PLoS ONE: Nova Polimorfizam biomarker rs629367 povezana s povećanim rizikom i lošije preživljenje u rak želuca u kineskom strane regulira prema gore Mirna-neka-7a izraza

Sažetak

U pozadini pregled

Varijanta u pri-Mirni moglo utjecati Mirna izražavanje i zrele procesa ili učinkovitost srastanje, čime se mijenjaju nasljedni osjetljivost i prognozu raka. cilj mi je procijeniti Mirna-neka-7 polimorfizama (SNP) koja je povezana s rizikom i prognozi raka želuca (GC) kao predviđanje biomarkera, a osim toga, njezine moguće mehanizme. pregled

Metode pregled

Dvorazinski case-control studija je osmišljen kako bi zaslon četiri Mirna SNP-a (pri-neka-7a-2 rs629367 i rs1143770, pri-neka-7a-1 rs10739971, pri-neka-7f-2 rs17276588) u 107 GC pacijenata 107 atrofični gastritis (AG), te uskladiti 124 kontrola pomoću PCR-RFLP. Dva obećavajuće SNP-ovi su validirane u drugom neovisnom 1949 uzoraka (uključujući i 579 bolesnika s rakom želuca, 649 atrofični gastritis i 721 kontrola) pomoću Sequenom MassARRAY platformu i redoslijeda. Pregled

Rezultati

Otkrili smo da je pri-neka -7a-2 rs629367 CC varijanta genotipa bila je povezana s povećanim rizikom od raka želuca i atrofični gastritis od 1,83 puta, a 1,86 puta, respektivno. Za želučane prognozi raka, bolesnici s rs629367 CC genotipa imao značajno lošiji preživljavanje od pacijenata sa AA genotipa (log-rank P pregled = 0,004). Mi dodatno istražiti razinu LET-7A izraz u serumu i otkrili da neka-7a izraz postepeno raste za rs629367 AA, CA, CC genotipa u atrofični gastritis grupe ( P pregled = 0,043). Nadalje, utvrdili smo ove rezultate in vitro studije koje ekspresijom neka-7a nosi Pri-neka-7a-2 divlji tip A ili polimorfne tipa C alela ( P izvoznici < 0,001). Pregled

Zaključci

pri-neka-7a-2 rs629367 CC genotipa može povećati rizik od raka želuca, kao i atrofičnog gastritisa, te je također povezana s lošim preživljavanje raka želuca, koji se vjerojatno utječući zreli neka-7a izraz, a može poslužiti kao predviđanje biomarker visokog rizika i loše prognoze karcinoma želuca pregled

Izvor:. Xu Q, Dong Q, on C, Liu W, Sun L, Liu J, et al. (2014) Novi Polimorfizam biomarker rs629367 povezana s povećanim rizikom and Poor Opstanak rak želuca na kineskom strane regulira prema gore Mirna-neka-7a Expression. PLoS ONE 9 (4): e95249. doi: 10,1371 /journal.pone.0095249 pregled

Urednik: Qing-Yi Wei, Duke Cancer Institute, Sjedinjene Američke Države Netlogu

Primljeno: 26 siječnja 2014; Prihvaćeno: 24. ožujak 2014; Objavljeno: 23. travanj 2014 pregled

Copyright: © 2014 Xu i sur. Ovo je otvorenog pristupa članak distribuirati pod uvjetima Creative Commons Imenovanje License, koja omogućuje neograničeno korištenje, distribuciju i reprodukciju u bilo kojem mediju, pod uvjetom da je izvorni autor i izvor su zaslužan

financiranja. Ovo djelo je podržan od strane potpore iz National Key Basic Research program Kini (973 programa ref br. 2010CB529304), Nacionalna zaklada za znanost Prirodni Kina (Ref No. 31200968), a projekt Znanost Tehnologija u provinciji Liaoning (ref br 2011225002) , U financijeri nisu imali ulogu u studiju dizajna, prikupljanja i analize podataka, Odluka o objavi, ili pripremu rukopisa pregled

U konkurenciji interese.. Autori su izjavili da ne postoje suprotstavljeni interesi pregled

Uvod pregled

mikroRNA (miRNAs) su 18-25 nukleotida (nt) -long, jednolančana nekodirajuće RNA [1]. Svaka promjena u pri-Mirne, pre-MIRNA ili punoljetne Mirna mogu utjecati na zrele procesa i funkciju Mirne, što bi moglo dodatno utjecati na ekspresiju stotine proteina u interakciju puta [2]. U određenoj mjeri, varijanta Mirna igrao ulogu kao "onkogena" ili "supresorski gen tumora" neizravno [3]. Pregled

neka-7 je drugi identificiran Mirna nakon otkrića prvog Mirne, lin -4 [4] - [6]. Dopustite-7 obitelj ima 10 članova, uključujući neka-7a na neka-7g, neka-7I, Mir-98 i Mir-202. Dopustite-7 obitelj ima ključnu ulogu u održavanju normalne fiziološke funkcije čovjeka. Na primjer, pri-Mirna od neka-7 obitelji može kombinirati s LIN28 i potiskuju postupak srastanje od Drosha i kockar, dva važna restrikcijskih enzima uključuju u zrelim proces za sve Mirna [7]. Osim toga, rušeći na Drosha enzim za suzbijanje sve zrele procesa Mirne sveobuhvatno, Kumar i suradnici utvrdili da je glavni razlog za aktivaciju i promicanje maligne transformacije stanice bila je smanjena regulacija neka-7 obitelji izrazu [8]. Iako su mnogi prethodne studije doprinijela općenito za ilustraciju biološke funkcije neka-7 obitelji, neke studije su usmjerene na genetičkim varijacijama članova obitelji. U stvari, ako su dvije osobe izabrani nasumce, njihovi genomi može pokazati oko 0,1% raznolikost, od kojih su najčešći raznovrsnosti SNP [9]. Zbog postojanja ove razlike, isti gen može dovesti do različitih ekspresije gena proizvoda koji bi mogao rezultirati različitim podložnosti bolesti, nasljedne fenotipa i prognozi bolesti [10]. Pregled

Prethodne studije su pokazale da je pri-Mirna SNP-ovi mogu se koristiti kao genetskih markera za predviđanje rizika od raka. Na primjer, pri-miR-185 rs2008591 je povezan s rizikom od raka dojke [11]; pri-Mir-34b /c rs4938723 je bio povezan s rizikom od hepatocelularnog karcinoma [12]. U ovom istraživanju, na temelju podataka iz NCBI Bioinformatika baze podataka, prikazan smo sve SNP-ova u primarnoj prekursora području neka-7 obitelji (± 600 bp), i utvrdili da samo četiri SNP-a (pri-neka-7a-1 rs10739971, PRI -let-7a-2 rs629367 i rs1143770, pri-neka-7f-2 rs17276588) imali manje frekvencije alela (MAF) > 5% u kineskoj populaciji, a svi su bili tagSNPs u Hapmap bazi podataka. Do sada, nekoliko studija spominje odnos između četiri tagSNPs i predviđanje bolesti rizika, osim za bolesti shizofrenije [13], ne-malih stanica raka pluća [14] i dijabetičke nefropatije [15]. Njihova potencijalna uloga u predviđanju rizika od raka i dalje je u velikoj mjeri nepoznanica pregled

Rak želuca je drugi vodeći uzrok smrti od raka u svijetu i jedan od najčešćih oblika raka u istočne Azije i kineske populacije [16] -. [18]. Istraživanja su pokazala da je nekoliko Mirna SNP-ovi su povezani s želučanom rizik od raka [19] - [22]. Međutim, da li gore spomenute četiri tagSNPs u Pri-Mirna gena neka-7 su bili povezani s rizikom od raka želuca i atrofični gastritis u kineskoj populaciji, da li se može koristiti kao prediktivni genetički biomarker za rak želuca i specifična mehanizam kako oni reguliraju rizik od bolesti tek treba razjasniti. pregled

U ovoj studiji, prvo procijeniti povezanost između tih četiriju tagSNPs kandidata u pri-neka-7a i osjetljivost raka želuca i njegov prethodnik provodeći dvostupanjski studija slučaja-kontrola na kineskom. U međuvremenu, istraživali smo da li polimorfizam rizika povezan doprinosi prema opstanku pacijenata s rakom želuca. Nadalje, ispitan je učinak polimorfizma rizika povezanog s regulacijskim zreli Mirni ekspresiju u serumu i želučanom tkivu, kao i istražiti njegovo moguće regulatorni mehanizam u modulaciji rizika bolesti i preživljavanje. Do provođenja ovog istraživanja, nadamo se da ćemo predložiti moguće primjene mogućnost istraživanog SNP kao PREWARNING biomarkera za osobe s visokim rizikom od raka želuca i njegove pretkarcinomsku bolesti (atrofični gastritis). Pregled

Metode pregled

Pacijenti i dizajn studija pregled

Ovaj istraživački projekt je odobren od strane Etičkog povjerenstva Prvog sRODNE bolnici medicinskog sveučilišta u Kini, a ispitivanje je podijeljen u tri neovisna, ali povezanih dijelova, uključujući rizik, prognoze i mehanizmi istraživanja , Dio Rizik je bio dvije faze dizajnirani, jedan je screening fazi, a drugi je potvrđen pozornici. Da se razjasni povezanost SNP kandidata s rakom želuca i atrofičnog gastritisa rizika, u fazi screeninga retroaktivno regrutiraju uzoraka, uključujući 338 slučajeva, koji se sastoji od 107 pacijenata rak želuca, 107 atrofičnog gastritisa slučajeva i 124 podudarne kontrole iz Prve SRODNE bolnici kineskog medicinskog sveučilišta između 2005. i 2010. u potvrđene fazi, istražili smo ukupno 1949 predmeta, uključujući 579 želučani karcinom, 649 atrofičnog gastritisa i 721 zdravih osoba iz zdravstveni pregled programa za probir raka želuca u Zhuanghe od provincije Liaoning, Kina ili s pacijentima u Prvo Povezana Hospital of China Medical University, između 2002. i 2013. Svi ispitanici u ovom istraživanju endoskopski i histološki potvrđene. Klasifikacija karcinoma želuca bila podijeljena na crijevne tipa i difuznog tipa za analize podskupina koji se temeljio na Laurenov klasifikacije [23], [24]. Klasifikacija i ocjenjivanje gastritisa temelji se na Obnovljeno Sydney sustava [25], [26]. Ispitanici koji su endoskopski i histološki potvrđene sa normalnoj sluznici ili samo minimalno gastritis bez druge sistemske bolesti ili drugih bolesti želuca služilo kao kontrola. Pismeni informirani pristanak prikupljeni su od pacijenata i povijesti bolesti (uključujući dob, spol, pušenje i konzumiranje alkohola) dobivenih upitnika i zapisi su kompjuteriziranim kao prethodna opisano u [24]. Pregled

Kako bi se dodatno ispitati povezanost polimorfizma rizika povezane s kliničko parametara i preživljavanje u bolesnika s karcinomom želuca, koristili smo podatke o 150 slučajeva raka želuca, čije informacije smrti ili preživljenja bio dostupan. Tumor histološki stupanj je procijenjena svjetskim kriterijima zdravstvene organizacije, a tumori su organizirali pomoću 7. izdanje TNM sustavu Međunarodne unije protiv raka (UICC) /Američki Zajedničko povjerenstvo za rak (AJCC) (2010) na temelju postoperativnog patološkog pregleda , Bolesnici (i) s udaljenim metastazama pronađeno preoperativno, (ii) koji su podvrgnuti postoperativnog radioterapiju ili kemoterapiju, ili (iii) s nepotpunim patološki unosa podataka bili su isključeni iz analize preživljavanja. Praćenje dovršena do kolovoza 2013. Konačno, 150 pacijenata su bili uključeni u analizu preživljenja. Pregled

Za procjenu povezanosti polimorfizma rizika povezane i njegove Mirne izražavanja u serumu, 364 slučajeva, uključujući 164 rakom želuca, 100 atrofični gastritis i 100 zdravih su ispitani. Karakteristike uključenih ispitanika prikazani su u Pomoćna tablica S1. Osim toga, za procjenu povezanosti polimorfizma rizika povezane i njegove Mirne izražavanja u želučanom tkivu, 97 ne-canceous primjerci i 94 želučani kancerogen Uzorci su dobiveni od 97 pacijenata koji su se podvrgnuli gastrektomije na Prvom Affilicated bolnici kineskog medicinskog sveučilišta u razdoblju od 2009. a 2013. godine pregled

subjekta genotipizacija pregled

Genomska DNA je dobivena kao što je ranije opisano s nekim izmjenama [27]. Test genotipizacija je provedena CapitalBio (Peking, Kina) pomoću Sequenom MassARRAY platformu (Sequenom, San Diego, CA, USA) kao što je prethodno opisano [24]. 5% ukupnog uzorka su u više navrata genotipizirane, a stopa podudarnost bila je 100%, što pokazuje da je genotipizacija bile su točne. Detaljne materijali su prikazani u dodatnoj metode. Pregled

Detekcija seruma H. ​​pylori IgG titra pregled

Prema postupku opisanom u literaturi [28], serum H. pylori pregled -lgG titar je otkriven imunoenzimskim (ELISA, Helicobacter pylori IgG kit, Biohit, Helsinki, Finska). Detaljne materijali su prikazani u dopunskim metodama. Pregled

ekstrakcija RNA i real-time PCR reakcije za Mirne izražavanja in vivo pregled

Mirna izvađen Metoda iz seruma i tkiva kako je opisano od strane literatura [29] s nekim izmjenama. Reakcija reverzne transkripcije je korišten jedan korak premijer Script Mirna cDNA (Perfect Real Time) Kit (TAKARA Biotehnologija Co, Ltd, Dalian, Kina) i real-time PCR reakcija je korišten miRcute Mirna qPCR otkrivanje kit (SYBR) (TIANGEN Biotech Co ., Ltd, Peking, Kina). Detaljne materijali su prikazani u dopunskim metodama. Pregled

Prijelazna transfekcija i real-time PCR reakcije za Mirne izražavanja in vitro

Komercijalna plazmida ekspresije pCMV-MIR-neka-7a-2 rs629367- C je kupljen od Origene Company (Origene Biotech Co, Ltd, Shanghai, Kina). Ovaj plazmid je proveo site-specific mutageneze na -216 od C do A (pCMV-neka-7a-2 rs629367-a) Sainuo Company (Sainuo Biotech Co, Ltd, Peking, Kina) i potvrđena sekvenciranje. A stanične linije kandidati su sekvencirani da genotip PRI-neka-7a-2 rs629367 stranice istražiti da li je bilo varijanta tog rs629367 polimorfizma stranice. Zatim, stanične linije divljeg tipa i ujedno najniža dva neka-7a izraz, SGC-7901 i AGS, odabrani su za transfekciju (Više informacija vidi Dopunski Metode i dopunskih Slika S2). Ljudski linijske stanice karcinoma želuca, AGS je kupljen od ATCC, American Type Culture Collection, SAD i SGC-7901 je kupljen od stanična banka Kineske akademije znanosti, Šangaj, Kina. Nakon 72 sata, ukupna RNA stanica je ekstrahiran i real-time PCR je nekad otkriven neka-7a izražavanja nakon reverzne transkripcije, kako bi se usporedila zreli neka-7a produkciji pCMV-neka-7a-2 rs629367-A vs pCMV-neka-7a-2 rs629367-C. pregled

Statistika pregled

studirali četiri Mirna polimorfizmi su testirane Hardy-Weinberg ravnoteže (HWE) među kontrolama. Kontinuirane varijable su prikazani kao srednja vrijednost ± standardna devijacija (SD), au odnosu analizom varijance, dok su diskretne varijable predstavljeni kao frekvencija i postotaka i uspoređene X2 testa [24]. Multivarijatna logistička regresija sa prilagodbe za dob, spol i H. pylori pregled, infekcija se koristi za procjenu povezanost između Mirne polimorfizama i rizika bolesti. Zbog pušenja i konzumiranja alkohola imale gotovo trećina podaci nedostaju nisu bili prikladni kao čimbenika prilagodbe, već samo kao stratificirani faktora za analizu povezanosti između Mirne polimorfizama i rizika bolesti. Jednosmjerna i multivarijatna opstanak analize provedene su po log-rank testa i Cox proporcionalnih rizika modela. Krivulje preživljavanja su mapirani pomoću Kaplan-Meier metodi. Multivarijatna analiza preživljenja provedena je dodavanjem SNP svim kliničkopatološkim parametara s P izvoznici < 0.05. Osim toga, kopije Mirni su korišteni LG vrijednost za normalnu razdiobu, a učinak Mirna polimorfizama na svojim razinama ekspresije su testirane su analizom varijance (ANOVA). Korelacija neka-7a izražavanja u serumu i tkivima je prikazan kao koeficijentom korelacije od strane analize korelacije. Statistička analiza provedena je pomoću SPSS verzija 16.0 softvera (SPSS, Chicago, IL, SAD), te u fazi screeninga, P vrijednosti < 0,10 smatrana je značajnom dok su sve druge analize smatralo P vrijednosti. ≪ 0,05 kao značajan pregled

Rezultati

Glavni učinak Mirna polimorfizama na rak želuca i atrofični gastritis rizika Netlogu

frekvencije genotipova istraživanog SNP u fazi screeninga su prikazani u tablici 1, a electrophoretogram i sekvencioniranje figura ove četiri Mirna polimorfije genotipovi pokazali su se u dodatnoj slici S1. pri-neka-7f-2 rs17276588 bila isključena iz daljnje analize jer se odstupilo od HWE. Dva SNP smatrani promisingly da je povezana s rizicima bolesti: a varijanta genotip frekvencije pri pusti 7a-1 rs10739971 između atrofični gastritis i kontrolne skupine pokazala je statistički značajna razlika (27,1% vs 13,7%, P pregled = 0,018, Tablica 1), a varijante genotip frekvencije pri-neka-7a-2 rs629367 između karcinoma želuca i kontrolne skupine je također pokazala razlika (1,9% vs.6.5%, P pregled = 0,094, tablica 1) , Smatrali smo vrijednost p < 0,10 kao značajan i odabrana ova dva obećavaju SNP mjesta u validirane fazi pregled

Kako bi potvrdili povezanost pri-neka-7a-1 rs10739971 i pri-neka-7a-2 rs629367 polimorfizama. rak želuca i /ili atrofičnog gastritisa rizika, ponovno smo ocijenili ova dva SNP-ova u još 1949. slučajevima u proširenoj potvrđene fazi. Frekvencije polimorfizama u svim uzorcima prikazane su u Pomoćna tablica S2. Zdravih kontrola frekvencije podudaraju s rakom želuca i atrofičnog gastritisa predmeta po starosti (± 5 godina) i spol (1:1). Nakon frekvencije podudaranja, samo 501 rak želuca i 501 kontrola za želučane analize rizika raka i 612 atrofični gastritis i 612 kontrola za atrofični gastritis analizu rizika konačno su uključeni. U proširenoj potvrđene fazi, varijanta genotip frekvencije pri-neka-7a-2 rs629367 između karcinoma želuca i kontrolne skupine su se statistički razlikovale (6,4% vs 4,0%, Tablica 1). U usporedbi sa zajedničkim AA genotipa, varijanta CC genotipa bila je povezana s 1,83 puta povećan rizik od karcinoma želuca ( P pregled = 0.048, 95% CI = 1,01-3,32, tablica 1), a bio je i povezan s 1,86 puta povećan rizik od atrofični gastritis ( P pregled = 0,032, 95% CI = 1,06-3,28, tablica 1). Osim toga, varijanta CC genotipa bila je povezana s 1,93 puta povećan rizik od atrofični gastritis u usporedbi s (AA + AC) genotipova ( P pregled = 0,021, 95% CI = 1,11-3,36, tablica 1) Međutim, nismo promatrati statistički značajnu povezanost između pRI-neka-7a-1 rs10739971 i bolesti rizika u validirane fazi. pregled

Slojevito analiza i međudjelovanje analiza pregled

Kako bi se dodatno istražiti potencijalni utjecaj na dob, spol i okolišni čimbenici poput statusa H. pylori pregled, infekcije, pušenje i alkohol za piće na genetskom smislu, proveli smo slojevitih analize za pri-neka-7a-1 rs10739971 i pri-neka-7a-2 rs629367 polimorfizmi na temelju tih faktora (Tablica 2). Uočili smo različite učinke pri-neka-7a-2 rs629367 o riziku bolesti u različitim podskupinama. Statistički povezanost između CC genotipa i povećanog rizika atrofični gastritis pronađeni su kod ženki ( P
= 0.025, ili [95% CI] = oko 2.59 [1.13-5.92]), H. pylori pregled serološki negativni podskupinu ( P pregled = 0.036, ili [95% CI] = 1,97 [1,05-3,73]), a ne za piće podskupini ( P pregled = 0,023 ILI [95% CI] = 2,44 [1,13-5,26]). Osim toga, Ustavni sud genotip je utvrđeno da je povezan s povećanim rizikom od nastanka karcinoma želuca u bolesnika s godinama ≦ 50 godina ( P pregled = 0,026, ILI [95% CI] = 6,02 [1,24 do 29,10]) i H. pylori pregled serološki negativni subpopulacija ( P pregled = 0,036, ILI [95% CI] = 2,02 [1,05-3,90]). Međutim, kada smo izvršili analizu interakcija između rs629367 SNP-a i H. pylori pregled, infekcije, pušenje i alkohol za piće, bez statistički učinak interakcije pronađen ( P pregled _{interakcija = 0.786 i 0.382, odnosno, vidi Pomoćna tablica S3). Nema značajne povezanost između pri-neka-7a-1 rs10739971 i raka želuca ili atrofičnog gastritisa rizika u bilo stratificirani analize. Pregled}

Korelacija pri-neka-7a-2 rs629367 polimorfizam i kliničko parametri i duljina preživljavanja od pacijenata s rakom želuca

Zbog promatranje statistički značajne povezanosti između rs629367 i raka želuca i atrofični gastritis rizika u glavnoj snazi ​​analizira i stratificirani analize, možemo dodatno istražiti da li je rizik povezan s rs629367 korelira s kliničko fenotipom i prognostički preživljavanja od raka želuca. Rezultati su pokazali da postoji značajna korelacija tog SNP je pronađena kliničkopatološkim parametrima, uključujući veličinu tumora, mjesto tumora, vrsti Borrmann, histološki tip, tip Lauren, TNM stadiju, uzorak rasta, dubini invazije, limfne metastaze, H. pylori pregled infekcije status, pušenje, opijanje i obiteljska anamneza ( P pregled i 0,05, vidjet Pomoćna tablica S4), ali to SNP je pronađena povezana s preživljavanjem raka želuca. Genotipa nositelji CC pokazao nepovoljan opstanak (CC vs AA: 22,2 mjeseci u odnosu 32.0 mjeseci) i povećane sati za pacijente želučanog raka u univarijantne analize (CC vs AA: P pregled = 0,011, HR [95% CI] = 3,39 [1,33-8,65] CC vs AA + AC: P pregled = 0,005, HR [95% CI] = 3,51 [1,45-8,49] Tablica 3 i Slika 1-a i - B). Prilagodbom za nekoliko kliničkopatološkim parametara koji su bili potencijalni čimbenici koji korelira s preživljavanjem raka želuca ( P
≤0.0001 za veličinu tumora, vrsti Borrmann, TNM stadiju, dubini invazije i limfne metastaze, vidi Pomoćna tablica S5), statistički povećana HRS-a su također dobiti za CC prijevoznika u multivarijatne analize (CC vs AA: P pregled = 0,004, HR [95% CI] = 4,48 [1,60 do 12,60] CC vs AA + AC: P pregled = 0,001, HR [95% CI] = 4,69 [1,84 do 11,95], tablica 3). pregled

Korelacija rs629367 i zrele neka-7a izraz u serumu i tkiva Netlogu želuca

da bi se dobio uvid u mogući mehanizam rs629367 polimorfizma u vezi s rakom želuca, mi dodatno istražiti zreli neka-7a izraz in vivo i in vitro. Karakteristike pacijenata odabrani za proučavanje izraza u serumu i tkivima su prikazani u Pomoćna tablica S6. U razini u serumu, stratificiran prema različitim bolestima, otkrili smo da su u atrofični gastritis skupini, zreli neka-7a izraz rs629367 AA, CA, CC genotip pokazao tendenciju postupno povećava, a ta razlika je imala statističku značajnost (3,30 ± 0,56 vs . 3,52 ± 0,55 vs. 3,76 ± 0,34, P pregled = 0,043 Tablica 4, Slika 2-A). U razini tkiva, analizirali smo učinak na genotipova neka-7a SNP na svojoj zreloj neka-7a izražavanja u želučanom tkivu raka, i otkrio rs629367 AA, CA, CC genotipa također pokazala tendenciju postupno povećanje, iako ta razlika nije statistički značaj (Tablica 4). pregled

zrelo neka-7a izraz pCMV-MIR-pri-neka-7a-2 rs629367-a i C pregled

Prvo, stanične linije kandidati su sekvencirani da genotip pRI-neka-7a-2 rs629367 stranicu i otkrili da su ovi kandidat stanične linije su svi rs629367 divljeg tipa (vidi Dopunski Slika S3). U vitro razini, SGC-7901 i stanične linije AGS su transinfected u dva plazmida, pCMV-MIR-pri-neka-7a-2 rs629367-A i pCMV-MIR-pri-neka-7a-2 rs629367-C. Nakon 72 sata, zreli neka-7a ekspresija imala signifikantnost SGC-7901 stanične linije ( P pregled i 0,001, Slika 2-B). Varijanta C alela izrazili veću neka-7a u usporedbi s drevnim A alela. Stanična linija AGS nemam statističku značajnost, a samo su pokazali tendenciju u skladu sa SGC-7901 (vidi Dopunski Slika S4). Pregled

Rasprava pregled

Na temelju različitih studija o zrele miRNAs funkcije [30], to je dobro prihvaćeno da je Mirna igraju važnu ulogu u razvoju raka kao "onkogena" ili "supresorski gen tumora" [31]. Međutim, odnos između Mirne varijante i rizik od raka, kao i prognozu još treba razjasniti [32]. U ovom istraživanju smo izvijestili, po prvi put, distribucija frekvencije od četiri Mirna tagSNPs (PRI-neka-7a-1 rs10739971, pri-neka-7a-2 rs629367 i rs1143770, pri-neka-7f-2 rs17276588) u sjevernim kineski. Nadalje potvrdio je obećavajuće polimorfizma mjesta u neovisna i proširena uzorke i našli varijanta CC genotipom pri pusti 7a-2 rs629367 povećan rizik od raka želuca i atrofični gastritis do 1,83 i 1,86 puta, kao i povezana je s lošom opstanak pacijenata oboljelih od raka želuca. Mi dodatno istražiti učinak pri-neka-7a-2 rs629367 na svom izričaju i mogućih mehanizama, kao i to da je mehanizam mogao s obzirom na izmjeni zreli neka-7a izražavanja, što na kraju može mijenjati osjetljivost i prognozu za želuca Rak. Prema našim saznanjima, ovo je prvo izvješće o odnosu rs629367 SNP s osjetljivošću i prognozi raka želuca. Pregled

Kao što znamo, genetske varijacije, koje se javljaju u Mirni gena uključujući njihove pri- i pre-Mirna regijama , će imati priliku da utječe nekoliko bioloških puteva i učestalost utjecaj bolesti [33]. Dakle, pri- i pre-Mirna polimorfizmi mogu se koristiti kao genetskih markera za predviđanje raka rizika [32], [34], koji imaju više prednosti i prednosti nego kodiranje polimorfizama gena na predviđanje potencijala jer miRNAs često nalazi u povezane s rakom genomske regije [35] i mogu reguliraju gotovo sve genima [36]. Nedavno su razne studije usmjerene na pre-Mirna polimorfizama koji se nalaze na matičnim petlje, kao što su pre-Mir-196a2 rs11614913 [37], pre-Mir-146A rs2910164 [38], pre-Mir-499 rs3746444 [39], [40], unaprijed Mir-149 rs2292832 [41], pre-Mir-27a rs895819 [42]. Zbog složenosti RNA svemirske strukture, veća pozornost pridana SNP na pri-Mirna. Predstavnik pri-Mirna SNP bili pri-Mir-185 rs2008591 povezan s rakom dojke [11], pri-Mir-34b /c rs4938723 povezane s hepatocelularnog karcinoma [12], pri-Mir-30C rs928508 [22] i pri-MIR -938 rs2505901 [43] povezane s rakom želuca. neka-7 obitelji bili većina prethodnih identificiranih miRNAs [4] i igraju ključnu ulogu u održavanju normalne fiziološke funkcije čovjeka. Korištenjem NCBI bioinformatičkih baze podataka, pronašli smo 4 SNP-ova u primarnoj prekursora području neka-7 obitelji (pri-neka-7a-1 rs10739971, pri-neka-7a-2 rs629367 i rs1143770, pri-neka-7f-2 rs17276588) imali manje frekvencije alela (MAF) > 5% u kineskoj populaciji, koji su svi bili tagSNPs ali njihovi potencijalni predviđanje uloge su nejasni. U ovom istraživanju, ispitivanjem i potvrđivanje dvije faze studije prvo smo otkrili da su, među 4 tagSNPs, pri-neka-7a-2 rs629367 polimorfizma bila povezana s osjetljivošću od raka želuca (u varijanti CC genotipa pri-neka-7a-2 rs629367 povećan rizik od raka želuca i atrofični gastritis do 1,83 i 1,86 puta). Ovaj pri-neka-7a-2 rs629367 SNP je bio smješten u nizvodnom 3'-UTR, koja je bila najbliža SNP sa zrelim Mirna gena među četiri skrining SNP-ova, i to će biti novi biomarker u predviđanju želučane rizik od raka.

Mi i dalje obavlja univarijatna i multivarijatne Cox proporcionalnih rizika regresijsku analizu podataka follow-up za istraživanje udruženja pri-neka-7a-2 rs629367 SNP sa ukupno preživljenje pacijenata s rakom želuca. Dosljedno značajni rezultati su uočeni od univarijatne i multivarijatne Cox modela (tablica 3). PRI-neka-7a-2 rs629367 varijanta CC genotipa nositelji su pokazali povećan HR s P pregled-vrijednost od 0,011 (HR = 3,39) i 0.005 (HR = 3,51) u usporedbi s AA divljeg tipa i AA + AC genotip, odnosno u univarijantne analize. Budući da je nekoliko kliničkopatološkim parametara značajno pridonio ukupnom preživljavanju od raka želuca ( P
≤0.0001 za veličinu tumora, vrsti Borrmann, TNM stadiju, dubini invazije i limfne metastaze), proveli smo analizu s podešavanjem za one potencijalne čimbenike u multivarijatna analiza. Na kraju, otkrili smo P pregled-vrijednost ovog rs629367 SNP bio značajniji i statistički HRS-a su također povećane (CC vs AA: P pregled = 0,004, HR = 4,48; CC vs AA + AC: P pregled = 0,001, HR = 4,69, respektivno), što ukazuje da pri-neka-7a-2 rs628367 može biti neovisan čimbenik rizika za želučane prognozu raka

Nekoliko studija. otkrila je da Mirna polimorfizmi narušiti obradu Mirne i izraz zrele Mirne i igraju važnu ulogu u procesu karcinogeneze [12], [33]. Da bi se dobio uvid u mogući mehanizam rs629367 polimorfizma u vezi s rakom želuca, u ovoj studiji istraživali smo utjecaj pri-neka-7a SNP na zreli neka-7a izražavanja in vivo i in vitro. Kontroliranje za faktor bolesti, našli smo se u serumu atrofični gastritis skupine, zreli neka-7a izraz rs629367 AA, CA, CC genotip pokazao je značajan postupno povećavati ( P pregled = 0,043, tablica 3). To bi moglo djelomično objasniti fenomen da je varijanta CC genotipa rs629367 imao višu frekvenciju distribucije u atrofični gastritis skupini nego u kontrolnoj skupini (6,2% vs 3,9%, Tablica 1). Odnos rs629367 CC genotipa s povećanim rizikom atrofični gastritis pokazali da je ovaj SNP bio povezan s atrofični gastritis pa čak i rakom želuca po mogućnosti izmjeni zrele Mirna izraza, koji na taj način utječe na osjetljivost na rak želuca. Na temelju razine ekspresije in vivo, mi i dalje izgradio izražene plazmida koji sadrže pri-neka-7a-2 rs629367 divljeg tipa A alela i varijanta C alel kako bi se promatrati zrele neka-7a ekspresiju dva različita alela. Otkrili smo da je nakon transinfection, SGC-7901 stanice koje sadrže pCMV-MIR-pri-neka-7a-2 rs629367-C alela pokazuje veći zreli izraz neka-7a nego što je alela ( P izvoznici < 0,001, slika 1). Rezultat dobiven iz vitro eksperiment koji odgovara s onima u vivo, koji pokazuju da pri pusti 7a-2 rs629367 polimorfizam može utjecati na zreli neka-7a ekspresiju i mijenja osjetljivost na rak želuca. Nekoliko studija je izvijestio da neka-7a je tumor supresor [44], [45]. Nagađa smo da je varijacija od A do C možda gubitkom svoje izvorne funkcije tumora suzbijanja, što bi moglo promijeniti rak želuca osjetljivost i dovodi do lošeg preživljavanja za prognozu. pregled

Rak želuca je nizom čimbenika bolest uzrokovana genetskom predispozicijom kao i okolišni čimbenici [46]. Da bi istražili mogući utjecaj dobi, spolu i okolišni čimbenici poput statusa H. pylori pregled, infekcije, pušenje i alkohol pije na genetskom smislu, možemo dalje analiziraju učinke mogućih čimbenika utjecaja na ovu pri-neka-7a -2 rs629367 SNP i našao pri-neka-7a-2 rs629367 bio povezan samo s rizicima bolesti u H. pylori pregled serološki negativni bolesnici skupina, a ne za piće grupe. U H. pylori pregled serološki negativnih bolesnika, ORS za organizaciji rs629367 SNP-a i atrofični gastritis i želučanog rizika od raka povišenim biti 2,12 i 1,97 puta, što je više nego ORS na cijelom slučajeva (1,83 i 1,86 fold, respektivno) , Međutim, nije bilo statistički značajna razlika u H. pylori pregled serološki pozitivnih pacijenata. Isto tako, ovaj fenomen je također promatrana u stratificiranom analizi piće: u ne-piće skupine, ili za udruge rs629367 SNP-a i atrofični gastritis rizik povišen biti 2,39 puta, dok nije bilo statistički značajna razlika u pitkoj grupi. To može biti zato što je H. pylori pregled i piće bili su povezani s incidencijom karcinoma želuca. Brenner et al. su pretpostavili da je H. pylori pregled je nužan uzrok raka želuca [47], a Tramacere et al. utvrdio da postoji jaka veza između pijenja i učestalost raka želuca [48], [49]. Stoga je uklanjanje tih dvaju čimbenika okoliša napravio ORS više nego analizirajući cijelu uzoraka.

• PLoS ONE: NOD-like receptora Signalizacija Put u Helicobacter pylori infekcije i srodnih rak želuca: case-control studija i Gene Expression Analyses
• PLoS ONE: Laparoskopska Slezena očuvanje slezene Hilar Limfadenektomija Izvodi Nakon Perigastric Fascias i Intrafascial Prostor za napredno Gornja trećina želuca Cancer