PLoS Genetics: Ituradan Mutaatiot MAP3K6 liittyvät Familial mahasyövän

tiivistelmä

Mahasyöpä on yksi johtavista syistä syöpään liittyvien kuolemien maailmanlaajuisesti. Vaikka periytyviä muotoja mahasyövän ovat suhteellisen harvinaisia, tunnistaa geenien vastuussa tällaisista tapauksista voi ilmoittaa diagnosointiin ja hoitoon sekä perinnöllisiä ja satunnaisia ​​tapauksia mahasyövän. Mutaatiot E-kadheriinin geeni, CDH1
, osuus 40% yleisin familiaalinen mahasyövän (FGC), perinnöllisen diffuusi mahasyövän (HDGC). Geenit vastaavat jäljellä muodot FGC ei toistaiseksi tunneta. Täällä tutkimme suuren perheen Maritime Kanadan FGC ilman CDH1
mutaatioita, ja tunnistaa ituradan koodaus variantti (p.P946L) in mitogeeniaktivoidut proteiini kinaasikinaasikinaasina 6 ( MAP3K6
) . Perustuen säilyttämistä, ennusti patogeenisyys ja tunnetun rooli geenin syöpä taipumus, MAP3K6
pidettiin vahva ehdokas ja tutkittiin edelleen. Seulonta ylimääräinen 115 sukulaisyksilöistä muilla kuin CDH1
FGC tunnistanut p.P946L MAP3K6
variantti, sekä neljä muuta koodaus variantit MAP3K6
(s. F849Sfs * 142, p.P958T, p.D200Y ja p.V207G). Somaattinen Toinen osuma variantti (p.H506Y) oli läsnä DNA saatu jostakin kasvain näytteet, ja viitteitä DNA hypermetylaation sisällä MAP3K6
geeni havaittiin DNA kasvain toisesta vaikuttaa yksilön. Nämä havainnot yhdessä aikaisempien näyttöä hiiren malleja MAP3K6
toimii tuumorisuppressorina, ja tutkimukset osoittavat läsnäolo somaattisten mutaatioiden MAP3K6
ulkopuolisissa perinnöllinen syöpien ja mahalaukun syöpäsolun linjat, kohta kohti MAP3K6
-versioiden altistava tekijä FGC.

Author Yhteenveto

taustalla geneettisiä mutaatioita osallisena 60% perinnöllinen mahasyövän tapaukset jäävät tunneta. Tässä esittelemme suuri laajennettu sukupuu familiaalinen mahasyövän ja yhdistys on osa perheen kanssa mutaatio MAP3K6
. Säilyttämistä, ennusti patogeenisyys variantin jakautumista kudoksiin, ja tunnettu funktio MAP3K6
tehnyt tästä vahva ehdokas, joka aiheen lisätutkimuksiin. Tutkiminen ylimääräinen 115 etuyhteydettömälle probands tunnistettu uusia mutaatioita MAP3K6
, kuten katkaisemalla mutaatio.

Citation: Gaston D, Hansford S, Oliveira C, Nightingale M, Pinheiro H, Macgillivray C, et ai. (2014) Ituradan Mutaatiot MAP3K6
liittyy Familial syöpään. PLoS Genet 10 (10): e1004669. doi: 10,1371 /journal.pgen.1004669

Toimittaja: Marshall S. Horwitz, University of Washington, Yhdysvallat

vastaanotettu: 03 maaliskuu 2014; Hyväksytty: 14 elokuu 2014; Julkaistu: 23 lokakuu 2014

Copyright: © 2014 Gaston et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään.

Rahoitus: Seuraavat virastot rahoitti tämän projektin: Genome Canada, Genome Atlantic, Nova Scotia Health Research Foundation, Nova Scotia tutkimuksen ja innovoinnin Trust, Dalhousie Lääketieteellinen tiedekunta, Dalhousie Department of Ophthalmology, Health Canada, keskus Drug tutkimuksen ja kehityksen, Capital District Health Authority, IWK terveyskeskus Foundation, Capital Health Research Fund, ja The COMPETE /FEDER Portugali Foundation for Science and Technology (FCT), Projects Ref. FCT PTDC /SAU-GMG /110785/2009 ja Post-doc apuraha SFRH /BPD /79499/2011 HP "financiados no Ambito do Programa Operacional temático factores de Competitividade (COMPETE) e comparticipado pelo fundo Comunitário Europeu FEDER." MES tuetaan jonka CHU Ste-Justine Centre de Recherche. Tekijät haluavat tunnustaa panos: Genome Quebec korkea suoritusteho Sequencing Platform; ja Sónia Sousa ja José Carlos Machado päässä IPATIMUP Diagnostiikka-yksikön, Porto, Portugali. Rahoittajat ollut mitään roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen.

Kilpailevat edut: Kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.

Johdanto

Mahalaukun syöpä on toiseksi suurin syy syöpään liittyvät kuolemat maailmanlaajuisesti 738000 kuolemantapausta vuodessa [1]. Ensisijainen hoito koostuu resektioleikkaukselle kasvain ja voidaan jälkeen kemoterapiaa ja /tai sädehoitoa. 5 vuoden eloonjäämisluvut jälkeen kirurgisen resektion ovat korkeat, jos tauti havaitaan varhaisessa vaiheessa (71% vaiheessa 1A), mutta ne pudottaa pois nopeasti, kun diagnoosi tehdään myöhemmässä vaiheessa (46% vaiheessa IIA, 20% vaiheessa IIIA, 4% vaihe IV) (National Cancer Instituten SEER tietokantaan, lokakuu 2013). Valitettavasti, koska varhaiset oireet mahasyöpä muistuttavat läheisesti muiden sairauksien, tunnistus ei useinkaan tapahdu ennen vaiheissa on jo saavutettu [2].

Klassisen, mahasyöpä on jaettu kahteen tyyppiin: suoliston ja hajanainen [ ,,,0],3]. Suoliston muoto tapahtuu spontaanisti ja on useimmiten löytyy iäkkäillä henkilöillä, kun taas hajanainen muodossa esiintyy usein nuoremmat ja voi liittyä suvussa mahasyöpä. Populaatiot suuremmilla krooniset helikobakteeri
infektion yleensä korkeampia mahasyövän taakkaa [4]. Suurin osa mahasyöpä (90%) ovat satunnaisia, mutta noin 10% näytä familiaalinen klustereiden [5]. Vain 1%: sta 3%, ovat aiheuttama perinnöllinen oireyhtymä, toisin kuin ympäristötekijät, kuten jaettua ravinnon käytännöt [5]. Kaikkein vakiintunut familiaalinen muoto mahasyöpä on perinnöllinen hajanainen mahasyövän (HDGC [MIM ​​137215]), jossa noin 40% tapauksista johtuu ituradan mutaatioita E-kadheriinin koodaava geeni, CDH1
[6 ] - [9].

selville suuren perheen Maritime Kanadasta, joilla on ollut Familial mahasyövän (FGC) oli selkeä autosomaalinen hallitseva malli perintö, mutta jolla ei ole mitään variantit koodaava alue CDH1
geenin. Vaikka perhe näyttää monia tyypillisiä piirteitä HDGC oli monimuotoisuus kliinisessä esityksen perheen sisällä sekä korkea ikä puhkeamista, siksi olemme päättäneet yksinkertaisesti viitata kunnossa kuin FGC yli tiukemmin määritelty HDGC. Genominen kartoitus jaetun perinnöllinen alueiden kesken vaikuttaa perheenjäsenten, jonka jälkeen koko-exome sekvensointi, johti tunnistamiseen ituradan yhden nukleotidin muunnos (SNV) in mitogeeniaktivoidut proteiini kinaasikinaasikinaasina 6 ( MAP3K6
, ASK2
, MAPKKK6
, MEKK6
, ENSG00000142733), geenin, joka koodaa jäsen seriini /treoniini proteiinikinaasi perhe. Useat in silico
menetelmiä ennusti SNV vuonna MAP3K6 vahingoittavan proteiinia, ja aikaisemmat tutkimukset MAP3K6
hiirissä [10], sekä mutaatioiden tässä geenin sekä perus mahasyövän kasvaimia ja mahasyövän solulinjoissa [11], olivat yhdenmukaisia ​​mutaatiot MAP3K6
geenin ollessa aiheuttava mutaatio. DNA: n sekvensointi eristää suoraan kiinteän kasvaimen näyte yhden yksilön osoitti, että läsnä on de novo
toisen osuman muunnos MAP3K6
. Seulonta ylimääräinen 115 etuyhteydettömälle FGC näytteitä, myös negatiivisia CDH1
mutaatioita, paljasti viisi yksilöiden neljä ylimääräistä SNVs in MAP3K6
että myös ennustetaan olevan patogeeninen sekä liity yksittäisen kanssa SNV yksilöity perheen Maritime Kanadasta. Alkamisikää vaihteli MAP3K6
SNV harjoittajien viisi perhettä, ja yksi ei ollut kehittynyt syöpä jopa myöhäisessä vaiheessa elämää, mikä viittaa epätäydellinen penetrance. Tämä on ensimmäinen raportti periytyvä syövän johtuvat SNVs in MAP3K6
.

Tulokset

kliiniset ja patologiset arviointi

selville suuri Maritime kanadalainen perhe eurooppalaista syntyperää aikana rutiinia kliininen arviointi on perinnöllistä syöpäklinikalle osana Maritime Lääketieteellisen genetiikan Palvelussa IWK terveyskeskuksen Halifaxissa, Nova Scotia, Kanada (kuva 1). Sylki, veri tai formaliinilla kiinnitetyt, parafiiniin upotettuja (FFPE) näytteet saatiin 6 perheenjäsenten mahalaukun syöpä, sekä 27 ei vaikuta sukulaisia, ja yksi naimisissa-yksittäisissä. Ei verisukulaisuuden epäiltiin tässä sukutaulussa.

proband, sairaalla yksilöllä 1884 diagnosoitiin metastasoitunut mahasyöpä ja tehtiin yhteensä gastrektomia vuotiaana 51. patologinen tutkimus paljasti huonosti eriytetty adenokarsinooma ilmeneviä antrum mahalaukun in taustalla suoliston metaplasiaa ja krooninen gastriitti. Kasvain muodostuu arkki sinettisormus soluja (kuvio 2C ja D). Karsinooma lävistää koko paksuuden muscularis propria johon herakalvon kerros. Ei ole todisteita H. pylori
nähtiin.

proband n äidin täti, yksittäiset 1826, oli diagnosoitu mahakarsinoo- vuotiaana 80 ja tehtiin osittainen gastrectomy. Patologinen tutkimus paljasti kohtalaisen huonosti eriytetty adenokarsinooma hyökkääviä osaksi muscularis propria (kuvio 2A). Kasvain muodostuu suurimmaksi osaksi yhtenäinen pesiä kasvainsolujen satunnaisten rauhas muodostumista. Kasvainsolujen sinettisormus solujen muotoja nähtiin yhtenäisillä alueilla (kuvio 2B). Mahan limakalvon vieressä kasvain osoitti polttovälin suoliston metaplasiaa ilman näyttöä H. pylori
.

Vuoden iässä 76 vatsaan koepala toisen äidin täti proband, yksittäiset 1841 kerrottiin olevan kohtalaisen eriytetty adenokarsinooma kanssa rauhas muodostumista. H. pylori
tunnistettiin taustalla mahalaukun limakalvon. Pieni koepala jakso oli käytettävissä uudelleen käsiteltäväksi. Vaikka otos oli liian pieni täydellisen luokittelun, se osoitti yhtenäinen pesiä kasvainsolujen pieniä pesäkkeitä rauhas muodostumisen sopusoinnussa huonosti eriytetty adenokarsinooma. Siinä oli joitakin kasvainsolujen näytteessä osoittaa selkeä sytoplasmassa, mutta nämä ei voitu lopullisesti luokitella sinettisormus soluja.

vatsaan koepala vuotiaana 82 potilaan 1844 proband äiti, osoitti huonosti eriytetty adenokarsinooma kanssa sinettisormus ominaisuuksia. Taustalla limakalvon ilmeni merkkejä H. pylori
ja hajanaista suoliston metaplasiaa.

Patient 1845, ensimmäisen serkku kertaalleen poistettu sen proband, oli diagnosoitu vuotiaana 59 kanssa erilaistumaton karsinooma ilman sinettisormus ominaisuuksia. Kasvain liittyy tiheä lymfaattisen infiltraatiota ja oli paras luokiteltu lymphoepithelial syöpä. H. pylori
ei nähty viereisessä normaalissa limakalvo. Kasvain oli positiivinen kaksi introni variantit CDH1
jotka molemmat odotetaan olevan hyvänlaatuinen (NM_004360.3: c.688-83G > A ja c.2439 + 52G > A).

Patient 2447, kolmas serkku, oli diagnosoitu vuotiaana 44 kanssa huonosti eriytetty adenokarsinooma ilman sinettisormus solujen ominaisuuksia. Viereinen mahalaukun limakalvo näytti laajoja suoliston metaplasiaa. Ei ollut näyttöä H. pylori
.

jälkeen seulonta paneelin 115 probands muilla kuin CDH1
familiaalinen mahasyövän, liity perhe Portugalista lisätty tutkimuksen (kuvio 3A). Yksittäiset II-6 oli diagnosoitu mahalaukun syöpä 62-vuotiaana, jolla huonosti eriytetty adenokarsinooma mahan ja läsnäolo sinettisormus soluja. Immunohistokemia-analyysi osoitti positiivista membranous värjäytymisen E-kadheriinin neoplastisissa soluissa (kuvio 3C), mukaan lukien sinettisormus soluja (kuvio 3B). Tähän liittyvä henkilöt I-4, II-1, ja II-7 oli diagnosoitu mahalaukun syöpä (histologia yksityiskohdat Tuntematon) iässä 53, 62 ja 52 vastaavasti. Kaikki neljä yksilöiden Portugalin sukupuu tautiin kuolleet 5 vuoden kuluessa diagnoosin tässä perheessä. Vuonna Maritime Kanadan perhe, 1884, 1844 ja 1841 tautiin kuolleet vuoden kuluessa diagnoosista.

mahasyöpä kuvattu potilaille 1845 ja 2447 ei ollut sormuksia havaita ja oli diagnosoitu jo aikaisemmassa keski-ikä ( 52 vs. 72, vaikka proband oli diagnosoitu vuotiaana 51). Erojen perusteella histologia, erityisesti puute sinettisormuksella solujen 1845 ja 2447 verrattuna muihin sairastavilla henkilöillä, on mahdollista, että tauti näissä kahdessa yksilöitä edustaa yksilöllistä kunnossa. Vaihtoehtoisesti on mahdollista, että perhe on näyttävä monimutkaisempi fenotyypin kuvio ajetaan kahden (tai useamman) geenejä.

Molecular kartoitus ja poissulkeminen tiedossa ja kandidaattigeenejä

Vaikka 30-40% of HDGC tapaukset johtuvat mutaatioita CDH1
, ei mutaatioita proteiinia koodaavan eksonin CDH1
havaittiin sairastavilla henkilöillä Maritime Kanadan perhe. Tunnistaa patogeeninen loci tässä perheessä, tiheän SNP-genotyypin määritystä käyttäen Illumina paneelit suoritettiin viisi sairastavilla henkilöillä: Tällä proband äiti (1844), kaksi vaikuttaa äidin tädit (1826 ja 1841), ja kaksi kaukaisia ​​serkut (1845 ja 2447) sekä useita siihen liittyviä henkilöitä, joilla ei ole raportoitu syövän jonka mielialan tilan käsiteltiin tuntemattomina (1907 1924 1821, ja 1822). Kaikille henkilöille, paitsi 1845 Genotyyppaustulokset olivat saatavilla 2,5 miljoonaa markkereita. Yksittäiset 1845 oli aikaisemmin genotyyppi tiheydellä 660K, ja ei voinut uudelleen genotyyppi on suurempi tiheys. Ei DNA soveltuu SNP genotyypin saatiin FFPE näyte proband (1884). Käyttämällä näitä tietoja, suoritimme molemmat ei-parametriset ja parametrinen kytkentäanalyysia käyttäen Merlin [12]. Koska myöhään alkamisiällä monissa vaikuttaa perheen jäseniä, penetrance Maritime suku tunneta. Ollakseen konservatiivinen tunnistaa genomialuetta kohteisiin, kaksi hallitseva penetrance mallia (50% ja 99% penetrance) käyttäen sairastavilla henkilöillä 1826, 1841, 1844, ja 2447 (sekä yksityishenkilöt 1907 1924 1821, ja 1822 tuntemattomilla koettu tila ) käytettiin. Genomialuetta mukaisesti tunnistettujen muuttujien kytkentäanalyysilla olivat yleensä yhdenmukaiset toistensa kanssa riippumatta penetraation parametrin valittu (taulukko 1). Analyysi toistettiin yksittäisten 2447 käsitellään tuntematonta analysoida vain alennetun sukupuu, jossa 2447 ja 1845 käsiteltiin mahdollisia phenocopies (taulukko 2). Tämä vähensi yleistä LOD tulokset kaikille alueille tunnistettu, sekä enemmän ja suurempia alueita keskimäärin käsittää suuremman osan genomin.

suoritettiin myös epäparametrinen sidos (NPL), menetelmä, vähemmän taustalla oletuksia taustalla perintö mallia käyttäen sairastavilla henkilöillä 1826, 1841, 1844, ja 2447 (sukutaulu laajuinen) tai poistaminen 2447 mahdollisena phenocopy määrittämällä niitä tuntemattomia tila (sub-sukutaulu). Sukutaulu laajuinen genomisen välein olivat pääosin yhdenmukaiset tunnistaa käyttäen kahta parametristen mallien (taulukko 3). Poissulkeminen 2447 johti alhaisempiin kaikkiaan enintään pisteet (1,204), joka saatiin useita väliajoin koko genomin (taulukko 3).

Perimän väliajoin tunnistettu tällä tavoin käytettiin suodattamiseksi exome sekvenointitulosten tunnistamiseksi potentiaali taudinaiheuttajamutaatioita. Ollakseen laaja kanssa mahdollisia taudinaiheuttajamutaatioita, sekä sukutaulu laajuinen ja osa-sukupuu tapauksessa välein vastaavista parametrinen ja ei-parametrinen analyysit yhdistettiin. Sillä sukutaulu laajuisen analysoi tämä oli liitto väliajoin kuvattu taulukossa 1 yhdessä sopivin väliajoin taulukossa 3 (mukaan lukien 2447) ja osa-sukupuu analyysi liitto väliajoin taulukossa 2 on sopiva väli taulukossa 3 ( lukuun ottamatta 2447).

koko exome Sequencing

seuraavaksi suoritetaan koko-exome sekvensointi on kaksi vaikuttaa äidin tädit että proband (1826 ja 1841) sekä kärsivän kolmannen serkku (2447). Me priorisoitu ja suodatetaan muunnelmia perustuu niiden esiintymistiheys eurooppalaisten-syntyperää populaatiot (< 2% ja tiukempaa suodatin < 1%) alkaen 1000 Genomes ja Exome sekvensointiprojektista aineistot sekä muut exomes sekvensoitiin samaan sekvensointi tarjoaja, sijainnista genomisen alueen kiinnostavia, ja funktionaalinen seurausta mutaatiosta (muuttamalla proteiinia koodaava sekvenssi tai silmu- vähintään yhden proteiinia koodaavan transkriptio). Vaihtoehdot kohteisiin Sitten sekvensoitiin Sangerin sekvensoinnilla muissa sairastavilla henkilöillä. Variant suodatus perustuu genomista välein suoritettiin erikseen jokaiselle hypoteesin (koko-sukutaulu ja alennetulla sukutaulu) (taulukot S1 ja S2). Sen lisäksi, että tunnistamisen ja suodatukseen geneettisiä variantteja, arvioimme sekvensointi kattavuutta eksonien (määritelty Consensus CDS set) sisällä genomialuetta kohteisiin ja eri yksittäisten exome sekvensoinnin tulokset. Lisäksi etsittiin mahdollisesti jaettu variantteja, jotka oli "naamioitu" by kattavuus kysymyksiä. Kaikille variantit havaittu yhdessä tai useammassa exomes, jos mitään variantti havaittu jäljellä exome (s), arvioimme onko johtui alhaisesta kattavuus tai peittoalueet sisällä eksonin. Variantteja, joissa tämä oli totta me suodatetaan tavallisilla perusteita (kuten yllä). Käyttämällä näitä suodatus perustein useita variantteja, joilla on alhainen MAF ja mahdollista vaikutusta on proteiinia koodaavan tason havaittiin sukutaulu laajuinen genomialuetta kohteisiin, jotka oli todettu parametrinen kytkentäanalyysissä; kuitenkin, yksikään ei ollut läsnä kaikissa sairastuneet yksilöt. Edelleen ei "naamioitu" ehdokas variantteja tunnistettiin samoja kriteereitä.

harkitsi mahdollisuutta, että yksilöt 1845 ja 2447 on selkeä kliininen tila, ja tutki variantit, jaetaan proband ja lähisukulaisia. Käyttämällä samaa suodatus kriteerit kuin edellä, mutta käyttäen vain exomes yksilöistä 1826 ja 1841, yhteensä 127 variantteja tunnistettiin. Tiukemmat suodatus harvinaisia ​​muunnoksia (MAF < 1%) pienentää tämä numero 85 (taulukko S2). Osaa näistä variantteja, jotka perustuvat tekijöiden yhdistelmä (mutaatiot COSMIC [13], ennusti vaikutus mutaation, säilyttäminen koodatun aminohapon, kirjallisuuskatsaus, joka tunnetaan ekspressiomalleja normaaleissa kudoksissa ja kasvainten, sairaus fenotyyppejä liittyy geeni) sekvensoitiin seurantaan vuonna proband ja heidän äitinsä. Variantti in MAP3K6
(chr1, NM_004672) oli erityisen mielenkiintoinen. Mutaatio tunnistettu MAP3K6
(c. [2837C > T] [=], p.P946L) pidettiin vahva ehdokas perustuu tiedossa oleviin muiden MAP-kinaasien kanssa syöpä, ja useita julkaisuja valaisemaan rooli MAP3K6 kasvainten synnyssä [10], [11], [14], [15]. Tämä vaihtoehto on raportoitu aiemmin (rs141787524) ja pienempi alleelin frekvenssi 0,7% 1000 Genomes Project (eurooppalaista syntyperää ryhmä) ja tiheys 0,4% Euroopan-Amerikan väestöstä (Exome Variant Server (NHLBI GO Exome Sequencing Project ( ESP): http://evs.gs.washington.edu/EVS [Accessed lokakuussa 2013]). Se nähtiin heterotsygoottinen variantti on 11 (1532) muiden exomes sekvensoitiin Genome Quebec innovaatiokeskus, joka vastaa MAF 0,36%.

Tämä SNV oli läsnä neljä sairaiden yksilöiden Maritime perhe (1884 1826, 1844, 1841), joista kolme osoitti selvästi läsnäolon sinettisormuksella soluja. Vain pieni booli koepala oli käytettävissä äidin täti, 1841, siksi emme pystyneet lopullisesti vahvistaa esiintyminen tai puuttuminen sinettisormus soluja. MAP3K6
SNV oli läsnä myös viidessä 27 tällä hetkellä vaikuta sukulaisia ​​näytteet, ja se ei ollut läsnä avioitui-suhteellisissa. Yksi kantajia oli homotsygoottisia SNV ja oli yli 80-vuotiaita, joilla ei ole raportoitu syöpää. Vaikka mitään verisukulaisuuden ilmoitettiin perheessä, eikä näyttöä kopioluvun vaihtelu havaittiin SNP genotyyppi tiedot, tämä yksilö oli myös homotsygoottisia 10 Mb alue, joka käsitti lokuksessa. Loput harjoittajat vaihteli iän 33-51, ja koska alkamisiällä syöpä oli yleensä myöhemmin heidän status pidettiin "tuntematon". Sekä yksilöiden, 1845 ja 2447, jossa fenotyypiltään selvä mahasyövän olivat negatiivisia MAP3K6
SNV.

Somaattiset vaihtoehdot sisällä Kasvaimen

vieressä käytetty DNA eristettiin tumorous osa FFPE näyte vaikuttaa MAP3K6
SNV harjoittaja 1884 (jäljempänä proband) seuloa ylimääräisiä somaattisten SNVs tai heterotsygotian menetys (LOH) sisällä kasvain itse. Lisäksi p.P946L variantti, olemme tunnistaneet uuden SNV MAP3K6
geenin asennossa c. [1516C > T], jotka johtavat aminohapon muutos p.H506Y (taulukko 4), ja kykenivät päätellä, että SNV oli somaattisesti perusteella hankittiin järjestyksessä tietojen puolison ja lasten.

Tarkastus vuonna etuyhteydetön FGC asioissa

seuloa DNA-näytteet ylimääräinen 115 etuyhteydettömälle FGC yksilöitä käyttämällä Multipleksoituja kohdennettua seuraavan sukupolven sekvensointi määrityksessä. Näytteet olivat sukua että olleet kansainvälisten mahasyövän sidos konsortio (IGCLC) kriteerit perinnöllisen hajanainen mahasyövän (106), mutta oli aiemmin testattu negatiivisiksi mutaation CDH1
lokuksen, tai familiaalinen suoliston mahasyövän. Tässä kohortissa tunnistimme viisi ylimääräistä heterotsygoottinen SNVs MAP3K6
geeni (taulukko 4) a katkaisemiseksi SNV (c. [2544delC], p.F849Sfs * 142), kolme missense SNVs (c. [2872C > A], p.P958T c. [598G > T], p.D200Y ja c. [620T > G], p.V207G), ja toinen yksilö kanssa p.P946L (n. [2837C > T] ) variantti, aiemmin löydetty Maritime perhe (kuva 4). Mutaatiot MAP3K6
vasta löydettiin yksilöiden täyttävien diffuusi mahasyövän (106). Yksittäiset tämän romaanin potilaan kohortin kuljettaa p.P946L variantti ajatellaan olevan liity Maritime perheelle.

lyhennetty SNV havaittiin portugalilainen yksilö, joiden suvussa mahasyöpä (kuvio 3A). Vaikka tämä SNV on dbSNP tunniste (rs34008139), ei väestön taajuus on siihen liittyvä joko 1000 Genomes tai Exome Variant Server projekteja. Tämä SNV on myös raportoitu COSMIC tietokantaan [13] (somaattisia /ituradan tila ei määritelty) on syöpä näyte paksusuoleen. Histologinen tarkastelu proband kasvain osoitti huonosti eriytetty mahasyövän kanssa sinettisormus soluihin, säilyttäen E-kadheriinin proteiinin ilmentymisen solukalvon (kuvio 3B ja 3C).

p.D200Y variantti löydettiin probands alkaen kaksi sukua, ja on havaittu sisällä 1000 genomit kohortti (rs41291098), mutta on myös harvinaista, jonka pienempi alleelin taajuus (MAF) 0,4% sekä 1000 Genomes ja Exome sekvensointiprojektista eurooppalaista syntyperää ryhmiä. P.P958T variantti (rs75893867) ei ole MAF raportoitu kummassakaan 1000 Genomes tai Exome sekvensointiprojektista eurooppalaista syntyperää aineistoja, ja vasta tunnistettu 1000 Genomes japanilaisten keskuudessa kohortissa taajuudella 2,2%. Kuitenkin on todettu COSMIC (COSM99077) kuin somaattisen mutaation mahalaukun karsinooma potilaalle. P.V207G variantti on tunnistettu Exome sekvensointiprojektista Euroopan-Amerikan aineisto kanssa MAF 0,01%. Se ei ollut tunnistettu eurooppalaisten tai eurooppalaista syntyperää ryhmien 1000 Genomes, mutta havaittiin muissa väestöryhmissä erilaisia ​​pieniä alleelifrekvenssit.

Yhdessä MAP3K6
, 50 lisägeenit aikaisemmin ehdotti olla mukana riskin taudin ylemmän ruoansulatuskanavan sekvensoitiin tätä kohortin käyttämällä mukautettua paneeli perustuva määritys (käsikirjoitus toimitettu). Geenit mukautetun MiSeq perustuvan näytön valittiin perustuu kirjallisuuskatsaukseen sekä geenien kiinnostusta yhteistyöhankkeisiin. Niissä tapauksissa, joissa MAP3K6
missense variantteja tunnistettiin, ei muuta ehdokasta variantilla.

Toisen Hit Analysis kasvaimen Portugali Family

FFPE kasvainkudoksen oli käytettävissä proband Portugalin perhe kuljettaa p.F849Sfs * 142 ituradan truncating mutaatio. Somaattiset mutaatiot jätettiin vuonna täydellisen koodaussekvenssin ja introni-eksoni rajat MAP3K6
vuonna proband n kasvain. Puute LOH klo MAP3K6
geeni voitaisiin päätellä tässä kasvain, sillä sekä villityypin että Mutanttialleelit voitiin tunnistaa ituradan mutaation (Täydennyskuvio S2). Siksi etsitään otaksuttu vaihtoehtoisia inaktivoiva mekanismeja. Hypermetylaatiota CpG saarten geenin promoottoreita ja säätelyalueita on yleinen ilmiö mikä alentaa geenien ilmentyminen syövässä [16]. MAP3K6
sääntelyä promoottori hypermetylaation on kuvattu ihmisen luuytimen mesenkymaalisten kantasolujen [17], vaikka korrelaatio hypermetylaation ja geenin ilmentyminen ei ole osoitettu. Etsimme MAP3K6
CpG-saarekkeiden [18] ja löytyi kaksi CpG-saarekkeiden, yksi promoottorialueen ja toinen käsittää eksonin 10 ja osa alavirran intronin (kuvio 5 ja Täydennyskuvio S1). Alavirran CpG-saarekkeen (CpG island 2) on lähellä DNaasi yliherkkä sivuston ennustetaan satamaan promoottori liittyvät toiminnot (Ensembl sääntely ominaisuus ID ENSR00000533270, kuvio 5). Me bisulfiitti käsiteltyä DNA: Tällä proband n ääreisveren lymfosyytit (PBL: t); proband kasvain; neljä erilaista normaali mahalaukku vertailunäytteet sekä; Seitsemän mahasyövässä solulinjoissa. Sillä promoottori CpG-saarekkeen (CpG island 1), ei hypermetylaation havaittiin käyttäen kahta eri aluketta sarjaa (kuva 5 ja Suppl. Kuva S1). Mitä CpG island 2, havaitsimme täydellinen metylointi varten kasvaimen DNA eikä metylaation varten PBLt DNA. Mielenkiintoista, metylointianalyysi on CpG-saarekkeen 2 normaalissa mahalaukun limakalvon valvonta näkyy osittainen metylaatiokuvion. Mukaisesti saatu tulos kasvaimen DNA, kaikki seitsemän mahasyövän solulinjoissa näkyy koko metylaatio (kuva 5 ja Suppl. Kuva S1).

patogeenisyys SNVs in MAP3K6

sovelletaan erilaisia ​​ in silico
menetelmiä ennustaa patogeenisyyteen havaittu missense SNVs. Vaikkei täydellistä yksimielisyyttä ohjelmien välillä (taulukko 5), kaikki SNVs pidettiin vahingollisia vähintään yksi ohjelma, ja lukuun ottamatta p.V207G ja p.P958T, muut neljä variantteja kuvataan tässä raportissa ennustettiin olevan haitallisia by vähintään 3 7 menetelmiä. Lisäksi EvoD [19] konsensus ennuste (perustuen tasapainoinen yhdistelmä EvoD, PolyPhen2 [20], ja SIFT [21] scores) raportoitiin, että kolme variantteja (p.D200Y, p.V207G, p.H506Y ) olivat haitallisia eikä todennäköisesti haitallisia. Kaksi jäljellä variantit, p.P946L ja p.P958T, ennustettiin todennäköisesti neutraali muutoksia, vaikka ne olivat evoluutiossa erittäin säilyneitä ja hyvin säilyneitä (mukaan EvoD evoluution korko luokitus) vastaavasti; kun taas vain yksi kolmesta muusta variantteja (p.D200Y) pidettiin hyvin konservoituneita, ja kaksi muuta vähemmän konservoituneita. (I) MAP3K6
lyhennetty variantti löydettiin, (ii) oli toinen osuma variantti tunnistettu käyttävän henkilön FFPE kudosta tutkittiin, ja (iii) kaikki ohjelmat testattu on suunniteltu ennustaa patogeenisyyttä perustuu lakkaa toimimasta, on todennäköistä, että variantit kuvatut johtaa joko vähenemistä toiminto tai vallitsevaa negatiivista fenotyyppiä.

keskustelu

Tässä esittelemme ensimmäiset todisteet että ituradan mutaatioita MAP3K6
liittyy peritty syöpään. Neljä yksilöiden mahasyöpä päässä Maritime Kanadan perheen todettiin kuljettaa heterotsygoottinen variantti MAP3K6
geeni, joka johtaa p.P946L aminohapon muutos. Tämä ituradan variantti, joka sijaitsee kromosomissa 1, todettiin kahdessa kolmesta exome näytteet ja sijaitsi alueella tunnistetaan parametrinen ja ei-parametrinen kytkentä- analyysin sisällä Saharan sukutaulu (1845 ja 2447 käsitellään "tuntematon" tautinsa) . Merkitys MAP3K6
variantti tukivat tunnistaminen somaattisen toisen osuma mutaatio MAP3K6
geenin p.H506Y hetkellä DNA eristettiin suoraan tumorous osan potilaan FFPE näyte. Kaksi yksilöt ulkoisesta sukupuusta mahalaukun syövän, mutta joitakin fenotyyppiset erot eivät kanna mutaatiota; kuitenkaan yksikään ehdokas variantteja tunnistettiin jaetaan kaikkien vaikuttaa henkilöille kaiken alueella tunnistetaan, jonka muuttujien sidos suoritettu sukutaulu laajuisesti.

seulonta ylimääräisiä FGC perheet paljasti viisi muuta MAP3K6
mutaatiot, mukaan lukien p.F849Sfs * 142 ituradan mutaatio havaittiin Portugalin proband, jonka odotetaan johtavan proteiinin katkaisu. Kun jätetään somaattiset mutaatiot ja Loh, mahdollisen toisen osuman mekanismilla havaittiin kautta
hypermetylaation klo geeninsisäiset CpG saaren lähellä ennustettua promoottori liittyvän sääntely elementti (DNAse I yliherkkä site). Merkityksellisyys metylaation tässä MAP3K6
geenialueen ei ole voitu varmistaa niiden vaikutuksia geenien ilmentyminen kuitenkin mahdollisuutta toimia mahdollisena toinen osuma inaktivaatiota (osittain tai kokonaan) mekanismi nostetaan, koska saadut tulokset normaalissa vatsassa ja syöpäsolulinjoissa. Jos näin on, tämä voi hyvinkin edustaa toista esimerkkiä tunnustetaan yhä käsite, joka DNA metylaatio geenin elin ei ole vain passiivinen todistaja geenikopioinnin, mutta on aktiivisesti mukana useita geenisäätelyn prosessien [22], jotka oikeuttavat lisätutkimuksia. Histopatologia analyysi yksittäisten Portugalin perheenjäsenet tekevät tästä lyhennetty mutaatio varustellun sinettisormus-rengas solujen osana kasvaimen fenotyypin, samoin kuin useimmat yksilöt Maritime Saharan sukutaulu (paitsi 1841, jossa sinettisormus asema oli epäselvä puutteessa riittävästi materiaalia).

Vaikka MAP3K6
mutaatioita ei ole aikaisemmin tunnistettu perinnöllinen syöpä, on yhä enemmän todisteita, että MAP3K6
on tärkeä rooli syövän synnyssä . Hiirillä, joissa MAP3K6
tavallisesti ilmaistaan ​​mahalaukun kudoksen ja ihon, menetys MAP3K6
in homotsygoottisia poistogeenisiä hiiriä havaittiin lisätä alttiutta aiheuttamaa ihon syövän [10]. Hiiret ei kehittynyt syöpä itsestään; kuitenkin, kemiallinen induktio suoritetaan, kun läsnä on tulehdusärsykkeestä johti enemmän ihon kasvaimia MAP3K6
hiirissä kuin kontrollieläimillä. Määrä kasvaimia heterotsygoottista ( MAP3K6
^{+/-) hiiret, sekä niiden koosta, oli välimuoto villityypin ja knock-out hiirillä, mikä viittaa rooli MAP3K6
annostus sen vaikutusten [10].}

• PLoS ONE: Comparative Proteomiikka analyysi mahasyövän Stem Cells
• PLoS ONE: Laskua Core-fukosyloitu- Auttaa syöpään Mahalaukun Cancer