PLoS Genetics: Мутации в зародышевой линии MAP3K6 связаны с наследственная Желудочный Cancer

Абстрактный
<р> Рак желудка является одной из ведущих причин смертности от онкологических заболеваний во всем мире. В то время как наследственные формы рака желудка относительно редки, идентификации генов, ответственных за таких случаев может сообщить диагноз и лечение обоих наследственных и спорадических случаев рака желудка. Мутации в гене Е-кадгерина, CDH1
, составляют 40% от наиболее распространенной формой семейного рака желудка (ФСК), наследственный диффузный рак желудка (HDGC). Гены, ответственные за остальных форм ФСК в настоящее время неизвестны. Здесь мы исследовали большую семью из морской Канады с ФСК без CDH1
мутации, и определили вариант зародышевой линии кодирования (p.P946L) в митоген-активированной протеинкиназы киназы киназы 6 ( MAP3K6
) , На основе сохранения, предсказал патогенность и известную роль гена в предрасположенности рака, MAP3K6
считался сильным кандидатом и был исследован далее. Скрининг дополнительных 115 неродственных индивидуумов с не- CDH1
ФСК определили p.P946L MAP3K6
вариант, а также четыре дополнительных варианта кодирования в MAP3K6
(стр. F849Sfs * 142, p.P958T, p.D200Y и p.V207G). Соматическая второй хит вариант (p.H506Y) присутствовал в ДНК, полученной от одного из образцов опухолей, а также свидетельства гиперметилировании ДНК в пределах <ЕМ> MAP3K6
ген наблюдалась в ДНК из опухоли другого больного лица. Эти результаты, вместе с предыдущими доказательства из моделей мыши, что MAP3K6
действует как подавитель опухоли, а также исследования, показывающие наличие соматических мутаций в MAP3K6
в ненаследственных рака желудка и рака желудка клетки линии, точки в направлении MAP3K6
варианты как предрасполагающим фактором для ФСК.

Автор Резюме
<р> лежащие в основе генетических мутаций, участвующих в 60% наследственных случаев рака желудка остается неизвестным. Здесь мы представляем большую, расширенную родословная с семейной раком желудка и ассоциации в составе семьи с мутацией в MAP3K6
. Сохранение, предсказал патогенность варианта, распределение в тканях, а также известная функция MAP3K6
сделал это сильный кандидат, который требует дальнейшего изучения. Исследование еще 115 неродственных пробандов выявлены дополнительные мутации в MAP3K6
, в том числе усечение мутации
<р> Цитирование:. Гастон D, Хансфорд S, Оливейра C, Соловей М, Н Пиньейру, MacGillivray C, и другие. (2014) Половые Мутации в MAP3K6
связаны с наследственная рака желудка. PLoS Жене 10 (10): e1004669. DOI: 10.1371 /journal.pgen.1004669
<р> Редактор: Маршалл С. Хорвиц, Университет штата Вашингтон, Соединенные Штаты Америки
<р> Поступило: 3 марта 2014 года; Принято: 14 августа, 2014 года; Опубликовано: 23 октября 2014
<р> Copyright: © 2014 Гастон и др. Это статья с открытым доступом распространяется в соответствии с условиями лицензии Creative Commons Attribution, которая позволяет неограниченное использование, распространение и воспроизведение на любом носителе, при условии, что оригинальный автор и источник кредитуются

Финансирование:. Следующий учреждения при условии, что финансирование этого проекта: Геном Канада, Геном Atlantic, Фонд Nova Scotia исследований в области здравоохранения, Новая Шотландия научных исследований и инноваций Trust, Дальхаузи медицинский факультет, Дальхаузи отделение офтальмологии, Министерство здравоохранения Канады, центр по исследованиям и разработке лекарственных средств, округ капитала здоровья орган, IWK центр фонда здравоохранения, Фонд исследований в области здоровья капитала и СОРЕВНУЙТЕСЬ /FEDER Португальский Фонд науки и технологии (ПКТ), Проекты Ref. ПКТ PTDC /SAU-GMG /110785/2009 и пост-док грант SFRH /BPD /79499/2011 для HP "financiados нет Ambito сделать Programa Operacional Temático Factores де Competitividade (СОРЕВНУЙТЕСЬ) е comparticipado Pelo Fundo Comunitário Europeu Федер." MES поддерживается по CHU Ste-Жюстин центр по исследованиям. Авторы хотели бы отметить вклад: генома Квебек высокого секвенирования платформы; и Соня Соуза и Хосе Карлос Мачадо из группы IPATIMUP диагностики, Порту, Португалия. Доноры не играет никакой роли в дизайн исследования, сбора и анализа данных, решение о публикации или подготовки рукописи
<р> Конкурирующие интересы:.. Авторы заявили, что не существует никаких конкурирующих интересов

Введение
<р> рак желудка является второй ведущей причиной рака, связанных смерти во всем мире с 738,000 смертей в год [1]. Первичная обработка состоит из хирургической резекции опухоли и может сопровождаться химиотерапии и /или лучевой терапии. Показатели 5-летней выживаемости после хирургической резекции являются высокими, если болезнь выявлена ​​на ранней стадии (71% для стадии 1А), однако, они уходят быстро, когда диагноз поставлен на более поздних стадиях (46% стадии IIA, 20% стадии IIIA, 4% этап IV) (ГЭЭ базы данных Национального института рака, октябрь 2013 г.). К сожалению, поскольку ранние симптомы рака желудка близко напоминают другие заболевания, обнаружение часто не происходит до тех пор, пока на продвинутой стадии уже достигнуты [2]
<р> Классически, рак желудка был разделен на два типа:. Кишечная и диффузные [ ,,,0],3]. Кишечная форма возникает спонтанно и чаще всего встречается у лиц пожилого возраста, в то время как диффузная форма часто встречается у молодых людей, и могут быть связаны с семейной историей рака желудка. Популяции с более высоким уровнем распространенности хронического Helicobacter Pylori
инфекции, как правило, имеют более высокий желудка бремя рака [4]. Большинство рака желудка (90%) являются спорадическими, но примерно 10% шоу семейная кластеризация [5]. Только 1% до 3% обусловлены наследственным синдромом, в отличие от экологических факторов, таких как общие практики питания [5]. Наиболее хорошо создана семейная форма рака желудка является наследственным диффузный рак желудка (HDGC [MIM ​​137215]), где около 40% случаев связано с зародышевой мутацией в гене, кодирующем E-кадгерина, CDH1
[6 ] - [9].
<р> Мы констатировали большую семью из морской Канады с историей наследственная рака желудка (ФСК), где отображаются кажущуюся аутосомно-доминантный тип наследования, но не неся при этом никакой варианты в кодирующей области CDH1
гена. В то время как семья отображает многие черты, характерные для HDGC, существует разнообразие клинических проявлений в семье, а также преклонный возраст начала заболевания, поэтому мы решили просто сослаться на состояние как ФСК над более строго определенной HDGC. Геномная отображение общих наследственных регионов среди пострадавших членов семьи, а затем весь-секвенирование экзома, привело к идентификации зародышевой одного нуклеотида варианта (SNV) в митоген-активированной протеинкиназы киназы киназы 6 ( MAP3K6
, ASK2
, MAPKKK6
, MEKK6
, ENSG00000142733), ген, кодирующий член серин /треонин протеинкиназы семейства. Несколько в силикомарганца
методов предсказывали в MAP3K6 СНВ, чтобы нанести ущерб белка, и предыдущие исследования с MAP3K6
дефицитных мышей [10], а также возникновение мутаций в этом гене в как первичные опухоли желудка и рака желудка линии клеток рака [11], были совместимы с мутациями в MAP3K6
гена, являющихся причинным мутации. Секвенирование ДНК, выделенной непосредственно из фиксированного образца опухоли одного человека продемонстрировали наличие де Novo
второй хит вариант в MAP3K6
. Скрининг еще 115 несвязанных образцов ФСК, а также отрицательным для CDH1
мутаций, выявили пять человек с четырьмя дополнительными SNVs в MAP3K6
, которые также были предсказаны патогенными, а также неродственного человека с SNV, идентифицированного в семье из морской Канады. Возраст начала неодинаковы MAP3K6
перевозчиков SNV в пяти семьях, и один не развился рак даже на поздней стадии жизни, что предполагает неполную пенетрантность. Это первый доклад наследственного рака в результате SNVs в MAP3K6
.

Результаты

Клиническое и Патологическое
оценка <р> Мы констатировали большой морской канадский семья европейского происхождения в ходе рутинной клинической оценки в клинике рака Наследственные в составе морской службы медицинской генетики в Центре IWK здравоохранения в Галифаксе, Новая Шотландия, Канада (рисунок 1). Слюна, кровь, или формалином фиксированных парафином (FFPE) Образцы были получены из 6 членов семьи с раком желудка, а также 27-незатронутых родственников и одного женатого в личности. Ни один единокровность не подозревался в этой родословной.
<Р> пробанда, пострадавших от частных лиц 1884 года, был поставлен диагноз метастатического рака желудка и подвергся тотальной гастрэктомии в возрасте 51. Патологическая экспертиза показала слабо дифференцированной аденокарциномы, возникающие в полости желудка в фоне кишечной метаплазией и хронический гастрит. Опухоль состоит из листа перстневидно клеток (рис 2C и D). Карцинома проник через всю толщину мышечная с участием серозную слой. Нет доказательств H. пилори
был замечен.
<р> материнская тетя пробанда, в индивидуальной 1826, был поставлен диагноз рака желудка в возрасте 80 лет и прошли частичную гастрэктомию. Патологическая экспертиза показала умеренно дифференцированной аденокарциномы слабо вторжении в мышечная (рис 2А). Опухоль преимущественно состоит из липких гнезд неопластических клеток с редкими железистой формации. Опухолевые клетки с формами перстневидно клеток были замечены в твердых областях (рис 2В). Слизистую оболочку желудка рядом с опухолью показал фокусного кишечной метаплазии без признаков H. пилори

. <р> В возрасте 76 лет желудок биопсия другой тёти по материнской линии к пробанда, индивидуальный 1841, как сообщается, умеренно дифференцированная аденокарцинома с железистой формации. H. пилори
был идентифицирован в фоновом режиме слизистой оболочки желудка. Секция небольшая биопсия была доступна для повторной экспертизы. Хотя этот образец был слишком мал для полной классификации, она показала липких гнезда опухолевых клеток с небольшими очагами железистой образования в соответствии с плохо дифференцированной аденокарциномы. Были некоторые опухолевые клетки в образце, показывающие четкую цитоплазму, но они не могли быть окончательно классифицированы как перстневидно клетки.
<Р> Биопсия желудка в возрасте 82 лет 1844 пациента, мать пробанда, в показал слабо дифференцированной аденокарциномы с перстневидно функции. Фон Слизистая показали наличие H. пилори
и неоднородными кишечная метаплазия.
<р> Пациент 1845 года, первый-кузен когда-то удалены к пробанда, был диагностирован в возрасте 59 лет с недифференцированной карциномы без признаков перстнем. Опухоль была связана с плотной лимфоидной инфильтрацией и лучше всего классифицировать как лимфоэпителиальных карциномы. H. пилори
не был замечен в соседней нормальной слизистой оболочки. Опухоль была положительной для двух интронных вариантов в CDH1
оба из которых, как ожидается, будет доброкачественные (NM_004360.3: c.688-83G > А и c.2439 + 52G > A)
<. р> Пациент 2447, третий двоюродный брат, был диагностирован в возрасте 44 лет с плохо дифференцированной аденокарциномы без признаков перстневидно клеток. Прилегающая слизистая желудка показал обширный кишечной метаплазии. Там не было никаких доказательств H. пилори
.
<р> После скрининга панели 115 пробандов с не- CDH1
семейного рака желудка, не связанная с семьей из Португалии был добавлен в нашем исследовании (рис 3А). Индивидуальный II-6 был поставлен диагноз рака желудка в возрасте 62 лет, имеющие слабо дифференцированный аденокарциномы желудка и наличие перстневидно клеток. Анализ Immunohistochemistry показал положительную мембранную окрашивание Е-кадгерина в опухолевые клетки (рис 3C), в том числе перстневидно клетки (рис 3б). Связанные с этим индивидуумы I-4, II-1, и II-7 был диагностирован рак желудка (гистологии деталей неизвестных) в возрасте 53, 62 и 52 соответственно. Все четыре человека, в португальской родословной умер от болезни в течение 5 лет после установления диагноза в этой семье. В Приморском канадской семье, 1884, 1844 и 1841 умер от болезни в течение одного года после постановки диагноза.
<Р> Рак желудка описано для пациентов 1845 и 2447 не имел перстни не наблюдалось, и был поставлен диагноз в более раннем среднем возрасте ( 52 в сравнении с 72, хотя у пробанда был поставлен диагноз в возрасте 51). На основании различий в гистологии, в частности, отсутствие перстневидные клетки в 1845 году и 2447 по сравнению с другими больных людей, то возможно, что болезнь у этих двух индивидов представляет собой своеобразное состояние. В качестве альтернативы возможно, что семья проявляет более сложный характер фенотипической гонят двух (или более) генов.

Молекулярное картирование и исключение известных и генов-кандидатов
<р> Несмотря на то, на 30-40% случаев HDGC связаны с мутациями в CDH1
, отсутствие мутации в кодирующих белок экзонов CDH1
были найдены в пострадавших лиц из морской канадской семьи. Для выявления патогенного локусы в этой семье, высокой плотности SNP-генотипирования с использованием Illumina массивы проводили на пяти больных людей: матери пробанда (в 1844 г.), два пострадавших теток по материнской линии (1826 и 1841), а также двух дальних родственников (1845 и 2447) а также ряд связанных с ними лиц, не имеющих Зарегистрированная заболеваемость раком, чья любовь статус трактуется как неизвестная (1907, 1924, 1821 и 1822). Для всех лиц, за исключением 1845 генотипирования данных была доступна на 2,5 миллиона маркеров. Индивидуальные 1845 ранее генотипирование при плотности 660K, и не смог быть повторно проведено генотипирование при более высокой плотности. Нет ДНК подходит для SNP генотипирования был получен из образца FFPE пробанда (1884 г.). Используя эти данные, мы выполнили как непараметрические и параметрический анализ сцепления с помощью Мерлина [12]. Учитывая поздний возраст начала во многих затронутых членов семьи, пенетрантность в морской родословной неизвестно. Для того, чтобы быть консервативным в выявлении геномных областей, представляющих интерес, две доминирующие модели пенетрантностью (50% и 99% пенетрантностью) с использованием пострадавших лиц 1826, 1841, 1844 и 2447 (и лиц, 1907, 1924, 1821 и 1822 с неизвестным статусом привязанности ) были использованы. Геномные области, идентифицированные при параметрическом анализе сцепления в целом согласуются друг с другом вне зависимости от параметра, выбранного пенетрантности (таблица 1). Анализ был повторен с индивидуальной 2447 рассматривается как неизвестно, анализировать только уменьшенную родословной, где 2447 и 1845 рассматривались как потенциальные фенокопий (таблица 2). Это привело к снижению общей оценки LOD для всех регионов, указанных, а также все более и более крупных регионов в среднем, охватывающий большую часть генома.
<Р> Мы также провели непараметрический связь (NPL), метод с меньше основные предположения о базовой модели наследования, используя пострадавших лиц 1826, 1841, 1844 и 2447 (племенные шириной) или с удалением 2447 в качестве потенциального фенокопии, указав их быть неизвестным статусом (суб-породной). Племенные широкий геномные интервалы были в основном соответствуют тем, которые определены с использованием двух параметрических моделей (таблица 3). Исключение 2447 привело к снижению общего максимального количества баллов (1.204), который был найден на нескольких интервалах по геному (таблица 3).
<Р> интервалы Геномные, идентифицированные таким образом, были использованы для фильтрации данных ExoME секвенирования для идентификации потенциальные мутации причинные. Для того, чтобы быть широким в определении возможных мутаций причинные, как в породной общегородских и суб-породной случае интервалы от соответствующих параметрических и непараметрических анализа были объединены. Родословную масштабе анализирует это было объединение интервалов, описанных в таблице 1 вместе с соответствующими интервалами в таблице 3 (в том числе 2447), а также для суб-племенного анализа объединение интервалов приведены в таблице 2 с соответствующими интервалами в таблице 3 ( за исключением 2447).

Всего секвенирование экзома
<р> Затем мы проводили весь-секвенирование экзома на двух из затронутых теток по материнской линии к пробанда (1826 и 1841) и пораженной третьего кузена (2447). Мы по приоритетам и фильтруется варианты в зависимости от их частоты среди европейских спуском популяций (&л; 2% и более строгий фильтр при &л; 1%) из 1000 наборов данных геномов и секвенирование экзома проекта, а также другие exomes секвенировали в то же поставщика секвенирования, расположение в пределах геномных области, представляющей интерес, и функциональным следствием мутации (изменение последовательности белка или сайт сплайсинга, по меньшей мере, одного белка кодирования транскрипта кодирования). Варианты интереса затем секвенировали Sanger секвенирования в других пострадавших лиц. Вариант фильтрации на основе геномных интервалов проводили отдельно для каждой гипотезы (целого племенного и породного уменьшенного) (табл S1 и S2). В дополнение к идентификации и фильтрации генетических вариантов, мы оценивали глубину секвенирования охвата экзонов (определяется набором Консенсус CDS) в геномных областях, представляющих интерес и по отдельным результатам ExoME секвенирования. Кроме того, мы искали потенциально общих вариантов, которые были "замаскированы" по вопросам охвата. Для всех вариантов, наблюдаемых в одном или нескольких exomes, если ни один вариант не наблюдалось в оставшемся ExoME (ов), мы провели оценку того, что было обусловлено низким уровнем охвата или покрытия бреши в экзоне. Для вариантов, где это было верно мы фильтруется с помощью стандартных критериев (как указано выше). Используя эти критерии фильтрации, несколько вариантов с низкой МАФ и потенциально оказывают влияние на белоккодирующей уровне наблюдались в породных масштабах всей геномных областей, представляющих интерес, которые были определены путем параметрического анализа сцепления; Тем не менее, никто не присутствовали во всех пострадавших лиц. В дальнейшем никаких "замаскированные" варианты кандидатов не были идентифицированы по тем же критериям.
<Р> Мы рассмотрели возможность того, что отдельные лица 1845 и 2447 имеют явное клиническое состояние, и исследовали варианты распределяются среди пробанда и ближайших родственников. Используя те же критерии фильтрации, как описано выше, но с использованием только exomes от физических лиц 1826 и 1841, были определены в общей сложности 127 вариантов. Ужесточение фильтрация для редких вариантов (МАФ &ЛТ; 1%) свели на номер 85 (Таблица S2). Часть этих вариантов, основанный на комбинации факторов (мутации в КОСМИЧЕСКИХ [13], предсказанный эффект мутации, сохранение закодированной аминокислоты, обзор литературы, известных паттернов экспрессии в нормальных тканях и опухолей, фенотипы заболеваний, связанных с ген) секвенировали для наблюдения в пробанда и их матери. Вариант в MAP3K6
(Chr1, NM_004672) представляет особый интерес. Мутация, идентифицированных в MAP3K6
(. С [2837C > T]; [=], p.P946L) считался сильным кандидатом на основе известных ассоциаций других МАР-киназ с раком, а также несколько публикаций выяснении роль MAP3K6 в онкогенеза [10], [11], [14], [15]. Этот вариант был уже сообщалось ранее (rs141787524) с незначительной частотой аллеля 0,7% в геномах проекта 1000 (европейского происхождения группа) и с частотой 0,4% в европейско-американской популяции (ExoME Вариант Server (NHLBI GO секвенирование экзома Project ( ESP):. http://evs.gs.washington.edu/EVS [Accessed октября 2013 г.]) Это рассматривалось как гетерозиготной вариант в 11 (1532) других exomes секвенировали в инновационном центре Геном Квебек, соответствующий MAF 0,36%.
<р> Этот SNV присутствовал в четырех пострадавших лиц в семье морского (1884 г., 1826 г., 1844 г., 1841 г.), из которых три четко показали наличие перстневидно клеток. Лишь небольшая биопсии была доступна для тёти по материнской линии 1841, поэтому мы не смогли окончательно подтвердить наличие или отсутствие перстневидно ячеек. Элемент MAP3K6
SNV также присутствовал в пяти из 27 в настоящее время не затронутых родственников дискретизированных, и не присутствовал в женился в родственника. Один из носителей был гомозиготным по SNV и был более 80 лет, не сообщалось рака. Хотя ни один единокровность не было сообщено в семье, и никаких признаков изменения числа копий не наблюдалось в данных генотипов SNP, этот человек был также гомозиготными по 10 Мб области, включающей локус. Остальные перевозчики были в возрасте от 33 до 51, а также возраст наступления рака в целом было позже, их статус был признан "неизвестный". И люди, 1845 и 2447, с фенотипически отчетливым рака желудка были отрицательными для MAP3K6
СНВ.

Соматическая Варианты в опухолевой
<р> Затем мы использовали ДНК, выделенную из опухолевого участок образца FFPE затрагиваемой MAP3K6
SNV несущей 1884 г. (пробанда) для скрининга дополнительных соматические SNVs или потери гетерозиготности (LOH) внутри самой опухоли. В дополнение к варианту p.P946L, мы определили новый СНВ в <ЕМ> MAP3K6
гена в положении C [1516C > Т]. Приводит к p.H506Y замене аминокислоты (таблица 4), и были в состоянии сделать вывод о том, что SNV был соматически приобретен на основе данных о последовательности от супруга и детей.

Проверка в несвязанных ФСК случаи
<р> Мы экранированы образцы ДНК еще 115 неродственных индивидуумов ФСК с использованием мультиплексированный целевых следующая последовательность анализа поколения. Образцы были из неродственных семей, которые отвечали международным желудочный связь рака консорциума (IGCLC) критерии для наследственных диффузного рака желудка (106), но ранее испытали недостаток для мутации CDH1
локуса, или семейной кишечника рака желудка. В этой группе мы определили пять дополнительных гетерозиготных SNVs в гена MAP3K6
(таблица 4):. Усечением (SNV. C [2544delC], p.F849Sfs * 142), три миссенс SNVs (с [2872C > A], p.P958T;. с [598G > T], p.D200Y, и с [620T >. G], p.V207G), а другой человек с p.P946L (с [2837C >. T] ) вариант, найденного ранее в морской семье (рисунок 4). Мутации в MAP3K6
были обнаружены только в отдельных лиц, отвечающих критериям для диффузного рака желудка (106). Человек в этой новой группе пациентов, несущий вариант p.P946L, как полагают, не имеет отношения к морской семье.
<Р> усечения SNV наблюдалось в Португалии индивида с семейной историей рака желудка (рис 3А). Хотя это SNV имеет идентификатор dbSNP (rs34008139), ни одна частота населения не было связано с ним либо из 1000 геномов или проектов ExoME Вариант Server. Это SNV также сообщалось в Космическом базе данных (состояние соматического /зародышевой не указано) [13] в образце карциномы толстой кишки. Гистологическое исследование опухоли пробанда показал слабо дифференцированный рак желудка с перстнем клетками, сохраняя экспрессию белка Е-кадгерина на клеточной мембране (рис 3B и 3C).
<Р> Вариант p.D200Y был найден в пробандов из два не связанных между собой семьи, и наблюдается в пределах геномов когорты 1000 (rs41291098), но также встречается редко с незначительной частотой аллеля (МАФ) на 0,4% в обеих 1000 геномов и секвенирование экзома европейского проекта по родовому групп. Вариант p.P958T (rs75893867) не MAF сообщили ни в 1000 геномов или секвенирование экзома родовому наборов данных проекта европейских, и был идентифицирован только в 1000 геномов среди японской когорты на частоте 2,2%. Тем не менее, он был идентифицирован в Cosmic (COSM99077) как соматической мутации из желудка пациента рака. Вариант p.V207G был идентифицирован в секвенирование экзома проекта европейского американского набора данных с МАФ 0,01%. Он не был идентифицирован среди европейских или европейского происхождения групп в 1000 геномов, но наблюдалась в других группах населения в диапазоне малых частот аллелей.
<Р> Наряду с MAP3K6
, 50 дополнительных генов ранее предложил принять участие в риске для заболевания верхних отделов желудочно-кишечного тракта секвенировали для этой когорты с использованием анализа пользовательской панели на основе (рукопись представлена). Гены для экрана пользовательских MiSeq основе были отобраны на основе обзора литературы, а также генов, представляющих интерес в совместных проектах. В тех случаях, когда MAP3K6
были идентифицированы варианты миссенс, никакие другие варианты кандидатов не были найдены.

Вторые Hit Анализ в Опухоль от Португальская семья

опухолевой ткани FFPE было доступны для пробанда из португальской семьи, несущей p.F849Sfs * 142 зародышевой усечения мутации. Соматические мутации были исключены в полных границах кодирующей последовательности и интрон-экзон MAP3K6
в опухоли пробанда в. Отсутствие LOH на <ЕМ> MAP3K6
гена также может быть выведено в этой опухоли, так как дикого типа, так и мутантные аллели могут быть идентифицированы на месте мутации зародышевой линии (Дополнительный рисунок S2). Поэтому мы искали мнимых альтернативные механизмы инактивирующих. Гиперметилирование CpG островков в промоторов генов и регуляторных областей является обычным явлением приводит к снижению экспрессии генов при раке [16]. MAP3K6
регулирование гиперметилированием промотора было описано для человеческого костного мозга мезенхимальных стволовых клеток [17], хотя корреляция гиперметилированием и экспрессии генов не было установлено. Мы искали MAP3K6
CpG острова [18] и нашел два CpG острова, один в промоторной области, а другой, охватывающий экзон 10 и часть интрона вниз по течению (рис 5 и Дополнительный Рис S1). Вниз по течению острова CpG (CpG острова 2) находится рядом с ДНКазы гиперчувствительной сайт предсказал укрывать промотор, связанный особенности (Ensembl регуляторная функция ID ENSR00000533270, рисунок 5). Мы бисульфита обработанные ДНК из: лимфоцитов периферической крови пробанда в (PBL,); опухоли пробанда в; четыре различных нормальные контрольные образцы желудка, а также; семь желудка линий раковых клеток. Для получения промоторной CpG острова (CpG острова 1), не гиперметилирование не было обнаружено с помощью двух различных наборов праймеров (рисунок 5 и Дополн. Рисунок S1). Что касается CpG острова 2, мы наблюдали полное метилирование для ДНК опухоли и отсутствие метилирования для ДНК PBLs. Интересно отметить, что анализ на метилирование CpG острова 2 в нормальной слизистой оболочке желудка от управления отображается частично рисунок метилирования. В соответствии с результатом, полученным для ДНК опухоли, все семь клеток желудка линии отображается полный метилирования (Рисунок 5 и Suppl. Рисунок S1).

Патогенность SNVs в каталоге MAP3K6

<р> Мы применили множество в силикомарганца
методы для предсказания патогенность наблюдаемых миссенс SNVs. Несмотря на то, что не было никакого полного консенсуса по всем программам (таблица 5), все SNVs считались вредными, по крайней мере, одну программу, а кроме p.V207G и p.P958T, остальные четыре варианта, описанные в настоящем докладе, были предсказаны быть вредным путем по крайней мере 3 из 7 методов. Кроме того, EvoD [19] консенсус прогноза (на основе сбалансированного сочетания EvoD, PolyPhen2 [20], и SIFT [21] баллов) сообщил, что три из вариантов (p.D200Y, p.V207G, p.H506Y ) были вредны или могут быть вредными. Два оставшихся варианта, p.P946L и p.P958T, согласно прогнозам, вероятно, будут нейтральные изменения, хотя они были эволюционно ультра-консервативными и хорошо законсервированы (согласно EvoD эволюционной классификации ставок) соответственно; в то время как только один из трех других вариантов (p.D200Y) считался хорошо законсервированы, а два других были менее консервативны. Как (я) а MAP3K6
усечения вариант был найден, (II) был второй хит вариант идентифицирован в человека, для которых была рассмотрена FFPE ткани, и (III) все программы тестируемых предназначены для прогнозируют патогенность на основе потери функции, вполне вероятно, что варианты описаны привести либо к снижению функции или доминирующего отрицательного фенотипа.

Обсуждение
<р> Здесь мы представляем первое доказательство того, что мутации в зародышевых MAP3K6
связаны с наследственного рака. были обнаружены четыре человека с раком желудка от морской канадской семье нести гетерозиготную вариант в MAP3K6
гена, что приводит к изменению p.P946L аминокислоты. Этот зародышевой вариант, расположенный на хромосоме 1, был идентифицирован в двух из трех образцов ExoME и находился в пределах области, идентифицированной параметрического и непараметрического анализа сцепления в суб-родословной (1845 и 2447 рассматривается как "неизвестный" статус заболевания) , Значение MAP3K6
вариант был поддержан идентификации соматической второй хит мутации в MAP3K6
гена в p.H506Y присутствующего в ДНК, выделенной непосредственно из опухолевого участка пациента FFPE образца. Два человека из родословной с раком желудка, но с некоторыми фенотипическими различиями не несут мутации; однако, никакие варианты кандидатов не были определены совместно всех пострадавших лиц в пределах любой области, идентифицированной, параметрической связи провели родословная мире.
<р> Скрининг дополнительных семей ФСК выявили пять других MAP3K6
мутации, в том числе p.F849Sfs * 142 зародышевой мутация наблюдалась в португальской пробанда, которая, как ожидается, приведет к белка усечения. После исключения соматических мутаций и LOH, потенциальный механизм второго удара был найден с помощью
гиперметилированием на внутригенной острове CpG вблизи предсказанного промотор, связанный регуляторным элементом (ДНКазы I гиперчувствительной сайт). Актуальность метилирования при этом MAP3K6
область гена не может быть установлено с точки зрения влияния на экспрессию генов, тем не менее возможность действовать в качестве возможной второй хит инактивация (частичный или полный) механизм поднимается из-за результаты, полученные в нормальных желудка и линии раковых клеток. Если да, то это вполне может представлять еще один пример все более признанной концепции, что метилирование ДНК в организме гена является не только пассивным свидетелем транскрипции гена, но активно участвует в нескольких процессах регуляции экспрессии генов [22], оправдывающие дальнейшее расследование. Гистологическое анализ личности от португальской семьи, несущей этот усечения мутации признакам перстень клетки как часть фенотипа опухоли, как и большинство людей от морского к югу родословной (за исключением 1841 г., когда статус перстень был безрезультатным из-за отсутствия достаточное количество материала).
<р> Несмотря на то, MAP3K6
мутации не были ранее идентифицированы в наследственного рака, существует все больше доказательств того, что MAP3K6
играет важную роль в патогенезе рака , У мышей, где MAP3K6
обычно выражается в желудочном ткани и кожи, потерю MAP3K6
у гомозиготных мышей с было обнаружено увеличение восприимчивости к индуцированной рака кожи [10]. Мышей не развивается рак спонтанно; Тем не менее, химическая индукция выполняется в присутствии воспалительного стимула приводит к большему числу опухолей кожи в MAP3K6
дефицитных мышей, чем у контрольных животных. Количество опухолей у гетерозиготных ( MAP3K6
^{+/-) мышей, а также их размер, занимает промежуточное положение между дикого типа и нокаут-мышей, что указывает на роль MAP3K6
дозировка в его эффектов [10].}

• PLoS ONE: Сравнительный анализ Протеомика рака желудка стволовых клеток
• PLoS ONE: Снижение Core-фукозилирования Содействует злокачественного рака желудка