Plos ONE: Nov polimorfizma Biomarker rs629367 povezana s povečanim tveganjem in Slaba preživetje želodčnega raka v kitajščini največ urejeno miRNA-kaj-7a Expression

Povzetek

Ozadje

Variant v pri-miRNA bi lahko vplivale na Mirni izražanja in zrelo postopek ali učinkovitost Spajanje, s čimer spreminja dedno nagnjenost in prognozo raka. Naš namen je, da oceni miRNA-let-7 enojnih nukleotidnih polimorfizmov (SNP), povezane s tveganjem in prognozo raka želodca (GC), kot je napovedovanje biomarkerjev, in poleg tega, njene možne mehanizme.

Metode

študija primerov in kontrol dvostopenjski je bil zasnovan tako, da zaslon štiri Mirne SNP (pri-kaj-7a-2 rs629367 in rs1143770, pri-kaj-7a-1 rs10739971, pri-kaj-7F-2 rs17276588) pri 107 bolnikih GC , 107 atrofični gastritis (AG), poveže in 124 kontrol s pomočjo PCR-RFLP. Dve obetavni SNP so bile potrjene v drugih neodvisnih 1949 vzorcev (vključno s 579 želodčnih bolnikih z rakom, 649 atrofični gastritis in 721 kontrol), ki uporabljajo Sequenom MassARRAY platformo in zaporedje.

Rezultati

Ugotovili smo, da pri-let 7a-2 rs629367 CC varianta genotip je bila povezana s povečanim tveganjem za raka želodca in atrofični gastritis s 1,83-krat in 1,86-krat, v tem zaporedju. Za želodca prognozo raka, so imeli bolniki s rs629367 CC genotipom bistveno slabše preživetje kot bolniki z genotipom AA (log-rang P
= 0,004). nadalje smo raziskovali raven izražanja Ponovitev-7a v serumu in ugotovili, da naj-7a izraz postopno zvišane rs629367 AA, CA, CC genotip v atrofični gastritis skupine ( P
= 0,043). Poleg tega smo te ugotovitve študije in vitro potrjujejo čezmerno izraženim pustiti-7a izvajanju PRI-let-7a-2 divjega tipa A ali alelov polimorfna tipa C ( P
< 0,001)

Sklepi

pri-kaj-7a-2 rs629367 CC genotip lahko poveča tveganje za raka želodca, kot tudi atrofični gastritis in je bila povezana tudi s slabim preživetje raka želodca, ki morebiti vplivajo na zrel pustiti-7a izraz, in bi lahko služilo kot napovedujejo biomarker za visokim tveganjem in slabo prognozo raka želodca

Navedba. Xu Q, Dong Q, je C, Liu W, ne L, Liu J, et al. (2014) Nova polimorfizma Biomarker rs629367 povezana z večjim tveganjem in Poor Preživetje želodca raka v kitajščini, ki jih Up urejeno miRNA-kaj-7a Expression. PLoS ONE 9 (4): e95249. doi: 10,1371 /journal.pone.0095249

Urednik: Qing-Yi Wei, Duke Cancer Institute, Združene države Amerike

Prejeto: 26. januar 2014; Sprejeto: 24. marec 2014; Objavljeno: 23. april 2014

Copyright: © 2014 Xu et al. To je odprtega dostopa članek razširja pod pogoji Creative Commons Attribution License, ki omogoča neomejeno uporabo, distribucijo in razmnoževanje v katerem koli mediju, pod pogojem, da prvotni avtor in vir knjižijo

Financiranje:. To delo je podprta s sredstvi iz National Key Temeljni raziskovalni program Kitajske (973 Program ref št. 2010CB529304), National Natural Science Foundation of China (Ref št 31200968) in Science Technology Project v provinci Liaoning (Ref št 2011225002) . Med financerji imel nobene vloge pri oblikovanju študije, zbiranje in analizo podatkov, sklep, da se objavi, ali pripravi rokopisa

nasprotujočimi si interesi.. Avtorji so izjavili, da ne obstajajo konkurenčni interesi

Uvod

MicroRNAs (miRNAs) so 18-25 nukleotidov (nt) -long, enoverižni nekodirano RNA [1]. Vsaka sprememba pri-miRNA, pre-miRNA ali zrel miRNA lahko vplivajo na zrel proces in delovanje miRNA, ki bi lahko dodatno vpliva na izražanje stotine proteinov na poti interakcij [2]. Do neke mere je varianta miRNA igral vlogo kot "onkogena« ali »zaviralnih genov" posredno [3].

Naj-7 je drugo ugotovljeno Mirna po odkritju prvega miRNA, lin -4 [4] - [6]. Družina naj-7 ima 10 članov, vključno pustiti-7a, da naj-7G, oddaja-7i, MIR-98 in MIR-202. Družina Ponovitev-7 igra ključno vlogo pri ohranjanju normalno fiziološko delovanje človeka. Na primer, lahko pri-miRNA iz oddajal-7 družine združujejo s LIN28 in zatreti postopek spajanje Drosha in Kocka, dva pomembna omejitev encimi, ki vključujejo v zreli postopek za vse miRNA [7]. Poleg tega jih podreti Drosha encim za zatiranje vseh zrel proces MIRNA celovito, Kumar et al ugotovila, da je bil glavni razlog za aktiviranje in spodbujanje maligno transformacijo celice je downregulation za naj-7 družinskega izražanja [8]. Čeprav so številne prejšnje študije so prispevali v glavnem za ponazoritev bioloških funkcij oddajal-7 družine, so nekateri raziskava se je osredotočila na genetskih variacij članov družine. Dejansko, če je bila izbrana dva posameznika naključno, njihovi genomi dokazati okoli 0,1% raznolikost, od katerih je najbolj običajna raznolikost SNP [9]. Zaradi obstoja teh različnosti, lahko isti gen privedejo do različnih izražanja genov izdelkov, ki bi lahko povzročile različno dovzetnost za bolezni, dedne fenotip in prognozo bolezni [10].

Prejšnje študije so pokazale, da je pri-miRNA SNP se lahko uporabijo kot genetskih markerjev za napovedovanje tveganja za raka. Na primer, pri-miR-185 rs2008591 povezano s tveganjem za raka dojke [11]; pri-miR-34b /c rs4938723 bila povezana s tveganjem za raka jetrnih celic [12]. V tej študiji s pomočjo podatkov o zbirkah podatkov NCBI bioinformatskih smo pregledala vse SNP v primarnem področju predhodnih sestavin za oddajal-7 družini (± 600 bp), in ugotovila, da le 4 SNP (pri-let-7a-1 rs10739971, Pri -Naj-7a-2 rs629367 in rs1143770, pri-kaj-7F-2 rs17276588) so imeli minorni alel Frequency (MAF) > 5% v kitajskega prebivalstva, in vsi so bili tagSNPs v HapMap bazi podatkov. Doslej je le malo študij omenja odnos med štirimi tagSNPs in napovedovanje bolezni tveganjem, razen za shizofrene bolezni [13], ne-drobnoceličnega pljučnega raka [14] in diabetično nefropatijo [15]. Njihovo potencialno vlogo pri napovedovanju tveganja za raka je še vedno v veliki meri neznan

Rak želodca je drugi najpogostejši vzrok smrti zaradi raka v svetu in eden najpogostejših rakov v Vzhodni Aziji in kitajskega prebivalstva [16] - [18].. Študije so pokazale, da je bilo več miRNA SNP povezana z želodčno tveganjem za raka [19] - [22]. Vendar, ali so zgoraj omenjeni štirje tagSNPs v pri-miRNA geni naj-7 povezana s tveganjem za raka želodca in atrofični gastritis kitajskega prebivalstva, ali se lahko uporablja kot napovedni genetske biomarker za rakom želodca in specifična mehanizem, kako urediti nevarnost bolezni je še vedno treba pojasniti.

v tej raziskavi smo najprej ocenili povezavo med temi štirimi tagSNPs kandidatke pri-pustila-7a in dovzetnost za raka na želodcu in njenega predhodnika, ki jih izvaja študija primerov in kontrol v dveh fazah v kitajščini. Medtem, smo raziskovali, ali polimorfizem, povezano tveganje prispeva k preživetju bolnikov z želodčnim rakom. Poleg tega smo preučili vpliv polimorfizma povezano s tveganji za urejanje svojo zrelo Mirna izraz v serumu in želodčnega tkiva, kot tudi raziskati njeno morebitno regulativno mehanizem znižano tveganje za bolezni in preživetje. Z izvedbo te študije, upamo, da bomo predlagali potencialne prijave možnost obravnavanega SNP kot predopozorila biomarker za posameznike z visokim tveganjem za raka želodca in njeno rakavih bolezni (atrofični gastritis).

Metode

Bolniki in oblikovanje študija

Ta raziskovalni projekt, ki ga je odobrila etični odbor prve odvisnimi bolnišnice na Kitajskem medicinske univerze in študija je bil razdeljen na tri samostojne, a povezanih delov, vključno s tveganji, prognoze in mehanizmi raziskave . Del tveganje je bilo v dveh fazah, izdelani, ena je presejalni fazi, druga je potrjena fazi. Za pojasnitev združenje SNP kandidatk z rakom želodca in atrofični gastritis tveganji, stopnja pregled za nazaj zaposlila vzorcev, vključno z 338 primerov, ki sestoji iz 107 želodčnih bolnikov z rakom, 107 atrofije primerih gastritis in 124 izravnanih nadzora iz prve odvisnimi Hospital China Medical University med 2005 in 2010. v potrjene fazi smo raziskovali skupaj 1949 primerov, vključno s 579 raka želodca, 649 atrofični gastritis in 721 zdravih kontrol z zdravstvenim pregledom programa za želodčnega raka v Zhuanghe province Liaoning, Kitajske ali od bolnikov, ki je prva Partnerji Hospital China Medical University, je bilo med letoma 2002 in 2013. Vsi predmeti v tej študiji endoskopsko in histološko potrjeni. Razvrstitev rakom želodca je bila razdeljena na črevesno tipa in razpršenega tipa za analizo podskupin, ki je temeljila na Lauren razvrstitvi [23], [24]. Razvrstitev in razvrščanje gastritis je temeljila na Posodobljeno Sydney sistema [25], [26]. Predmeti, ki so bili endoskopsko in histološko potrjena z normalno sluznico ali le minimalno gastritis brez druge sistemske bolezni ali drugih želodčnih bolezni služil kot kontrola. Pisnih obvestil soglasja so bili zbrani od bolnikov in zdravstvenih zgodovino (vključno starost, spol, kajenje in uživanje alkohola), pridobljene z vprašalnikom in zapisi so informatiziranih kot prejšnji opisano [24].

Da bi še dodatno raziskati povezavo of-povezana tveganja polimorfizma s clinicopathologic parametrov in preživetje bolnikov z rakom želodca, smo uporabili podatke o 150 želodčnih primerov raka, katere informacije smrti ali doživetja je bil na voljo. Tumor Histološka ocena je bila ocenjena s svetovnih merilih zdravstvene organizacije in tumorji so potekali z uporabo 7. izdaja sistema TNM počivališču Mednarodne zveze proti raku (UICC) /Skupni odbor ameriške raka (AJCC) (2010), ki temelji na pooperativni patološko pregledu . Bolniki (i) z oddaljenih metastaz našel predoperativno, (ii), ki so šli skozi preoperativno obsevanje ali kemoterapijo, ali (iii) so bile nepopolne patoloških vnose podatkov izključen iz analize preživetja. Nadaljevanje je bila dokončana do avgusta 2013. Na koncu je bilo 150 bolnikov, vključenih v analizo preživetja.

Za oceno korelacije med povezano s tveganji polimorfizem in njeno miRNA izražanja v serumu, 364 primerov, vključno s 164 rakom želodca, 100 so bili pregledani atrofični gastritis in 100 zdravih kontrol. Značilnosti vključenih osebah so prikazani v dopolnilnem tabeli S1. Poleg tega je za oceno povezanosti med povezano s tveganji polimorfizem in njeno miRNA izražanja v želodcu tkivu, 97 non-canceous osebki in 94 želodčnih rakave vzorci so bili pridobljeni od 97 bolnikov, ki so doživeli želodca na prvi Affilicated bolnišnici China Medical University med letoma 2009 in 2013.

subjekta genotipizacija

genomske DNA je bila vzeta kot je opisano prej z nekaterimi spremembami [27]. Genotipizacijo Test je bil izveden s CapitalBio (Peking, Kitajska), ki uporablja platformo Sequenom MassARRAY (Sequenom, San Diego, CA, ZDA), kot je opisano zgoraj [24]. 5% od celotne vzorcev je bilo večkrat genotip, stopnja ujemajoče bil 100%, kar dokazuje, da je genotipizacija pravilna. Podrobni materiali so prikazani v dopolnilne metode.

Odkrivanje serumu H. pylori-IgG titer

od skladu z metodo, ki jo v literaturi je opisan [28], v serumu H. pylori
-IgG titer bil odkrit z encimsko imunskim testom (ELISA, komplet Helicobacter pylori IgG; BIOHIT, Helsinki, Finska). Podrobni materiali so prikazani v dopolnilne metode.

ekstrakcijo RNA in PCR v realnem času reakcija za miRNA izražanja in vivo

Uporabili smo ekstrahirali metoda miRNA iz seruma in tkiva, kot jih opisana literature [29], z nekaterimi spremembami. Prepis reakcija obratno je bil uporabljen en korak vlade Script miRNA cDNA (Popolna Real Time) Kit (TAKARA Biotechnology Co., Ltd, Dalian, Kitajska) in Real-time PCR reakcijo smo uporabili miRcute miRNA qPCR komplet za odkrivanje (SYBR) (TIANGEN Biotech Co ., Ltd, Peking, Kitajska). Podrobni materiali so prikazani v dopolnilne metode.

prehodna transfekciji in PCR v realnem času reakcija za miRNA ekspresijo in vitro

Komercialna izraz plazmida pCMV-MIR-pustila-7a-2 rs629367- C je bila kupljena od Origene Company (Origene Biotech Co, Ltd, Šanghaj, Kitajska). Ta plazmid smo izvedli site-specific mutageneze na -216 iz C v A (pCMV-kaj-7a-2 rs629367-A), ki jih Sainuo Company (Sainuo Biotech Co, Ltd, Peking, Kitajska) in potrjuje sekvenciranje. In celične linije kandidatke so bile zaporedje za genotipizacijo JŽI-let-7a-2 rs629367 mesto raziskati ali obstaja varianta te rs629367 polimorfizem mestu. Potem so celične linije z divjim tipom in tudi najnižji dva naj-7a izraz, SGC-7901 in AGS, so za transfekciji izbrane (Več podrobnosti glej dopolnilne metode in dopolnilnega Slika S2). Želodca karcinom človeška vrsta, je AGS kupljena iz ATCC, American Type Culture Collection, ZDA in SGC-7901 je bila kupljena iz celice banke Kitajske akademije znanosti, Šanghaj, Kitajska. Po 72 urah smo celotno RNA celic ekstrahirali in v realnem času PCR smo uporabili za zaznano oddajal-7a ekspresijo po reverzno transkripcijo za primerjavo zrele pustiti-7a, ki ga pCMV-naj-7a-2 rs629367-A vs. pCMV-let-7a-2 rs629367-C.

Statistika

študirali štiri Mirna polimorfizmov smo testirali na Hardy-Weinberg ravnovesje (HWE) med kontrolami. Nenehne spremenljivke so bile prikazane kot srednja vrednost ± standardni odklon (SD) in v primerjavi z analizo variance, medtem ko so diskretne spremenljivke zastopali frekvence in odstotke, v primerjavi s χ2 testom [24]. Multivariatno logistično regresijo s prilagoditvami za starost, spol in H. pylori
okužba je bila uporabljena za oceno povezavo med miRNA polimorfizmov in nevarnosti bolezni. Ker je bilo kajenje in alkohol poraba skoraj tretjina manjkajoči podatki niso bili primerni kot prilagoditvene faktorje, samo kot stratificiran dejavnikov za analizo povezave med polimorfizmi miRNA in nevarnosti bolezni. Univariatne in multivariatne preživetje analize so opravili test log-rank in Cox sorazmernih tveganj modela. Krivulje preživetja so preslikane po metodi Kaplan-Meier. Multivariatna analiza preživetja je bila izvedena z dodajanjem SNP vsem clinicopathological parametrov s P
< 0,05. Poleg tega so bile kopije miRNA uporablja lg vrednosti za normalno porazdelitev, in učinek miRNA polimorfizmov na svojih stopnjah izražanja smo testirali z analizo variance test (ANOVA). Korelacija z Ponovitev-7a izražanja v serumu in tkivih bil prikazan kot korelacijskim koeficientom, ki ga analizo korelacije. Statistična analiza je bila opravljena s pomočjo SPSS, različica 16,0 programske opreme (SPSS, Chicago, IL, ZDA) in v fazi preverjanja, p vrednosti < 0,10 je zdelo pomembno, medtem ko je vse druge analize šteje p vrednosti. ≪ 0,05 kot pomembna

Rezultati

Glavni učinek miRNA polimorfizmov na raka želodca in atrofični gastritis
tveganja

genotipov v obravnavanem SNP v fazi preverjanja so prikazani v tabeli 1 in electrophoretogram in zaporedja številka te štiri Mirna polimorfizmov genotipi so bili prikazani v dopolnilnem sliki S1. pri-let-7F-2 rs17276588 je bil izključen iz nadaljnje analize, ker je oddaljil od HWE. Dva SNP so promisingly šteje, da je povezana s tveganjem bolezni: varianta genotipov so v pri-pustila-7a-1 rs10739971 med atrofični gastritis in kontrolno skupino je pokazala statistično razliko (27,1% proti 13,7%, P
= 0,018, tabela 1), in variantne genotip frekvence pri-let-7a-2 rs629367 med rakom želodca in kontrolno skupino je pokazala tudi razlike (1,9% vs.6.5%, P
= 0,094, tabela 1) . Upoštevali smo vrednost p < 0,10 kot pomemben in izbrana ta dva obetavnih SNP mestih v validirano fazi

Za potrditev združenje pri-pustila-7a-1 rs10739971 in pri-let-7a-2 rs629367 polimorfizmi. z rakom želodca in /ali atrofični gastritis tveganj, smo ponovno ocenili ta dva SNP v nadaljnjih 1949 primerih v razširjeni potrjene fazi. Pogostnost polimorfizmov v vseh vzorcih so bili prikazani v dopolnilnem tabeli S2. Zdravi bili frekvenca ujema z rakom želodca in atrofije primerih gastritis po starosti (± 5 let) in spola (1:1). Po frekvenčnem ujemanja, so bili na koncu vključeni le 501 rak želodca in 501 kontrol za želodčne analize tveganja raka in 612 atrofični gastritis in 612 kontrol za atrofičnemu analizo gastritis tveganja. V razširjeni potrjene fazi, so bili varianta genotipov so v pri-let-7a-2 rs629367 med rakom želodca in kontrolno skupino statistično razlikujejo (6,4% v primerjavi z 4,0%, tabela 1). V primerjavi s skupnim AA genotip, je genotip varianta CC povezana z 1,83-kratno povečano tveganje za raka želodca ( P
= 0,048, 95% CI = 1,01-3,32, tabela 1), in je tudi povezana s 1,86-krat večje tveganje za atrofični gastritis ( P
= 0.032, 95% CI = 1,06-3,28, tabela 1). Poleg tega je genotip varianta CC povezana z 1,93-kratno povečano tveganje atrofičnega gastritisa primerjavi z (AA + AC) genotipov ( P
= 0,021, 95% CI = 1,11-3,36, tabela 1) , pa nismo opazovati statistično pomembno pridružitvi med pRI-let-7a-1 rs10739971 in bolezenskih tveganj v potrjeni fazi.

Stratificirano analiza in interation analiza

Da bi še dodatno raziskati potencialni vpliv na starost, spol in okoljskih dejavnikov, kot so status H. pylori
okužba, kajenje in alkohol pitje na genetski učinek, smo izvedli stratifikacije analize za pri-let-7a-1 rs10739971 in pri-let-7a-2 rs629367 polimorfizmov na osnovi teh dejavnikov (tabela 2). Opazili smo različne učinke pri-let-7a-2 rs629367 na tveganja za nastanek bolezni v različnih podskupinah. Statistični povezave med CC genotipom in povečano atrofičnemu tveganje gastritis so bile ugotovljene pri ženskah ( P
= 0,025, ali [95% IZ] = 2,59 [1.13-5.92]), H. pylori
serološko negativni podskupina ( P
= 0,036, ali [95% IZ] = 1,97 [1,05-3,73]), in ne pitne podskupini ( P
= 0,023 ALI [95% IZ] = 2,44 [1,13-5,26]). Poleg tega je bilo ugotovljeno, da je genotip CC, da je povezana s povečanim tveganjem za raka želodca pri bolnikih s starostjo ≦ 50 let ( P
= 0,026, ALI [95% IZ] = 6,02 [1,24-29,10]) in H. pylori
serološko negativni podskupina ( P
= 0,036, ALI [95% IZ] = 2,02 [1,05-3,90]). Vendar, ko smo izvedli analizo interakcije med rs629367 SNP in H. pylori
okužba, kajenje in alkohol pitje, ni bilo statistično interakcije učinka ugotovljeno ( P
_{interakcija = 0,786 in 0,382 oziroma, glej Dopolnilni Tabela S3). Ni pomembno Povezave med pri-let-7a 1-rs10739971 in raka želodca ali atrofični gastritis tveganj v vsakem razslojeni analizi.}

Korelacija med pri-let-7a-2 rs629367 polimorfizem in clinicopathologic parametri in dolžino preživetja bolnikov želodca z rakom

Zaradi opazovanje statistično značilno povezavo med rs629367 in rakom želodca in atrofičnemu tveganja gastritis v glavni učinek analize in stratifikacije analize, bomo še naprej raziskovali, ali je rs629367 povezano tveganje sovpada z clinicopathologic fenotipa in napovedni preživetje raka želodca. Rezultati so pokazali, da ni šlo za pomembno povezavo tega SNP našel s clinicopathological parametrov, vključno z velikostjo tumorja, lokacija tumorja, tip BORRMANN, histološki tip, Lauren, stopnji TNM, vzorec rasti, globina invazije, limfnega metastaze, H. pylori
stanje okužbe, kajenje, pitje in družinsko anamnezo ( P
> 0,05, glej dopolnilni tabelo S4), vendar je ta SNP je bilo povezano s preživetjem raka želodca. genotip prevozniki CC pokazala negativno preživetje (CC v primerjavi z AA: 22,2 meseca v primerjavi z 32.0 mesecev) in povečanih HRS za bolnike želodca raka v univariantne analize (CC vs AA: P
= 0,011, HR [95% CI] = 3,39 [1,33-8,65]; CC vs. AA + AC: P
= 0,005, HR [95% IZ] = 3,51 [1,45-8,49], tabela 3 in slika 1-A in - B). S prilagajanjem nekaj clinicopathological parametrov, ki so bili možni moteči dejavniki korelaciji s preživetjem raka želodca ( P
≤0.0001 velikost tumorja, vrste BORRMANN, stopnji TNM, globina invazije in limfnega metastaz, glej Dopolnilni Tabela S5), statistično povečana HRS so dobili tudi za CC prevoznike v multivariatne analize (CC vs AA: P
= 0,004, HR [95% iZ] = 4,48 [1,60-12,60]; CC vs. AA + AC: P
= 0.001, HR [95% iZ] = 4,69 [1,84-11,95], tabela 3).

Korelacija med rs629367 in zrel naj-7a izraz v serumu in želodca tkiva

da bi preučili možni mehanizem rs629367 polimorfizma povezano z rakom želodca, smo še naprej raziskovali zrel naj-7a izraz in vivo in in vitro. Značilnosti bolnikov izbrani za študij izražanja v serumu in tkivih so prikazani v dopolnilnem tabeli S6. Na ravni v serumu, z različnimi boleznimi, stratifikacija, smo ugotovili, da v atrofični gastritis skupini je zrel Let-7a izraz rs629367 AA, CA, CC genotip pokazala tendenco postopoma povečuje, in ta razlika je imel statistično značilnost (3,30 ± 0,56 Vs . 3,52 ± 0,55 vs 3,76 ± 0,34, P
= 0,043, tabela 4, slika 2-A). V tkivni ravni, smo analizirali vpliv na naj-7a SNP genotipov na svojem zrelem naj-7a izražanja v želodcu tkivu raka, in ugotovila, rs629367 AA, CA, CC genotip je tudi pokazala tendenco postopoma povečuje, čeprav ta razlika ni dosegla statistične pomen (tabela 4).

zrela naj-7a izraz pCMV-MIR-pri-let-7a-2 rs629367-A in C

Najprej so zaporedje celične linije kandidatke za genotipizacijo JŽI-let-7a-2 rs629367 stran in ugotovila, da so bili ti kandidat celične linije vse rs629367 divjega tipa (glej dopolnilni sliko S3). V in vitro ravni, so SGC-7901 in celične linije AGS transinfected v dveh plazmidov, pCMV-MIR-pri-kaj-7a-2 rs629367-A in pCMV-MIR-pri-kaj-7a-2 rs629367-C. Po 72 urah, zrel naj-7a izraz imeli statistično značilnost v celični liniji SGC-7901 ( P
< 0,001, slika 2-B). alel varianta C, izražajo višjo pustiti-7a primerjavi s starim A alel. Celično linijo AGS nimam statistični pomen le pokazala težnjo v skladu z SGC-7901 (glej Dopolnilni sliko S4).

Pogovor

Na podlagi različnih študij o zrelih miRNAs funkcije [30], je bilo dobro sprejeto, da miRNA igrajo pomembno vlogo pri razvoju raka kot "onkogena« ali »zaviralnih genov" [31]. Vendar pa je razmerje med miRNA variante in tveganje za nastanek raka, kot tudi napovedi je treba še pojasniti [32]. V tej študiji smo poročali, prvič, distribucijske frekvence štirih miRNA tagSNPs (pri-let-7a-1 rs10739971, pri-let-7a-2 rs629367 in rs1143770, pri-pusti-7F-2 rs17276588) v severni kitajski. Mi še potrdil obetavne polimorfizma mesta v neodvisni in razširili vzorcev in ugotovili, genotip varianta CC s pri-pustila-7a-2 rs629367 poveča tveganje za raka želodca in atrofični gastritis za 1,83 in 1,86-krat, kot tudi povezana s slabim preživetje bolnikov z rakom želodca. Nadaljevali smo raziskali vpliv pri-pustila-7a-2 rs629367 na svojem izrazu in možnih mehanizmov, in navaja, da bi mehanizem zaradi menjavanja zrelega Ponovitev-7a izražanja, ki lahko sčasoma spremenijo dovzetnost in prognozo želodca rak. Kolikor nam je znano, je to prvo poročilo o odnosu rs629367 SNP z občutljivostjo in prognozo raka želodca.

Kot vemo, genetske variacije, ki se pojavljajo v miRNA genov, vključno z njihovimi pri- in pre-miRNA regijah bi imeli možnost, da vpliva na številne biološke poti in pogostost vpliv bolezni [33]. Tako se lahko prednostne in pre-Mirna polimorfizmi se uporablja kot genetskih markerjev za napovedovanje tveganja za raka [32], [34], ki imajo več prednosti in prednosti, kot kodiranje genskih polimorfizmov na potencial napovedujejo, ker miRNAs pogosto nahaja v raku, povezanih genomske regije [35] in se lahko urejajo skoraj vse gene, ki kodirajo [36]. V zadnjem času, različne študije osredotočila na polimorfizmov pre-miRNA, ki se nahajajo na izvornih zanke, kot so pre-MIR-196a2 rs11614913 [37], pre-MIR-146A rs2910164 [38], pre-MIR-499 rs3746444 [39], [40], pre-MIR-149 rs2292832 [41], pre-MIR-27a rs895819 [42]. Zaradi kompleksnosti RNA prostora strukture, je bila večja pozornost posvečena SNP na pri-miRNA. Predstavnik pri-miRNA SNP so bili pri-miR-185 rs2008591 povezano z rakom dojke [11], pri-pokoj-34b /c rs4938723 povezano z rakom jetrnih celic [12], pri-miR-30C rs928508 [22] in pri-miR -938 rs2505901 [43], povezane z rakom želodca. Naj-7 družin, je bila večina prejšnjih ugotovljene [4] miRNAs in igrajo ključno vlogo pri ohranjanju normalno fiziološko delovanje človeka. Z uporabo podatkovnih baz NCBI bioinformatike, smo našli 4 SNP v primarnem področju predhodnih sestavin za naj-7 družinskih (pri-let-7a-1 rs10739971, pri-naj-7a-2 rs629367 in rs1143770, pri-naj-7F-2 rs17276588) imel minorni alel Frequency (MAF) > 5% kitajskega prebivalstva, ki so bili vsi tagSNPs vendar njihove morebitne napovedujejo vloge sta nejasna. V tej študiji, ki jo pregledovanje in potrjevanje dveh fazah raziskave smo najprej ugotovili, da je med 4 tagSNPs, pri-let-7a-2 rs629367 polimorfizem je bil povezan z dovzetnostjo raka želodca (varianta CC genotipa za pri-let-7a-2 rs629367 povečano tveganje za raka želodca in atrofični gastritis za 1,83 in 1,86-krat). Ta pri-let-7a-2 rs629367 SNP je bila s sedežem v prodajnem 3'-UTR, ki je bil najbližje SNP z zrelimi miRNA genov med štirimi presejalnih SNP, in to bi bil nov biomarker pri napovedovanju tveganje za nastanek raka na želodcu.

dodatno smo izvedli univariatne in multivariatne Cox sorazmernih tveganj regresijska analiza podatkov o nadaljnjih raziskati združenja pri-pustila-7a-2 rs629367 SNP v celotnem preživetju bolnikov z rakom želodca. Dosledno so pomembni rezultati, razviden iz univariatne in multivariatne modelov Cox (tabela 3). JŽI-let-7a-2 rs629367 varianta CC genotip prevozniki so pokazale povečano HR s P
-vrednost od 0,011 (HR = 3,39) in 0,005 (HR = 3,51) v primerjavi z AA divjem tipu in AA + AC genotip oziroma v univariantne analizo. Ker več clinicopathological parametri pomembno prispevala k skupni želodčne preživetja raka ( P
≤0.0001 velikost tumorja, vrste BORRMANN, stopnji TNM, globina invazije in limfnega metastaze), smo izvedli analizo s prilagoditvijo za tiste potencialne zavajajočih dejavnikov v večvariantna analiza. Sčasoma smo ugotovili, P
-vrednost tega rs629367 SNP je bil bolj pomemben in so se povečale tudi statistični HRS (CC vs. AA: P
= 0,004, HR = 4,48; CC vs. AA + AC: P
= 0.001, HR = 4,69, v tem zaporedju), kar kaže, da je lahko pri-let-7a-2 rs628367 neodvisen dejavnik tveganja za želodčne prognozo raka

Številne študije. je pokazala, da Mirna polimorfizmi poslabšajo obdelavo Mirna in izraz zrelega miRNA in igrajo pomembno vlogo pri rakotvornosti [12], [33]. Da bi preučili možne mehanizem rs629367 polimorfizma povezano z rakom želodca, v tej študiji smo raziskali vpliv pri-kaj-7a SNP na zrelo Ponovitev-7a izražanja tako in vivo in in vitro. Krmiljenje za faktor bolezni, smo našli v serumu atrofični gastritis skupine, zrel naj-7a izraz rs629367 AA, CA, CC genotip pokazala pomembno postopno povečuje ( P
= 0,043, tabela 3). To bi lahko delno razložiti fenomen, ki je imela varianta CC genotip z dne rs629367 višjo frekvenco porazdelitve atrofični gastritis skupini kot v kontrolni skupini (6,2% v primerjavi z 3,9%, tabela 1). Odnos rs629367 CC genotip s povečanim tveganjem atrofični gastritis je pokazala, da je bila ta SNP povezana z atrofični gastritis in celo raka želodca po možnosti menjavanja zrelega miRNA izražanja, ki tako vpliva na dovzetnost za raka želodca. Na podlagi nivo ekspresije in vivo, smo nadalje izdelana izražene plazmida, ki vsebuje pri-kaj-7a-2 rs629367 divjega tipa A alel in varianta alel C, da bi opazovali zrel pustiti-7a ekspresijo dveh različnih alel. Ugotovili smo, da po transinfection, SGC-7901 celice, ki vsebujejo pCMV-MIR-pri-kaj-7a-2 alel rs629367-C pokazala višje zrel naj-7a izraz, kot je A alel ( P
< 0,001, slika 1). Rezultat, pridobljen iz vitro poskusu je accordant s tisto vivo, ki prav tako kažejo, da pri-let-7a-2 rs629367 polimorfizem bi lahko vplivala na zrel naj-7a izraz in spremeni dovzetnost za raka želodca. Številne študije so poročali, da naj-7a je bil tumor supresorski [44], [45]. razmišljal smo, da bi lahko sprememba od A do C Izgube svojo prvotno funkcijo tumorja zatiranja, ki bi lahko spremenila želodca dovzetnost za nastanek raka in vodi do slabega preživetja za prognozo.

Rak želodca je več dejavnikov bolezni z genetsko predispozicijo povzroča kakor tudi okoljski dejavniki [46]. Da bi raziskali potencialni vpliv starosti, spola in okoljskih dejavnikov, kot so status H. pylori
okužba, kajenje in alkohol pitje na genetski učinek, smo dodatno analizirali učinke možnih vplivnih dejavnikov na tej pri-pusti-7a -2 rs629367 SNP, in ugotovila, pri-let-7a-2 rs629367 bila povezana samo s tveganjem bolezni v H. pylori
serološko negativni bolniki skupine in brez pitne skupine. V H. pylori
bolniki serologijo negativni, najbolj oddaljene regije za pridružitev rs629367 SNP in atrofični gastritis in želodca tveganja za nastanek raka pri povišanih biti 2,12 in 1,97-krat, kar je več, kot najbolj oddaljenih regij v celih primerih (1,83 in 1,86-kratno, v tem zaporedju) . Vendar pa ni bilo statistično značilnih razlik v H. pylori
bolniki serologijo-pozitivna. Podobno so opazili ta pojav tudi v razslojeni analizo pitje: v ne-pitje skupine, je OR za pridružitev rs629367 SNP in atrofični gastritis tveganja povišane, da je 2,39-krat, medtem ko ni bilo statistično značilnih razlik v pitni skupini. To je morda zato, ker so H. pylori
in pitje povezano s pojavnostjo raka želodca. Brenner sod. je postavil hipotezo, da je H. pylori
je nujen vzrok za raka želodca [47], in Tramacere et al. je pokazala, da obstaja močna povezava med pitjem in incidenco raka želodca [48], [49]. Zato odprava teh dveh okoljskih dejavnikov na najbolj oddaljene regije višja od analizo celotne vzorcev.

• Plos ONE: The NOD-Like Receptor signalizacija Pathway v Helicobacter pylori okužbe in sorodnih želodca raku: primera-Control Study in Gene Expression Analyses
• Plos ONE: Laparoskopska Spleen-Ohranjanje vranice hilar Lymphadenectomy s Po Perigastric odbijači in Intrafascial prostora za napredno Zgornja tretjina želodca Cancer