Plos Genetics: zarodne Mutacije MAP3K6 so povezani z družinsko želodca Cancer

Povzetek

Rak želodca je med vodilnimi vzroki smrti zaradi raka po vsem svetu. Medtem ko so dedne oblike raka želodca relativno redki, identifikacijo genov, ki so odgovorni za take primere lahko obvesti diagnosticiranje in zdravljenje tako dednih in občasna primerov raka želodca. Mutacije gena E-kadherina, CDH1
, predstavljajo 40% najobičajnejšega družinsko raka želodca (FGC), dedna difuzno raka želodca (HDGC). Geni, ki so odgovorni za preostale oblike FGC trenutno niso znani. Tukaj smo pregledali veliko družino s pomorsko Kanade s FGC brez CDH1
mutacij, in opredelila zarodno linijo kodiranje različico (p.P946L) v-mitogeni aktivira protein kinazo kinaze kinaze 6 ( MAP3K6
) . Ki temelji na ohranjanju, napovedal patogenosti in znano vlogo gena v raka predispozicije, je MAP3K6
šteje kot močan kandidat in je še naprej raziskovali. Projekcija dodatnih 115 nepovezanih posameznikov z ne- CDH1
FGC opredelil p.P946L MAP3K6
varianta, kot tudi štiri dodatne kodirajo variante v MAP3K6
(str. F849Sfs * 142, p.P958T, p.D200Y in p.V207G). Somatična drugi hit varianta (p.H506Y) je bila prisotna v DNK, pridobljene iz ene od vzorcev tumorjev, in dokaze o hypermethylation DNA v MAP3K6
gen opazili v DNK iz tumorja drugega prizadetega posameznika. Te ugotovitve, skupaj s predhodnimi dokazi iz modelov miši, ki MAP3K6
deluje kot zaviralnih in študije, ki kažejo na prisotnost somatskih mutacij v MAP3K6
in brez dednih želodca raka in želodčnega raka celice linije, točka k MAP3K6
variant kot predisponirajoči dejavnik za FGC.

Avtor Povzetek

Temeljni genetske mutacije, ki sodelujejo pri 60% podedovanih primerov raka želodca ostajajo neznani. Tukaj vam predstavljamo veliko, razširjeno rodovnik z družinsko raka želodca in združenje v okviru družine z mutacijo v MAP3K6
. Ohranjanje, napovedal patogenost variante, distribucijo tkiv in znano funkcijo MAP3K6
dosežen ta močan kandidat, ki upravičile nadaljnje preiskave. Preizkus dodatnih 115 nepovezanih probands opredelil dodatne mutacije v MAP3K6
, vključno s krčenjem mutacije

Navedba. Gaston D, Hansford S, Oliveira C, Nightingale M, Pinheiro H, Macgillivray C, et al. (2014) zarodne mutacije v MAP3K6
so povezane z družinsko Rak želodca. PLoS Genet 10 (10): e1004669. doi: 10,1371 /journal.pgen.1004669

Urednik: Marshall S. Horwitz, University of Washington, Združene države Amerike

Prejeto: 3. marec 2014; Sprejeto: 14. avgust 2014; Objavljeno: 23. oktober 2014

Copyright: © 2014 Gaston et al. To je odprtega dostopa članek razširja pod pogoji Creative Commons Attribution License, ki omogoča neomejeno uporabo, distribucijo in razmnoževanje v katerem koli mediju, pod pogojem, da prvotni avtor in vir knjižijo

Financiranje:. Naslednji agencije zagotovila sredstva za ta projekt: genoma Kanada, genoma Atlantik, Nova Scotia Health Research Foundation, Nova Scotia raziskave in inovacije Trust, Dalhousie Medicinske fakultete, Dalhousie oddelek za oftalmologijo, Health Canada, Center za raziskave in razvoj zdravil, Capital District zdravje organ, IWK Health center Foundation, raziskovalni sklad Capital zdravje in tekmujejo /FEDER Portugalska fundacija za znanost in tehnologijo (FCT), Projekti Ref. FCT PTDC /SAU-GMG ///HP-jevim "financiados ne Ambito ne Programa Operacional Temático Factores de Competitividade (tekmujejo) e comparticipado pelo Fundo Comunitário Europeu Feder." MES podpira 110785/2009 in Post-doc SFRH nepovratna sredstva BPD 79499/2011 ki jih je CHU Ste-Justine Centre de Recherche. Avtorji želi priznati prispevek: genoma Quebec visoki določanje zaporedja platforme; in Sónia Sousa in José Carlos Machado iz enote IPATIMUP diagnostiko, Portu na Portugalskem. Med financerji imel nobene vloge pri oblikovanju študije, zbiranje in analizo podatkov, sklep, da se objavi, ali pripravi rokopisa

nasprotujočimi si interesi.. Avtorji so izjavili, da ne obstajajo konkurenčni interesi

Uvod

rak želodca je drugi najpogostejši vzrok smrti zaradi raka v svetu, pri 738,000 smrti na leto [1]. Primarna obdelava je kirurški odstranitvi tumorja in lahko sledi kemoterapije in /ali radioterapije. Stopnje preživetja 5-letno po kirurški odstranitvi so visoke, če je bolezen odkrita zgodaj (71% za oder 1A), pa se spusti hitro popustijo, ko se diagnoza postavi v kasnejših fazah (46% fazi IIA, 20% stadiju IIIA, 4% faza IV) (National Cancer Institute je SEER baze podatkov, oktober 2013). Na žalost, ker zgodnji simptomi raka želodca zelo podobna druge bolezni, odkrivanje pogosto ne pride, dokler so bili že [2] je dosegel napredne faze

Klasično, je rak želodca razdeljen na dve vrsti:. Intestinalni in difuzni [ ,,,0],3]. Črevesna oblika se pojavi spontano in je najbolj pogosto najdemo pri starejših posameznikih, medtem ko je difuzna oblika se pogosto pojavlja pri mlajših posameznikov in je lahko povezano z družinsko anamnezo raka želodca. Populacije z večjo razširjenost kronične Helicobacter pylori
okužbe imajo ponavadi višje želodčne bremena raka [4]. Večina želodca raka (90%) so sporadično, ampak približno 10% kažejo družinsko povezovanje [5]. Samo 1% do 3% jih dedni sindrom povzročil, za razliko od okoljskih dejavnikov, kot so deljene prehranskih praks [5]. Najbolj uveljavljeno družinsko obliko raka želodca je dedna difuzna rak želodca (HDGC [MIM ​​137215]), kjer je približno 40% primerov pripisati reproduktivnih mutacij v genu, ki kodira E-kadherina, CDH1
[6 ] - [9].

smo ugotovili veliko družino s pomorsko Kanade z zgodovino familiarne želodca raka (FGC) prikazuje navidezni avtosomno dominantno vzorec dedovanja, vendar nosi nobenih variant v kodirni regiji od CDH1
gen. Medtem ko se je družina prikazuje številne funkcije, značilne za HDGC, se je raznolikost v klinično sliko v družini kot tudi visoki starosti nastopa, zato smo se odločili, da se preprosto sklicuje na pogoj, kot FGC preko strožje opredeljeno HDGC. Genomsko kartiranje skupnih podedovanih regij med prizadete družinske člane, ki ji sledi celotnega exome sekvenciranje, je privedla do identifikacije zarodne samega nukleotida varianti (SNV) v-mitogeni aktivira protein kinazo kinaze kinaze 6 ( MAP3K6
, ASK2
, MAPKKK6
, MEKK6
, ENSG00000142733), gen, ki kodira člana serin /treonin protein kinazo družine. Več silico
metod napovedal SNV v MAP3K6 škodljive za protein, in prejšnje študije z MAP3K6
miši s pomanjkanjem [10], kot tudi pojav mutacij tega gena v obe primarni želodca rakave tumorje in želodčnih rakave celične linije [11], je bilo v skladu z mutacijami v MAP3K6
gena, ki so del vzročni mutacija. Zaporedja DNA, izolirane neposredno iz fiksnega vzorcu tumorskih enega posameznika, je pokazala prisotnost de novo
drugi hit variante v MAP3K6
. Projekcija dodatnih 115 nepovezanih FGC vzorcev, prav tako negativna za CDH1
mutacij, je pokazala pet posameznikov s štirimi dodatnimi SNVs v MAP3K6
, ki so napovedali tudi, da so patogeni, kot tudi nepovezani posameznika z SNV opredeljene v družini iz pomorske Kanade. Starost nastopa pestro med MAP3K6
SNV nosilci v petih družin, in jim to ni zbolel za rakom, tudi v pozni fazi življenja, kar kaže na nepopolno penetrantnih. To je prvo poročilo raka dednega posledica SNVs v MAP3K6
.

Rezultati

klinične in patološke Ocena

smo ugotovili veliko pomorsko Canadian družina evropskega porekla v času rutinsko klinično oceno v dedni rak kliniki v okviru pomorske Medical Genetics službe v zdravstvenem domu IWK v Halifaxu, Nova Škotska, Kanada (slika 1). Sline, krvi, ali-parafin vgrajeni (FFPE) vzorci-formalinom določen smo pridobili od 6 družinskih članov z rakom želodca, kakor tudi 27 neprizadetih sorodniki, in en poročen, v posamezniku. Ne consanguinity je sum v to rodovnikom.

proband, prizadeti posameznik 1884, je bil diagnosticiran z metastatskega raka želodca in doživel celotnega želodca pri starosti 51. Patološka preiskava je pokazala slabo diferenciran adenokarcinom, ki izhaja iz antruma želodca v ozadju intestinalno metaplazijo in kroničnega gastritisa. Tumor je sestavljen iz stanja Pečatnjak celic (slika 2C in D). Karcinom prodrl skozi celotno debelino muscularis proprie vključuje serozne plast. Ni dokazov o H. pylori
opazili.

mater teta The proband je, individualno 1826, je bil diagnosticiran z rakom želodca v starosti 80 in doživel po delni odstranitvi želodca. Patološki pregled je pokazal zmerno do slabo diferenciranega adenokarcinom vdrla v muscularis proprie (slika 2A). Tumor je pretežno sestavljen iz kohezivnih gnezda neoplastične celice z občasno žleznega tvorbo. Tumorske celice z oblikami pečatni prstan celic so opazili pri trdnih površin (slika 2b). Želodčne sluznice, ki mejijo na tumor je pokazala osrednja intestinalno metaplazijo brez dokazov o H. pylori
.

V starosti 76 želodec biopsija drugega mater teta na proband, individualna 1841, so poročali, da ima zmerno diferenciran adenokarcinom z žleznega nastanka. H. pylori
je bila opredeljena v ozadju želodčne sluznice. Majhen oddelek biopsija je bil na voljo za ponovno preučitev. Čeprav je bil ta vzorec premajhen za popolno klasifikacijo, je pokazala kohezivnih gnezda neoplastične celice z majhno žarišč žleznega tvorbe v skladu s slabo diferenciran adenokarcinom. Bilo je nekaj tumorske celice v vzorcu, ki kažejo jasne citoplazmo, vendar to ni bilo mogoče dokončno opredeliti kot pečatni prstan celic.

A želodec biopsija pri starosti 82 1844 bolnikov, v proband mati, je pokazala slabo diferenciran adenokarcinom z pečatni prstan funkcije. Sluznica v ozadju pokazala dokaze o H. pylori
in neenotno intestinalno metaplazijo.

pacientov 1845, prvi bratranec je enkrat odstranjen s proband, je bil diagnosticiran pri starosti 59 s nediferencirani karcinom brez pečatni prstan funkcije. Tumor je bila povezana z gosto limfnem infiltrat in je najbolje opredeliti kot lymphoepithelial karcinoma. H. pylori
ni bilo videti v sosednjih zdravih sluznice. Tumor je bil pozitiven na dveh intronskih variant v CDH1
oba od katerih se pričakuje, da bo benigna (NM_004360.3: c.688-83G > A in c.2439 + 52G > A)
<. p> Bolnik 2447, tretji bratranec, je bil diagnosticiran pri starosti 44 s slabo diferenciran adenokarcinom brez funkcije pečatni prstan celic. Sosednji želodčne sluznice je pokazala obsežna intestinalno metaplazijo. Ni bilo dokazov o H. pylori
.

Po pregledu panela 115 probands s CDH1
družinsko raka ne- želodca, je bila nepovezana družina iz Portugalske dodan v študiji (slika 3A). Individualno II-6 je bil diagnosticiran z rakom želodca v starosti 62, ki imajo slabo diferenciran adenokarcinom želodca in prisotnost pečatni prstan celic. Analiza Imunohistokemija pokazala pozitivno membranskih barvanje E-kadherina v neoplastične celice (slika 3C), tudi pečatni prstan celic (slika 3B). S tem povezani posamezniki I-4, II-1 in II-7 so diagnosticirali raka želodca (podrobnosti histoloških neznanih) v starosti 53, 62 in 52 oz. Vsi štirje posamezniki v portugalsko rodovnikom umrl zaradi te bolezni v roku 5 let po diagnozi v tej družini. V pomorski kanadske družine, 1884, 1844 in 1841 je umrl zaradi te bolezni v enem letu po diagnozi.

Rak želodca je opisano za bolnike 1845 in 2447 ni imela pečatni prstani opazili in je bil diagnosticiran pri nižji povprečni starosti ( 52 v primerjavi z 72, čeprav je bil proband diagnosticirali pri starosti 51). Ki temelji na razlikah v histologijo, predvsem zaradi pomanjkanja Pečatnjak celic v 1845 in 2447 v primerjavi z drugimi prizadetih posameznikov, je možno, da bolezen v teh dveh posameznikih predstavlja poseben pogoj. Druga možnost je, da je možno, da je družina prikazuje bolj zapleten fenotipske vzorec, ki ga dva (ali več) genov pogon.

Molekularna Mapping in Izključitev znane in kandidatnih genih

Čeprav 30-40% primerov HDGC mogoče pripisati mutacij v CDH1
, brez mutacije, ki kodirajo proteine ​​eksonov v CDH1
je bilo ugotovljeno v prizadetih posameznikov iz pomorske kanadske družine. Identificirati patogene lokusov v tej družini, je bil z visoko gostoto SNP-genotipizacija uporabo Illumina nizi izvaja na petih prizadetih posameznikov: v proband materi (1844), dveh prizadetih mater tete (1826 in 1841) in dve oddaljeni bratranci (1845 in 2447) kakor tudi več povezanih posameznikov brez incidenca raka, katerega naklonjenost stanje je bila obravnavana kot neznano (1907, 1924, 1821 in 1822). Za vse posameznike, razen leta 1845 podatkov genotipizacije bilo na voljo 2,5 milijona označevalcev. Individualna 1845 je bilo prej genotip z gostoto 660K in ni mogoče ponovno genotipizirajo, na višjo gostoto. No DNA primeren za SNP genotipizacijo smo dobili od FFPE vzorca proband (1884). S pomočjo teh podatkov smo izvedli tako neparametrska in parametrično analizo povezave, s pomočjo Merlin [12]. Glede na pozno starost nastopa v številnih prizadetih družinskih članov, penetrantnih v pomorski rodovnik ni znan. Da se bo pri ugotavljanju genomske regije interesa, dve prevladujoči modeli penetrantnih (50% in 99% penetrantnih) s pomočjo prizadetim posameznikom 1826, 1841, 1844 in 2447 (in posameznike, 1907, 1924, 1821 in 1822 z neznanim statusom naklonjenosti ) so bili uporabljeni. Genomske regije, opredeljene v skladu s parametrično analizo zgibnim so na splošno skladni s seboj, ne glede na izbranega parametra penetrantnih (tabela 1). Analizo smo ponovili z individualno 2447 obravnava kot neznan analizirati samo zmanjšano rodovnik, kjer so 2447 in 1845 obravnava kot potencialne phenocopies (tabela 2). To je privedlo do nižjih skupnih ocen LOD za vse regije opredeljene, kot tudi več in večjimi regijami v povprečju, ki zajema večji del genoma.

Prav tako smo izvedli neparametrična povezava (NPL), metoda z manj predpostavke o modelu, ki je podlaga dediščino, ki uporabljajo prizadetim posameznikom 1826, 1841, 1844 in 2447 (rodovniških svetu) ali z odstranitvijo 2447 kot potencialnega phenocopy, ki jih določajo, da je status neznan (sub-rodovnik). Rodovnik na ravni genomske intervali so večinoma v skladu s tistimi, opredeljenimi z uporabo dveh modelov parametrov (tabela 3). Izključitev 2447 povzročili manjšo celotnem možnih točk (1.204), ki so bile ugotovljene v več intervalih med genom (tabela 3).

Genomski intervali opredeljene na ta način, so bili uporabljeni za filtriranje podatkov exome zaporedja za identifikacijo potencialni povzročitelji mutacije. Da bi bila široka pri iskanju morebitnih povzročitelj mutacije, tako v primeru rodovno-širok in sub-rodovnik tudi intervali iz posameznega parametrično in analiz, non-parametrične bili skupaj. Za rodovnik vsej analize to je bila zveza intervalih, ki so opisani v tabeli 1 skupaj z ustreznimi intervalih v tabeli 3 (vključno z 2447) in za sub-rodovnik analize unija intervalov v preglednici 2, z ustreznimi intervali v tabeli 3 ( razen 2447).

cela Exome zaporedja

zraven izvedli celotnega exome zaporedja na dveh prizadetih mater tete na proband (1826 in 1841) in prizadeto tretjo sestrično (2447). prednostno mi in filtriramo variante, ki temelji na njihovi frekvenci med evropskimi-spust populacije (< 2% in strožji filter na < 1%) iz 1000 podatkovnih bazah genomov in Exome zaporedja v projektu, kot tudi druge exomes zaporedjih, pri istem ponudniku zaporedja, lokacijo v genomski regiji pomena in funkcionalna posledica mutacije (spreminjanje protein kodirno sekvenco ali spoja mesto vsaj enega proteina, ki kodira transkriptu). Variante obresti so bili nato sekvenco, ki Sanger sekvenciranja v drugih prizadetih posameznikov. Varianta filtracija na podlagi genomskih intervalih smo izvedli ločeno za vsako hipotezo (celih rodovnik in znižani rodovnik) (tabeli S1 in S2). Poleg identifikacijo in filtracijo genskih variant, smo ocenili globino zaporedja pokritosti eksonov (opredeljenih v določenem soglasju CDS) v genomskih regij, ki so v interesu in po posameznih rezultatov exome zaporedja. Poleg tega smo iskali morebitne skupne variante, da so "prikriti", ki ga vprašanja kritja. Pri vseh različicah, ugotovljenih v eni ali več exomes, če ni bilo varianta opazili v preostalem exome (-i), smo ocenili, ali so bili zaradi nizkega kritja ali pokritost vrzeli v eksonu. Za variant, kjer je bilo to res, smo filtrirali z uporabo standardnih meril (kot zgoraj). Z uporabo teh kriterijev filtriranja, več različic z nizko MAF in ki lahko vpliva na ravni kodiranja beljakovin v poreklu vsej genomskih regij, ki so v interesu, da so bile ugotovljene s parametrično analizo zgibnim so opazili; vendar nobena ni bila prisotna v vseh prizadetih posameznikov. Nadalje ni bilo "prikriti" variante kandidatke označene z enakimi merili.

Upoštevali smo možnost, da imajo posamezniki, 1845 in 2447 izrazito kliničnega stanja in preučila variante deljene med proband in ožje družine. Z uporabo enakih meril filtriranje kot zgoraj, vendar z uporabo samo exomes posameznikov, 1826 in 1841, je bilo ugotovljenih skupno 127 variant. Strožji filtriranje redkih variant (MAF < 1%), to zmanjša število do 85 (tabela S2). Podniz teh variant, ki temelji na kombinaciji dejavnikov (mutacij v kozmičnem [13], je napovedal učinek mutacije, ohranjanje kodirane aminokisline, pregled literature, znanih vzorcev izražanja v normalnih tkiv in tumorjev, fenotipi bolezni, povezanih z gen) je zaporedje za nadaljnje ukrepanje v proband in njihove matere. Varianta v MAP3K6
(CHR1, NM_004672) je posebnega pomena. Mutacija, opredeljenih v MAP3K6
(c. [2837C > T] [=] p.P946L) je zdelo močan kandidat na podlagi znanih združenjem drugih MAP kinaz z rakom, in več publikacij pojasnjevanje vloga za MAP3K6 v tumorigeneze [10] [11] [14] [15]. Ta varianta je bil prej (rs141787524) poročali o manjši alelov frekvenci 0,7% v genome Project 1000 (European spust skupina) in frekvenco 0,4% v populaciji evropski ameriški (Exome Variant Server (NHLBI GO Exome sekvenciranje Project ( ESP). http://evs.gs.washington.edu/EVS [Pridobljeno oktober, 2013]) je bil videti je, kot heterozigotnem različico pri 11 (od 1532), drugih exomes zaporedjih, v centru za inovacije Genome Quebec, kar ustreza MAF za 0,36%.

To SNV je bil prisoten v štirih prizadetih posameznikov v pomorski družini (1884, 1826, 1844, 1841), od katerih so trije jasno pokazala prisotnost pečatni prstan celic. le majhen udarec biopsija je bil na voljo za mater teta, 1841, zato ni bilo mogoče dokončno potrditi prisotnost ali odsotnost pečatni prstan celic. MAP3K6
SNV je bil prisoten tudi v petih od 27 trenutno neprizadetih sorodniki vzorčene, in ni bil prisoten v poročila, v relativni. Eden od prevoznikov je homozigotna za SNV in je stara več kot 80 let brez raka poročali. Čeprav ni bila consanguinity poročali v družini, in niso opazili nobenih variacije števila kopij v podatkih o genotip SNP, je homozigotna za 10 Mb regije, ki zajema locus tudi ta posameznik. Preostali prevozniki so bili stari od 33 do 51, in kot so starost pojava raka na splošno kasneje, je bil njihov status šteje za "neznano". Tako posamezniki, 1845 in 2447, s fenotipsko izrazito raka želodca so bili negativni za MAP3K6
SNV.

somatsko Različice v tumorju

zraven uporabil DNA, izolirano iz tumorske del FFPE vzorca prizadete MAP3K6
SNV nosilni 1884 (v proband) za pregled dodatne somatskih SNVs ali izgube heterozigotnosti (LOH) v samem tumorju. Poleg p.P946L varianto, smo identificirali novo SNV v MAP3K6
gene na položaj c [1516C > T]. Vodi do p.H506Y o spremembah amino kisline (preglednica 4), in so lahko sklepati, da je bil SNV somatically pridobila na osnovi podatkov zaporedju od zakonca in otrok.

Preverjanje v nepovezani FGC Primeri

pregledajo vzorce DNK iz dodatnih 115 nepovezanih FGC posameznikov na podlagi razvrstitve po multipleksirano ciljno Naslednja generacija zaporedja test. Vzorci so bili od nepovezanih družin, ki so izpolnjevale mednarodnih meril želodčni rak povezava konzorcij (IGCLC) za dedne razpršeni raka želodca (106), vendar pa je že prej negativne za mutacijo CDH1
locus ali družinsko črevesnega raka želodca. V okviru te kohorte, smo identificirali pet dodatnih heterozigotnih SNVs v MAP3K6
gena (tabela 4):. S krčenjem SNV (. C [2544delC], p.F849Sfs * 142), tri missense SNVs (c [2872C >A], p.P958T; c. [598G > T], p.D200Y in c [620T >. G], p.V207G) in drugega posameznika z p.P946L (c [2837C >. T] ) varianta, že na voljo v pomorski družini (slika 4). Mutacije MAP3K6
so bile odkrite le pri osebah, ki izpolnjujejo merila za razpršeno raka želodca (106). Posameznik v tej novi skupini od bolnikov, ki nosi p.P946L varianta naj bi bila povezana z pomorski družini.

krčenjem SNV so opazili v portugalskem posameznika z družinsko anamnezo raka želodca (slika 3A). Medtem ko ima ta SNV identifikator dbSNP (rs34008139), ni bila pogostnost populacija, povezane z njo bodisi iz 1000 genomov ali projektov Exome Variant Server. To SNV so poročali tudi v COSMIC bazi podatkov (stanje somatske /reproduktivnih ni določeno) [13] v karcinoma vzorcu debelega črevesa. Histološki pregled tumorja na proband je pokazala slabo diferenciran rak želodca z pečatni prstan celic, ohranja izraz E-kadherina proteinov na celične membrane (slika 3B in 3C).

p.D200Y varianta je bila najdena v probands od dva nepovezana družine, in je bila opažena v genome kohorte (rs41291098) 1000, vendar je prav tako redka z manjšo alelov frekvenco (MAF) v višini 0,4% v obeh 1000 genomov in Exome zaporedja projekta evropskega porekla skupin. P.P958T varianta (rs75893867) nobena MAF niti v 1000 genomov ali Exome sekvenciranje projekta evropskega porekla nizih, in je bila opredeljena šele v 1000 genomov med japonsko kohorte pri frekvenci 2,2%. Vendar pa je bilo ugotovljeno v kozmičnem (COSM99077) kot somatske mutacije iz želodca karcinoma bolnika. P.V207G varianta je bila ugotovljena v Exome sekvenciranja projekta Evropsko-ameriški CCD z MAF 0,01%. To ni bila ugotovljena med ali evropskih spust skupine v 1000 genomov, vendar so opazili v drugih skupinah prebivalstva vrsto manjših alelov frekvenc.

Poleg MAP3K6
, 50 dodatnih genov pred tem predlagal, da se vključijo v tveganje za bolezen prebavil zgornjem smo sekvencirali ta kohorte z uporabo testa, ki temelji na plošči meri (rokopisno predloženi). Geni za zaslon temelji MiSeq meri so bili izbrani na podlagi pregleda literature, kot tudi genov interesa v skupnih projektih. V primerih, ko MAP3K6
so bile ugotovljene missense variante niso bile ugotovljene nobene druge variante kandidatke.

Second Hit Analiza v tumorje od portugalskega Družina

FFPE tumorsko tkivo je bilo na voljo za proband portugalske družine, ki prevaža p.F849Sfs * 142 reproduktivnih krčenjem mutacijo. Somatske mutacije so bile izključene iz popolne kodiranje zaporedja in intron-EXON meja MAP3K6
v tumorju na proband je. Pomanjkanje LOH na MAP3K6
gena mogoče izpeljati tudi v tem tumorja, kot sta divjega tipa in mutant aleli se lahko opredeli na mestu zarodne linije mutacije (Dodatni Slika S2). Zato smo iskali domnevno mehanizmov za alternativno inaktivira. Hypermethylation od CpG otokov v promotorjev genov in regulatornih regij je pogost pojav, ki vodi do zmanjšanega izražanja genov pri raku [16]. MAP3K6
predpis, ki ga promotorja hypermethylation je bila opisana za človeške kosti mezenhimske mozga izvornih celic [17], čeprav ni bila vzpostavljena korelacija hypermethylation in genske ekspresije. Iskali smo MAP3K6
CpG otokov [18] in ugotovil, da dva CpG otokov, enega na promotorja regiji in drugo, ki zajema ekson 10 in del intronu nadaljnjega (slika 5 in Dopolnilni Slika S1). otok nadaljnji CpG (CpG otok 2) bližino DNazo preobčutljivi stran predvidoma pristanišče promotorja povezana značilnosti (Ensembl regulativno funkcijo ID ENSR00000533270, slika 5). Mi bisulfit obdelano DNK iz: limfocitih periferne krvi na proband je (PBL); v proband je tumor; štiri različne običajne kontrolne vzorce v želodcu, in; Sedem želodčne rakave celične linije. Za promotorja CpG otoku (CpG otoku 1), ni bilo hypermethylation zaznati z uporabo dveh različnih sete začetnih oligonukleotidov (Slika 5 in Suppl. Slika S1). Glede otok CpG 2, smo opazili popolno metilacije za DNK tumorja in ne metilacije za PBL DNK. Zanimivo je, da je analiza metilacija na otoku CpG 2 v normalnem želodčne sluznice iz nadzora prikazan delni metilacijo vzorec. V skladu z rezultati za tumorja DNK, vseh sedem želodca rakave celične linije prikaže polno metilacije (Slika 5 in Suppl. Slika S1).

patogenost SNVs v MAP3K6

Uporabili smo različne silico
metode za napovedovanje patogenost opazovanih missense SNVs. Čeprav ni polna konsenza poda programov (tabela 5), ​​so bili vsi SNVs obravnava škodljivih vsaj enega programa, in razen p.V207G in p.P958T, so ostale štiri variante so opisane v poročilu predvidoma škodljivih jih vsaj 3 od 7 metod. Poleg tega EvoD [19] soglasje napoved (ki temelji na uravnoteženi kombinaciji EvoD, PolyPhen2 [20], in PRESEJANJE [21] ocen) poročali, da trije od variant (p.D200Y, p.V207G, p.H506Y ) je bilo škodljivo ali bi lahko škodljivo. Ostali dve variante, p.P946L in p.P958T, so napovedali, da verjetno nevtralne spremembe, čeprav so bili evolucijsko izredno ohranjena in dobro ohranjena, (po EvoD klasifikaciji evolucijski stopnja) oziroma; pa je bil samo eden od ostalih treh variantah (p.D200Y) dobro ohranjena, druga dva pa sta manj ohranjena. Kot je (i) MAP3K6
skrajšano varianto je bilo ugotovljeno, (ii) je bil drugi hit varianta opredeljena v posameznika, za katerega je bilo pregledano FFPE tkivo, in (iii) vse programe testiranih so namenjeni napovedujejo patogenosti, ki temelji na izgubo funkcije, je verjetno, da so variante opisane vodstvo bodisi zmanjšanje funkcije ali prevladujočim negativnim fenotipa.

Pogovor

Tukaj vam predstavljamo prvi dokaz, da zarodne mutacije MAP3K6
so povezane s podedovano raka. Štirje posamezniki z rakom želodca iz pomorske kanadski družini je bilo ugotovljeno, da imajo v heterozigotnega varianto v MAP3K6
gena, ki vodi do spremembe v p.P946L amino kisline. Ta reproduktivnih varianta, ki se nahaja na kromosomu 1, je bilo ugotovljeno v dveh od treh exome vzorcev in je bila s sedežem v regiji, označenega z parametrične in neparametrične analize zgibnim v sub-rodovnikom (1845 in 2447 obravnava kot "neznano" status bolezni) . Pomen MAP3K6
različica je podprta z identifikacijo somatske drugega prizadela mutacije v MAP3K6
gena na p.H506Y prisotne v DNA, izolirane neposredno iz tumorskega delu bolnika FFPE vzorec. Dva posameznika z rodovnikom z rakom želodca, vendar pri nekaterih fenotipskih razlik ne nosijo mutacijo; Vendar pa ni variante kandidatke so bile odkrite razdelijo med vse prizadete posameznike v kateri koli regiji, ugotovljene z vezavo parametrične izvaja rodovnik svetu.

Projekcija dodatnih FGC družin, je pokazala, pet drugih MAP3K6
mutacij, vključno z možnostjo p.F849Sfs * 142 reproduktivnih mutacija opazili v portugalskem proband, ki naj bi privedla do beljakovin krajšanje. Po izločitvi somatskih mutacij in Loh, je potencialni drugi hit mehanizem je pokazala, preko
hypermethylation na intragenic otoku CpG bližini predvideno regulativnega element-promotorja povezana (DNaze preobčutljivi na mestu). Pomen metilacije na to MAP3K6
gen regija ni bilo mogoče preveriti z vidika vpliva na izražanje genov, kljub temu možnost, da deluje kot morebitni drugi prizadela inaktivacijo (delno ali popolno) mehanizem dvigne, zaradi Rezultati, pridobljeni v običajnih želodcu in rak celičnih linij. Če je tako, bi to lahko predstavlja še en primer bolj priznani koncept, ki DNA metilacija v genski telo ni le pasivni opazovalec genov prepisovanje, ampak aktivno sodeluje v številnih procesih regulacijskih genov [22], ki upravičujejo nadaljnje preiskave. Analiza histopatologija posameznika portugalske družine, ki nosi to krčenjem mutacijo izrazit pečat obroči celice kot del fenotipa tumorja, tako kot večina posameznikov iz pomorske sub-rodovnikom (razen leta 1841, kjer je bil status pečat obroč sumljiva zaradi pomanjkanja zadostuje material).

Čeprav MAP3K6
mutacije še niso bile ugotovljene v podedoval raka, je vse več dokazov, da je MAP3K6
ima pomembno vlogo pri raka patogenezi . Pri miših, kjer je MAP3K6
običajno izražene želodčnega tkiva in kože, izgubo MAP3K6
in homozigotno knockout miših je bilo ugotovljeno, da se poveča dovzetnost za inducirani kožnega raka [10]. Miši ni razvoj raka spontano; Vendar pa kemična indukcijo izvedemo v prisotnosti vnetnega dražljaj privedlo do večjega števila kožnih tumorjev pri miših MAP3K6
pomanjkljivega kot kontrolne živali. Število tumorjev v heterozigotnimi ( MAP3K6
^{+/-) miši, pa tudi njihova velikost, je posrednik med divjim tipom in knock-out miši, kar kaže na vlogo MAP3K6
odmerek v njegovih učinkov [10].}

• Plos ONE: Primerjalna Proteomika analiza želodca rakavih matičnih celic
• Plos ONE: Zmanjšano Core-Fucosylation Prispeva k malignosti želodčnega raka