PLOS Genetik: Germline kennen MAP3K6 Sidd mat FAMILIAL Gastric Cancer Associéierten

Wat VerfÜgung

Gastric Kriibs ass ënnert der Direktioun Ursaachen vun Kriibs-Zesummenhang Doudesfäll weltwäit. Iwwerdeems heritable Formen vun gastric Kriibs relativ rare sinn, Erkenntnesser d'Genen fir esou Fäll responsabel souwuel Diagnos a Behandlung fir ierflech an sporadesch Fäll vun gastric Kriibs informéieren kann. Projet'en am E-cadherin Gentherapie, CDH1 VerfÜgung, Kont fir 40% vun den heefegen Form vun familial gastric Kriibs (FGC), ierflech diffusen gastric Kriibs (HDGC). D'Genen responsabel fir de Rescht Formen vun FGC sinn den Ament bekannt. Hei iwwerpréift mir eng grouss Famill aus Maritime Kanada mat FGC ouni CDH1 VerfÜgung kennen, an bestëmmt e germline coding Variant (p.P946L) zu mitogen-ageschalt FAQ kinase kinase kinase 6 ( MAP3K6 VerfÜgung) . Baséierend op Conservatioun, virausgesot pathogenicity an engem bekannte Roll vun der Gentherapie zu Kriibs predisposition, MAP3K6 VerfÜgung war weider eng staark Kandidat an huet sech iwwerluecht. Kontroll vun engem zousätzleche 115 stinn Persounen mat Anti CDH1 VerfÜgung FGC identifizéiert der p.P946L MAP3K6 VerfÜgung Variant, souwéi véier zousätzlech coding Varianten vun MAP3K6 VerfÜgung (p. F849Sfs * 142, p.P958T, p.D200Y an p.V207G). A somatic zweet-Hit Variant (p.H506Y) war och präsent an DNA vum eent vun de entholl ugedait kritt, an de Beweis vun DNA hypermethylation am MAP3K6 VerfÜgung Gentherapie war zu DNA aus der entholl vun aneren betraff eenzelne observéiert. Dës Conclusiounen, zesumme mat virdrun Beweiser aus Maus Modeller dass MAP3K6 VerfÜgung Akten als entholl suppressor, an Etuden d'Präsenz vun somatic kennen weisen MAP3K6 VerfÜgung an Net-ierflech gastric Cancers an gastric Kriibs Zell Linnen, Punkt Richtung MAP3K6 VerfÜgung Varianten als predisposing Faktor fir FGC. VerfÜgung

Author Satz VerfÜgung

D'Basisdaten zu 60% vun ierflecher gastric Kriibs Fäll onbekannt bleiwen Équipe genetesch kennen. Hei presentéieren mir eng grouss, louchen Rassekaz mat familial gastric Kriibs an enger Associatioun an en Deel vun der Famill mat engem stattfannen am MAP3K6 VerfÜgung. Der Conservatioun, virausgesot pathogenicity vun der Variant, Otemschwieregkeeten Distributioun, an bekannt Funktioun vun MAP3K6 VerfÜgung dat eng staark Kandidat huet déi weider Ermëttlungen hëllt. Ënnersichung vun engem zousätzleche 115 stinn probands identifizéiert zousätzlech kennen MAP3K6 VerfÜgung, dorënner eng truncating stattfannen VerfÜgung

Fro:. Gaston D, Hansford S, Oliveira C, Nightingale M, Pinheiro H, Macgillivray C, et al. (2014) Germline kennen MAP3K6 VerfÜgung mat FAMILIAL Gastric Cancer Associéierten Sidd. PLoS Genet 10 (10): e1004669. Doi: 10.1371 /journal.pgen.1004669 VerfÜgung

Redakter: Marshall S. Horwitz, Universitéit vu Washington, Vereenegt Staate vun Amerika VerfÜgung

Arnaque: Mäerz 3, 2014; Akzeptéiert: 14 August 2014; Publizéiert: 23. Oktober 2014 VerfÜgung

Copyright: © 2014 Gaston et al. Dëst ass eng oppen-Zougang Artikel ënnert de Bedingunge vun der Lizenz BY Creative Commons verdeelt, déi bereet benotzen Genehmegungen, Distributioun, an Reproduktioun vun all mëttelgrouss, gëtt d'Original Auteur an d'Quell Kaiser sinn VerfÜgung

Funding:. Déi folgend Agencen gëtt Investitioun fir dëse Projet: Genom Kanada, Genom Atlantik, Nova Gemengewalen Gesondheet Research Foundation, Nova Gemengewalen Fuerschung an Innovatioun Trust, Dalhousie Fakultéit fir Medezin, Dalhousie Chiffer vun vakante, Gesondheet Kanada, de Centre fir Cargolux Fuerschung an Entwécklung, Capital District Gesondheet Autoritéit, IWK Gesondheet Centre Foundation, Capital Gesondheet Research Fund, an de Lycéen /FEDER portugisesch Foundation fir Wëssenschaft an Technologie (FCT), Projetën Refus. FCT PTDC /Sau-GMG /110785/2009 an Post-bleiwt heimat SFRH /BPD /79499/2011 zu HP "financiados kee âmbito do Programa Operacional Temático Factores de Competitividade (gedoppt) E comparticipado pelo Fundo Comunitário Europeu FEDER." MES ënnerstëtzt gëtt vun der Po Ste-Justine Centre de Recherche. D'Auteuren wéilt de Bäitrag vun ze erkennen: d'Genom Québec High duerch dat Sequencing Plattform; a Sonia Sousa an José Carlos Machado aus der IPATIMUP kinnt Eenheetspräis, Porto, Portugal. D'funders hu keng Roll am Etude Design, Daten Kollektioun an Analyse, Décisioun, oder Virbereedung vun der mëttelalterlech Handschrëft ze publizéieren VerfÜgung

Wettsträit Interessen:.. D'Auteuren hunn deklaréiert, datt keng Competitioun Interessen existéieren VerfÜgung

Aféierung VerfÜgung

Gastric Kriibs ass den zweete Spëtzekandidat Ursaach vum Kriibs-Zesummenhang Doud weltwäit mat 738.000 Doudesfäll pro Joer [1]. Primärschoul Behandlung besteet aus chirurgesch resection vun der entholl a kann duerch Chimiotherapie an /oder radiotherapy gefollegt ginn. De 5-Joer Iwwerliewe Tauxe der chirurgesch resection sinn héich, wann d'Krankheet fréi erwëscht ass (71% fir Etapp 1A), awer, si erof ugefaangen schnell wann d'Diagnos um spéider Stadien (46% Etapp IIA gemaach ass, 20% Etapp IIIA, 4% Etapp IV) (National Cancer Institut d'SEER Datebank, Oktober 2013). Leider enk, well fréi Symptomer vun gastric Kriibs aner Krankheeten gläichen, erkennen dacks geschéien net bis fortgeschratt Etappen schonn erreecht ginn [2] VerfÜgung

Classically, huet gastric Kriibs an zwou Zorten opgedeelt ginn:. Intestinal an diffusen [ ,,,0],3]. D'intestinal Form iwwerhaapt spontan an ass am meeschten an eeler Persounen fonnt, iwwerdeems den diffusen Form vun jonk Persounen existeiert dacks a kann mat enger Famill Geschicht vun gastric Kriibs verbonne ginn. Populatiounsschichte mat héichen prevalence vun chronescher Helicobacter pylori VerfÜgung Harnweeër tendéiert héich gastric Kriibs Laascht ze hunn [4]. D'Majoritéit vun gastric Cancers (90%) sinn sporadesch, mee ongeféier 10% weisen familial Käre [5]. Nëmmen 1% bis 3% ginn duerch en ierflech Syndrom verursaacht, am Géigesaz zu den Ëmweltproblemer Facteure wéi gedeelt Nahrungszousaz Praktiken [5]. De stäerkste gutt etabléiert familial Form vun gastric Kriibs ass ierflech diffusen gastric Kriibs (HDGC [MIM ​​137215]), wou ronn 40% vun de Fäll sinn zougeschriwwen zu germline Projet'en am E-cadherin Zeechesaatz Gentherapie, CDH1 VerfÜgung [6 ] -. [9] VerfÜgung

Mir ascertained eng visuell autosomal dominant Muster vun Ierfschaft ginn, eng grouss Famill aus Maritime Kanada mat enger Geschicht vun FAMILIAL Gastric Cancer (FGC) mee nee Varianten an der coding Regioun vun der Träger CDH1 VerfÜgung Gentherapie. Während der Famill vill Funktiounen typesch vun HDGC weist, war et Diversitéit an d'Medeziner Presentatioun bannent der Famill souwéi Diplôme Alter vun agesat, dofir hu mir einfach un der Konditioun als FGC iwwer déi méi stringently definéiert HDGC Tesch ze leeden. Frankräich androën vun gedeelt ierflecher Regiounen ënner betraff Familljememberen, gefollegt vum ganze-exome sequencing, Nerve der Identifikatioun vun enger germline Single Nukleotid Variant (SNV) zu mitogen-ageschalt FAQ kinase kinase kinase 6 ( MAP3K6 VerfÜgung, ASK2 VerfÜgung, MAPKKK6 VerfÜgung, MEKK6 VerfÜgung, ENSG00000142733), engem Gene engem Member vun der serine /threonine FAQ kinase Famill Zeechesaatz. Puer zu silico VerfÜgung Methoden virausgesot der SNV zu MAP3K6 fir d'FAQ Lupp ze ginn, a virdrun Studie mat MAP3K6 VerfÜgung erhéijen Mais [10], esou wéi d'Meteorologen vun Projet'en an dësem Gentherapie zu primären gastric Kriibs erhéijen an gastric Kriibs Zell Linnen [11], sech konsequent mat Projet'en am MAP3K6 VerfÜgung Gentherapie der causative stattfannen gëtt. Sequencing vun DNA isoléiert direkt aus engem feste entholl specimen vun engem eenzelne bewisen d'Präsenz vun engem de Novo VerfÜgung zweet-Hit Variant zu MAP3K6 VerfÜgung. Kontroll vun engem zousätzleche 115 stinn FGC Echantillonen, och negativ fir CDH1 VerfÜgung kennen, Teamchef fënnef Persounen mat véier zousätzlech SNVs zu MAP3K6 VerfÜgung datt och pathogenic gin sech erginn, souwéi eng allerdéngs eenzel mat der SNV zu der Famill vun Maritime Kanada identifizéiert. Den Alter vun agesat variéiert tëschent MAP3K6 VerfÜgung SNV wwerreeche vun de fënnef Famillen, an eent huet net Kriibs och um spéiden Etapp vum Liewen entwéckelt, onkomplett penetrance suggeréiert. Dëst ass den éischte Rapport vun enger heritable Kriibs aus SNVs geplatzt MAP3K6 VerfÜgung. VerfÜgung

Resultater VerfÜgung

Séminairen a agebousst Assessment VerfÜgung

Mir ascertained eng grouss Maritime kanadesche Famill vun europäeschen Ofstamung am Laf vun Iddi Medeziner Beurteelung vun der Ierfgroussherzog Cancer Klinik wéi um IWK Gesondheet Centre zu Halifax, Nova Gemengewalen, Kanada (Dorënner 1) vun Maritime Medical Genetik Service Deel. Spaut, Blutt, oder formalin-fix paraffin-Ënnerbewosstsinn (FFPE) Echantillon waren aus 6 Familljememberen mat gastric Kriibs kritt, grad wéi 27 onberéiert Famill, an eng bestuet-an individuell. Nee consanguinity war vun dëser Rassekaz verdächtegt. VerfÜgung

D'proband, eenzel 1884 betraff, war mat metastatic gastric carcinoma festgestallte a mécht eng total gastrectomy am Alter 51. agebousst Ënnersichung réischt e schlecht ënnerscheet adenocarcinoma an der antrum vun de Mo. iergendengem zu engem Hannergrond vun intestinal metaplasia a chronescher gastritis. D'entholl war vun enger Plack vum signet Ring Zellen (Dorënner 2C an D) komponéiert. D'carcinoma duerch de ganze deck vun der muscularis propria méi wäit mat der serosal futti. Keng Beweiser vun H. pylori VerfÜgung war gesinn. VerfÜgung

D'Tatta d'proband, eenzel 1826, war mat gastric carcinoma am Alter festgestallte 80 a mécht eng partiell gastrectomy. Agebousst Ënnersichung Teamchef eng mëttelméisseg ze wéineg ënnerscheet adenocarcinoma an muscularis propria hypothetesch (Dorënner 2A). D'entholl war virun allem aus net zesummenhängende Näschter vun neoplastic Zellen mat heiansdo glandular Équipe. Entholl Zellen mat signet Ring Zell Formen huet an zolitt Beräicher (Dorënner 2B) gesinn. D'gastric mucosa nieft dem entholl zougedréckt Brennwäit intestinal metaplasia ouni Beweiser vun H. pylori VerfÜgung. VerfÜgung

Am Alter 76 enger Mo Fro vun aneren Tatta fir d'proband, eenzel 1841, gemellt war eng mëttelméisseg ënnerscheet adenocarcinoma mat glandular Équipe ze hunn. H. pylori VerfÜgung war am Hannergrond gastric mucosa identifizéiert. Eng kleng Fro Sektioun war fir s-Examen sinn. Obwuel dës Prouf fir e komplett Klassifikatioun ze kleng war, huet et zesummenhängende Näschter vun neoplastic Zellen mat klenge Foci vun glandular Équipe mat e wéineg ënnerscheet adenocarcinoma an hält. Et waren an der Prouf puer entholl Zellen kloer Zytoplasma weist, mä dës net definitiv als signet Ring Zellen séiert ginn hätt. VerfÜgung

A Mo. Fro am Alter 82 vum Patient 1844, der Mamm vum proband, awer eng schlecht ënnerscheet adenocarcinoma mat signet Ring Fonctiounen. Den Hannergrond mucosa zougedréckt Beweiser vun H. pylori VerfÜgung an mol intestinal metaplasia. VerfÜgung

Patienten- 1845, eng éischte-Cousin-eemol-wechgeholl un der proband, war am Alter 59 mat enger Strenz carcinoma ouni signet Ring Fonctiounen diagnostizéiert. D'entholl war mat dichten lymphoid infiltrate verbonne a gouf als lymphoepithelial carcinoma beschte klassifizéiert. H. pylori VerfÜgung war an der bascht normal mucosa net gesinn. D'entholl war positiv fir zwee intronic Varianten vun CDH1 VerfÜgung souwuel vun deem benign gin sin erwaart (NM_004360.3: c.688-83G > A an c.2439 + 52G > A) VerfÜgung <. p> Patienten- 2447, eng drëtt Cousin, war am Alter 44 mat e wéineg ënnerscheet adenocarcinoma ouni signet Ring Zell Fonctiounen diagnostizéiert. Niewendru gastric mucosa zougedréckt extensiv intestinal metaplasia. Et gouf kee Reproche vun H. pylori VerfÜgung. VerfÜgung

Nom Duerchmusterung vun engem Rot vu 115 probands mat Anti CDH1 VerfÜgung familial gastric Kriibs, en allerdéngs Famill aus Portugal war fir eis ze studéieren (Dorënner 3A) ugebaut. schlecht ënnerscheet adenocarcinoma vun de Mo an der Präsenz vun signet Ring Zellen eenzelne II-6 war mat gastric Kriibs am Alter festgestallte 62, dien. Immunohistochemistry Analyse zougedréckt positive membranous staining vun E-cadherin zu neoplastic Zellen (Dorënner 3C), dorënner signet Ring Zellen (Dorënner 3B). Den Zesummenhang Persounen ech-4, II-1, an II-7 sech mat gastric Kriibs (Histologie Detailer onbekannt) am Alter 53, 62 an 52 bzw. diagnostizéiert. All véier Persounen am portugisesche Rassekaz gestuerwen aus der Krankheet bannent 5 Joer vun Diagnos vun dëser Famill. An der Maritime kanadesche Famill, 1884, 1844 an 1841 gestuerwen aus der Krankheet bannent engem Joer vun der Diagnos. VerfÜgung

D'fir Patiente beschriwwen gastric Kriibs 1845 an 2447 hat kee signet Réng observéiert a war op en virdrunner Duerchschnëtt Alter festgestallte ( 52 versus 72, obwuel de proband am Alter 51) diagnostizéiert gouf. Baséierend op Differenzen an Histologie, besonnesch d'Feele vun signet Ring Zellen vun 1845 an 2447 am Verglach zu den aneren betraffe Persounen, ass et méiglech, datt d'Krankheet an dësen zwou Persounen eng eegestänneg Conditioun duerstellt. Alternativ ass et méiglech, dass d'Famill eng méi komplex phenotypic Muster vun zwee (oder méi) Genen gefuerene Wiesen ass ginn. VerfÜgung

cuisine Kaartefunktiounen an Exklusioun vun bekannt an de Kandidatelänner Genen VerfÜgung

Obwuel 30-40% vun HDGC Fäll zum Deel ze kennen CDH1 VerfÜgung, nee kennen FAQ-coding exons vun CDH1 VerfÜgung zu betraffe Persounen aus der Maritime kanadesche Famill fonnt goufen. Fir d'pathogenic loci zu dëser Famill, héich Dicht SNP-genotyping benotzt Illumina flamenden Ofgrond identifizéiere sech op fënnef betraffe Persounen gesuergt: d'proband senger Mamm (1844), zwee betraffe Tatta verstuerwener (1826 an 1841), an zwee fernen Koseng (1845 an 2447) souwéi verschidde wëssenschaftlech Persounen mat kee gemellt Heefegkeet vun Kriibs hir Häerzen Zoustand war wéi onbekannt behandelt (1907, 1924, 1821, an 1822). Fir all Persounen ausser 1845 genotyping Donnéeën war bei 2,5 Milliounen ze lues sinn. Individuell 1845 hat virdrun op eng Dicht vun 660K genotyped ginn, a war net konnt op der héijer Dicht du-genotyped gin. Keng DNA gëeegent fir SNP genotyping war vun der FFPE Prouf vun der proband (1884) kritt. Benotzt dës Donnéeën, standing mir zwee net-parametric an parametric linkage Analyse mat Merlin [12]. Am Bezug op déi spéiden Alter vun gezu goufen an ville betraff Familljememberen, ass de penetrance an der Maritime Rassekaz onbekannt. Fir zu Erkenntnesser Frankräich Regioune vum Interessi, zwou dominant penetrance Modeller (50% an 99% penetrance) benotzt betraffe Persounen 1826, 1841, 1844, an 2447 (an Individuen 1907, 1924, 1821, an 1822 mat onbekannte Häerzen Status konservativen ginn ) sech benotzt. Frankräich Regiounen ënner parametric linkage Analyse identifizéiert sech allgemeng mat enger anerer onofhängeg vun der penetrance Parameter gewielt (Table 1) konsequent. D'Analyse gouf mat eenzelne 2447 als onbekannt behandelt widderholl just d'reduzéiert Rassekaz ze analyséieren, wou 2447 an 1845 als potentiell phenocopies (Table 2) behandelt goufen. Dëse schéinen ënneschten globale LOD Fändelen fir all Regiounen identifizéiert, wéi och méi a méi grouss Regiounen op der Moyenne, e groussen Deel vun der Nepgen opmierksam gemaach. VerfÜgung

Mir standing och Net-parametric linkage (NPL), eng Method mat manner Basisdaten géieren iwwer d'Basisdaten Ierfschaft Modell, mat de betraffene Persounen 1826, 1841, 1844, an 2447 (Rassekaz-breet) oder mat der Entféierung vun 2447 als potentiell phenocopy vun hinnen Precisioun vum onbekannte Status ze gin (Sous-Rassekaz). Rassekaz-grouss Frankräich Intervalle sech mat deenen meeschtens konsequent déi zwee parametric Modeller identifizéiert benotzt (Table 3). Exklusioun vun 2447 e manner globale maximal stoung (1.204), deen op e puer Intervalle uechter d'Nepgen (Table 3) fonnt gouf. VerfÜgung

Frankräich Intervalle op dës Manéier identifizéiert sech fir Filter der exome sequencing Daten benotzt ze identifizéieren Potential causative kennen. Gin breet an Identifikatioun méiglech causative kennen, an souwuel de Rassekaz-breet an Ënner-Rassekaz Fall d'Intervalle vun der jeweileger parametric an Net-parametric Analysë kombinéiert huet. Fir d'Rassekaz-grouss gebueden huet dëst d'union vun Intervalle vun Table 1 zesumme mat de passenden Intervalle vun Table 3 (dorënner 2447) a fir d'Sous-Rassekaz Analyse der Unioun vun Intervalle vun Table 2 mat passenden Intervalle vun Table 3 fonnt beschriwwen ( ausser 2447). VerfÜgung

Lait Exome Sequencing VerfÜgung

Mir ganzt-exome sequencing nächst standing op zwee vun de betraffene Tatta verstuerwener zu der proband (1826 an 1841) an de betraffene drëtt Cousin (2447). Mir prioritär an Filter Varianten baséiert op hir Frequenz ënnert Europäescher-Ofstamung Populatiounen (&Si besteet; 2% an enger méi strikter filter um &Si besteet; 1%) vun der 1000 Genomes an Exome Sequencing Project konsultéieren souwéi aner gläichzäiteg sequencing Fournisseur Nepgen exomes, Standuert bannent enger Frankräich Regioun vum Interessi, an de funktionell Konsequenz vun der stattfannen (d'FAQ coding Haaptrei oder splice Site vun op d'mannst ee FAQ coding ët Wou muss ech). Varianten vun interesséieren sech dann duerch Sanger sequencing an aner betraffe Persounen Nepgen. Variant filtration op Frankräich Intervalle baséiert war getrennt fir all Hypothes gesuergt (ganzt-Rassekaz a reduzéiert-Rassekaz) (Bedeitung S1 an S2). Nieft der Identifikatioun an filtration vun genetesch Varianten, évaluéieren mir de sequencing Déift vun Deckung vun exons (vun der Disken Formatioun Konsens definéiert) am Frankräich Regioune vun Interessi an am ganze eenzelne exome sequencing Resultater. Weider, gesichte mir fir potenziell gedeelt Varianten, déi vun duerginn Problemer "maskéiert" waren. Fir all Varianten an een oder méi exomes observéiert, wann keng Aktioun vun de Rescht exome (s) observéiert huet, évaluéiert mir ob dat war wéinst niddereg duerginn oder duerginn thematiséieren bannent de Exon. Fir Varianten wou dat war richteg Filter mir Standard Critère benotzt (wéi uewen). Benotzt dëse Filter Critèren, verschidde Varianten mat niddereg MAF an eventuell en Effet op d'FAQ-coding Niveau mussen sech an der Rassekaz-grouss Frankräich Regioune vun Interessi observéiert datt duerch parametric linkage Analyse identifizéiert gouf; awer, keen sech presentéieren an all betraffe Persounen. Weider huet keen "maskéiert" Kandidat Varianten vun der selwechter Critèren bestëmmt. VerfÜgung

Mir als d'Méiglechkeet, datt sech Leit 1845 an 2447 eng eegestänneg Medeziner Konditioun hunn, an iwwerpréift der Varianten ënnert der proband an direkter Famill gedeelt. Benotzt déi selwecht Filter Critèren wéi uewen, mee andeems nëmmen déi exomes vun Individuen 1826 an 1841, goufen am Ganzen 127 Varianten identifizéiert. Strikter Filter fir rare Varianten (MAF &Si besteet; 1%) reduzéiert dëst ze Zuel bis 85 (Table S2). En Ziel vun dëse Varianten, baséiert op enger Kombinatioun vu Facteuren (kennen kosmescher [13], Effet vun der stattfannen virausgesot, Conservatioun vun der encoded Aminosaier, Literatur review, bekannt Ausdrock Musteren an normal Stoffer an erhéijen, Krankheet phenotypes mat der Applikatioun Gene) huet fir Suivi vun der proband an hir Mamm Nepgen. Eng Aktioun vun MAP3K6 VerfÜgung (Chr1, NM_004672) war vun allem interesséiert. A identifizéiert stattfannen am MAP3K6 VerfÜgung (. C [2837C > T]; [=], p.P946L) war eng staark Kandidat baséiert op de bekannte Associatiounen vun anere MAP kinases mat Kriibs considéréiert, a Publikatiounen eng elucidating Roll fir MAP3K6 zu tumorigenesis [10], [11], [14], [15]. Déi Variant ass virdrun (rs141787524) mat engem mannerjäregen allele Frequenz vun 0,7% an d'1000 Genomes Project (Europäesch Ofstamung Grupp) an enger Frequenz vun 0,4% an der Europäescher-amerikanesch Bevëlkerung (Exome Variant Server (NHLBI GO Exome Sequencing Project gemellt ( wier):. http://evs.gs.washington.edu/EVS [Rampen Oktober 2013]) Et war wéi enger heterozygous Variant zu 11 (vun 1532) aner exomes am Genom Québec Innovation Center, deen zu engem Nepgen gesinn MAF vun 0,36%. VerfÜgung

Dëst SNV war präsent an véier betraffe Persounen am Maritime Famill (1884, 1826, 1844, 1841), vun deenen dräi haut eenzegaarteg an der Präsenz vun signet Ring Zellen zougedréckt. Nëmmen e klenge léiren Fro fir d'Tatta disponibel war, 1841, also waren mir net kënnen d'Presenz oder Feele vun signet Ring Zellen definitiv ze bestätegen. d' MAP3K6 VerfÜgung SNV zu fënnef vun de 27 Moment onberéiert Familljememberen och präsent war, anerer, an et an der bestuet-an relativ war net dobäi. Ee vun de wwerreeche fir d'SNV war homozygous a war iwwer 80 Joer al mat kee gemellt Kriibs. Obwuel keen consanguinity vun der Famill matgedeelt huet, a kee Beweis vun Kopie Zuel Variant war an der SNP genotype Donnéeën observéiert, war dëst eenzelne och homozygous fir eng 10 Mo Regioun déi nët opmierksam gemaach. Déi reschtlech wwerreeche gounge am Alter vun 33 bis 51, an den Alter vun gezu vum Kriibs generell méi spéit war, huet hire Status "onbekannt" consideréiert. Béid Persounen, 1845 an 2447, mat der phenotypically z'ënnerscheedde gastric Kriibs sech negativ fir d' MAP3K6 SNV VerfÜgung. VerfÜgung

Somatic Varianten am entholl VerfÜgung

Mir benotzt nächst der DNA vom engem tumorous Sektioun vun der FFPE Prouf vun de betraffene MAP3K6 VerfÜgung SNV gouf 1884 (d'proband) fir zousätzlech somatic SNVs oder Verloscht vun heterozygosity (Loh) bannent der entholl selwer ze Ecran. Nieft der p.P946L Variant, identifizéiert mir e Roman SNV am MAP3K6 VerfÜgung Gentherapie um Positioun c [1516C > T]. Virwaat fir eng Aminosaier änneren p.H506Y (Table 4), an sech kënnen ze soen, datt d'SNV somatically baséiert op der Haaptrei Daten vun der Fra a Kanner opkaf huet. VerfÜgung

Préifen zu stinn VerfÜgung FGC Cases

Mir DNA Echantillon vun engem zousätzleche 115 stinn FGC Persounen opgefouert engem multiplexed geziilt Hëllef nächst Generatioun sequencing assay. Echantillon waren aus stinn Famillen déi fir ierflech diffusen gastric Kriibs (106) international gastric Kriibs linkage Konsortium (IGCLC) Critèren erfëllt, déi awer virdrun negativ getest fir stattfannen vun der CDH1 VerfÜgung nët, oder familial intestinal gastric Kriibs. Bannend dësen Kohort, identifizéiert mir fënnef zousätzlech heterozygous SNVs am MAP3K6 VerfÜgung Gentherapie (Table 4):. Engem truncating SNV (. C [2544delC], p.F849Sfs * 142), dräi missense SNVs (c [2872C > a], p.P958T;;. c [598G > T], p.D200Y; an c [620T &plain. G], p.V207G), an aner eenzel mat der p.P946L (c [2837C &plain. T] ) abezuelt, virdrun an der Maritime Famill (Dorënner 4) fonnt. Projet'en am MAP3K6 VerfÜgung nëmmen an der Individuen entdeckt goufen d'Critèrë fir diffusen gastric Kriibs Treffen (106). Den individuellen an dësem Roman Patient Kohort der p.P946L Variant Droen geduecht allerdéngs net zu der Maritime Famill ze ginn. VerfÜgung

D'truncating SNV war an enger portugisesch individuell mat enger Famill Geschicht vun gastric Kriibs (Dorënner 3A) observéiert. Während dëser SNV engem dbSNP Identifizéierer (rs34008139) huet, huet kee Populatioun Frequenz mat se entweder aus der 1000 Genomes oder Exome Variant Server Projeten assoziéiert gouf. Dëst SNV huet och an der kosmescher Datebank [13] (somatic /germline Status net uginn) an engem carcinoma Prouf vun der grousser Daarm gemellt ginn. Histological Ënnersiche vun der entholl d'proband weisen eng schlecht ënnerscheet gastric Kriibs mat Zellen signet Ring, E-cadherin FAQ Ausdrock an der Zell Membran (Dorënner 3B an 3C) erhalen. VerfÜgung

D'p.D200Y Variant zu probands fonnt gouf aus zwee stinn Famillen, a gouf am 1000 genomes Kohort (rs41291098) observéiert, mä ass och seelen mat engem mannerjäregen allele Frequenz (MAF) vun 0,4% am souwuel de 1000 genomes an Exome Sequencing Project Europäescher Ofstamung Gruppen. D'p.P958T Variant (rs75893867) huet gemellt kee MAF an entweder d'1000 Genomes oder Exome Sequencing Project Europäescher Ofstamung konsultéieren, a war just am 1000 Genomes ënnert der japanescher Kohort bei enger Frequenz vun 2,2% identifizéiert. Mä, et gouf an kosmescher (COSM99077) als somatic stattfannen aus engem gastric carcinoma Patient identifizéiert. D'p.V207G abezuelt gouf am Exome Sequencing Project europäesch-amerikanesch Donnéeën mat engem MAF vun 0,01% identifizéiert. Et war net ënnert der europäescher oder europäesch Ofstamung Gruppen am 1000 Genomes identifizéiert, mä war bei enger Rei vu klengen allele Ofstänn bannent aner Populatioun Gruppen observéiert. VerfÜgung

Mat MAP3K6 VerfÜgung, 50 zousätzlech Genen virdrun recommendéiert zu Risiko fir Krankheeten vun den ieweschte gastrointestinal TRACT Équipe gin huet fir dës Kohort Nepgen engem Mooss Rot-baséiert assay (mëttelalterlech Handschrëft deposéiert) benotzt. Genen fir d'Douane MiSeq-baséiert Écran baséieren op Literatur review, souwéi Genen vun Interessi vun Kollaboratioun Projeten ausgewielt. An de Fäll wou MAP3K6 VerfÜgung missense Varianten identifizéiert goufen, waren fonnt keen anere Kandidat Varianten. VerfÜgung

Second-grŠift Analys vun der entholl vun der portugisescher Family VerfÜgung

Otemschwieregkeeten FFPE entholl war sinn fir d'proband vun der portugisescher Famill de p.F849Sfs * 142 germline truncating stattfannen Droen. Somatic kennen sech an de komplette coding Haaptrei an intron-Exon Grenze vun MAP3K6 VerfÜgung an der proband d'entholl ausgeschloss. Keng Loh um MAP3K6 VerfÜgung Gentherapie och zu dësem entholl, well souwuel Wëllschwäin-Typ an Mann- alleles identifizéiert ginn hätt am germline stattfannen Site (Zousätzlecht Dorënner S2) opgrond ginn hätt. Mir gesichte also fir putative alternative inactivating Mechanismen. Hypermethylation vun CpG Inselen am Gentherapie Promoteuren an reglementaresche Regiounen ass eng gemeinsam Phänomen ze ofgeholl Gentherapie Ausdrock zu Kriibs Virwaat [16]. MAP3K6 VerfÜgung Regulatioun vun Promoteur hypermethylation gouf fir Mënscherechter Réckemuerch hiirgestallt mesenchymal Stammzellenfuerschung [17] beschriwwen, obwuel eng Korrelatioun vun hypermethylation an der Gentherapie Ausdrock ass net gegrënnt ginn. Mir gesichte fir MAP3K6 VerfÜgung CpG Inselen [18] an hunn zwee CpG Inselen, eent bei de Promoteur Regioun an aneren opmierksam Exon 10 an en Deel vun der afgerappt intron (Dorënner 5 an Zousätzlecht Dorënner S1). D'afgerappt CpG Insel (CpG Insel 2) ass bei engem DNase hypersensibel Site Promoteur verbonne Funktiounen (Ensembl reglementaresche Fonktioun ID ENSR00000533270, Dorënner 5) ervirbréngen virausgesot. Mir bisulfite-behandelt DNA aus: de Randerscheinung Blutt lymphocytes d'proband (PBLs); der proband d'entholl; véier verschidden normal Mo. Kontroll Echantillonen, an; siwen gastric Kriibs Zell Linnen. Fir de Promoteur CpG Insel (CpG Insel 1), war kee hypermethylation mat zwou verschiddene primer baut (Dorënner 5 an Suppl. Dorënner S1) fonnt. CpG Betreffend Insel 2, mir observéiert komplett methylation fir d'entholl DNA an keen methylation fir d'PBLs DNA. Spannen, ugewisen der methylation Analyse um CpG Insel 2 zu normal Mo. mucosa aus Kontrollen eng partiell methylation Muster. An Linn mat dem Resultat fir entholl DNA kritt, all siwen gastric Kriibs Zell Linnen ugewisen voll methylation (Dorënner 5 an Suppl. Dorënner S1). VerfÜgung

Pathogenicity vun SNVs zu MAP3K6

Mir huelen eng Villfalt vun zu silico VerfÜgung Methoden der pathogenicity vun der observéiert missense SNVs virauszesoen. Obwuel et ganze Programmer (Table 5) keng voll Konsens war, goufen all vun der SNVs vun op d'mannst ee Programm Liewer considéréiert, an ausser p.V207G an p.P958T, déi aner véier Varianten an dësem Rapport beschriwwe goufen vun gin Liewer virausgesot op d'mannst 3 vun de 7 Methoden. Zousätzlech, confirméiert de EvoD [19] Konsens Cepheid (baséiert op enger équilibréierter Kombinatioun vun der EvoD, PolyPhen2 [20], an z [21] stin), déi dräi vun de Varianten (p.D200Y, p.V207G, p.H506Y ) waren Liewer oder wahrscheinlech Liewer gin. Déi zwou aner Varianten, p.P946L an p.P958T, virausgesot huet wahrscheinlech neutral Ännerungen gin obwuel se sech evolutionarily ultra-conserved a gutt-conserved (laut EvoD verännert Taux Klassifikatioun) bzw.; iwwerdeems just een vun den aneren dräi Varianten (p.D200Y) considéréiert war gutt-conserved an den aneren zwee sech manner-conserved. Als (i) e MAP3K6 VerfÜgung Variant truncating fonnt gouf, (II) war et eng zweet-Hit Variant zu den eenzelne identifizéiert fir wiem war FFPE Otemschwieregkeeten iwwerpréift, an (III) all vun de Programmer ze gi getest virauszesoen pathogenicity baséiert op Verloscht vun Funktioun, ass et wahrscheinlech, datt de Varianten beschriwwen Féierung ze entweder eng Diminutioun an Funktioun oder dominant negativ phenotype. VerfÜgung

Diskussioun VerfÜgung

Hei presentéieren mir den éischte Beweis datt germline Projet'en am MAP3K6 VerfÜgung sinn ze ierflecher Kriibs verbonnen. Véier Persounen mat gastric Kriibs aus engem Maritime kanadesche Famill waren fonnt engem heterozygous Variant am MAP3K6 VerfÜgung Gene weider ze féieren, bei engem flénke p.P946L Aminosaier änneren. Dëst germline Variant, läit op chromosome 1, an zwee vun den dräi exome Echantillon identifizéiert huet an war bannent enger Regioun vun parametric an Net-parametric linkage Analyse bannent de Sous-Rassekaz (1845 an 2447 behandelt als "onbekannt" Krankheet Status) identifizéiert wellkomm . D'Bedeitung vun der MAP3K6 VerfÜgung Variant vun der Identifikatioun vun enger somatic zweet-Hit stattfannen am ënnerstëtzt gouf MAP3K6 VerfÜgung Gentherapie um p.H506Y präsent an DNA isoléiert direkt aus engem tumorous Rubrik vun engem Patient FFPE Prouf. Zwou Persounen aus der Rassekaz mat gastric Kriibs, mä mat e puer phenotypic Differenzen net de stattfannen droen; Ee, huet kee Kandidat Varianten ënnert all betraffe Persounen bannent all Regioun identifizéiert, déi parametric linkage gehaal Rassekaz-grouss Gemeinsamkeet identifizéiert. VerfÜgung

legendären vun zousätzleche FGC Famillen fënnef aner réischt MAP3K6 VerfÜgung kennen, dorënner eng p.F849Sfs * 142 germline stattfannen vun der portugisescher proband observéiert, déi zu FAQ truncation zu Féierung erwaarden ass. No ausser war somatic kennen an Loh, e Potential zweet-Hit Mechanismus via VerfÜgung hypermethylation op eng intragenic CpG Insel bei engem virausgesot Promoteur-verbonne reglementaresche Element (DNAse ech hypersensibel Site) fonnt. Der Relevanz vun methylation bei dëser MAP3K6 VerfÜgung Gentherapie Regioun net am Sënn vun Impakt vun der Gentherapie Ausdrock, awer d'Méiglechkeet vun schléit eng méiglech zweet-Hit inactivation (partiell oder komplett) Mechanismus ascertained kéint ass opgewuess, wéinst d'Resultater vun normal Mo a Kriibs Zell Linnen kritt. Wa jo, dat och kann een anert Beispill vun der ëmmer méi unerkannt Konzept bedeiten dass DNA methylation am Kierper Gentherapie net just eng passiv Zeien vun der Gentherapie Transkriptiouns ass, mee ass am Multiple Gentherapie Regulatioun Prozesser [22], warranting weider Enquête bedeelegt. Histopathology Analyse vun den eenzelne vun der portugisescher Famill dëser truncating stattfannen Droen souzen signet-Ring Zellen als Deel vun der entholl phenotype, wéi hutt meeschte Persounen aus der Maritime sub-Rassekaz (ausser 1841, wou de Status signet Ring inconclusive war wéinst Manktem vun genuch Material). VerfÜgung

Obwuel MAP3K6 VerfÜgung kennen hun net virdrun an ierflecher Kriibs identifizéiert ginn, et ass eng grouss Beweiser datt MAP3K6 VerfÜgung eng wichteg Roll an Kriibs pathogenesis huet . An Mais, wou MAP3K6 VerfÜgung ass normalerweis an gastric Otemschwieregkeeten a Haut ausgedréckt, de Verloscht vun MAP3K6 VerfÜgung zu homozygous Knockout Mais fonnt war waat fir entschlof Haut Kriibs ze klammen [10]. De Mais gemaach entwéckelen net Kriibs spontan; Ee, ugefouert vun der Präsenz vun enger demagogesch Impulser standing chemesche Aféierungs- zu enger grousser Zuel vun Haut erhéijen an der MAP3K6 VerfÜgung erhéijen Mais wéi zu Kontroll Déieren. D'Zuel vun erhéijen an heterozygous ( MAP3K6 VerfÜgung +/-) Mais, souwéi hir Gréisst, war Tëscherapport tëscht dem Wëld-Typ Fuesstëmmung-aus Mais, proposéiert Iech eng Roll fir MAP3K6 VerfÜgung Doséierung an hir Auswierkungen [10].

• PLOS NËMMEN: Vergläichend Proteomics Analys vun Gastric Cancer Cells
• PLOS NËMMEN: Ofgeholl Haaptentwéckler-Fucosylation zu Malignancy zu Gastric Cancer