PLOS ONE: Föreningen mellan enskilda SNP eller haplotyper av matrix metalloproteinas en och Gastric cancerbenägenhet, Progression och Prognosis

Abstrakt

Bakgrund

single nucleotide polymorphisms (SNP) i matrismetalloproteinas en (MMP-1) spelar en viktig roll i vissa cancerformer. Denna studie undersökte samband mellan enskilda SNP eller haplotyper i MMP-1 och känslighet, kliniskt patologiska parametrar och prognos av magcancer i ett stort urval av Han befolkningen i norra Kina.

Metoder

detta fall kontrollerad studie fanns 404 patienter med magcancer och 404 friska kontrollpersoner. Sju SNP var genotypas med hjälp av MALDI-TOF MS-system. Därefter var SPSS, Haploview 4,2 programvara, Haplo.states programvara och THEsias programvara som används för att uppskatta sambandet mellan enskilda SNP eller haplotyper av MMP-1 och magcancer känslighet, progression och prognos.

Resultat

Bland sju SNP fanns inga enskilda SNP korrelerade till gastric cancerrisken. Dessutom, bara rs470206 genotyp hade ett samband med histologiska betyg, och patienter med GA /AA hade väl celldifferentiering jämfört med patienter med genotyp GG (OR = 0,573; 95% CI: 0,353 till 0,929; P = 0,023). Sedan vi konstruerat en fyra-markör haplotyp block som innehöll 4 vanliga haplotyper: TCCG, GCCG, TTCG och TTTA. Men alla fyra vanliga haplotyper hade ingen korrelation med gastric cancerrisken och vi kunde inte hitta något samband mellan dessa haplotyper och kliniskt patologiska parametrar i magcancer. Dessutom varken enskilda SNP eller haplotyper hade ett samband med överlevnaden hos patienter med magcancer.

Slutsatser

Denna studie utvärderade polymorphisms av MMP-1-genen i magcancer med MALDI-TOF MS-metod i en stor nordkinesiska fall styrd kohort. Våra resultat visade att dessa sju SNP av MMP-1 inte kan vara användbara som viktiga markörer för att förutsäga magcancer känslighet, progression eller prognos, åtminstone i den Han befolkningen i norra Kina

Citation. Song YX, Zhou X, Wang ZN, Gao P, Li aL, Liang JW et al. (2012) Föreningen mellan individuella SNP eller haplotyper av matrix metalloproteinas en och Gastric cancerbenägenhet, Progression och prognos. PLoS ONE 7 (5): e38002. doi: 10.1371 /journal.pone.0038002

Redaktör: Yury E. Khudyakov, Centers for Disease Control and Prevention, USA

Mottagna: 30 januari 2012, Accepteras: 29 april 2012, Publicerad: 24 maj 2012 |

Copyright: © 2012 Song et al. Detta är en öppen tillgång artikel distribueras enligt villkoren i Creative Commons Attribution License, som tillåter obegränsad användning, distribution och reproduktion i alla medier, förutsatt den ursprungliga författaren och källan kredit

Finansiering:. Detta arbete stöddes av National Science Foundation i Kina (nr 30.972.879 och nr 81.172.370), programmet för vetenskapligt och tekniskt Institutionen för Liaoningprovinsen (nr 2010225032) och Natural Science Foundation i Liaoningprovinsen (nr 20.092.129). Finansiärerna hade ingen roll i studiedesign, datainsamling och analys, beslut att publicera, eller beredning av manuskriptet

Konkurrerande intressen:.. Författarna har förklarat att inga konkurrerande intressen finns

Introduktion

Gastric cancer är en av de vanligaste ledande orsakerna till cancerrelaterad dödlighet i världen [1]. Trots vissa framsteg i diagnos och behandling av magcancer under de senaste decennierna, prognosen för patienter med avancerad magsäckscancer är fortfarande dålig [2]. Liksom andra cancerformer, är en flerstegsprocess med ackumuleringen av genetiska och epigenetiska förändringar utveckling av magcancer. Upptäckten och tillämpning av biomarkörer som kan införlivas med traditionella cancerdiagnos, iscensättning och prognos kunde i stort sett bidra till att förbättra tidig diagnos och patientvård [3]. Med slutförandet av det mänskliga genomet projektet har miljontals single nucleotide polymorphisms (SNP) identifierats som attraktiva biomarkörer i cancerrisken bedömning, screening, byggnadsställning, eller sortering [4].

Matrixmetalloproteinaser (MMP) är en viktig familj av metallberoende enzymer som är ansvariga för nedbrytningen av extracellulära matriskomponenter [5]. Molekylära epidemiologiska studier har visat samband mellan genetisk polymorfism av MMP och cancerbenägenhet, progression och prognos [6] - [10]. Nyligen har vissa SNP av MMP-1 visat sig vara signifikant associerade med ökad risk för att utveckla lungcancer [6], [7], [11]. I bröstcancer, Karolina Przybylowska et al. funnit att 2G-allelen av 1G /2G MMP-1-genen polymorfism kan vara ansvarig för lymfkörtel (LN) metastas [8]. Å andra sidan, båda studierna av Hinoda Y et al. och Ghilardi G et al. fann att SNP av MMP-1 var kopplade till en ökad risk för kolorektal cancer [12], [13]. Vidare har en SNP i MMP-1 promotor visat sig vara korrelerad med histologisk differentiering av magcancer [14]. Emellertid kan andra studier visade ett negativt samband mellan MMP-1-polymorfismer och cancerbenägenhet [15], [16], [17]. Dessutom har de flesta av dessa studier var begränsade till små prover, få SNP eller konstruerade haplotyper från två eller tre polymorfa ställen. Således, ett stort urval och mer polymorfa platser är avgörande för att förstå betydelsen av MMP-1 SNP i magcancer utveckling.

I den aktuella studien, i ett stort urval av Han befolkningen i norra Kina, använde vi formalinfixerade, paraffininbäddade vävnader (FFPETs) -härledda DNA-prover från patienter och blodhärledda DNA från kontroller i en matris-assisterad laserdesorption /jonisering time-of-flight-masspektrometri (MALDI-TOF MS) metod för att studera den potentiella samband mellan sju SNP (rs2071231, rs7125062, rs491152, rs470558, rs2075847, rs470206 och rs1144396) eller haplotyper i MMP-1 och tumör känslighet, kliniskt patologiska parametrar och överlevnad magcancer.

Material och metoder

Ämne urval

Denna studie bestod av 404 primära gastric cancerpatienter och 404 kontroller och alla ämnen var från Han befolkningen i norra Kina. De föremål egenskaper har beskrivits tidigare [18]. I korthet hade berättigade patienter fick radikal kirurgi vid första sjukhuset i Kina Medical University mellan januari 1998 och december 2004 och fick diagnosen magcancer baserat på histopatologisk utvärdering. Tumören histologiska grad bedömdes enligt Världshälsoorganisationen kriterier och tumörer arrangerades med hjälp av den 7: e upplagan av TNM stadieindelning av den internationella unionen mot cancer (UICC) baserad på postoperativ patologiska /amerikanska kommittén för cancer (AJCC) systemet (2010) undersökningen av exemplar. Fullständiga patologiska data erhölls inklusive ålder, kön, födelse kirurgi, lokalisering av primärtumören, histologiska grad, venös invasion, lymphovascular invasion, djup invasion, antal LNS hämtats antal metastaserande LNS, och antalet tumör insättningar hämtas. De (i) med synkrona eller metachronous maligna tumörer, (ii) med fjärrmetastaser hittade preoperativt, (iii) som genomgick preoperativ strålbehandling eller kemoterapi, eller (iv) med ofullständiga patologiska dataposter uteslöts från denna studie. Uppföljning fördes för hela studiepopulationen fram till januari 2010. Två patienter dog i den postoperativa perioden (inom 30 dagar) och 21 patienter förlorade mot uppföljning; Därför var 381 patienter inkluderade i överlevnadsanalys. Median och genomsnittlig uppföljningstider var 90,0 månader och 93,3 ± 20,24 månader (intervall: 61-136 månader), respektive. Följande data erhölls för alla patienter: dödsdatum (i förekommande fall), dödsorsak (i ​​förekommande fall), och datum för uppföljning. Det primära effektmåttet var cancerspecifik överlevnad varaktighet från och med dagen för magcancer diagnos till datumet för dödsfallet. 5-års överlevnad av de 404 patienterna var 54,2%.

404 blodprover från kontrollgruppen erhölls från cancerfria individer som randomiserats ut baserat på fysiska undersökningar under december 2009 till augusti 2011, och denna grupp ansågs vara en god representation av befolkningen i denna region. Urvalskriterierna ingår ingen enskild historia av cancer, frekvens matchning till fall på kön och ålder och individer var orelaterade etniska hankineser. Proverna (etylendiamintetraättiksyra [EDTA] anticoagulate) lagrades vid -20 ° C inom 30-40 minuter, och flyttade sedan till en frys vid -80 ° C inom 2 eller 3 dagar efter samlingen.

etik uttalande

studien godkändes av forskningsetiska kommittén i Kina Medical University, Kina. Skriftligt informerat samtycke erhölls från alla människor innan de deltar i studien.

DNA-extraktion

Genomiskt DNA extraherades från FFPET prover i fallet gruppen. Sektioner med en tjocklek på 8 pm och en yta på upp till 250 mm ^{2 framställdes med en mikrotom och DNA isolerades från 6 sektioner till 12 sektioner, beroende på vävnaden storlek och kroppar. Mikrotomen rengjordes och bladen ändrades för att undvika intersample kontaminering. DNA-extraktion från FFPETs utfördes med en QIAamp® DNA FFPE Tissue Kit (Qiagen, Hilden, Tyskland) [19], genom att följa förfaranden som beskrivits av tillverkaren och vårt tidigare arbete [18]. Ca 2-10 ^ g av DNA utvanns i 50 fil slutliga lösningen och vid -80 ° C förvarades.}

Genomiskt DNA extraherades från blodprover från kontrollgruppen med den allmänna Iskt DNA Extraction Kit Ver.3.0 (TAKARA) enligt tillverkarens anvisningar och vårt tidigare arbete [18]. Om 2-6 pg av DNA återfanns i TE och vid -80 ° C förvarades.

Val av kandidat SNP

I studien ingick sju SNP i MMP-1, som tagits från NCBI SNP databasen och HapMap databasen. Vi valde SNP över genloci för att säkerställa en hög täthet av markörer och att ge adekvat karakterisering av haplotyp mångfald [6]. Alla valda SNP var tvungna att ha en mindre allel frekvens ≥5%. Vi valde därför sju SNP:. Rs2071231 (intron), rs7125062 (intron), rs491152 (intron), rs470558 (exon), rs2075847 (5'UTR), rs470206 (5 'UTR) och rs1144396 (Fig. 1A) katalog

SNP analys och validering

SNP var genotypas med hjälp av MALDI-TOF MS-system (Massarray, Sequenom, San Diego, CA, USA) med primers och prober (Tabell S1) som tidigare beskrivits [19], [20]. För att säkerställa skrivkvalitet, 1% positiva prover (Yanhuang cellstam) införlivades i varje genotypning platta för att validera tillförlitligheten av primrar och en% negativa prover (vatten med inget DNA) användes för att övervaka kontaminering. 5% slumpmässiga prover testades i duplikat av olika personer och reproducerbarheten var 100%. Laboratoriepersonalen var förblindade till provarrangemanget under processen. MALDI-TOF MS-analys var enligt Justenhoven et al. [21] och huvudprocessen ingår PCR-amplifiering (GeneAmp® PCR System 9700 Dual 384-Well provblocket Module, Sequenom), räkor alkaliskt fosfatas behandling (Sequenom), bas förlängningsreaktioner, salt bort med harts, SpectroCHIP dispense (384 brunnar SpectroCHIP microarray, Sequenom). Allel diskriminering erhölls genom analys med en Massarray Analyzer Compact masspektrometer (MT9). Slutligen har dataanalys utfördes med användning av Massarray Typer Analyzer programvara 4,0 (Sequenom, San Diego, CA) [22]

länkdisekvilibrium (LD) blocket bestämning och haplotyp konstruktion

Haploview 4,2 programvara. Var användes för att utvärdera LD och konstruera haplotyper såsom beskrivits tidigare [6]. LD mellan de sju SNP används i haplotypanalys mättes med en parvis D 'statistik. Strukturen för den LD blocket undersöktes med användning av metoden enligt Gabriel et al. [23], med hjälp av 80% förtroende gränserna för D "för att definiera platser av historiska rekombination mellan SNP. Haplotyper konstruerades från genotyp data i full storlek fall-kontrollpanelen i block med en accelererad förväntan-maximering algoritm metod med Haploview 4,2 programvara [6], [24]. Dessutom gjorde vi SNP genotyp kombinationer för att hitta sin association med magcancer risk [25].

Statistisk analys

En dubbelsidig chi-kvadrat (χ2-test) användes för att uppskatta befolkningsfördelning egenskaper, jämföra skillnader i allel och genotypiska frekvenserna mellan fall och kontroller och uppskatta samband mellan enskilda SNP och kliniskt patologiska parametrar. Att bedöma signifikans tillsattes en permutations förfarande (1.000 tester) används för att korrigera P-värdet av en enda locus associationsresultat [6]. En permutation test är en typ av statistisk signifikans test där fördelningen av provutfallets under nollhypotesen erhålls genom att beräkna alla möjliga värden för provningsvärdet enligt omdisponeringar av etiketterna på de observerade datapunkter. Dessutom var Bonferroni korrigering används för multipel testning korrigering [26]. Logistisk regression användes för att analysera sambandet mellan genotyp frekvenser och gastric cancerrisken, justerat för kön och ålder. Överlevnads analyser gjordes med log-rank test och Cox proportional hazards modell. Den Haploview 4,2 programpaket användes till: uppskattning parvis LD, upptäcka avvikelse från Hardy-Weinberg jämvikt, konstruera haplotyper, beräkna haplotypfrekvenser och uppskatta samband mellan haplotyper och gastric cancerrisk. Vi använde också Haplo.states programvara för att bedöma samband mellan haplotyper och clinicopathologic funktioner [6], [27]. Den THEsias mjukvara baserad på Cox proportional hazards överlevnad regression i haplotyp baserad associationsanalys med hjälp av Stochastic-EM-algoritmen användes för att producera överlevnadsanalys av haplotyper [28]. På grund av flera hypotesprövning, var P-värdet för betydelse justeras konservativt av Bonferroni korrigering till < 0,007 (0,05 /7) katalog

Resultat

Ämnes egenskaper

Som framgår av tabell 1 och tidigare arbete, medelåldern var 56,67 ± 11,92 y och andelen män var 70,54% för gruppen. Medelåldern i kontrollgruppen var 56,91 ± 11,48 y och andelen män var 70,54%. Det fanns ingen statistiskt signifikant skillnad i fördelningen av kön och ålder mellan patienter och kontroller (alla P = 1,00). Dessutom av de 404 patienterna, 85 (21,04%) hade steg I magcancer, 107 (26,49%) hade etapp II magcancer, och 212 (52,48%) hade stadium III magcancer (tabell 1). Andra kliniskt patologiska parametrar gastric cancerpatienter visas i tabell 1.

genotypning framgångsrika, LD och haplotyp struktur

Alla SNP var polymorf med mindre allel frekvenser > 10% och genotyp fördel var alla överens med Hardy-Weinberg jämvikt (data visas ej). Andelen framgångsrika var höga när det gäller gruppen (98,27 till 100%) och kontrollgruppen (99,50 till 100%, tabell S2). Sedan använde vi Haploview 4,2 programvara för att utvärdera LD och konstruera haplotyper. LD observerades över rs2071231, rs7125062, rs491152 och rs470558 (alla D ≥0.99), och dessa fyra SNP konstruerade blocket 1. Block 1 omfattade 5,0 kb och innehöll 4 vanliga haplotyper: TCCG, GCCG, TTCG och TTTA (frekvensområde: 0.127- 0.500), vilket motsvarade cirka 99,9% av patienterna (Fig.1B).

Samband mellan enskilda SNP och gastric cancerrisken, kliniskt patologiska parametrar och överlevnad

som framgår av tabell 2, var det ingen statistisk skillnad i allelen fördelningen mellan patienter och kontroller (P > 0,007 och P > 0,007 efter en permutation test för allela frekvenser och Bonferroni korrigering). Dessutom fanns det inget samband mellan genotyp fördelningarna av sju SNP i MMP-1 och risken för magcancer (P > 0,007 och P > 0,007 efter att ha justerat för kön och ålder för genotypiska frekvenser, tabell 3) katalog <. p> genotyper av enskilda SNP utvärderades för föreningar med kliniskt patologiska parametrar. Tabell 4 visar att rs470206 genotyper hade ett samband med histologiska betyg, och patienter med GA /AA hade väl celldifferentiering jämfört med patienter med genotyp GG (OR = 0,573; 95% CI: 0,353 till 0,929; P = 0,023). Det var dock inte signifikant efter Bonferroni korrigering. De andra genotyper av SNP hade inga signifikanta samband med kliniskt patologiska parametrar i magcancer.

I univariat analys, Borrmann typ, pT kategori, lymfkörtel metastas, lymphovascular invasion och TNM stadium visades vara betydande prognostiska faktorer (Tabell 5). Visade dock de statistiska resultat som alla genotyper av de sju SNP hade inga samband med överlevnaden hos patienter med magcancer (alla P > 0,007, tabell 5).

Samband mellan haplotyper eller SNP genotyp kombinationer och gastric cancerrisk , kliniskt patologiska parametrar och överlevnad

Använda Haploview 4,2 programvara, konstruerade vi en fyra-markör haplotyp blocket, som innehöll fyra gemensamma haplotyper: TCCG, GCCG, TTCG och TTTA. Alla fyra gemensamma haplotyper hade ingen korrelation med gastric cancerrisken (P > 0,007 och P > 0,007 efter en permutation test, Tabell S3). Dessutom har vi inte hitta något samband mellan dessa fyra gemensamma haplotyper och kliniskt patologiska parametrar i magcancer (alla P > 0,007, tabell S4). Dessutom resultatet av univariata analys visade inget samband mellan alla haplotyper och överlevnaden hos patienter med magcancer. (Alla P > 0,007, tabell S5) katalog

Sedan gjorde vi SNP genotyp kombinationer för att hitta sin association med gastric cancerrisk. Bland alla kombinationer, genotyp kombinationer av två SNP (rs2071231 och rs470206) hade fyra undergrupper: TA, TG, GG och AA. Även om LD mellan de två SNP inte existerade och de fyra undergrupper hade ingen korrelation med gastric cancerrisken (P = 0,523), patienter med TA hade väl celldifferentiering jämfört med patienter med genotyp TG (OR = 0,561; 95% CI : 0,357 till 0,881; P = 0,022). Det var dock inte signifikant efter Bonferroni korrigering. Dessutom är alla undergrupper hade inga samband med överlevnaden hos patienter med magcancer (alla P > 0,007). De andra genotyp kombinationer hade inga signifikanta resultat.

Diskussion

nedbrytning av extracellulär matrix och basalmembran av MMP är en av de viktigaste reglerande element i många fysiologiska och patologiska processer tumörinvasion och metastaser [5]. Majoriteten av tidigare studier har fokuserat på sambandet mellan SNP och MMP-2 och MMP-9. Dessutom har vissa SNP av MMP-1 visat sig vara signifikant associerade med ökad risk för att utveckla lungcancer, bröstcancer och tjocktarmscancer [6] - [8], [11] - [13]. Emellertid kan andra studier visade ett negativt samband mellan MMP-1-polymorfismer och cancerbenägenhet [15] - [17]. Dessutom i magcancer, de flesta studier på MMP-1 har bara fokuserat på betydelsen av SNP (-1607 1G /2G) i promotorn i relativt små prover. Jin X et al. rapporterade att det inte fanns någon association av MMP-1-promotorn polymorfism (-1607 1G /2G) med känslighet för gastric hjärt adenocarcinom i norra Kina (183 patienter) [15]. Men en studie på en japansk befolkning (215 patienter) visade att även om närvaron av 2G-allelen (-1607) i MMP-1-promotorn inte öka risken för magcancer, kan det vara inblandade i differentieringen av magcancer [14]. Därför ett stort urval och mer polymorfa platser är avgörande för att förstå betydelsen av MMP-1 SNP i magcancer utveckling.

Med tanke på ovanstående, valde vi sju polymorfa platser över MMP-1 för att säkerställa en hög täthet av markörer och att ge adekvat karakterisering av haplotyp mångfald. Dessutom valde vi 404 patienter och 404 kontroller som hade samma fördelningarna för kön och ålder. Å andra sidan, tills nu, de flesta av de SNP studerades genom restriktionsfragmentlängd-polymorfism (RFLP) -analys [29], TaqMans [19], DHPLC [30], MALDI-TOF MS [6], [20] och pyrosekvensering analys [31]. För närvarande, MALDI-TOF MS-metoden, som erbjuder cirka 100% noggrannhet för SNP genotypning, betraktas som en guldmyntfot [19], [32]. Dessutom tidigare rapporter visade att det inte fanns några allelisk frekvensskillnader mellan FFPET-härledda DNA och blod-härledda DNA från samma individ genom flera metoder, inklusive MALDI-TOF MS [33] - [35]. Därför är genotypning av FFPET-härledd DNA med MALDI-TOF MS tillförlitligt och reproducerbart. Våra resultat visade också höga svarsfrekvensen på mellan 98,27% och 100% (medelvärde: 99,43%), vilket var i enlighet med tidigare rapporterade uppgifter [19], [32], [33]

Bland sju SNP. Sun et al. visade att risken allela frekvenser av rs7125062, rs2075847 och rs470206 var högre hos patienter med lungcancer än i kontrollgruppen [6]. Men i den aktuella studien, fanns det inga enskilda SNP korrelerade till gastric cancerrisken. Dessutom rs470206 genotyper hade en corelation med histologiska betyg, och patienter med GA /AA hade väl celldifferentiering jämfört med patienter med genotyp GG. Detta resultat liknade de polymorfa ställen (-1607 1G /2G), som kan vara involverade i differentiering av magcancer [14]. Dessutom visade några studier som MMP-1-promotorn polymorfism (-1607 1G /2G) har ett samband med prognosen i tungan cancer [36], bröstcancer [37] och kolorektal cancer [38]. Men vi inte hitta några enskilda SNP korrelerade med prognosen i magsäckscancer i vår studie.

SNP är stabilt ärvs, mycket riklig och visa mångfalden inom och mellan populationer, som tros vara attraktiva biomarkörer. Däremot har tillämpningen av enskilda SNP varit begränsad eftersom de har låg penetrans och deras effekter är relativt svåra att identifiera. Därför har vikten av haplotyp uppgifter ökat länka DNA sekvensvariation med sjukdomen [6], [18], [39]. I vår studie har vi konstruerat en fyra-markör haplotyp block som innehöll 4 vanliga haplotyper: TCCG, GCCG, TTCG och TTTA, som överensstämde med studien av Sun et al. [6]. Deras studie visade haplotyp TTCG hade en frekvens som var signifikant skillnad mellan patienter och kontroller. Dessutom haplotyp TTCG hade en ökad risk för avlägsen metastas av lungcancer och, i motsats till haplotyp TTCG, haplotypen TTTA visade en skyddande effekt mot lungcancer progression [6]. Men i vår studie, alla fyra vanliga haplotyper hade ingen korrelation med gastric cancerrisken och vi kunde inte hitta något samband mellan dessa haplotyper och kliniskt patologiska parametrar i magcancer. Vidare, resultatet av univariat analys visade inget samband mellan alla haplotyper och överlevnad av patienter med gastrisk cancer. Hittills har ett ökande antal studier fokuserat på sambandet mellan SNP och sjukdom, men även med samma SNP, var resultaten oftast annorlunda. Fler och fler studier visar att olika resultat kan vara främst hänförlig till olika kombinationer av faktorer, såsom sjukdom heterogenitet, befolkning, miljö, allela frekvenser och /eller LD skillnader vävnadskälla som används, provstorlekar, detekteringsteknik och så vidare.

Intressant, även om LD mellan rs2071231 och rs470206 inte existerade, vi fortfarande gjort SNP genotyp kombinationer enligt studien av Ostrovsky O et al. [25]. Vi fann att, jämfört med de patienter med genotyp TG, patienterna med TA hade väl celldifferentiering. Det var mycket låg i befolkningen frekvensen av denna typ av SNP genotyp kombination.

Sammanfattningsvis denna studie utvärderades polymorphisms av MMP-1-genen i magcancer med MALDI-TOF MS-metoden och arkiverade FFPETs i en stor nordkinesiska fall styrd kohort. Även om våra resultat var negativa, denna studie först visade att SNP (rs2071231, rs7125062, rs491152, rs470558, rs2075847, rs470206 och rs1144396) av MMP-1 inte kan vara användbara som viktiga markörer för att förutsäga magcancer känslighet, progression eller prognos, på stone Han befolkningen i norra Kina. Vidare kan dessa resultat ger väsentlig information till andra forskare gör cancerforskning att eliminera dessa sju SNP som diagnostiska markörer för magcancer.

Bakgrundsinformation
tabell S1.
Primer sekvenser som används för genotypning de sju SNP i MMP-1
doi:. 10,1371 /journal.pone.0038002.s001
(DOC) Review tabell S2.
Genotypningstekniker framgångsrika av de sju SNP i MMP-1
doi:. 10,1371 /journal.pone.0038002.s002
(DOC) Review tabell S3.
Samband mellan haplotypfrekvenser av fyra SNP i MMP-1 och risken för magcancer
doi:. 10,1371 /journal.pone.0038002.s003
(DOC) Review tabell S4.
Samband mellan haplotypfrekvenser av fyra SNP i MMP-1 och kliniskt patologiska parametrar
doi:. 10,1371 /journal.pone.0038002.s004
(DOC) Review tabell S5.
Överlevnadsanalys av haplotyper av fyra SNP i MMP-1
doi:. 10,1371 /journal.pone.0038002.s005
(DOC) katalog

Tack till

Vi tackar institutionen för Surgical Oncology i första sjukhuset i Kina Medical University för att ge humana prover. Vi tackar också College of China Medical University för teknisk assistans i experiment.

• PLOS ONE: β, β-Dimethylacrylshikonin Orsakar Mitokondrier beroende apoptos genom ERK Pathway i Human Gastric Cancer SGC-7901 celler
• PLOS ONE: långsiktiga resultat och prognostiska faktorer för magcancer Patienter med mikroskopisk Peritoneal karcinomatos