PLoS ONE: uusi polymorfismi biomarkkereiden rs629367 yhteydessä kasvaneeseen Poor Survival mahasyövän kiinankielisinä säädelty miRNA-let-7a Expression

tiivistelmä

Background

Variant pri -miRNA voi vaikuttaa miRNA ilmaisun ja kypsän prosessin tai liitos tehokkuuteen, jolloin ne muuttavat perinnöllinen alttius ja ennusteen syöpä. Me pyrittiin arvioimaan miRNA-let-7 yhden emäksen monimuotoisuus (SNP), joka liittyy riski ja ennusteen mahasyövän (GC) ennustanut biomarkkereita, ja lisäksi sen mahdollisia mekanismeja.

Methods

kaksivaiheinen tapauskontrollitutkimuksessa suunniteltiin seulomaan neljä miRNA SNP (pri-let-7a-2 rs629367 ja rs1143770, pri-let-7a-1 rs10739971, pri-let-7f-2 rs17276588) 107 GC potilailla , 107 atrofinen gastriitti (AG), ja sovitettu 124 käyttäviin PCR-RFLP. Kaksi lupaavaa SNP validoitu toisessa itsenäisen 1949 näytettä (sisältäen 579 mahasyöpäpotilaista, 649 atrofinen gastriitti ja 721 valvonta) käyttäen Sequenom MassARRAY alustan ja sekvensointi.

Tulokset

Huomasimme, että pri-let -7-2 rs629367 CC variantti genotyyppi oli yhteydessä lisääntyneeseen mahasyövän ja atrofinen gastriitti by 1,83-kertaiseksi ja 1,86-kertaiseksi. Mahasyövän ennuste, potilaalla on rs629367 CC-genotyyppi oli merkittävästi huonompi selviytyminen kuin potilailla, joilla on AA genotyyppi (log-rank P
= 0,004). Tutkimme lisäksi let-7a ekspressiotasot seerumissa ja havaitsi, että let-7a ilmaisun koholla vähitellen varten rs629367 AA, CA, CC genotyyppi on atrofinen gastriitti ryhmän ( P
= 0,043). Lisäksi olemme vahvistaneet nämä havainnot in vitro tutkimuksessa yli-ilmentävät let-7a kuljettavat pri-let-7a-2 villin tyypin A tai polymorfinen-tyypin C-alleelin ( P
< 0,001).

Johtopäätökset

pri-let-7a-2 rs629367 CC-genotyyppi voisi lisätä mahasyövän sekä atrofinen gastriitti ja siihen liittyi myös huono selviytyminen mahasyövän, joka mahdollisesti vaikuttamalla kypsä let-7a ilmaisun, ja voisi toimia ennustamiseen biomarkkeri korkean riskin ja huonon ennusteen mahasyövän.

Citation: Xu Q, Dong Q, hän C, Liu W, Sun L, Liu J, et al. (2014) Uusi polymorfismi biomarkkereiden rs629367 yhteydessä kasvaneeseen Poor Survival mahasyövän kiinankielisinä säädelty miRNA-let-7a Expression. PLoS ONE 9 (4): e95249. doi: 10,1371 /journal.pone.0095249

Editor: Qing-Yi Wei, Duke Cancer Institute, Yhdysvallat

vastaanotettu 26. tammikuuta 2014; Hyväksytty: 24 maaliskuu 2014; Julkaistu 23. huhtikuuta 2014

Copyright: © 2014 Xu et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään.

Rahoitus: Tämä työ tukevat avustusta National Key Basic Research Program of China (973 Program viite no. 2010CB529304), National Natural Science Foundation of China (viitenro 31200968), sekä Science Technology projekti Liaoningin maakunnassa (viitenro 2011225002) . Rahoittajat ollut mitään roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen.

Kilpailevat edut: Kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.

Johdanto

MikroRNA (miRNA) ovat 18-25 nukleotidin (nt) mittainen, yksijuosteinen ei-koodaavaa RNA [1]. Mikä tahansa vaihtelu pri-miRNA, pre-miRNA tai kypsä miRNA voivat vaikuttaa kypsä prosessi ja toiminta miRNA, jotka voivat vaikuttaa edelleen ilmaus satojen proteiinien vuorovaikutuksen reitin [2]. Jossain määrin variantti miRNA osansa kuin "onkogeenin" tai "tuumorisuppressorigeeniä" epäsuorasti [3].

let-7 on toinen tunnistettu miRNA havaitsemisen jälkeen ensimmäisen miRNA, lin -4 [4] - [6]. Let-7 perhe on 10 jäsentä, mukaan lukien let-7a päästää-7 g, let-7i, miR-98 ja miR-202. Let-7 perhe on keskeinen rooli säilyttää normaalin fysiologisen toiminnon ihmisen. Esimerkiksi pri-miRNA let-7 perhe voisi yhdistyä LIN28 ja tukahduttaa silmukointi menettelyä Drosha ja Dicer kaksi tärkeää restriktioentsyymejä mukana kypsässä prosessissa kaikkien miRNA [7]. Lisäksi lakkauttamalla Drosha entsyymi tukahduttaa kaikki miRNA kypsä prosessi kattavasti, Kumar et al havaitsivat, että pääsyy aktivointia ja edistämällä solujen pahanlaatuisen muutoksen oli downregulation let-7 perheen ilmaisun [8]. Vaikka monet aiemmat tutkimukset ovat vaikuttaneet laajalti kuvaamaan biologisia toimintoja let-7 perhe, harvat tutkimus ovat keskittyneet geneettisiä variaatioita perheenjäsenten. Itse asiassa, jos kaksi henkilöä valittiin satunnaisesti, niiden genomit voivat osoittaa noin 0,1% monimuotoisuudesta, joista yleisin monimuotoisuus oli SNP [9]. Sen vuoksi, että näiden erilaisuudet sama geeni voi johtaa erilaisiin geeniekspression tuotteita, jotka voivat aiheuttaa eri tautiherkkyyteen, perinnöllinen fenotyyppi ja ennusteen sairaus [10].

Aiemmat tutkimukset osoittivat, että PRI-miRNA SNP: itä voidaan käyttää geneettisiä markkereita ennustamiseksi syöpäriskiä. Esimerkiksi pri-miR-185 rs2008591 liittyi rintasyövän riskiä [11]; pri-miR-34b /c rs4938723 liittyi riski maksasolusyövän [12]. Esillä olevassa tutkimuksessa käyttämällä tietoja NCBI bioinformatiikan tietokannat, me seulotaan kaikki SNP ensisijainen esiaste alueen let-7 perhe (± 600 emäsparia), ja todettiin, että vain 4 SNP (pri-let-7a-1 rs10739971, pri -Anna-7a-2 rs629367 ja rs1143770, pri-let-7f-2 rs17276588) oli Minor alleelifrekvensseiltään (MMM) > 5% Kiinan väestöstä, ja ne olivat kaikki tagSNPs in Hapmap tietokantaan. Tähän mennessä harvat tutkimukset ovat maininneet suhde neljän tagSNPs ja sairauden riskin ennuste paitsi skitsofreeniseen sairaus [13], ei-pienisoluinen keuhkosyöpä [14] ja diabeettinen nefropatia [15]. Niiden mahdollinen rooli ennustettaessa syöpäriski edelleen suurelta osin tuntemattomia.

Mahalaukun syöpä on toiseksi suurin syy syövän kuoleman maailmanlaajuisesti ja yksi yleisimmistä syövistä Itä-Aasian ja Kiinan väestön [16] - [18]. Tutkimukset ovat osoittaneet, että useat miRNA SNP liittyivät mahalaukun syövän riskiä [19] - [22]. Kuitenkin myös edellä mainitut neljä tagSNPs pri-miRNA geenejä let-7 liittyivät mahalaukun syövän riski ja atrofinen gastriitti Kiinan väestöstä, voidaanko sitä käyttää prediktiivisten biomarkkereiden mahasyövän, ja erityiset mekanismi, miten ne säätelevät sairauden riskin vielä selvennettävä.

tässä tutkimuksessa ensin arvioi yhdistyksen näiden neljän ehdokkaan tagSNPs pri-let-7a ja alttiutta mahasyövän ja sen edeltäjä suorittamalla kaksivaiheisen tapauskontrollitutkimuksessa kiinaksi. Samalla olemme tutkineet onko riski liittyvän polymorfismi vaikuttaa kohti mahasyövän potilaiden selviytymisen. Lisäksi tutkimme vaikutus riskin liittyvän polymorfia sääntelystä sen kypsä miRNA ilmaisu seerumissa ja mahalaukun kudosta sekä tutkitaan sen mahdollista sääntelymekanismi moduloinnissa sairauden riskin ja selviytymistä. Tekemällä tässä tutkimuksessa, toivomme ehdottaa mahdollisen soveltamisen mahdollisuus tutkituista SNP kuin prewarning biomarkkeri yksilöiden korkean riskin mahalaukun syövän ja sen syöpää edeltävät tauti (atrofinen gastriitti).

Methods

Potilaille ja tutkimuksen suunnittelu

tutkimushanke hyväksyi eettinen komitea ensimmäisen Affiliated sairaala Kiinan Medical University ja tutkimus jaettiin kolmeen itsenäiseen mutta niiden osien mukaan lukien riskien, ennustetta ja mekanismit tutkimus . Riski osa oli kaksi vaihetta suunniteltu, yksi on seulonta vaihe ja toinen on validoitu vaiheessa. Valaista yhdistys ehdokkaan SNP mahalaukun syövän ja atrofinen gastriitti riskejä, seulonta vaiheessa takautuvasti palvelukseen näytettä, myös 338 tapausta, joka koostuu 107 mahasyöpäpotilaista, 107 atrofinen gastriitti tapauksissa ja 124 verrokkia päässä First Affiliated sairaala China Medical University välillä 2005 ja 2010. validoitu vaiheessa, me tutkittiin yhteensä 1949 tapausta lukien 579 mahasyövän, 649 atrofinen gastriitti ja 721 tervettä verrokkia peräisin terveystarkastuksen ohjelma mahalaukun syövän Zhuanghe Liaoningin maakunnassa, Kiinassa tai potilaista ensimmäinen Affiliated sairaala China Medical University, vuosina 2002 ja 2013. Kaikki aiheita tässä tutkimuksessa oli endoskooppisesti ja histologisesti varmennettu. Luokittelu mahasyöpä jaettiin suoliston-tyypin ja diffuusi-tyypin Alaryhmäanalyysi joka perustui Laurenin luokitusta [23], [24]. Luokittelu ja lajittelu gastriitti perustui Päivitetty Sydney System [25], [26]. Koehenkilöt, jotka olivat endoskooppisesti ja histologisesti varmennettu normaali limakalvo tai vain vähäisiä gastriitti ilman muita sairaat tai mahalaukun sairauksia toimivat vertailuryhmänä. Kirjallinen suostumukset kerättiin potilailta, ja taustatietoja (kuten ikä, sukupuoli, tupakointi ja alkoholinkäyttö) saatu kyselylomakkeen ja rekistereihin atk kuten edellinen kuvattu [24].

Jotta voitaisiin edelleen tutkia yhdistys riskin liittyvän polymorfismi kanssa ennusteeseen viittaavia parametreja ja selviytymisen mahasyöpäpotilaista, käytimme tiedot 150 mahasyövän tapaukset, jonka tiedot kuoleman tai eloon jäämisen ollut saatavilla. Kasvain histologinen arvosana arvioitiin Maailman terveysjärjestön kriteerien ja kasvaimia lavastettuja käyttäen seitsemäs painos TNM lavastus järjestelmä International Union Against Cancer (UICC) /American sekakomitean Cancer (AJCC) (2010), joka perustuu leikkauksen jälkeisiä patologisen tentti . Potilaat (i) kanssa etäpesäkkeiden havaittu ennen leikkausta, (ii), joille tehtiin preoperatiivinen sädehoitoa tai kemoterapiaa, tai (iii) puutteellisilla patologinen syötetyt tiedot jätettiin selviytymisen analyysin. Seuranta saatiin päätökseen elokuussa 2013. Lopuksi 150 potilasta osallistui selviytymisen analyysissä.

arvioimiseksi korrelaatio riskiin liittyvä polymorfismi ja sen miRNA ilmaisun seerumin, 364 tapaukset mukaan lukien 164 mahasyövän, 100 atrofinen gastriitti ja 100 tervettä verrokkia tutkittiin. Ominaisuudet sisältyvät aiheita olivat esitetty Täydentävä taulukossa S1. Lisäksi arvioinnissa korrelaatio riskiin liittyvä polymorfismi ja sen miRNA ilmaisun mahalaukun kudoksesta, 97 ei-canceous yksilöitä ja 94 mahalaukun syövän näytteet saatiin 97 potilasta joille tehtiin gastrectomy First Affilicated sairaalan China Medical University vuodesta 2009 ja 2013.

Aihe: n genotyypitys

Genominen DNA uutettiin kuten aiemmin on kuvattu joitakin muutoksia [27]. Genotyypin määritys suoritettiin CapitalBio (Peking, Kiina) käyttäen Sequenom MassARRAY alustan (Sequenom, San Diego, CA, USA), kuten aiemmin on kuvattu [24]. 5% koko näytteitä toistuvasti genotyyppi, ja viskositeettiluku oli 100%, mikä osoittaa, että genotyypityksen oli oikea. Yksityiskohtaiset materiaalit esitetty täydentävä Methods.

havaitseminen seerumissa H.pylori-IgG-tiitteri

menetelmän mukaisesti kuvataan kirjallisuudessa [28], seerumin H. pylori
-lgG tiitteri havaittiin entsyymi immunosorbenttimääritys (ELISA, Helicobacter pylori kit, Biohit, Helsinki, Suomi). Yksityiskohtaiset materiaalit näytettiin täydentävillä menetelmillä.

RNA ja reaaliaikaisen PCR reaktio miRNA ilmentymistä in vivo

miRNA uutettu menetelmä seerumista ja kudoksesta käytettiin kuvannut kirjallisuudessa [29] joitakin muutoksia. Käänteiskopiointireaktio käytettiin One Step Prime Script miRNA cDNA (Perfect Real Time) Kit (TAKARA Biotechnology Co., Ltd, Dalian, Kiina) ja Reaaliaikainen PCR-reaktiossa käytettiin miRcute miRNA qPCR havaitseminen kit (SYBR) (TIANGEN Biotech Co ., Ltd, Peking, Kiina). Yksityiskohtaiset materiaalit näytettiin täydentävillä menetelmillä.

Transient transfektio ja reaaliaikaisen PCR reaktio miRNA ilmentymistä in vitro

Kaupallinen ekspressioplasmidin pCMV-MIR-let-7a-2 rs629367- C ostettiin Origene Company (Origene Biotech Co., Ltd, Shanghai, Kiina). Tämä plasmidi suoritti kohdennettua mutageneesiä at -216 C: stä A (pCMV-let-7a-2 rs629367-A) Sainuo Company (Sainuo Biotech Co., Ltd, Peking, Kiina) ja varmistettiin sekvensoimalla. Ja ehdokas solulinjat sekvensoitiin genotyypin PRI-let-7a-2 rs629367 site tutkia oliko muunnelmaa rs629367 polymorfismin sivustolla. Sitten solulinjat villin tyypin ja myös kahden heikoimman let-7a ilme, SGC-7901 ja AGS, valittiin transfektioon (Lisätietoja katso Täydentävät Menetelmät ja Täydennyskuvio S2). Ihmisen mahalaukun masolulinjassa, AGS hankittiin ATCC, American Type Culture Collection, USA ja SGC-7901 ostettiin Cell Bank of Kiinan tiedeakatemia, Shanghai, Kiina. 72 tunnin kuluttua koko RNA solujen uutettiin ja Reaaliaikainen PCR käytettiin havaittiin let-7a ilmaisun jälkeen käänteistranskriptio voidaan verrata kypsän let-7a tuottama pCMV-let-7a-2 rs629367-A vs. pCMV-let-7a-2 rs629367-C.

tilastot

Tutkitut neljä miRNA polymorfismien testattiin Hardy-Weinberg tasapaino (HWE) keskuudessa valvontaa. Jatkuva muuttujat näytetään keskimääräisenä ± keskihajonta (SD) ja verrattiin varianssianalyysi, kun erillisen muuttujan olivat edustettuina taajuuksia ja prosentit ja vertailtiin χ2 testi [24]. Monimuuttuja logistinen regressio oikaistuna iän, sukupuolen ja H. pylori
infektio käytettiin arvioitaessa yhdistyksen välillä miRNA polymorfismien ja sairauksien riskejä. Koska tupakointi ja alkoholin kulutus oli lähes kolmannes puuttuvia tietoja ei sovellu korjauskertoimilla, vain ositettu tekijöitä analyysin välisen assosiaation miRNA polymorfismien ja sairauksien riskejä. Yhden ja usean selviytymisen analyysit toteutettiin log-rank-testi ja Coxin suhteellisten riskien mallia. Eloonjäämiskäyrät kartoitettiin käyttämällä Kaplan-Meier-menetelmällä. Monimuuttuja eloonjääminen analyysi suoritettiin lisäämällä SNP kaikille kliinis parametrit P
< 0,05. Lisäksi kopiot miRNA käytettiin Ig vastinetta normaalijakaumaa, ja vaikutus miRNA polymorfismien sen ekspressiotasoja testattiin varianssianalyysillä (ANOVA). Korrelaatio let-7a ilmaisun seerumissa ja kudoksissa näkyi korrelaatiokertoimen korrelaatio analyysi. Tilastollinen analyysi suoritettiin SPSS versio 16.0 ohjelmisto (SPSS, Chicago, IL, USA) ja seulonta vaiheessa, p-arvot < 0,10 katsottiin merkitseväksi, kun taas kaikki muut analyysit katsottiin p-arvot < 0,05 merkittävinä.

tulokset

Main vaikutus miRNA polymorfismien mahalaukun syövän ja atrofisen gastriitin riski

genotyyppi taajuudet tutkittu SNP seulonta vaiheessa on esitetty taulukossa 1 ja elektroforeto- ja sekvensointi hahmo näiden neljän miRNA polymorfismien genotyypit esitetty Täydennyskuvio S1. pri-let-7f-2 rs17276588 jätettiin lisäanalyysiä koska se poikkesi HWE. Kaksi SNP katsottiin lupaavasti liittyvän tautiriskejä: varianttia genotyyppi taajuudet pri-let-7a-1 rs10739971 välillä atrofinen gastriitti ja kontrolliryhmään osoitti tilastollista eroa (27,1% vs. 13,7%, P
= 0,018, taulukko 1), ja muunnelma genotyyppi taajuudet pri-let-7a-2 rs629367 välillä mahasyövän ja kontrolliryhmä osoitti myös ero (1,9% vs.6.5%, P
= 0,094, taulukko 1) . Mietimme p-arvo < 0,10 merkittävinä ja valinnut tämän kaksi lupaavaa SNP sivustoja osaksi validoitu vaiheessa.

Vahvista yhdistys pri-let-7a-1 rs10739971 ja pri-anna-7a-2 rs629367 polymorfismit mahalaukun syöpä ja /tai atrofinen gastriitti riskejä, me arvioidaan uudelleen nämä kaksi SNP toisessa 1949 tapauksia laajentuneessa validoitu vaiheessa. Taajuudet polymorfismien kaikki näytteet on esitetty Täydentävä taulukossa S2. Terveet verrokit olivat taajuus sovitetaan mahasyövän ja atrofinen gastriitti tapauksissa iän (± 5 vuotta) ja sukupuoli (01:01). Sen jälkeen taajuus matching, vain 501 mahasyövän ja 501 säätimet mahasyövän riskianalyysin ja 612 atrofisen gastriitin ja 612 säätimet atrofisen gastriitin riskianalyysi lopulta mukana. Laajentuneessa validoitu vaiheessa variantti genotyyppi taajuudet pri-let-7a-2 rs629367 välillä mahasyövän ja kontrolliryhmään olivat tilastollisesti erilainen (6,4% vs. 4,0%, taulukko 1). Kun verrataan yhteiseen AA genotyyppi, variantti CC genotyyppi liittyi 1,83-kertainen lisääntynyt mahalaukun syövän riski ( P
= 0,048, 95% luottamusväli = 1,01-3,32, taulukko 1), ja oli myös liittyy 1,86-kertainen lisääntynyt riski atrofinen gastriitti ( P
= 0,032, 95% CI = 1,06-3,28, taulukko 1). Lisäksi, variantin CC-genotyyppi oli yhteydessä 1,93-kertainen lisääntynyt riski atrofinen gastriitti verrattuna (AA + AC) genotyyppien ( P
= 0,021, 95% CI = 1,11-3,36, taulukko 1) , kuitenkaan emme tarkkailla tilastollisesti merkitsevä assosiaatio pri-let-7a-1 rs10739971 ja sairauksien riskejä validoitu vaiheessa.

ositettu analyysi ja interation analyysi

tutkimiseksi edelleen mahdollinen vaikutus iän, sukupuolen ja ympäristötekijät, kuten tila H.pylori
infektio, tupakointi ja alkoholin juominen geneettisiä vaikutuksia, suoritimme ositettu analyysit pri-let-7a-1 rs10739971 ja pri-anna-7a-2 rs629367 polymorfismien perustuen näihin tekijöihin (taulukko 2). Havaitsimme eri vaikutuksia pri-let-7a-2 rs629367 sairauden riskin eri alaryhmiin. Tilastollinen assosiaatio CC genotyypin ja lisääntynyt atrofinen gastriitti riski havaittiin naisilla ( P
= 0,025, OR [95% CI] = 2,59 [1,13-5,92]), H. pylori
serologia-negatiivinen alaryhmä ( P
= 0,036, OR [95% CI] = 1,97 [1,05-3,73]) ja juomavetenä alaryhmä ( P
= 0,023 TAI [95% CI] = 2,44 [1,13-5,26]). Lisäksi CC genotyyppi todettiin liittyvän lisääntynyt mahalaukun syövän riski potilailla iän myötä ≦ 50 vuotias ( P
= 0,026, OR [95% CI] = 6,02 [1,24-29,10]) ja H. pylori
serologia-negatiivinen alaryhmässä ( P
= 0,036, OR [95% CI] = 2,02 [1,05-3,90]). Kun kuitenkin suorittaa vuorovaikutusta analyysin välillä rs629367 SNP ja H. pylori
infektio, tupakointi ja alkoholin juominen, ei tilastollista yhteisvaikutus havaittiin ( P
_{vuorovaikutus = 0,786 ja 0,382 vastaavasti, katso täydentävä taulukko S3). Mitään merkittävää assosioitunut pri-let-7a-1 rs10739971 ja mahalaukun syövän tai atrofinen gastriitti riskejä millään kerrostunut analyysiin.}

Korrelaatio pri-let-7a-2 rs629367 polymorfismi ja ennusteeseen viittaavia parametreja ja pituus selviytymistä mahalaukun syöpäpotilaiden

Koska havainto tilastollisesti merkitsevästi yhteydessä rs629367 ja mahasyövän ja atrofinen gastriitti riski päävaikutus analyysit ja kerrostunut analyysit, me tutki tarkemmin onko riski liittyvän rs629367 korreloi ennusteeseen viittaavia fenotyyppi sekä varoituksia selviytyminen mahasyövän. Tulokset osoittivat, että mitään merkittävää korrelaatiota tämän SNP löydettiin kliinis muuttujat, kuten kasvaimen koko, kasvain sijainti, Borrmann tyyppi, histologinen tyyppi, Lauren tyyppi, TNM, kasvumalli, syvyys invaasio, imusuonten etäpesäke, H.pylori
infektiotilanteesta, tupakointi, alkoholin, ja suvussa ( P
> 0,05, katso täydentävä taulukko S4), mutta tämä SNP todettiin liittyvän mahasyöpä selviytymisen. CC genotyyppi harjoittajien osoitti epäsuotuisa eloonjäämisen (CC vs. AA: 22,2 kuukautta vs. 32,0 kuukautta) ja lisääntynyt HRS mahasyövän potilaiden yhden muuttujan analyysiin, (CC vs. AA: P
= 0,011, HR [95% CI] = 3,39 [1,33-8,65]; CC vs. AA + AC: P
= 0,005, HR [95% CI] = 3,51 [1,45-8,49], taulukko 3 ja kuva 1-A ja - B). Säätämällä useita kliinis parametrit, jotka olivat mahdollisia sekoittavat tekijät korreloivat mahasyövän selviytymisen ( P
≤0.0001 kasvaimen koon, Borrmann tyyppi, TNM, syvyys invaasion ja imusuonten etäpesäke, katso täydentävä taulukko S5), tilastollisesti lisääntynyt HRS saatiin myös CC harjoittajien monimuuttujamenetelmin (CC vs. AA: P
= 0,004, HR [95% CI] = 4,48 [1,60-12,60]; CC vs. AA + AC: P
= 0,001, HR [95% CI] = 4,69 [1,84-11,95], taulukko 3).

korrelaatio rs629367 ja kypsä anna-7a ilmaisun seerumissa ja mahalaukun kudoksesta

jotta selvää mahdollisista mekanismi rs629367 polymorfismin liittyvät mahasyövän, me tutki tarkemmin kypsän let-7a ilmentyminen in vivo ja in vitro. Potilaiden ominaisuudet valittiin tutkimukseen ilmaisun seerumin ja kudosten näytettiin Täydentävä taulukossa S6. Seerumin taso, stratifioituna eri sairauksien, huomasimme, että atrofinen gastriitti ryhmässä, kypsän let-7a ilmentymä rs629367 AA, CA, CC-genotyyppi oli taipumus kasvaa vähitellen, ja tämä ero oli tilastollista merkittävyyttä (3,30 ± 0,56 vs. . 3,52 ± 0,55 vs. 3,76 ± 0,34, P
= 0,043, taulukko 4, kuvio 2-A). Kudoksen tasolla, olemme analysoineet vaikutus anna-7a SNP genotyyppiä sen kypsän let-7a ilmentymistä mahasyövässä kudoksessa, ja löysi rs629367 AA, CA, CC-genotyyppi osoitti myös taipumus kasvaa vähitellen, vaikka tämä ero ei saavuttanut tilastollista merkitys (taulukko 4).

kypsä let-7a ilmentymistä pCMV-MIR-pri-let-7a-2 rs629367-A ja C

Ensinnäkin ehdokas solulinjat sekvensoitiin genotyypin PRI-let-7a-2 rs629367 päällä ja totesi, että nämä ehdokas solulinjat olivat kaikki rs629367 villin tyypin (katso Täydennyskuvio S3). Vuonna vitro tasolla, SGC-7901 ja AGS solulinjoja transinfected kahteen plasmideihin, pCMV-MIR-pri-let-7a-2 rs629367-A ja pCMV-MIR-pri-let-7a-2 rs629367-C. 72 tunnin kuluttua, kypsä let-7a ilme oli tilastollista merkittävyyttä SGC-7901 solulinja ( P
< 0,001, Kuvio 2-B). Muunnos C-alleeli ilmaistuna korkeamman let-7a verrattuna antiikin alleelin. AGS solulinja saanut mitään tilastollista merkittävyyttä ja vain osoittivat taipumusta mukaisesti SGC-7901 (ks Täydennyskuvio S4).

Keskustelu

Perustuu eri tutkimuksia siitä kypsä miRNA toimintoja [30], se on otettu hyvin vastaan, että miRNA tärkeä rooli syövän kehittymisessä kuin "onkogeenin" tai "tuumorisuppressorigeeniä" [31]. Kuitenkin suhde miRNA variantteja ja syövän riskiä sekä ennuste vielä selvennettävä [32]. Esillä olevassa tutkimuksessa olemme raportoitu, ensimmäistä kertaa, jakelu taajuudet neljä miRNA tagSNPs (pri-let-7a-1 rs10739971, pri-let-7a-2 rs629367 ja rs1143770, pri-let-7f-2 rs17276588) Pohjois-Kiinan. Olemme edelleen validoitu lupaavia polymorfismi sivustoja itsenäisen ja laajensi näytteet ja löysi variantti CC genotyyppi pri-let-7a-2 rs629367 lisäsi mahasyövän ja atrofinen gastriitti 1,83 ja 1,86 kertaiseksi, sekä liittyy huono selviytymisen mahalaukun syöpäpotilailla. Olemme edelleen tutkia vaikutusta pri-let-7a-2 rs629367 sen ilmaisun ja mahdolliset mekanismit, ja totesi, että mekanismi voisi johtua vuorottelu kypsän let-7a ilmaisu, joka voi lopulta muuttaa alttius ja ennusteen mahalaukun syöpä. Tietääksemme tämä on ensimmäinen raportti suhdetta rs629367 SNP alttiuteen ja ennusteen mahasyövän.

Kuten tiedämme, geneettinen vaihtelut, jotka syntyvät miRNA geenejä, mukaan lukien niiden yksi- ja ennalta miRNA alueilla , olisi mahdollisuus vaikuttaa useisiin biologinen reittejä ja vaikutus taudin esiintyvyys [33]. Siten yksityi- ja ennalta miRNA polymorfismien voidaan käyttää geneettisiä markkereita ennustamaan syöpäriski [32], [34], mikä on enemmän hyötyä ja vahvuuksia kuin koodausta geenipolymorfismien klo ennustamaan mahdollisia koska miRNA usein sijaitsevat syöpään liittyvien genomista alueet [35] ja voi säädellä lähes kaikki koodaavat geenit [36]. Viime aikoina useat tutkimukset keskittyi ennalta miRNA polymorfismien sijaitsee varsi-silmukka, kuten ennalta mir-196a2 rs11614913 [37], pre-mir-146a rs2910164 [38], pre-mir-499 rs3746444 [39], [40], pre-mir-149 rs2292832 [41], pre-mir-27a rs895819 [42]. Monimutkaisuuden takia RNA tila rakenne, entistä enemmän huomiota olisi kiinnitettävä SNP on pri-miRNA. Edustaja pri-miRNA SNPs olivat pri-miR-185 rs2008591 rintasyöpään liittyvän [11], pri-miR-34b /c rs4938723 liittyy maksasolusyövän [12], pri-miR-30c rs928508 [22] ja pri-miR -938 rs2505901 [43], jotka liittyvät syöpään. let-7 perheet olivat useimmat aiemmat tunnistettu miRNA [4] ja ratkaiseva rooli ylläpitämisessä normaalia fysiologista toimintaa ihmisen. Käyttämällä NCBI bioinformatiikan tietokannat, löysimme 4 SNP ensisijainen esiaste alueen let-7 perhe (pri-let-7a-1 rs10739971, pri-let-7a-2 rs629367 ja rs1143770, pri-let-7f-2 rs17276588) oli Minor alleelifrekvensseiltään (MMM) > 5% Kiinan väestöstä, jotka olivat kaikki tagSNPs mutta niiden mahdollinen pienempienkien roolit olivat epäselviä. Esillä olevassa tutkimuksessa, seulomalla ja validointi kaksivaiheisesti tutkimuksessa ensin havaittiin, että joukossa 4 tagSNPs, pri-let-7a-2 rs629367 polymorfismi oli yhteydessä alttiuteen mahasyövän (variantti CC genotyyppi pri-let-7a-2 rs629367 lisäsi mahasyövän ja atrofinen gastriitti 1,83 ja 1,86-kertainen). Tämä pri-let-7a-2 rs629367 SNP sijaitsi alavirtaan 3'-UTR, joka oli lähin SNP kanssa kypsä miRNA geenien joukossa neljä seulonta SNP, ja se olisi uusi biomarkkereiden ennustamisessa mahalaukun syövän riskiä.

suoritetaan lisäksi yhden ja usean Coxin suhteellista riskiregressioanalyysiä analyysi seurantatiedot tutkia yhdistysten pri-let-7a-2 rs629367 SNP kanssa eloonjäämisaste mahasyöpäpotilaista. Johdonmukaisesti merkittäviä tuloksia havaittiin yhden ja usean Cox malleja (taulukko 3). PRI-let-7a-2 rs629367 variantti CC-genotyyppi kantajia oli kohonnut HR kanssa P
-arvo 0,011 (HR = 3,39) ja 0,005 (HR = 3,51) verrattuna AA villityypin ja AA + AC genotyyppi vastaavasti yhden muuttujan analyysiin,. Koska useat kliinis parametreja vaikutti merkittävästi yleistä mahasyövän eloonjäämisen ( P
≤0.0001 kasvaimen koon, Borrmann tyyppi, TNM, syvyys invaasion ja imusuonten etäpesäkkeiden), suoritimme analyysin oikaistu näiden mahdollisten sekoittavien tekijöiden monimuuttuja-analyysi. Lopulta löysimme P
-arvo tämän rs629367 SNP oli merkittävämpi ja tilastollisia HRS nostettiin (CC vs. AA: P
= 0,004, HR = 4,48; CC vs. AA + AC: P
= 0,001, HR = 4,69, vastaavasti), mikä viittaa siihen, että PRI-let-7a-2 rs628367 voi olla itsenäinen riskitekijä mahasyövän ennustetta.

Useat tutkimukset paljasti, että miRNA polymorfismit heikentää miRNA käsittely ja ilmaus kypsä miRNA ja olla rooli syövän synnyn [12], [33]. Jotta voidaan tutkia mahdollisen mekanismin rs629367 polymorfismin liittyvät mahasyövän, tässä tutkimuksessa tutkimme vaikutus pri-let-7a SNP kypsä anna-7a ilmentymisen sekä in vivo ja in vitro. Ohjaaminen taudin tekijä, löysimme seerumissa atrofinen gastriitti ryhmä, kypsän anna-7a ilmentymä rs629367 AA, CA, CC-genotyyppi osoitti merkittävää vähitellen ( P
= 0,043, taulukko 3). Tämä saattaa osittain selittää ilmiötä, että variantti CC genotyyppi rs629367 oli korkeampi jakelu taajuudella atrofinen gastriitti ryhmässä kuin kontrolliryhmässä (6,2% vs. 3,9%, taulukko 1). Suhde rs629367 CC-genotyyppi lisääntynyt atrofinen gastriitti riski osoitti, että tämä SNP liittyi atrofinen gastriitti ja jopa mahasyövän mahdollisesti vuorottelu kypsä miRNA lauseke, joka siten vaikuttaa alttiuteen mahasyövän. Perusteella ilmentymistason in vivo, me edelleen rakennettu ilmaisi sisältävä plasmidi pri-let-7a-2 rs629367 villin tyypin A alleeli variantti C-alleeli, jotta tarkkailla kypsän let-7a ilmentyminen kahden eri alleelin. Huomasimme, että kun transinfection, SGC-7901-solujen sisältävän pCMV-MIR-pri-let-7a-2 rs629367-C-alleelin osoittivat korkeampia kypsä let-7a ilmaus kuin A-alleelin ( P
< 0,001, Kuvio 1). Tuloksena saatu vitro koe mukaiselle kuin vivo, joka myös ilmenee, että pri-let-7a-2 rs629367 polymorfismi voi vaikuttaa kypsän let-7a ilmaisun ja muuttaa alttiutta syöpään. Useissa tutkimuksissa on raportoitu, että let-7 oli tuumorisuppressoriproteiinia [44], [45]. Me arveltu, että vaihtelu A: sta C: ehkä menetys alkuperäisen tehtävänsä kasvaimen tukahduttavia joka voisi muuttaa mahasyövässä alttius ja johtaa huonoon eloonjäämisen ennustetta.

Mahalaukun syöpä on monitekijäinen sairaus aiheuttama geneettinen taipumus sekä ympäristötekijöistä [46]. Tutkia mahdollisuuksia vaikuttaa iän, sukupuolen ja ympäristötekijät, kuten tila H.pylori
infektio, tupakointi ja alkoholin juominen geneettisiä vaikutuksia, me edelleen analysoineet vaikutuksia mahdollisten vaikuttavien tekijöiden tästä pri-let-7a -2 rs629367 SNP, ja löysi pri-let-7a-2 rs629367 vasta yhteydessä sairauteen riskejä H. pylori
serologia-negatiivisten potilaiden ryhmässä ja juomavetenä ryhmä. Vuonna H. pylori
serologia-negatiivisilla potilailla, Syrjäisimpien alueiden yhdistyksen rs629367 SNP ja atrofinen gastriitti ja mahalaukun syöpäriski koholla olevan 2,12 ja 1,97 kertaiseksi, mikä oli korkeampi kuin syrjäisimpien koko tapauksissa (1,83 ja 1,86 kertaiseksi) . Kuitenkin, ei ollut tilastollista merkitystä H. pylori
serologia-positiivisten potilaiden. Samoin tämä ilmiö havaittiin myös kerrostunut analyysi juominen: in juomavetenä ryhmä, tai yhdistyksen rs629367 SNP ja atrofinen gastriitti riski koholla olevan 2,39 kertaiseksi, kun taas ei ollut tilastollista merkitystä juominen ryhmässä. Tämä saattaa johtua siitä, että H.pylori
ja juominen liittyi esiintyvyys mahasyövän. Brenner et al. oli arveltu, että H.pylori
oli välttämätön syy mahasyövän [47], ja Tramacere et al. todettiin, että oli vahvan yhteyden juominen ja esiintyvyys mahasyövän [48], [49]. Näin ollen poistamalla näiden kahden ympäristötekijöiden tehty syrjäisimpien suurempi kuin analysoimalla koko näytteitä.

• PLoS ONE: Tällä NOD-kaltainen reseptori merkinanto Pathway in helikobakteeri-infektion ja Related mahasyövän A tapauskontrollitutkimuksessa ja Gene Expression analyysit
• PLoS ONE: Laparoskooppinen Perna säilyttävää pernan hilar imusolmukkeiden suorittama jälkeen Perigastric Räystäslaudat ja Intrafascial Space Advanced Ylä-Kolmannet Mahalaukun Cancer