėtus SNP buvo reikalaujama turėti nedidelį alelėms dažnis ≥ 5%. Todėl mes išrinkome septynis SNP. rs2071231 (INTRON), rs7125062 (intronui), rs491152 (intronui), rs470558 (Exon), rs2075847 (5'UTR), rs470206 (5 'UTR) ir rs1144396 (. 1 pav)

SNP analizė ir patvirtinimas

SNP buvo genotipą naudojant MALDI-TOF MS sistemą (MassARRAY; Sequenom, San Diegas, CA, JAV) su gruntais ir zondai (lentelė S1) kaip buvo aprašyta anksčiau [19], [20]. Siekiant užtikrinti spausdinimo kokybę, 1% teigiamų mėginių (YanHuang ląstelių padermės) buvo įtrauktos į kiekvieną genotipo plokštės patvirtinti apie gruntų ir 1% neigiamų mėginių (vandens, be DNR) patikimumą buvo naudojami stebėti užteršimo. 5% atsitiktiniai mėginiai buvo tiriami dviem egzemplioriais skirtingi asmenys ir atkuriamumas buvo 100%. Laboratoriniai darbuotojai buvo apakinti, kad mėginio susitarimą proceso metu. MALDI-TOF MS analizę buvo pagal Justenhoven et al. [21] ir pagrindinis procesas apėmė PGR (GeneAmp® PGR sistema 9700 Dual 384-Na pavyzdys Blokuoti modulis, Sequenom), krevetės, šarminės fosfatazės gydymą (Sequenom), bazė prailginimo reakcijas, druskos šalinimas su derva, SpectroCHIP dozavimo (384-gerai SpectroCHIP Mikrogardelė, Sequenom). Alelių diskriminacija buvo gautas analizei su MassARRAY analizatoriaus Kompaktiškas masės spektrometru (MT9). Galiausiai, duomenų analizė buvo atlikta naudojant MassArray Typer Analyzer programinę įrangą 4.0 (Sequenom, San Diegas, CA) [22].

Ryšys pusiausvyros sutrikimo (LD) blokas nustatymas ir haplotipas statybos

Haploview 4.2 programinė įranga buvo naudojamas įvertinti LD ir statyti haplotipų, kaip aprašyta anksčiau [6]. LD tarp septynių VNP-ai naudojamų haplotipas analizę buvo matuojamas porinio D 'statistiką. Iš LD bloko struktūra buvo tiriama naudojant Gabrielio et al metodą. [23], naudojant 80% patikimumo ribas D "apibrėžti svetainių istorinės rekombinacija tarp VNP-ai. Haplotipas buvo sukonstruotas iš genotipo duomenų pilno dydžio atvejo-kontrolės skydelio per blokų naudojant pagreitintą lūkesčiai-maksimizavimo algoritmas metodą su Haploview 4.2 programine įranga [6], [24]. Be to, mes padarėme SNP genotipas derinius rasti savo asociaciją su skrandžio vėžio rizika [25].

Statistinė analizė

dvipusis chi kvadrato (χ2) testas buvo naudojamas įvertinti gyventojų pasiskirstymas charakteristikos, palyginti skirtumus alelių ir genotipiniu dažnius tarp atvejų ir kontrolės bei įvertinti ryšį tarp atskirų VNP-ai ir klinikos parametrus. Siekiant įvertinti reikšmingumą, Kėliniai procedūra (1000 testai) buvo naudojamas ištaisyti P vertę vieno lokuso asociacijos rezultatus [6]. Kėliniai testas yra statistinio reikšmingumo testo tipo, kurioje Bandymų statistinio pasiskirstymas pagal hipotezei gaunamas apskaičiuojant visų galimų reikšmių Bandymų statistinio pagal pertvarkymų etikečių ant pastebėtus duomenų kiekis. Be to, Bonferroni korekcija buvo naudojamas kelių testavimo korekcijos [26]. Logistinės regresijos buvo naudojamas analizuoti ryšį tarp genotipo dažnių ir skrandžio vėžio rizika, pakoreguotą dėl lyties ir amžiaus asociacija. Išgyvenimo analizė buvo daroma su log-rank testą ir Cox proporciniai pavojų modelį. Haploview 4.2 programinės įrangos paketas buvo naudojamas: įverčio pora išmintingas LD, aptikti išvykimo iš Hardy-Weinberg pusiausvyros, statyti haplotipų, apskaičiuoti haplotipas dažnius ir įvertinti ryšius tarp haplotipų ir skrandžio vėžio riziką. Mes taip pat naudojamas Haplo.states programinę įrangą, siekiant įvertinti ryšius tarp haplotipų ir clinicopathologic funkcijų [6], [27]. THEsias programinė įranga remiasi Cox proporciniai pavojų išgyvenimo regresiją haplotipas pagrindu asociacijos analizė naudojant stochastinis-EM algoritmą buvo naudojamos gaminti išgyvenimo analizę haplotipų [28]. Dėl kelių hipotezių tikrinimas, P vertė reikšmės buvo pakoreguotas konservatyviai iki Bonferroni korekcija < 0,007 (0,05 /7)

Rezultatai

Subject charakteristikos

Kaip parodyta 1 lentelė ir darbo, vidutinis amžius buvo 56,67 ± 11,92 m ir vyrų procentas buvo 70,54% tuo atveju, grupei. Vidutinis amžius kontrolinės grupės buvo 56,91 ± 11,48 m ir vyrų procentinė dalis buvo 70,54%. Nebuvo statistiškai reikšmingo skirtumo lyties ir amžiaus tarp pacientų ir kontrolės paskirstymo (visais atvejais p = 1,00). Be to, iš 404 pacientų, 85 (21,04%) buvo I etapas skrandžio vėžio, 107 (26,49%) turėjo II etapas skrandžio vėžys, ir 212 (52.48%) turėjo III etapas skrandžio vėžiu (1 lentelė). Kiti klinikos parametrai skrandžio vėžiu sergantiems pacientams rodomi 1 lentelėje

genotipo sėkmės rodikliai LD ir haplotipas struktūra

Visi SNP buvo polimorfinės su nedideliais alelių dažniai > 10% ir genotipo paskirstymo visi buvo susitarusi su Hardy-Weinberg pusiausvyros (duomenys neparodyti). Sėkmės normos buvo aukštos teismų grupėje (98,27-100%) ir kontrolinės grupės (99,50-100%, lentelė S2). Tada mes naudojome Haploview 4.2 programinę įrangą, įvertinti LD ir statyti haplotipų. LD buvo pastebėta visoje rs2071231, rs7125062, rs491152 ir rs470558 (viskas D ≥0.99), ir šie keturi SNP pastatytas blokas 1. 1 langelis padengtas 5.0 kb ir jame 4 bendrus haplotipų: TCCG, GCCG, TTCG ir TTTA (dažnių diapazonas: 0.127- 0.500), kuris atstovavo maždaug 99,9% tiriamųjų (Fig.1B).

Asociacijos tarp atskirų VNP-ai ir skrandžio vėžio rizikos, klinikos parametrus ir išlikimo

Kaip parodyta 2 lentelėje, buvo nėra statistinis skirtumas alelio paskirstymo tarp pacientų ir kontrolės (p > 0,007 ir p > 0,007 po sukeitimo testas alelių dažnių ir Bonferroni korekcijos). Be to, nebuvo ryšio tarp genotipo paskirstymo septynių VNP-ai iš MMP-1 ir skrandžio vėžio riziką (p > 0,007 ir p > 0,007 po to pakoreguota lytį ir amžių už genotipo dažnių, 3 lentelė)
<. p> individualių VNP-ai genotipai buvo įvertintos asociacijų su klinikos parametrus. 4 lentelė parodė, kad rs470206 genotipai turėjo ryšį su histologiniai klasėse, o pacientams, sergantiems GA /AA turėjo gerai ląstelių diferenciacijos, palyginti su pacientų, sergančių genotipo GG (arba = 0.573; 95% PI: 0.353-0.929; p = 0,023). Tačiau tai nebuvo reikšmingas po Bonferroni korekcija. Kiti genotipai VNP-ai neturėjo reikšmingų koreliacijų su klinikos parametrų skrandžio vėžio.

pagal vieną požymį analizė, BORRMANN tipo, PT kategoriją, limfmazgių metastazių, lymphovascular invazija ir TNM etape buvo įrodyta, kad būti reikšmingi prognostiniai veiksniai (lentelė 5). Tačiau statistiniai rezultatai parodė, kad visų septynių VNP-ai genotipai neturėjo asociacijas su išlikimo pacientams, sergantiems skrandžio vėžiu (visi p > 0,007, 5 lentelė).

Asociacijos tarp haplotipų arba SNP genotipo deriniai ir skrandžio vėžio rizika , klinikos parametrai ir išlikimo

Naudojant Haploview 4.2 programinę įrangą, mes pastatytas keturių žymeklis haplotipas blokas, kuriame yra keturi bendri haplotipų: TCCG, GCCG, TTCG ir TTTA. Visi keturi bendri haplotipas neturėjo koreliaciją su skrandžio vėžio rizika (P > 0,007 ir P > 0,007 po Kėliniai testą; lentelė S3). Be to, mes neradome jokių santykių tarp šių keturių bendrųjų haplotipų ir klinikos parametrų skrandžio vėžio (visi p > 0.007, stalo S4). Be to, pagal vieną požymį analizės rezultatas neparodė asociaciją tarp visų haplotipų ir išlikimo pacientams, sergantiems skrandžio vėžiu. (Visi p > 0,007, Stalo S5)

Tada mes padarėme SNP genotipas derinius rasti savo asociaciją su skrandžio vėžio rizika. Tarp visų derinių, genotipas deriniai dviejų VNP-ai (rs2071231 ir rs470206) turėjo keturis pogrupius: T., TG, VS ir AA. Nors tarp šių dviejų VNP-ai LD neegzistavo ir keturi pogrupiai neturėjo koreliaciją su skrandžio vėžio rizika (p = 0,523), pacientės su TA turėjo gerai ląstelių diferenciacijos, palyginti su pacientų, sergančių genotipo TG (OR = 0,561; 95% PI : 0,357-0,881; p = 0,022). Tačiau tai nebuvo reikšmingas po Bonferroni korekcija. Be to, visi pogrupiai neturėjo asociacijas su išlikimo pacientams, sergantiems skrandžio vėžiu (visi p > 0,007). Kiti genotipas deriniai neturėjo reikšmingų rezultatų.

Diskusijos

ir tarpląsteliniame ir pamatinės membranos pagal MMP degradacija yra vienas iš svarbiausių reguliavimo elementų daugelyje fiziologinių ir patologinių procesų naviko invazijos ir metastazės [5]. Ankstesnių tyrimų dauguma orientuota į tarp VNP-ai ir MMP-2 ir MMP-9 santykį. Be to, buvo įrodyta, kad žymiai susijęs su padidėjusia rizika dėl plaučių vėžio, krūties vėžio ir gaubtinės ir tiesiosios žarnos vėžio išsivystymą prieš kelis MMP-1 SNP [6] - [8], [11] - [13]. Tačiau kiti tyrimai parodė neigiamą asociaciją tarp MMP-1 polimorfizmas ir vėžio jautrumą [15] - [17]. Be to, skrandžio vėžio, dauguma tyrimų MMP-1 orientuota tik dėl SNP (-1607 1G /2G) svarbą promotoriaus santykinai mažų mėginių. Jin X ir kt. Pranešama, kad nebuvo iš MMP-1 promotoriaus polimorfizmo (-1607 1G /2G) su polinkiu į skrandžio širdies adenokarcinoma šiaurinėje Kinijoje (183 pacientų) [15] asociacija. Tačiau, pradėtas tyrimas apie Japonijos populiacijos (215 pacientai) parodė, kad, nors 2G alelio (-1607) į MMP-1 promotoriaus buvimas nebuvo padidinti skrandžio vėžio riziką, ji gali būti įtraukta į diferenciacijos skrandžio vėžio [14]. Taigi, didelis mėginys ir daugiau polimorfinės svetainės yra kritiškai suprasti MMP-1 VNP-ai skrandžio vėžio vystymosi vaidmenį.

Atsižvelgiant į tai, kas išdėstyta pirmiau, mes išrinkome septyni polimorfinės svetainės visoje MMP-1, siekiant užtikrinti aukštą tankį žymekliai ir teikti tinkamą apibūdinimą haplotipas įvairovę. Be to, mes išrinkome 404 pacientai ir 404 valdiklius, kurie turėjo tą pačią pasiskirstymo lyties ir amžiaus. Kita vertus, iki šiol, dauguma VNP-ai buvo tiriamas restrikcijos fragmentas ilgio polimorfizmo (RFLP) Analizės [29], TaqMans [19], DHPLC [30], MALDI-masių spektrometras [6], [20] ir pyrosequencing analizė [31]. Šiuo metu MALDI-TOF MS metodas, siūlanti maždaug 100% tikslumą SNP genotipas, yra laikoma aukso standarto [19], [32]. Be to, ankstesnėse ataskaitose parodė, kad nėra Alelių dažnio skirtumai tarp FFPET-gauto DNR ir kraujo išskirtų DNR iš to paties asmens per keletą metodų, įskaitant MALDI-TOF MS [33] - [35]. Todėl, genotipo ir FFPET-gauto DNR MALDI-TOF MS yra patikimas ir atkuriamas. Mūsų rezultatai taip pat parodė, didelės sėkmės kainos svyruoja nuo 98.27% iki 100% (vidurkis: 99,43%), kuris buvo pagal ankstesnes pateikiamų duomenų [19], [32], [33]

Tarp septynių VNP-ai. Sun ir kt., parodė, kad rizikos alelių dažniai rs7125062, rs2075847 ir rs470206 buvo didesnis pacientams, kurie serga plaučių vėžiu nei kontrolės [6]. Tačiau šiame tyrime nebuvo individualūs SNP koreliuoja su skrandžio vėžio riziką. Be to, rs470206 genotipai buvo koreliacija su histologiniai klasėse, o pacientams, sergantiems GA /AA turėjo gerai ląstelių diferenciacijos, palyginti su pacientų, sergančių genotipo GG. Šis rezultatas buvo panašus į polimorfines vietų (-1607 1G /2G), kurie gali būti susiję diferenciacijos skrandžio vėžio [14]. Be to, kai kurie tyrimai parodė, kad MMP-1 rengėjas polimorfizmas (-1607 1G /2G) yra sudaręs sutartį su prognozėmis liežuviu vėžio [36], krūties vėžio [37] ir kolorektalinio vėžio [38] asociaciją. Tačiau mes neradome jokių atskirų SNP koreliuoja su prognozėmis skrandžio vėžio mūsų tyrime.

SNP yra stabiliai paveldima, labai gausiai ir parodyti įvairovę ir tarp gyventojų, kurie, kaip manoma, patrauklios biologiniai žymenys. Tačiau, atskirų VNP-ai taikymas buvo ribotas, nes jie turi mažą penetrantiškumas ir jų poveikis yra santykinai sunku nustatyti. Todėl haplotipas informacijos svarba didėjo susieti DNR sekos variantą su ligos [6], [18], [39]. Mūsų tyrime mes pastatytas keturių žymeklis haplotipas bloką, kad esančios 4 bendrus haplotipų: TCCG, GCCG, TTCG ir TTTA, kuri atitiko Sun et al tyrimas. [6]. Jų tyrimas parodė, haplotipas TTCG turėjo dažnį, buvo reikšmingai skiriasi tarp pacientų ir kontrolės. Be to, haplotipas TTCG turėjo didesnę riziką tolimų metastazių plaučių vėžio, o priešingai haplotipas TTCG, haplotipas TTTA parodė apsauginį poveikį nuo plaučių vėžio progresavimo [6]. Tačiau, mūsų tyrimo duomenimis, visi keturi bendri haplotipas neturėjo koreliaciją su skrandžio vėžio rizika ir neradome jokio ryšio tarp šių haplotipų ir klinikos parametrų skrandžio vėžio. Be to, pagal vieną požymį analizės rezultatas nebuvo susijęs tarp visų haplotipų ir išlikimo pacientams, sergantiems skrandžio vėžio. Iki šiol, vis daugiau tyrimų orientuota į tarp VNP-ai ir ligų asociacijos, bet net ir su pačiu SNP, rezultatai paprastai buvo kitoks. Vis daugiau ir daugiau tyrimų parodė, kad skirtingi rezultatai gali būti daugiausia priskirtinos įvairių derinių veiksnių, tokių kaip ligos heterogeniškumo, gyventojų, aplinką, alelių dažnius ir /ar LD skirtumų, naudojamas audinių šaltinio, imties dydį, aptikimo technika ir pan.

Įdomu, nors nebuvo tarp rs2071231 ir rs470206 LD, mes vis tiek SNP genotipas derinius pagal Ostrovsky O et al tyrimas. [25]. Mes nustatėme, kad, palyginti su pacientų, sergančių genotipo TG, pacientai su TA turėjo gerai ląstelių diferenciacija. Tačiau šio SNP genotipo kartu tipo dažnis buvo labai mažai gyventojų.

išvadą, šiame tyrime įvertintas polimorfizmas iš MMP-1 geno skrandžio vėžio su MALDI-TOF MS metodu ir archyvuotas FFPETs dideliame šiaurės Kinijos atveju kontroliuojama kohortos. Nors mūsų rezultatai buvo neigiami, šis tyrimas pirmasis nurodė, kad SNP (rs2071231, rs7125062, rs491152, rs470558, rs2075847, rs470206 ir rs1144396) MMP-1 gali būti naudinga, nes reikšmingi žymenys prognozuoti skrandžio vėžio jautrumą, progresavimą ar prognozę, bent jau Han gyventojų šiaurinėje Kinijoje. Be to, šie rezultatai gali suteikti svarbią informaciją į kitų mokslininkų daro vėžio tyrimus, siekiant pašalinti šiuos septynis SNP kaip diagnostikos žymekliai skrandžio vėžio.

Pagalbinė informacija
S1 lentelėje.
Primer sekas naudojamas genotipo septynis SNP į MMP-1
Doi:. 10,1371 /journal.pone.0038002.s001
(DOC)
lentelė S2.
genotipo sėkmės rodikliai septynių VNP-ai in MMP-1
Doi:. 10,1371 /journal.pone.0038002.s002
(DOC) pervežimas S3 stalo.
Asociacijos tarp haplotipas dažnių keturių VNP-ai iš MMP-1 ir skrandžio vėžio riziką
Doi:. 10,1371 /journal.pone.0038002.s003
(DOC)
S4 lentelėje.
Asociacijos tarp haplotipas dažnių keturių VNP-ai iš MMP-1 ir klinikos parametrų
Doi:. 10,1371 /journal.pone.0038002.s004
(DOC)
S5 lentelėje.
išgyvenimo analizė haplotipų keturių VNP-ai ir MMP-1
Doi:. 10,1371 /journal.pone.0038002.s005
(DOC)

Padėka

Mes dėkojame chirurginių Onkologijos Pirmosios ligoninės Kinijos medicinos universiteto už žmogaus mėginius. Taip pat dėkojame Kinijos medicinos universiteto koledžas techninei pagalbai eksperimentams.

• PLoS ONE: β, β-Dimethylacrylshikonin Skatina Mitochondrijos Priklausoma Apoptozę per ERK eigos Žmogaus skrandžio vėžio SGC-7901 Cells
• PLoS ONE: ilgalaikių rezultatų ir prognostiniai veiksniai skrandžio vėžiu sergantiems pacientams, Mikroskopinis peritoninės karcinomatoze